Las células eucariotas tienen que acomodar hasta dos metros de DNA en el núcleo, esto se lleva a cabo por la estructura de la cromatina. Donde la parte del genoma que se compacta en cromatina es el DNA nuclear o cromosomas. El genoma es definido como todo el DNA de una célula, donde se contienen cromosomas que son moléculas de DNA en el núcleo celular, cromatina que es una proteína asociada al mismo y por último un nucleosoma que es la unidad de condensación del DNA. En los nucleosomas, el DNA se enrolla formando un complejo histonico, y estos crean series que se van formando en una cadena de cromatina en zigzag, que da paso a la creación del cromosoma en la etapa de la mitosis llamada metafase que se define como los cromosomas que se encuentran alineados al centro en la célula. Los cromosomas contienen una larga hilera de genes, se conocen como la unidad funcional de la herencia, y se definen como un segmento de DNA con la información para producir una proteína. También se debe tomar en consideración que por cada molécula de DNA que forma un cromosoma debe contener un centrómero, dos telómeros y orígenes de replicación. En dichos orígenes, estos, los reconoce una enzima especifica para replicación que comienza a copiar en Adenina-Timina. El centrómero es una secuencia de DNA donde las proteínas hacen que se unan las cromátidas formando un huso mitótico. Por otro lado los telómeros son secuencias repetidas para una replicación eficiente donde se mantiene la integridad de los cromosomas sin pérdida de secuencias codificantes y mantiene un registro del numero de divisiones celulares. Cada cromosoma funciona como una unidad individual, y tiende a ser replicado para ser pasado a una célula hija y se clasifican basado en la ubicación del centrómero: metacéntrico (centrómero en el centro), acrocéntrico (centrómero hacia un extremo), o telocéntrico (centrómero al final). Este proceso es de vital importancia porque compacta el genoma formando un sustrato para los procesos de replicación, recombinación, transcripción, reparación y segregación cromosómica del DNA. En 1970, Roger Komberg y de Pierre Chambon determinaron mediante microscópicos que la unidad fundamental de la cromatina es el nucleosoma. Se relata que en un DNA extendido, por cada porción de 180pb se encuentra el DNA asociado con un solo nucleosoma. Existen histonas de núcleo e histonas de unión, las de núcleo son las altamente conservadas (peso molecular 11,000-16,000Da) y las histonas de unión son mucho más variables del enlazador (ligeramente más grandes, > 20.000 Da). Las histonas de núcleo forman un octámero que compone el nucleosoma, donde la histona H1 guía al DNA saliendo del cromosoma y es esencial para la formación de esta fibra. Estas histonas contienen aminoácidos con carga positiva.
En los seres humanos hay cinco tipos
principales: la histona H1 y las histonas H2A, H2B, H3 y H4. Estas últimas se denominan también histonas nucleosomales y forman un octámero con dos histonas de cada; alrededor de este núcleo se enrolla dos veces un hilo de ADN. Un nucleosoma unido con DNA mide 11nm, las histonas forman un complejo octámerico comprendido por H2A ,H2B ,H3 ,H4 que contiene 147pb y se desplaza 20-70 bp en un giro hacia la izquierda hasta alcanzar el siguiente nucleosoma.
El ADN cargado negativamente envuelve casi dos
veces alrededor de las histonas cargadas positivamente en 1,67 vueltas superhelicoidales con la mano izquierda. La fibra de 10nm es un modelo de perlas en hilo, donde dichas perlas son el DNA envolviendo los núcleos de histonas y el hilo es el DNA de unión. La H1 no es necesaria para este nivel de empaquetamiento. La fibra de 30nm es donde los nucleosomas se compactan mediante un orden en zigzag. La histona H1 guía al DNA saliendo del cromosoma y es esencial para la formación de esta fibra. La fibra de 30 nm se compacta, a su vez, en estructuras que aún no se han comprendido completamente. Dominios Loop son dominios que contienen de 50-100kb y miden 0.25um, se pueden formar uniendo las proteínas asociadas al DNA con la lamina nuclear, se dice que conforme a evidencia experimental sugiere que los cromosomas individuales interfásicos están compactados en distintas regiones o "territorios" en el núcleo. La condensación en metafase requiere un número de enzimas hidrolizadoras de ATP, incluyendo la topoisomerasa ll y el complejo de codesina que se compone por cinco subunidades y se encuentre en los cromosomas ubicados en la metafase.
El genoma bacteriano es circular y se condensa en una estructura ovoide llamada
nucleoide, utilizan proteínas no esenciales parecidas a histonas. El nucleoide se conforma por proteínas como HU, IHF, HNS y SMC, donde se empaca en dominios superenrollados de 20-100kb, dicho superenrollamiento negativo y es mediado por topoisomerasas. Los plásmidos son moléculas pequeñas de DNA circular o lineal encontrados en bacterias, hongos y plantas. Son extracromosomales y autoreplicativos, tienen de 2-100kb, un ejemplo es el hongo de centeno(pC1k1) que tiene un DNA lineal. Los bacteriófagos consisten en una sola molécula de DNA y sin proteínas asociadas, puede ser lineal o circula, en efectos de patogenicidad se puede volver circular cuando ataca a la bacteria. Los virus de DNA de mamíferos infectan células donde utilizan sus funciones vitales como la replicación para sobrevivir y adaptarse. Son sistemas importantes ya que se logra entender ciertas características genéticas y moleculares de los eucariotas. Puede ser de propietario de ambos genomas, tanto lineal como circular, y para cumplir la función de empaquetamiento estos, codifican sus propias proteínas o toman las histonas de la célula. En plantas el cloroplasto toma la función de la fotosíntesis y codifican enzimas involucradas en dicho proceso, contiene un DNA circular de 120-160kb con 20-40 copias por organelo, se descubrió que el cpDNA se encuentra también en forma lineal, La mitocondria que es propia de la célula cumple la función de la respiración, esta misma codifica proteínas esenciales para la producción de ATP, contiene un DNA circular y no tiene histonas. Contiene desde 16-18kb en animales y de 100kb a 2.5mb en plantas y pueden tener hasta 30 copias por organelo. Los virus de RNA en eucariotas infectan plantas y animales, poseen diversas formas, desde envueltos hasta no envueltos. Son conocidos por no utilizar DNA y realizar su duplicación mediante el RNA. Existen tres categorías principales de virus de ARN basadas en el tipo de genoma del ARN: virus de cadena positiva, virus de cadena negativa y ARN de doble cadena. Los retrovirus juegan un rol importante en el cáncer, son de cadena sencilla de RNA que se replican con DNA intermediario por transcripción inversa, es decir, Al infectar una célula animal, el retrovirus hace que el ARN monocatenario (ssRNA) en una copia de ADN de doble cadena. El DNA se integra en el DNA del hospedador. Los viroides causan infecciones en plantas superiores, el ARN del viroide es en sí mismo el agente infeccioso, consiste en un molécula única, muy pequeña, circular de ARN, con un tamaño que va de 50 a 400 nt, no codifican proteínas y no tienen cubierta proteica. Los viroides se replican de forma autónoma utilizando de ARN polimerasa codificada por el huésped. Otros patógenos son los ARNs satelitales que se multiplican sólo en presencia de un virus ayudante. Algunos de los ARNs satelitales más grandes pueden codificar una proteína. Los ARNs satélites se encuentran en plantas (por ejemplo, el virus de la necrosis del tabaco satelital) y animales es el virus delta de la hepatitis (VHD).