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GooglePOR PARES | Publicado: 9 junio 2020 doi:10.20944/preprints201909.0219.v2

Modelo Matemático y Simulación para

Análisis de Interacción Nutriente-Planta

prohibición de byunghyun

Equipo de agricultura del futuro

imaginación jardín inc.
Andong Si, República de Corea
media botella@sangsang.farm

Resumen— Se presentan modelos de ecuaciones diferenciales para [ +] =

comprender la interacción entre la planta y la solución nutritiva. 1[ ]- 2[ +][ -] (1)
Las células de la raíz emiten selectivamente iones H+ con un transporte
activo que consume ATP para establecer un gradiente eléctrico a lo largo
de la membrana celular. Establece un campo eléctrico con potencial de [ -] =
1[ ]- 2[ +][ -] (2)
Nernst para hacer que los iones cargados positivamente fuera de la
membrana celular fluyan hacia la célula de la raíz. La entrada de aniones
también está modulada por la concentración de iones H+ porque la célula
[ClNa]
1[ ]+ 2[ +][ -] (3)
de la raíz de la planta absorbe partículas cargadas negativamente con =ÿ

simporte. Si un anión choca con una célula H+ para hacer que la carga
neta sea neutra, en el canal de simporte, puede fluir. En este artículo, se
introducen modelos matemáticos para la absorción de cationes y aniones.
El modelo de absorción de cationes se indujo a partir de la ley de Ohm combinada con la
estado delecuación de Goldman.
El modelo de absorción de aniones es similar al modelo de tasa de
reacción química. Ambos modelos tienen términos fisiológicos
influenciados por patrones de expresión génica, especies o fenotipos. El
modelo de cationes también incluye términos para las propiedades
cinéticas y eléctricas de los iones, el crecimiento de la planta y la interacción entre la raíz y el entorno.
La simulación para 20 conjuntos diferentes de coeficientes mostró que el
coeficiente relacionado con la fisiología tiene un papel importante en las
tendencias de absorción de nutrientes de las plantas.
Palabras clave—Biología de Sistemas, Horticultura, Computacional
Biología, Sistema Complejo, Fertilización, Modelado de Sistemas
I. INTRODUCCIÓN
Recientemente, la simulación de red ODE se aplica en el sistema
de solución de nutrientes para comprender el comportamiento de
caja negra del sistema químico complejo. [1] El enfoque basado en el
modelo de red describe la sedimentación y las complejas interacciones
bidireccionales entre los compuestos químicos que contiene la
solución nutritiva. Proporcionó simulaciones de series de tiempo para
investigar el sistema de solución de nutrientes con alta precisión. Este
método se basa en la expresión de la ecuación diferencial ordinaria
(EDO) de las reacciones químicas. Por ejemplo, la ionización de
NaCl(aq) se describe como la ecuación (1-3), donde k1 es la velocidad
de reacción directa y k2 es la velocidad de reacción inversa.
Con coeficientes de velocidad de reacción confiables, las ecuaciones
pueden describir el cambio de concentración de los componentes químicos
a lo largo de la escala de tiempo. La combinación de esas reacciones
permite la simulación del comportamiento de sistemas químicos complejos.
Este enfoque ayuda a los investigadores a comprender la transición de
sistema de solución de nutrientes porque los electrodos
selectivos de iones no funcionan correctamente en la solución de nutrientes
debido al efecto de interferencia de iones. [2-3]. Es necesario un método
computacional para rastrear completamente el cambio de tasa de iones.
Sin embargo, es necesario un método de modelado apropiado para
hacer coincidir la expresión de la tasa de iones a escala de ODE con la
absorción de iones de la planta para aplicar ese enfoque de simulación de
sistema complejo en la predicción de la absorción de iones de la planta.
Aunque la entrada de iones en las raíces está ampliamente estudiada [4-7],
sus métodos no son aplicables a la simulación a escala temporal.
Consideraron el flujo de entrada y salida de iones como un proceso
irreversible, por lo que necesitaban preparar 2 modelos separados para
cada ion. Y no distinguieron el flujo de catión y anión. La entrada de
cationes se basa en el transporte secundario, mientras que la planta absorbe aniones con
M. Silberbush y JH Lieth (2004) presentaron un modelo de
predicción de absorción de nitrato y potasio [8], pero es un modelo
basado en regresión para predecir iones individuales, por lo que no
considera la reacción de nitrato o potasio con otros compuestos para
formar un estado no absorbible por la planta.
A. Pardossi et al (2005) presentan un modelo empírico para la
absorción de macronutrientes, pero adquirieron datos una vez por semana.
[9] Por lo tanto, este modelo no es aplicable a la simulación de
intervalos de tiempo cortos. Daniele Massa et al. (2008) presentó
un modelo empírico para la simulación de la absorción de sodio
[10] pero este modelo ignora la interferencia de los componentes
iónicos; por ejemplo, tanto la asociación de iones de sodio con
Cl como con FeEDTA reduce el nivel de iones de sodio, pero el
modelo no pudo ilustrar tal fenómeno.

