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PRESENTA
Cristian Emmanuel Bahena Méndez
DIRECTOR DE TESIS
Dr. Humberto Saint Martin Posada
1
Índice general
1. Antecedentes 5
2. Marco teórico 6
2.1. Aproximación Born-Oppenheimer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
2.1.1. Dinámica molecular ab initio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
2.2. Hartree-Fock (HF) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
2.2.1. Spin orbitales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
2.2.2. Energı́a del determinante de Slater . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
2.2.3. De spin orbitales a orbitales espaciales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
2.3. Teorı́a de las funcionales de la densidad . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
2.3.1. Matrices de densidad de primer y segundo orden . . . . . . . . . . . . . . 18
2.3.2. Teoremas de Hohenberg-Kohn . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
2.4. Aproximación LCAO-MO . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
2.4.1. Método de Roothaan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
2.4.2. Funciones de base . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
2.5. Métodos de correlación electrónica . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
2.5.1. Tipos de correlación electrónica . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
2.5.2. Funciones de estado configuracionales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
2.5.3. Interacciones de configuraciones (IC) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
2.6. Método de campo autoconsistente multiconfiguracional (MCSCF) . . . . . . . . 27
2.6.1. Método de espacio activo completo en un campo autoconsistente (CASSCF) 28
2.6.2. Procedimiento del método CASSCF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
2.7. Teorı́a de perturbaciones Møller-Plesset a segundo orden (MP2) . . . . . . . . . 30
2.8. CASPT2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
2.9. El método de potenciales efectivos de carozo (ECP) . . . . . . . . . . . . . . . . 31
2
2.9.1. Aproximaciones importantes dentro del método ECP . . . . . . . . . . . 34
2.9.2. El tamaño del carozo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
2.10. Dinámica molecular clásica . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
2.10.1. Aspectos generales de los campos de fuerza . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
2.10.2. Integración Ecuaciones de movimiento . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
2.10.3. Base formal del algoritmo de Verlet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
2.10.4. Constricciones dentro de la MCDC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
2.11. Termostato Nosé-Hover . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
2.11.1. Cadenas de Nosé-Hoover . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
2.11.2. Integraciòn de las ecuaciones de movimiento . . . . . . . . . . . . . . . . 46
2.11.3. Constricciones holonomicas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
2.11.4. Operador de evoluciòn temporal e integradores nùmericos . . . . . . . . . 46
2.11.5. Escalas de tiempo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
2.11.6. ensamble can’onico . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
2.11.7. Condiciones experimentales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
2.11.8. terodinamica del ensamble canònico . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
2.11.9. fluctuaciones . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
2.11.10.dinamica molecular ensamble canónico . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
2.11.11.hamiltoniano de un gamiltoniano extendido . . . . . . . . . . . . . . . . 46
3. Metodologı́a 47
4. Resultados y discusión 48
3
Introducción
El mercurio es una de las sustancias más tóxicas en el planeta, existe naturalmente y en pe-
queñas cantidades en el ambiente. La notable actividad humana como por ejemplo la combustión
de combustibles fósiles, metalurgia y la manufactura industrial han contribuido al incremente
de mercurio (Hg) en suelos, sedimentos y ecosistemas acuáticos en todo el mundo.1
Aunque las concentraciones en el ambiente son generalmente pequeñas comparado con aque-
llas encontradas alrededor de sitios contaminados, podrı́an tener efectos significativamente ad-
versos en humanos y ecosistemas. Para entender los mecanismos de contaminación de la cadena
alimentaria, es necesario determinar el camino biológico y quı́mico de las especies depositadas
de Hg. Como se puede esperar, el ion Hg2+ no se mantiene inerte una vez depositado. Este com-
plejo puede ser fácilmente photo-degradado o reducido por componentes producidos por medio
de reacciones photoquimicas[2] y remitidos a la atmósfera como Hg(0) desde varias fuentes en
el ambiente incluyendo suelos, agua fresca, agua de océano y nieve.
a. Tı́tulo. b. Resumen (máximo 300 palabras).
c. Antecedentes (máximo 3000 palabras):
Introducción y antecedentes más importantes relacionados con el tema de la investigación.
d. Planteamiento del problema (máximo 600 palabras): Problema especı́fico o preguntas
más importantes que se quieren resolver en la investigación. Identificar el posible origen del
problema y sus posibles soluciones.
e. Importancia del estudio que se plantea (máximo 600 palabras): Explicar con detalle la
necesidad de realizar la investigación y cuál serı́a la contribución al tema de estudio.
f. Metodologı́a (máximo 1800 palabras): explicar los métodos que se pretenden utilizar en
el proyecto, esto es, las técnicas experimentales, el tipo de análisis que se aplicará a los datos,
los métodos matemáticos o computacionales, etc.
g. Plan del proyecto a corto plazo (máximo 600 palabras): considerando las actividades a
realizar hasta generar un primer artı́culo.
h. Plan general del proyecto (máximo 1200 palabras): considerando un lapso de tiempo de 4
años, plantear un plan por semestre que permita organizar las tareas a seguir en la investigación.
Aquı́ incluya, de ser necesario, estancias de investigación en otros laboratorios o grupos, posibles
problemas sin solución inmediata a los que se puede enfrentar el estudiante y las alternativas
posibles que prevengan que el estudiante alcance el objetivo general de su investigación de
forma satisfactoria. i. Referencias bibliográficas.
4
Capı́tulo 1
Antecedentes
5
Capı́tulo 2
Marco teórico
donde MI , ZI es la masa y el número atómico del I-ésimo núcleo, respectivamente. Los ope-
radores ∇2i y ∇2I representan el operador laplaciano en las coordenadas electrónicas y núcleares.
Agrupando y etiquetando los términos de la Ec. (2.1) obtenemos
6
Los términos TN , Te , Vee , VN N y VeN representan los operadores de energı́a cinética de
los núcleos y electrones, la energı́a potencial electrón-electrón, núcleo-núcleo y electrón-núcleo,
respectivamente. Reescribiendo (2.2) obtenemos:
N
X 1
− ∇2 + Ĥ({ri }; {RI }), (2.3)
i=I
2MI I
∂
i~ Φ({ri }, {RI }; t) = Ĥmol Φ({ri }, {RI }; t). (2.4)
∂t
En busca de la solución a la ecuación de Shrödinger, consideremos solamente la parte
electrónica del hamiltoniano molecular, vamos a consideramos a los núcleos fijos en el espa-
cio. Supondremos que se conoce la solución exacta de la ecuación de Shrödinger independiente
del tiempo para un conjunto de posiciones nucleares fijas,
Ĥ({ri }; {RI })Ψn ({ri }; {RI }) = En ({RI })Ψn ({ri }; {RI }), (2.5)
Z
Ψ∗n ({ri }; {RI })Ψm ({ri }; {RI })dr = δnm
R
la integral · · · dr es la integración sobre todas las posiciones electrónicas. Conociendo las
eigenfunciones electrónicas para todas las posiciones nucleares, es posible escribir la función de
onda total como una combinación lineal
∞
X
Φ({ri }, {RI }; t) = Ψn ({ri }; {RI })χ({RI }; t), (2.6)
n=1
las funciones de onda núcleares (χ({RI } : t)) representan los coeficientes dependientes del
tiempo del desarrollo. Este anzats a la función de onda fué introducido por Born en 1951[?]
para separar sistemáticamente los electrones de los núcleos. En este punto es importante hacer
notar que los electrones son aproximadamente 1800 veces menos masivos que los núcleos.
7
Insertando la ecuación (2.6) en (2.4), multiplicando por Ψ∗n ({ri }; {RI })χ({RI }) e integrando
sobre {ri } obtenemos un conjunto de ecuaciones diferenciales acopladas
" N
# ∞
X 1 X ∂
− ∇2I + En ({RI }) χn + Cnl χl = i χn , (2.7)
I
2MI l
∂t
donde
Z " N
#
X 1
Cnl = Ψ∗n − ∇2I Ψl dr
I
2M I
N Z
(2.8)
1 X
+ { Ψ∗n [−i∇I ]Ψl dr}[−i∇I ]
MI I
es el operador de acoplamiento no adiabático. El primer término de Cnl es el elemento
(n,l) de la matriz de energı́a cinética nuclear, el segundo término depende en el momento
nuclear. Además, los elementos de la diagonal de Cnl dependen solamente de la función de
onda electrónica Ψn . Cnn representa la corrección al termino adiabático En de la ecuación de
Schrödinger independiente del tiempo.
