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Para cada separador de una secuencia se puede calcular un coste, que es una
combinación de los costes de adquisición y operación. El coste de la secuencia es
la suma de los costes de los Separadores. En general se pretende la secuencia
óptima o de menor coste y, tal vez, varias secuencias cercanas a la óptima. Sin
embargo, antes de seleccionar una secuencia final es preciso tener en cuenta
otros factores tales como operatividad, confianza y seguridad.
La segunda etapa consiste en volver atrás para ramificar de nuevo con el fin de
encontrar las secuencias de menor coste. Cuando se encuentra una de éstas se
toma como el nuevo límite superior. En esta fase la ramificación no tiene por qué
continuarse necesariamente hasta completar una secuencia. La ramificación se
interrumpe y se reanuda la vuelta atrás hasta que el coste de una secuencia
parcialmente completada sobrepasa el límite superior. Por tanto, no es preciso
desarrollar todas las secuencias ni diseñar y evaluar el coste de todos los
separadores únicos.