Asignatura: Bioquímica BIOG1024

Paralelo Docente
Paralelo 1 Dra. Ana Tirapé Bajaña
atirape@espol.edu.ec

Paralelo 2 Dra. Nardy Diez García

ndiez@espol.edu.ec

Paralelo 3 Dr. Pablo Chong Aguirre

pachong@espol.edu.ec
Unidad 5: Metabolismo de compuestos nitrogenados
5.1 Ciclo del nitrógeno y fijación del nitrógeno

nitrógeno es
El nitrógeno esununcomponente
componentecentral
centraldede
todas las
todas lasmoléculas
moléculasvitales,
vitales,por
porloloque
que
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intercambio de
intercambio de este
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elementoentre
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atmósferayylalamateria
atmósfera materiaorgánica
orgánicaeses esencial
esencial
para la
para lavida
vidaen
enlalatierra…
tierra…
 5.1 Ciclo del nitrógeno y fijación del nitrógeno

El nitrógeno, en forma de gas nitrógeno (N2), representa aproximadamente el 80 por

ciento de nuestra atmósfera. Todos los organismos vivos requieren nitrógeno, porque es
un componente importante de sus moléculas esenciales. Sin embargo, la forma en que
se presenta el nitrógeno en la atmósfera no puede ser utilizado directamente por la
mayoría de los organismos, sino que primero debe transformarse. Esta transformaciónla
realizan un número de bacterias contribuyendo, así, al ciclo del nitrógeno
5.1 Ciclo del nitrógeno y fijación del nitrógeno

Amonificación
Nitrificación
Desnitrificación
Anammox
Fijación
Asimilación
 5.1 Ciclo del nitrógeno y fijación del nitrógeno

Amonificación
Es el proceso por el cual los compuestos nitrogenados encontrados
en el suelo, productos de la descomposición de materiales
orgánicos complejos tales como proteínas, aminoácidos, ácidos
nucleicos y nucleótidos son degradados a compuestos simples por
organismos que habitan el suelo, principalmente bacterias y
hongos. Estos microorganismos metabolizan estos compuestos y
liberan el exceso de nitrógeno en forma de amoníaco o ión
amonio.
5.1 Ciclo del nitrógeno y fijación del nitrógeno

Nitrificación
Oxidación del amonio a nitrito o nitrato.

La nitrificación es el proceso por el cual varias especies de

bacterias comunes en los suelos son capaces de oxidar el amoníaco
o el ión amonio. Es un proceso generador de energía, y la energía
liberada es utilizada por estas bacterias como fuente de energía
primaria. Un grupo de bacterias oxida el amoníaco o ión amonio a
nitrito y luego otro grupo lo oxida a nitrato.
 5.1 Ciclo del nitrógeno y fijación del nitrógeno

Reacción general de la nitrificación

5.1 Ciclo del nitrógeno y fijación del nitrógeno

No se conoce ningún quimiolitótrofo que lleve a cabo la

oxidación completa de amonio a nitrato; por ello, la
nitrificación en la naturaleza resulta de la acción secuencial de
dos grupos separados de organismos, las bacterias oxidantes
de amoníaco o nitrosificantes y las bacterias oxidantes de
nitritos, las verdaderas bacterias nitrificantes.

Nitrosomonas
5.1 Ciclo del nitrógeno y fijación del nitrógeno

Nitrosomonas
5.1 Ciclo del nitrógeno y fijación del nitrógeno

Nitrosomonas y Nitrobacter juegan un papel central

en el reciclado del nitrógeno

Nitrobacter
 5.1 Ciclo del nitrógeno y fijación del nitrógeno

Desnitrificación
Reducción del nitrato y el nitrito hasta nitrógeno
molecular.
5.1 Ciclo del nitrógeno y fijación del nitrógeno

Anammox
Oxidación anaerobia del amonio:
NH4 + NO2− N2 + 2 H2O
Realizada por bacterias del orden Planctomycetes.
Las bacterias convierten el nitrito y el amonio en nitrógeno
molecular (N2) y agua y extraen energía de la célula. En el
proceso se forma la molécula de hidracina en un paso
intermedio.
 5.1 Ciclo del nitrógeno y fijación del nitrógeno

Fijación
Reducción del nitrógeno molecular
a amonio.

