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Manual de prácticas
Biología Molecular T/P
Estudiante
2021
Universidad Santiago de Cali
Facultad de Ciencias Básicas Programa de Microbiología
OBJETIVOS
Identificar las distintas partes de una micropipeta monocanal y adquirir destreza en la utilización de
la misma para la medición de volúmenes entre 0,5 y 1000 µL.
Determinar de la precisión y la calibración de la micropipeta por medio del cálculo de la exactitud
(E%) y el coeficiente de variación (CV%).
FUNDAMENTOS TEÓRICOS
Las pipetas son dispositivos que se utilizan para medir o transvasar pequeños volúmenes de líquido de un
recipiente a otro con gran exactitud. Las pipetas tienen gran diversidad de modelos; inicialmente se
fabricaron en vidrio, pero en la actualidad existe una amplia gama de opciones, entre las que se destacan las
pipetas de volumen fijo y las de volumen variable que disponen de controles mecánicos. También se han
introducido recientemente en el mercado pipetas que disponen de controles de tipo electrónico (Equipos y
laboratorios de Colombia, 2011). En el presente laboratorio se tratarán los aspectos del buen uso y la
calibración de la micropipeta.
La micropipeta de pistón funciona transmitiendo la fuerza que un operador ejerce de forma manual sobre el
émbolo, el cual se encuentra unido a un pistón mediante un eje que lo desplaza a lo largo de un cilindro de
longitud fija, forzando un volumen predefinido de líquido fuera de la micropipeta (Figura 1). Las
micropipetas son de dos tipos: las de volumen fijo, que dispensan un volumen predeterminado de líquido
(el cual es conocido como volumen nominal [Vn]), y las de volumen variable, que permiten ajustar el
volumen a ser dispensado dentro de un rango determinado en las especificaciones de la micropipeta, lo cual
ocurre modificando la longitud de la carrera del pistón dentro del émbolo. (Equipos y laboratorio de
Colombia, 2011).
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Las pipetas de volumen fijo y las de volumen variable se pueden subdividir en dos subtipos: A y B. Las
pipetas del subtipo A, se denominan pipetas de desplazamiento por aire, debido a que existe un volumen de
aire entre la cabeza del pistón y el líquido en el cilindro (Figura 2.1). Por su parte, las pipetas del subtipo B
son denominadas pipetas de desplazamiento positivo o de desplazamiento directo, debido a que el pistón se
encuentra en contacto directo con el líquido (Figura 2.2).
Figura 2. Partes internas una micropipeta de desplazamiento por aire y una de desplazamiento positivo.
(Tomado de Equipos y Laboratorios de Colombia).
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Programa de Microbiología
Las micropipetas de desplazamiento de aire tienen la ventaja de presentar menos riesgos de contaminación
cuando se usan continuamente, pero no son tan exactas como las de desplazamiento positivo cuando se
trabaja con volúmenes muy pequeños de líquido, debido a la compresibilidad del aire. Todas las
5
micropipetas de pistón disponen de puntas desechables para minimizar los riesgos de contaminación. Sin
embargo, se recomienda utilizar las puntas suministradas por el fabricante, para garantizar el ajuste de las
mismas al cuerpo de la pipeta, así como la exactitud de los volúmenes a dispensar (Equipos y laboratorios
de Colombia, 2011).
Asegúrese que está usando la micropipeta correcta para el volumen que necesita. NO TRABAJAR
LA MICROPIPETA CON VOLUMENES INFERIORES O SUPERIORES AL ESPECIFICADO POR EL
FABRICANTE. Esto descalibrará y dañará la micropipeta.
Tener en cuenta que hay referencias de micropipetas que poseen un seguro, por lo cual este debe de
ser removido antes de ingresar el volumen a medir.
Toda micropipeta utiliza puntas desechables, asegúrese que se usa la adecuada para cada
volumen y que esta correctamente ajustada.
No utilizar la micropipeta con líquidos que destruyan el polipropileno.
No utilizar líquidos que estén emitiendo vapores.
La temperatura de los líquidos a pipetear deben estar entre 15 y 40ºC.
Existe un código de color de acuerdo al volumen de las puntas: generalmente para P1000 las
puntas son azules, para P200 y P100 son amarillas, para P20 pueden ser amarillas o blancas y para P10
son blancas.
