Documentos de Académico
Documentos de Profesional
Documentos de Cultura
Whonet Ram Inspi
Whonet Ram Inspi
VIGILANCIA DE RESISTENCIA
ANTIMICROBIANA
2015
INSTITUTO NACIONAL DE INVESTIGACIÓN EN SALUD PÚBLICA
(INSPI)
Director INSPI
Santiago Apunte
Noviembre, 2015
Contenido
VIGILANCIA DE RESISTENCIA ANTIMICROBIANA........................................................................... 1
MANUAL DE USUARIO DEL SOFTWARE WHONET 5.6................................................................... 1
1. Introducción a Whonet. .................................................................................................... 5
Los objetivos del software: ................................................................................................... 5
Características del software: ................................................................................................. 5
Componentes del software: .................................................................................................. 5
2. Instalación del WHONET ................................................................................................... 6
Compatibilidad sistemas operativos: .................................................................................... 6
Instaladores: .......................................................................................................................... 6
Paso de Instalación ................................................................................................................ 6
3. Inicio del programa ........................................................................................................... 6
Ingreso al programa .............................................................................................................. 6
Pantalla de inicio Whonet. .................................................................................................... 6
Cambio de idioma ................................................................................................................. 6
Pantalla principal de Whonet ................................................................................................ 7
4. Configuración Whonet en el laboratorio local. ................................................................. 8
Archivo LABECU.CNI. ............................................................................................................. 8
Grabar archivo LABECU.CNI en carpeta Whonet 5 ............................................................... 8
Verificación Configuración Nacional INSPI (CNI) ................................................................... 9
Configuración del laboratorio: .............................................................................................. 9
Configuración de antibióticos: ............................................................................................ 10
Configuración de localizaciones de pacientes ..................................................................... 13
Configuración campo de datos: .......................................................................................... 15
5. Ingreso y edición de datos .............................................................................................. 18
Creación de un nuevo archivo de datos: ............................................................................. 18
Introducción al BacLink ....................................................................................................... 20
Whonet y Equipos Automatizado ....................................................................................... 20
Parte 1. Descarga, instalación y configuración Whonet Baclink ......................................... 20
Parte2. Exportación de datos de equipos automatizados ................................................... 21
2.1 VITEK 2 Compact ........................................................................................................... 21
2.2 Microscan ....................................................................................................................... 24
Parte 3. Convertir el archivo del equipo automatizado con BACLINK ................................. 27
3.1 Configuración BacLink al equipo automatizado. ........................................................... 27
6. Análisis de datos .............................................................................................................. 30
Introducción ........................................................................................................................ 30
Listado de Aislamientos y Resumen .................................................................................... 31
Mediciones porcentaje de Resistencia, Intermedio y Sensible (% RIS)............................... 35
Comenzar el análisis y la interpretación de los resultados ................................................. 36
Transferencia de resultados WHONET a Excel y otros programas ..................................... 38
Análisis adjuntando más variables ...................................................................................... 40
Opciones adicionales ........................................................................................................... 43
Diagramas de dispersión ..................................................................................................... 44
Perfiles de resistencia a los antimicrobianos ...................................................................... 45
Bac Track - Alertas para los aislamientos ............................................................................ 47
1. Introducción a Whonet.
Whonet en su versión 5.6 es una aplicación informática que permite la gestión de la información
de microbiología producida por los laboratorios de la red, mediante la estructuración de una
base de datos y análisis de los mismos a través de funciones establecidas en el software.
Este componente permite parametrizar los campos de datos que se incluirán en los registros,
para el efecto se requiere contar con información de los servicios del hospital, antibióticos
seleccionados, entre otros. Esta configuración ha sido estandarizada por el laboratorio de
referencia nacional (INSPI) para toda la red.
2. Entrada de datos:
Permite el ingreso manual de los datos generados por el laboratorio de forma rutinaria de las
pruebas de sensibilidad y resistencia a los antibióticos. Puede además ingresar información
directamente de los equipos automatizados (tipo Microscan, VITEK y Phoenix).
3. Análisis de datos
Instaladores:
El Whonet es un software libre cuyos instaladores pueden ser descargados directamente
(recomendable) de la página WEB (www.whonet.org). WHONET actualiza las bases de datos de
puntos de corte de los antibióticos según las diferentes normas acreditadas (CLSI, EUCAST, etc)
por lo que se recomienda la actualización anual a través del sitio web indicado.
