Diagnóstico microbiológico:

Sindrómico o no sindrómico
¿hacia dónde vamos?
Luis Martínez Martínez

UGC Microbiología, Hospital Universitario Reina Sofía

Departamento de Microbiología, Universidad de Córdoba
Instituto Maimónides de Investigación Biomédica de
Córdoba (IMIBIC)
Córdoba
OBJETIVOS

1.  Presentar las ventajas y los inconvenientes del diagnóstico microbiológico

orientado hacia los diferentes síndromes de etiología infecciosa, en
comparación con la aproximación dirigida a la identificación de
microorganismos concretos.

2.  Analizar las ventajas y las limitaciones de los paneles diagnósticos basados en
métodos moleculares en comparación con otras aproximaciones tradicionales
(microscopía, cultivo,…) usadas en Microbiología Clínica.

3.  Definir las estrategias para el uso ideal de los paneles de diagnóstico
sindrómico.
Diagnóstico microbiológico: aspectos básicos

1.  CALIDAD-FIABILIDAD

2.  RAPIDEZ

3.  INMEDIATEZ EN LA COMUNICACIÓN DE RESULTADOS

 Aproximación tradicional

ETIOLOGÍA PREDICCIÓN DE LA RESPUESTA TIPIFICACIÓN

A LOS ANTIMICROBIANOS

1.  Métodos directos:

1.  Observación microscópica 1.  Antibiograma 1.  Métodos no
2.  Cultivo convencional moleculares
3.  Detección de antígenos; proteómica
4.  Detección de ácidos nucleicos

2.  Detección de mecanismos 2.  Métodos moleculares
de resistencia a.  PFGE, Rep-PCR, etc.
6.  Métodos indirectos
a.  Detección de proteínas b.  Secuenciación masiva
a.  Detección de anticuerpos
b.  Detección respuesta inmune celular b.  Detección de genes
 APROXIMACIÓN TRADICIONAL
Diagnóstico sindrómico

ETIOLOGÍA

1.  Métodos directos:

1.  Observación microscópica
2.  Cultivo MUCHOS MÉTODOS DE DIAGNÓSTICO
3.  Detección de antígenos; MICROBIOLÓGICO QUE
proteómica ACTUALMENTE YA ESTÁN EN USO
4.  Detección de ácidos nucleicos SUPONEN, EN REALIDAD, UNA
APROXIMACIÓN SINDRÓMICA
6.  Métodos indirectos
a.  Detección de anticuerpos
b.  Detección respuesta inmune
celular
Métodos moleculares sindrómicos

SINDRÓMICO ≠ MOLECULAR
CONVENCIONAL [puede ser] SINDRÓMICO
Métodos moleculares sindrómicos

ETIOLOGÍA PREDICCIÓN DE LA RESPUESTA

Detección de ácidos nucleicos A LOS ANTIMICROBIANOS
[Detección de genes]
Métodos moleculares sindrómicos
Referencia: ¿al menos 5 patógenos?

Muchas plataformas: 10-20 microorganismos
Bacterias
Hongos (levaduras)
Virus
Parásitos

¿Los paneles sindrómicos actualmente
disponibles están bien diseñados?

¿Es necesario poder detectar todos esos
patógenos teniendo en cuenta la historia clínica
del paciente?
Métodos moleculares sindrómicos

VENTAJAS
1.  Fácil ejecución
2.  [Alta] sensibilidad
3.  Alta especificidad
4.  Menos tiempo hasta el resultado
5.  Poca muestra
Métodos moleculares sindrómicos

DIFICULTADES
1.  Composición predefinida
2.  [Habitualmente] cualitativos
3.  Coste (…para Microbiología)
4.  Riesgo de contaminación
5.  No (mínima) información sobre
sensibilidad a antimicrobianos
 Métodos moleculares sindrómicos: S.N.C.
Falsos positivos: ¿contaminación?