La “aproximación adiabática”(AA) consiste en considerar sólo los elementos de la diagonal,
es decir, los elementos
N Z
X 1
Cnn =− Ψ∗n ∇2I Ψn dr, (2.9)
I
2MI
el segundo término en la Ec. (2.8) es cero cuando la función de onda electrónica es real. La
AA conduce a un conjunto de ecuaciones desacopladas, es decir, el movimiento de los núcleos se
lleva acabo sin cambiar el estado n del subsistema electrónico durante el transcurrir del tiempo:
" N
#
X 1 ∂
− ∇2I + En ({RI }) + Cnn ({RI }) χn = i χn . (2.10)
I
2M I ∂t
Una siguiente aproximación consiste en despreciar también los elementos de la diagonal de
Cnl lo que da origen a la ampliamente conocida aproximación ”Born-Oppenheimer”(A-BO).3
La A-BO reduce la Eq. (2.10) a
" N
#
X 1 ∂
− ∇2I + En ({RI }) χn = i χn . (2.11)
I
2MI ∂t
La Ec. (2.11) representa la descripción cuántica del movimiento de los núcleos en la A-
BO. La descripción del subsistema electrónico está descrito por la ec. (2.5), la solución de esta
ecuación se puede expresar como una combinación lineal de la base de los estados electrónicos:
8
∞
X
Ψ({rI }; {RI }; t) = cl (t)Ψl ({rI }; {RI }; t), (2.12)
l
donde los coeficientes cl son los números de ocupación de los estados electrónicos.
En principio es posible encontrar la solución a la ecuación nuclear y electrónica. Esto nos
proporcionarı́a una descripción cuántica de la dinámica de los núcleos y electrones. Sin embargo,
para sistemas en fase condensada de un tamaño moderado no es práctico, lo cuál nos lleva
a algunos caminos para simplificar y hacer más tratable los cálculos, estos caminos reciben
el nombre de dinámica molecular Ab initio (DM-abinitio). En la siguientes dos secciones se
considera la DM-abinitio de Ehrenfest y la DM-abnitio Born-Oppenheimer, aunque también
existe la DM-abinitio Car-parinello.4
Z
MI R̈I = −∇I drΨ∗ ĤΨ = −∇I hHi . (2.13)
9
Los núcleos se mueven clásicamente sobre una superficie de energı́a potencial Born-oppenheimer
(SEP-BO), E0 se obtiene de la solución a la ecuación de schrödinger independiente del tiempo.
En comparación con la DM-E el estado base se tiene que calcular para cada paso de tiempo,
este se obtiene diagonalizando el hamiltoniano electrónico.
10
χ(x)2j−1 =ψi (r)α(S1 ); i = 1, 2, ..., K
(2.15)
χ(x)2j =ψi (r)β(S2 ),
donde ψi (r) son los orbitales espaciales. Las funciones α(S1 ) y β(S2 ) representan las eigen-
funciones de los operadores Ŝ 2 y Ŝz . La variable x representa al conjunto de variables espaciales
y de spin (x={r, S}).
La teorı́a de HF usa el principio variacional para obtener los orbitales moleculares que
minimizan la energı́a.
El principio variacional establece que cualquier función de onda, usada para aproximar la
función de onda exacta del sistema, tiene energı́a mayor o igual a la energı́a exacta, es decir,
E[Ψ] ≥ E0 , (2.16)
La energı́a del sistema asociada al estado Ψ se obtiene al calcular el valor esperado del
hamiltoniano electrónico, dividida por la norma al cuadrado de la función de onda:
hΨ|Ĥ|Ψi
E[Ψ] = . (2.17)
hΨ|Ψi
La función de onda total electrónica debe ser antisimétrica respecto al intercambio de las
coordenadas de dos electrones (dado que los electrones son fermiones con spin 1/2 y obedecen
el principio de Pauli). Para incluir la antisimetrı́a de la función de onda se construye la función
de onda como un determinante de Slater:
χa (x1 ) χb (x1 ) ··· χN (x1 )
· · · χN (x2 )
1 χa (x2 ) χb (x2 )
Φ0 ({xi }) = √ .. .. ... ..
con hχi |χj i = δij (2.18)
N! . . .
· · · χN (xN )
χa (xN ) χb (xN )
El determinante se Slater suele escribirse en forma compacta solamente usando los elementos
de la diagonal,
11
Φ0 ({xi }) = |χa (x1 )χb (x2 ) · · · χN (xN )|.
N −1
1 X 1 X X
 = √ (−1)p P̂ = √ [1 − P̂ij + P̂ijk − · · · ]. (2.20)
N ! p=0 N! ij ijk
El operador 1 es la identidad, el operador P̂ij genera todas las posibles permutaciones de las
coordenadas de dos electrones, P̂ijk genera todas las posibles permutaciones de tres electrones,
etc. Â y Ĥ satisface las siguientes relaciones:[5]
ÂĤ = Ĥ Â (2.21)
√
 = N ! (2.22)
m
1 2 X Zβ
ĥi = − ∇i − ,
2 β=1
riβ
1
ĝij = , (2.23)
rij
N
Xelec N
X elec
12
El operador monoelectrónico ĥi describe la interacción del electrón i-ésimo con el campo
de los núcleos ası́ como la energı́a cinética del electrón, y ĝij representa la repulsión entre
electrones.
A partir de la Ec. (2.20) podemos calcular el valor esperado del hamiltoniano:
E = hΦ0 |Ĥ|Φ0 i
D E
= ÂX Ĥ ÂX
√ D E (2.24)
= N ! X Ĥ ÂX
X D E
p
= (−1) X Ĥ P̂ X
p
Para el operador monoelectrónico ĥi sólo contribuye la parte de la identidad del operador
P̂ . Recordemos que todos los orbitales moleculares {χj } están normalizados. Para el electrón
con coordenadas x1 en el estado a se obtiene el elemento de matriz:
hX|ĥ1 |Xi = hχa (x1 )χb (x2 ) · · · χN (xN )|ĥ1 |χa (x1 )χb (x2 ) · · · χN (xN )i
= hχa (x1 )|ĥ1 |χa (x1 )i hχb (x2 )|χb (x2 )i · · · hχN (xN )|χN (xN )i (2.26)
Las contribuciones de elementos que involucran al operador de permutación son cero. Como
ejemplo consideremos la permutación de los electrones 1 y 2,
D E
X ĥ1 P̂12 X = hχa (x1 )χb (x2 ) · · · χN (xN )|ĥ1 |χb (x1 )χa (x2 ) · · · χN (xN )i
(2.27)
= hχa (x1 )|ĥi |χb (x1 )i hχb (x2 )|χa (x2 )i · · · hχN (xN )|χN (xN )i = 0.
Para el operador bielectrónico ĝij , sólo contribuyen los operadores identidad y P̂ij . En la
contribución de permutaciones de tres electrones, hay al menos una integral que involucra
orbitales moleculares distintos. Como ejemplo consideremos el operador g12 , el término que
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proviene del operador identidad esta dado por:
hX|ĝ12 |Xi = hχa (x1 )χb (x2 ) · · · χN (xN )|ĝ12 |χa (x1 )χb (x2 ) · · · χN (xN )i
= hχa (x1 )χb (x2 )|ĝ12 |χa (x1 )χb (x2 )i · · · hχN (xN )|χN (xN )i (2.28)
= hχa (x1 )χb (x2 )|ĝ12 |χa (x1 )χb (x2 )i = J12 .
Al elemento de matriz J12 se le conoce como integral de Coulomb. Representa la repulsión
clásica entre dos distribuciones de carga dadas por χ2a (x1 ) y χ2b (x2 ).
El término que proviene del operador P12 esta dado por:
D E
X ĝ12 P̂12 X = hχa (x1 )χb (x2 ) · · · χN (xN )|ĝ12 |χb (x1 )χa (x2 ) · · · χN (xN )i
= hχa (x1 )χb (x2 )|ĝ12 |χb (x1 )χa (x2 )i · · · hχN (xN )|χN (xN )i (2.29)
= hχa (x1 )χb (x2 )|ĝ12 |χb (x1 )χa (x2 )i = K12 ,
a K12 se le conoce como integral de intercambio y no tiene analogı́a clásica. La integral
de Coulomb no es cero para todos los pares de electrones, sin importar el spin. La integral de
intercambio no es cero sólo cuando los electrones que ocupan los spin-orbitales χa y χb tienen
el mismo spin. Esto viene de la ortogonalidad de las funciones de spin.