Paso de Instalación
Descargue los instaladores de la página web
No hace falta cerrar los programas que estén abiertos en su PC.
Haga doble clic en el archivo “ Whonet 5.6 setup 32 bit”
Siga las instrucciones de instalación
Una vez instalado en el escritorio de su PC aparecerá dos iconos el de acceso
directo al programa y el Baclink 2. (ver figura N 1) El programa quedará instalado
en la carpeta C:\Whonet 5
Cambio de idioma
Siga los siguientes pasos:
En la parte superior de pantalla principal de Whonet, aparecen cuatro opciones (figura N° 4):
Archivo: Se despliega las opciones similares a la pantalla de inicio de Whonet
Entrada de datos: Permite crear un archivo de datos nuevo o modificar un existente.
Hay opciones para combinar archivos y transformar archivos de versiones anteriores
de Whonet. Oculta información del paciente y modifica estructura de un archivo de
datos.
Análisis de datos: Opción para analizar datos
Ayuda: Le proporciona información sobre el manejo de programas.
Archivo LABECU.CNI.
Configuración de antibióticos:
En la opción de ANTIBIÓTICOS se encuentran ingresados los paneles recomendados por
consenso RelaVra 2013 y consenso Ecuador 2015 de acuerdo al tipo de microorganismo. Esta
configuración viene programada por el archivo LABECU.CNI.
Configuración opcional de antibióticos:
Si a la lista de antibióticos establecidos por el INSPI se requiere incorporar otros (no se debe
eliminar antibióticos), cada laboratorio puede ampliar la lista y configurar antibióticos
adicionales, dependiendo de la necesidad clínica y equipo automatizado que se esté utilizando
si corresponde al caso (Figura 8).
Una vez que el antibiótico se ha seleccionado, éste aparecerá en el lado derecho de pantalla. Si
está de acuerdo con la selección de clic en ACEPTAR.
Si se desea realizar alguna modificación, cómo por ejemplo sacar alguno de los antibióticos de
esta lista, utilice la flecha con sentido hacia la izquierda. Finalizado este paso haga un clic en
ACEPTAR. Es IMPORTANTE indicar que cualquier ingreso o modificación de la Lista local de
antibióticos, será grabada una vez que de clic en la opción GUARDAR en la pantalla
Configuración de laboratorio.
Puntos de corte
Whonet automáticamente carga los puntos de corte de las guías que usted haya especificado.
Sin embargo, si usted va a ingresar resultados de pruebas cuantitativas, es esencial que usted
revise los puntos de corte y se asegure que sean los usados en su laboratorio. Sin embargo
debido a que los puntos de corte vienen dados del centro de referencia, no se deberán
modificar, a menos que sea estrictamente necesario. Para configurarlos de clic en el botón
Puntos de Corte. Esto desplegará una pantalla (figura N° 11) que le permite acceder a las
especificaciones generales de la norma seleccionada, donde puede modificar los valores sino
concuerda con los usados en su Institución. Adicionalmente puede editar los puntos de corte
específicos para cada especie. El botón Actualizar le permite deshacer los cambios realizados y
regresar a los puntos de corte de la norma seleccionada.
Paneles de antibióticos
Para facilitar la entrada de datos, usted puede indicar la manera en que el laboratorio prueba
antibióticos para los diferentes grupos de microorganismos. De igual forma esto se encuentra
previamente programado en el archivo LABECU.CNI.
Nombre de la localización: Se ingresa los nombres de los servicios que dispone el hospital, de
los cuales se recibe muestras para microbiología.
Código: El ingreso va de uno a tres caracteres. El código lo asigna el propio laboratorio del
hospital. Se recomienda utilizar la primera letra de cada palabra que conforma el nombre del
servicio, por ejemplo:
Institución: Se escoge el nombre del hospital y automáticamente la variable será llenada por el
código del hospital que le asignó el INSPI.