Leber AL et al. J CM 2016, 2251

Métodos moleculares sindrómicos

RETOS
1.  Interpretación de resultados
Riesgo de “sobreinformación”
1.  Tratamientos innecesarios
2.  Estudios adicionales
4.  Rápida comunicación de resultados
5.  Definición del estándar de referencia
6.  Control de calidad
7.  POC: uso fuera de Microbiología
8.  Sustitución/complemento de métodos
tradicionales
Métodos moleculares sindrómicos

IMPORTANCIA DE LA PREVALENCIA DE LOS MICROORGANISMOS INCLUIDOS

Escaso interés en la opción de detectar SIEMPRE patógenos infrecuentes (V.
cholerae,…).

La disponibilidad de información sobre patógenos que previamente no han
sido considerados en muchos laboratorios clínicos (E. coli como causa de
diarrea) implica la necesidad de reevaluar el papel etiológico de los mismos
Métodos moleculares sindrómicos
IMPORTANCIA DEL TIPO DE PACIENTE
Necesidades diagnósticas
Interpretación de resultados

VIRUS RESPIRATORIOS EN PACIENTES INMUNCOMPROMETIDOS:
¿Son suficientes los microorganismos incluidos en el panel considerado?
Resultados positivos: ¿igual valor etiológico que en pacientes
competentes?

DETECCIÓN DE Shigella spp. EN PACIENTES HOSPITALIZADOS EN NUESTRO
ENTORNO: ¿necesidad real?

VALOR ETIOLÓGICO DE HHV-6 EN MUESTRAS DE L.C.R.
Integración viral en vez de verdadero agente etiológico
Métodos moleculares sindrómicos
ERROR DIAGNÓSTICO:
Falso positivo para HSV-1 en paciente con meningitis tuberculosa

No se confirmó el resultado del panel con PCR convencional
Tratamiento con aciclovir
Mala evolución clínica; hidrocéfalo

PCR HSV-1: negativo
PCR y (posteriormente) cultivo: M. tuberculosis
Repetición del panel molecular: NEGATIVO
Tratamiento antituberculoso
Mala evolución clínica: secuelas neurológicas

Gomez CA et al. Open Forum Infectious Diseases 2017, ofw245

 Métodos moleculares sindrómicos
Medidas para prevenir/controlar falsos positivos
PREANALÍTICA

ANALÍTICA
POSTANALÍTICA

Gomez CA et al. Open Forum Infectious Diseases 2017, ofw245

Métodos moleculares sindrómicos
Hemocultivos
Varias plataformas
Aplicables a frascos de hemocultivos positivos (o tras subcultivo breve)
Resultados en 1 -…..8 h.
Microorganismos identificables predefinidos
Antibiograma:
Detección de genes: limitada información
“Falsos positivos” y falsos negativos

¿Ventajosos con respecto a…?
Identificación con MALDI-TOF
Antibiograma rápido (difusión con discos de EUCAST)

NECESIDAD REAL: detección rápida DIRECTAMENTE en sangre (sistema
T2MR)
Métodos moleculares sindrómicos
Infección respiratoria
Múltiples plataformas
Sensibilidad : 85-98%
¿adecuado el rango bajo?
Dificultades: adenovirus, virus influenza B (¡incluso menor al 50%!)
Especificidad: 99-100%

Impacto positivo:
Mayor rendimiento de muestras no invasivas
Menor tiempo hasta disponer de resultados
Menor número de pacientes ingresados, menor estancia hospitalaria
Menor número de pacientes con tratamiento antimicrobiano
Utilidad de información epidemiológica más rápida
Dificultades:
Valor clínico de los resultados
Colonización vs. infección; coinfecciones
 COSTES DE VARIAS APROXIMACIONES
DIAGNÓSTICAS PARA INFECCIONES
RESPIRATORIAS VÍRICAS

xTAG RVP: panel comercial de PCR; DFA: inmunofluorescencia directa, SCV: cultivo en shell-vial