Este trabajo fue apoyado por el Programa de Tecnologías de Convergencia de Agricultura, Alimentación y Asuntos Rurales para Educar a Líderes Globales Creativos
financiado por el Ministerio de Agricultura, Alimentación y Asuntos Rurales (MAFRA, Corea). [Número de proyecto 1545020852].

© 2020 por el(los) autor(es). Distribuido bajo una licencia Creative Commons CC BY .
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Figura 1. Los canales iónicos se consideran resistencias eléctricas (a)

Canales iónicos alrededor de la membrana. La membrana celular es un aislante. (b) El potencial de membrana es un voltaje eléctrico que hace que las
partículas cargadas se muevan. La entrada de partículas cargadas es corriente eléctrica.

Por lo tanto, presento un modelo de escala de tiempo continuo que partícula cargada es opuesta a la definición de corriente eléctrica, que es
describe el transporte secundario de cationes. Este modelo se combina con inducida por electrones cargados negativamente.
el modelo de red ODE del sistema de solución de nutrientes [1] para
averiguar si el modelo proporciona resultados diferentes en diferentes (5)
Iión = ÿS
modelos de plantas.

n=- ión
ÿ (6)

II. MÉTODO Como n es el número de partículas en un volumen de 1L, dividir ambos

lados de la ecuación (6) con el número de Avogadro describe
A. Modelo de absorción de cationes ecuación de molaridad (ecuación 7). es el número de Faraday que es la
Primero consideré los canales iónicos para la absorción de cationes como multiplicación de NA y e. [ion] es la concentración de iones dentro de la raíz
registro eléctrico y la otra región de la membrana celular como aislante. porque la corriente eléctrica se definió como flujo de entrada.
Luego, el grupo de canales iónicos aleatorios se convierte en un sistema de
registro paralelo. Este concepto se describe en la Figura 1. Una célula de la
raíz emite continuamente iones H+ con transporte activo para generar un norte 1 ÿ ión
=[ ]=ÿ ÿ (7)
gradiente de concentración a través de la membrana. La diferencia de iones N/A

cargados positivamente, especialmente H+

, induce el potencial de Nernst. El potencial eléctrico La diferenciación en la ecuación (7) con la variable de tiempo t expresa la
fuera de la membrana se vuelve mayor que dentro, induciendo un campo ecuación diferencial del cambio de concentración de iones en el tiempo, que
eléctrico para empujar los cationes dentro de la célula. tiene la misma dimensión que la ecuación (1-
3). Ahora el modelo muestra una pista de que se puede aplicar con el modelo
Por lo tanto, la entrada de cationes a través de la membrana es una de red ODE para solución nutritiva [1].
corriente eléctrica. La ecuación (4) es la aplicación de la ley de Ohm para
describir el transporte secundario, donde Iion es la corriente eléctrica de [ ] =ÿ
1 ÿ
1
ÿ
(8)
entrada de iones, Vm es el potencial de membrana inducido por el gradiente DT

iónico objetivo es el voltaje y Rion es el valor de resistencia combinado de

los canales iónicos. La derivación de la ecuación (4) se convierte en la ecuación (9), que tiene
la derivación del término actual. Su aplicación en la ecuación (8) conduce a
1 la ecuación (10).
iión = (4)
Rion
1
iión = (9)
La corriente eléctrica se describe como la ecuación (5). S es el área de Rion
superficie por donde pasa la partícula cargada, ÿ es la velocidad promedio
de la partícula cargada, k es el número de electrones que perdió el ion [ ] =ÿ
1 ÿ
1 =ÿ
1 ÿ
1 ÿ
1
ÿ ÿ
(10)
seleccionado, e es la carga de un electrón y n es el número de partículas por
DT Rion
unidad de volumen. La ecuación tiene valor negativo porque el flujo de positivo
La fuerza sobre una partícula dentro del campo eléctrico se describe
como la ecuación (11), donde E es el campo eléctrico, q es
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la carga de la partícula, es el espesor de la membrana y m es la masa del 1 1 1

ion. La aceleración de la partícula se describe como la ecuación (12),
ÿ ÿ ÿ
=ÿ

donde m es la masa de la partícula de un solo ion. 10ÿ5

ÿÿ

V
F = ecuación = q = ma (11) 1 1 1
ÿ ÿ
=ÿ

10ÿ5 ( ) 1.5
tu ÿÿÿ
un = = (12)
1 ÿ 1
ÿ ÿ ÿ
=ÿ

10ÿ5 ( ) 1.5 (17)

