PROTEÍNAS 2

1
AA = constituyentes de las proteinas
(monómeros que forman el polímero)

2
Configuración L 3
22 AA que se encuentran en las proteínas

4
Enlace Peptídico 5
En péptidos, polipéptidos y proteínas, el grupo carboxilo de los AA
que lo componen están unidos a los grupos amino del siguiente AA
por un enlace peptídico.

6
En péptidos, polipéptidos y proteínas, el grupo α carboxilo de los AA
que lo componen están unidos a los grupos α amino del siguiente AA
por un enlace peptídico.

7
Estructura básica
n = número de residuos

Secuencia repetida =
N (del NH), C (del CH) y
C (del C=O)

8
Parte variable
– las cadenas
laterales R

Esqueleto
polipeptídico
o cadena
principal – se
repite
9
El Enlace Peptidico

10
 (Contribuyentes de resonancia)

11
→ Como resultado, el enlace peptidico es relativamente polar
12
Los seis átomos que forman el enlace peptídico se
encuentran en el mismo plano 13
 El Enlace Peptidico

Recordar que un enlace C=N típico o promedio tiene una longitud de 1.25 Ǻ
→ Enlace peptídico tiene un carácter parcial de doble enlace (~ 40%) 14
En consecuencia….

15
2 configuraciones son teóricamente posibles:

16
mayor impedimento
estérico

17
Forma trans esta
favorecida
energeticamente

18
19
Como resultado de la resonancia, el enlace peptídico es relativamente polar

20
Los otros 2 enlaces de la cadena polipeptídica se comportan como enlaces
simples y tienen un alto grado de libertad rotacional → Ángulos de torsión

21
Los otros 2 enlaces de la cadena polipeptídica se comportan como enlaces
simples y tienen un alto grado de libertad rotacional → Ángulos de torsión

22
23
ω = 0º si es cis,
180º si es trans

24
En resumen:

25
 Recordando…
Los seis átomos que forman el enlace peptídico se encuentran en un
mismo plano

Sin embargo, los otros 2 enlaces de la cadena polipeptídica se comportan como

enlaces simples y tienen un alto grado de libertad rotacional → Ángulos de torsión

26
Consecuencia:
Variedad de conformaciones
27
Pauling y Corey propusieron
estructuras polipeptídicas periódicas:
la hélice α y la hoja β plegada

28
Una hélice es una estructura en
la cual los residuos rotan y se
desplazan de una manera
repetitiva a lo largo de un eje

29
Hélice 

30
Modelo: Escalones de una escalera en espiral.
A medida que subimos la escalera, el ascenso entre cada escalón es la
traslación = h.
Cada escalón está rotado por un ángulo → Ángulo de la hélice o torcion de la
helice = θ 31
32
# Residuos/vuelta de la
helice α = 3,6

Pitch de la helice = la
distancia que la helice
avanza en cada vuelta =
3,6 x 1,5 Å = 5,4 Å

33
34
(i, i+3), o sea, 4 residuos mas adelante

35
36
37
38
→ Como resultado de su caracter de doble
enlace, el enlace peptidico es relativamente
polar

39
Dipolo eléctrico
Interacciones entre grupos R de aa’s separados
por tres residuos en hélice  - Asp 100 y Arg103

41
Hélice  de mano izquierda y de mano derecha

42
Hélice  de mano izquierda y de mano derecha

Predominantemente de
mano derecha

43
OJO:

La Prolina es incompatible con la

conformación de hélice α
(no puede participar en la formacion de
los enlaces de Hidrógeno que la
estabilizan).

→ Rompe la estructura de hélice α o

introduce una torcedura o doblez (“kink”)
en la hélice.

44
45
Mioglobina

46
Hebras β Se puede describir como
una forma aplanada de una
hélice en 2 dimensiones

Cadena extendida
h = 3,5 Å

# Residuos/vuelta
=2

La flecha indica la dirección desde el

N-terminal al C-terminal 47
47
 Las hebras β se tuercen
Hojas β plegadas ligeramente formando
pliegues

Cadena
extendida
h = 3,5 Å

48
 Las hebras β se tuercen
Hojas β plegadas ligeramente formando
pliegues

Cadena
extendida
h = 3,5 Å

49
Hojas ß plegadas

50
Hojas ß plegadas

51
52
OJO:

La Prolina es incompatible con la

conformacion de hoja β
(no puede participar en la formacion
de los enlaces de Hidrogeno que la
estabilizan).