1. Colocar una punta nueva en el porta-puntas de la pipeta, ejerciendo suave presión y girando. Evitar
contaminar la punta con otras sustancias o manipularla con la mano. Verificar que la misma quede bien
ajustada (Figura 3).
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2. Presionar el émbolo suavemente hasta el primer tope. La micropipeta posee dos topes: el primero
corresponde al volumen deseado y el segundo al volumen nominal (total) de la micropipeta. Hasta este mo-
mento la punta de la pipeta no debe estar sumergida en el líquido.
3. Sumergir la punta de la micropipeta en el líquido. Mantener la micropipeta en posición vertical, para
evitar la introducción de líquido al sistema. Este proceso corresponde al mostrado en la posición 1B
(primera a la izquierda) (Figura 4).
4. Liberar el émbolo suavemente para que la micropipeta absorba el líquido (posición 2A). Verificar
que el émbolo se desplace hasta la posición del límite superior. Esperar al menos dos segundos, antes de
retirar la punta de la micropipeta del líquido.
5. Colocar la punta de la Micropipeta contra la pared del recipiente en el cual será dispensado el
líquido. Verificar que el ángulo formado entre la punta de la pipeta y la pared del elemento receptor esté
entre los 30° y los 45°. Si el recipiente receptor ya tiene algún nivel de líquido, evitar que la punta de la
pipeta quede sumergida en el mismo (posición 3A).
6. Dispensar el contenido de la micropipeta presionando el émbolo de forma suave pero firme, hasta el
primer tope (posición 4B). Mantener en todo momento el contacto entre la punta de la pipeta y la pared del
recipiente receptor. Se recomienda frotar la punta de la micropipeta contra la pared de 8 a 10 mm, para
asegurar que no quede ninguna gota de líquido pegado a la punta.
7. Presionar el émbolo suavemente hasta que alcance el segundo tope en la carrera del pistón
(posición 5C). Esto expulsa cualquier fracción de líquido que hubiera podido quedar en la punta de la
micropipeta, al forzar el aire de la cámara a través del orificio de la punta de la pipeta. Mantener el émbolo
presionado en el segundo tope, mientras le retira la micropipeta del recipiente receptor. Una vez retirada la
micropipeta, liberar suavemente el émbolo hasta la posición límite superior.
8. Desechar la punta de la pipeta. Para esto accionar el botón del mecanismo de expulsión (posición 6)
(Contreras,ND).
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MATERIALES Y REACTIVOS
MATERIALES REACTIVOS
Balanza analítica Solución Colorante
Pipeta de 1 µL –10 µL
Pipeta de 10 µL –100 µL
Pipeta de 100 µL –1000 µL
2 Beaker de 100 mL
1 Beaker de 25 mL
1 Frasco lavador
Termómetro digital
Puntas para cada tipo de micropipeta
PROCEDIMIENTO
CÁLCULOS
Para cada micropipeta revisar el porcentaje de exactitud (E%) y el coeficiente de variación (CV%) en todo
el rango usando al menos dos volúmenes diferentes. Ejemplo: Para la micropipeta P1000 revisar los
volúmenes de 300 µL y 1000 µL, para P200 revisar los volúmenes de 60 y 200 µL y para P10 revisar 3 y
10 µL.
Los valores de las pesadas del control gravimétrico son sólo la masa del volumen dosificado. Para obtener
el volumen real se debe efectuar un cálculo corrector. El cálculo corrector se realiza por multiplicación del
valor medio de los valores de las pesadas (X) con el factor Z (mL/g que es lo mismo que µl/mg), que toma
en consideración la densidad del agua, la temperatura de control y la presión atmosférica.
