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LAB SALIDA DE CAMPO: ÍNDICES DE DIVERSIDAD

(PUNTOS LAB:30)

DIVERSIDAD BIÓ LOGICA

Comprender como cambia la biodiversidad entre lugares y a lo largo del tiempo es clave para entender la riqueza
entre localidades y los cambios en un ecosistema a largo plazo, respectivamente. Existen varias formas de medir,
explorar analizar y presentar este tipo de datos. El objetivo de este laboratorio es que el estudiante se familiarice
con las herramientas gráficas y de análisis básicas para comparar cambios en la diversidad entre lugares y años.
Para desarrollar este laboratorio es necesario haber instalado R (https://www.r-project.org) y Rstudio
(https://rstudio.com) en sus computadores personales con el paquete BiodiversityR instalado.

Objetivo: El principal objetivo de este laboratorio es cuantificar los cambios en la diversidad de aves en
un paisaje heterogéneo.

Objetivos específicos
1) Comparar los cambios de la diversidad de aves utilizando dos métodos, puntos de conteo y redes
2) Comparar la eficacia de cada método para estimar los cambios en la diversidad

Para desarrollar este objetivo los estudiantes colectaran datos de la comunidad de aves en zonas con
diferentes grados de disturbio y vegetació n. En todas las zonas se pondrá n redes y se realizará n puntos
de conteo. Las redes se abrirá n y las aves se contará n en los puntos entre las 5:30 y 10:00 durante dos
mañ anas.

Puntos de conteo: En cada punto de conteo durante diez minutos los estudiantes contará n el nú mero
total de aves observadas y escuchadas, tratando de identificar hasta especie la mayor cantidad de aves
posible. Los datos que colectará n los estudiantes estará n registrados en la siguiente tabla.

Hábitat: Abierto, Secundario, Bosque y Plantació n

Especie Hábitat Hora Tipo de Número de Notas
detección individuos
(Visual o
auditiva)

1
Cómo analizar estos datos en R:
#Ir a la carpeta donde esta su archivo
Setup working directory
##Instalar paquetes
Instal BiodiversityR
library(BiodiversityR)# Cargar el paquete

# Importar los datos

e1<-read.delim("e1.txt", header = TRUE, sep = "\t", dec = ".")
e2<-read.delim("e2.txt", header = TRUE, sep = "\t", dec = ".")

# Aplicar los Indices a los datos

diversity(e2, index = "shannon")
diversity(e2, index = "simpson")
specaccum(e2)
rowSums(e2)

rangoe2<-rankabundance(e2)
rangoe2

specpool(e2, smallsample = TRUE)

#Intentar realizar este aná lisis por puntos de muestreo o para tener variació n.

e3<-read.delim("e3.txt", header = TRUE, sep = "\t", dec = ".")

### Datos para realizar grá fica COPIAR DATOS EN EXCEL
estimadores<-poolaccum(e3, permutations = 100, minsize = 1)

Estimadores

plot(abundance ~ rank, data=rangoe2)

with(rangoe2, text(abundance ~ rank,labels = row.names(rangoe2), pos = 3))
2
Cómo se estiman los índices en Excel:
Shannon
https://www.youtube.com/watch?v=w9TvlB4hf7k

Simpson
https://www.youtube.com/watch?v=ys0nQk2_Z6s

Chao 2
http://www2.biology.ualberta.ca/jbrzusto/rarefact.php

Jacknife 2
https://www.real-statistics.com/regression/deming-regression/jackknifing/

Bootstrap
https://www.youtube.com/watch?v=flGyCXJ0Snc

3
RESULTADOS
1. Índices de diversidad: En la siguiente tabla, resuma los resultados de los índices que estimó con R (o
Excel): (5 puntos)
Método Bosque Plantación Abierto Secundari Índice Índice de Índice Índice Bootstra
o de Simpson de Jacknife p
Shanno Chao 2 2
n
Redes
Puntos
Redes +
Puntos

2. Una ves obtenga sus resultados, diseñe una gráfica que muestre cómo cambia la diversidad entre los
lugares. Dibuje o inserte la gráfica a continuación. (10 puntos)

3. Explique cómo el hábitat afecta la diversidad ¿Por qué? (5 puntos)

4. ¿Por qué unas especies son más comunes que otras en los diferentes hábitats? (5 puntos)

5. ¿En cuál de los dos métodos utilizados observó una mayor diferencia en abundancia entre as especies y por
qué? (5 puntos)