Entonces, la energı́a puede ser expresada como:
N
Xelec
+ ( hχi (x1 )χj (x2 )|ĝ12 |χi (x1 )χj (x2 )i − hχi (x1 )χj (x2 )|ĝ12 |χj (x1 )χi (x2 )i)
i=1 j>i
+ Vnn ; (2.30)
N
Xelec N
X elec N
X elec
El signo negativo que acompaña al término de intercambio proviene del factor (−1)p en el
operador de antisimetrización (ec. (2.20)).
Con el fin de obtener una expresión para la variación de la energı́a, es conveniente expresar
la energı́a en términos del operador de Coulomb Jˆ y el operador de intercambio K̂.
Nelec Nelec
X 1X
E= hχi |ĥi |χi i + ( hχj |Jˆi |χj i − hχj |K̂i |χj i) + Vnn . (2.31)
i=1
2 ij
14
Los operadores Jˆ y K̂ se definen como:
Jˆi |χj (x2 )i = hχi (x1 )|ĝ12 |χi (x1 i |χj (x2 )i
(2.32)
K̂i |χj (x2 )i = hχi (x1 )|ĝ12 |χj (x1 i |χi (x2 )i
Para obtener los orbitales moleculares que minimizan la energı́a se hace una variación de
la funcional de Lagrange (definida en la Ec. (2.33)) con respecto a cambios en los orbitales
moleculares con la restricción de que los orbitales moleculares preserven su ortogonalidad.
N
Xelec
N
X elec
N
Xelec N
X elec
δE = ( hδχi |ĥi |χi i + hχi |ĥi |δχi i) + ( hδχi |Jˆj − K̂j |χi i + hχi |Jˆj − K̂j |δχi i)
i ij
(2.35)
N
Xelec
hχ|δχi = hδχ|χi∗
(2.37)
hχ|F̂ |δχi = hδχ|F̂ |χi∗ ,
15
obtenemos:
N
Xelec N
Xelec N
Xelec N
Xelec
δL = hδχi |F̂i |χi i − λij hδχi |χj i + hδχi |F̂i |χi i∗ − λij hδχj |χi i∗ = 0. (2.38)
i ij i ij
N
Xelec
Esto implica que los multiplicadores de Lagrange son elementos de una matriz hermitiana
(λij = λ∗ji ). El conjunto final de ecuaciones ( conocidas como ecuaciones de Hartree-fock) se
pueden escribir como:
N
X elec
Los multiplicadores de Lagrange se interpretan como las energı́as de los orbitales moleculares
y son los valores esperados del operador de Fock en la base de los spin-orbitales.
Las energı́as de los orbitales son los elementos de matriz del operador de Fock en donde es
diagonal.
La energı́a total en términos de los orbitales se expresa como:
Nelec Nelec
X 1X
E= i − (Ĵij − K̂ij ) + Vnn
i
2 ij
N
(2.43)
X elec
La energı́a total no es la suma de las energı́as de los orbitales moleculares. Si se suman todas
las energı́as de los orbitales ocupados se hace un conteo doble incorrecto de las interacciones
de Coulomb y de intercambio.
16
2.2.3. De spin orbitales a orbitales espaciales
Hasta ahora todo el desarrollo ha involucrado spin-orbitales {χj }. El uso de spin orbitales
simplifica las operaciones algebráicas y la notación de la formulación de varias teorı́as de la
quı́mica cuántica. Sin embargo, por medio de la integración de la ecuación Hartree-Fock respecto
a variables de spin se llega a ecuaciones que involucran sólo funciones espaciales, las cuales son
más fáciles de manipular para cálculos numéricos.[6]
El operador de Fock para orbitales espaciales es:
N/2
X
F (r1 ) = h(r1 ) + 2Ji (r1 ) − Ki (r1 ), (2.44)
i
Estas ecuaciones son idénticas a aquellas deducidas de spin- orbitales, excepto que hay un factor
de 2 en el operador de Coulomb. La suma es sobre los N /2 orbitales ocupados, ya que ahora los
orbitales espaciales pueden estar doblemente ocupados ({ψi }) en el caso de sistemas de capa
cerrada.
En la siguiente sección se introduce la aproximación de Roothaan la cual describe los or-
bitales espaciales como una combinación lineal de un conjunto base de funciones espaciales
centradas en los núcleos de todos los átomos en la molécula. Existe un método equivalente al
de Roothaan para capa abierta. En este método se considera a la parte espacial dependiente
del spin, es decir las funciones espaciales se expresan como: ψiα y ψiβ . Ver ref. [6].
17
cuántico puede ser determinada por medio de una variación de la funcional de energı́a respecto
a la densidad.
Entre los resultados de la DFT, uno en especial asegura que si se conoce la densidad del
sistema que minimiza la energı́a, es posible determinar completamente el estado fundamental
del sistema. Desafortunadamente hasta la fecha no existe una expresión que permita conocer
la energı́a electrónica exacta, dado un edificio nuclear fijo, a partir de la sensidad electrónica.
DFT reduce el número de grados de libertad, de 3N variables del sistema pasamos a sólo 3
(aquellas que definen la densidad electrónica en un punto en el espacio), es decir, remplaza un
sistema multielectrónico por un sistema monoelectrónico.
P2 (r0i , r02 ; r1 , r2 ) =
N (N − 1)
Z (2.47)
Ψ∗ (r01 , r02 , r3 , · · · , rN )Ψ(r1 , r2 , r3 , · · · , rN )dr[N −2] ,
2
a los elementso de la diagonal de P2 se les llama matriz de densidad de dos partı́culas,
P2 (r1 , r2 ) = P2 (r1 , r2 ; r1 , r2 ).
Z
2
P1 (r01 ; r1 ) = P2 (r01 , r2 ; r1 , r2 )dr2 . (2.48)
n−1
Dada P1 y P2 la energı́a exacta es determinada por:
Qnuc
" ! #
1 2 X Zα
E = tr(Ĥ P̂ ) = − ∇1 − P1 (r01 , r1 ) dr1
2 α
|r1 − R α | 0
Z
r1 =r2 (2.49)
1
+ P2 (r1 , r2 )dr1 dr2 .
|r1 − r2 |
18
Se concluye que los elementos de la diagonal de la matriz densidad de primer y segundo
orden determinan la energı́a exacta. Esto parece simplificar los cálculos. No se requiere la
solución de la ecuación de Schrödinger para obtener Ψ, es suficiente con determinar P1 y P2 .
Un problema de 3N coordenadas se reduce a un problema en espacio de 6 dimensiones. Sin
embargo, la minimización directa de E(P1 , P2 ) sufre el problema especı́fico de asegurar que
las matrices de densidad sean legales, es decir, deben ser construidas a partir de una función
de onda antisimetrı́ca Ψ. Imponer esta restricción es un problema aún no resuelto. La Ec.
(2.49) todavı́a en si no nos lleva a ningún método para calcular la energiá total sin calcular la
función de onda total del sistema. Sin embargo, la observación que conduce a la teorı́a de las
funcionales de la densidad es que no se requiere P2 para encontrar E. La energı́a del estado base
está completamente determinada por los elementos de la diagonal de la matriz de densidad de
primer orden (densidad de carga).
19
2.4. Aproximación LCAO-MO
Resolver las ecuaciones de Hartree-Fock para capa cerrada es equivalente a la solución de
ecuaciones integro-diferenciales complejas, cuyas soluciones son los orbitales moleculares. En
1929, Lennard-Jones sugirió como ansatz representar los orbitales moleculares como una com-
binación lineal de orbitales atómicos. [lennard1929electronic] Coulson reportó por primera
vez resultados de cálculos variacionales de la molécula de hidrógeno usando la aproximación
LCAO-MO. [coulson1938self] Esta fue la primera vez que se usó la teorı́a de orbitales mole-
culares.
En 1951 Rothaan desarrolló un método para resolver las ecuaciones de HF en una compu-
tadora, el cuál se conoce como el método de Rothaan.[roothaan1951new] Usando una base
conocida de funciones redujo el tiempo computacional de los cálculos HF. Demostró que las
ecuaciones integro-diferenciales podı́an ser transformadas a un conjunto de ecuaciones de ma-
trices y ser resueltas de forma algebráica.
En la aproximación LCAO-MO se expresa los orbitales moleculares {ψi } como:
nOA
X
ψi (~r) = φα (~r)Ciα , (2.50)
α=1
donde nAO es el número de orbitales atómicos, Ciα son los coeficientes del orbital molecular y
φα los orbitales atómicos. Cada uno de los orbitales atómicos está centrado en algún núcleo de
la molécula; por ejemplo, para la molécula de H2 O se utiliza el orbital atómico 1s del oxı́geno
y dos orbitales 1s centrados en los átomos de hidrógeno para el primer orbital molecular. La
base de orbitales atómicos no tienen por que ser ortogonal; en cambio, los orbitales moleculares
si lo deben ser.