Se puede considerar que Z equivale a 1,0032 µl/mg, cuando se tiene 21,5 °C, 1013 mbar (hPa) y se ha
utilizado agua destilada o Z es igual a 1,0029 µl/mg cuando se tiene 20,5 °C y 1013 mbar (hPa) o 1,0039 a
25 °C. El factor Z es igual a 1/densidad (Transferpette, 2016)
Ejemplo:
Se tienen las siguientes condiciones:
Valores del control a 21,5 °C que corresponde a Z = 1,0032
Volumen controlado Vo (µL): 200,0000
Valor nominal (mg) = Volumen controlado
𝑍
=
200,0000 =199,3620
1,0032
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Mediciones (mg):
X1 =200,2000
X2=199,6000
X3= 199,4900
9
X4= 199,7000
X5= 199,7000
Valor medio
∑ 𝑥𝑝
𝑋̅ = 𝑛
𝑽̅ = 199,738 ∗ 1,0032
𝑽̅ = 200,3772
Exactitud (E%)
𝑉̅ − 𝑉
𝑬 [%] = 𝑛𝑜𝑚𝑖𝑛𝑎𝑙 ∗ 100
𝑉 𝑛𝑜𝑚𝑖𝑛𝑎𝑙
200,3772 − 200
𝑬 [%] = ∗ 100
200
𝑬 [%] = 0,189
Desviación estándar
∑(𝑋𝑖 − 𝑋̅2
𝑺=𝑍∗√ 𝑛−1 )
𝑺 = 1,0032 ∗ √(200,2 − 199,74)2 + (199,6 − 199,74)2 + (199,49 − 199,74)2 + (199,7 − 199,74)2 + (199,7 − 199,74)2
4
𝑺=
1,003 4
2∗
√0,29
688
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𝑺 = 0,279
Coeficiente de variación
CV[%]= 𝑆∗100 10
𝑉̅
0,273∗100
CV[%]= 200,3772
CV[%]= 0,136
Partiendo de la exactitud E [%] y el coeficiente de variación CV [%], se pueden calcular los límites de
tolerancia de las instrucciones de manejo:
E [%] nominal* 0,500
CV [%] nominal* 0,200
Si los valores calculados de exactitud (E [%]) y coeficiente de variación (CV [%]) son menores que los
valores de tolerancia o iguales a éstos, entonces la micropipeta está en orden.
CV% nominal
Volumen (μL) E% nominal CV% nominal
5-10 1 0,8
20-50 0,7 0,4
100-1000 0,5 0,2
Peso 5
Peso 6
Peso 7
Peso 8
Peso 9
11
Peso 10
INFORME
BIBLIOGRAFIA
Contreras, J. ND. Práctica: El uso de micropipeta. Biología Celular y Molecular Médica I.
Equipos y Laboratorio de Colombia. 2016. [en línea].
https://www.equiposylaboratorio.com/sitio/contenidos_pagina_mo.php?c=500
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OBJETIVO GENERAL
Efectuar e identificar los pasos necesarios para la extracción de ADN de levadura, además de
adquirir experiencia en el manejo de equipos y reactivos relacionados con la técnica de extracción.
FUNDAMENTOS TEÓRICOS
Para aprovechar de manera eficiente todas las propiedades de las levaduras a escala industrial se requiere
identificar tanto las características físico químicas, como la identidad taxonómica de la cepa. Ni la
morfología celular de las levaduras, ni las características macroscópicas de las colonias, son suficientes
para la identifi- cación a nivel de especie del microorganismo; las características morfológicas y sexuales
permiten general- mente identificar el género, mientras que el comportamiento fisiológico y las
características bioquímicas si permiten la determinación a nivel específico. Dentro de esta caracterización
bioquímica, la prueba rutinaria más utilizada es la fermentación de diversos azucares o fuentes de carbono
(galactosa, inositol, lactosa, lisina, maltosa, manitol, melibiosa, α-metilglucósido, rafinosa, ramnosa,
sacarosa, trehalosa, xilosa), crecimiento sobre diferentes fuentes de nitrógeno (nitrato, nitrito y
glucosamina), vitaminas, perfiles de crecimiento a diversas temperaturas, hidrolisis de urea y resistencia a
antibióticos. Actualmente, las principales técnicas de identificación de levaduras están basadas en la
aplicación de métodos de biología molecular como la PCR (Reacción en cadena de la polimerasa),
permitiendo resultados más específicos, extremadamente sensibles y en corto tiempo. De acuerdo con lo
anterior, los análisis moleculares surgen como una alternativa a los mé- todos bioquímicos tradicionales, ya
que se analiza una porción del genoma, el cual no depende del estado fisiológico de la levadura o del medio
del cultivo del cual se aisle, reduciendo la aleatoriedad (Kurtzman, 1999).
