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Biodiversida Inferencia en El Indice de Shannon PDF
Biodiversida Inferencia en El Indice de Shannon PDF
ISSN: 0378-1844
interciencia@ivic.ve
Asociación Interciencia
Venezuela
Pla, Laura
Biodiversidad: inferencia basada en el índice de shannon y la riqueza
Interciencia, vol. 31, núm. 8, agosto, 2006, pp. 583-590
Asociación Interciencia
Caracas, Venezuela
LAURA PLA
RESUMEN
Se describen los estimadores puntuales y por intervalos de ofrecen recomendaciones para la aplicación de la técnica de
confianza (IC) de la riqueza y del índice de Shannon; se apli- remuestreo adecuada, con énfasis en casos de muestras peque-
can a un ejemplo con datos de vegetación y a otro con conteo ñas o sin repeticiones. Se orienta también en el uso del soft-
de aves, y se comparan los resultados obtenidos sobre la base ware disponible.
de simulaciones originales y de consideraciones teóricas. Se
Introducción con π i la proporción de i-ésima clase. hacerse a partir de las frecuencias relati-
Estas clases son excluyentes, es decir vas como
n estudios de biodiversi- que un mismo elemento o individuo (1)
dad, a partir del mues- no puede pertenecer a más de una
treo de comunidades, el clase, y por lo tanto los π i están suje- Los estimadores de la ri-
tamaño de la muestra o número de unida- queza se basan en las frecuencias (los fk)
des de observación puede ser pequeño, tos a la restricción que . Si se y en el número de clases o especies efec-
para realizar inferencia paramétrica sobre tivamente observadas (r). Los estimadores
la diversidad existente. No obstante, es toma una muestra aleatoria de esta
de los índices de biodiversidad se basan
deseable lograr estimaciones con niveles comunidad, llamaremos n i al número
directamente en las pi o frecuencias rela-
de confianza conocidos. Una alternativa a de individuos o abundancia de la cla-
tivas de cada especie, e indirectamente en
la estimación paramétrica para los índices se i; si n i=0, entonces la i-ésima espe-
la riqueza.
de diversidad es la construcción de inter- cie no se ha observado en la muestra.
valos de confianza (IC) mediante técnicas Al número total de especies observa-
das en la muestra la llamamos r, que Índice de Shannon
de computación intensiva tales como
remuestreo (Pla y Matteucci, 2001), que nunca podrá ser mayor que S.
Uno de los índices más
no se basan en supuestos distribucionales. Denominaremos fk al
utilizados para cuantificar la biodiversi-
Este trabajo aborda el número de clases con frecuencia o abun-
dad específica es el de Shannon, también
problema con un enfoque aplicado. Se dancia k y así, el número total de indivi-
conocido como Shannon-Weaver (Shan-
describen los métodos de estimación de duos o abundancia total (N) en la mues-
non y Weaver, 1949), derivado de la teo-
la biodiversidad expresada mediante la ri- tra puede calcularse como
ría de información como una medida de
queza y el índice de Shannon, se propone la entropía. El índice refleja la heteroge-
un método de remuestreo para la inferen- neidad de una comunidad sobre la base
cia, y se discuten los resultados de dos que puede ser expresado de dos factores: el número de especies
ejemplos, orientando también en el uso en función de los fk como presentes y su abundancia relativa. Con-
del software disponible. ceptualmente es una medida del grado de
En una comunidad con incertidumbre asociada a la selección
un número total S de clases (típica- recordando que el símbolo ∀ indica aleatoria de un individuo en la comuni-
