Traducido del inglés al español - www.onlinedoctranslator.

com

Biología sintética: bioingeniería emergente en

Indonesia
Citar como: Actas de la conferencia AIP 1844, 030001 (2017); https://doi.org/10.1063/1.4983428
Publicado en línea: 17 de mayo de 2017

Sony Suhandono

ARTÍCULOS QUE LE PUEDEN INTERESAR

Aislamiento e identificación de Staphylococcus sp. en leche infantil en polvo

Actas de la conferencia AIP 1844, 020016 (2017); https://doi.org/10.1063/1.4983427

Análisis de requisitos de material didáctico basado en el curso de bioinformática para el metabolismo

vegetal
Actas de la conferencia AIP 1844, 070001 (2017); https://doi.org/10.1063/1.4983444

Diseño y evaluación de la expresión de proteínas en un plásmido recombinante que codifica el epítopo gp

350/220 del virus de Epstein-Barr (EBV)
Actas de la conferencia AIP 1844, 030005 (2017); https://doi.org/10.1063/1.4983432

Actas de la conferencia AIP 1844, 030001 (2017); https://doi.org/10.1063/1.4983428 1844, 030001

© 2017 Autor (es).

 Biología sintética: bioingeniería emergente en Indonesia

Sony Suhandono1, a)

1Escuela de Ciencias de la Vida y Tecnología. Centro Nacional de Nanociencia y Nanotecnología, Nanobiología

División. Instituto Teknologi Bandung. Jalan Ganesa 10 Bandung 40132, Indonesia

a)Autor para correspondencia: sony@sith.itb.ac.id

Abstracto. El desarrollo de la biología sintética dará forma a la nueva era de la ciencia y la tecnología. Es una técnica de bioingeniería
emergente que involucra la ingeniería genética y que puede alterar el fenotipo y el comportamiento de la célula o del nuevo producto. La
biología sintética puede producir biomateriales, medicamentos, vacunas, biosensores e incluso un metabolito secundario recombinante
utilizado en la medicina herbal y complementaria, como la artemisinina, un medicamento contra la malaria que generalmente se extrae de la
planta.Artemisia annua. El poder de la biología sintética ha animado a los científicos de Indonesia y aún se encuentra en un desarrollo
temprano. Este documento también cubre algunas investigaciones de un instituto de investigación de Indonesia en biología sintética, como la
observación de la producción de biotensioactivos y la producción mejorada de artemisinina mediante un sistema de expresión transitoria. El
desarrollo de la biología sintética en Indonesia también puede estar relacionado con la competencia iGEM, una gran competencia de
investigación en biología sintética a la que asistieron varias universidades de Indonesia. Se discutirá la aplicación de la biología sintética para el
descubrimiento de fármacos.

DEFINICIÓN

El surgimiento de la biología sintética puede remontarse a 1961 cuando Francois Jacob y Jacques Monod encontraron un Laca
operón.1 Inspira a los científicos a creer que algún día podríamos manipular células bacterianas para controlar su comportamiento y
productos. El término biología sintética fue declarado por primera vez en 1912 por el químico francés Stéphane Leduc (1853-1939).2; sin
embargo, solo recientemente se ha convertido en un término para describir la interfaz entre la biología molecular y la bioingeniería de núcleo
duro, que consiste en bioprocesos e ingeniería genética. La biología sintética amplía la ingeniería genética para centrarse en sistemas
completos de genes y productos genéticos.3 La biología sintética podría entonces declararse como una nueva corriente principal de
bioingeniería en biología después de la era de la ingeniería genética.
Andrianantoandro (2006) ilustró que la biología sintética puede ser análoga a la ingeniería informática (Figura 1) que comienza con
muchos dispositivos pequeños como chips, placa base, cableado, etc., mientras que la biología sintética comienza con el gen, que es una
disposición especial de varios secuencias de ADN funcionales que producen ARN y proteínas. Esas proteínas pueden funcionar en reacciones
bioquímicas en diferentes etapas de crecimiento o pueden expresarse en diversas condiciones ambientales. La disposición se puede
programar de la misma manera que las disposiciones de puertas lógicas durante la ingeniería de la placa base de una computadora. Las
células pueden representar el cuerpo completo de una computadora. La red de células puede estar produciendo un tejido; al mismo tiempo,
una red de una computadora, puede funcionar como una máquina o un robot con un objetivo específico, como el de un tejido o un órgano.
Por lo tanto, La biología sintética necesita estandarizar sus partes, por ejemplo, el comportamiento de cada fragmento de ADN funcional
como el promotor, intrón, detiene la señal de transcripción, secuencia de unión al ribosoma, etc. Esto puede incluir un gen indicador, genes
marcadores o genes que expresan proteínas señal. Se pueden organizar muchas partes en un dispositivo que luego actúa como un sistema
de expresión. A continuación, se pueden organizar conjuntos de dispositivos genéticos para producir nuevos productos o comportamientos
celulares.