Para la aplicación de técnicas moleculares, el punto de partida es la extracción del material genético. A lo
largo del tiempo se han diseñado distintos protocolos con la finalidad de obtener una cantidad y calidad de
ADN adecuados, así como garantizar la eliminación de inhibidores potenciales que dificulten el tratamiento
posterior de la molécula. Los métodos tradicionales, desarrollados en los años 50, utilizan solventes
orgánicos para separar a las proteínas del ADN y, una vez suspendido en la fase acuosa, aislarlo por
precipitación con etanol. Sin embargo, independientemente del método a utilizar, siempre será necesaria la
realización de estas cinco etapas: homogeneización del tejido, lisis celular, separación de proteínas y
lípidos, y por último, precipitación y redisolución del ADN (Alejos, et al. ND).
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MATERIALES Y REACTIVOS
MATERIALES REACTIVOS
1 Balanza analítica
1 Sobre de levadura activa seca (estudiante)
1 Microcentrifuga
EDTA 0,5 M
1 Baño Maria
Tris-HCl 50 mM, EDTA 20 mM, pH 7,4
1 Baño de hielo
5 tubos eppendorf de 1,5 mL SDS 10%
1 Gradilla para tubos eppendorf Acetato de Potasio (KAc) 5 M
1 Micropipeta de100-1000 µL con puntas Isopropanol FRIO
1 Micropipeta de10-100 µL con puntas Etanol 70% FRIO
1 Mortero con mazo Agua grado biología molecular
1 Vidrio reloj
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1 Microespatula
PROTOCOLOS
1. Tomar 200 mg de levadura activa seca en un mortero, añadir 2 mL de solución EDTA 0.5 M y
macerar hasta homogenizar muy bien.
2. En un tubo eppendorf tomar 1 mL de esta maceración y centrifugar a 8000 rpm durante 10 minutos.
3. Eliminar el sobrenadante y resuspender el precipitado en 0.5 mL de Tris-HCl 50 mM, EDTA 20
mM, pH 7.4.
4. Añadir 50 µL de SDS al 10% e incubar en baño maría a 65ºC por 30 minutos.
5. Añadir 200 µL de Acetato de potasio (KAc) 5M, resuspender y dejar en baño de hielo por 30 minutos.
6. Centrifugar a 14000 rpm por 5 minutos y trasladar el sobrenadante a otro tubo.
7. Centrifugar el sobrenadante por 5 minutos para eliminar otras impurezas. trasladar el sobrenadante a
otro tubo.
8. Añadir 500 µL de isopropanol (FRIO) e incubar por 5 minutos a temperatura ambiente agitando sua-
vemente.
9. Centrifugar a 14000 rpm por 10 minutos y descartar el sobrenadante.
10. Añadir 500 µL de etanol al 70% (FRIO), homogenizar y posteriormente centrifugar a 14000 rpm por
5 minutos. Descartar el sobrenadante y dejar secar el precipitado.
11. Resuspender el precipitado en 50 µL de agua grado biología molecular (Libre de DNAsa). Conservar
a -20°C hasta su próximo uso.
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BIBLIOGRAFIA
Alejos, LP., Aragón MDC., & A., Cornejo. (ND). Herramientas Moleculares aplicadas en ecología.
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Capitulo: Extracción y purificación de ADN.
Kurtzman, C. &J., Fell. (2011). The yeast, A taxonomic study. 5° Edicion. Elservier.
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OBJETIVO GENERAL
FUNDAMENTOS TEÓRICOS
Es de vital importancia verificar tanto la presencia como la cantidad y calidad del ADN extraído, para lo
cual existen diversas metodologías, entre ellas, la técnica de electroforesis en gel de agarosa. La agarosa es
un polímero lineal compuesto de residuos alternantes de D-galactosa y 3,6-anhidro-L-galactosa unidos por
enlaces glucosídicos α (1-3) y β (1-4), los cuales forman fibras helicoidales que al solidificar conforman
una malla tridimensional de canales que permiten separar fragmentos de ADN y ARN en función de su
tamaño (Kirkpatrick, 1990). Durante la electroforesis, una combinación de fuerzas eléctricas y de fricción
permitirán el desplazamiento y la separación de las moléculas de ADN en función de su tamaño y
topología. Las moléculas de ADN debido a su carga neta negativa, se desplazarán hacia el ánodo, migrando
con mayor rapidez las moléculas de menor tamaño. Adicionalmente, para la visualización del material
genético en el gel de agarosa, es necesario el uso de agentes intercalantes como el bromuro de etidio (BrEt)
o el Sybr Green, los cuales se unen a la molécula de ADN y al ser expuestos a luz ultravioleta emiten
fluorescencia (Cornejo, et al. 2014).