Al sustituir la Ec. (2.50) en las ecuaciones de Hartree-Fock, se obtiene una ecuación de
matrices:
FCi = i SCi , (2.51)
20
donde la matriz F (matriz de Fock) y S (matriz de traslape) dadas por:
Z
Fαβ = d3~rφ∗α (~r)F̂ φβ (~r)
Z n/2 Z
X
= d3
~rφ∗α (~r)ĥφβ (~r) + d3~rφ∗α (~r)(2Jˆb − K̂b )φβ (~r) (2.52)
b=1
n base
X 1
= hαβ + Pγλ (hαγ|βλi − hαγ|λβi ,
γ,λ=1
2
Z
Sαβ = d3~rφ∗α (~r)φβ (~r). (2.53)
Cuando se diagonaliza la matriz densidad en la base atómica los eigenvalores obtenidos corres-
ponden a los números de ocupación de los orbitales moleculares.
Para que los coeficientes Ci no sean cero, correspondiente a la solución trivial, es necesario
que la Ec. (2.51) cumpla con:
|F − i S| = 0, (2.58)
1. Se definen los parámetros necesarios para los cálculos del sistema molecular (coordenadas
nucleares, carga nuclear, y el número de electrones) y la base atómica ortonormal {φα }.
21
4. Calcular la matriz de Fock F (ver Ec. (2.52)).
0
5. Diagonalizar F para obtener los nuevos coeficientes de los orbitales moleculares {Ci }, y
las energı́as orbitales {i }.
0
6. Escribir la nueva matriz de densidad P , con los nuevos coeficientes de los orbitales mo-
0
leculares, {Ci }.
0
7. Comparar la nueva matriz de densidad P , con la matriz de densidad anterior P y detener
el proceso SCF si la diferencia de las matrices de densidad es menor a cierto valor lı́mite
dado. Si la diferencia es mayor a este valor, volver al paso 4 y continuar con el cálculo
con los nuevos coeficientes obtenidos.
Estos cálculos SCF minimizan la energı́a electrónica total por una transformación unitaria de
los orbitales moleculares. Puede considerarse como un proceso de relajación de los orbitales
moleculares.
Se puede calcular la energı́a electrónica total usando la matriz de densidad P, la matriz de
Fock F, y las integrales monoelectrónicas como:
nbase
1 X
E= Pαβ (hαβ + Fαβ ). (2.59)
2 α,β=1
De acuerdo con la aproximación LCAO-MO ec. (2.50) podemos construir orbitales molecular
a partir de una combinación lineal de orbitales atómicos. La precisión y el tiempo computacional
en los cálculos en el método de Roothaan dependen de la calidad (dependiente de los exponentes
Gaussianos) y el número de funciones de base. Cada orbital atómico puede ser representado
por orbitales tipo Slater centrados en los núcleos del sistema porque éstos reproducen mejor
los orbitales que son soluciones de las ecuaciones de HF para átomos aislados.
Los orbitales tipo Slater (STO) se escriben de la siguiente forma
φST O a b c
abc (x, y, z) = N x y z exp{−ζr}, (2.60)
22
Utilizar orbitales tipo Slater como funciones de base lleva a calcular integrales bielectrónicas
del tipo:
Z Z XXXX
∗ ∗
I1,2 = d3~r1 d3~r2 Cαa Cβb Cγc Cδd
α β γ δ
~ A )Sb (~r1 − R
~ B )Sc (~r2 − R
~ C )Sd (~r2 − R
~ D) 1
× Sa (~r1 − R , (2.61)
|~r1 − ~r2 |
~ i ) son orbitales tipo Slater centrados en el átomo i y Cαi son los coeficientes
donde Sa,b,c,d (~r−R
de los orbitales atómicos. No se pueden calcular analı́ticamente este tipo de integrales por lo
que las funciones de base tipo Gaussianas son las más usadas en cálculos quı́mico-cuánticos.
Un orbital del tipo Gaussiano (GTO) se expresa de la forma:
φGT O a b c 2
abc (x, y, z) = N x y z exp −ζr , (2.62)
L = a + b + c. (2.63)
Las funciones tipo Gaussianas ofrecen un regla general para el producto entre dos funciones
de base lo cual simplifica considerablemente los cálculos. [6]
n o n o
exp −α|~r − R ~ A |2 exp −β|~r − R~ B |2
αβ
αβ ~
n o (2.64)
=[ 3/4
] exp − ~ 2 ~ C |2 ,
|RA − RB | exp −(α + β)|~r − R
(α + β)π α+β
~C = α R
R ~A + β R ~ B, (2.65)
α+β α+β
~ A son las coordenadas del núcleo A y R
donde R ~ B las coordenadas del núcleo B. Los orbitales
atómicos tipo Gausianos facilitan el cálculo de integrales como I1,2 de forma exacta y relati-
vamente sencilla, pero su uso conlleva a ciertos problemas: no reproducen el comportamiento
asintótico de los orbitales de Slater y predicen momento cero en el núcleo ya que se derivada
se anúla allı́. Para describir de manera mas precisa el comportamiento de los electrones cerca
de los núcleos se usan más de una función Gaussiana para aproximar a los orbitales de Slater
(STO) de la siguiente forma:
X
STOi (x, y, z) = aij GTOj (x, y, z), (2.66)
j
donde STOi (x, y, z) son los orbitales tipo Slater y GTOj (x, y, z) son funciones Gaussianas.
23
Los orbitales STO son hidrogenoides, al menos para el primer estado 1s ya que carecen de
nodos radiales y no son armónicos esféricos puros. Para obtener los siguientes estados, como
es el caso de 2s y 2p se aproximan de acuerdo a su comportamiento asintótico para r >>1 y
1>> r. Sin embargo, como ya se ha mencionado, las integrales que hay que calcular resultan
no solubles analı́ticamente por lo que se suelen usar orbitales tipo Gaussianos.
Una combinación de n Gaussianas para imitar un STO es llamada una base ”STO-nG”.
n
X
φCGT O
ci xa y b z c exp −ζi r2 ,
abc (x, y, z) =N (2.67)
i=1
La energı́a de correlación que se obtiene con un cálculo en donde se ha utilizado una base
atómica de dimensión finita n es una función que depende de n y cumple que:
24
En la Fig. 2.1 se muestra un esquema de cómo se acerca la energı́a, obtenida en el método
HF utilizando una base finita a la energı́a exacta del sistema que se obtendrı́a utilizando una
base completa. Se han desarrollado métodos de estructura electrónica (métodos multiconfigu-
racionales ab initio y de la DFT) que son capaces de incluir algún porcentaje de la correlación
electrónica ausente en HF. Sin embargo, en la práctica éstos requieren un notable costo compu-
tacional a comparación del método HF. La energı́a de correlación generalmente es un porcentaje
pequeño de la energı́a total de un átomo o molécula, pero en la estabilidad de cúmulos metálicos
ese pequeño porcentaje es capaz de romper la mayorı́a de los enlaces quı́micos, cuya energı́a es
un porcentaje igualmente pequeño de la energı́a total.
imagesmethods/lcaodiagram.jpg
Figura 2.1: Energı́a del sistema correspondiente al estado Ψk como función de la dimensión
k
de la base. EHF (n = ∞) representa el lı́mite HF cuando la base es completa. La energı́a de
k
correlación es la diferencia entre Eex y EHF (n = ∞).
[a)]Correlación estática.
Es la que surge cuando se consideran excitaciones de electrones en orbitales ocupados
hacia los orbitales virtuales de valencia. La correlación estática (o no-dinámica) debe ser
incluida en la función de onda de referencia en casos en donde se tenga degeneración
o cuasi-degeneración de los primeros orbitales virtuales con los ocupados más altos en
energı́a. La inclusión de la correlación estática resulta crucial cuando se estudian procesos
de formación o ruptura de enlaces quı́micos. Correlación dinámica.
25
Es la que surge cuando se consideran excitaciones de electrones en orbitales ocupados
hacia orbitales virtuales no de valencia.
1
|Φ0 i = √ |χ1 χ2 · · · χa χb · · · χN |, (2.70)
N!