Servicio: Esta variable está estandarizada para todo el país, para el efecto se utilizará por
norma los siguientes códigos:
Todas las áreas clínicas con el código med (medicina)
Todas las áreas quirúrgicas con el código sur (cirugía)
Todas las áreas de UCI con el código icu (unidad de cuidado intensivo)
Todas las áreas de pediatría con el código ped (Pediatría)
Todas las áreas de gineco-obstetricia con el código obg (Obstetricia/ginecología)
Todas las áreas de emergencia/ urgencia con el código eme (urgencia)
Todas las muestras de otras casas de salud con el código oth (otros)
Tipo de localización: De igual forma esta variable esta estandarizada para todo el país, se
utilizara por norma los siguientes códigos:
Todo lo de ambulatorio OUT
Todo lo de hospitalizado IN
Todo lo de emergencia EME
Todo lo de Terapia Intensiva ICU
Todo lo que corresponde a otros si son centros de salud OUT
Todas estas variables deben ser llenadas y completas de manera obligatoria por cada
laboratorio (Figura N° 15).
Una vez que el nuevo campo fue creado, la nueva variable aparecerá dentro del listado general.
El paso siguiente será definir parámetros como códigos, etc.
Una vez que la elegimos la opción aceptar, aparecerá la ventana donde se puede codificar la
variable o codificarla con parámetros. Ícono: lista de códigos (figura N° 20)
Figura N° 20.- Pantalla de Campo de datos – modificar lista de códigos.
Luego elegir la opción señalada en la figura 21 para poder aplicar y definir los códigos
necesarios a interés del usuario.
Una vez terminada la sección de configuración de variables, elegir la opción de guardar para
terminar la operación.
Figura N° 22.- Pantalla de nuestro laboratorio – guardar configuración.
Figura N° 23.- Pantalla de nuestro laboratorio – creación de una nueva hoja de datos.
Figura N° 24.- Pantalla de nuestro laboratorio – guardar hoja de datos.
Elegimos la opción aceptar y de inmediato se despliega la base de datos con nuestras variables
a ser completadas y que organizamos en el apartado de creación de un laboratorio (Figura 25).
Cada vez que ingresemos una muestra o cepa debemos grabar el aislamiento, en caso tener la
necesidad de revisar toda la base de datos escoger la opción respectiva. Es necesario recordar
que todos los archivos creados van a ser grabados en la carpeta data.
Para modificar nuestra base de datos, seleccionamos, revisar base de datos e inmediatamente
se desplegarán todos los datos contenidos en la misma, si necesitamos modificarlos podemos
elegir la opción Editar aislamiento, pero si es de interés eliminar datos de forma directa de
nuestra pantalla también es una opción disponible (Figura 26).
BACLINK
Introducción al BacLink
WHONET cuenta con un traductor de archivos distintos a Whonet que es el Baclink, por medio
de este se puede transformar de hojas Excel, texto, etc. a formato whonet.
Los softwares WHONET y BacLink están disponibles sin costo alguno en el sitio web de la OMS:
http://www.whonet.org/www/software.html.
Inicie el programa BacLink haciendo doble clic en el icono de acceso directo BacLink instalado
en tu ordenador.
Cambie el idioma mediante la selección de la opción Select lenguaje
En la nueva pantalla seleccione Spanish y haga clik en OK (Figura N° 27)
En la ventana que aparecerá debemos elegir el rango de fechas que deseamos extraer los datos,
y escoger las opciones “MIC” y “Interpretación”, para finalizar elegir el icono del CD y la flecha
(Figura N° 30).
Aparecerá una ventana con los aislamientos hallados dentro del tiempo elegido y solicitará la
confirmación de la exportación (Figura N° 31)
Figura N° 31.- Pantalla de Vitek 2 confirmando la exportación de los datos
Por último elegir la carpeta donde deseamos grabar el archivo plano que se ha extraído y
convertido rotulándolo de forma entendible con el mes correspondiente (Figura N° 32).
Figura N° 32.- Pantalla de Vitek 2 seleccionando la carpeta donde se desea guardar al archivo
2.2 Microscan
Configuración de la Interface
Si su laboratorio maneja Microscan con el software Labpro, es posible crear una interface entre
el software del sistema automatizado y un reporte en archivo plano para descargar la
información periódicamente siguiendo los siguientes pasos:
4. Usted verá la pantalla Configurar dispositivos de comunicación. Usted creará una nueva
interfaz, la cual dirigirá datos de exportación a una carpeta en el disco duro de su equipo.