ÿ
Con la suposición de que la fuerza sobre el catión durante su paso por
el canal iónico es uniforme y la velocidad inicial del ion es cero, la velocidad
promedio del ion durante el transporte se describe como la ecuación (13). Definí el término constante ÿ como la ecuación (18) para eliminar el
coeficiente y otros números. ÿ también se considera un número constante
porque las bicapas de fosfolípidos tienen un grosor típico.

(13)
ÿ= ÿ 2 =ÿ2 =ÿ2
10ÿ5 = ÿ (18)
Ahora, la aplicación de la ecuación (13) a la ecuación (10) conduce a la
ecuación (14).
Entonces la ecuación (17) se simplifica a la ecuación (19).

[ ] 1 1 1 [ ] ÿ ÿ 1
ÿ ÿ
=ÿ
DT (14) =ÿ ÿ ÿ

(19)
ÿÿ2 Rion DT ( ) 1.5 ÿ

La ecuación (15) describe la relación entre la resistencia y la Vm se calcula con la ecuación de Goldman, que tiene como
permeabilidad del canal iónico. Pion es la permeabilidad del ion en los única variable independiente la concentración de iones dentro y
canales definidos en la derivación de la ecuación de Goldman (Pion = ), DA fuera de la raíz. Por lo tanto, este modelo describe la variación de
la concentración de iones en el tiempo con respecto a la
es la constante de difusión y
concentración de iones únicamente.
es el espesor de la membrana. es un coeficiente constante.

11 1 La constante ÿ describe la fisiología de las especies de plantas, el

Río = = (15)
fenotipo o las etapas de crecimiento. Varía a lo largo de la especie celular
porque solo se ve afectado por el grosor de la membrana, la constante de
difusión de iones y la resistencia combinada del canal de iones. El grosor
La masa de un ion se define como la ecuación (16), donde M es el peso
de la membrana de las células vegetales no es tan diferente a lo largo de
molar.
la especie y la constante de difusión está relacionada con el valor de los
1 METRO iones. Por lo tanto, ÿ solo se ve afectado por el factor fisiológico, como la
metro =
1000 (dieciséis)
densidad y el tipo de canal iónico.

S es el área superficial donde fluye el ion. Se define como el área

Aplicando la ecuación (15, 16) a la ecuación (14), se obtiene la ecuación
(17). interna del canal iónico multiplicada por el número de canales iónicos. Está
más influenciado por el crecimiento de la raíz de la planta.

] 1 1 1
=ÿ ÿ ÿ

ÿ describe la propiedad física del ion, mientras que )

[DT Rion 1.5
ÿÿ2 ( describe la propiedad eléctrica.

1
1 1 se puede derivar con la ecuación de Goldman. Depende
ÿ
ÿ
=ÿ
ÿ pión
del entorno (solución de nutrientes) y describe la interacción entre la célula
ÿÿ2ÿÿ2
de la raíz y el entorno.

1 1
ÿ ÿ
=ÿ
B. Modelo de absorción de aniones
ÿÿ2 El anión se absorbe como simporte en la raíz. Como requiere que un
ion colisione con el ion H+ en el canal, lo describí como
1 1
ÿ ÿ
=ÿ