La 7ma Conferencia Internacional sobre Conservación de Recursos Globales

Conf. AIP Proc. 1844, 030001-1–030001-8; doi: 10.1063 / 1.4983428
Publicado por AIP Publishing. 978-0-7354-1516-4 / $ 30.00

030001-1
 FIGURA 1.Comparación de procesos de ingeniería en biología sintética e ingeniería informática.3

Definición: Biología sintética (también conocida como Synbio, Genómica sintética, Biología constructiva o Biología de sistemas) -
el diseño y construcción de nuevas partes, dispositivos y sistemas biológicos que no existen en el mundo natural y también el
rediseño de sistemas biológicos existentes para realizar tareas específicas. Los avances en las tecnologías a nanoescala, o la
manipulación de la materia a nivel de átomos y moléculas, están contribuyendo a los avances en la biología sintética.4 Otras
definiciones de biología sintética incluyen el rediseño de sistemas vivos naturales complejos de una manera racional y sistemática en
módulos simplificados, predecibles y controlables que pueden modelarse y manipularse para generar sistemas escalables
industrialmente con un propósito definido.5 La ingeniería de células sintéticas no es solo para la producción de compuestos valiosos,
sino también para estudiar la biología como sistema. Los circuitos genéticos diseñados en células sintéticas también se pueden
utilizar para dilucidar muchos mecanismos biológicos, como los mecanismos de las enfermedades o el mecanismo de acción de los
fármacos y para estudiar la comunicación célula-célula dentro de los consorcios de bacterias.6

HISTORIA DE LA BIOLOGÍA SINTÉTICA EN INDONESIA

Nuestra primera atención a la biología sintética se despertó cuando el artículo titulado “Vida” sintética, ética, seguridad nacional
y discurso público fue publicado en la revista SCIENCE en 2011. En el mismo año, nuestro grupo de investigación fue invitado por el
asistente del Presidente de la República de Indonesia con respecto a este tema. Esta reunión demostró que la biología sintética ha
sido un tema provocador, incluso para los políticos indonesios desde 2011. En 2012, declaramos por primera vez que la biología
sintética se incluiría en los planes de estudio de 2013-2018 en el Programa de estudios de biología de la Escuela de Ciencias de la
Vida y Tecnología. , ITB. Fue muy afortunado que uno de nuestros estudiantes de posgrado quisiera participar en iGEM
(International Genetic Engineered Machine Competition - MIT) en 2013. De hecho, el primer equipo de iGEM vino del
InstitutPertanian Bogor 2012, pero no pudieron asistir al evento de competencia. La competencia de 2013 se llevó a cabo en Hong
Kong, con muchos representantes de universidades de Asia y Australia, incluidas tres universidades de Indonesia: Universidad de
Indonesia, InstitutTeknologi Bandung y Universidad de Tecnología de Sumbawa (UTS). InstitutTeknologi Bandung (ITB) y la
Universidad de Indonesia (UI) ganaron medallas de plata. En 2014, cuatro universidades indonesias participaron en iGEM: UI, ITB,
UTS y UB. ITB e UI finalmente ganaron medallas de oro, mientras que UB ganó una medalla de plata. UTS fue galardonado con el
Premio del Presidente especial, que estaba muy impresionado de que universidades de áreas remotas de Indonesia habían venido y
competido en una competencia mundial de biología sintética. En 2015, UTS no envió un equipo de iGEM. UI e ITB ganaron medallas
de plata y UB ganó la medalla de oro. La competencia iGEM es una competencia de biología sintética que involucra experimentos en
banco seco y húmedo. En el concurso podrán participar estudiantes, desde bachilleratos hasta posgraduados. También se extiende
ahora a los aspectos artísticos y sociales de la biología sintética. Esta competencia puede ser un indicador importante de qué
universidades indonesias han desarrollado biología sintética. El siguiente párrafo explicará varias investigaciones realizadas por el
equipo iGEM de Indonesia.

