¿Sabias que existen microorganismos que no hemos podido cultivar?

Humberto González y Reyna Fierro

La vida en la tierra tiene muchas manifestaciones, desde grandes animales y
plantas hasta microorganismos. Todos juegan un papel muy importante enla
naturalesa. Cuando Si tomamos un a muestra del suelopoco de tierra, la
suspendemos colocamos en agua estéril y, de ahí tomamos una muestra la
agitamos para colocarla sobre un e inoculamos medio de cultivo rico en
nutrientes, podemos esperamos suponer, razonablemente, que todas las
bacterias y hongos presentes se desarrollendesarrollaran en ese medio. Sin
embargo, esto no es así. Por medio delas técnicas de biología molecular,
particularmente la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR), ha
permitidose ha descubierto reconocer claramente la existencia de
microorganismos que no se desarrollan en los medios de cultivo más utilizados
y que, hasta la fecha, no se han podido cultivar en el laboratorio. A estos
microorganismos y que a la fecha se conocen comose les ha dado el nombre
de " microorganismos no cultivables" [8, 14].
Estos microorganismos no cultivables viven y, se desarrollan y se dividen en
condiciones muy adecuadas particulares, por eso siguen existiendopero,
¡solamente que “no los hemos podido cultivar en el laboratorio”.!. En este
trabajo se describe como se descubrió que existen estos microorganismos y se
discute por qué no los hemos podido cultivar en en laboratorio.
En general, para obtener muestras del DNA de cualquier organismo, se
requiere una cantidad considerable de material. Esto se realiza cultivandolo y
colectando las células por centrifugación, a este paso se le llama
enriquecimiento. Sin embargo, con el avance de la tecnología, Sse ha logrado
aislar DNA de: muestras de aire filtrado a través de filtrostamices que logran
detener microorganismos, de una diversidad de suelos que no tienen señales
de vida, del interior de plantas, así como también y de aguas oceánicas o de
fuentes termales, sin pasar por el paso de cultivo enriquecimiento, o sea sin
cultivar a de los microorganismos. Este DNA se usa como molde para la
amplificación, por PCR, de los genes ribosomales existentes en la muestra.
Esto Esta técnica se logra realiza con una DNA-polimerasa termoestable y
oligonucleótidos complementarios (primers, o cebadores universales) con las
regiones conservadas de los genes ribosomales que se encuentran en todas
las bacterias. Los fragmentos sintetizados se pueden clonar en vectores o se
determina su secuencia nucleotídica directamente. Las secuencias obtenidas
de los genes del RNA ribosomal se comparan con las existentes en los bancos
de datos (ejm. Ribosomal Database Project [6]), hay más de 30,000 secuencias
existentes de un número casi igual de especies bacterianas. Con este enfoque,
se ha revelado una diversidad que no es posible detectar con los métodos de
microbiología tradicional [4, 13, 21]. También existen programas (tanto libres
como comerciales) para verificar que las secuencias obtenidas de ADN
ambientales no sean artefactos o quimeras (híbridos de genes de diferentes
microorganismos) [11]. Si las secuencias no se parecen a la de ningún
microorganismo existente en más de un 97% es posible que se trate de una
bacteria nueva, tal vez no cultivada. La secuencia obtenida permite también
identificar fragmentos de secuencia que no se encuentran en ninguna otra
especie reportada, o sea que son exclusivos de esta especie. Estas secuencias
particulares pueden sintetizarse marcadas con nucleótidos fluorescentes y
pueden utilizarse en las muestras originales para ver al microscopio de
epifluorescencia o confocal, el tipo y distribución de las bacterias que presentan
los genes marcados, . Visualizar a las bacterias es un paso hacia su
aislamiento, pero cultivar a muchas de las que han sido detectadas de este
modo, no siempre ha sido posible. Por ejemplo,Un ejemplo en que se ha
podido activarpudo cultivar bacterias del género Vibrio de un estado no
cultivable fue desarrollado por Whitesides en 1997, aunquesi bien sería
importante remarcar que, de manera no esperada, estela resurrección de estas
bacterias proceso se inhibe con altas concentraciones de nutrientes [20], sin
embargo estos resultados son controvertidosse prestaron a controversia [4].
Por otro lado, se logró desarrollar germinar esporas de un Bacillus de esporas
de tal vez 250 millones de años [18]. Encontrar las condiciones para cultivar
