Glosario: Introducción a la modelación

 Modelo: Procedimiento simple de describir y predecir resultados científicos. ( subsistema

del sistema original) . Su principal objetivo en la química computacional y del modelaje
molecular, es su análisis cualitativo y cuantitativo de las moléculas bajo los criterios de su
definición principal.
 Parametro: Una variable utilizada para recibir valoes de entrada en una rutina, subrutina o
método.
 Frontera de Modelo: Representación grafica de las cantidades máximas de producción
que se puede obtener un proceso en un periodo determinado haciendo uso de todo los
recursos que tiene disponibles
 Simulación: Intenta modelizar sistemas reales o hipotéticos por ordenador de forma que
su funcionamiento puede ser estudiado y podemos predecir su comportamiento.

Requerimientos para que el modelo se aproxime a la realidad

 Incremento en estabilidad: estructural, energética, potencial.

 Simetria
 Cuantizacion: Procedimiento matemático para construir un modelo cuántico para un
sistema físico a partir de su descripción clásica, en un sistema estable todo esta
cuantitizado
 Homogeneidad; procesos naturales como difusión, disolución, etc. Están asociados con el
acomodo de partículas homogéneamente.
 Aproximaciones: Para obtener resultados cuantitavos, para simplificar es eficaz usar los
parámetros del problema. La clasificación de sus aproximaciones puede ser dejar de fuera
la estimación de la parte matemática compleja, usar promedios en lugar de una
descripción matemática exacta, variaciones, perturbaciones, funciones simplificadas y
funciones parameticas
 3A’s: Aplicación, algoritmo y arquitectura
 Aplicación: Como fundamento es necesario el conocimiento del proceso a estudiar y la
validación del sistema. El modelo es expresado matemáticamente
 Algoritmo: Conjunto ordenado de operaciones sistemáticas que permite hacer un calculo
y hallar la solución de un tipo de problemas. Se establecen ecuaciones matemáticas
correctas según sea el problema a estudiar, a continuación se verifica y corrige el set de
ecuaciones mediante ensayo y error y por ultimo se ajusta al sistema a estudiar.
 Arquitectura: Es necesario un hardware,parámetros computacionales siendo estos
velocidad y numero de CPU’s, memoria, transmisión de datos y el almacenamiento de la
información asi como la paralelizacion del código( sistemas multiprocesador)

DIMENSIONES

 Mega = 106 = 1000 kilos

 Giga = 109 = 1000 Megas
 Tera = 1012 = 1000 Gigas
 peta = 1015 = 1000 Teras
 exa = 1018 = 1000 Petas
 zetta = 1021 = 1000 Exas
 yotta 1024 = 1000 Zettas
 xera = 1027 = 1000 Yottas

 Roadrunner: Supercomputadora del Laboratorio Nacional Los Alamos en Nuevo Mexico,

es usada en la seguridad de las instalaciones nucleares. Son 12000 procesadores tipo Cell y
7000 Opteron AMD, con 1 petaflop de operaciones por segundo de 92 km de fibra óptica y
con un consumo de 3MW.

 Supercomputadora KanBalam: Puede llevar a cabo 790 Gigaflops o 7113 billones de

operaciones por segundo, es una HP-Cluster 4000 con 1368 procesadores AMD Opteron
2.6 Ghz organizados en 337 nodos . En su memoria RAM cuenta con 3016 GB y en
almacenamiento con 160TB en 19 racks, cuenta con una transmisión tipo red de alta
velocidad Infiniband de 10 Gbps.

 Quimica computacional: Area que trabaja con la modelación y simulación computacional

de sistemas como biomolecular, polímeros, fármacos, moléculas orgánicas, etc . Es de alta
eficacia para resolver problemas químicos y biológicos de alta dificultad. Esta área
aprovecha el poder de computo de los equipos usando ventanas en paralelo o rejilla para
resolver eficientemente algoritmos numéricos.

Usos de la química computacional; Para poder usar efectivamente estas herramientas se

necesita entender la implementación de la técnica usada en la parametrizacion del método.

 Cargas atómicas y potencial electrostático: La carga eléctrica es una propiedad física

intrínseca de algunas partículas subatómicas que se manifiesta mediante fuerzas de
atracción y repulsión entre ellas a través de campos electromagnéticos.
 Espectros IR y Raman: Interaccion de la radiación infrarroja con la materia. Cubre una
gama de técnicas, en su mayoría basadas en espectroscopia de absorción.
 Raman: Es una técnica fotonica de alta resolución que proporciona en pocos segundos
información química y estructural de casi cualquier material o compuesto organico y/o
inorganico permitiendo su identificación.
 Mecanismos de reacción: Postulado teorico que intenta explicar de manera lógica cuales
son las reacciones elemental e intermediarios que suceden en una reacción química y que
permiten explicar las características cualitativas y cuantitativas observadas en su
desarrollo.