Figura N° 35.- Ventana Configuración de dispositivos.
5. Haga clic en Dispositivo, luego en Agregar dispositivo y en LIS, o caso contrario en el icono
“más” (+) y seleccionar LIS.
6. En la pantalla que corresponde a Configuración del Dispositivo, usted verá las siguientes
opciones.
•Nombre Configuración –nombre la configuración de la interface, ejemplo:
WHONET.
•Physical –cambie la opción Serial a la opción File (Archivo).
•Data Link –LabPro automáticamente cambiará la selección a Null.
•Message –LabPro pondrá esta opción en MicroScan.
9. Es necesario conocer y seleccionar las fechas cuando fueron ingresadas las muestras
que se desea enviar, siempre deben ser días antes o si el laboratorio lleva una secuencia
numeral, también lo puede realizar con esta asignación. Haga clic en el icono de
Transmisión nuevamente y deberá aparecer la pantalla del monitor y el Estado:
enviando. Esperar hasta que quede inactivo nuevamente. Si usted ha trasmitido datos
previamente, debe activar la casilla retransmitir datos previamente enviados, para
enviar toda la selección.
Ahora que ha creado un archivo con los datos deseados, se puede utilizar el BacLink para
convertir el archivo de exportación del equipo automatizado al formato de archivo WHONET.
Las instrucciones a continuación pretenden ser una guía rápida. Las instrucciones detalladas se
pueden encontrar en el manual BacLink, baclink2manual.doc, por defecto en la carpeta: c: \
whonet5 \ docs.
Luego de esto, en la ventana de BacLink --- Formato de archivo aparecerá la configuración para
poder convertir los archivos.
Luego en el campo Nuevo archivo de datos en la opción Nombre: debemos eliminar el signo
asterisco ( *) y dar el nombre al nuevo archivo Whonet generado y convertido por medio del
baclink, escogiendo la opción comenzar conversión
En la pantalla desplegada aparecerán todas las variables empatadas, elegir la opción siguiente.
Inmediatamente aparecerá un mensaje de revisión de códigos Figura N° 42
Al elegir el campo de dato y seleccionar Definir códigos. Para que en una nueva ventana
aparezcan los antibióticos que no han sido reconocidos. Inmediatamente elegir la opción de
elegir Definir código
Una vez realizado esta acción en cada una de las variables no reconocidas, elegir la opción
continuar y la base de datos en formato Whonet será visualizado en la carpeta Data del disco
local C, y se encontrará en formato Whonet.
6. Análisis de datos
Introducción
El análisis de datos permitirá conocer los fenotipos presentes en nuestro laboratorio así como
analizar las variables ingresadas en nuestros campos de datos
Haga clic en el icono WHONET en el escritorio para iniciar el software. Haga clic en "Abrir
laboratorio".
Ahora verá la pantalla principal de análisis WHONET. Desde esta pantalla, usted será capaz de
escoger el tipo de análisis que desea realizar.
En la pantalla principal del análisis, hay cuatro secciones que se debe responder: Tipo de análisis,
microrganismos, Aislamientos y los archivos de datos. A la derecha, hay algunas opciones
adicionales que pueden ser útiles para el análisis.
Par obtener una lista en frecuencia de los aislamientos en mi laboratorio o pacientes que
cumplen con ciertos criterios. Haga clic en Tipo de Análisis, y seleccione listado de aislamientos
y resumen.
Figura N° 49.- Selección del tipo de análisis
Podemos hacer el análisis por mes seleccionando la opción Mes. Deje las otras opciones sin
cambios, y haga clic en Aceptar.
Luego de lo cual debe elegir los patógenos seleccionando la opción microorganismos y grupos
de microrganismos y aceptar
Luego es necesario elegir la base de datos que deseamos analizar, como se dijo
anteriormente es mejor si las bases de datos se encuentran en la carpeta data (Figura N° 50).
Figura N° 51.- Selección del archivo de datos a ser analizado.