030001-2
 Universidad de Agricultura de Bogor (IPB)

En 2012, IPB diseñó una bacteria que puede expresar la enzima polietileno-diodegradador. Esta bacteria será útil para
las industrias plásticas de vertederos.

Instituto Teknologi Bandung (ITB)

En 2013, ITB creó un biosensor de células completas para la detección de aflatoxina B1 en los alimentos. El biosensor utiliza
Escherichia coli como el chasis para construir un circuito genético utilizando el sistema de respuesta SOS para detectar el daño del
ADN causado por el ataque del óxido de aflatoxina B1. Al promotor de la respuesta SOS le sigue un gen indicador que codifica una
cromoproteína; por lo tanto, la concentración de aflatoxina B1 en muestras de alimentos podría detectarse fácilmente por el cambio
de color de las bacterias. En 2014, ITB creó el ColiPlasTer,Escherichia coli terminador de plástico. Estas bacterias tienen la capacidad
de degradar el plástico produciendo unaesterasa enzima que acelera el proceso de degradación del plástico. Esta enzima degradará
el plástico a su monómero y lo utilizará como fuente de carbono para mantener la vida de las bacterias. Por lo tanto, no se producen
contaminantes como resultado del proceso de degradación. En 2015, el equipo de ITB creó el RhamCOLIpid que produjo un
biosurfactante. ITB_Indonesia optimizó elrhlAB gen de Pseudomonas aeruginosa para la producción de ramnolípidos, combinados
LacaProteína controladora y reportera para el control y visualización de la producción en E. coli.

UniversitasTeknologi Sumbawa (UTS)

En 2014, Sumbawagenacreó ECONEY, que es capaz de medir diferentes niveles de glucosa en la miel. BBa_J04450 tiene
un promotor lac y un gen mRFP; por lo tanto,E. coli albergar este plásmido dará un color rojo cuando las bacterias crezcan
con lactosa o IPTG. Por el contrario, la expresión de mRFP disminuirá cuando la glucosa esté presente en el medio a través
de un mecanismo llamado represión de catabolitos.E. coli mostrará un color rojo cuando se exprese a diferentes
concentraciones de glucosa. Al cambiar el gen mRFP con amilCP, una proteína azul fluorescente,E. coli Expresará un color
rojo o azul cuando se agregue diferente miel al medio debido a las diferentes concentraciones de glucosa.

Universitas Indonesia (UI)

En 2013, UI creó un biosensor de tuberculosis basado en un anticuerpo específico que detecta la presencia de proteína
inmunogénica de mycobacterium sp. El biosensor funcionará de forma intermitente debido a un principio de
complementación que convierte el sustrato en una señal única. En 2014, UI creóE. coli que puede degradar la biopelícula de
Vibrio cholerae. La molécula de señal de detección de quórum deVibrio cholerae puede ser detectado por E. coli usando un
gen de motilidad, CheZ, que segrega enzimas como α-amilasa, nucleasa y subtilisina para descomponer la matriz.
Finalmente, segrega el péptido 1018 que mataV. cholerae. En 2015, UI creó un interruptor de palanca de bacterias gram
positivas para expresar la proteína espermicida, subtilisina A (SboA), y la proteína suicida, NdoA. Estos dispositivos
funcionarán de forma intermitente en función de diferentes promotores inducidos por IPTG y xilosa.

UniversitasBrawijaya (UB)

En 2014, la UB creó el Programa de Atención del Cáncer de Cuello Uterino (C3P). El proyecto tenía como objetivo desarrollar un kit para
determinar el riesgo de cáncer de cuello uterino. Este kit puede detectar la presencia de VPH 16 y 18 utilizando un indicador que está
conectado a un gen indicador. La intensidad del color se detectará mediante el software de UB. En 2015, UB construyó un sistema de
expresión enE. coli que puede detectar la partícula del virus del dengue. E. coli puede secretar un fragmento de anticuerpo funcional, scFv,
que se fusiona con OsmY. El anticuerpo detectará las partículas del virus del dengue en las muestras del paciente de forma rápida y precisa.

