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Revista TM Algortimo Diagnostico SARS-CoV PDF
Revista TM Algortimo Diagnostico SARS-CoV PDF
Recomendaciones
basadas en evidencia
para el diagnóstico
de laboratorio
de la infección por
SARS-CoV-2
Marzo 2020
Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR, por sus siglas en inglés): Técnica que permite la am-
plificación in vitro de secuencias específicas de ADN.
Reacción en Cadena de la Polimerasa con Transcripción Reversa en tiempo real (rtRT-PCR, por
sus siglas en inglés): Técnica que permite la amplificación in vitro de secuencias específicas de
ADN que puede ser monitorizada en tiempo real, y que incluye una conversión previa del material
genético de ARN a ADN.
Periodo de eclipse: en esta fase no se observan copias del virus en la célula, pero se está pro-
duciendo la síntesis de ARN, necesario para generar las copias de proteínas virales. También se
produce la continua formación de ácidos nucleicos virales.
Periodo de incubación: Lapso que transcurre entre el día de infección con el agente infeccioso y la
aparición de síntomas de la enfermedad que el mismo agente produce.
Población de riesgo: Grupo de habitantes de un país o área determinada que presentan factores
personales, sociales y/o ambientales que condicionan la adquisición de una o más enfermedades,
y que además son susceptibles de infección.
Portador: Persona o animal que alberga un agente infeccioso específico, en ausencia de enferme-
dad clínica aparente, y que puede servir de fuente de contagio. El estado de portador puede ser de
corta o larga duración (temporal, transitorio, o crónico).
Prueba confirmatoria: Proceso por el cual un individuo es clasificado como infectado o no infecta-
do.
Resultados discordantes: Son aquellos resultados que emitidos por la misma prueba al ser repeti-
da o por al menos dos pruebas con tecnologías distintas, no dan la misma medición.
SARS-CoV-2: El nombre científico del coronavirus específico que causa la COVID-19. SARS-
CoV-2 significa “coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo”.
Valor predictivo negativo: es la capacidad de una prueba de dar un resultado negativo a los real-
mente exentos de la enfermedad.
Valor predictivo positivo: es la capacidad de la prueba de dar un resultado positivo a los real-
mente enfermos.
Las pruebas de laboratorio están siendo aplicadas principalmente a personas con síntomas que
se presentan en los servicios de salud designados. Una vez colectada la muestra, estas personas
sospechosas de ser un caso, deben esperar al menos un día para obtener sus resultados, en tanto
se les sugiere que la espera sea en aislamiento para evitar la generación de nuevas cadenas de
transmisión en caso se confirme la infección.
Los retos para el diagnóstico oportuno dependen de varios factores, por un lado, tenemos la apa-
rición de síntomas en los sospechosos, esta aparición depende a su vez del periodo de incubación
del virus SARS-CoV-2, el cual se estima en un promedio de cinco días; además no todos los in-
fectados desarrollan síntomas, solo el 20 a 30% los tiene, es así que las personas que acuden a
los servicios de salud siguen siendo un porcentaje bajo de todas las personas realmente infecta-
das. Por otro lado, tenemos la dinámica de la infección misma, pues se conoce que la carga viral es
variable en el tiempo y en el tipo de muestra a analizar y esto puede afectar el desempeño de las
pruebas que detectan ácidos nucleicos. Adicionalmente, el inicio de la producción de anticuerpos
es variable y esto también influye el desempeño de las pruebas serológicas.
II. Justificación
Estas recomendaciones tienen el objetivo de incrementar la eficiencia y eficacia de las pruebas
diagnósticas disponibles para la determinación de infección por SARS-CoV-2, a través de una pro-
puesta para su mejor utilización de acuerdo a su sensibilidad, especificidad, y también de acuerdo
al momento de infección de las personas con sospecha de infección.
IV. Objetivos
El objetivo principal de estas recomendaciones es proporcionar un marco de uso adecuado de las
pruebas de diagnóstico de laboratorio para la infección por SARS-CoV-2 disponibles, basados en
evidencia científica producida en países afectados tempranamente por la pandemia que ahora
afecta al Perú.
Algunos objetivos específicos son:
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lares y serológicas para el diagnóstico de infección por SARS-CoV-2.
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en diagnóstico de laboratorio.
VI. Metodología
Criterios para considerar los estudios en esta evaluación:
Formulación de las preguntas de investigación
En personas sospechosas de infección por SARS-CoV-2, ¿Cuál es la agudeza diagnóstica del uso
complementario del RT-PCR y las pruebas serológicas en el diagnóstico de COVID-19?
b) Pregunta de investigación 02
En personas con sospecha de infección por SARS-CoV-2 hasta con 7 días después del inicio de
síntomas, ¿Cuál es la precisión diagnóstica del RT-PCR versus la prueba serológica en el diagnós-
tico de COVID-19?
Población: Pacientes con sospecha de infección por SARS-CoV-2 hasta con 7 días después del
inicio de síntomas.
Rol: Diagnóstico
Lugar: Centros de salud o evaluación en campo
Prueba a evaluar: Pruebas serológicas
Prueba estándar: RT-PCR
Resultado: Precisión de las pruebas
c) Pregunta de investigación 03
En personas con sospecha de infección por SARS-CoV-2 con más de 7 días después del inicio de
síntomas, ¿Cuál es la precisión diagnostica del RT-PCR versus la prueba serológica en el diagnós-
tico de COVID-19?
