Determinantes de virulencia y aptitud de Escherichia coli uropatógena

Resumen

La infección del tracto urinario (ITU) causada por Escherichia coli uropatógena (UPEC) es un importante problema
de salud pública mundial. El aumento de la resistencia a los antibióticos que se encuentra en los aislados clínicos
de UPEC subraya la necesidad inmediata de desarrollar nuevas terapias contra este patógeno. Una mejor
comprensión de los mecanismos de aptitud y virulencia que son parte integral de la patogenia de la UTI facilitará
la identificación de nuevas estrategias para prevenir y tratar la infección por UPEC. Trabajando hacia ese objetivo,
la comunidad de investigación global de la UPEC ha logrado grandes avances para desentrañar varios genes de
virulencia y aptitud. Aquí, resumimos los principales hallazgos sobre los determinantes de virulencia y aptitud que
permiten a UPEC sobrevivir y colonizar con éxito el tracto urinario de huéspedes mamíferos. Las secciones
principales de este capítulo están dedicadas a la función de los sistemas de adquisición de hierro, las vías
metabólicas, las fimbrias, los flagelos, las toxinas, la formación de biopelículas, la cápsula y los genes específicos
de la cepa en el inicio y la progresión de las infecciones urinarias. Las transcriptomas de UPEC durante la UTI
experimental en un modelo murino y la UTI de origen natural en mujeres se comparan para dilucidar los
mecanismos de virulencia implicados específicamente en la UTI humana. Aprovechar los avances en la
investigación de la patogénesis molecular mediante la traducción de estos hallazgos ayudará a desarrollar
mejores estrategias clínicas para la prevención y el tratamiento de las infecciones urinarias.

INTRODUCCIÓN

Las infecciones del tracto urinario (ITU) son una de las infecciones bacterianas más comunes que afectan a los
seres humanos, y Escherichia coli uropatógena (UPEC) es el agente etiológico en 75 a 95% de las infecciones
urinarias en individuos por lo demás sanos (1-4). Según la presencia o ausencia de anomalías anatómicas y el
historial reciente de instrumentación en el tracto urinario, las IU se dividen en casos complicados o no
complicados, respectivamente. La UPEC es la causa más común de infecciones urinarias no complicadas en
humanos. En entornos clínicos, las ITU se describen con referencia específica al sitio de la inflamación; la cistitis
indica inflamación de la vejiga urinaria y pielonefritis indica inflamación de la pelvis renal y los riñones. La
presencia de bacterias (bacteriuria) y neutrófilos en la orina son características de las infecciones urinarias
causadas por UPEC. Algunos pacientes, sin embargo, son bacteriúricos no acompañados de síntomas de ITU
durante períodos prolongados. Esta condición se conoce como bacteriuria asintomática (ABU) y es la forma más
benigna de colonización por E. coli en el tracto urinario humano. En pacientes que padecen pielonefritis, la UPEC
puede acceder a los capilares renales, lo que provoca bacteriemia (presencia de bacterias en la sangre) y sepsis,
siendo esta última la complicación más peligrosa y potencialmente mortal de las infecciones urinarias causadas
por la UPEC. Numerosos factores de virulencia y aptitud confieren ventajas a las UPEC dentro del tracto urinario
del huésped y se analizan en este capítulo.

La incidencia de infecciones urinarias es aproximadamente cuatro veces mayor en mujeres que en hombres y esta
diferencia se atribuye principalmente a la menor longitud de la uretra y a una menor distancia entre el ano y la
abertura uretral en las mujeres (3). La actividad sexual es el principal factor de riesgo informado en pacientes con
infecciones urinarias no complicadas. Casi una de cada dos mujeres adultas (40%) se verá afectada por la cistitis
durante su vida y existe un riesgo del 25% de desarrollar UTI recurrente en el próximo año (4). Solo en los Estados
Unidos, las infecciones urinarias generaron aproximadamente 11 millones de visitas al médico, 1,7 millones de
visitas a la sala de emergencias y 470 000 hospitalizaciones en 2006, a un costo estimado de $ 3,5 mil millones (5,
6). Se requiere una mejor comprensión de los factores de virulencia clínicamente relevantes para desarrollar
nuevas estrategias terapéuticas y profilácticas que nos acerquen un paso más hacia la reducción de la morbilidad,
la pérdida de productividad y los costos de atención médica asociados con las infecciones urinarias por UPEC.

La mayoría de los casos de infecciones urinarias no complicadas se adquieren en la comunidad y la colonización

intestinal precede al acceso al tracto urinario. UPEC coloniza la región perineal, seguida de ascenso a lo largo de la
uretra y posterior colonización de la vejiga que resulta en cistitis (7). La UPEC es experta en orquestar dos
fenómenos completamente opuestos, la adhesión y la motilidad, para una colonización exitosa y una infección
ascendente. UPEC exhibe estilos de vida extracelulares e intracelulares dentro de la vejiga urinaria (8-10) y se
propone la fase de crecimiento intracelular para promover la infección persistente de la vejiga urinaria. Dentro de
las células facetarias superficiales de la vejiga urinaria, algunas cepas de UPEC forman comunidades bacterianas
intracelulares (IBC).

UPEC utiliza numerosos factores de virulencia y aptitud para entrar, adherirse, adquirir nutrientes esenciales,
multiplicarse en un ambiente hostil, causar daño tisular y diseminarse dentro del tracto urinario. Los factores de
aptitud y virulencia son entidades relacionadas pero distintas: los factores que contribuyen a la supervivencia de
UPEC en un nicho determinado se describen como factores de aptitud y los genes que satisfacen los postulados
moleculares de Koch se definen como genes de virulencia. Los principios de los postulados moleculares de Koch
incluyen la presencia de un gen en los miembros patógenos de una especie, los mutantes que carecen de ese gen
deben mostrar una pérdida medible de patogenicidad o virulencia, y la complementación con la copia de tipo
salvaje del gen debería restaurar los niveles de tipo salvaje. de patogenicidad o virulencia (11). Aquí, revisamos el
papel de los factores de aptitud y virulencia en la patobiología de las infecciones del tracto urinario causadas por
UPEC. Este libro también contiene capítulos dedicados a factores de virulencia específicos y los lectores serán
dirigidos a esos capítulos para obtener información adicional.

REQUISITOS DE NUTRIENTES

Crecimiento en la orina

La orina es una mezcla diluida de aminoácidos y péptidos de alta osmolaridad. El flujo continuo de orina desde los
riñones a la vejiga a través de los uréteres da como resultado niveles relativamente estables de nutrientes en la
orina. Varios grupos utilizan la orina como medio de cultivo para UPEC en un intento de recapitular las
condiciones encontradas dentro de un huésped humano, al menos en parte. Aunque la orina es rica en
aminoácidos y péptidos, la capacidad biosintética de los aminoácidos parece ser importante para el crecimiento
en la orina. Específicamente, los mutantes de UPEC auxotróficos para arginina, glutamina o guanina exhiben un
defecto de crecimiento severo en la orina humana y los auxótrofos de leucina, metionina, serina, fenilalanina o
prolina muestran una tasa de crecimiento reducida (12). Los auxótrofos son mutantes que carecen de la
capacidad biosintética de un nutriente en particular; En este estudio, se utilizó mutagénesis química para generar
los mutantes defectuosos en las rutas biosintéticas de aminoácidos. Un estudio reciente con mutantes definidos
generados por intercambio alélico reveló que los mutantes auxotróficos para arginina y serina no exhibieron
defectos de crecimiento en orina humana in vitro o en un modelo de ratón de ITU (13). Sin embargo, queda por
probar si esto es cierto para los mutantes auxotróficos para otros aminoácidos. Los experimentos de perfiles
transcripcionales revelaron que los genes involucrados en el metabolismo de aminoácidos y carbohidratos se
encuentran entre los genes que se regulan significativamente durante el crecimiento en la orina humana (14). Se
han observado diferencias específicas de cepa en el tiempo de generación durante el crecimiento en la orina
humana, lo que indica que, además del crecimiento en la orina, existen otros factores que se requieren
colectivamente para la aptitud física. ABU 83972, una cepa de bacteriuria asintomática, exhibe un rápido
crecimiento en la orina y supera a las cepas UPEC como 536, CFT073, NU14 y UTI89 en la orina humana (15).
Además, ABU 83972 supera a NU14 en la vejiga de ratón (15). Es posible que el crecimiento rápido pueda
compensar la falta de orgánulos de adherencia específicos y asegurar la persistencia dentro del tracto urinario del
huésped durante al menos algunas cepas.

Competencia por metales

Los metales como el hierro, el zinc y el manganeso son nutrientes esenciales para la mayoría de las formas de
vida, incluidas las bacterias. El sistema inmunológico de los mamíferos aprovecha la esencialidad de la adquisición
de metales para retardar el crecimiento de bacterias durante la infección. Este concepto se conoce como
inmunidad nutricional y es parte de la respuesta inmune innata que se activa durante la infección bacteriana (16).
Aquí revisamos los mecanismos utilizados por UPEC para superar el secuestro de hierro y zinc dentro del tracto
urinario del huésped.

Adquisición de hierro
Aunque el hierro es uno de los metales más abundantes en la corteza terrestre, los patógenos encuentran
limitación de hierro dentro de los huéspedes. De hecho, la limitación del hierro es una de las defensas innatas
contra la supervivencia de las bacterias dentro de los hospedadores (17), donde el hierro elemental está unido
por glicoproteínas del hospedador como transferrina y lactoferrina o incorporado a las fracciones hemo de
proteínas como hemoglobina y mioglobina. Para asegurar niveles adecuados de hierro intracelular, UPEC regula al
alza la expresión de genes involucrados en la adquisición de hierro en respuesta a la limitación de hierro
encontrada dentro del tracto urinario de mamíferos (14, 18, 19).

