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Hoy en día los biólogos evolutivos usan tanto datos morfológicos como moleculares
para establecer hipótesis de relaciones filogenéticas entre organismos, para estimar la
variación dentro de las poblaciones y para probar hipótesis de adaptaciones ecológicas.
Sin embargo, es común observar incongruencias entre los análisis basados en datos
morfológicos y los basados en datos moleculares , lo que ha originado polémicas
respecto a qué tipo de datos pueden proveer de información adecuada para sustentar y
probar hipótesis evolutivas.
En los estudios morfológicos, en cambio, los caracteres deben ser descubiertos y
delimitados generalmente sin ningún criterio explícito para la selección o la
codificación del carácter, por lo que tienen el potencial de ser arbitrarios. Por ejemplo,
los morfologistas no divulgan generalmente sus criterios para incluir o excluir
caracteres y cuando se dan los criterios, varían considerablemente entre estudios
Los marcadores morfológicos pueden ser de muchos tipos, pero todos tienen que
cumplir las características esenciales para ser un marcador genético.
Poco polimórficos
Escasos
En muchos casos influidos por el ambiente