Población: Pacientes con sospecha de infección por SARS-CoV-2 con más de 7 días después del
inicio de síntomas.
Rol: Diagnóstico
Lugar: Centros de salud o evaluación en campo.
Prueba a evaluar: Pruebas serológicas.
Prueba estándar: RT-PCR
Resultado: Precisión de las pruebas
Se identificó todos los estudios científicos, independiente del tipo de idioma o el estado de pub-
licación (Publicados, no publicados, en prensa o en curso) que cumplieron con el criterio de
búsqueda.
Búsqueda electrónica:
Se revisaron las bases de datos de Pubmed y Scopus. Sin embargo, debido a la poca celeridad de
indexación de las publicaciones en Scopus no se incluyó esta base de datos.
Por otro lado, debido al sistema de publicación acelerada de las revistas ante la emergencia de
COVID-19, algunos artículos publicados en los últimos días no se encontraban indexados en Pub-
med. Por lo cual se revisaron las siguientes revistas y editoriales de forma manual: New England
Journal of Medicine (NEJM), Journal of the American Medical Association (JAMA), Lancet, Brit-
ish Medical Journal (BMJ), Elsevier, Oxford Academic, Nature, Willey y Cambridge. Los artículos
científicos encontrados de forma manual fueron incluidos en el reporte.
Criterios de elegibilidad
Criterios de inclusión:
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de seguimiento. Adicionalmente se incluyeron reportes de caso o series de casos, o revisiones
narrativas.
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Estrategia de búsqueda
La estrategia de búsqueda incluyo los siguientes términos generales: RT-PCR, serology, COV-
ID-19. Debido a los pocos artículos científicos publicados en la temática se decidió emplear la
estrategia de búsqueda para las tres preguntas de investigación.
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“severe acute respiratory syndrome coronavirus 2”[Supplemen-
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Se incluyeron estudios científicos que incluyeron participantes de todas las edades y de todos
los países que presentaron la trasmisión de COVID-19, y estudios que incluyeron el estudio del
virus en muestras del tracto respiratorio alto, muestras del tracto respiratorio bajo y otros flui-
dos biológicos. Debido a que existen pocos estudios hasta la fecha y nos encontramos ante una
enfermedad nueva, decidimos incorporar todo tipo de estudio, incluyendo reportes de caso, serie
de casos, cartas de correspondencia y otros.
Asimismo, en un segundo escenario (gráfico 2) en personas con sospecha de infección por SARS-
CoV-2 con siete o más días de iniciado los síntomas encontramos que la probabilidad de detecci-
ón de ARN por una prueba molecular cae rápidamente. La rápida caída de la probabilidad genera
la oportunidad de detección de anticuerpos mediante el uso de pruebas serológicas. En el caso
que ésta presencia de anticuerpos aun sea temprana y débil, el algoritmo propuesto permite
hacer un uso secuencial de pruebas diagnósticas para incrementar tanto la sensibilidad analítica
neta (cuando la segunda prueba, en este caso molecular es usada en sujetos con serología
negativa), así como la especificidad analítica neta (cuando la segunda prueba, en este caso mo-
lecular es usada en sujetos con serología positiva).
El grupo de trabajo ha construido una calculadora para evaluar diferentes escenarios bajo este
enfoque de uso de pruebas secuenciales en casos sospechosos con inicio de síntomas mayores
o igual a 7 días, la misma que está disponible para uso de las autoridades respectivas en un ar-
chivo digital entregado junto con este informe. De forma teórica, esta calculadora ha sido usada
en diferentes escenarios considerando prevalencias de infección variables y usando pruebas de
diagnóstico varias. En todos los escenarios teóricos calculados, los resultados observados han
sido consistentes.
Todo lo anterior, no nos ayuda a responder a las preguntas de investigación 2 y 3 que hemos
planteado. Ante ello el grupo en consenso reporta que no hemos encontrado por el momento
evidencia suficiente y de una calidad alta como para concluir algún rango de precisión diagnós-
tica tanto para las pruebas serológicas como moleculares.
El presente trabajo presenta algunas limitaciones; no se han encontrado estudios con eviden-
cia de alta calidad que hayan comparado estrictamente la precisión diagnóstica de las pruebas
serológicas versus las pruebas moleculares y su impacto en el manejo clínico de los pacientes
infectados con SARS-CoV-2. La principal razón de la falta de evidencia puede deberse a que el
proceso de infección por SARS-CoV-2 recién se viene estudiando y la información con la que se
cuenta solo proviene de aquellos países que vienen implementando diferentes estrategias de
diagnóstico para el control de la enfermedad. Sin embargo, la poca evidencia proviene de estu-
dios recién publicados en revistas científicas de alto impacto.
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entender la dinámica de la infección. Sin embargo, algunos de estos estudios revisados no han
considerado los estadios de la enfermedad, lo cual dificulta hacer un análisis de resumen. Por
otro lado, algunos estudios incluyeron pacientes únicamente hospitalizados o con enfermedad
severa y no pacientes expuestos asintomáticos en condiciones domesticas (exposición intra-
domiciliaria por contacto). Finalmente, algunos estudios brindan poca o escasa información
sobre el proceso de transporte de las muestras durante la etapa pre-analítica, lo cual pudiera
repercutir en los datos de sensibilidad y especificidad de los análisis.