Notas de lectura previa semana 8

Capítulo 6 p 81-88

I. Estructura general de los aminoácidos

20 aa en proteínas. ​Todos son α-aa​, ​grupo AMINO unido al C α (C siguiente al

carboxilato). C α tiene dos sustituyentes adicionales: ​1 átomo de H y ​cadena lateral
(–R) que es diferente para cada aa.

A pH de 7.4, el amino de estos aa lleva carga positiva y ácido carboxílico carga

negativa​. ​p​K​a de grupos del ácido carboxílico primario ​para todos los aa ​es 2 (1.8-2.4).
A valores de pH menores que p​K​a (concentraciones mayores de H), todos los grupos
de ácido carboxílico están protonados​. Al p​Ka ​ , 50% de moléculas está disociada en
aniones carboxilato y protones, a pH de 7.4 más de 99% de moléculas se disocia. ​p​K​a
para todos los grupos α-amino es 9.5 (8.8-11), ​pH menor de 7.4 muchos de los grupos
amino están protonados y tienen carga positiva​. aa con cargas positivas y negativas es
ion dipolar ​o ​zwitterion​. ​estos grupos con carga forman puentes de H con agua​, y todos
estos aa son solubles en agua a pH fisiológico.

En ​todos los aa exepto glicina, el C α es asimétrico y tiene cuatro sustituyentes

diferentes, puede existir en D y L​. ​TODOS los aa en proteínas son L-aa, con el amino
en izq si el carboxilo esta en la parte superior de la estructura​. Estos aa ​son
precursores de compuestos que tienen N que se sintetizan en el organismo. ​glicina no
​ ebido a que el C α tiene dos H y no es carbono asimétrico.
es D ni L d

proteínas: ​compuestas por una o más ​cadenas polipeptídicas ​lineales ​con cientos de
aa. secuencia de aa, ​estructura primaria​, está ​determinada código genético de
proteína. En cadenas polipeptídicas aa están ​unidos por ​enlaces peptídicos ​entre el
ácido carboxílico ​de un aa ​y amino del aa adyacente. ​el amino, C α y grupos carboxilo
forman el ​esqueleto peptídico.

cadenas laterales interactúan con esqueleto peptídico de otras regiones de la cadena o

con cadenas laterales de otros aa para formar ​regiones hidrófobas, enlaces
electrostáticos, puentes de H o enlaces disulfuro, que determinan plegamiento de
molécula. ​plegado tridimensional de la proteína forma ​sitios de unión ​alineados con
cadenas laterales del aa que interactúan con otra molécula, ​ligando.​

propiedades de cadenas laterales determinan: 1) ​pliegue de proteína, ​2) forma de

unirse a ligandos y 3) manera de interactuar con medio ambiente​. ​Cada cadena tendrá
un ​carboxilo terminal ​y ​amino terminal​. ​amino terminal es ​primer aa en la cadena, tiene
un amino libre​. ​carboxilo terminal​ es el ú
​ ltimo en cadena, tiene un carboxilato libre.

Enlaces peptídicos. Los aa en una cadena polipeptídica están unidos por enlaces
peptídicos entre el grupo carboxilo de un aa y el grupo amino del siguiente aa:

II. Clasificación de cadenas laterales del aminoácido

20 aa utilizados para síntesis de proteínas están ​agrupados de acuerdo a polaridad y

formas estructurales de cadenas laterales​. algunas cadenas laterales se ajustan
diferente. Dos c​ aracterísticas de la cadena son su ​p​K​a​ e ​índice hidropático.
 ​ scala de hidro-fobi-cidad de la cadena lateral, m
índice hidropático: e ​ ás positivo mayor
tendencia para agruparse con moléculas no polares y excluir agua (hidrófobo). tienden
a presentarse en membranas o centro de una proteína plegada donde no hay agua.
Cuanto más negativo más hidrófilo es su cadena lateral. ​+ hidro-fobo / - hidro-filo

nombres de aa son con abreviaturas de 1-3 letras. de tres letras usan las primeras dos
letras en el nombre, más la tercera letra del nombre o la letra de un sonido
característico como “trp” para triptófano. de una letra usan la primera letra del nombre
del aa más frecuente en proteínas (como una “A” para alanina). Si la primera letra se
asigno, se usa la letra de un sonido característico (como “R” para arginina). se emplean
abreviaturas para aa en secuencia polipeptídica.

