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MACROPROCESO RECURSOS E INFRAESTRUCTURA Y LABORATORIOS

Nombre del Proceso:


CODIGO: LA-FM-007
GESTIÓN DE LABORATORIOS
Nombre del Documento: VERSION: 6

FORMATO PRACTICAS DE LABORATORIOS FECHA: 16/noviembre/2021

INFORME LABORATORIO DE coloque el nombre de la asignatura No _ número de la guía


Grupo 1. Hernández Luisa Fernanda 4. Nota
Integrantes

2. Izquierdo Charry Maria Jose 5.


C1
3. 6.
Resultados obtenidos

Para empezar, se va a realizar el análisis correspondiente de cada una de las sesiones llevadas a cabo
en este laboratorio, con sus respectivos resultados obtenidos y las herramientas que se tuvieron en
cuenta en cada caso.

Session 1: Load a medical image and apply the following process

Se debe de tener en cuenta que el software de Python lo estamos enlazando con la herramienta de
Google Drive en donde se van a cargar los respectivos documentos ejecutándolo con el código que
se esté trabajando.

En la primera parte se evidencia el código de la comunicación con el Drive, se tiene en cuenta que la
extensión varia en cada estudiante, ya que las carpetas para ingresar son de manera distinta.

Posteriormente se deben de importar las librerías que sean necesarias, se hace la instalación correcta
de la librería ‘pydicom’ que es la encargada de hacer la correcta lectura de las imágenes que se están
importando en formato Dicom, de igual forma nos facilita la lectura de datos en archivo Numpy y
por último instalamos ‘Matplotlib’ la cual es la encargada de generar las graficas que mas adelante
se van a almacenar en arrays.
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Después de tener cargado el archivo de la imagen que se va a analizar en el drive en .dcm o según
especifique la base de datos, se procede a realizar el código de esta, se utiliza el comando
‘dcm.dcmread’ para hacer la lectura correspondiente.

En esta segunda parte como se evidencia se tiene la imagen original, se tomó un color morado que
se maneja con ‘Purples_r’ con la finalidad de que la imagen se notara más, de igual forma se tienen
los ejes apagados y esta se va a guardar en el drive como ‘ImagenTareaUno.png’ con la función de
‘plt.savefig’.

Por último, se va a procesar la imagen teniendo en cuenta el valor máximo que puede tomar, para
hacer la corrección de esta se utiliza la función gamma, se debe de conocer que los valores que se le
asignen en este caso se tomaron 0.1 / 0.3 / 0.5 / 1 / 1.4 / 2 de la misma forma se tendrá un cambio
significativo en la intensidad de esta, si es mayor a 1 la imagen se va a hacer muy oscura y si es
menor más clara.

Se evidencia, que se manejó el mismo color, se tienen apagados los ejes y se añadió el título con la
función ax[#,#].set_title(“Texto”) en cada caso, se hicieron 6 gammas y cada resultado se ubicó en
un subplot 3x2, finalmente, se usa la función para imprimir la imagen de fig.tight_layout() con el
propósito de que los títulos no queden muy pegados a las demás imágenes.
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Session 2 : Load a medical image and apply the following process without using functions

El proceso que se realiza en el comienzo es el mismo que se maneja en la primera sesión, en este
caso se van a trabajar diferentes funciones para ver como se comporta la imagen, el siguiente código
nos muestra las funciones que tenemos, de la normalizada, el histograma y el acumulado, en base a
esta información desarrollamos un código mediante un for para tener la ecualizada, la imagen se
maneja con un gamma para que su resolución sea mucho mas nítida.
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La primera imagen que se va a trabajar es la original en donde se puede observar el procesamiento


que se manejó, se calculó su histograma y el acumulado, se puede ver que el histograma tiene un
solo pico debido a que la imagen no maneja muchas escalas de grises tiende a ser mucho más negra,
para esto se realizó la definición de una función como se muestra anteriormente con el fin que se
recorriera cada tramo de la imagen para poder realizar su respectiva grafica.
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En la imagen en negativo con respecto a la imagen original se puede identificar que se aclara y las
partes que se tenían oscuras sin poca definición son más visibles y mejor detallada. Respecto a la
gráfica de su histograma se puede ver que en el histograma original se tiene una amplitud mayor de
10000 para el valor 0, sin embargo, en la negativa sucede lo contrario esta amplitud corresponde
para 250.
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En este caso la imagen ecualizada no da una mejora significativa ya que no tiene mucha nitidez, en
este caso se dio todo lo contrario ya que se ve un pixelado y los detalles no son muy visibles, en su
histograma se puede ver como los picos de los cambios de los grises es más frecuente.
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En la imagen gamma se puede observar que a pesar de que tiene un poco más de brillo que la
imagen original, se logra aclarar un poco logrando que se dé defina un poco mejor y no se manejen
tantos negros como la original, pero, tampoco se pierda la calidad como en la ecualizada. Por lo
tanto, es mejor utilizar para esta imagen el método de gamma para mejorar la imagen. En este caso
se utilizó un gamma de 0.6.
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Cuando se realiza la transformación logarítmica a la imagen, esta logra un poco de definición pero,
la imagen se aclara mucho y pierde los efectos de las escalas de los grises, aclarando cada uno de los
diferentes grises; dando un efecto más blanco.
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Session 3: Load a medical image and apply the following process without using functions