Hay que hacer notar que quedan 2k - N spin-orbitales que no se usaron en la aproximación
HF para disminuir la repulsión interelectrónica de los N (N − 1)/2 pares de electrones. Por lo
que es necesario hallar la forma de incluir las configuraciones que surgen cuando se ocupan
estos orbitales virtuales para mejorar la calidad de la función de onda electrónica total. La
introducción de estas nuevas configuraciones excitadas en la función de onda electrónica hace
decrecer el valor de expectación del Hamiltoniano electrónico, ya que la distancia promedio
entre pares de electrones es más grande que la que se obtiene usando funciones de onda HF
con un sólo determinante. Usando una función de onda con |Φ0 i como referencia, entonces es
posible clasificar a los otros determinantes de acuerdo a cuántos electrones se han excitado a
orbitales virtuales. Un determinanate monoexcitado corresponde al caso en donde solamente
un spin-orbital ocupado χa se ha desocupado y se excita a un spin-orbital virtual χp .
1
|Φpa i = √ |χ1 χ2 ...χp χb ...χN | = a+
p aa |Φ0 i , (2.71)
N!
donde a+
p y aa son los operadores de creación y aniquilación de electrones en los spin-orbitales
χp y χa respectivamente.
De igual forma, podemos formar determinantes diexcitados, triexcitados, etc. Sin embargo,
cabe notar que un determinante en general p-excitado no es necesariamente una función pro-
pia de spin. i.e., no proporciona números cuánticos apropiados para los operadores Ŝ 2 y Ŝz
correspondientes a los de la función de onda de referencia original HF. Para poder construir
eigenfunciones de spin, es posible hacer una combinación lineal de determinantes que nos lleva
a un eigenvalor particular de los operadores Ŝ 2 y Ŝz . A esta combinación lineal se le conoce
26
como Función de Estados Configuracionales (CSF). Las CSF excitadas se pueden usar para
aproximar las funciones de onda de estados excitados ó pueden combinarse linealmente con
|Φ0 i para mejorar la representación de la función de onda de cualquier estado electrónico.
Para eliminar los errores cuantitativos que surgen de la aproximación HF-Roothan (LCAO)
en la cual escribimos la función de onda como un sólo determinante de Slater, se usa el método
de Interacción de Configuraciones.
Las funciones exactas para el estado base y los estados excitados pueden ser expresadas
como una combinación lineal de todas las configuraciones electrónicas posibles correspondientes
a todas las posibles excitaciones. En el método IC completo escribimos la función de onda
E
IC Completo
electrónica completa Ψk para cualquier estado del sistema como una combinación
lineal de determinantes de Slater:
E oc. X
X oc. X
X
IC Completo a a
Ψk = C0 |Φ0 i + Ci |Φi i + Cijab Φab
ij + ... (2.72)
i a ij ab
|Φ0 i es el determinante de referencia (HF) y generalmente el de mayor peso; los demás términos
son denominados como monoexcitaciones, diexcitaciones, triexcitaciones, etc. Esta es la forma
de la función de onda del IC completo. El método IC considera un conjunto de 2l spin-orbitales
{χi } que se obtienen al resolver las ecuaciones HF en una base finita. Para determinar los
coeficientes de IC es necesario diagonalizar la matriz de H en la base de todas las posibles
configuraciones incluidas en la función de IC, tanto para el IC completo como para los métodos
de IC truncados a simples, dobles o triples excitaciones.
Se ha demostrado que incluir hasta triexcitaciones permite obtener más del 90 % de la
energı́a de correlación para átomos de la serie principal1 .
27
IC (ver Ec. (2.72)) como los orbitales activos {ψi } (aquellos que tienen número de ocupación
variable en las configuraciones electrónicas que definen la base).
donde |ΦI i representan los determinantes tomados para construir la función de onda MCSCF.
Es un problema fundamental de este método la no existencia de un esquema sistemático
para la elección de los determinantes que se incluyan en la función de onda MCSCF.
MCSCF considera un espacio de configuraciones conformado por un conjunto de posibles
determinantes. Sólo en algunos casos especı́ficos, por lo general sistemas pequeños (ejemplo:
H2 ), no resulta difı́cil decidir cuáles configuraciones deben ser incluidas en la función de onda
multiconfiguracional. En otros sistemas la elección puede, incluso, llegar a ser ambigua.
Como un caso especial del método MCSCF surgió la propuesta de B. Roos para definir
de manera clara el conjunto de configuraciones a incluir en la función de onda de referencia
(CASSCF).
2.
1. Orbitales inactivos.- Son los orbitales doblemente ocupados en las configuraciones del
CASSCF.
Orbitales virtuales.- Son los que permanecen desocupados en todas las configuraciones
del CASSCF.
Orbitales activos.- Aquellos orbitales que tienen ocupación variable (0,1 o 2 electrones)
en todas las configuraciones que se generan dentro del espacio activo.
28
Las configuraciones generadas a partir del CASSCF son compatibles con la multiplicidad de
spin y la simetrı́a espacial del estado electrónico.
imagesmethods/casscf.jpg
Partiendo del determinante HF |Φ0 i se generan todas las configuraciones posibles desde las
monoexcitaciones hasta las N -excitaciones en donde N es el número de electrones activos y m
es el número de orbitales activos (ver [ROOS1980157]).
N -excitaciones
X
|ΨCASSCF i (N, m) = CI |ΦI i ({ψi ∈ S}), (2.75)
I∈S
HF virt.
X act. oc.
X act.
Car a†r aa ΦHF
|ΨCASSCF i (N, m) = C0 Φ0
+ 0
r a
virt. act. oc. act.
(2.76)
X X
rs † †
HF
+ Cab as ar ab aa Φ0 + · · · N -excitaciones,
r,s a,b
donde a†r y aa son los operadores de creación y aniquilación respectivamente. a†r aa representa
la excitación de un electrón en el orbital ocupado a a un orbital virtual r. S es el espacio activo
generado por todos las configuraciones de determinantes con N electrones y m orbitales.
Se realiza una doble variación para obtener los coeficientes de la interacción de configuraciones
y los orbitales que minimizan la energı́a de manera simultánea
29
2.7. Teorı́a de perturbaciones Møller-Plesset a segundo
orden (MP2)
La teorı́a de perturbaciones Møller-Plesset (MP) es un caso especial de la teorı́a de pertur-
baciones Rayleigh-Schrödinger (RS). En la teorı́a RS se considera un operador Hamiltoniano
no perturbado Ĥ0 , al cual se agrega una pequeña perturbación V̂ :
Sin embargo, en fı́sica molecular Ĥ0 es usualmente expresado como el Hamiltoniano Hartree-
Fock:
X X
Ĥ0 = fˆ(i) = h(i) + v HF (i). (2.80)
i i
La ventaja de esta elección es que las correcciones ala energı́a y las funciones de onda crecen
con los efectos de correlación.
La función de onda perturbada y la energı́a están expresadas como series de potencias de λ:
m
X
Φ = lı́m λi Φ(i) (2.82)
m→∞
i=0
m
X
E = lı́m λi E (i) . (2.83)
m→∞
i=0
Sustituyendo la Ec. (2.83) en la ecuación de Schrödinger proporciona una nueva ecuación con-
forme m → ∞:
Xm m
X m
X
i (i) i (i)
(Ĥ0 + λV )( λΦ )=( λ E )( λi Φ( i)), (2.84)
i=0 i=0 i=0
los factores λk en la ecuación anterior proporcionan el orden k de las nuevas ecuaciones, donde
k = 0, 1, 2, ..m. [6].
30
Con la partición del Hamiltoniano Møller-Plesset la corrección a primer orden se anula si
se utilizan los orbitales HF por el teorema de Brillouin:
ΦHF V̂ ΦHF = fij = 0
(2.85)
2.8. CASPT2
El método CASPT2 toma como referencia la función de onda CASSCF(N ,m) para generar
la corrección a la energı́a a segundo orden de la siguiente manera:
X hΦCAS |V̂ |Φk i hΦk |V̂ |ΦCAS i
ECASPT2
o = (2.87)
E0CAS − EK
k∈CAS
/
DETs
X X X C ∗ CJ hΦI |V̂ |Φk i hΦk |V̂ |ΦJ i
I
= , (2.88)
I∈CAS J∈CAS
E0CAS − EK
k∈CAS
/
con
hΦI |ΦJ i = δij (2.89)
donde la perturbación está dada por la Ec. (2.81) Se hace énfasis en que la Ec. (2.88) para el
cúmulo Li+
55 con la base atómica 6-31G (del orden de 500 funciones con 84 orbitales ocupados
31
carozo-valencia y la aproximación de carozo-congelado. Por un lado los ECP conllevan a im-
portantes ahorros en el costo computacional, especialmente para átomos pesados, tal que si los
comparamos con un tratamiento que considere explı́citamente a todos los electrones (AE), sólo
el pequeño número de electrones de valencia se describen explı́citamente. Por el otro lado, el
hamiltoniano exclusivo para los electrones de valencia tiene la ventaja de que puede construirse
remplazando operadores relativistas por su contra parte no relativista, y aún contener implı́ci-
tamente contribuciones relativistas por medio de una adecuada parametrización de los ECP a
partir de datos de referencia relativistas.