A. Aminoácidos alifáticos no polares

​ s aa más simple​, su cadena lateral es ​solo un átomo de H​. tiene el ​menor

glicina e
bloqueo estérico en una proteína (no impacta en el espacio ocupado por otros átomos).
se encuentra en pliegues o cadenas estrechamente empacadas​ de proteínas fibrosas.

alanina y aa de cadena ramificada (valina, leucina e isoleucina) tienen cadenas

​ lifáticas ​(hidrocarburos de cadena abierta) no polares y pesadas, presentan
laterales a
alta hidrofobicidad. ​é se comparten IGUAL entre átomos de C e H, NO se forman
puentes de H con agua​. ​estas cadenas ​se agrupan para formar centros hidrófobos, se
promueve por ​fuerzas de van der Waals entre el núcleo con carga positiva de un átomo
y la nube de é de otro​. ​fuerza eficaz en distancias cortas cuando átomos son
empacados estrechos​.

funciones de prolina en la estructura de aa difieren respecto de los aa no polares.

prolina tiene un anillo en el que interviene su C α y su amino α, Es un ​imino ​ácido, anillo
que posibilita pliegue en el esqueleto peptídico que impide configuración habitual y
restringe conformación de la proteína en ese punto.
B. Aminoácidos aromáticos

todos contienen ​estructuras anulares con propiedades semejantes pero polaridades

difieren​. ​anillo aromático formado ​de 6 miembros de C-H con 3 enlaces dobles
conjugados (​anillo benceno o fenilo​). Estos átomos de H no participan en el enlace del
H. En ​fenilalanina el ​anillo no contiene sustituyentes y é se comparten igual entre C​,
resulta en una estructura ​hidrófoba no polar en la que anillos superponen sobre otros.
En ​tirosina​, un ​OH en el anillo fenilo participa en puentes de H y es más polar e
hidrófilo. estructura anular más compleja en el triptófano es un indol con N que puede
formar parte de puentes de H. t​ riptófano ​más polar que fenilalanina.

C. Aminoácidos alifáticos, polares y sin carga

aa con cadenas laterales que ​tienen 1 amida (​asparagina y glutamina​) ​o 1 OH ​(​serina y

treonina​). asparagina y glutamina son amidas de aa aspartato y glutamato. grupos OH
y amida de cadenas laterales ​permiten a estos aa formar puentes de H entre ellos, con
el esqueleto peptídico o con compuestos polares en sitios de unión de proteínas.
consecuencia de su hidrofilicidad, estos aa ​se encuentran en superficie de proteínas
globulares solubles en agua​.
D. Aminoácidos que contienen azufre

cisteína y metionina tienen azufre. ​cadena lateral de c​ isteína posee un grupo sulfhidrilo
con p​Ka​ de 8.4 para disociación de su H​, no se disocia de manera predominante y
carece de carga a pH fisiológico de 7.4. molécula de cisteína libre en solución ​forma un
enlace covalente disulfuro con otra molécula de cisteína a través de oxidación
espontánea (no enzimática) de sus grupos sulfhidrilo. ​aa resultante, cistina, está
presente en sangre y tejidos, no es muy soluble en agua​.

en proteínas, formación del enlace compuesto de disulfuro de cistina entre dos grupos
sulfhidrilo de cisteínas, mantiene unidas dos cadenas polipeptídicas o dos regiones
diferentes de una cadena. ​metionina p​ osee un grupo sulfuro pero no es polar, con una
cadena lateral hidrófoba, no tiene grupo sulfhidrilo y no puede formar enlaces disulfuro.

E. Aminoácidos acídicos y básicos

Acidos (-) : aspartato y glutamato tienen grupos ácido carboxílico con carga negativa a
pH fisiológico. ​Básicos (+) : ​histidina, lisina y arginina cadenas laterales que tienen N
que puede protonarse ​y carga positiva a valores de pH fisiológico y menores​. histidina
tiene en su cadena un anillo imidazol que tiene N. lisina un grupo amino primario en un
​ rginina un grupo guanidinio.
C ​ε. a

cargas positivas en aa básicos permite formar enlaces iónicos (electrostáticos) ​con

grupos de carga negativa​. muchas veces las cadenas de lisina y arginina forman
enlaces iónicos con compuestos de carga negativa conectados en sitios de unión de
proteínas, como grupos fosfato en el ATP. ​cadenas laterales de aa ácidos y básicos
participan en puentes de H y puentes salinos (​unión de ion inorgánico como Na+ ​entre
dos grupos con carga negativa​ parcial).
carga en estos aa a pH fisiológico es una función de su p​Ka ​ por disociación de
protones de grupos del ácido α-carboxílico, grupos α-amino y cadenas laterales. ​curva
de titulación de histidina cambia en la estructura del aa conforme cambia el pH de < 1 a
14 por adición de iones OH​. ​A pH bajo, todos los grupos están protonados​. ​grupos
amino poseen carga positiva y ​grupos ácido carboxílico carga cero​. ​A medida que
aumenta pH por adición de álcali (​OH​), ​se disocia el protón del grupo del ácido
carboxílico y su carga cambia de 0 a 1 con p​K​a de 2, el pH al que 50% de los protones
se ha disociado.