El material genético también puede ser cuantificado mediante espectrofotometría. La ley de Lambert-Beert
indica que la concentración de una molécula en solución depende de la cantidad de luz absorbida por las
moléculas disueltas. Una característica del ADN es que absorbe la luz ultravioleta a 260 nm, lo que permite
estimar su concentración mediante el uso de un Espectrofotómetro UV-Visible. Cuando la longitud de la
celda en que se disuelve el ADN es de 1 cm, la absorbancia es igual a la densidad óptica (DO), por tanto,
una densidad óptica (1) equivale a: 50 ug/mL de ADN genómico o de doble cadena, 33 µg/mL de ADN
cadena sencilla, 20-30 µg/mL de oligonucleótidos entre 20 a 40 bases y a 40 µg/mL de RNA (Cornejo, et
al. 2014). Para estimar la pureza del ADN se consideran dos factores: la proporción de la absorbancia a 260
nm y 280 nm (una proporción de 1.8 es aceptada como ADN puro, proporciones menores a este valor
indican la presencia de proteínas) y la proporción 260 nm/230 nm (los valores aceptados se encuentran en
el rango de
2.0 a 2.2, si la relación es menor indican la presencia de contaminantes como carbohidratos). En caso de
contaminación, es necesaria la purificación del ADN (Cornejo, et al. 2014).
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MÉTODOS
MATERIALES REACTIVOS
1 Balanza TBE 1X
1 Beaker 250 mL Agarosa en polvo
1 Vidrio reloj Buffer de carga
1 Microespátula Sybr Green
1 Probeta de 50 mL Marcador de peso molecular
Microondas Muestra de ADN
Cámara de electroforesis horizontal
Fuente de poder
Cinta de enmascarar
1 Micropipeta de 0,5-10 µL con puntas 16
Trans iluminador UV
PROTOCOLOS
MATERIALES REACTIVOS
Espectrofotómetro UV-VIS Agua MiliQ
Celdas de cuarzo Muestra de ADN
Micropipeta de 0,5-10 µL con puntas
Micropipeta de 100-1000 µL con puntas
Calculadora
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PROTOCOLOS
1. En una celda adicionar 2 mL de agua MiliQ doblemente estéril.
2. Seleccionar en el espectrofotómetro el botón de Blanco.
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3. Reemplazar 2 µL de agua por 2 µL de muestra de ADN (dilución 1000 veces)
4. Medir la absorbancia a 230, 260 y 280 nm
5. Calcular:
Cantidad de ADN =
A260nm*50 ug/mL= ug/mL
Ejemplo:
Se tiene una dilución de ADN de 1:100 (Factor de dilución 1001) cuya absorbancia a 260 nm fue de 0.050.
Por lo tanto (0.050*100)* 50 ug/mL = 250 ug/mL = 0.25 g/uL = 250 ng/uL.
1
El factor de dilución del ADN dependerá de la intensidad de la banda observada en el gel de agarosa
Calidad de ADN=
A260nm⁄ = 1.8
A280nm
Nota: Un valor obtenido de aproximadamente 1.8 es considerado puro para ADN y de aproximadamente 2
para ARN. Si es menor hay contaminación con proteínas, fenoles u otras sustancias que absorben en una
longitud de onda cercana a 280 nm.
A260nm⁄
A230nm = 2.0- 2.2
Nota: Se considera que el ADN es puro si se obtiene un valor de entre 2.0- 2.2. Si la relación es menor
indica la presencia de contaminantes que absorben a una longitud de onda de 230 nm (Thermo Scientific,
ND)
INFORME
Cornejo, A., Serrato, A., Rendón, B. & M., Rocha-Munive (2014). Herramientas moleculares aplicadas
en ecología: aspectos teóricos y prácticos. SEMARNAT. pp.75-100
18
Kirkpatrick, E. (1990). Overview of agarose gel properties. Current Communications in Cell Molecular
Biology 1: 9-22.