La precisión del ECP que escojamos dependerá del hamiltoniano total relativista que esco-
jamos para diseñar el modelo, ası́ como del método de estructura electrónica usado para obtener
una referencia satisfactoria para ajustar los parámetros del ECP. Por último, pero no menos
importante, es determinada por el tamaño del carozo del ECP, ası́ como el anzats analı́tico
usado para modelar el ECP.
En el método ECP se busca un hamiltoniano sólo para la zona de valencia (VO) para nv
electrones de valencia y N carozos, esto es,
nv
X nv
X
Ĥv = ĥv (i) + ĝv (i, j) + V̂ppc + Vcc , (2.90)
i i<j
donde se usa c y v para etiquetar tanto al carozo como al electrón de valencia, respecti-
vamente. Los operadores ĥv (i) y ĝv (i, j) representan operadores de uno y dos electrones, el
término V̂ppc es el potencial de polarización de carozo (PPC), y Vcc representa la repulsión entre
carozos y núcleos.
En un sistema neutro, nv se obtiene de restar el número de electrones en el carozo al número
total de electrones, es decir,
N
X
nv = n − nc = n − (Zλ − Qλ ) (2.91)
λ
1 1
ĥv = − ∇2i + V̂cv (i) y ĝv (i, j) = (2.92)
2 rij
Si ignoramos los términos V̂ppc y V̂cc , es usual suponer que todos las contribuciones relati-
vistas pueden incluirse dentro del hamiltoniano por medio de la parametrización del ECP V̂cv ,
32
por tal motivo es plausible el uso del operador de energı́a cinética no relativista ası́ como la
interacción de Coulomb no relativista.
Existen dos principales métodos para la construcción de potenciales efectivos de carozo, los
potenciales modelo (PM), los cuáles tratan de modelar el potencial AE (HF) lo más preciso
posible y por tanto producir orbitales de valencia con una correcta estructura nodal, y por el
otro lado están los pseudo potenciales (PP), los cuales a partir de una transformación formal,
de los orbitales de valencia a orbitales de pseudo valencia con una estructura radial nodal
simplificada, envuelven ahorros adicionales en los conjuntos de base de un electrón. Ambas
brechas se han ido adaptando para incluir en forma explicita efectos relativistas.
Además de las contribuciones relativistas de los potenciales efectivos de carozo, Vcv toma
cuenta de todas las interacciones del electrón de valencia con los núcleos y con los electrones
(eliminados) de la parte del carozo, ası́ también la restricción de ortogonalidad carozo-valencia.
En un átomo, el termino principal en V̂cv es la interacción de Coulomb electrón-carozo, esto es,
Q
V̂cv (i) = − + ∆V̂cv (i) (2.93)
ri
En el caso de las moléculas, usualmente se supone que los ECP V̂cv están conformados por
la superposición de las contribuciones de N átomos:
N
X Qλ λ
V̂cv (i) = − + ∆V̂cv (i) . (2.94)
λ
rλi
Esta suposición es de vital importancia para el ajuste atómico de lo parámetros del hamil-
toniano VO.
Vcc puede ser descrito principalmente por la repulsión de Coulomb puntual de entre ca-
rozos/núcleos y, si se requiere, la suma de correcciones (por pares) que toman en cuenta los
errores en la aproximación de carga puntual.
N
X Qλ Qν
Vcc = + ∆Vccλν (rλν ) (2.95)
λ<ν
rλν
Las correcciones ∆Vccλν toman cuenta, por ejemplo, del traslape entre carozos, lo cual mo-
difica las contribuciones electrostáticas. Además, se tienen que considerar las restricciones de
ortogonalidad y la repulsión de Pauli entre los electrones localizados en diferentes carozos. Es-
tas correcciones son usualmente requeridas solo para casos especiales donde se usan carozos
ECP grandes. Dado que los ECP de carozo grande, por lo general, no son tan buenos para ser
33
aplicados entre diferentes sistemas, tienen un limitado rango de uso, las correcciones tienen que
ser derivadas bajo consideración solo para un pequeño numero de casos.[7]
V̂cpp tienen tanto contribuciones atómicas como moleculares. Sin embargo, las contribuciones
moleculares se involucran automáticamente como productos de términos atómicos y por lo tanto
no necesitan ser ajustados separadamente para el caso molecular.
El hamiltoniano VO tendrá la forma:
n
v nv
1X X 1
Ĥv = − ∇2i +
2 i r
i<j ij
nv X N (2.96)
X Qλ λ
+ − + ∆V̂cv (i) + V̂ppc + Vcc
i λ
rλi
El desarrollo de los ECP se tiene como objetivo encontrar una forma analı́tica para ∆v̂cv ,
ası́ como para V̂ppc y V̂cc lo suficientemente precisa y al mismo tiempo aplicable para cálculos
prácticos.
Para poder usar en la practica el hamiltoniano VO, son necesarias algunas aproximacio-
nes. Estas aproximaciones están relacionadas con la elección de ĥv , ĝv , ası́ como V̂ppc y Vcc .
Usualmente se suelen incluir parámetros libres en ∆V̂cv , V̂cpp y Vcc para compensar los errores
de estas aproximaciones, estos pueden ajustarse para reproducir resultados precisos tomando
como referencia cálculos de estructura electrónica AE o datos de referencia experimentales.
1. Lo primero que tenemos que tener en cuenta es el esquema de partición para separar el
carozo de la valencia. Esta tarea puede completarse usando la aproximación de partı́cula
independiente, por ejemplo, a nivel HF, dónde grupos de orbitales (localizados) pueden
usarse para definir el subsistema de carozo y el de valencia. A pesar de que la separación
carozo-valencia es exacta sólo dentro de la aproximación de partı́cula independiente,es
evidente que no lo es para la función de onda exacta. Aunque el sistema de carozo ası́
como el de valencia podrı́an ser descritos en forma separada usando métodos que incluyan
correlación, los efectos de correlación carozo-valencia son despreciados. La suposición tras
el uso de métodos sólo para la zona de valencia usualmente consiste en omitir los efectos
de correlación del carozo para problemas de interés. El caso de la correlación carozo-
valencia, se puede tratar ya sea que se aplique la misma suposición anterior o que se tome
34
en cuenta por medio de la construcción e operadores adecuados, los cuales se pueden
agregar al hamiltoniano de orbitales de valencia.
2. Como segunda suposición uno supone que los carozos atómicos son inertes y se mantienen
sin cambios cuando son transferidos de un sistema a otro. Cuando describimos a los elec-
trones del carozo dentro de la aproximación de partı́cula independiente, esto corresponde
al “congelado”(FC) de los orbitales del carozo para un especial estado, por ejemplo, en
su estado base, y usarlos, sin que este estado cambie, para todos los demás, por ejemplo,
también para moléculas.
3. Para realmente eliminar a los electrones del carozo y posiblemente los orbitales de carozo
de los cálculos, es necesario remplazar sus contribuciones dentro del hamiltoniano VO
FC. Esto se hace a través de modelar el potencial no local HF por medio de un ECP.
Generalmente, se supone que los potenciales del ECP son mono electrónicos y que en-
tran dentro de ĥv lo cual puede resultar en una forma analı́tica computacional mente
conveniente con parámetros ajustables, también permite un tratamiento implı́cito de las
contribuciones relativistas.7 Los ECP moleculares usualmente se construyen como una
superposición delos ECP atómicos.
4. Por lo general, los métodos ECP suponen que los carozos atómicos de un sistema inter-
35
actúan solamente por la interacción de Coulomb. Sin embargo, para carozos grandes, la
suposición de una repulsión puramente de Coulomb podrı́a llegar a ser demasiado cruda.