cadena de histidina es un anillo imidazol con p​Ka ​ 6 que cambia desde un anillo
protonado de carga positiva a un anillo sin carga. amino en el C α se titula a un pH
mayor (entre 9 y 10) y carga cambia de + 1 a 0 conforme se eleva el pH. ​pH al que la
carga neta en moléculas en solución es 0, es ​punto isoeléctrico ​(PI)​. A este pH,
moléculas no migrarán hacia un polo positivo (ánodo) o negativo (cátodo), porque
número de cargas negativas en cada molécula es igual al de cargas positivas.
cadenas laterales de aa cambian del estado sin carga, a carga negativa, o de carga
positiva a sin carga conforme se liberan protones​. ​aa ácidos pierden un protón del
ácido carboxílico de sus cadenas laterales a un pH 4 y asi están cargados negativos a
pH 7.4​. cisteína y tirosina pierden protones a su p​Ka ​ (~8.4 y 10.5), sus cadenas
laterales carecen de carga a pH fisiológico. cadenas de ​histidina, lisina y arginina
cambian de carga positiva a neutra a su p​Ka ​ . ​cadenas de los dos aa básicos, arginina y
lisina, tienen p​K​a > 10, por lo que carga positiva siempre predomina a pH fisiológico.
cadena ​histidina (p​Ka ​ 6.0) disocia cerca del pH fisiológico, solo una porción de la
cadena lleva carga positiva.

en proteínas, solo las cadenas laterales de aa, grupo amino en amino terminal y
carboxilo en carboxilo terminal ​tienen protones disociables. los otros grupos en el C α
están unidos en enlaces peptídicos que no tienen protones disociables​. cadenas
laterales de aa tienen diferentes p​K​a que los de aa libres si forman parte de enlaces
iónicos o de H con otras cadenas laterales de aa.

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C. Proteínas

CDR de proteínas es 0.8 g de proteína de alta calidad por kg de peso corporal ideal​, o
56 g/día para hombres de 70 kg y 46 g/día para mujeres de 57 kg. p ​ roteínas de alta
calidad tienen todos los aa esenciales​, es decir proteínas animal y soya. proteínas de
plantas bajas en aa esenciales. proteínas ​deben ser 10% a 35% de ingesta calórica
total.

1. Aminoácidos esenciales
aa en organismo: ​precursores para síntesis de proteínas y compuestos con N​. De los
20 aa requeridos, ​9 son esenciales en dieta, no se sintetizan en el organismo: ​lisina,
isoleucina, leucina, treonina, valina, triptófano, fenilala-nina, metionina e histidina.

Ciertos aa se necesitan en dieta ​bajo ciertas condiciones​. niños y embarazadas tienen

elevada síntesis de proteínas para crecimiento y se requiere arginina en dieta, aunque
puede sintetizarse en el organismo. ​histidina es esencial en dieta de adulto en
pequeñas cantidades, la reciclan de manera eficiente. elevado requerimiento de
histidina de niños y embarazadas es mayor que sus necesidades de otros aa
esenciales. tirosina y cisteína son aa condicionalmente esenciales. ​tirosina se sintetiza
a partir de fenilalanina​, se requiere si ingestión de fenilalanina es inadecuada o si hay
deficiencia congénita de una enzima para convertir fenilalanina en tirosina (enfermedad
congénita fenilcetonuria). c​ isteína se sintetiza mediante azufre de metionina​, puede
requerirse en ingesta deficiente de metionina o trastornos de mala absorción.

Pag 6 fig 1.5

Capítulo 6 p 91-94

D. Variaciones de especie en la estructura primaria de insulina

insulina ​tiene pocas sustituciones de aa, ​hormona polipeptídica de 51 aa con 2 cadenas

polipeptídicas, ​se sintetiza como una sola cadena polipeptídica, ​se escinde en tres
lugares antes de la secreción para formar péptido C y la molécula activa que tiene las
cadenas A y B​. ​plegamiento de cadenas A y B en estructura tridimensional se
promueve por ​enlace disulfuro intracadena y ​2 enlaces disulfuro intercatenarios
formados por residuos de cisteína. ​residuos invariables son residuos de cisteína que
participan en enlaces disulfuro y residuos que ​forman superficie de la molécula de
insulina​ que se une al receptor de insulina.

IV. Aminoácidos modificados

Después de síntesis de una proteína, algunos residuos de aa en secuencia primaria se
modifican en reacciones catalizadas por enzimas que adicionan un grupo químico,
oxidan o modifican aa específicos en proteína. s​ íntesis de proteína ocurre por
traducción, estos cambios son ​modificaciones postra-duccionales​. M
​ ás de 100 residuos
de aa modificados de manera postraduccional hay en proteínas humanas​. Estas
modificaciones ​cambian estructura de aa específicos en una proteína para tener
función regulatoria, de blanco o anclaje de la proteína ​en membranas​, ​se refuerza
asociación de la proteína con otras o degrada​. modificaciones postraduccionales
ocurren una vez que la proteína se pliega en tridimensional.