Thermo Scientific. ND. T042 Technical Bulletin Nanodrop Spectrophotometers. 260/280 and 260/230 Ratios
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OBJETIVO GENERAL
Estudiar los principios básicos de la técnica de Reacción en cadena de la polimerasa (PCR), por
medio de la amplificación la región ITS1-5.8S-ITS2 de Saccharomyces cerevisiae.
FUNDAMENTOS TEÓRICOS
La PCR o Polymerase Chain Reaction es una técnica usada para sintetizar muchas copias de un fragmento
de ADN utilizando la enzima polimerasa de la bacteria termófila Thermus aquaticus (vive a altas
temperaturas, entre 79ºC a 85ºC), de la cual deriva su nombre comercial: Taq polimerasa. La PCR es una
simulación in vitro de la síntesis de ADN en la célula, en la cual se mezcla en tu tubo: la polimerasa, el
ADN, los oligonucleótidos necesarios para que se inicie la transcripción (llamados también primers,
iniciadores, cebadores, “oligos”, etc.), dinucleótidos (dNTPs), y las condiciones para que la enzima trabaje
adecuadamente (cierto pH, determinadas cantidades de magnesio en forma de MgCl 2, KCl, u otras sales o
reactivos dependiendo del tipo de polimerasa) (Espinosa, ND). A continuación, se realiza una breve
descripción de cada uno de ellos:
El ADN molde es necesario para que la enzima polimerasa sintetice las nuevas cadenas
Los primers u oligonucleótidos son secuencias cortas que flanquean y delimitan la secuencia de
ADN que se desea amplificar y son complementarios a ésta, se utilizan dos primers: uno denominado
forward o directo y otro reverse o reverso. Ambos están diseñados para que hibriden con el ADN molde y
las cadenas puedan ser extendidas por la Taq polimerasa en dirección 5’-3’.
los dNTPs son las bases nitrogenadas con los que la Taq polimerasa construye las nuevas cadenas de
ADN. Son factores importantes que contribuyen a la especificidad de la reacción, por ello es importante
que su concentración sea la adecuada ya que de lo contrario puede afectar la función de la Taq polimerasa.
El magnesio es un cofactor enzimático que influye en la especificidad de la reacción, por lo que debe
estar a una concentración adecuada para que no afecte al rendimiento de la Taq polimerasa, generalmente
suele ser entre 0.5 y 2.5 mM.
El agua es el disolvente de la reacción y se usa en forma ultrapura libre de nucleasas (enzimas que
degradan los ácidos nucleicos).
La reacción de PCR se lleva a cabo en un equipo denominado termociclador, el cual está diseñado para
establecer un rápido cambio de temperatura entre cada una de las etapas de la reacción, manteniendo
optimas las condiciones de temperatura y tiempo necesarias en cada ciclo de PCR. Cada ciclo se lleva cabo
en tres etapas: desnaturalización, hibridación y extensión. En la desnaturalización o separación de la doble
hélice de
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ADN se produce el calentamiento de la muestra a una temperatura entre 94 y 96°C para romper los puentes
de hidrogeno que las unen, de esta manera cada cadena queda como molde para la síntesis de una nueva
cadena complementaria de ADN. Después, ocurre la hibridación. En esta etapa, los primers se alinean en el
extremo 3’ del templado e hibridan con su secuencia complementaria. Para que se dé el correcto
20
alineamiento, es importante que la temperatura de hibridación o temperatura melting de los
oligonucleótidos primers sea la óptima. Generalmente oscila entre los 50-60 ºC. Finalmente, se sintetiza
una nueva cadena en sentido 5’ a 3’ para lo cual se incrementa la temperatura, por lo general a 72 °C,
porque es la temperatura optima a la cual la ADN polimerasa se une a los primers y comienza la replicación
(Figura 1) (Tamay de Dios, et al. 2013).
21
Figura 2. Agrupación de genes 18S, 5.8S y 28S junto con los transcriptos internos ITS y los primers a
utilizar para su amplificación (Higgins, 2012).