Luego de lo cual se desplegará la pantalla que contiene las frecuencias de los patógenos más
prevalentes aislados en nuestro laboratorio. Como se observa en el resumen o consolidado de
datos de la pantalla de abajo, usted vera que los organismos están ordenados alfabéticamente,
si usted desea ordenar de mayor a menor para saber la frecuencia de microorganismos,
ubíquese en Número de aislamientos haga clic, se ordenará de menor a mayor, si hace de nuevo
clic se ordenara de mayor a menor y vera la frecuencia. Este ordenamiento puede realizarse
para ordenar cualquier variable que desee (Figura N° 54).
Tipo de análisis: Para ello, haga clic en Tipo de análisis. Para este primer análisis, seleccione la
opción % RIS y medidas de las pruebas. Haga clic en Aceptar para volver a la pantalla principal
de análisis (Figura N° 55).
Haga clic sobre microorganismos, donde se visualiza las opciones disponibles para usted en el
lado izquierdo de la pantalla. En el lado derecho de la pantalla, usted pondrá sus selecciones.
En el lado de la izquierda, en primer lugar ver una lista de las bacterias y los hongos
relativamente comunes. Elija dos organismos de este primer análisis: E. coli (eco) y S. aureus
(SAU). Puede seleccionar un microorganismo de varias formas posibles: haga doble clic sobre el
microrganismo o de un solo clic en el organismo y pulsa el botón de flecha derecha "->" o escriba
el código de tres letras y pulse <Intro>. Su pantalla debe parecerse a la siguiente (Figura N° 56).
Para analizar los archivos de datos whonet disponibles hacer clic en Archivos de datos para
seleccionarlos para nuestro análisis. Para esta parte del documento tutorial, seleccionaremos el
w0195who.tst archivo". Después de seleccionar el archivo, haga clic en Aceptar para volver a la
pantalla principal de análisis (Figura N° 57).
Figura N° 57.- pantalla de Análisis de datos – elección de los archivos a ser analizados.
En la parte superior de esta pantalla, se visualiza las columnas con las estadísticas de las
pruebas de sensibilidad a los antimicrobianos para cada uno de los antimicrobianos
probados.
Para la E. coli, en nuestra base de datos se encontraron (86 aislamientos) en total, y los
antimicrobianos que se ensayaron. En los resultados también se pueden encontrar errores
en la entrada de datos (por ejemplo, si hay resultados vancomicina tabulados para E. coli)
que no tendrían que ser enviados al Laboratorio Nacional de Referencia del INSPI.
Ahora, al hacer clic en algunos de los antimicrobianos enumerados en el panel inferior, por
ejemplo ampicilina y trimetoprim / sulfametoxazol. El programa WHONET mostrará el
diámetro de la zona o distribución MIC del antibiótico seleccionado. Las líneas rojas en el
gráfico representan los puntos de corte interpretativos del programa whonet. Para obtener
resultados de difusión de disco, aparecerán bacterias susceptibles a la derecha de las líneas
rojas; aislados resistentes están a la izquierda; y los resultados intermedios son entre las dos
líneas.
Figura N° 60.- Análisis de datos – Imagen con la distribución de los halos obtenidos en
nuestros aislados frente a Ampicilina y Trimethoprim/Sulfametoxazole
El segundo histograma representa los resultados de trimetoprim / sulfametoxazol e ilustra
dos poblaciones distintas que se encuentran en la categoría susceptibles: una población con
el fenotipo "de tipo salvaje", con diámetros de zona relativamente grandes y una segunda
población con "disminución de la susceptibilidad", con diámetros de zona disminuidas.
Luego de este análisis los resultados WHONET que se ven en la pantalla se pueden transferir
fácilmente a otros softwares tales como Microsoft Excel, Word o PowerPoint. Usted puede
hacer esto ya sea mediante el uso de "Copiar" y "Pegar".
Opción 1.- Haga clic en Copiar tabla. Luego abrir en Microsoft Excel y Pegar.
Figura N° 61.- Datos copiados y pegados en hojas de cálculo Excel
Opción 2- Guarde directamente el archivo WHONET. Para guardar las tablas y gráficos como un
archivo de Excel, haga clic en Archivo. Dé un nombre al archivo, por ejemplo "S aureus
Resultados.xls RIS ". Por tipo de archivo, seleccione "Excel". Tenga en cuenta que la ubicación
predeterminada para este archivo es c: \ whonet5 \ salida. Luego haga clic en Aceptar
Figura N° 62.- Análisis de datos – exportación de datos a Excel
Ahora abrir el Excel y seleccione "Archivo", "Abrir". Mirar en la carpeta c: \ whonet5 \ salida
para el archivo que acaba de crear, y se abre. Verá algo lo siguiente.