BIOLOGÍA SINTÉTICA EN INDONESIA EN LA ACTUALIDAD

Un ejemplo de un proyecto de biología sintética que está actualmente en curso en nuestro grupo de investigación es la
producción de ramnolípido, un compuesto biosurfactante muy prometedor para aplicaciones en la industria petrolera. Este proyecto

030001-3
fue adaptado de iGEM 2015. Este proyecto producirá un E. coli sistema de producción. Este modelo de biología sintética
utiliza un sistema de control de retroalimentación para producir ramnolípidos. Se fabricaron dos dispositivos para construir
el sistema. El primer dispositivo (dispositivo A) produce elLacaI proteína, que cierra la actividad de la Laca promotor para
producir proteína choromo. losLacaLa proteína se eliminará si las bacterias utilizan la lactosa. En el primer paso de
fermentación, elE. coli crecerá usando glucosa; sin embargo, si la glucosa se ha agotado en los medios, laE. coli
comenzará a usar lactosa (dispositivo B). Cuando la lactosa entra enE. coli células, la densidad de las células en el
medio alcanzará una densidad máxima. La lactosa activará laLaca promotor para producir una cromoproteína. Al
mismo tiempo, el promotor T7, que también se fusiona con un operador lac, comenzará a producir enzimas
biosintéticas (rhlA y rhlB) para producir ramnolípidos. Por tanto, el color azul delE. coli cultura indica que el mi. coli
están produciendo ramnolípidos. Sin embargo, la lactosa eventualmente se agotará en el medio, y lalaca El operador
ya no será liberado del LacaYo proteína. Esto significa queE. coli seguirá creciendo en glicerol, pero el color azul se
reducirá. En esta condición, el cultivo se recolectará en busca de ramnolípidos y algunos de los cultivos se llevarán al
nuevo fermentador con medios frescos de glucosa, lactosa y glicerol.

Figura 2.Mecanismos del sistema de control de la producción de ramnolípidos a partir de E. coli BL21 recombinante

Nuestro grupo de investigación también participó en la producción de artemisinina utilizando un sistema de expresión
transitoria en plantas. La investigación fue iniciada y promovida por el Dr. ElfahmiYaman, Facultad de Farmacia ITB. Hemos
clonado muchos genes de la vía biosintética de la artemisinina. La artemisinina es una novedosa lactona sesquiterpénica
con una estructura interna de puente de peróxido, que se extrae de la hierba tradicional china.Artemisia annua L. (Qinghao).
La artemisinina fue recomendada por la Organización Mundial de la Salud como fármaco de primera línea en el tratamiento
del paludismo encefálico y resistente a la cloroquina.Amorfa-4,11-dieno sintasa (ADS) es una de las enzimas de la vía de la
artemisinina. El nivel de artemisinina se puede aumentar mediante la sobreexpresión delANUNCIOS gen y gen p19 en un
ensayo transitorio.7 Del cromatograma de hojas de Artemisia annua Extracto L, encontramos que la coexpresión del
ANUNCIOS y p19 los genes pueden aumentar el nivel de artemisinina. losp19 El gen produce una proteína viral vegetal que
puede aumentar la eficiencia de transformación. Se demostró que la cotransformación de los dos genes producirá niveles
más altos de artemisinina (casi un 100% más) (Tabla 1).

030001-4
 TABLA 1. Cantidad relativa de artemisinina medida mediante densitometría en cromatografía de capa fina

Cantidad relativa de artemisinina (%)

Muestra Promedio (%)
1 2 3
Negativo 0,046 0,047 0,047 0,047 ± 0,00019
AGL1 vacío 0,049 0,040 0,048 0,046 ± 0,00519
Gen anuncios 0,049 0,048 0,046 0,048 ± 0,00142
Co-transformación
AgroAds + Agro p19 0,074 0,074 0,072 0,073 ± 0,00111 *

