Análisis de dendrogramas y/o arboles a base de datos

moleculares.

Pedraza Segovia Sandra Yulixa

Curso de Genética Básica, Programa de Microbiología,

Departamento de Ciencias Básicas, Universidad de Pamplona

Tras el uso de herramientas, y teniendo en cuenta el material de análisis propuesto en la clase,

las distintos representaciones gráficas (dendrogramas y/o arboles) de los diferentes
coronavirus que fueron representados con antelación de la figura N° 1. Muestran un grado
de aproximación en el que se puede verificar con mayor precisión es la del método de
Maxima verosimilitud, basada en su definición conocida coma una técnica empelada para
estimar los valores de θ dada una muestra finita de datos.
En marzo de 2003, se descubrió un nuevo coronavirus (SARS-CoV) en asociación con casos
de síndrome respiratorio agudo severo (SARS). Se determinó la secuencia del genoma
completo de SARS-CoV, y la caracterización inicial del genoma viral, El genoma del SARS-
CoV tiene 29.727 nucleótidos de longitud y tiene 11 marcos de lectura abiertos, y su
organización del genoma es similar a la de otros coronavirus.
Los análisis filogenéticos y las
comparaciones de secuencias mostraron
que el SARS-CoV no está estrechamente
relacionado con ninguno de los
coronavirus previamente caracterizados.
Este síndrome ha surgido recientemente
descubierto y es el agente etiológico de
esta enfermedad. la etiología del SARS
acelerará el desarrollo de pruebas de
diagnóstico, terapias antivirales y
vacunas, y puede permitir una definición
de caso más concisa para esta
enfermedad emergente. por otro lado las
pruebas serológicas y moleculares
Fig. 1 árbol filogenético. específicas para el virus permitieron
hacer un diagnóstico de laboratorio
definitivo y permitieron una mayor
investigación para definir si otros cofactores juegan un papel en la progresión de la
enfermedad.
La Figura 1 muestra un árbol sin raíz ilustrando la relación de los nódulos de las hojas sin
hacer asunciones sobre ascendencia. Estos árboles pueden ser generados a partir de árboles
enraizados omitiendo la raíz, la taxonomía de la familia Coronaviridae según el Comité
Internacional de Taxonomía de Virus. En la imagen se muestra el árbol filogenético de 12
coronavirus con secuencias nucleotídicas parciales de ARN polimerasa dependiente de ARN.
El árbol fue construido por el método de unión de vecinos utilizando la aplicación MEGA –
X, los.Diferentes métodos de construcción de árboles colocan consistentemente el corona-
virus del SARS (SARS-CoV) como un coronavirus basal del Grupo 2 en lugar de como una
especie no agrupada como concluyeron otros. Las comparaciones detalladas de la secuencia
genómica del SARS-CoV con las de otros seis coronavirus no lograron encontrar evidencia
de recombinación o reordenamiento genómico utilizando métodos computacionales
diseñados para ese propósito.
El objetivo principal era reconocer los cambios en el material genético del virus y así
identificar posibles grupos de transmisión, calcular cambios o mutaciones de importancia y
llevar a cabo análisis epidemiológicos para dimensionar la magnitud de la pandemia y
mejorar el seguimiento a los casos importados y sus contactos, estudiar el genoma del
coronavirus, los científicos tomaron la muestra y la sometieron a tamizaje, un proceso
mediante el cual las muestras de Sars-Cov-2 son analizadas para obtener lecturas de
millones de fragmentos de nucleótidos y aminoácidos del virus. Posteriormente, estas son
analizadas mediante técnicas por computador.
Con la facilidad de acceso a las bases de datos
establecidas en el documento, se puede deducir
que la alineacion de secuencia es múltiple esta
se construyó usando secuencias consenso
generadas a partir de coronavirus del grupo 1 y
del grupo 2 (contras G1 y contras G2), la
secuencia de IBV (grupo 3) y de SARS-
CoV. El algoritmo de unión de vecinos se
utilizó para construir el árbol. Los números
representan el resultado de un análisis de
arranque realizado con 1000 réplicas. Aunque
morfológicamente es un coronavirus, este virus del
SARS no está más estrechamente relacionado con
ninguna de las tres clases conocidas de coronavirus,
y se propone que definan una cuarta clase de coronavirus (grupo 4) y que se denomine SARS-CoV. los
datos de secuencia no admiten un evento de recombinación interviral reciente entre los grupos de
coronavirus conocidos como el origen de este virus, pero esto puede deberse al número limitado de
secuencias conocidas del genoma de coronavirus.

Referencias Bibliográficas.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15035025/?dopt=Abstract
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12690091/?dopt=Abstract
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12748632/?dopt=Abstract
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/14645828/?dopt=Abstract