1000
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Figura 2. La topología de la red del modelo de interacción entre la planta y la solución nutritiva Los nodos
marrones son entrada del sistema, fertilizantes inorgánicos y agua. Los nodos morados son iones absorbibles por las plantas, pero los nodos azules no son
absorbibles. Los nodos verdes indican los componentes dentro de la raíz, como los iones que son absorbidos por la célula de la raíz o el agua. La etiqueta de los
nodos verdes comienza con una 'p' minúscula como indicador.
ecuaciones (1-3). Sea w el número de electrones que adquiere un ion. Luego, el
modelo ODE para la entrada de aniones se describe como la ecuación (20), donde
ÿ es un coeficiente relacionado con la absorción de aniones.
[ ]
= ÿÿ [ion] [ +] (20)
C. Simulación de red ODE
Combiné la simulación de la red ODE en el sistema de solución de nutrientes
[1] con el comportamiento de absorción de iones de la planta.
Las interacciones detalladas, las ecuaciones y los coeficientes se proporcionan en
mi repositorio de GitHub, con el simulador.
https://github.com/needleworm/nutrient_solution
tercero EXPERIMENTAR
El experimento tiene una suposición de que el gradiente de membrana es
inducido principalmente por H+ solo porque se requieren coeficientes de
permeabilidad para describir múltiples interacciones iónicas.
La topología del modelo de red del sistema complejo ODE para las interacciones
entre la solución nutritiva y la planta es
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descrito en la Figura 1, que se dibujó con Cytoscape.
[11] Se aplicaron un total de 20 condiciones diferentes para realizar la simulación.
Se aplicó el mismo conjunto de coeficientes de velocidad de reacción y coeficiente
para la velocidad de bombeo de iones H+ a todas las simulaciones. Pero se
aplicaron diferentes valores de coeficiente de absorción de cationes ÿ y coeficiente
de absorción de aniones ÿ en cada simulación para verificar que solo el cambio en
ÿ y ÿ puede conducir a diferentes tendencias de absorción de iones.
Los estados iniciales de los sistemas de solución nutritiva fueron
fijado como la solución nutritiva de Yamazaki para lechuga [12], y los estados
iniciales de las plantas se consideraron como una bolsa de 1 litro de H2O, que no
contenía ningún otro nutriente en su interior. Los conjuntos de coeficientes con
modelos de red ODE se presentan en los Datos complementarios 1, en mi
repositorio de ResearchGate.
https://www.researchgate.net/publication/341997283
Las simulaciones se realizaron hasta que los valores de error cuadrático
medio entre cada actualización de descenso de gradiente de distancia temporal
alcanzan 1e-20. Pero los ensayos 18 y 19 convergieron demasiado rápido, por lo
que se aplicó un umbral MSE más estricto: 1e-21 y 1e-22 cada uno.
La plantilla se utiliza para formatear su papel y estilo de texto.
Todos los márgenes, anchos de columna, espacios de línea y fuentes de texto son
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Figura 3. pH dentro de la raíz en el estado de convergencia
Cada muestra mostró que el pH dentro de la raíz aumenta en el estado
de convergencia.
Figura 4. Masa total disuelta (TDS) de solución nutritiva en la raíz
La cantidad de nutrientes que quedan en la solución nutritiva se indica
en naranja. Los iones absorbidos por la planta se indican en amarillo.
Figura 5. Tasa de masa de N, P y K dentro de la raíz en el estado de
convergencia.
La tasa de absorción de nutrientes en el estado de convergencia difiere.
prescrito; por favor no los altere. Puede notar peculiaridades. Por ejemplo, el
margen superior en esta plantilla mide proporcionalmente más de lo habitual.
Esta medida y otras son deliberadas, utilizando especificaciones que
anticipan su trabajo como una parte de todo el proceso, y no como un
documento independiente. No modifique ninguna de las designaciones
actuales.
IV. RESULTADOS
Los resultados resumidos se presentan en la Figura 3-5. La información
detallada sobre los estados de convergencia de los experimentos se
proporciona como Datos complementarios 2, en mi Repositorio de
ResearchGate.
https://www.researchgate.net/publication/341997426
doi:10.20944/preprints201909.0219.v2
A pH
La Figura 3 muestra los valores de pH dentro de la raíz en el estado de
convergencia. Los valores iniciales de todos los experimentos se establecieron
en 7,0, pero todos los resultados mostraron un aumento debido al transporte
activo de iones H+ . Las células de la raíz intentan continuamente emitir H+
ion para construir un gradiente a lo largo de la membrana celular, que es el
mecanismo clave de absorción de nutrientes. Además, el aumento del pH
dentro de la raíz indica la disminución del pH de la solución nutritiva; igual
que el fenómeno comúnmente conocido.