La biología sintética puede reducir la duración de la producción de artemisinina de 14 a 18 meses en solo unas pocas semanas
utilizando un enfoque de biología sintética con células de levadura como huésped. La levadura puede producir amorfadieno, un
precursor de la artemisinina, que se sintetizará químicamente en artemisinina.8

FIGURA 3. Una comparación de la producción natural de artemisinina y la producción semisintética de artemisinina.8

PRODUCCIÓN DE DROGAS MEDIANTE BIOLOGÍA SINTÉTICA

La biología sintética puede ayudar con el desarrollo de medicamentos simples. Una forma de producir medicamentos más baratos
es clonando genes de una vía metabólica vegetal para producir compuestos activos enE. coli o levadura. Los principales productos
naturales que pueden producirse mediante biología sintética incluyen fármacos funcionales como antibióticos, antifúngicos,
antitumorales, inmunosupresores y agentes reductores del colesterol. Las principales clases de productos naturales incluyen
policétidos, péptidos, alcaloides y flavonoides. Esto puede incluir la producción de betacaroteno, un precursor de la vitamina A9y
licopeno.10 Mover la vía biosintética puede tener una consecuencia en el comportamiento de las células para producir nuevos
compuestos (A). La otra forma sencilla es agregar más precursores para producir más productos mediante el empleo de enzimas
naturales en la célula.

030001-5
 FIGURA 4. La producción de un producto natural mediante la adición de una serie de genes responsables de producir nuevos
producto (A) o simplemente agregando más precursores para que las células produzcan más producto (B).6

En estudios anteriores se han revisado ejemplos de la producción de productos naturales a partir de plantas como los
terpenoides.5 La revisión también señala que los terpenoides pueden mejorarse mediante la introducción de nuevos promotores
para impulsar la producción de compuestos precursores como pirofosfato de isopentenilo (IPP). Otra forma de aumentar la
productividad es mediante la sobreexpresión específica de enzimas limitantes de la velocidad en la vía, por ejemplo, HMGR,
desoxiglucosa 5 fosfatosintasa (DXS) y preniltransferasas.
Mover las vías de biosíntesis de una especie a otra no es la única forma en que la biología sintética funciona para el desarrollo de
fármacos. Los circuitos genéticos en los organismos hospedadores pueden modificarse mediante la vía sintética adicional o modificarse al
eliminar alguna actividad enzimática o agregar algunos precursores al mejorar las enzimas clave. La diversidad química en el organismo se
explora mediante la mezcla de genes. La biología sintética también puede involucrar la biodetección optogenética para construir un
organismo que tenga la capacidad de ser utilizado como un modelo de enfermedad y evaluar el mecanismo de acción del fármaco, la
administración del fármaco, etc. La biología sintética modifica un organismo haciendo que las especies sean capaces comunicarse entre sí a
través de la detección de quórum para superar la resistencia a los medicamentos, optimizar la producción natural, etc. Esa tecnología estaba
disponible en muchos artículos de investigación recientes.

030001-6
 FIGURA 5. Las vías de biología sintética para el cribado de drogas.5

Un ejemplo del sistema es el cribado de fármacos contra la resistencia a la estreptogramina, que se construyó a partir del
operón de estreptogramina que se encuentra en Streptomyces coelicolorresistente a los antibióticos estreptogramínicos. El operón
se modificó para incluir una proteína de fluorescencia verde para el cribado de fármacos contra estreptogramina en varias células
de mamíferos.11 Otros biosensores novedosos se describieron en revisiones anteriores como.12
La biología sintética también abre la posibilidad de producir color, sabor o aceite volátil para la industria del perfume.
Por ejemplo, la acetoína y el diacetilo son moléculas naturales que tienen un sabor a mantequilla. Dos moléculas de piruvato
son catalizadas por acetolactato sintasa (ALS). Descarboxilación para formar acetolactato. Descarboxilación de acetolactato
poracetolactato descarboxilasa produce acetoína. Al clonar estas dos enzimas enE. coli, se puede producir la molécula de
sabor de acetoína. Sin embargo, la producción de acetoína se puede mejorar eliminando genes que producen enzimas que
utilizan moléculas de piruvato como la fosfoenolpiruvato sintasa, piruvato deshidrogenasa, piruvato-formatelyasa y piruvato
oxidasa. La producción de acetoína puede incrementarse hasta 870 mg / L de cultivo. Pueden producirse otras moléculas
mediante la misma estrategia de biología sintética.13