Luego volver a WHONET y haga clic en "Continuar" para volver a la pantalla principal de
análisis.
Análisis adjuntando más variables
1.- Seleccionar % RIS y medidas de las pruebas
2.- Uno-por-paciente
Para los cálculos de % Resistencia o % Susceptible, se relocalizó de todas las muestras, sin
embargo se recomienda realizar un por paciente en vista que algunos pacientes tienen múltiples
resultados de los cultivos de las especies analizadas. El Instituto CLSI ha publicado un documento
"M39 - Analysis and Presentation of Cumulative Antimicrobial Susceptibility data", recomienda
que los laboratorios utilizan el primer aislado por especie para el período de tiempo analizado
en el cálculo de la susceptibilidad y resistencia proporciones para efectos de la elaboración de
directrices para el tratamiento empírico.
Para ver estas opciones, haga clic en uno-por-paciente. En la parte superior de la pantalla,
seleccione Por paciente. A continuación, seleccione Solo primer aislamiento.
Para realizarlo, haga clic en aislamientos. Adicionalmente puede elegir entre cualquiera de
las variables como paciente, la ubicación, la muestra, o microbiológicos / campos de
antibióticos disponibles.
Figura N° 66.- Análisis de datos – por tipo de muestra
Por ejemplo, haga doble clic en tipo de muestras (o en tipo de muestras y luego haga clic
en Definir criterios. Haga doble clic en Sangre para seleccionar esta opción y haga clic en
Aceptar.
Figura N° 67.- Análisis de datos – por tipo de muestra
Dentro de la misma opción de Aislamientos, elegir la opción Penicilina ---Resistente.
Escoger la opción aceptar
Figura N° 68.- Análisis de datos – Selección de categoría como resistentes a Penicilina
4.- Para archivos de datos, seleccione w0195who.tst. Luego haga clic en comenzar análisis
para obtener los resultados.
Figura N° 70.- Tabla aislamientos de Staphylococcus aureus resistente a la penicilina y
sensible a la Clindamicina.
Si está pendiente realizar otro análisis con variables diferentes, retire los criterios de
selección que haya definido. Para ello, haga clic en aislados y Borrar todos los criterios. Se
le pedirá que confirme su elección, por lo que se debe responder Sí.
Opciones adicionales
Hay varias opciones adicionales que permiten pequeños ajustes en la presentación de los
resultados. Para ver esto, haga clic en Opciones, y revisar las opciones disponibles para
usted.
Diagramas de dispersión
El propósito es analizar la relación que existe entre los valores de 2 antibióticos. Haga clic
en Tipo de Análisis, y seleccione Scatterplot. En la parte inferior de la pantalla, deberá
seleccionar a pruebas de antibióticos para comparar. Para el primer ejemplo, poner la
prueba de penicilina-disco en el eje X y disco de cefoxitina- en el eje Y. Luego haga clic en
Aceptar y comenzar análisis para obtener el siguiente gráfico.
Figura N° 72.- Diagrama de dispersión para Cefoxitin y Penicilina
Este gráfico muestra la distribución del diámetro de los aislamientos probados tanto contra
la penicilina y cefoxitina. Los números en la figura representan porcentaje de aislamientos,
y las líneas rojas indican los puntos de corte.
Este análisis demuestran los perfiles de resistencia de una forma resumida. El fenotipo más
frecuente es el resistente a la penicilina (P). Haga clic en Continuar para volver al menú principal.
Figura N° 77.- Selección de Análisis Bac Track – alertas para los aislamientos
Una vez que tengamos el listado elegir la opción se desplegará el listado, elegir la opción
continuar y se observará la lista de los fenotipos inusuales presentes en su laboratorio por
ejemplo existen 9 Staphylococcus aureus Meticilin-resistente
Figura N° 78.- Análisis Bac Track – alertas para aislamientos
REFERENCIAS