A. Glucosilación

adición de CARBS a una molécula. ​O​-glucosilación (las que van a ser secretadas) ​se
unen oligosacáridos a residuos de serina o treonina en proteínas por enlaces ​O​.
N-​ glucosilación, ​carbs se unen ​por enlaces ​N ​al nitrógeno amida de la asparagina​.
oligosacáridos unidos ​con enlaces ​N s​ e fijan a proteínas de superficie celular, protegen
la célula de proteólisis o ataque inmunitario​. ​enlace ​O une oligosacáridos a grupos OH
de serina o treonina en las proteínas secretadas. p ​ olisacárido intracelular glucógeno se
une a una proteína por enlace ​O-​ glucosídico a una tirosina​. (adenilil ciclasa es ejemplo
de enzima que se modifica postraduccional, tiene cadena oligosacárida unida a porción
externa de la proteína).

B. Acilación o prenilación grasa

acilación grasa:​ a ​ dición de LIPIDOS a una molécula. Muchas proteínas tienen grupo
lipídico unido de forma covalente ​que interactúa hidrófobicamente con lípidos en la
membrana​. grupos p ​ almitoílo (C16) están ​unidos a proteínas de mem plasmática,
grupo m ​ iristoílo (C14) a proteínas en lípidos de ​mem de vesículas intracelulares​.
fenilación incluye adición del grupo farnesilo (C15) o grupos geranilgeranilo (C20), los
cuales se sintetizan por isopreno de cinco C. Estos se unen en el enlace tioéter a un
residuo específico de cisteína.

C. Modificaciones regulatorias

​ cetil-ación ​y ​(​ADP)​ -​ribosil-ación ​de residuos de aa específicos en un

fosforil-ación, a
polipéptido alteran unión por este residuo y modifican actividad de proteína.
fosforil-ación de un ​OH en serina, treonina o tirosina por una proteína cinasa (enzima
que ​transfiere un grupo fosfato del ATP a una proteína) ​introduce un grupo con carga
negativa​ que puede alterar actividad de proteína.

Algunas isoenzimas de adenilil ciclasa tienen residuos serina en porción intracelular de

​ cetil-ación reversible ​tiene
la proteína que puede fosforilarse por una proteína cinasa. a
lugar en residuos de lisina de proteínas histonas en el cromosoma que cambia su
interacción con grupos fosfato cargados negativo del DNA.

ADP ribosil-ación: transferencia de una ADP-ribosa del dinucleótido de nicotinamida y

adenina (NAD+) ​a un residuo de arginina, glutamina o cisteína en una proteína blanco
en la membrana​ (en leucocitos, músculos esqueléticos, cerebro y testículos).

D. Otras modificaciones postraduccionales de aminoácidos

Algunas modificaciones postraduccionales de cadenas laterales de aa ​alteran actividad

de proteína en la célula. c​ arboxilación del C “γ” de glutamato (C 4) ​en ciertas proteínas
de coagulación de sangre es importante para fijación del coágulo a la superficie​, iones
calcio lo median por fijación a los dos grupos de carga negativa del γ-glutamato y dos
grupos adicionales de carga negativa. colágena, proteína extracelular y fibrosa contiene
el aa oxidado hidroxiprolina. ​adición OH a la cadena lateral de prolina suministra un
grupo polar adicional que puede participar en puentes de H entre cadenas
polipeptídicas de proteína fibrosa y estabilizar su estructura.

E. Selenocisteína

se encuentra en algunas enzimas y es necesario para su actividad. ​Su síntesis no es

modificación postraduccional, sino una modificación en la ​serina que se une a un RNAt
único. selenocisteína se inserta en la proteína conforme se sintetiza.

Pag 97 cuadro 6.2

Enfermedades
1. Anemia de células falciformes​: ​genética

Reemplazo de un solo aa en la sexta posición de la cadena β de hemoglobina​,

alteración de E6V (​en lugar del ácido glutámico en la posición 6 se halla una valina)

2. Cistinuria​: ​genetica

​ cumulación en el
Incapacidad para transportar apropiadamente cistina​; el efecto es su a
riñón y formación de cálculos renales.

3. Diabetes tipo 1​: ​genética y ambiental

Páncreas no produce insulina​. Conocer la estructura de insulina y el modo en que se

absorbe en el sitio de inyección permite que varias formas de insulina puedan
sintetizarse y sean absorbidas de rápido o lento.
 4. Infarto al miocardio​: ​genética y ambiental

Liberación de isoenzimas cardiacas específicas en la circulación. En particular factores

ambientales que pueden exacerbarse por anomalías genéticas.