[TÍTULO DEL

DOCUMENTO]
Ramos Sánchez Luz Eloisa

9 DE NOVIEMBRE DE 2022
UNIVERSIDAD SIMON BOLIVAR
BARRANQUILLA, ATLANTICO
Modelado de homología de la estructura de proteínas de manera automatizada de
manera accesible y automática
La enzima Argininosuccinate lyase es una enzima con un ID de código 1TJ7 y un
E.C 4.3.2.1 la cual mediante un Blast arrojo que tiene un 76% de cobertura y una
identidad de 34.64% . esta enzima pertenece a la clasificación de lyase con un
organismo modelo de E.coli la cual es capaz de producir enzimas que actúan
sobre el caucho produciendo su desulfuración esta a su vez carece de ornitina
acetiltransferasa y por lo tanto firma N-acetilglutamato sintasa, invirtiendo 1 mol de
acetil CoA por un mol de N-acetil intermedio sintetizado
SWISS-MODEL

En esta imagen observamos diferentes colores los cuales se desglosan en :

**cadenas de la secuencia **estructura secundaria **parte azul hidrofilia, parte roja lipofilica

**parte
polar **cisteína **prolina
**parte roja carga positiva parte azul carga negativa **anillos aromáticos

Esta imagen nos indica que a pesar que el modelo de proteína realizado por
SWISS-MODEL es el 72% idéntico (las líneas azules que van hacia arriba)
también tenemos el 28% de incompatibilidad y mientras más grande o chica e la
línea más compatible o incompatible es, ya que tima trazo por trazo de la
secuencia al momento de compararla.
El mapa de Ramachandran Plots es:
Este mapa nos muestra los impedimentos
estéricos en la proteína por lo que en nuestra
enzima podemos rescatar que a pesar que no
temémonos muchas zonas con hojas beta
paralelas y antiparalelas si tenemos
interacciones considerables con otras moléculas
lo cual nos indica que tenemos impedimento
estérico considerable pero no obstructivo. En
base a esto podemos calcular el fi y si para los
residuos de aminoácidos a excepción de Gly teniendo conformaciones
secundarias.

I-TASER
Lo mismo pero mejorado y especializado
Este programa es muy parecido a SWISS
MODEL con la diferencia que, este programa
es mucho más especializado y contiene
muchísimo más precisión por lo que se
observa que nos arroja una secuencia mucho
más sencilla y con prácticamente el mismo %
de identidad 68% siendo que, pues no es la
misma si no un modelo de la cual, pero
asemeja en su mayoría a lo que estamos
buscando.

El mapa de Ramachandran Plots es:

A pesar que el mapa se observa sumamente
parecido al de SWISS model este a su
diferencia muestra muchísimos más
aminoácidos de desecho que el anterior y un
impedimento estérico más fuerte y más
notorio.