UPEC puede adquirir hierro férrico usando sideróforos, hierro ferroso a través de transportadores de hierro y
hemo a través de receptores de hemo de la membrana externa. Un actor común involucrado en la absorción de
hierro a través de todos estos mecanismos es el complejo TonB-ExbB-ExbD asociado a la membrana interna. Las
proteínas ExbB y ExbD energizan TonB con la fuerza motriz de protones generada en la membrana interna y TonB
transduce esta energía a los complejos de receptor de hierro de la membrana externa, lo que lleva a su
translocación al periplasma (Fig. 1). Los complejos que contienen hierro se unen a proteínas de unión dentro del
periplasma y se transportan a través de la membrana interna a través de transportadores ABC que utilizan
trifosfato de adenosina (ATP) como fuente de energía (Fig. 1). Un mutante de UPEC que carece del gen tonB se
atenúa en un modelo de ratón de ITU, lo que demuestra la importancia de la captación de hierro mediada por
TonB en el tracto urinario (20). Una pantalla de alto rendimiento diseñada para identificar inhibidores de los
sistemas de absorción de hierro en UPEC CFT073 ha revelado nuevos inhibidores de molécula pequeña de TonB
(21).

Regulación de la absorción de hierro

Los niveles excesivos de hierro intracelular son perjudiciales para una célula bacteriana y, por lo tanto, la
homeostasis del hierro está sujeta a una regulación rigurosa. El regulador de absorción de hierro (Fur) regula la
expresión de genes implicados en la absorción y metabolismo de hierro a nivel transcripcional (Fig. 1). El
homodímero Fur que contiene hierro se une a repeticiones invertidas de 19 pares de bases, conocidas como
"cajas Fur", en la región promotora de genes regulados por Fur, como los sistemas de captación y biosíntesis de
sideróforos y sistemas de captación de hemo, y reprime su transcripción ( 22). Cuando los niveles intracelulares
de hierro son bajos, la represión mediada por Fur se alivia debido a la baja afinidad de las cajas Fur for Fur libres y
la desrepresión de los sistemas de absorción de hierro facilita la adquisición de hierro (Fig. 1). Sin embargo,
también se sabe que Fur regula positivamente la expresión de algunos genes, incluidos acnA, ftnA, fumA y
sdhCDAB (23). Esta observación paradójica se reconcilió después de la identificación de un pequeño ARN regulado
por Fur, RyhB; RyhB actúa como un regulador postranscripcional negativo para algunos genes cuyos productos
proteicos requieren hierro como cofactor o están involucrados en el almacenamiento de hierro (23). La expresión
de ryhB está sujeta a regulación negativa por Fur. La regulación mediada por ARN pequeño agrega una capa
adicional de complejidad al esquema regulador que controla la homeostasis del hierro.

Sideróforos

Los sideróforos son moléculas quelantes de hierro de baja masa molecular y alta afinidad liberadas al medio
ambiente por varias bacterias, incluida la UPEC. Los sideróforos se unen al hierro férrico y los complejos hierro-
sideróforo son reconocidos por receptores de la membrana externa afines (Fig. 1). Las cepas de UPEC codifican las
proteínas necesarias para la biosíntesis y captación de los siguientes sideróforos: aerobactina, enterobactina,
salmoquelina y yersiniabactina. Algunas cepas UPEC como la 536 y la UTI89 producen y utilizan yersiniabactina,
mientras que otra cepa prototípica, CFT073, carece de la capacidad biosintética para producir yersiniabactina. La
enterobactina y la salmoquelina pertenecen a la familia de los catecolatos, mientras que la aerobactina y la
yersiniabactina son miembros de hidroxamato y sideróforos que contienen anillos heterocíclicos de cinco
miembros, respectivamente. Independientemente de la actividad del sideróforo, la yersiniabactina también se
une al cobre y mitiga la toxicidad del cobre (24).

La intensa competencia entre las bacterias y el huésped por el hierro se ejemplifica por el hecho de que los
huéspedes mamíferos producen proteínas específicas que se unen a los sideróforos y evitan la recaptación de los
complejos hierro-sideróforo por las bacterias. Como parte de la respuesta inmune innata, los neutrófilos
producen lipocalina-2 (25), una molécula que se une a la enterobactina y previene la absorción de hierro mediada
por enterobactina por las bacterias (26). Los patógenos bacterianos, incluidos UPEC y la subespecie Enterica de
Salmonella enterica, superan esta barrera mediante el uso de salmoquelina, un derivado glicosilado de la
enterobactina, que no es reconocido por la lipocalina-2 (27).

La producción de sideróforos y su correlación con la presencia de genes que codifican las rutas biosintéticas de los
sideróforos en cepas de UPEC prototípicas se han caracterizado mediante un enfoque de metabolómica
cuantitativa (28). Se analizaron los aislados de UPEC de orina y E. coli de las muestras rectales correspondientes
para determinar la producción de sideróforos. La producción de enterobactina fue idéntica en las cepas aisladas
tanto del tracto urinario como del recto, lo que indica que el sistema de enterobactina no responde a señales
específicas detectadas por UPEC dentro del tracto urinario humano. Sin embargo, la salmoquelina y la
yersiniabactina se produjeron a niveles significativamente más altos en UPEC aislado de orina en comparación con
los aislados rectales y se observó la coexpresión de sideróforos de salmoquelina y yersiniabactina, lo que indica
que estos dos sideróforos podrían desempeñar un papel más importante en comparación con la enterobactina
durante la adquisición de hierro en el tracto urinario humano (28).

Captación de hemo mediada por receptores

El hemo es una fuente abundante de hierro en los hospedadores mamíferos. La captación de hemo mediada por
receptores es otro mecanismo de captación de hierro utilizado por la UPEC. Se han caracterizado dos receptores
hem de la membrana externa, ChuA y Hma (Fig. 1). Se encuentran homólogos funcionales de ChuA en E. coli
enterohemorrágico y Shigella dysenteriae, mientras que Hma parece ser un receptor hemo específico de UPEC.
Los genes que codifican tanto ChuA como Hma se expresan durante el crecimiento en condiciones limitadas en
hierro, incluso en la orina humana y durante la UTI experimental de ratón (29, 30). Los mutantes que carecen de
ChuA son superados por los mutantes que carecen de Hma, lo que indica que ChuA es el receptor hem preferido
in vivo. Sin embargo, tanto ChuA como Hma son necesarios para una aptitud óptima en un modelo de ratón de
ITU (30). ChuA también parece ser importante durante la formación de IBC por UPEC; La expresión de chuA se
incrementó durante la formación de IBC dentro de las células epiteliales de la vejiga y un mutante de chuA forma
IBC significativamente más pequeños en comparación con la cepa parental (31). En combinación, estos estudios
implican que la capacidad de adquirir hierro del hemo es un factor importante de aptitud in vivo.

Sistemas de adquisición de hierro redundantes

La contribución de los sistemas de absorción de hierro aparentemente redundantes a la aptitud se evaluó en un

modelo de ratón de IU ascendente (32). Los mutantes que carecen de los genes fepA, iha e iroN (que codifican
receptores afines para sideróforos catecolatos) mostraron índices de aptitud similares dentro del tracto urinario
murino, lo que indica que son un grupo funcionalmente redundante. El mutante del receptor de aerobactina y el
mutante del receptor de yersiniabactina fueron superados por mutantes que carecen de receptores de
hidroxamato-sideróforo o receptores de catecolato-sideróforo, respectivamente. Los receptores de aerobactina y
yersiniabactina contribuyen significativamente a la aptitud in vivo, lo que indica que estos dos sistemas son
críticos para la uropatogenia. Además, el doble mutante hma chuA, defectuoso en la captación de hemo /
hemina, es superado por mutantes que carecen de receptores de catecolato o hidroxamato solo dentro de los
riñones (32). En conjunto, estos datos demuestran que, a pesar de ser redundantes, los sistemas individuales de
absorción de hierro parecen desempeñar un papel clave dentro de regiones específicas del tracto urinario.

Captación de hierro ferroso

El manganeso y el hierro ferroso son transportados al citoplasma por el sistema Sit, compuesto por proteínas SitA,
SitB, SitC y SitD. En Salmonella enterica serovar Typhimurium, los genes sit están regulados por los niveles
intracelulares de hierro y manganeso a través de los metaloreguladores correspondientes, Fur y MntR,
respectivamente (33). Los genes sit se regulan positivamente durante la UTI murina y se expresan durante las UTI
humanas (14, 19). Varias cepas UPEC, incluida la CFT073, contienen el sistema Sit. El aislado de cistitis F11 utiliza
FetMP, un sistema bipartito para adquirir hierro ferroso (34). Queda por evaluar la contribución de los sistemas
de absorción de hierro ferroso a la urofitness.
Receptores de hierro como candidatos a vacuna

Varias líneas independientes de evidencia indican limitación de hierro en el tracto urinario: los genes implicados
en la captación de hierro se expresan en gran medida durante las infecciones urinarias murinas y humanas; los
receptores de hierro se encuentran en niveles más altos durante el crecimiento en la orina humana; los
receptores de captación de hierro se pueden detectar con antisueros de ratones con ITU crónica; y un
subconjunto de receptores de hierro son más frecuentes en las cepas UPEC en comparación con las cepas
comensales de E. coli (14, 18, 19, 29, 35). Dado que la captación de hierro es claramente necesaria para una
infección exitosa, se evaluó el potencial de los receptores de captación de hierro como candidatos a vacunas. Los
receptores de hierro de la membrana externa FyuA, Hma, Iha, IreA, IroN e IutA, se probaron como candidatos de
vacuna contra la infección por UPEC en un modelo murino (35, 36). Las proteínas purificadas se reticularon con la
toxina del cólera, un adyuvante, y se administraron por vía intranasal. Los ratones inmunizados con Hma, IreA e
IutA mostraron una protección significativamente mayor tras la infección de provocación en los riñones, la vejiga
y los riñones y la vejiga, respectivamente, en comparación con los controles con adyuvante solo. La vacunación
con FyuA protegió a los ratones contra UPEC solo en los riñones. Además, la vacunación con Hma e IreA protegió
a los ratones durante el desafío con una cepa heteróloga de UPEC. Los antígenos protectores Hma, IreA e IutA
demostraron niveles de inmunoglobulina (Ig) G en suero significativamente más altos después de la exposición,
en comparación con los antígenos ChuA e Iha que no confieren protección. La IgA específica de antígenos se
encontró solo en la orina de ratones vacunados con IreA e IutA, ambos antígenos protectores. Tomados en
conjunto, los receptores específicos de absorción de hierro parecen conferir inmunidad protectora en un modelo
de ratón de ITU y ciertamente se encuentran entre los principales candidatos para desarrollar una vacuna de
subunidad contra las ITU causadas por UPEC.