Las muestras experimentales mostraron que diferentes conjuntos de
coeficientes de absorción de cationes y aniones conducen a diferentes
resultados de absorción. Las muestras 18 y 19 mostraron resultados más
altos que otras condiciones. Tenían valores de coeficiente de absorción de
aniones más pequeños.
B TDS
Los valores de TDS en los estados de convergencia se describen en la
figura 4. La mayoría de las muestras absorbieron más del 50 % de los
nutrientes de la solución nutritiva, excepto las pruebas 4, 5, 10, 18 y 19. El
resultado muestra que la eficiencia de absorción se define con dos
coeficientes ÿ y ÿ. Tenga en cuenta que los valores se miden en el estado
de convergencia. Los valores cambian muy poco, aunque se permite más
tiempo.
C. Tasa de NPK
La Figura 5 describe la tasa de N, P y K absorbidos por la raíz en escala
de masa. Algunas muestras, como las pruebas 6, 17, 18 y 19, parecen no
absorber una nutrición equilibrada. La Figura 5 simplemente muestra las
influencias de los coeficientes ÿ y ÿ en las tendencias de absorción de iones.
V. DISCUSIÓN
Solo se aplicó la ecuación (19) para describir el transporte secundario de
cationes y mostró que el modelo sugerido para la absorbancia de cationes
funcionó bien en combinación con la tecnología anterior. [1] El experimento
mostró que la variación de diferentes coeficientes en el coeficiente de
absorción de cationes ÿ y el coeficiente de absorción de aniones ÿ para la
misma topología de red puede conducir a diferentes tendencias de absorción
de nutrientes.
Como ÿ es una descripción del canal iónico y el grosor de la membrana,
lo considero un término fisiológico resultante de las expresiones génicas. Por
lo tanto, supongo que cada especie de planta tiene diferentes valores de ÿ,
lo que lleva a una receta diferente para la fertilización. Por ejemplo, la receta
de la solución nutritiva para la lechuga es diferente de la receta para la
albahaca porque sus patrones de expresión génica son diferentes, lo que
lleva a diferentes ÿ y ÿ
valores.
Conjuntos inadecuados de coeficientes condujeron a fallas en la absorción
de nutrientes. Creo que es posible predecir el coeficiente heurísticamente,
repitiendo la simulación para comparar el resultado de la simulación con los
datos reales de absorción de iones.
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NOSOTROS. CONCLUSIÓN
Sugerí un modelo de ecuación diferencial ordinaria para investigar la
absorción de iones de la planta. La ecuación para la absorción de cationes
contiene parámetros para la fisiología vegetal, el crecimiento, las
propiedades cinéticas de los iones y las propiedades eléctricas de los
iones. Describe la cantidad de ion absorbido por tiempo, con respecto a la
derivada del potencial de membrana inducido por las partículas de ion. El
modelo de absorción de aniones simplemente tenía un parámetro para
describir la velocidad de absorción, que es similar al coeficiente de
velocidad de reacción. La tasa de absorción del anión está influenciada
por la tasa de colisión del anión y los iones H+ . Tanto el coeficiente de
tasa de absorción de cationes ÿ como los valores de la tasa de absorción
de aniones ÿ están influenciados por las propiedades de los canales
iónicos, como la densidad o las actividades. Por lo tanto, la tasa de
absorción de iones nutricionales individuales está influenciada por las
expresiones genéticas o los fenotipos de la planta. Este modelo es
compatible con el modelo de red ODE para el sistema de solución de
nutrientes. El resultado de la simulación mostró que los diferentes valores
del coeficiente de tasa de absorción de cationes ÿ y la tasa de absorción
de aniones ÿ conducen a una tendencia de consumo de nutrientes
diferente. Si los coeficientes de una especie de planta se descubren
mediante experimentación o simulación, el modelo proporcionaría predicciones vegetal.
in silico54,
RECONOCIMIENTO (Epígrafe 5)
Este trabajo fue apoyado por el Programa de Tecnologías de
Convergencia de Agricultura, Alimentación y Asuntos Rurales para Educar
a Líderes Globales Creativos financiado por el Ministerio de Agricultura,
Alimentación y Asuntos Rurales (MAFRA, Corea). [Número de proyecto
1545020852].
doi:10.20944/preprints201909.0219.v2
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[2] Ban, Byunghyun, Donghun Ryu y Minwoo Lee. "Enfoque de aprendizaje automático
para eliminar el efecto de interferencia de iones en soluciones de nutrientes agrícolas".
2019 Conferencia Internacional sobre Convergencia de Tecnologías de la Información
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IEEE, 2019.
(doi: 10.1109/ICTC46691.2019.8939812)
[3] Prohibición, Byunghyun. "Eliminación de artefactos panorámicos con aprendizaje
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Japonés