Mahony JB et al. J Clin Microbiol 2009, 2812

Estudio de coste-efectividad: paneles de patógenos
gastrointestinales
Paneles:
•  xTAG® Gastrointestinal Pathogen Panel
•  FilmArray Gastrointestinal Panel
•  Faecal Pathogens B assay
Comparador: estándar de diagnóstico actual en Inglaterra-Gales

17 estudios sobre xTAG®
4 estudios sobre FilmArray
0 estudios sobre Faecal Pathogens B assay

Pobre calidad metodológica de los estudios
No se emplea un estándar con el que comparar los paneles y el método convencional

Los paneles moleculares producen un mayor número de resultados positivos PERO…
…la importancia clínica y las consecuencias de los positivos adicionales es incierta

Freeman K et al. Health Technology Assessment 2017, Issue 23

Métodos moleculares sindrómicos
Implementación

Muchos métodos convencionales disponibles son:

(Muy) Fiables
Rápidos
Baratos
Han sido estandarizados
Han sido avalados por muchos años de experiencia en la práctica clínica

Tras la implementación de paneles moleculares sindrómicos puede
seguir siendo necesario recurrir a los métodos convencionales (ej.
cultivo para realizar antibiograma)
Métodos moleculares sindrómicos
Perspectivas

Disponibilidad para uso en muestras de sangre

Capaces de proporcionar resultados cuantitativos

Redefinir diseño de paneles: necesidades clínicas reales
Agentes etiológicos
[Genes implicados en resistencia]

Paneles sindrómicos vs. metagenómica
 CONCLUSIONES
El diagnóstico microbiológico tiene, con frecuencia, una orientación sindrómica, encaminada a descubrir el mayor
número de agentes etiológicos clínicamente relevantes en un proceso infeccioso; ello se puede alcanzar tanto con
métodos convencionales (directos e indirectos) como con los más recientes paneles basados en métodos
moleculares.

Los métodos moleculares sindrómicos son habitualmente de fácil ejecución y capaces de ofrecer resultados con
más rapidez que muchos métodos convencionales. Sin embargo, el precio de estas pruebas suele ser mayor, y su
diseño no siempre se ajusta a las condiciones clínicas y a la prevalencia de los microorganismos investigados.
Tampoco ofrecen aún suficiente información sobre sensibilidad a antimicrobianos.

Aunque suelen obtenerse más resultados positivos con paneles moleculares sindrómicos que con métodos
convencionales, hay poca información sobre la importancia clínica de esos resultados, y el riesgo de
sobreinformación que los mismos puedan representar.

Para un futuro sería oportuno disponer de métodos moleculares sindrómicos que proporcionen resultados
cuantitativos y aplicables a muestra directa de sangre. Son necesarios estudios adicionales sobre la implantación
de métodos moleculares sindrómicos, así como el papel diagnóstico de la metagenómica en el campo de la
Microbiología Clínica.
 Referencias

Ramanan P, Bryson AL, Binnicker MJ, Pritt BS, Patel R. Syndromic Panel-Based Testing in
Clinical Microbiology. Clin Microbiol Rev. 2017 Nov 15;31(1). pii: e00024-17. doi: 10.1128/CMR.
00024-17.
Acceso libre en PubMed: PMID: 29142077.

Dien Bard J, Alby K. Point-Counterpoint: Meningitis/Encephalitis Syndromic Testing in the
Clinical Laboratory. J Clin Microbiol. 2018 Mar 26;56(4). pii: e00018-18. doi: 10.1128/JCM.
00018-18.
Acceso libre en PubMed: PMID: 29343540.

Dekker JP. Metagenomics for Clinical Infectious Disease Diagnostics Steps Closer to Reality.
J Clin Microbiol. 2018 Aug 27;56(9). pii: e00850-18. doi: 10.1128/JCM.00850-18.
Acceso Libre en PubMed: PMID: 29976592.