Adquisición de zinc

El zinc es un nutriente esencial involucrado en una gama de funciones celulares que incluyen la homeostasis del
hierro y la resistencia al estrés oxidativo. La calprotectina de proteína derivada de neutrófilos está involucrada en
el secuestro de zinc y manganeso y sofoca el crecimiento de patógenos bacterianos dentro de los huéspedes
mamíferos (16). La cepa CFT073 de UPEC codifica al menos dos sistemas de transporte de zinc diferentes
codificados por znuACB y zupT (37). El sistema ZnuACB es un transportador ABC similar al sistema SitABCD que
participa en la adquisición de hierro ferroso y manganeso. La absorción de zinc a través del sistema ZupT se
conserva entre bacterias y eucariotas y, además del zinc, este sistema también puede transportar cobalto, hierro
y manganeso.

El sistema ZnuACB se requiere para niveles de crecimiento de tipo salvaje en medio mínimo, mientras que el
sistema ZupT es prescindible durante el crecimiento en condiciones limitantes de zinc; esta observación sugiere
que existen sistemas de transporte de zinc redundantes, aunque con diferentes niveles de expresión y / o afinidad
por el zinc. Además, los mutantes desprovistos de ZnuACB o de ZnuACB y ZupT revelaron un defecto de aptitud
en un modelo murino de UTI que indica que la capacidad de adquirir zinc es fundamental para la supervivencia
dentro del tracto urinario (37). La orina humana no parece ser un medio limitado en zinc porque el crecimiento de
mutantes defectuosos en la absorción de zinc es indistinguible de la cepa de tipo salvaje durante el crecimiento
en la orina. Sin embargo, esta observación no excluye la posibilidad de que los niveles de zinc en la orina puedan
alterarse drásticamente durante la afluencia masiva de neutrófilos observada durante las ITU. El zinc es necesario
para las defensas contra el estrés oxidativo tanto directa como indirectamente. Indirectamente, los niveles
reducidos de zinc dan como resultado la desrepresión de genes regulados por Fur, lo que resulta en un aumento
de los niveles intracelulares de hierro, lo que agrava el daño infligido durante el estrés oxidativo. No es
sorprendente que los mutantes que carecen de ZnuACB exhiban una mayor sensibilidad al estrés oxidativo. Sería
interesante determinar la protección, si la hubiera, ofrecida por los receptores de absorción de zinc solos o en
combinación con receptores de absorción de hierro en una vacuna de subunidad compuesta contra UPEC.

METABOLISMO

Dado que muchas funciones metabólicas no son específicas de patógenos, el papel del potencial metabólico de
los patógenos en la aptitud física durante las infecciones sigue siendo subestimado. Sin embargo , el conocimiento
profundo del estado metabólico de un patógeno es de suma importancia para definir el microambiente en el sitio
de la infección y así facilitar la identificación de nuevos agentes antimicrobianos que se dirigen a vías metabólicas
específicas.

Las proteínas involucradas en el transporte de péptidos cortos, transporte y catabolismo de ácido siálico,
gluconato, xilosa y arabinosa, y biosíntesis de arginina y serina se expresan altamente en UPEC cultivadas en orina
humana (Fig. 2) (13). A pesar del hecho de que las proteínas biosintéticas de arginina y serina se expresan
selectivamente durante el crecimiento en la orina, los auxótrofos de arginina y serina no mostraron ningún
defecto de aptitud en un modelo de UTI de ratón. Sin embargo, los mutantes defectuosos en la captación de
oligopéptidos y dipéptidos fueron superados por la cepa de tipo salvaje, lo que indica que la captación de
péptidos es crítica para la aptitud de UPEC durante la infección. Los mutantes que carecen de enzimas en el ciclo
del ácido cítrico y la gluconeogénesis presentan defectos de aptitud tanto en la vejiga como en los riñones (13).
Sin embargo, los defectos en la vía de Entner-Doudoroff, la glucólisis o la vía de la pentosa-fosfato no afectaron la
aptitud in vivo. En combinación, estos hallazgos afirman la idea de que los aminoácidos y los péptidos son las
principales fuentes de carbono de UPEC dentro del tracto urinario (Fig. 2).

La D-serina es uno de los aminoácidos más abundantes que se encuentran en la orina humana. Un mutante UPEC
CFT073 que carece del gen de D-serina desaminasa (dsdA) requerido para el catabolismo de D-serina, reveló una
fase de retraso prolongada cuando se cultivó en orina humana. Sorprendentemente, el mutante exhibe un
fenotipo de hipercolonización, que se manifiesta por una mayor aptitud durante la coinfección con la cepa
parental, en un modelo de ratón de ITU (38). Además, el mutante dsdA es hipermóvil e hiperflagelado en
comparación con la cepa parental (Fig. 3). Un doble mutante dsdA fliC que carece de flagelos pierde la ventaja de
aptitud, lo que indica que el fenotipo de hipervirulencia del mutante dsdA está mediado por la producción
excesiva de flagelos. Además de los flagelos, la hemolisina A y ambas fimbrias P (la cepa CFT073 contiene dos
grupos de genes fimbriales P) contribuyen al fenotipo de hipervirulencia del mutante dsdA, aunque de manera no
redundante (39).

La serina se desamina para producir amoníaco y piruvato mediante serina desaminasas específicas de
enantiómeros (D / L). El catabolismo del piruvato conduce a la producción de acetil coenzima A (CoA); la acetil
CoA se convierte en acetilfosfato mediante la fosfotransacetilasa (Pta) y la acetato quinasa (AckA) cataliza la
conversión de acetilfosfato en acetato (40). Debido a su función de donante de fosfato, el acetilfosfato actúa
como una señal intracelular que provoca cambios en la expresión génica en todo el genoma (41). El acetato se
excreta en el medio y la recaptación de acetato se produce solo después del agotamiento de las fuentes de
carbono fácilmente asimilables. El fenotipo hipervirulento de mutantes defectuosos de D-serina desaminasa
(DsdA) se derogó cuando las L-serina desaminasas (SdaA y SdaB) también se inactivaron en CFT073 (40). De
hecho, un mutante que no cataboliza las formas D y L de serina mostró un defecto de aptitud en el tracto
urinario. Los genes regulados positivamente en UPEC tras la exposición a D-serina durante el crecimiento en orina
incluyen pta y ackA. El mutante defectuoso en la recaptación de acetato, sin embargo, no presenta un defecto de
aptitud (40). En conjunto, estos datos demuestran que UPEC produce acetato durante el crecimiento en la orina y
el potencial acetogénico contribuye a la aptitud in vivo, pero la recaptación de acetato no afecta la aptitud in vivo.

ESTRUCTURAS SUPERFICIALES

Fimbrias

Las fimbrias o pili son orgánulos filamentosos cortos que utilizan las bacterias para adherirse a diversas
superficies. En general, las cepas UPEC tienen un número significativamente mayor de grupos de genes fimbriales
en comparación con las cepas fecales / comensales (42). El genoma de una cepa prototípica de pielonefritis,
CFT073, contiene 12 grupos de genes fimbriales: 10 pertenecen a la familia chaperona-usher, que incluyen el tipo
1, dos fimbrias P, F1C, F9 y Auf completas y 2 pili putativos de tipo IV (c2394- c2395 y ppdD-hofBC) (43). La vía de
biogénesis fimbrial de acompañante-acomodador utiliza un acompañante periplásmico que se une y ayuda al
plegamiento de las subunidades fimbriales. Los complejos de subunidades de chaperona-fimbrial se dirigen a la
membrana externa, donde el ujier forma un poro a través del cual las subunidades de pilus se exportan y
ensamblan. La biogénesis del pilus tipo IV requiere un sistema de secreción funcional de tipo II y ambos grupos de
genes del pilus tipo IV están involucrados en la aptitud durante la ITU (44, 45).

Las fimbrias tipo 1 y P, ambas ensambladas por la vía acompañante-ujier, se encuentran entre las fimbrias
bacterianas mejor caracterizadas. Mientras que los genes fimbriales de tipo 1 se encuentran en la columna
vertebral fecal / comensal del genoma de E. coli, los genes fimbriales P se encuentran exclusivamente en islas de
patogenicidad distribuidas entre las cepas de UPEC. Además, existe evidencia de interferencia regulatoria entre
estos dos tipos fimbriales; La expresión constitutiva de la fimbria tipo 1 conduce a la regulación a la baja de la
expresión del gen P fimbrial (46). Aquí se incluye una breve revisión de las fimbrias encontradas en UPEC
(revisada en 124).

Tipo 1 Fimbria

La fimbria de tipo 1 media la aglutinación sensible a la manosa de los eritrocitos de cobaya. La uroplaquina, una
proteína altamente manosilada que se encuentra en las células uroepiteliales, es el receptor de la fimbria tipo 1
(47). Específicamente, FimH (adhesina de punta fimbrial de tipo 1) media la interacción con D-manosa en las
glicoproteínas. La fimbria tipo 1 es necesaria para causar cistitis y desarrollo de IBC en un modelo de ratón de ITU
(48–51). Dentro de los túbulos renales de las ratas vivas, las fimbrias de tipo 1 promueven la unión
interbacteriana, lo que da como resultado comunidades similares a biopelículas dentro de los túbulos renales que
obstruyen el flujo tubular (52).