Para esta sesión se trabajó con dos imágenes con el fin de realizar reducción y amplificación
teniendo en cuenta los siguientes factores 𝐾 = 2,3,4 se debe tener en cuenta que poder hacer este
tipo de procesos en una imagen digital es de gran importancia en el sector salud, ya que con esto se
puede llegar a observar con mayor interés algún detalle de una imagen diagnostica con el fi n de dar
un mejor diagnostico al paciente.

A continuación, se podrá evidenciar no solo el código utilizado para el proceso si no a el cambio que
tienen las imágenes al realizar este tipo de reducción y amplificación
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En el primer caso donde se tiene que reducir, se evidencia y se observa a simple vista como a
medida que se reduce esta misma va perdiendo la calidez y se vuelve borrosa, también para
comprobar que la reducción se está haciendo de manera correcta se analizan cada uno de los ejes y
nos damos cuenta que respecto a la original tiene un tamaño aproximado en el eje Y de 0 a 300 y en
el eje X de 0 a 500, a medida que se reduce estos valores van cambiando, llegando en el eje Y a 70
y en el eje X a 120, de igual forma la calidad con la que se ve la imagen en un comienzo
reduciéndola en su tercera y cuarta parte ya no es muy notaria por la reducción que se le está
haciendo, en este caso se utilizaron valores de 0.5-0.33 y 0.25.
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Imagen Reducción
Imagen Original Imagen reducida 0.5 veces

Imagen reducida 0.33 veces Imagen reducida 0.25 veces

Teniendo en cuenta los cambios que se evidenciaron, se procede a ejecutar la imagen haciéndole una
expansión en la misma, se observa como los ejes ‘X’ y ‘Y’ van aumentando de forma significativa,
empezando en un rango en el eje Y de 300 y en el eje X de 500, finalizando se encuentran en 1200 y
2000. Para este caso se utilizaron valores de 2-3 y 4 por lo tanto, la nitidez de la imagen no se ve
afectada en ningún momento.
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Imagen Expansión
Imagen Original Imagen expandida 2 veces

Imagen expandida 3 veces Imagen expandida 4 veces

Por último, en esta tercera parte se tiene variación de ángulos respecto a su origen, como se observa
se están manejando 4 ángulos diferentes que son 2π-π/2-π/8 y π/4.
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Imagen Transformaciones en su Angulo


Imagen Angulo de 2π Imagen Angulo de π/2

Imagen Angulo de π/8 Imagen Angulo de π/4


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Análisis e interpretación de resultados


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Tipo de ideograma: Infografía


Desarrollo:
En este laboratorio se llevó a cabo todo un análisis detallado con diferentes imágenes en donde,
nos basamos en tener en cuenta cada uno de los parámetros necesarios para lograr que todos los
procesos se desarrollaran de manera exitosa, tuvimos en cuenta cada una de las transformadas
necesarias con cada una de sus funciones dentro del código, en los resultados se puede evidenciar
el cambio significativo en cada caso y cómo se comporta cada uno. Todas las imágenes tienen un
comportamiento diferente y es necesario conocer a detalle cómo se interpretan los resultados y cual
es el mas adaptable, de igual forma se conoció como se hace la comunicación con Drive con el
software de Python y cada una de las líneas de código que función cumplían.
Finalmente, se debe de saber que existen muchas funciones las cuales nos hacen que las
instrucciones del código sean mucho más eficaces y en un menor tiempo se de un mejor desarrollo
a cada una de las necesidades que se estén trabajando.