Incorporación de nitrógeno:

• Fijación de nitrógeno es la reducción de N2 a

NH3:
• Las bacterias son responsables de la reducción
y la relación simbiótica que ocurre en las raíces
de las plantas.
• La reducción es catalizada por el complejo
enzimático de nitrogenasa.
 Actividad de aula

Crear un mapa conceptual que responda las siguientes

preguntas:
¿Por qué es importante el nitrógeno para todos los
organismos vivientes?
¿Cómo absorben nitrógeno la mayoría de las plantas?
¿Cómo obtienen los animales el nitrógeno que necesitan?
¿Qué es la nitrificación?
¿Qué es la desnitrificación?
 5.1 Ciclo del nitrógeno y fijación del nitrógeno

N2 se reduce
a amoniaco
por reducción
de 6 e-
5.2 Asimilación del amoníaco y ciclo de la urea

Asimilación

Incorporación del nitrógeno del amonio a moléculas orgánicas en

forma de grupos amino.
El amoniaco se asimila a una gran cantidad de metabolitos de bajo
peso molecular, con frecuencia a través de los aminoácidos
glutamato y glutamina. A pH 7, la principal forma iónica del
amoniaco es ion amonio, NH4+ pKa = 9.22. Sin embargo, el
amoniaco no protonado (NH3) es la especie reactiva en los centros
catalíticos de muchas enzimas.
 5.2 Asimilación del amoníaco y ciclo de la urea

La aminación reductora de a-cetoglutarato a glutarato, por glutamato

deshidrogenasa,es una ruta muy eficiente para incorporar amoniaco
a las rutas centrales del metabolismo de aminoácidos. Que el
cofactor sea NADH o NADPH depende de organismo
 5.2 Asimilación del amoníaco y ciclo de la urea

El papel principal de la glutamato deshidrogenasa en los mamíferos

es la degradación de aminoácidos y la producción de NH4+. Es
probable que los mamíferos asimilen muy poco nitrógeno como
amoniaco libre. Obtienen la mayor parte de su nitrógeno en los
aminoácidos y nucleótidos de su dieta.

En los mamíferos, la glutamina transporta el nitrógeno y el carbono

entre los tejidos, evitando grandes concentraciones de NH4+ tóxico en
el torrente sanguíneo.
5.2 Asimilación del amoníaco y ciclo de la urea

Los aminoácidos ingeridos por los vertebrados se hallan en su

mayor parte, en forma de proteínas. Puesto que los
aminoácidos solo pueden incorporarse en forma libre a las
rutas metabólicas, tanto las proteínas como los péptidos son
hidrolizados en primer lugar por los enzimas proteolíticas del
tracto intestinal. Estos enzimas son secretadas por el
estomago, páncreas y el intestino delgado.
5.2 Asimilación del amoníaco y ciclo de la urea

Digestión y absorción de proteínas

A diferencia de los hidratos de

carbono y lípidos una parte
significativa de la digestión de
proteínas tiene lugar en el
estómago.
5.2 Asimilación del amoníaco y ciclo de la urea

Transaminación

La segunda reacción asociada a la asimilación de

los aminoácidos es la transaminación, en esta
reacción se transfiere el grupo amino del
glutamato a muchos a-cetoácidos en reacciones
catalizadas por unas enzimas llamadas
transaminasas o aminotransferasas.
 5.2 Asimilación del amoníaco y ciclo de la urea

Transaminación

El grupo amino del glutamato es transferido a diversos a-

cetoácidos, generando los a-aminoácidos correspondiente
durante su síntesis. La mayor parte de los aminoácidos
comunes se pueden formar por transaminación. En el
catabolismo de aminoácidos se transfieren los grupos amino
desde varios aminoácidos a a-cetoglutarato o a oxalacetato, y
generan glutamato o aspartato.
Cofactor: fosfato de piridoxal (forma activada de la vit B6).
Actúa como transportador de grupos a-amino, de un
aminoácido al átomo de carbono a de un a-oxoácido.
 5.2 Asimilación del amoníaco y ciclo de la urea

Ciclo de la Urea
Las altas concentraciones de amoniaco son tóxicas
para las células. Distintos organismos han
evolucionado estrategias diferentes para eliminar el
amoniaco de desecho. La naturaleza del producto de
excreción depende de la disponibilidad de agua. En
muchos organismos acuáticos el amoniaco se difunde
directamente a través de las membranas celulares, y
se diluye en el agua circundante. Esta ruta es
ineficiente en los organismos multicelulares terrestres
grandes, y deben evitar la acumulación de amoniaco
dentro de las células internas.
5.2 Asimilación del amoníaco y ciclo de la urea

La mayoría de los vertebrados terrestres convierten el

amoniaco de desecho en urea, menos tóxico, sin carga y
muy soluble en agua, producido en el hígado y arrastrado
por la sangre hasta los riñones donde es excretado como
principal soluto en la orina. (La urea fue descrita por
primera vez alrededor de 1720, como la sal esencial de la
orina. El nombre “urea” se deriva de “orina”). Las aves y
muchos reptiles terrestres convierten el amoniaco
sobrante en ácido úrico, compuesto relativamente
insoluble que precipita de la solución acuosa y forma un
lodo semisólido. El ácido úrico también es un producto de
la degradación de nucleótidos de purina en las aves,
algunos reptiles y los primates.
5.2 Asimilación del amoníaco y ciclo de la urea

