1) Realice una búsqueda en las bases de datos de proteínas de las siguientes

entradas:

a. PDB ID: 6VXX:

Nombre: Estructura de la glicoproteína de espiga sars-cov-2 (estado cerrado)

SU IMPORTANCIA: 
Encontramos que la glicoproteína SARS-CoV-2 S alberga un sitio de división de
furina en el límite entre el S 1 / S 2subunidades, que se procesa durante la biogénesis
y distingue a este virus del SARS-CoV y los CoV relacionados con el
SARS. Determinamos las estructuras crio-EM del trímero del ectodominio SARS-
CoV-2 S, proporcionando un modelo para el diseño de vacunas e inhibidores de la
entrada viral. Finalmente, demostramos que los anticuerpos policlonales murinos del
SARS-CoV S inhiben de forma potente la entrada mediada por el SARS-CoV-2 S en
las células, lo que indica que los anticuerpos de neutralización cruzada que se dirigen
a los epítopos S conservados pueden obtenerse tras la vacunación.

Ubicación: se encuentra ubicado en un sitio de división de furina en el límite entre el

S 1 / S 2subunidades, que se procesa durante la biogénesis y distingue a este virus
del SARS-CoV y los CoV relacionados con el SARS. 

b. PDB ID: 6VYB:

Nombre: Estructura del ectodominio de la espiga Sars-cov-2 (estado abierto)

SU IMPORTANCIA:
Los coronavirus humanos endémicos OC43 y HKU1 se unen a través de su dominio
S A (S A ) al 5-N-acetil-9- O -acetil-sialósidos que se encuentran en las glicoproteínas
y glicolípidos en la superficie de la célula huésped para permitir la entrada a las
células susceptibles. Sin embargo, MERS-CoV S usa el dominio A para reconocer los
receptores de unión de sialósidos no acetilados, que probablemente promueva la
unión posterior del dominio B (S B ) al receptor de entrada, dipeptidil-peptidasa 4. El
SARS-CoV y varios coronavirus relacionados con el SARS (SARSr-CoV) interactúan
directamente con la enzima convertidora de angiotensina 2 (ACE2) a través de
S B para ingresar a las células diana Como la glicoproteína S del coronavirus está
expuesta a la superficie y media la entrada en las células huésped, es el objetivo
principal de los anticuerpos neutralizantes (Abs) tras la infección y el foco del diseño
terapéutico y de la vacuna. Los trímeros S están ampliamente decorados con
glicanos ligados 
Ubicación:

c. PDB ID: 7KNE:

Nombre: Estructura criogénica de un trímero de sars-cov-2 unido a ACE2 a ph
5,5
SU IMPORTANCIA:
El pico de SARS-CoV-2 emplea dominios de unión a receptores móviles (RBD) para
activar el receptor ACE2 humano y facilitar la entrada del virus, lo que puede ocurrir a
través de rutas endosómicas de pH bajo. Para comprender cómo la unión de ACE2 y
el pH bajo afectan la conformación de los picos, determinamos las estructuras de
microscopía crioelectrónica (en el reconocimiento de picos serológico y endosómico
del pH) de hasta tres moléculas de ACE2. Los RBD adoptaron libremente las
conformaciones "ascendentes" necesarias para la interacción ACE2, principalmente a
través del movimiento del RBD combinado con alteraciones más pequeñas en los
dominios vecinos.
Ubicación: membrana celular

d. PDB ID: 7K8V:

Nombre: Estructura del trímero sars-cov-2 S 2P en complejo con el fragmento
FAB del anticuerpo neutralizante humano, C110
SU IMPORTANCIA:
Las mediciones de afinidad y el mapeo de mutantes de pico naturales y
seleccionados in vitro en 3D proporcionaron información sobre el potencial del SARS-
CoV-2 para escapar de los anticuerpos provocados durante la infección o
administrados terapéuticamente. Estas clasificaciones y análisis estructurales
proporcionan reglas para la asignación de anticuerpos dirigidos a RBD humanos
actuales y futuros en clases, evaluando los efectos de la avidez y sugiriendo
combinaciones para uso clínico.
Ubicación:

e. PDB ID: 7K8X:

Nombre: Estructura del trímero sars-cov-2 S 2P en complejo con el
fragmento FAB del anticuerpo neutralizante humano, C121 (estado 1)
SU IMPORTANCIA:
Los trímeros del ectodominio de prefusión SARS-CoV-2 y SARS-CoV se describieron
previamente
Brevemente, los ectodominios SARS-CoV-2 y SARS-CoV S fueron sintetizados por
Genscript o GeneArt, respectivamente, con un péptido señal de mu-fosfatasa,
mutaciones estabilizadoras 2P, un sitio de escisión de TEV, un dominio de
trimerización de pliegue y una etiqueta de octa-histidina. La construcción del dominio
A de SARS-CoV-2 (residuo 14-302) fue sintetizada por Genscript en pcDNA3.1- con
un péptido señal de mu-fosfatasa N-terminal y una etiqueta octa-histidina C-terminal
(GSS (H) 8) . Todas las construcciones se produjeron en células FreeStyle 293-F
cultivadas en suspensión utilizando el medio de expresión FreeStyle 293 (tecnologías
Life) a 37 ° C en un 8% de CO humidificado  2incubadora girando a 130 rpm. Los
cultivos se transfectaron usando PEI (9 µg / ml) con células cultivadas hasta una
densidad de 2,5 millones de células por ml y se cultivaron durante 3-4 días. Los
sobrenadantes se recolectaron y las células se resuspendieron durante otros 3-4 días
en medio fresco, produciendo dos recolecciones. Las proteínas se purificaron a partir
de sobrenadantes clarificados usando una columna de afinidad de cobalto de 5 ml
(Takara Bio), se concentraron y se congelaron instantáneamente en un tampón que
contenía Tris 20 mM pH 8,0 y NaCl 150 mM antes del análisis. Se ejecutó SDS-
PAGE o EM de tinción negativa para comprobar la pureza.
Ubicación:

La diferencia entre las seis entradas en que la primera es la espiga de dl virus,

la segunda es la parte superior de esa espiga la tercera seria la que se aloja en
la membrana celular

2) Utilice la base de datos de PDB sum para identificar las características

estructurales entre las proteínas de cada entrada PDB-ID. Estructura
secundario e interacción proteína-proteína.
Característica estructural de 6VXX
Estructura secundaria de 6VXX
CARACTERÍSTICA ESTRUCTURAL DE 6VYB
ESTRUCTURA SECUNDARIA DE 6VYB
CARACTERÍSTICA ESTRUCTURAL DE 7KNE
ESTRUCTURA SECUNDARIA DE 7KNE
CARACTERÍSTICA ESTRUCTURAL DE 7K8V
ESTRUCTURA SECUNDARIA DE 7K8V
CARACTERÍSTICA ESTRUCTURAL DE 7K8X

ESTRUCTURA SECUNDARIA DE 7K8X

3) Descargue los archivos “PDB format” de cada PDB-ID y guárdelos en su PC.
 4) Utilice el programa SwissPDB Viewer para comparar los siguientes pares de
entradas:

a. 6VXX – 6VYB
b. 6VXX – 7KNE
c. 6VYB – 7KNE
d. 6VXX – 7K8V
e. 6VXX – 7K8X

Identifique cambios en los ángulos y distancias de enlaces entre las proteínas.

Presente un análisis de sus observaciones. ¿Qué conclusión puede sacar de sus
observaciones?