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ANTEPROYECTO
PRESENTA:
DIRECTOR:
México es un país con una riqueza natural extraordinaria, dada por su gran variedad de
climas, relieves, características y variedades topográficas contrastantes y heterogéneas
(Ochoa-Ochoa y Flores-Villela, 2006). Tan grande es la diversidad de flora y fauna que
presenta que es considerado uno de los 17 países megadiversos del mundo, es decir, que en
conjunto reúne entre el 65 y 70% de la riqueza mundial de especies (Mittermeier et al.,
1997). Los reptiles son uno de los grupos más importantes de esta biodiversidad, y
posicionan a México como el segundo país con mayor riqueza de reptiles en el mundo, ya
que se estima que, hasta octubre de 2013, en México se encontraban 864 especies, de las
cuales 417 son lagartijas, 393 serpientes, 3 anfisbénidos, 3 cocodrilos y 48 tortugas. Estas
especies se incluyen en 159 géneros y 40 familias, lo que representa el 8.7% de los reptiles
del mundo (Flores-Villela y García-Vázquez, 2014). En particular este grupo es de interés
para la ciencia ya que han sido catalogados como organismos modelos por sus ciclos de
vida y acelerado desarrollo embrionario, así como indispensables para el buen
funcionamiento de los ecosistemas naturales, que sumado a su alta diversidad a aumentado
la motivación para la realización de diversos trabajos sobre sistemática, biogeografía,
ecología, etc. para continuar enriqueciendo el conocimiento de los anfibios y reptiles a
nivel regional y/o estatal en México para el ajuste de los cálculos de la diversidad del país
(Vite-Silva, Ramírez-Bautista y Hernández-Salinas 2010).
Taxonomía y sistemática
Las definiciones de especie han cambiado mucho a través del tiempo como resultado del
estudio de fenómenos biológicos, nuevos taxones y fundamentos teóricos, por ejemplo,
usualmente asociamos a la especie con el concepto biológico o de aislamiento reproductivo
propuesto por Ernst Mayr donde se considera “un grupo de poblaciones cuyos individuos se
reproducen entre sí y producen descendencia fértil”, sin embargo, esta acepción no es
válida cuando organismos que no son de la misma “especie” se cruzan y producen
descendencia fértil o cuando los individuos se reproducen de forma asexual (bipartición,
gemación o partenogénesis), de forma que hoy en día, la bibliografía especializada hace
referencia a 24 conceptos distintos cuyo uso depende del criterio del investigador y su línea
de estudio (Leopardi y Duno, 2010).
Es debido a la incompatibilidad de los conceptos con las diferentes formas de vida que De
Queiroz (2007) propone un concepto unificado de especie, en el cual refiere dos
componentes principales: uno teórico y otro operativo. El primero hace referencia al ¿qué
es la especie? y su definición plantea que son linajes divergentes de metapoblaciones; esto
quiere decir que los grados de diferenciación morfológica, genética e incluso el aislamiento
reproductivo no son parte de la definición y se convierten en niveles diferentes del proceso
de especiación, el cual inicia con la separación de linajes (que en términos macroevolutivos
es la cladogénesis). El segundo componente, hace referencia al ¿Cómo se reconoce? es
decir, define los límites de la especie, por ejemplo, desde el punto de vista morfológico, el
criterio operacional delimita la especie como “individuos o poblaciones que reúnen un set
de características morfológicas únicas que la hacen diferente de otras entidades que están
en el mismo espacio geográfico o que son filogenéticamente cercanas”, sin embargo, no es
el único criterio que debe operar ya que, las especies pueden estar en un proceso temprano
de divergencia y no mostrar diferencias morfológicas (especies crípticas), pero es posible
entonces que otros criterios nos permitan confirmar la divergencia entre linajes tales como
las diferencias ecológicas, reproductivas, genéticas e incluso etológicas es decir, que las
propiedades fundamentales de otros conceptos que se han propuesto se vuelven líneas de
evidencia (no exclusivas) para el reconocimiento de especies en diferentes momentos del
proceso evolutivo (Beheregary y Caccone, 2007;Torretti, 2010; Leopardi y Duno, 2010).
Esto es particularmente de ayuda cuando se reconoce especies de temprana divergencia ya
que, las especies más antiguas pueden ser reconocidas utilizando muchos conceptos de
especie y pueden ser evaluadas mediante múltiples criterios operacionales, sin embargo
aquellos linajes que han evolucionado recientemente pueden ser reconocidos solo mediante
una pequeña cantidad de conceptos debido a que el tiempo que ha transcurrido para la
formación de las especies aun es limitado, impidiendo que se fijen diferencias que ayudan a
satisfacer la mayoría de los criterios de delimitación (Fig. X) (De Queiroz, 1998; Wiens,
2007).