La expresión de la fimbria de tipo 1 está regulada por un elemento invertible que lleva el promotor y está
flanqueada por repeticiones invertidas. FimB y FimE son recombinasas específicas de sitio que cambian la
orientación del promotor de ON-to-OFF / OFF-to-ON y ON-to-OFF, respectivamente. Varias proteínas reguladoras
globales, como las proteínas relacionadas con el receptor de lipoproteínas (Lrp), la estructuración de nucleoides
similares a las histonas (H-NS), el factor de integración del huésped (IHF) y la proteína receptora de monofosfato
de adenosina cíclico (cAMP) (CRP) / cAMP, modular la expresión de genes fimbriales de tipo 1 controlando la
orientación de la región promotora (53). Por ejemplo, CRP actúa como represor de la expresión génica fimbrial de
tipo 1 regulando negativamente la lrp, lo que da como resultado una recombinación mediada por FimB reducida
que invierte el promotor de la orientación OFF a ON. Además, la CRP mejora la actividad de la ADN girasa que
conduce a la orientación OFF del promotor. Por tanto, la expresión de genes fimbriales de tipo 1 está regulada de
forma coordinada por múltiples entradas reguladoras que convergen en recombinasas que controlan la
orientación del promotor.

P Fimbria

Las UPEC están dotadas de un tipo único de pili codificados por los genes pap que se conocen como pili asociados
a pielonefritis o fimbrias P. Las fimbrias P son necesarias para la aglutinación de eritrocitos humanos resistentes a
la manosa y PapG es la adhesina de punta fimbrial que confiere especificidad a la adherencia mediada por
fimbrias P. PapG se une a glucoesfingolípidos que contienen restos digalactósidos que se encuentran en el epitelio
renal, específicamente el antígeno del grupo sanguíneo P (54). Aunque las fimbrias P se asocian con la adherencia
a las células renales, su contribución a la virulencia de las UPEC sigue siendo ambigua (55–57). Las fimbrias P son
necesarias para la unión de UPEC a la cápsula de Bowman en un animal vivo. La adhesión mediada por fimbrias P
minimiza el impacto del esfuerzo cortante inducido por el flujo del filtrado primario dentro del espacio de
Bowman (52). Además de su papel en la adherencia, las fimbrias P también participan en la regulación de la
motilidad. PapX, un gen no estructural que se encuentra en el grupo de genes fimbriales P, es un actor crítico en
la diafonía entre la adherencia mediada por fimbrias y la motilidad mediada por flagelos en UPEC (58).

La expresión de los genes P fimbriales está regulada por un interruptor epigenético dependiente de metilación
(59). La competencia entre Lrp y desoxiadenosina metilasa (Dam) metilasa por los sitios de unión en el promotor
de papBA determina el estado (ON / OFF) del interruptor. La metilación del sitio de guanina, adenina, timina,
citosina (GATC) más cercano al gen papB conduce a la expresión de genes P fimbriales; por el contrario, la unión
de Lrp a este sitio impide la metilación que da como resultado la represión transcripcional. Una vez que se
enciende el interruptor, hay un mecanismo innato que se esfuerza por mantener la fase de encendido. PapB
activa la transcripción de papI y PapI promueve la unión de Lrp al sitio GATC distal facilitando la expresión de
genes fimbriales P. En resumen, la expresión de fimbria tipo 1 y fimbria P está estrechamente regulada en UPEC.

Otros grupos de genes fimbriales encontrados en las cepas UPEC incluyen Auf, Dr, F1C, F9, Pix, S, Yad, Yeh, Yfc e
Ygi. La Dra. Fimbria aglutina los eritrocitos humanos y promueve el tropismo renal al unirse a la membrana basal
del epitelio tubular renal y la cápsula de Bowman (60). La fimbria F1C se une a los glucoesfingolípidos que se
encuentran en las células renales e induce la producción de IL-8, una citocina proinflamatoria (61). La producción
de IL-8 es independiente de la señalización de TLR4 mediada por LPS porque esa cascada de señalización está
ausente en las células renales. La fimbria F1C se expresó altamente en una cepa que carece de fimbrias de tipo 1 y
P, lo que sugiere una interferencia entre proteínas reguladoras que afectan la expresión de varias fimbrias (46). S
fimbria media la unión de UPEC a las células primarias del túbulo proximal renal humano mediante la unión a α-
sialil-2-3-β-galactósido y los grupos de genes S fimbriales se encuentran con mayor frecuencia en E. coli aislado de
pacientes con sepsis neonatal o meningitis (62, 63). Pix pilus es una adhesina filamentosa capaz de aglutinar
eritrocitos humanos (64). Recientemente, se demostró que la fimbria de Ygi está involucrada en la adherencia a
las células renales humanas y un mutante que carece de esta fimbria exhibe un defecto de aptitud en un modelo
de ratón de UTI (42). Yad fimbria media la adherencia a las células de la vejiga humana pero no parece contribuir
a la aptitud, al menos independientemente de otras fimbrias. La capacidad de producir múltiples fimbrias parece
conferir una ventaja selectiva dentro de un nicho particular y es evidente la interferencia activa entre reguladores
de varios tipos de fimbrias.

Pilicidas

Los agentes que se dirigen específicamente a los factores de virulencia sin afectar la supervivencia de patógenos
bacterianos se han propuesto como una alternativa prometedora para los compuestos antimicrobianos
convencionales (65). Dado que tanto los pili de tipo 1 como los P están implicados en la patogenia de las
infecciones urinarias, se desarrollaron inhibidores químicos de la biogénesis de pili (pilicidas). Los pilicidas de la
familia de las 2-biciclicpirimidonas inhiben la producción de pili de tipo 1 y P en las UPEC y son candidatos
potenciales para su desarrollo como agentes terapéuticos (66).

Motilidad

La naturaleza ascendente de la mayoría de los casos de ITU llevó a la especulación de que los flagelos podrían ser
un factor de virulencia crítico para UPEC. Dos grupos determinaron de forma independiente que la posesión de
flagelos confiere una ventaja de aptitud significativa a UPEC. Lane y col. (67) construyeron cepas mutantes
aflageladas, flageladas pero hipomotiladas, flageladas pero inmóviles y flageladas, móviles pero no quimiotácticas
de UPEC CFT073 y probaron la contribución de la motilidad y la quimiotaxis a la virulencia en un modelo de ratón
de IU ascendente. La motilidad mediada por flagelo no fue necesaria para una colonización exitosa durante
infecciones individuales, lo que indica que este no es un rasgo de urovirulencia. Sin embargo, la motilidad
mediada por flagelos aumentó la aptitud de las cepas mutantes durante infecciones mixtas, lo que demuestra que
este es un factor de aptitud importante. Un mutante de UPEC que carece de flagelos no mostró un defecto en la
formación de IBC dentro de las células facetarias de la vejiga de ratón en comparación con la cepa de tipo salvaje
(68). Además, AL511 (cepa de pielonefritis) invade las células epiteliales del conducto colector renal de ratón
utilizando un mecanismo impulsado por flagelos y motilidad (69). Este hallazgo demuestra que la invasión
dependiente de flagelos podría ser específica del tipo de célula y podría contribuir a romper la barrera epitelial
renal para obtener acceso al torrente sanguíneo.

Se utilizó un enfoque de imágenes in vivo para determinar el patrón temporoespacial de la expresión del gen
flagelar dentro del tracto urinario murino (70). Se utilizó un sistema indicador de luciferasa, en el que se detectó y
midió la expresión del gen fliC mediante un aumento correspondiente en la producción de luz. La expresión
máxima de genes flagelares coincide con la ascensión de UPEC a los uréteres y riñones, lo que sugiere un papel de
los flagelos en el desarrollo de pielonefritis. Durante las primeras etapas de la infección, el mutante fliC era
defectuoso en la colonización del riñón a pesar de la colonización exitosa de la vejiga, lo que indica una ventaja
conferida por los flagelos en la progresión de la UTI ascendente.

Quimiotaxis
La capacidad de detectar y responder a señales químicas alterando la motilidad se conoce como quimiotaxis y las
bacterias usan la motilidad mediada por flagelos para responder a las señales quimiotácticas . Dado que la
mayoría de las IU surgen de la colonización de la región periuretral con cepas de UPEC que se originan en el tracto
gastrointestinal, es posible que las cepas de UPEC exhiban un comportamiento quimiotáctico mejorado hacia la
orina en comparación con las cepas fecal-comensales. Las cepas de E. coli expresan genes quimiotácticos tap, tar,
tsr y trg que responden a dipéptidos, aspartato y maltosa, serina y ribosa y galactosa, respectivamente. Sin
embargo, las cepas UPEC CFT073 y F11 carecen de los genes tap y trg, mientras que las cepas fecales /
comensales albergan los 4 genes. Curiosamente, tanto las UPEC como las cepas fecal-comensales mostraron un
grado similar de quimiotaxis hacia la orina, lo que indica que este no es un rasgo específico de uropatógenos (71).

Motilidad a nivel de población

Las cepas pielonefritogénicas ascienden a los riñones a través de los uréteres, mientras que las cepas de cistitis
permanecen dentro de la vejiga. Comprender la dinámica de la población involucrada en este fenómeno es
importante para comprender cómo la UPEC causa un espectro de afecciones, que incluyen cistitis, pielonefritis,
bacteriemia y sepsis. Walters y col. (72) utilizaron una colección de cepas CFT073 que albergan etiquetas de
secuencia rastreables únicas para infectar ratones por vía transuretral y evaluaron la distribución de la cepa UPEC
individual como proporción de la población en vejigas, riñones y bazo. La ascensión a los riñones y la entrada al
torrente sanguíneo parecen ser el resultado de múltiples rondas de diseminación; la progresión de pielonefritis a
bacteriemia representa un cuello de botella importante en la progresión de pielonefritis a sepsis.

Interacción entre adherencia y motilidad

La motilidad, mediada principalmente por flagelos, y la adherencia, mediada principalmente por fimbrias,
representan dos fenómenos opuestos, aunque se ha demostrado que ambos contribuyen a la uropatogenia. Por
lo tanto, comprender cómo la UPEC regula estos dos fenómenos es crucial para comprender mejor las infecciones
urinarias. Lane y colaboradores demostraron que la expresión constitutiva de la fimbria tipo 1 afecta
negativamente la motilidad y los niveles de flagelina (Fig. 3), la principal subunidad estructural de los flagelos
bacterianos (73). Por el contrario, la sobreexpresión de proteínas flagelares o el fenotipo de hipermotilidad no
alteró la expresión de la fimbria tipo 1. Estos resultados indican que la expresión de la fimbria tipo 1 ejerce un
efecto unidireccional negativo sobre la motilidad mediada por flagelos.