Se necesitan tomar en cuenta carozos que se traslapan mutuamente a través de correc-
ciones adicionales (por pares), por ejemplo, La repulsión de Pauli entre carozos de capa
cerrada muy cercanos (con decaimiento exponencial).7
En la construcción de un ECP, La elección del tamaño del carozo es determinante tanto como
la elección de los datos de referencia. La idea de tener carozos grandes parece atractiva dado
que conduce a grandes ahorros computacionales. Sin embargo, pequeños carozos permiten una
mayor precisión. Evidentemente, cuando implı́citamente se toman en cuenta las contribuciones
relativistas, como en la mayorı́a de los métodos de ECP, pequeños carozos podrı́an llevar a
errores debido a que el uso de la energı́a cinética no relativista junto a la parametrización
relativista del ECP podrı́a describir incorrectamente la cinética relativista.
Para un cúmulo Hgn de tamaño moderado (n ≤ 55), se podrı́a modelar el átomo de Hg
como un sistema de dos electrones o con el propósito de obtener la curva más precisa del
potencial para Hg2 a nivel CCSD(T), uno podrı́a usar un modelo ECP más confiable de 20
electrones. Sin embargo, si en lugar de CCSD(T) uno usa QMC, el uso de PP se convierte en la
elección más atractiva. Cuando usamos bases constituidas por ondas planas, un carozo largo es
computacional mente deseable, mientras que las funciones base gaussianas en principio tratan
muy bien carozos pequeños. [7]
El primer pseudo potencial (PP) fue propuesto en 1935 por Hellmann para un tratamiento
semi empı́rico del electrón de valencia del Potasio.(73) Veinte años después, Phillips y Klein-
man (200) en 1959 rigurosamente desarrollaron, dentro del esquema de potenciales de un sólo
electron, las ecuaciones Phillips-Kleinman (PK). Una década después, Weeks y Rice en 1968
presentaron la generalización de PK (GPK).(3,212)
Aunque en la práctica el uso de los formalismos PK y GPK conllevan a pseudo potenciales
que conllevan a resultados que carecen de precisión y su forma analı́tica no tiene mucho en
común con los PP modernos, el conocimiento de los mismos es instructivo para poder explicar
las suposiciones y aproximaciones que soslayan a los PP.7
Las ecuaciones PK y GPK prueban que, en principio, uno podrı́a obtener el mismo resultado
usando un cálculo AE a que si usamos un hamiltoniano efectivo VO adecuado y orbitales de
36
pseudo valencia con una estructura nodal simplificada. La importancia de los métodos PK y
GPK no radica principalmente en la explicita prescripción que proveen para realizar cálculos
de valencia, pero si lo hacen las ideas y sugerencias que implican para la seleccionar métodos
precisos y computacional mente eficientes ab initio para la zona de valencia.7
Weeks y Rice han puntualizado que la ventaja del formalismo PP, principalmente no radica
en la solución exacta del problema, pero si lo hace en las intuiciones fı́sico que provee y las
sugerencias para construir el modelo.7 En principio, es posible encontrar un potencial que
sólo actué en los electrones de valencia y permita una solución variacional de la ecuación de
Schrödinger sin ningún colapso hacia las soluciones del tipo carozo. Además, la función de onda
de pseudo valencia toma cuenta de los requerimientos de ortogonalidad con la parte del carozo
de la función de onda original.7
El método de potenciales modelo (PM) usado para remplazar los carozos atómicos es una
importante variante del método ECP. En contraste con el método PP el método PM se enfoca
en conservar la estructura nodal correcta de los orbitales de valencia, no se hace ninguna
transformacional formal para obtener los orbitales de pseudo valencia, por lo que el método
PM conceptualmente es más preciso que PP.
El método PM representa una importante conexión entre los cálculos AE y los cálculos
con PP.7 Adicionalmente, el método MP tiene una alcance mayor que el método PP, no está
restringido a la construcción de hamiltonianos VO atómicos modelo sólo para los electrones de
valencia, también se puede usar para construir una hamiltoniano modelo para la parte activa
de un sistema esencialmente arbitrario y substituyendo sus partes quı́micamente inactivas por
un PM.7
37
electronica en una molecula. La dinámica molecular trabaja en base a ciertas suposiciones.
La primera de ellas es la aproximación Born-Oppenheimer, la dinámica molecular se basa en
modelos de interacciones dentro del sistema, tal como el estrechamiento enlaces, el abrimiento
y cerrado de angulos, rotaciones alrededor de enlaces. Incluso con funciones simples como la
ley de Hooke, se usan para describir contribuciones el force puede hace de manera aceptable.
La transferenciabilidad es la llave que tribuye un campo de fuerxa, desprende un conjunto de
parametros para desarrollar y probar en un relativo numero pequeño de cas para sr aplicado a
un rango mucho mas grande de problemas, los parametros desarrolados de datos de pequeñas
moleculas pueden ser usados para estudiar grandes moleculas como polimeros.
Para definir un campo de fuerza, uno debe especificar no sólo la forma funcional también los
parámetros. Dos campos de fuerza podrı́an tener la misma forma funcional y tener parámetros
distintos. Un campo de fuerza se debe considerar como una sola identidad
Las simulaciones de dinámica molecular clásica
la forma más general de expresar las ecuaciones de movimiento de un sistema clásico Una
forma general de expresar las ecuaciones del movimiento para un sistema molecular puramente
clásico es por medio de las ecuaciones de Euler-Lagrange (Ec. 2.97). Se plantea una función
denominada como lagrangiano,
d
(∂L/∂ q̇k ) − (∂L/∂qk ) = 0, (2.97)
dt
donde L está definido como la diferencia de la energı́a cinética y la energı́a potencial
L = K − V,
y es función de las coordenadas generalizadas qk y sus derivadas respecto al tiempo q̇k . Para
un sistema de coordenadas cartesianas ({ri }) la energı́a cinética se calcula con la forma usual de
la energı́a cinética y potencial en base a las interacciones presentes en el sistema (K = i 12 mṙi
P
mi r̈ = fi , (2.98)
38
fi = ∇ri L = −∇ri v
El método por elección para resolver las ecuaciones de Newton es el de diferencias finitas. La
idea general es la siguiente: Dadas las posiciones, velocidades, y otras propiedades de la dinámica
del sistema en el tiempo t, se pretende obtener las posiciones, velocidades, etc. en un tiempo
posterior t + δt con una suficiente grado de exactitud (paso a paso). La elección del tamaño del
paso dependerá en el método de solución, pero deberá ser de tamaño considerablemente menor
que el tiempo tı́pico que le toma a una molecular recorrer una distancia igual a su tamaño. Desde
luego, existen diferentes métodos que siguen este enfoque tal como es el algoritmo predictor-
corrector. Sin embargo, una pequeña lista de las cualidades deseables para un algoritmo de
simulación exitoso podrı́an ser los siguientes:
-Deberá ser rápido, y que requiera poca memoria. -Deberá permitir el uso de un paso de
tiempo largo. -Debera duplicar la trayectoria clásica lo mas cercana posible. -Debera respetar
las leyes de conservacion, para la energı́a, el momento y la reversibilidad del tiempo.
Para simulaciones de dı́namica molecular, el primer punto es menos critico que los demas ya
que actualmente la memoria disponible por computadoras actuales es mayor que el requerido
para guardar velocidades, posiciones, aceleraciones etc.
Una cualidad final, un algoritmo dei ntegración debera tener simplicidad. Un algoritmo
simple devera involucrar el almacenamiento de algunas coordenadas, velocidades, etc. y debera
facil de programar
Por todas estas razones la mayoria de los programas de dinámica molecular usan una va-
riante del algoritomo originalmente adoptado por Verlet (1667) y atribuido a Störmer (1971),
39
describiremos el método en la siguiente sección.
Para la integración de las ecuaciones de movimiento se emplea la téctinca de integración de
“Salto de Rana” (ver Ref.). Entre una de las propiedades que caracterizan este método es la
conservación de la energı́a.
Si h = ∆t denota el tamaño del paso de tiempo, usado para la integración de las ecua-
ciones de movimiento, las ecuaciones usadas para la integración, para cada componente de las
coordenadas atómicas y velocidades son:
Hasta cierto punto, no es necesario compredner el origen de los algoritmos siempre y cuando
estos funcionen. Sin embargo el entender el trasfondo formal es de gran ayuda en terminos de
conocer sus limitaciones y como podemos extenderlas a diferentes situaciones.
