El 16 de julio de 1838 Duarte fundó una sociedad secreta a la cual llamó La Trinitaria, que

ayudó a socavar la ocupación haitiana. Los trinitarios hacían su trabajo político a partir de una
estructura celular clandestina que funcionaba similar a una logia masónica. Los iniciados
hacían el juramento de luchar por la independencia de la República Dominicana bajo el lema
"Dios, Patria y Libertad".

En 1840 para sus actividades públicas constituyeron otra sociedad llamada La Filantrópica que
llevaba por lema "Paz unión y amistad", y tenía una presencia más pública, tratando de
difundir las ideas veladas de liberación a través de escenarios teatrales.

En 1842, Duarte se convirtió en oficial de alto rango de la Guardia Nacional Haitiana. En ese
entonces el régimen impuesto por Boyer había pasado de ser un gobierno liberal y progresista
para convertirse en uno absolutista en medio de graves problemas económicos y fuerte
resistencia interna en la parte occidental de la isla. Los trinitarios, se unieron al movimiento
revolucionario reformista haitiano denominado La Reforma que terminó por derrocar a la
dictadura de Boyer en febrero de 1843, colocando a Charles Hérard en la presidencia de Haití.

Duarte encabezó dicho movimiento en la Ciudad de Santo Domingo convirtiéndose en el líder

político principal en ese momento. No obstante, las actividades separatistas de los trinitarios
fueron delatadas y el nuevo presidente Charles Hérard encabezó la ocupación militar de los
departamentos del Cibao y Ozama con el objetivo de desarticular el movimiento separatista.

Primer exilio y declaración de independencia

En 1843, en pleno preparativo para organizar el movimiento de separación, Duarte tiene que
abandonar Haití de manera clandestina hacia Curazao por su conducta insurgente, donde le
sorprende la noticia de la muerte de su padre el 25 de noviembre de ese año. Entonces, Duarte
le indica a su madre vender el negocio familiar para financiar la revolución separatista, a lo que
su madre se opone en un principio.

En su ausencia, Francisco del Rosario Sánchez tuvo que tomar las riendas del movimiento
separatista y realizar una alianza con el sector conservador encabezado por Tomás Bobadilla,
Briones y Buenaventura Báez, surgiendo el Manifiesto del 16 de enero de 1844. Todo esto,
junto con la ayuda de muchos que querían librarse de los haitianos que gobernaban sobre los
dominicanos condujo a la proclamación de la independencia el 27 de febrero de 1844.

Regreso: primera constitución dominicana

Juan Pablo Duarte regresó a Santo Domingo el 15 de marzo de 1844, días después de
declarada la separación del país, cargado con las armas que había comprado en Curazao con el
dinero de su propia familia y siendo recibido apoteósicamente como Padre de la Patria. De
inmediato, fue designado general del ejército y vocal de la Junta Central que gobernaba la
naciente república. Esta junta tuvo también como finalidad la designación del primer
gobernante de la nación. Aunque Duarte fue apoyado por muchos como candidato a la
presidencia y Mella incluso lo declaró presidente, Duarte declinó argumentando que solo
aceptaría el cargo por la elección mayoritaria de los dominicanos, lo que determinó para que
más tarde Tomás Bobadilla asumiera el cargo.
Diferencias con Santana: segundo exilio.

El 26 de mayo de 1844, Tomás Bobadilla, jurista, primer gobernador de la nueva Junta y un