RESUMEN

La biología sintética es un campo de bioingeniería emergente en el que la aplicación se puede utilizar para la producción de
moléculas valiosas o para la investigación y el desarrollo. El campo puede abrir nuevas formas de hacer investigación, así como
sistemas de producción de moléculas valiosas. Los científicos indonesios pueden comenzar a darse cuenta de la importancia de la
biología sintética para la independencia de biomoléculas valiosas y sostenibles. Por ejemplo, la artemisinina se produjo
originalmente extrayendo la molécula de plantas que solo están disponibles en Asia tropical. La producción de artemisinina basada
en biología sintética puede afectar a la industria de la artemisinina basada en la agricultura. Es posible que los países tropicales ya
no disfruten del valor de los productos naturales extraídos de plantas nativas. La biología sintética puede acelerar la

030001-7
conversión de la estrategia de producción de extracción a biosíntesis. El futuro de la biología sintética para Indonesia es inmenso, ya
que Indonesia es el centro de la biodiversidad que también infiere la riqueza de su producto natural.

RECONOCIMIENTO

Gracias al Dr. Elfahmi Yaman, que está compartiendo generosamente sus datos para mejorar este documento. Equipo iGEM ITB_indonesia
2015, quienes están iniciando la construcción del sistema de producción de ramnolípidos y también me permitieron continuar con su
investigación. La investigación en biología sintética en ITB está actualmente financiada por Riset ITB 2016.

REFERENCIAS

1. Monod, J. & Jacob, F. 1961. Mecanismos teleonómicos en el metabolismo celular, crecimiento y diferenciación.
Symp. Quant. Biol.26: 389–401 Leduc, S. 1912.La
2. BiologieSynthétique. París, Francia: Poinat
3. Andrianantoandro E., Basu S., Karig, D., Weiss, R. 2006 Biología sintética: nuevas reglas de ingeniería para una
disciplina emergente. Biología de sistemas moleculares, 0028: 1 - 14. Doi: 10.1038 / msb4100073 grupo ETC. 2007.
4. Ingeniería genética extrema: una introducción a la biología sintética.
5. Moses T., Pollier J., Thevelein JM y Goossens A. (2013). Bioingeniería de (tri) terpenoides vegetales: desde la
ingeniería metabólica de plantas hasta la biología sintética in vivo e in vitro.Nuevo fitólogo, 200: 27–43 Trosset, JY.
6. & Carbonell, P. 2015 Biología sintética para el descubrimiento de fármacos farmacéuticos.Diseño, desarrollo y
terapia de fármacos. 9: 6285–6302.
7. Noviana, D. 2014. Pengaruh Transormasi Gen Ads Dan P19 Terhadap Kadar Artemisinin Pada Daun Dan
Akar Rambut Artemisia AnnuaL. Skripsi. Programa Studi Sains Dan Teknologi Farmasi,Institut teknologi
Bandung.
8. Westhall, PJ 2012. Producción de amorfadieno en levadura y su conversión en ácido dihidroartemisínico,
precursor del agente antipalúdico artemisinina. Pnas. 109 (3): 655–656
9. Yuan LZ, Rouvi_ere PE, Larossa RA, Suh W. 2006. Sustitución del promotor cromosómico de la vía isoprenoide para
mejorar la producción de carotenoides en E. coli. Ingeniería metabólica 8: 79–90.
10. Alper H. & Stephanopoulos G. 2007. Ingeniería de maquinaria de transcripción global: un nuevo enfoque
para mejorar el fenotipo celular. Ingeniería metabólica9: 258-267.
11. Fussenegger M, Morris RP, Fux C, et al. 2000. Sistemas de regulación de genes basados en estreptogramina para células
de mamíferos. Nat Biotechnol. 18 (11): 1203–1208.
12. Engeling L, Bott M, Marienhagen J.2015. Nuevos métodos de detección: biosensores.Curr Opin Biotechnol.
35 (3): 30–36.
13. Caroll, AL, Desai, SH y Atsumi, S. 2016. Producción microbiana de compuestos aromáticos y aromáticos.
Opinión actual en biotecnología. 37: 8-15

030001-8