53
54
Inmunoglobulinas

55
56
Proteina CAP bacteriana

57
58
 Otra estructura:

Vueltas – Revierten la direccion de la cadena polipeptidica

59
Estructura de las vueltas ß-tipos I y II.
Tipo II – Gly en posición 3.
Residuo i + 1

Residuo i
60
61
Vueltas β
62
63
Vueltas γ

64
65
 Diagramas de Ramachandran

Ayudan a predecir la conformación de una cadena polipeptídica

a partir de su secuencia de aminoácidos → Cuales regiones son
más favorables estéricamente y cuales regiones están permitidas
estéricamente.
66
67
Residuos no pueden tener cualquier par de valores de ángulos de torsión
→ Hay restricciones locales

68
 AA como esferas rigidas

Region 0 no esta permitida

Gly puede ocupar regiones 1 a 4

Ala puede ocupar regiones 2 a 4 69
Por ejemplo:
Ala

Los AA no son
esferas
rigidas

70
AA con R mas largas estan restringidas a las regiones
3y4
Val e Ile (ramificados) solo pueden ocupar la region 4
71
(~ 5% del area total)
72
Otras hélices…

73
 Hélices de
mano derecha
predominantemente

Hélice más apretada Hélice más floja 74

Enlaces de H (i, i + 2) (i, i + 3) (i, i + 4)
No. Residuos/vuelta 3 3,6 4,4
No. átomos 310 3,613 4,416 75
76
77
78
79
80
Gráfica de Ramachandran para aa’s 
Gly en enzima piruvato quinasa

81
82
83
84
Níveles estructurales de las proteínas
Visión clásica

85
6 Niveles estructurales de las
proteínas
• Estructura primaria
• Estructura secundaria
• Estructura Supersecundaria
• Dominios
• Estructura terciaria
• Estructura cuaternaria
86
• Estructura primaria: todos los enlaces
covalentes (peptídicos y disulfuro) que enlazan
los aminoácidos en una cadena polipeptídica.

• El elemento mas importante de la estructura

1aria es la secuencia aminoacídica.

87
 Secuencia de
aminoácidos de la
hormona insulina-
Frederick Sanger
(1953)

88
Secuencia aminoacídica del citocromo c humano destacando
sustituciones en otras especies (azul)

89
Niveles estructurales de las
proteínas
• Estructura primaria
• Estructura secundaria
• Estructura Supersecundaria
• Dominios
• Estructura terciaria
• Estructura cuaternaria

90
- Recordar que la conformación nativa de una
proteina esta estabilizada por interacciones
debiles de tipo no covalente.

91
92
93
Vis

94
Estructura secundaria: se refiere a los
arreglos estables de residuos
aminoacídicos que dan lugar a patrones
estructurales recurrentes: Hélices , hojas
ß, vueltas, lazos.

95
96
97
98
Niveles estructurales de las
proteínas
• Estructura primaria
• Estructura secundaria
• Estructura Supersecundaria
• Dominios
• Estructura terciaria
• Estructura cuaternaria
99
 ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIAS:
Ensamblajes o agregados de Estructuras
Secundarias

100
Patrones estables de plegamiento en proteínas

101
102
103
104
 DOMINIOS
Algunas proteínas están segregadas en unidades estructurales
más o menos esféricas o globulares

105
Dominios en la proteína troponina C.

106
Proteina CAP bacteriana

La proteína
activadora por
catabolitos (CAP)
es un dímero que
al unirse al AMPc
se activa y
estimula la
transcripción de
los genes del
operón lactosa.

Aquí se ilustra la
estructura del
monómero.

107
Proteina CAP bacteriana
Tiene 2 Dominios

108
 Proteina CAP bacteriana
Dominio que
enlaza ADN

109
Proteina CAP bacteriana

Dominio que
enlaza AMPc

110
Calmodulina

111
Calmodulina

112
Estructura terciaria: describe todos lo
arreglos del plegamiento tridimensional de
un polipéptido.

113
Estructura 3D- Citocromo c

114
Estructura 3D- Lisozima

115
Estructura 3D-Ribonucleasa

116
Estructura tridimensional de mioglobina de
ballena. Grupo hemo en rojo.

117
118
119
Estructura cuaternaria: el arreglo
espacial de una proteína que posee dos o
mas subunidades.

120
Estructura cuaternaria de deoxyhemoglobina

121
122
Otro ejemplo: la Transducina

123
124
125