MATERIALES Y REACTIVOS
MATERIALES REACTIVOS
Termociclador Taq polimerasa
Micropipeta de 0,5-10 µL con puntas Buffer Taq polimerasa
Micropipeta de 10-100 µL con puntas dNTPs Mix
Vortex Muestra de ADN
Microtubos para PCR (200 uL) Primer forward ITS1
Gradilla para microtubos de PCR 5’TCCGTAGGTGAACCTGCGG3’
Microcentrifuga Primer reverse ITS4
5’TCCTCCGCTTATTGATATGC3’
MgCl2
Agua libre de DNAsa
PROTOCOLOS
1. Descongelar el ADN y agitar en el vortex (procurar que el ADN tenga una concentración
aproximada de 100 ng/uL).
2. Agregar a cada tubo (tubos tipo PCR de 200 uL) 5 µL de ADN y luego el coctel de PCR según la Tabla
1. Recuerde preparar el control negativo (C-): PCR mix sin adición de ADN.
3. Mezclar en el vortex.
4. Centrifugar brevemente para llevar la mezcla al fondo
5. Encender el termociclador y dejar calentar.
6. Seleccionar el programa ITS_ FUNGI, o introducir manualmente las siguientes condiciones:
7. Verificar la PCR en un gel de agarosa al 1,5% con marcador de peso molecular de 100 pb.
BIBLIOGRAFÍA
Espinoza L. Las Herramientas Moleculares. Capítulo 17 Guía práctica sobre la técnica PCR.
https://www.google.es/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=1&ved=0ahUKEwjvm_7pn5jcAhUF
qlkKHR8yBmoQFggpMAA&url=http%3A%2F%2Fwww.publicaciones.inecc.gob.mx%2Flibros%2F530
%2Fcap16.pdf&usg=AOvVaw1--QYP-2J1Ly6P3L6DHczl
Gardes, M., Bruns, T. D. (1993). ITS primers with enhanced specifity for basidiomycetes- application to
the identification of mycorrhizae and rusts. Molecular Ecology 2, 113-118.
Guevara, G., Garza, F. & E., Cázares. (2004). Estudio del ITS nuclear en algunas especies del género
Cantharellus de México. Ciencia UANL, 3, pp: 371-378.
Tamay de Dios, L., Ibarra, C. & C., Velasquillo, (2013). Fundamentos de la reacción en cadena de la
polimerasa (PCR) y de la PCR en tiempo real. Investigación en Discapacidad. Vol: 2. Nº: 2, pp: 70-78.
INFORME
Mostrar los resultados de las amplificaciones realizadas en laboratorio. En el gel de verificación debe
señalar cada muestra, el control negativo, control positivo y el marcador de peso molecular.
Por qué se utilizaron los primers (cebadores) seleccionados en esta guía. Explicar su fundamento basado
en la literatura. Por qué son tan importantes las regiones ribosómicas en Barcoding? Por qué no utilizar
otros primers?
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Explicar la función de cada uno de los reactivos empleados para el coctel de PCR.
Explicar las condiciones de PCR establecidas en el termociclador. Para qué se emplean diferentes
temperaturas? Que es el Tm? Por qué es necesario utilizar solamente 30 ciclos?
23
OBJETIVO GENERAL 24
Adquirir habilidades para para la obtención de secuencias de ácidos nucleicos de interés biológico en
bases de datos como el GenBank, y la aplicación de herramientas de alineamiento para comparación de las
mismas (similitudes y diferencias) por medio de la generación de árboles filogenéticos.
FUNDAMENTOS TEÓRICOS
MATERIALES Y REACTIVOS
MATERIALES REACTIVOS
Computador con acceso a Internet
PROTOCOLOS
5. Una vez acceda al enlace, tome el texto del archivo “DatoGuiaBioinfo.txt”, cópielo y péguelo en el
recuadro que se ve en la siguiente imagen, y de click al botón “BLAST” que se encuentra en la parte
inferior (Tenga cuidado, al pegar el texto no incluya el primer renglón “>refData”)
6. Espere por el resultado, según la congestión del servidor puede tardar varios minutos. Una vez
termine el análisis usted verá un resultado similar al que se ve en la siguiente imagen:
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7. Una vez terminado, en la parte de abajo se verán los distintos resultados, del primero al último irán
ordenados de acuerdo al grado de similitud, escoja el resultado más similar haciendo click en el enlace,
como se muestra en la siguiente imagen:
8. Una vez realizado esto, hacer doble click sobre el primer resultado obtenido.
9. Ya teniendo ese primer resultado proceda con la siguiente parte del laboratorio. En una nueva
ventana o pestaña del navegador acceda a la siguiente dirección: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/
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10.En vez haya accedido a la página, en la barra de búsqueda (mostrada en la siguiente imagen) coloque
los siguientes criterios “Especie Type XX complete genome”. La especie y el tipo son los que usted encontró
en la búsqueda anterior. Junto con el tipo hallado busque por separado tipo 16 y tipo 18. Recuerde que este
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motor de búsqueda solo acepta parámetros en inglés.
11. Al obtener los resultados, seleccione la primera opción y localice el término “/gene="L1". Una vez lo
encuentre, haga click en el enlace que dice CDS que está en la parte izquierda como se muestra en la
siguiente imagen:
12. Cuando haga click en ese enlace, inmediatamente una parte se señalará en color café. Haga click en
el enlace FASTA que aparece en la parte inferior derecha como se muestra a contunuación:
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13. Este enlace lo llevará a una página que contiene una secuencia, similar a la que se le asignó al
principio en el documento DatoGuiaBioinfo.txt. Abra un nuevo archivo en bloc de notas y copie ahí la
secuencia que obtuvo. Este mismo proceso se debe de repetir para tipo 16 y tipo 18, y las secuencias
halladas deben ser pegadas en este mismo archivo de bloc de notas tal cual como se muestra en la imagen.
En este caso incluya el renglón que lleva el símbolo “>” , sin dejar espacio entre las palabras.
14. Ya con este documento, abra una nueva ventana o pestaña en el navegador y acceda al siguiente enlace:
http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/
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CLUSTAL OMEGA. Una vez en esta página seleccione la opción DNA. Copie y pegue todo el contenido del archivo del bloc de notas en e
botón “submit” de la parte inferior y haga click.
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16. Espere por el resultado, según la congestión del servidor puede tardar varios minutos. Una vez
termine el análisis usted verá un resultado similar al que se observa en la siguiente imagen:
Los resultados que obtuvo corresponden al alineamiento de tres secuencias de ADN: si el nucleótido
presente en la misma posición en las tres secuencias coincide, se observara un *
2.
en la siguiente imagen) y coloque los siguientes criterios “Bacillus cereus complete genome”. Recuerde que
este motor de búsqueda solo acepta parámetros en inglés.
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4. Al abrir la página, localice el término “/product="DNA Polymerase III". Una vez lo encuentre,
haga click en el enlace que dice CDS que está en la parte izquierda como se muestra en la siguiente
imagen:
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5. Cuando haga click en ese enlace, abrirá una nueva ventana mostrando la secuencia de nucleótidos y
de aminoácidos de la proteína
6. Para obtener la secuencia en formato Fasta, haga click en el enlace FASTA que aparece en la parte
superior izquierda como se muestra en la siguiente imagen:
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8. Copiar y pegar en un bloc de notas. Guardar en formato FASTA. A partir de este momento puede
utilizarse esta secuencia para realizar análisis filogenético, etc.
INFORME
Defina la región codificante, el nombre y descripción del producto del gen, la secuencia de nucleótidos y
traducción predicha y su posición en el genoma.
C) Análisis de genes
1. De forma similar a los genomas, se puede buscar un gen específico y analizarlo, como se muestra en
la siguiente figura al buscar sobre la ATP citrato liasa en humanos:
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2. Dar clic en Genbank (señalado en rojo) y observar las características del gen que codifica para ATP
citrato liasa en humanos.
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2. Analizar los resultados obtenidos en la práctica del uso de herramientas bioinformáticas. Discutir su
utilidad y su aplicabilidad en la investigación.
BIBLIOGRAFIA
Gómez, C., Silva HV. & P., Pérez. (2010). Bioinformática: aplicaciones a la genómica y proteómica.
Colegio de Postgraduados. Mexico.
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better web interface. Nucleic acids research. 2008;36(Web Server issue):W5-9. Epub 2008/04/29.
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