Ciclo de la Urea

Ocurre en los hepatocitos

entre el citosol y la
mitocondría
5.2 Asimilación del amoníaco y ciclo de la urea
Este es el paso más importante del ciclo de la Urea

El amoniaco producido por desaminación oxidante de glutamato

reacciona con bicarbonato para formar carbamoíl fosfato.
Esta reacción requiere dos moléculas de ATP, y es catalizada por
carbamoíl fosfato sintetasa. Esta enzima existe en todas las
especies, ya que el carbamoíl fosfato es un precursor esencial en la
biosíntesis de la pirimidina, y también se requiere en la síntesis de
arginina en especies que no tienen ciclo de la urea.

En los mamíferos hay dos versiones de esta enzima. La citosólica

(carbamoíl fosfato sintetasa II), usa glutamina y no amoniaco como
donador de nitrógeno y la carbamoíl fosfato I, es la que participa en
el ciclo de la urea. Es una de las enzimas más abundantes en las
mitocondrias hepáticas, formando hasta 20% de las proteínas en la
matriz mitocondrial. El átomo de nitrógeno en el carbamoíl fosfato
se incorpora en la urea por el ciclo de la urea.
 5.2 Asimilación del amoníaco y ciclo de la urea

El paso de precursores de la mitocondría al citosol y

visceversa es mediado por: el intercambiador
citrulina-ornitina y la glutamato-aspartato Citrulina
translocasa

1. En la primera reacción, el carbamoíl fosfato

reacciona en la mitocondria con ornitina, para
formar citrulina en una reacción catalizada por Orinitina
ornitina transcarbamoilasa. La citrulina es Arginino
transportada fuera de la mitocondria, a cambio de succinato
ornitina citosólica
 5.2 Asimilación del amoníaco y ciclo de la urea

2. El segundo átomo de nitrógeno destinado a la

urea viene del aspartato, y se incorpora cuando la
citrulina se condensa con aspartato para formar
arginino succinato en el citosol. Esta reacción Citrulina
dependiente de ATP es catalizada por arginino
succinato sintetasa. La mayor parte del aspartato en
las células se origina en las mitocondrias. El
aspartato mitocondrial entra al citosol a cambio de
glutamato citosólico.
Orinitina
Arginino
succinato
 5.2 Asimilación del amoníaco y ciclo de la urea

3. El arginino succinato se escinde (separa) en forma

no hidrolítica, y se convierte en arginina más
fumarato, en una reacción de eliminación catalizada
por argininosuccinato liasa. La arginina es el Citrulina
precursor inmediato de la urea. El segundo y tercer
paso del ciclo de la urea son ejemplos de una
estrategia de donación del grupo amino en el
aspartato, como parte de la biosíntesis de las
purinas. Los procesos clave son una condensación
dependiente de nucleósido trifosfato seguida por la Orinitina
eliminación de fumarato. Arginino
succinato
 5.2 Asimilación del amoníaco y ciclo de la urea

4. En la reacción final del ciclo de la urea, el grupo

guanidinio de la arginina se rompe hidrolíticamente
para formar ornitina y urea en una reacción
catalizada por arginasa. La arginasa tiene un par
de iones Mn~2+ en su sitio activo. Este grupo Citrulina
binuclear de manganeso se enlaza a una molécula
de agua, que forma un ion hidróxido nucleofílico
que ataca al átomo de carbono del guanidinio en la
arginina. La ornitina generada por acción de la
arginasa es transportada al interior de la
mitocondria, donde reacciona con carbamoíl fosfato Orinitina
Arginino
para sostener el funcionamiento continuo del ciclo succinato
de la urea
 5.2 Asimilación del amoníaco y ciclo de la urea

En resumen:

Los dos átomos de nitrógeno de la urea se Citrulina

derivan del amoniaco y del aspartato. El átomo
de carbono de la urea viene del bicarbonato.
Se consumen cuatro equivalentes de ATP por
molécula de urea sintetizada. Se convierten
tres moléculas de ATP en dos de ADP y una de
AMP durante la formación de una molécula de Orinitina
urea. Arginino
succinato
 5.2 Asimilación del amoníaco y ciclo de la urea

Dato importante referente al pH de la sangre

La sangre tiene un sistema regulador efectivo para los

protones: reaccionan con bicarbonato para producir CO2,
que se elimina en los pulmones, y H2O. Si bien este
sistema neutraliza en forma eficaz al exceso de iones
hidrógeno, lo hace al costo de agotar el bicarbonato de la
sangre. El bicarbonato se reabastece por el catabolismo
de glutamina en los riñones.