Figura X. Esquema conceptual simplificado del proceso filogenético que origina dos linajes
divergentes de metapoblaicones. Las líneas punteadas representan etapas del proceso de
especiación en el transcurso del tiempo (evidencias biológicas) y su relación con los
diferentes conceptos de especie. Modificado de De la Cadena (2016).
Taxonomía integradora
En los últimos años los taxónomos comenzaron a darse cuenta de que la diversidad de
especies del mundo no podía ser descrita mediante el uso exclusivo de caracteres
morfológicos y sin englobar la tarea dentro de un contexto evolutivo, de modo que el auge
de la filogenética dentro de la taxonomía y concretamente del llamado “DNA-barcoding”
ha impulsado un extenso debate sobre los criterios y objetivos a seguir en la taxonomía
moderna. Los datos moleculares se han convertido en una fuente de caracteres importante
para establecer hipótesis filogenéticas, lo que ha llevado a un incremento explosivo en
estudios de sistemática y genética de poblaciones (Avise, 2000), enfocados en definir el
estatus taxonómico de especies o poblaciones de una especie (Alcántara-Ayala et al.,
2020). Resulta relevante destacar que, al contrario de lo que podría pensarse, en la praxis de
la filogenia molecular también son muchas las decisiones que se toman que dependen del
criterio del investigador, entre ellas se puede mencionar la selección del tipo y número
marcadores, el correcto alineamiento de las secuencias, la elección de modelos de
sustitución nucleotídica (para metodologías probabilísticas) y la hipótesis subyacente en la
identificación de todos y cada uno de los especímenes de los que se extrae material
genético (Jenner, 2004; Werner et al., 2007).
Culminar con éxito la labor de describir la diversidad especifica aún desconocida depende
en gran medida de cómo se solventen las imperfecciones de uno u otro tipo de
aproximaciones. En el contexto mencionado, resulta evidente que la taxonomía basada en
caracteres mofológicos y la reconstrucción filogenética basada en secuencias de ácidos
nucleicos pueden beneficiarse de forma recíproca (Steele & Pires, 2011), esto originó una
necesidad por integrar y sintetizar diversas fuentes de información útil para la delimitación
y descripción de especies.
Durante muchos años los marcadores genéticos moleculares obtenidos mediante la reacción
en cadena de la polimerasa (PCR) han sido, y aún son, las principales herramientas para el
estudio de la diversidad biológica, ya que facilitan la comparación de un gran número de
caracteres homólogos independientes para la realización de estudios filogenéticos tanto
para delimitar especies como para confirmar su estatus taxonómico (López de Hereida,
2016). Sin embargo, en la última década surgió una nueva metodología llamada
“Secuenciado de DNA asociado a Sitios de Restricción” (RADseq) que permite la
secuenciación de fragmentos cortos de DNA adyacentes a sitios de reconocimiento de una
enzima de restricción (ER) particular a lo largo de un genoma para obtener miles de
marcadores polimórficos informativos (reducción del genoma de los organismos) que
resultan más útiles para mapeos genéticos y estudios poblacionales (Baird et al., 2008;
Willing et al, 2011).
Los polimorfismos de una sola base (SNPs) son aquellos que se originan por una simple
mutación que cambia un nucleótido por otro y representan actualmente los marcadores
moleculares con mayor potencial para evaluar la variabilidad genética en poblaciones
debido al desarrollo de procedimientos para el secuenciado de siguiente generación
(incluido ddRADseq) y su elevada importancia en utilizan para comparar fragmentos de
DNA de interés de los individuos a evaluar, las secuencias se comprarán entre sí para
ubicar los sitios polimóficos es decir sitios con sustituciones de bases dentro de la
secuencia. Una de sus ventajas radica en que puede ser aplicado en el análisis de genes de
herencia biparental y en el análisis de diferencias genéticas entre subespecies, por lo que
tiene un alto potencial para revelar la historia evolutiva de las poblaciones y así como para
análisis de especiación y filogeografía (Ríos et al., 2009).
Límite de especies
Modelo generalizado Mixto de Yule y Coalescencia (GMYC): Asume que un único locus
ha sido secuenciado para una muestra de individuos de un clado monofilético, estima los
límites entre especies a partir de secuencias de DNA al identificar en un árbol filogenético
los patrones de las ramas como una transición entre fenómenos de coalescencia y de
especiación en linajes que han evolucionado independientemente, mediante la examinación
de los mayores valores de verosimilitud en cada transición (Fernández, 2012). Los eventos
de ramificación entre especies son modelados con el modelo de Yule, es decir, supone una
tasa de especiación constante y cero extinciones y los eventos de ramificación dentro de las
especies se modelan mediante un proceso coalescente neutral (Talavera et al., 2013).