Inhibidor de la motilidad, PapX

Para comprender la compleja relación entre la expresión del gen fimbrial de tipo 1 y los flagelos, se llevó a cabo
un cribado de mutagénesis de transposones en una cepa que expresa constitutivamente fimbria de tipo 1 para
identificar mutantes que recuperaron el fenotipo de motilidad (74). Este cribado condujo a la identificación del
gen papX como regulador negativo de la motilidad en UPEC (Fig. 3). Aunque la cepa CFT073 de UPEC tiene dos
grupos de genes que codifican la producción de P fimbria, solo el grupo de genes pap1 ubicado en la isla de
patogenicidad asociada a PheV contiene papX. Se demostró previamente que PapX inhibe la motilidad bacteriana
y es un homólogo funcional de MrpJ, otro inhibidor de la motilidad bacteriana, que se encuentra en Proteus
mirabilis (75). PapX se une directamente al promotor flhDC, inhibiendo así la transcripción del regulador maestro
de la biosíntesis flagelar, la motilidad y la quimiotaxis (58, 76). La sobreexpresión de PapX condujo a una
reducción de la transcripción de los genes implicados en la biosíntesis y quimiotaxis flagelar; Como era de esperar,
la falta de PapX condujo a un aumento en la transcripción del mismo conjunto de genes. Recientemente, el sitio
de unión de PapX en la región promotora flhD se mapeó en un sitio de 29 pares de bases corriente arriba del sitio
de inicio de la traducción flhDC (76, 77).

TOXINAS

Se sabe que las cepas de UPEC elaboran α-hemolisina, factor necrotizante citotóxico-1 (CNF-1), toxina auto-
transportadora secretada (Sat) y proteasa involucrada en la colonización (Pic) (78-87). La hemolisina A (HlyA) es
una de las toxinas formadoras de poros mejor caracterizadas y es el miembro fundador de la familia de toxinas
repeticiones en toxinas (RTX). HlyA contiene las repeticiones características de nonapéptidos ricos en glicina en el
dominio C-terminal. El operón hlyCABD codifica las proteínas implicadas en la producción, activación y
exportación de HlyA. La toxina está codificada por el gen hlyA y el gen hlyC codifica una acil transferasa necesaria
para la activación de la toxina. HlyA se secreta a través del sistema de secreción de tipo 1. HlyB y HlyD actúan en
conjunto con TolC, una proteína de la membrana externa, para la secreción de HlyA dependiente de la energía.
HlyA no solo es una hemolisina, sino que también presenta toxicidad hacia otros tipos de células, incluidos los
leucocitos.

El análisis genómico funcional de las IBC reveló que hlyA se encuentra entre los genes altamente expresados
durante el crecimiento de UPEC dentro de las células de la vejiga (31). Además de su actividad citolítica, HlyA
también participa en la comunicación entre el huésped y el patógeno. HlyA degrada la paxilina, una proteína del
armazón del citoesqueleto, y otras proteínas involucradas en la cascada de señalización del factor nuclear kappa-
cadena ligera-potenciador de las células B activadas (NF-κB) (81). Este estudio aclaró el papel de HlyA en la
exfoliación de las células epiteliales de la vejiga durante las UTI UPEC. Al interferir con la vía de señalización
proinflamatoria mediada por NF-κB, HlyA amortigua la respuesta inmune del huésped a la infección. Mientras que
la mayoría de las cepas de UPEC llevan una copia del operón hemolisina, las cepas pielonefritogénicas 536 y J96
albergan dos copias del operón hly y ambos loci son necesarios para la virulencia completa (82). Sin embargo,
existe una expresión preferencial de un locus sobre el otro y la expresión selectiva podría proporcionar distintas
ventajas dentro de diferentes nichos.

CNF-1 es elaborado por algunos aislados de UPEC y desamida pequeñas Rho guanosina trifosfatasas (GTPasas)
incluyendo RhoA y Rac1, dando como resultado la activación constitutiva de estas proteínas. Las Rho GTPasas son
críticas para varios procesos celulares, incluida la fagocitosis y la explosión oxidativa en los neutrófilos. Un
mutante que carece de CNF-1 es superado por la cepa de tipo salvaje en un modelo murino de UTI, lo que indica
claramente que CNF-1 mejora la aptitud de UPEC durante UTI (79). La infección individual con el mutante
deficiente en CNF-1 induce una inflamación menos grave, pero el mutante coloniza a niveles comparables a la
cepa de tipo salvaje. La interrupción de las vías de señalización de Rho GTPasa mediada por CNF-1 conduce a una
desregulación inmunitaria y la producción de CNF-1 confiere una ventaja durante la supervivencia en presencia de
neutrófilos (83).

Toxinas de autotransportador

Pic, la toxina autotransportadora secretada (Sat) y la hemaglutinina sensible a la temperatura (Tsh) son miembros
de la familia de proteínas SPATE (toxinas autotransportadoras de serina-proteasa de Enterobacteriaceae)
elaboradas por UPEC. Sat induce la vacuolación en las células del túbulo renal proximal y se requiere actividad de
serina proteasa para los efectos citopáticos de Sat (84, 85). Sin embargo, Sat no contribuye a la aptitud de UPEC
en un modelo de ratón de UTI ascendente. Pic se expresa durante la infección por UPEC en un modelo murino y
es un secretagogo de moco potencial (86, 87). Al dirigirse a las principales moléculas de adhesión de leucocitos
humanos CD43, CD44, CD45 y CD93, Pic desregula la migración de leucocitos y la inflamación (80). Tsh no muestra
actividad serina-proteasa (86) y parece estar más estrechamente relacionada con Vat, una toxina
autotransportadora vacuolante que se encuentra en E. coli patógena aviar. En resumen, las toxinas producidas
por UPEC no solo infligen daño tisular, sino que también participan en la comunicación entre el patógeno y el
huésped.

BIOFILM

Las biopelículas son comunidades bacterianas sésiles, complejas, diferenciadas, multicelulares, que pueden estar
pobladas por una o varias especies. Una característica destacada que distingue al biofilm de las células
planctónicas es la presencia de una matriz extracelular que podría estar compuesta de proteínas, polisacáridos y /
o ADN. La composición de la matriz de biopelícula difiere entre varias especies de bacterias; Las proteínas (curli y
fimbrias) y polisacáridos (celulosa, ácido colónico y poli-N-acetilglucosamina) se encuentran en la matriz de las
biopelículas formadas por E. coli. Las células en una biopelícula exhiben un mayor grado de resistencia a los
antibióticos en comparación con las células planctónicas, y las biopelículas formadas en dispositivos internos
como catéteres urinarios plantean un gran problema en los entornos de atención médica. Por lo tanto, existe un
interés considerable en comprender la biología de la formación de biopelículas en la UPEC. Mediante el cribado
de una biblioteca de transposones mutantes, se identificaron múltiples genes implicados en la formación de
biopelículas en la cepa de cistitis UTI89 (88). Un subconjunto de genes implicados en la formación de biopelículas
también está implicado en la colonización de las vejigas urinarias de ratones.

Curli, proteínas bacterianas de tipo amiloide, son producidas por varios miembros de la familia
Enterobacteriaceae, incluida la UPEC. Estas proteínas complejas insolubles forman la matriz extracelular que
actúa como un andamio para las células durante el desarrollo de la biopelícula. Los curli se encuentran en niveles
detectables en muestras de orina de UTI humanas y promueve la adherencia de UPEC a las células epiteliales
derivadas de la vejiga y los riñones humanos (89). Las cepas rizadas inducen la producción de citocina
proinflamatoria IL-8 y exhiben niveles más altos de resistencia a un péptido antimicrobiano, catelicidina (LL-37).
LL-37 inhibe la polimerización del gen específico de curli (Csg) A, subunidad estructural de las fibras de curli, y
previene la adherencia mediada por curli y la formación de biopelículas in vitro. Se buscaron inhibidores químicos
de la biogénesis de curli, curlicidas, como una nueva opción de tratamiento para UPEC (90). Se detectó que las
moléculas pertenecientes a la clase de 2-piridona fusionada en anillo mostraban actividad curlicida y pilicida
bifuncional. Estos hallazgos arrojan luz sobre el papel potencial de curli en la patogenia de las infecciones
urinarias.

UPEC CFT073 codifica un grupo de genes (c1931-c1936) capaz de producir fimbrias detectables, conocidas como
fimbrias F9 (91). Las cepas de E. coli K-12 que sobreexpresan fimbria F9 producen una biopelícula más densa en
las superficies de poliestireno que la cepa de control. Sin embargo, la fimbria F9 no parece estar involucrada en la
hemaglutinación o adherencia a las células epiteliales. Cabe señalar que varios estudios sobre la formación de
biopelículas se realizan en condiciones muy diferentes del microambiente dentro del tracto urinario del huésped
y, por lo tanto, los resultados deben interpretarse con la debida diligencia.

Expresión genética dentro de las biopelículas de UPEC

Los genes implicados en la biogénesis de las fimbrias de tipo 1, P y F1C están regulados a la baja en las
biopelículas de CFT073 cultivadas en orina humana, lo que indica que estas fimbrias no son críticas para la
formación de biopelículas, al menos durante el crecimiento en orina. Por el contrario, los genes fimbriales Auf y
los genes fimbriales Yad están regulados positivamente, lo que sugiere que estas fimbrias podrían actuar como
determinantes del modo de crecimiento de la biopelícula en la orina humana (92). Se compararon los perfiles
transcripcionales de la cepa 83972 de bacteriuria asintomática en estudios de biopelícula, células planctónicas y
colonización de voluntarios humanos para delinear cambios específicos de biopelícula en la expresión génica (93).
Estos estudios aclaran las diferencias en la expresión de estructuras superficiales que podrían estar implicadas en
la formación de biopelículas de varias cepas de UPEC y ABU en condiciones específicas, como el crecimiento en
orina in vitro o durante la colonización de la vejiga humana.