mente especies en estudios de biodi- ‘para todos los posibles valores de k’. dad. Esto es, si una comunidad de S es-
versidad) no superpuestas, identifica- Asimismo, la estimación pecies es muy homogénea, por ejemplo
das por i=1, 2, ..., S, designaremos de los πi en una muestra aleatoria puede porque existe una especie claramente do-
TABLA I
ESTIMADORES DE RIQUEZA Y DEL ÍNDICE DE SHANNON
EN LA FORMACIÓN ‘ESPINAR’
Muestra Riqueza Estimación puntual
Estimación por Intervalo (LI - LS)
r ACE rPOT MV MVr MVACE MVrPOT HA HT
e1 36 156 50 2,60 (2,36 - 2,85) 2,74 (2,49 - 2,98) 3,19 (2,75 - 4,98) 2,79 (2,04 - 3,54) 2,82 (2,58 - 3,06) 2,96 (2,72 - 3,20)
e2 13 36 17 1,65 (1,42 - 1,87) 1,71 (1,48 - 1,94) 1,84 (1,66 - 4,40) 1,73 (1,19 - 2,28) 1,74 (1,52 - 1,96) 1,84 (1,61 - 2,07)
e3 25 36 31 2,47 (2,33 - 2,61) 2,53 (2,39 - 2,67) 2,55 (2,49 - 2,82) 2,54 (2,07 - 3,00) 2,53 (2,40 - 2,67) 2,56 (2,43 - 2,70)
e4 36 739 52 2,63 (2,33 - 2,92) 2,81 (2,51 - 3,11) 6,51 (2,69 - 239,94)2,90 (2,01 - 3,79) 2,97 (2,67 - 3,26) 3,20 (2,88 - 3,52)
e5 22 45 28 2,31 (2,14 - 2,47) 2,37 (2,21 - 2,53) 2,44 (2,34 - 2,92) 2,39 (1,87 - 2,91) 2,40 (2,23 - 2,56) 2,45 (2,27 - 2,62)
e6 28 206 39 2,47 (2,23 - 2,71) 2,60 (2,36 - 2,84) 3,45 (2,50 - 41,28) 2,65 (1,91 - 3,39) 2,68 (2,44 - 2,92) 2,82 (2,56 - 3,08)
e7 20 73 27 1,90 (1,69 - 2,12) 1,97 (1,76 - 2,18) 2,16 (1,91 - 8,69) 1,99 (1,44 - 2,54) 2,01 (1,80 - 2,22) 2,11 (1,88 - 2,34)
e8 43 406 63 3,69 (3,47 - 3,91) 4,12 (3,90 - 4,34) 7,82 (5,74 - 12,03) 4,33 (3,03 - 5,62) 4,49 (4,30 - 4,68) 5,34 (4,80 - 5,88)
e9 29 136 41 2,02 (1,72 - 2,33) 2,14 (1,84 - 2,45) 2,60 (2,09 - 6,91) 2,19 (1,45 - 2,94) 2,24 (1,93 - 2,55) 2,45 (2,15 - 2,75)
e10 45 187 63 3,17 (2,95 - 3,39) 3,35 (3,14 - 3,57) 3,95 (3,52 - 4,91) 3,43 (2,56 - 4,30) 3,49 (3,27 - 3,71) 3,55 (3,30 - 3,80)
e11 42 353 61 2,64 (2,32 - 2,97) 2,84 (2,52 - 3,17) 4,34 (2,66 - 183,93)2,93 (2,01 - 3,86) 3,01 (2,68 - 3,34) 3,31 (2,98 - 3,63)
Total 113 192 143 3,28 (3,20 - 3,37) 3,32 (2,92 - 3,73) 3,35 (3,31 - 3,49) 3,33 (2,92 - 3,74) 3,33 (3,24 - 3,41) 3,39 (3,30 - 3,47)
r: número de especies observadas, ACE: estimador de Chao, rPOT: estimador de Pla et al. (2004), MV: estimación máximo verosímil del índice de Shannon, MVr:
MV con sesgo corregido por r; MVACE: MV con sesgo corregido por ACE; MVrPOT: MV con sesgo corregido por rpot, HA: estimador ajustado de Pla, HT: estima-
dor de Horvitz-Thompson, LI: límite inferior, LS: límite superior. Los intervalos de confianza se obtuvieron por bootstrap con B=500, salvo para MV y MVr
cuando se utilizó la Ec. 9 y MVACE cuando se utilizó la transformación logarítmica de la Ec. 10.
SUMMARY
Point estimators and confidence intervals for richness and and theoretical formulation conditions. A guide to proceed with
Shannon index are described and applied to a vegetation ex- emphasis on small real data set and bootstrap estimation is
ample and a bird inventory survey. Results of various tech- provided, including available software use orientation.
niques are compared based on original simulation performance
RESUMO
Descrevem-se os estimadores pontuais e por intervalos de simulações originais e de considerações teóricas. Oferecem-se
confiança (IC) da riqueza e do índice de Shannon; se aplicam recomendações para a aplicação da técnica de reamostragem
a um exemplo com dados de vegetação e a outro com contagem adequada, com ênfase em casos de amostras pequenas ou sem
de aves, e se comparam aos resultados obtidos sobre a base de repetições. Orienta-se também no uso do software disponível.