Conclusiones
• Existen diferentes modos con los cuales Podemos procesar una imagen entre ellos Podemos
encontrar los siguientes:

✓ Transformacion logarítmica: La transformación se utiliza debido a que su curva tiene


grandes pendientes generando que los contrastes de las áreas mas oscuras mejoren
después de la transformación. generalmente la transformación que se utiliza es la
siguiente:
𝐷𝐵 = 𝑐𝑙𝑜𝑔(1 + 𝐷𝐴 )
Donde: 𝐷𝐵:𝑉𝑎𝑙𝑜𝑟 𝑔𝑟𝑖𝑠 𝑜𝑏𝑗𝑒𝑡𝑖𝑣𝑜 𝑑𝑒𝑠𝑝𝑢𝑒𝑠 𝑑𝑒 𝑙𝑎 𝑡𝑟𝑎𝑛𝑠𝑓𝑜𝑟𝑚𝑎𝑐𝑖𝑜𝑛 𝐷𝐴:𝑉𝑎𝑙𝑜𝑟 𝑔𝑟𝑖𝑠 𝑑𝑒
𝑙𝑎 𝑖𝑚𝑎𝑔𝑒𝑛 𝑜𝑟𝑖𝑔𝑖𝑛𝑎𝑙
✓ Transformación de gamma: tiene un efecto significativo en la mejora de la imagen
cuando el contraste de la imagen es bajo y el valor de brillo general es alto. Cuando se
utilizan valores gamma menores a 1 la imagen se va a aclarar y cuando se utilizan
gammas mayores a uno la imagen se va a tender a oscurecer
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Al momento de llegar analizar una imagen en la salud es de vital importancia tener diferentes cortes
de las áreas que se van a estudiar pues esto ayuda al personal de salud a llegar un diagnóstico a
través de las imágenes que se estudian, al poder realizar un procesamiento de una imagen médica y
poder realizar diferentes cortes especiales de la misma permite tener una mejor vista de cada parte
que se desea estudiar
Para utilizar la interpolación en la transformación de imágenes se encontraron dos métodos

TRANSFORMACION LINEAL TRANSFORMACION NO LINEAL


Si (𝑖, 𝑗) es un pixel de la imagen y 𝐼(𝑖, 𝑗) su En el caso de las transformaciones lineales se
intensidad, una transformación rígida es una tendrá misma matriz
transformación lineal de las coordenadas de los 𝑝 𝑖
(𝑞 ) = 𝐴 ( )
pixeles, es decir: 𝑗
𝑝 𝑖 Sin embargo, la matriz A no es la misma para
(𝑞 ) = 𝐴 ( )
𝑗 los pixeles de la imagen, sino que depende del
A través de estas transformaciones se pueden pixel sobre el que va hacer el proceso
hacer rotaciones, escalados o cizallado.
Leer un artículo especializado y desarrollar los siguientes ítems.
1. Search the following article in the specialized databases and complete the information about
it

TITLE IMAGE ENHANCEMENT USING


MODIFIED HISTOGRAM AND LOG-
EXP TRANSFORMATION
Journal or conference Journal
Publisher MDPI
Keywords contrast enhancement; modified histogram; gamma
correction; log-exp transformation; nonlinear
normalization
Year 2019
Authors Liyun Zhuang, Yepeng Guan
Database Symmetry
Citation (APA) Zhuang, L., & Guan, Y. (2019). Image
enhancement using modified histogram and log-exp
transformation. symmetry, 11(8), 1062.

2. Construct a brief conceptual map of the article


3. Write in your own words, what is the main contribution of the article?

En este caso el articulo que desarrollaron estos autores es de importancia para actualidad ya
que a las respectivas investigaciones que se llevaron a cabo se pueden llegar a tener un mejor
procesamiento de imágenes, no solo en cuestión de arte si no por el contrario en nuestra área
de interés que es la medicina con el fin de aportar mayor nitidez y resolución en las imágenes
que se procesan ayudando al análisis de las mismas para un diagnostico eficaz. Gracias a la
implementación de la función de histograma se puede llegar a suavizar más su curva evitando
así la perdida de información de la imagen, además de esto se puede llegar a suavizar el
contraste del brillo aplicando un correcto valor de gamma de la imagen

4. Write in your own words the aspects that could be improved by the author of the article

A pesar de que es un articulo que nos brinda bastante información de como sucede cada uno
de los métodos utilizados para el procesamiento de imagen y se da explicación de lo que se
logra con cada uno, pensamos que seria de gran importancia y relevancia poder hacer una
comparación del procesamiento de las imágenes con los dos métodos empleados, histograma
modificado y transformación log-exp, con otros métodos que se pueden llegar a utilizar; con
el fin de poder concluir que estos dos métodos trabajados en el articulo son verdaderamente
los mas eficaces y con los que menos información se pierde en la imagen

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