Regulación de la formación de biopelículas

RfaH es una proteína antiterminador transcripcional de E. coli que afecta la expresión de genes involucrados en la
biosíntesis de lipopolisacáridos, producción de cápsulas, hemolisina A y CNF-I. La pérdida de rfaH conduce a un
aumento del fenotipo de biopelícula en la cepa UPEC 536 y E. coli K-12. Se observó una regulación al alza del gen
de la gripe que codifica el antígeno 43, una proteína involucrada en la autoagregación y la formación de
biopelículas en el mutante K-12 rfaH. Sin embargo, todavía no ha surgido un mecanismo preciso para la
regulación de la formación de biopelículas por RfaH en UPEC 536 (94). El represor transcripcional sensible al óxido
nítrico, NsrR, es otro regulador más de la formación de biopelículas en UPEC. Un mutante que carece de NsrR
mostró un crecimiento adherido a la superficie significativamente reducido y este efecto podría estar mediado
por la desrepresión de genes reprimidos por NsrR involucrados en la biogénesis y motilidad flagelar (95).

Inhibición de la formación de biopelículas

La cepa CFT073 de UPEC prototípica y todas las cepas de E. coli que producen un tipo de cápsula del grupo II
liberan un polisacárido soluble de alto peso molecular en el medio gastado que reduce la formación de
biopelículas por una amplia gama de patógenos, incluidos Enterococcus faecalis, Klebsiella pneumoniae,
Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus y S. epidermidis. Aunque no está claro cómo los polisacáridos
capsulares que están unidos covalentemente a la membrana se liberan al medio, este fenómeno podría
aprovecharse para desarrollar un material de recubrimiento para catéteres que minimice el desarrollo de
biopelículas (96).

PROTEÍNAS DE LA MEMBRANA EXTERIOR

Proteínas de autotransportador

UPEC codifica varias proteínas autotransportadoras (AT) que normalmente tienen una longitud de 70 a 100
aminoácidos, con una región de anclaje de membrana C-terminal que forma el barril β a través del cual el dominio
pasajero se transloca a la superficie celular; este último fenómeno da el nombre a esta clase de sistema de
secreción como proteínas AT. Las proteínas AT también se conocen como sistema de secreción de tipo V en
bacterias Gram negativas y algunas proteínas AT afectan la adherencia y la formación de biopelículas.

El activador de plasminógeno de tipo uroquinasa (Upa) B y UpaC se encuentran entre varias proteínas AT que se
encuentran en UPEC (97). Sin embargo, no son uropatógenos específicos, ya que sus homólogos están
ampliamente distribuidos entre varias cepas de E. coli. UpaC no afecta la aptitud de UPEC en un modelo de ratón
de UTI. Sin embargo, UpaC promueve la adherencia a superficies abióticas y la formación de biopelículas. H-NS se
identificó como un represor transcripcional del gen upaC. UpaB promueve la adherencia a superficies bióticas
como componentes de la matriz extracelular, que incluyen fibronectina, fibrinógeno y laminina. Un mutante
isogénico que carece de UpaB mostró una aptitud reducida en las vejigas murinas, lo que sugiere que la
adherencia mediada por UpaB podría ser favorable para la aptitud in vivo. UpaG es una proteína
autotransportadora trimérica UPEC que promueve la formación de biopelículas en superficies abióticas y facilita la
unión a proteínas de la matriz extracelular, fibronectina y laminina (98).

El antígeno 43 es una proteína de la membrana externa codificada por el gen de la gripe que se distribuye
ampliamente entre las cepas de E. coli, incluida la UPEC, y está sujeta a variación de fase. La cepa CFT073 de UPEC
prototípica contiene dos copias variantes de este gen que se designaron como ag43a y ag43b. Ag43a aumentó la
autoagregación y la formación de biopelículas en superficies abióticas, cuando se expresa en el trasfondo
genético K-12. Una cepa CFT073 que sobreexpresa ag43a tuvo más éxito en la colonización persistente durante
hasta 5 días después de la inoculación, en un modelo de UTI en ratón. Además, se demostró que en presencia de
fimbrias tipo 1, que previenen el contacto íntimo célula-célula bacteriana, el efecto de Ag43 sobre la
autoagregación y la formación de biopelículas disminuye (99). Los análisis de inmunofluorescencia revelaron que
Ag43 se expresa dentro de las IBC y, por lo tanto, se propone que desempeñe un papel en la fase de crecimiento
intracelular de UPEC (100). En conjunto, estas observaciones apoyan un modelo en el que la autoagregación
mediada por Ag43 y la formación de biopelículas son importantes en condiciones en las que se puede lograr un
contacto cercano entre las células bacterianas.

CÁPSULA

La mayoría de las cepas de E. coli patógenas extraintestinales, incluida la UPEC, producen cápsulas del tipo II
(101). Estos tipos capsulares son muy heterogéneos y se asemejan a varios glicoconjugados que se encuentran
dentro de los huéspedes vertebrados; este mimetismo molecular es parte de la estrategia de evasión
inmunológica de la bacteria. Por ejemplo, los tipos capsulares K1 y K4 imitan la cadena principal de ácido
polisálico y condroitina sustituida, respectivamente. El ensamblaje y biosíntesis de cápsulas en UPEC están
estrechamente relacionados con los sistemas de biogénesis de cápsulas que se encuentran en los géneros
Haemophilus y Neisseria. Los genes involucrados en la biosíntesis, la especificidad del serotipo y la exportación de
cápsulas de UPEC se encuentran en 3 grupos de genes distintos, designados como regiones 1, 2 y 3,
respectivamente.

Los genes involucrados en la biosíntesis de la cápsula fueron regulados positivamente durante la infección murina
(14). Un cribado de mutagénesis con etiqueta de firma de la cepa CFT073 de UPEC reveló que una mutación en el
gen kpsC que altera el transporte de polisacáridos capsulares se atenuó en un modelo murino de UTI (102). El
papel de la cápsula de K2 en la patogénesis de la UTI se evaluó utilizando un mutante deficiente en la biosíntesis
de polisacáridos capsulares en un modelo murino.
El mutante mostró un defecto de aptitud significativo en la orina y los riñones que se revirtió con la
transcomplementación de los genes de biosíntesis de la cápsula, determinando claramente el papel de la cápsula
K2 durante la UTI. Además, este grupo también demostró que la cápsula de K2 era esencial para la protección
frente a la muerte mediada por el complemento (103). Se demostró que la cápsula K5, también perteneciente a la
familia del grupo II, previene la asociación de neutrófilos con una cepa UPEC (104). En combinación, estos
resultados establecen que la cápsula es un factor de virulencia genuino en UPEC.

UTI89, otra cepa de UPEC prototípica, produce una cápsula de tipo K1 y se demostró que esta cápsula es
necesaria para el desarrollo exitoso de IBC dentro de las vejigas de ratones de tipo salvaje y deficientes en TLR4
(105). Dado que los defectos en la síntesis y el ensamblaje de la cápsula aumentan los niveles intracelulares de
ácido siálico, se probó el efecto del regulador del ácido N-acetil-neuramínico (NanR), un regulador transcripcional
bacteriano sensible al ácido siálico, en cepas de tipo salvaje y mutantes en cápsula. La pérdida de NanR condujo a
un aumento parcial en la formación de IBC en la cepa mutante de la cápsula, lo que indica que la perturbación en
los niveles de ácido siálico tiene un efecto profundo en la formación de IBC.

REGULADORES GLOBALES DE EXPRESIÓN GENÉTICA

PhoP

Las bacterias utilizan sistemas de dos componentes compuestos por una quinasa sensor y un regulador de
respuesta análoga para responder a los estímulos externos. PhoPQ es un sistema regulador de dos componentes
que inicia un programa transcripcional en respuesta a señales ambientales que incluyen bajas concentraciones de
calcio y magnesio. PhoQ es la cinasa sensor asociada a la membrana interna que fosforila PhoP y PhoP fosforilada
actúa como un regulador transcripcional del regulón PhoP (genes regulados por PhoP). PhoP es un factor de
virulencia en UPEC y controla la expresión de alrededor del 11% del genoma (106). En CFT073, el regulón PhoP
incluye los genes necesarios para la adaptación al estrés ácido y la resistencia a los péptidos antimicrobianos
catiónicos. UPEC se expone a pH ácido en el estómago antes de la colonización intestinal y en la orina. Los
péptidos antimicrobianos catiónicos son parte de la respuesta inmune innata a las infecciones bacterianas y
juegan un papel fundamental en el control de las infecciones urinarias. Además, PhoP reprime la expresión de
genes flagelares y una cepa mutante que carece de PhoP es hipermotil (Fig. 3). En resumen, PhoP afecta la
resistencia a los ácidos y la virulencia en UPEC modulando el estado de polarización de la membrana interna.

Proteína estructurante nucleoide similar a histona (H-NS)

H-NS, una proteína de unión al ADN, se une a regiones de ADN de doble hebra con curvatura intrínseca. En UPEC,
H-NS actúa como un regulador transcripcional global; Los genes implicados en la motilidad (Fig. 3), la producción
de hemolisina A, la expresión fimbrial de tipo 1 (fimB, fimE) y S, y la captación de hierro son reprimidos por H-NS.
No es sorprendente que un mutante hns mostrara una mayor virulencia en modelos de ratón de infección
urinaria y sepsis (107). StpA, otra proteína de unión al ADN, sin embargo, compensa parcialmente la pérdida de la
función H-NS.