poderoso representante de los intereses de la mayoría burguesa que apoyaba la separación,
propuso convertir la recién creada república en un protectorado de Francia. El sector
afrancesado liderado por Bobadilla se había adueñado del poder y tenía mayoría en la recién
creada Junta Central Gubernativa. El 9 de junio, Duarte encabezó junto a Francisco del Rosario
Sánchez un golpe de estado que destituyó a Bobadilla y sustituyó los miembros afrancesados
de la Junta Central por otros liberales. Esta nueva Junta, ahora encabezada por Francisco del
Rosario Sánchez, envió a Duarte y a Ramón Matías Mella a la región norte a conseguir apoyo.
En julio, el ejército del norte proclamó a Duarte como presidente. A pesar de que Duarte no
aceptó, Pedro Santana protestó y, apoyándose en el ejército del sur, entró a Santo Domingo y
disolvió la Junta que presidía Francisco del Rosario Sánchez, creando otra. En agosto, Pedro
Santana dispuso el apresamiento de Duarte, quien se rehusaba reincorporarse España. Sin
embargo, se dejó apresar para evitar una guerra civil que pudiera ser aprovechada por los
haitianos y el 10 de septiembre, Pedro Santana declaró a Juan Pablo Duarte, Francisco del
Rosario Sánchez, Ramón Matías Mella y otros liberales separatistas como "traidores a la
Patria" enviándolos al exilio en Hamburgo. Tras una breve estancia en Hamburgo, el 30 de
noviembre Duarte se trasladó a La Guaira, Venezuela donde su familia completa, ahora sumida
en la miseria, también había sido desterrada por Santana.

En febrero de 1845, estando en Caracas, recibió la noticia del fusilamiento de María Trinidad
Sánchez. Asumiéndose culpable de esta muerte, y rechazando la idea de alentar una guerra
civil, Duarte desapareció de la vida pública, internándose en la selva venezolana. Después de
escribir su libro La cartera del Proscripto se radicó en la ciudad de Angostura, perdiendo todo
contacto con amigos y familiares por más de quince años.

En 1861, debido una vez más a las invasiones haitianas, el desorden interno, y problemas de
gobiernos pasados, Santana reincorporó a la nueva nación a España para volverse de nuevo la
Provincia Española de Santo Domingo (etapa conocida como la Anexión a España). Por esta
acción, fue galardonado con el título de Marqués de Las Carreras por la reina Isabel II. Al año
siguiente en 1862, Duarte reapareció en Caracas para organizar junto a su hermano Vicente
Celestino una pequeña expedición.

El 24 de marzo de 1864, Duarte regresó a la Provincia de Santo Domingo para ponerse a las
órdenes del gobierno en armas de Santiago de los Caballeros. Este gobierno decidió nombrarlo
su representante en el exterior con la misión de obtener apoyo de Venezuela y los demás
países en la lucha militar contra la guerra civil.

Último exilio, muerte, legado y honores

El 7 de junio de 1864, Duarte fue enviado como cónsul al exterior con el objetivo de recolectar
fondos para la causa separatista. Esta misión terminó por convertirse en otra especie de exilio,
aunque no se puede afirmar que esa fuera la intención del gobierno de Santiago de los
Caballeros. A Duarte le fue ofrecida una pensión honorífica que fue incumplida y se quedó a
vivir en Venezuela, donde fue bien recibido junto a su familia, subsistiendo de ingresos
provenientes de una fábrica de velas. Duarte se quedó a vivir con su familia en la ciudad de
Caracas hasta su fallecimiento el 15 de julio de 1876.

A pesar de que el presidente Ignacio María González le pidió que regresara, Duarte se sintió a
gusto en Venezuela. Sus restos fueron trasladados a suelo dominicano en 1884 por el gobierno
de Ulises Heureaux, quien lo declaró Padre de la Patria junto a Francisco del Rosario Sánchez y
Matías Ramón Mella. En 1944, los restos de los tres héroes nacionales fueron sepultados en el
Altar de la Patria, donde se encuentran hoy en día.

Duarte sentó las bases para el advenimiento de una República que como estado democrático
garantizara la igualdad de oportunidades y la libertad de sus ciudadanos.

Se le atribuye, además, ser un precursor del teatro dominicano, mediante la promoción de

eventos teatrales a través de sociedades como "La Filantrópica" y "La Dramática", con obras
alusivas al ideal de libertad de los dominicanos.