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Con el paso del tiempo existieron diferentes teorías o pensamientos conforme a los
organismos eucariotas y procariotas.
Haeckel propuso que existía una diferencia significativa en los rangos de caracteres
morfológicos que han sido objeto de análisis en grupos de animales y plantas. Donde
simplemente no existen en los procariotas ya que estos se describen como organismos sin
estructuras u órganos especializados sino más bien que están conformados de materia
simple.
Stanier y van Niel : Incluyeron tres rasgos de los que carecían los organismos procariotas
como por ejemplo, ausencia de núcleos verdaderos, ausencia de reproducción sexual y
ausencia de plastidios.
Si bien las relaciones filogenéticas entre los procariotas no recibieron mucha atención en
la primera parte del siglo pasado, También se hizo cada vez más claro que la diversidad
metabólica en los procariotas era extensa ya que los procariotas podían vivir en diferentes
ambientes y factores.
Como por ejemplo la temperatura, una gama muy diversa de dietas y producir una casi
infinita de metabolitos secundarios.
Además se cree que no existe ninguna razón por la cual los microorganismos variaran
enormemente en su composición genómica sino mas bien Quizás un pequeño número de
genes fue el responsable de esta enorme cantidad de variación metabólica.