Sigma E

Sigma E facilita la transcripción de genes necesarios para combatir el estrés de la envoltura. Sigma E en sí está
regulado a varios niveles, incluido el secuestro por un factor antisigma asociado a la membrana interna, RseA.
Durante el estrés de la envoltura, RseA es degradado por una proteasa (DegS) dando como resultado la expresión
de genes regulados por sigmaE. Los mutantes que carecen de DegS, por lo tanto, expresan constitutivamente
genes regulados por sigma E y están atenuados en un modelo de ratón de UTI (108). La chaperona periplásmica
regulada por Sigma E (DegP) también contribuye a la urovirulencia (109). Estos resultados demuestran la
necesidad crítica de mantener la homeostasis de la envoltura durante la colonización del tracto urinario.

Factor de host Q-beta (Hfq)

La chaperona de ARN Hfq es un actor clave en la riborregulación, la regulación de la expresión génica mediada por
ARN pequeño en bacterias. Se ha demostrado que los circuitos mediados por Hfq y pequeños ARN afectan los
cambios globales en la abundancia de transcripciones y / o la traducción. Kulesus y col. (110) informaron que un
mutante hfq está altamente atenuado tanto en la vejiga como en los riñones, de manera concomitante con un
número reducido de IBC dentro de las vejigas de ratones infectados con la cepa mutante. UPEC crece en
condiciones ácidas en presencia de especies reactivas de oxígeno y nitrógeno en el tracto urinario. Se requirió Hfq
para los niveles de crecimiento de tipo salvaje en condiciones ácidas, así como durante el estrés oxidativo o
nitrosativo. El mutante hfq exhibe motilidad alterada (Fig. 3) y resistencia al polipéptido catiónico, polimixina B.
Estos fenotipos y análisis de transcriptoma revelaron que el mutante hfq está comprometido en la respuesta al
estrés de la membrana, similar a un mutante rpoE. En resumen, la riborregulación mediada por Hfq es
fundamental para orquestar la expresión génica durante la infección.

Comunicación célula-célula

Los cambios a nivel de población en la expresión génica que ocurren de una manera dependiente de la densidad
celular bacteriana se conocen como detección de quórum. Las bacterias utilizan pequeñas moléculas o péptidos,
denominados autoinductores, para determinar la densidad o quórum celular. Las cepas de UPEC, similares a
varias bacterias gramnegativas, son capaces de detectar el autoinductor 2. Recientemente, se ha descubierto un
nuevo sistema de detección de quórum (Qse) que usa catecolaminas (epinefrina y norepinefrina) como señales en
E. coli enterohemorrágica y se ha propuesto como un sistema de señalización entre reinos. En UPEC también se
encuentra un sistema funcional de señalización QseBC. QseC es una cinasa sensor asociada a la membrana
interna que fosforila QseB, el regulador de respuesta afín. QseB es un regulador transcripcional que afecta la
expresión de genes diana, incluidos curli y flagelos. En UPEC UTI89, una cepa mutante que carece de QseC está
atenuada y es defectuosa para diferenciarse en IBC en un modelo de infección murina (111). Curiosamente, un
mutante isogénico que carece de qseB retuvo los niveles de virulencia de tipo salvaje y el operón qseBC se
expresó constitutivamente en ausencia de QseC debido a la pérdida de la actividad fosfatasa asociada a QseC. En
resumen, el sistema QseBC es necesario para la expresión génica coordinada en UPEC durante la infección.

SECUENCIAS DE GENOMAS

Se encuentran disponibles secuencias genómicas completas, anotadas para las siguientes cepas: cepas de cistitis
F11, IAI39, UMN026 y UTI89; cepa 536 de pielonefritis; cepa CFT073 de pielonefritis y sepsis; y bacteriuria
asintomática cepas ABU 83972 y VR50. Las secuencias de cepas de UPEC no solo proporcionan información de
todo el genoma sobre la presencia de factores de aptitud / virulencia, sino que también han marcado el comienzo
de una serie de estudios habilitados por el genoma, como la genómica comparativa (comparación del contenido
del genoma), la genómica funcional (perfil transcripcional, alta densidad análisis mutacional) y proteómica (perfil
traslacional). Debido a los rápidos avances en la tecnología de secuenciación, las secuencias de borrador del
genoma de varios aislados de UPEC también están disponibles en GenBank (NCBI; Centro Nacional de Información
Biotecnológica) y el Instituto Broad.

La comparación de los genomas del aislado de pielonefritis CFT073, la cepa fecal / comensal K-12 MG1655 y la
cepa de E. coli enterohemorrágica EDL933 reveló que los genomas de E. coli patógena son de naturaleza mosaico
con grandes regiones de genes transferidos horizontalmente intercalados entre el núcleo fecal / genoma de E. coli
comensal (43). Solo el 39% de las regiones codificantes de proteínas se conservó entre estas tres cepas de E. coli,
lo que demuestra que la naturaleza plástica de los genomas podría desempeñar un papel vital en la adaptación de
estas cepas a la

medio encontrado dentro de sus respectivos nichos. La ausencia de un sistema de secreción de tipo III y genes de
toxina codificados por fagos en UPEC en comparación con E. coli enterohemorrágica (EHEC) se encuentran entre
las diferencias notables entre estos dos patotipos. Recientemente, se informó la presencia de genes putativos del
sistema de secreción de tipo III en los genomas de UPEC aislados de pacientes con cistitis (112). Su papel en la
aptitud física durante la UTI, si lo hay, está por determinar.

Los grupos de genes que codifican fimbrias caracterizadas o predichas estaban sobrerrepresentadas en el genoma
CFT073 (43). Se identificaron un total de 12 grupos de genes fimbriales; Diez pertenecen a la familia de fimbrias
acompañantes-ujier que incluye la fimbria tipo 1 y la fimbria P y dos recuerdan a los miembros de la familia de
pilus tipo IV. Se observó una preponderancia de recombinasas FimBElike (un total de cinco) en el genoma de
CFT073 y se propuso que la regulación de la expresión génica mediada por recombinación está implicada en la
orquestación de la expresión génica durante varias fases de la UTI. En general, los genomas de E. coli patógena
son más grandes que las cepas fecales / comensales. Específicamente, los genomas de las cepas UPEC 536,
CFT073 y UTI89 tienen 4,94 millones de pares de bases (Mb), 5,23 Mb y 5,07 Mb de longitud, respectivamente. El
genoma de la cepa fecal / comensal K-12 MG1655 es 0,59 Mb más corto que el genoma CFT073 (43) y se cree que
estos genes adicionales específicos de UPEC confieren una ventaja de aptitud durante la supervivencia dentro del
tracto urinario.

Islas de patogenicidad

Los genomas de varias bacterias patógenas, incluida UPEC, albergan regiones de ADN que se adquieren por
transferencia horizontal de genes (HGT). Dichas regiones se denominan islas genómicas y están marcadas con
firmas que incluyen la presencia de repeticiones directas y evidencia de elementos móviles, como transposones o
fagos. La HGT es uno de los medios más rápidos de diseminación de factores de virulencia o aptitud física entre
las bacterias. Los genomas secuenciados de las cepas UPEC revelan una estructura de mosaico con múltiples islas
transferidas horizontalmente (43, 113). La mayoría de las veces, estas islas contienen genes de aptitud o
virulencia y se conocen como islas de patogenicidad (PAI). Los primeros conocimientos sobre la presencia de PAI
en patógenos bacterianos se obtuvieron a partir de estudios que utilizaron la cepa 536 de UPEC.

Los genomas de 3 cepas de pielonefritis, 4 cepas de cistitis y 3 cepas fecales / comensales se compararon
mediante hibridación genómica comparativa y se encontró que alrededor del 52% del genoma se conserva entre
estas cepas, lo que indica que existe un alto nivel de divergencia entre las cepas de E. coli (114). Sin embargo, solo
se encontraron 131 genes en las 11 cepas de UPEC, incluidas 536, CFT073, F11 y UTI89, que estaban ausentes en
las cepas fecales / comensales y se designaron como genes específicos de uropatógenos. Un subconjunto de
genes específicos de uropatógenos (38 genes) se regula al alza durante la IU de ratón, lo que sugiere que están
involucrados en la adaptación al crecimiento dentro del tracto urinario del huésped (14). De acuerdo con la
tendencia general de proximidad cercana de los PAI para transferir genes de ARN (tRNA), el 80% de los PAI en
CFT073 están asociados con loci de tRNA.

La cepa de pielonefritis CFT073 alberga 13 islas genómicas que comprenden 7 PAI, 3 islas genómicas (GI) y 3 islas
ricas en fagos (PI) (115). De estas islas, se requieren PAI-aspV, PAI-asnT y PAI-metV para la aptitud in vivo. Por el
contrario, PAI-serX, GI-asnW, GI-cobU, GIselC, PI-b0847 y PI-potB son prescindibles sin una pérdida medible de
aptitud (115). Este estudio condujo a la identificación de un miembro de la familia de toxinas RTX, TosA. En un
estudio independiente, TosA se identificó como un antígeno expresado in vivo que contribuye a la aptitud tanto
en el tracto urinario como durante la bacteriemia en un modelo de ratón de ITU y bacteriemia, respectivamente
(116, 117). Sin embargo, no se han atribuido funciones tóxicas a TosA y TosA podría muy bien pertenecer a un
subconjunto creciente de miembros de la familia RTX que no exhiben toxicidad (118).

Los estudios sobre PAI en UPEC CFT073 llevaron a la identificación de dos proteínas, homólogas de Shigella
flexneri shiA, que suprimen la respuesta inflamatoria del huésped durante la ITU. Los genes sisA y sisB se
encuentran en PAI-pheV y PAI-selC, respectivamente (119). Las cepas que carecían de ambos genes provocaron
una fuerte respuesta inflamatoria dentro del tracto urinario del ratón en comparación con el tipo salvaje y este
fenotipo in vivo se invirtió tras la complementación con cualquiera de los dos genes. No es sorprendente que el
doble mutante exhibiera un defecto de colonización durante las primeras etapas de la UTI que se puede atribuir a
una respuesta inflamatoria grave. Curiosamente, estas proteínas antiinflamatorias se localizan dentro del
citoplasma y se prevé que se liberen sólo tras la lisis de UPEC. Siguiendo la línea de la diversidad genética
observada entre las cepas de UPEC, sisA y sisB no se encuentran en otras cepas modelo de UPEC, incluidas 536,
F11 y UTI89.