GMYC se ha convertido en uno de los métodos más populares para la delimitación de
especies sobre la base de datos filogenéticos debido a que no requiere ninguna información
previa sobre las especies y ha sido desarrollado específicamente para datos de un solo
locus, lo que la convierte especialmente prometedora para estudios que buscan explorar
grupos con una taxonomía incierta.
Grupo de estudio
El género Plestiodon pertenece a la familia Scincidae, una de las familias más grandes de
reptiles escamosos, es un grupo monofilético que posee una distribución disyunta en Asia,
Bermuda y en el norte y centro de América (Brandley et al., 2005). Actualmente se
reconocen 50 especies descritas, de las cuales 20 se distribuyen en México (Nieto-Montes
de Oca et al., 2018). El género se divide en diez grupos, de los cuales el grupo brevirostris
se compone por 13 especies descritas: P. brevirostris, P. bilineatus, P. colimensis, P. copei,
P. dicei, P. dugesii, P. indubitus, P. lynxe (P. l. lynxe y P. l. belli), P. nietoi, P.
ochoteranae, P. parvauriculatus, P. parvulus y P. suminichrasti, así como una especie no
descrita del centro oeste de México (Plestiodon sp. Colima-Jalisco) (Feria-Ortiz y García-
Vázquez, 2012; Pavón-Vázquez et al., 2018).
En particular, los organismos de la especie P. lynxe son de talla pequeña con extremidades
cortas y ligeramente robustas, presentan una longitud hocico cloaca (LHC) media de 62 ±
5.5 mm, y una cola de 60.2 ± 8.8 mm, presentan cuatro escamas supraoculares en contacto
con la escama frontal, escamas dorsales de forma cicloides y lisas, con 22 a 26 hileras de
escamas alrededor del cuerpo, el número medio de escamas dorsales es de 57.3 ± 2 (54-61),
poseen 85 escamas subcaudales, y las escamas prefrontales pueden estar separadas o en
contacto. La cabeza es de forma alargada presenta colores que van de café a negro con una
línea oscura medio dorsal en la cabeza y el cuello, que generalmente se extiende justo
delante de la inserción de las extremidades anteriores o termina en el cuello. Presentan una
línea dorsal que recorre el cuerpo y en la región nucal se bifurca hasta llegar a la cabeza. En
las crías la cola es de color azul intenso, tornándose azul grisáceo en los adultos (Taylor,
1935; Ramírez-Pérez, 2008; Ramírez-Bautista et al., 2009) (Fig. X).
DISTRIBUCION
Debido a que se considero por mucho tiempo a p. belli como sinónimo de E. lynxe, la
localidad tipo que se le asigno fue la asignada para E. lynxe en El Chico, Hidalgo, México
(Smith y Talor, 1950) sin embargo tras la revisión de Smith y Etheridge (XXX) se sugiere
la localidad tipo a 15 millas este de Poza Rica, Veracruz
Justificación
Los marcadores genéticos, han sido, y aún son, las principales herramientas para el estudio
de la diversidad biológica (López de Hereida, 2016). Las tecnologías de secuenciación
masiva como la secuenciación de DNA asociada a sitios de restricción (RADseq) han
supuesto un cambio en el estudio de los seres vivos ya que permite secuenciar en paralelo
millones de fragmentos de DNA en múltiples individuos reduciendo costos y tiempo
(López de Hereida, 2016). Sin embargo, estos nuevos métodos sólo se han aplicado de
manera marginal en estudios filogenéticos, filogeográficos, genética de poblaciones y
límites de especie (López de Hereida, 2016). La delimitación de especies es esencial para
conocer la diversidad que habita en nuestro país y así poder diseñar estrategias eficientes de
conservación (Camargo y Sites, 2003). En la actualidad las herramientas y metodologías
como RADseq que permiten la obtención de un mayor número de caracteres moleculares y
una mayor eficiencia en la delimitación de especies, son de gran importancia en grupos
cuya similitud morfológica es muy alta, como ocurre con las subespecies de P. lynxe, cuya
semejanza ha derivado en numerosos cambios en su taxonomía a lo largo del tiempo
(Brandley et al., 2005). A pesar del gran avance tecnológico y el conocimiento de la
distribución disyunta de las poblaciones de P. lynxe no se ha realizado un estudio de límite
de especies por lo que el presente trabajo pretende poner a prueba la monofilia de P. lynxe
con respecto a P. l. lynxe, P. l. belli y P. l. furcirostris con técnicas de secuenciación
masiva, donde se aborden además aspectos biogeográficos.
Objetivo general
Objetivos particulares
Metodología
Figura X. Escutelación de la cabeza en vista dorsal en el género Plestiodon. Patrón presente
en P. nietoi. Ilustración modificada de Feria-Ortiz y García-Vázquez (2012).
Caracteres morfométricos
Se evaluarán X caracteres morfométricos utilizando un vernier digital con precisión de 0.01
mm (Fig. X):
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