La base formal del algoritmo de verlet se basa en el operador de Liouville (exp{iLt}) comun-
mente conocido como el propagador . Tiene el efecto de mover el sistema, es decir momentos
y coordenadas y todas las variables dinamicas que dependan de estos , hacia adelante en el
tiempo. En el algoritmo de verlet se usa una forma aproximada del propagador, si escribimos
la forma explicita del operador iL, obtenemois:
l primero de estos terminos es denotado como deriva dado que hace las coorddenadas avanzar
sin cambiar el momento. El segundo se denota como patada dado que el cambia el momento
sin alterar la posicion. Nos damos cuien ta que cada uno de estos pasos de propagacion de su
correspondente parte del hamiltoniano, por una parte el termino deriva proviene de la parte de
energia cinetica y la parte de la patada proviene de la parte de energia potencial.
Tanto iL1 y iL2 no conmuttan. Sin embargo podemos realizar la siguiente aproximaci[on.
tunckjer
40
EL error asociado con esta aproximacion es pequeño, y se convierte asintoticamente exacto
en el limite que δt− > 0. Una aproximacion ligeramente diferente proveniente de la cpombina-
cion de los dos propagadores parciales en un orden oposite, el siguiente arreglo tiene el merito
de ser reversible en el tiempoñ
41
condiciones experimentales, siempre tenemos parámetros termodinámicos como la temperatura,
presión, volumen etc. y es aquı́ cuando el concepto de termostato es relevante para la aplicación
a sistemas que puedan tener una contra parte experimental.
Un ensamble canónico, en contraste con el ensamble micro canónico, la energı́a no se conser-
va, esta fluctúa generando ası́ la distribución de Boltzman exp{−βH(x)} debido al intercambio
de energı́a entre el sistema y el reservorio térmico con el cual es acoplado. Aunque estas fluc-
tuaciones desaparecen en el limite termodinámico, la mayorı́a de simulaciones son suficiente
mente cortas que no es posible eliminar tales fluctuaciones.
Para generar tales fluctuaciones en una simulación de dinámica molecular clásica, se necesi-
ta imitar el efecto de un reservorio térmico. Existen varios métodos para poder completar esta
tarea. Sin embargo, la mayorı́a de estos métodos no necesariamente generan una dinámica rea-
lista entre el sistema y el reservorio. En su lugar, las trayectorias generadas por estos esquemas
selecciona aquellos micro estados consistentes con la distribución del ensamble canónico, En
otras palabras, produce un muestreo del espacio canónico fase con el cual es posible obtener
observables en equilibrio.
El método mas simple que uno podrı́a implementar es el escalamiento de velocidades, tal
que la energı́a cinética instantánea es compatible con la temperatura deseada. Aunque es fácil
de implementar, no garantiza la obtención de la distribución del espacio fase del ensamble
canónico.
Los métodos que más efectivos son los de espacio fase extendido. Estos métodos agregan
variables, dimensiones adicionales, al espacio fase y sirven para imitar el efecto del reservorio
térmico en un esquema dinámico determinista y continuo. El espacio fase extendido permite
una gran flexibilidad y creatividad en la construcción de algoritmos dinámicos. En adición,
la idea de espacio fase extendido conlleva a importantes avances en algoritmos como el de la
dinámica molecular de Car-Parinello a cierta temperatura.
Dentro de los métodos de espacio fase extendido, dependiendo de su formulación pueden
ser tipo Hamilton y no Hamilton. Como ejemplo de los tipo Hamilton consideremos el método
introducido por Nosé. Este consiste en introducir un hamiltoniano efectivo y a partir de este
deducir las ecuaciones de movimiento, las cuales contienen en forma implı́cita el efecto del
reservorio térmico, además de incluir explı́citamente a la temperatura, incluyen una variable
adicional s que juega el papel de un demonio de Boltzman que se encarga de ajustar la energı́a
cinética a la temperatura deseada.
42
N
X p2i p2s
HN = + U (r 1 , ..., r N ) + + gkT lns, (2.103)
i=1
2mi s2 2Q
No es difı́cil demostrar que este hamiltoniano conduce a la distribución del espacio fase del
ensamble canónico.
El hamiltoniano anterior conduce a las ecuaciones del movimiento:
dri pi
=
dt mi s2
dpi
= Fi
dt
ds ps (2.104)
=
dt Q
" N #
dps 1 X pi 2
= − gkT ,
dt s i=1 mi s2
con la transformación
pi ps dt
p0i = p0s = dt0 = . (2.105)
s s s
obtenemos
dri p0i
=
dt0 mi
0
dpi sp0s 0
= Fi − p
dt0 Q i
ds s2 p0s (2.106)
=
dt0 Q
" N #
dp0s 1 X (p0i )2 s(p0s )2
= − gkT − ,
dt0 s i=1 mi Q
pi dt 1 ds dη
p0i = , dt0 = , = ps = p η (2.107)
s s s dt0 dt0
y
43
pi
ṙi =
mi
pη
ṗi = Fi − pi
Q
pη (2.108)
η̇ =
Q
N
X p2i
ṗη = − dN kT.
i=1
mi
El termino adicional en la ecuación del momento actua como un tipo de fricción. Este
sistema de ecuaciones constituye un sistema de ecuaciones tipo no hamiltoniano, son derivadas
de un sistema hamilñtoniano usando variables nocabnonicas.
Las ecuaciones Nosé’Hoover son capaces de generar una distribución en las variables del
subsistema fisico solo cuando H’es la unica cantidad conservada. Desafortunadamente este no
es una situación tipica. En la ausencia de fuerzas externas, la tercera ley de newton requiere
que N
P
i=1 Fi = 0 lo cual nos lelva a una ley de conservacion adicional:
P exp{η} = k, (2.109)
PN
donde P = i=1 pi es el momento de centro de masa del sistema y K es un vector constante
arbitrario de d simensiones, cuadno esta ley de conservacion esta presente, las cuaciones de
nose-hoover no generan la distribucion correcta.
La razón de fallo de las ecuaciones de Nosé-Hoover cuando se consideran más de una ley
de conservación del sistema, es debido al insuficiente número de variables, en el espacio fase
extendido, para restringir el espacio accesible en el espacio fase. Recordar que cada ley de
conservación restringe una dimensión el espacio fase. Para poder contrarrestar este problema
se introducen más dimensiones (se introducen más variables).
El momento pη , en las ecuaciones Nosé-Hoover, deberá tener una distribución Maxwell-
Boltzman, tal cómo el momento fı́sico. Para asegurar que tenga tal distribución, la variable
pη en si misma puede ser acoplada a un termostato Nosé-Hoover, esté contendrá las varia-
bles adicionales η̃ y pη̃ . Al igual que pη , pη̃ tendrá una distribución Maxwell-Boltzman, por lo
que requerirá un nuevo termostato para esta variable. Podriamos continuar este proceso hasta
44
infinito, pero el proceso deberá termina en algún momento. Supongamos que terminamos el
proceso después de agregar M nuevas variables de termostato,
ηj y pη j , j = 1, ..., M.
Pi
ṙi =
mi
pηi
ṗi = Fi − pi
Q1
pηj
η̇j = j = 1, ..., M
Qj
" N #
X P2 pη (2.110)
i
ṗη1 = − dN kT − 2 pηj
i=1
mi Q2
2
pηj−1
pηj+1
ṗηj = − kT − pη
Qj−1 Qj+1 j
2
pηM −1
ṗηM = − kT .
QM −1
Las ecuaciones (2.110) son ocnocidas como las cadenas Nosé-Hoover. Estas ecuaciones asegu-
ran que los primeros M − 1 momentos pη1 , ...pηM −1 tienen una distribución Maxwell-Boltzman.
Sin embargo, las ecuaiones Nosé-Hoover son esencialmente ecuaciones de movimiento prove-
nientes de un hamiltoniano y contienen variables no canónicas, las cadenas Nosé-Hoover no
tienen estructura hamiltoniana.
45
2.11.2. Integraciòn de las ecuaciones de movimiento
2.11.9. fluctuaciones
46
Capı́tulo 3
Metodologı́a
47
Capı́tulo 4
Resultados y discusión
48
Bibliografı́a
(2) Castro, L.; Dommergue, A.; Renard, A.; Ferrari, C.; Ramirez-Solis, A. y Maron, L. Physical
Chemistry Chemical Physics 2011, 13, 16772-16779.
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(6) Szabo, A. y Ostlund, N. S., Modern quantum chemistry: introduction to advanced electronic
structure theory; Courier Corporation: 2012.
(7) Dolg, M. y col. Modern methods and algorithms of quantum chemistry 2000, 3, 507-540.
(8) Martyna, G. J.; Klein, M. L. y Tuckerman, M. The Journal of chemical physics 1992, 97,
2635-2643.
49