bacterias no cultivables es un reto para los microbiólogos [7].
Se ha acordado que a las bacterias "no cultivables" detectadas sólo por su
secuencia de genes ribosomales se les designe como "candidatos". Algunos
ejemplos de éstas son las bacterias de gran tamaño, magnetotácticas
acuáticas (obtenidas de un lago en Alemania) que se pegan a imanes,
llamadas "Magnetobacterium bavaricum" [17] o el candidato "Liberobacter", un
patógeno de cítricos [9] que es cercano a bacterias simbiontes benéficas del
género Mesorhizobium que crecen con facilidad en el laboratorio. La posición
filogenética de las bacterias no cultivables se sitúa en ramas aisladas en el
árbol universal aunque cerca de otros microorganismose ha empezado a
estudiar muy recientemente. No Además, no sólo se han detectado bacterias
no cultivables sino también hongos, en particular, los que forman endo-
micorrizas asociados a muchas plantas [2, 16].
Existen diversas opiniones en torno al problema de no poder cultivar
microorganismos de los que se ha documentado su existencia. Se ha pensado
que éstos pueden requerir nutrientes particulares que sólo se encuentran en
condiciones naturales. Algunos nutrientes tal vez sean proporcionados por
microorganismos asociados. En la naturaleza, es común encontrar
comunidades bacterianas en las que coexisten varias especies y géneros de
bacterias. En estas comunidades pueden existir dependencias metabólicas
complejas. El enfoque de la microbiología tradicional tiene como primer paso el
obtener cultivos puros de bacterias (axénicos) y, tal vez, esto ocasiona que
sólo se desarrollen parte de los miembros de la comunidad. Otro factor que
puede estar influyendo, es que los medios típicos de crecimiento son
demasiado ricos en nutrientes, aún los medios mínimos tienen un exceso de
carbono, de nitrógeno o de fósforo, y podrían inhibir el crecimiento de
microorganismos que en condiciones naturales, viven precariamente; a estos
microorganismos se les ha designado como oligótrofos. Los microorganismos
con comportamiento opuesto, que pueden vivir en medio ricos, se designan
copiótrofos [10].
Entre hongos y bacterias se han identificado oligótrofos [1, 12, 19]; éstos
poseen sistemas de transporte de nutrientes de alta afinidad que les permiten
tomarlos del medio en concentraciones muy bajas, prácticamente sin
nutrientes. Estos microorganismos pueden crecer sobre vidrio, en agua
destilada, sobre plásticos, o bien tomando las trazas de compuestos volátiles
del ambiente.
En Pseudomonas, Flavobacterium y en otros géneros se han identificado
oligótrofos [19]. Las bacterias fijadoras de nitrógeno pueden crecer en ausencia
total de una fuente no gaseosa de nitrógeno, porque convierten el nitrógeno
gaseoso de la atmósfera en NH4+. Una manera de identificar organismos
fijadores de nitrógeno es por su crecimiento en medios libres de él, sin
embargo, en estas condiciones también se pueden aislar falsos positivos, que
son bacterias oligótrofas;Algunas bacterias oligótrofas éstas toman trazas de
amonio de la atmósfera pero no fijan nitrógeno. Se ha calculado que en los
laboratorios y hospitales existen concentraciones de amonio suficientes para
mantener el crecimiento de oligótrofos (debido a agentes limpiadores o vapores
de orina). Los oligótrofos deben considerarse como posibles agentes para la
biorremediación, ya que se ha observado que, una vez que los contaminantes
alcanzan concentraciones bajas, algunas bacterias no pueden tomarlos ni
degradarlos. Los oligótrofos, con alta afinidad por los contaminantes, tal vez
pudieran finalizar la limpieza [3, 5, 15].
En resumen, existen bacterias y hongos que no se han logrado cultivar en el
laboratorio. Estos microorganismos se detectaron amplificando parte de los
genes ribosomales que son específicos paravariables en todos los organismos.
Una buena parte de la investigación en microbiología se dedica a encontrar
medios de cultivo adecuados para estos organismos “no cultivables”.

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Glosario.
biorremediaciÛn..............................4
confocal...........................................2
DNA-polimerasa..............................1
epifluorescencia..............................2
filogenÈtica......................................3
PCR.................................................1
primers............................................2
vectores...........................................2