La secuencia de UPEC 536 es 292 Kb más pequeña que el genoma CFT073 y esta diferencia se debe
principalmente a los PAI que son únicos para cada cepa. Una característica única del genoma de UPEC 536 es la
presencia de dos operones de hemolisina A, hlyA1 y hlyA2, dentro de PAI I y PAI II, respectivamente; ambos
operones contribuyen a la virulencia de forma independiente (113). Un sistema funcional de captación y
biosíntesis de yersiniabactina se encuentra en un PAI en UPEC 536. En resumen, la disponibilidad de secuencias
de genoma ha facilitado comparaciones de todo el genoma que han delineado genes específicos de uropatógenos
del pangenoma de E. coli.

EXPRESIÓN DEL GEN UPEC IN VIVO

La investigación dedicada ha llevado a la identificación de numerosos factores de virulencia en UPEC; sin

embargo, apenas estamos comenzando a comprender la respuesta de UPEC a las señales encontradas durante la
infección. La disponibilidad de secuencias del genoma para varias cepas de UPEC y herramientas para determinar
cambios en todo el genoma ha arrojado nueva luz sobre la patogénesis molecular de las infecciones urinarias. Los
genes que están regulados hacia arriba o hacia abajo en determinadas condiciones se clasifican como genes
expresados diferencialmente. Aproximadamente el 9% de los genes UPEC CFT073 se expresan diferencialmente
durante la UTI murina (14). Los genes involucrados en la biosíntesis de ribosomas se encuentran entre los genes
más expresados, lo que indica que las UPEC se multiplican rápidamente, incluso durante el crecimiento frente a la
inflamación. Los genes que codifican la fimbria tipo 1, los sideróforos, otros factores implicados en la adquisición
de hierro y los transportadores de polisacáridos capsulares son genes conocidos de virulencia o aptitud que están
altamente regulados al alza dentro del tracto urinario murino. Los genes involucrados en la biosíntesis e
importación de glutamina, glnA y glnPQ, están regulados al alza in vivo, lo que indica claramente que UPEC
experimenta limitación de nitrógeno dentro del tracto urinario del huésped. Aunque la orina está repleta de urea
(~ 0.5 M), el nitrógeno derivado de la urea no está disponible para UPEC debido a la ausencia de actividad ureasa.
Los transportadores de osmoprotectores, prolina y glicina betaína codificados por proP y proVWX se regulan
positivamente in vivo.

Por el contrario, muchos de los genes implicados en la biosíntesis y quimiotaxis de flagelos se encuentran entre
los genes menos regulados dentro del tracto urinario murino. Los genes regulados por fumarato y nitrato
reductasa (Fnr), un regulador transcripcional global que facilita la adaptación a condiciones anaeróbicas, como las
subunidades que codifican frdABCD de la fumarato reductasa y aspA aspartasa, están reguladas negativamente, lo
que sugiere que UPEC está experimentando condiciones aeróbicas in vivo. . En conjunto, el transcriptoma pinta el
cuadro del tracto urinario murino como un medio limitado en hierro y nitrógeno, con alta osmolaridad y
oxigenación adecuada; UPEC utiliza aminoácidos y péptidos junto con carbohidratos como altronato, fructosa,
glucitol y manonato, como fuentes de carbono y nitrógeno para crecer rápidamente dentro del tracto urinario
murino (14).

Si bien el análisis del transcriptoma in vivo esclareció las condiciones encontradas por UPEC durante UTI, también
planteó la cuestión de los paralelos entre un modelo murino y la infección humana. Para abordar con precisión
esa pregunta, se realizó un análisis de transcriptomas en muestras de UPEC derivadas directamente de mujeres
con infecciones urinarias clínicas (19). Las condiciones generales parecen conservarse entre la UTI murina y
humana. Los genes implicados en la captación de hierro, los transportadores de péptidos y aminoácidos, la
biogénesis de los ribosomas, la transcripción y la maquinaria de traducción se expresaron en gran medida en las
muestras humanas derivadas de UTI. Este perfil transcripcional refleja el rápido crecimiento de UPEC en un
entorno aeróbico, con nitrógeno y limitado en hierro. A pesar de los altos niveles de expresión de genes
implicados en la biogénesis de la fimbria tipo 1 en el modelo murino, los genes fim se expresaron pobremente en
muestras humanas. El gen fimH, que codifica la adhesina de punta fimbrial, se expresó solo en 2 de un total de 8
muestras. Estos resultados sugieren que la fimbria tipo 1 podría desempeñar papeles significativamente
diferentes en las infecciones urinarias murinas y humanas. Además, los genes implicados en la biogénesis de las
fimbrias P, F1C y Auf no se expresaron a niveles detectables in vivo, al menos en este grupo de pacientes. Estos
hallazgos enfatizan la necesidad de tener precaución al extrapolar información obtenida de modelos de animales
de laboratorio a la salud humana.

RESUMEN DE LAS TÉCNICAS SELECCIONADAS UTILIZADAS EN MOLECULAR

INVESTIGACIÓN PATOGÉNESIS

El perfil transcripcional y la mutagénesis de transposones son técnicas ampliamente utilizadas que dilucidan la
expresión génica y los genes necesarios para el crecimiento y / o la supervivencia en condiciones específicas,
respectivamente. Aquí presentamos estas técnicas y proyectamos cómo los estudios que utilizan estas técnicas
podrían impactar la investigación sobre la patogénesis molecular de UPEC.

Se utilizan microarrays de ADN, una técnica bien establecida, y RNA-seq, una técnica emergente, para determinar
el perfil transcripcional en bacterias. La detección basada en hibridación de ADN complementario (ADNc) es la
base de la tecnología de microarrays de ADN. La abundancia relativa de una transcripción particular se usa para
determinar los genes que están regulados hacia arriba o hacia abajo bajo una condición específica. También es
posible determinar la cantidad absoluta de transcripciones utilizando matrices especializadas como el chip
genético (Affymetrix). Las micromatrices de ADN también se pueden utilizar para estudios comparativos de
hibridación genómica que analizan el contenido de genes. Si bien la tecnología de microarrays de ADN
revolucionó la capacidad de obtener una perspectiva global sobre la expresión del gen UPEC durante condiciones
específicas (14, 19, 31, 93), está perdiendo terreno lentamente frente a RNA-seq, una técnica basada en
secuenciación.

Los avances recientes en la tecnología de secuenciación de ADN de alto rendimiento (HT) se han aplicado a los
análisis de transcriptomas. RNA-seq implica la secuenciación masivamente paralela de bibliotecas de cDNA
utilizando plataformas de secuenciación HT como Illumina (120). La expresión tanto absoluta como diferencial en
diversas condiciones se puede evaluar utilizando RNA-seq. Las ventajas conferidas por RNA-seq sobre los
microarrays de ADN incluyen el análisis global de una manera imparcial con una resolución y rango dinámico sin
precedentes hasta ahora. Las regiones no traducidas de las transcripciones, las regiones promotoras, las nuevas
transcripciones, incluidos los pequeños ARN reguladores, y la estructura del operón pueden caracterizarse usando
ARN-seq. La información adicional ofrecida por RNA-seq combinada con el costo decreciente asociado con la
secuenciación de HT está preparada para hacer de RNA-seq la mejor opción para los análisis transcripcionales. Se
están realizando esfuerzos en el laboratorio de Mobley para definir el transcriptoma de UPEC durante la infección
humana utilizando RNA-seq (resultados no publicados).

La mutagénesis de transposones, específicamente la mutagénesis marcada con firma (STM), se ha utilizado para
identificar genes necesarios para el crecimiento y la supervivencia en las condiciones de interés. Una pantalla STM
en un modelo de ratón de UPEC UTI ha desentrañado varios factores de virulencia nuevos junto con la validación
de factores de virulencia conocidos (102). Para proporcionar la saturación completa del genoma, un cuello de
botella importante en STM, se han desarrollado varias modificaciones que integran tecnologías de vanguardia en
el análisis del genoma con mutagénesis de transposones, como la hibridación del sitio del transposón y la
secuenciación del sitio de inserción del transposón (121). Las bibliotecas de inserción de transposones,
compuestas por números de mutantes de transposones que saturan el genoma, se someten a selección en una
condición de interés. El ADN genómico de la biblioteca antes y después de la selección se secuencia para detectar
y determinar la frecuencia de inserción del transposón en un locus dado. Dado que estos enfoques son similares a
STM, una estrategia de selección negativa, los mutantes que están menos representados en el grupo de salida, en
comparación con el grupo de entrada, se delinean como genes putativos de virulencia o aptitud. Tales genes
justifican una caracterización adicional para determinar su papel exacto en la aptitud o virulencia. Los
determinantes genéticos de la aptitud en UPEC durante la bacteriemia en un modelo murino se han identificado
utilizando secuenciación del sitio de inserción transposondirigida (TraDIS) (44). Recientemente, los genes UPEC
implicados en la resistencia del suero (122) y en la colonización de un modelo de infección de pez cebra también
se identificaron utilizando enfoques similares (123). La realización de tales cribados genéticos avanzados
utilizando UPEC en un modelo de ratón de UTI tiene el potencial de desentrañar los mecanismos de virulencia y
aptitud hasta ahora no reconocidos involucrados en la patogénesis molecular de UPEC.

OBSERVACIONES FINALES

La comunidad investigadora de la UPEC ha logrado un progreso notable desde la publicación de la edición anterior
de este libro. El acceso a la tecnología avanzada en la era posterior al genoma tiene el potencial de generar una
enorme cantidad de datos que se pueden utilizar para comprender mejor la biología de la infección de UPEC y
para identificar las vías que se pueden apuntar para desarrollar terapias novedosas. En el futuro, un desafío
primordial es traducir el conocimiento adquirido en los mecanismos de virulencia y aptitud en el desarrollo de
terapias y vacunas que puedan aliviar la enorme carga que la UPEC impone a la salud humana.