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Biología de los
Microorganismos
Texto guía
Blanca Araya
Paulina Morales
Felipe Scott
Alberto Vergara
S2, 2017
Segunda Ed.
Prefacio
Hace sólo 150 años, se creía que las enfermedades eran transmitidas por el miasma, una
suerte de mal aire que, especialmente de noche, transmitía el cólera, la peste negra y otras.
En 1909, menos de 50 años después, Paul Ehrlich y colaboradores administraban la
primera “bala mágica” contra la sífilis (un compuesto órgano-sulfurado), en el primer uso
masivo de un antibiótico, el que sólo sería superado por la introducción de la penicilina en
1940.
En temas ambientales, sólo hacia el final del siglo XX la comunidad científica alcanzó un
consenso respecto a nuestra habilidad de alterar los ciclos geobioquímicos del planeta,
antes se consideraba que el planeta se autorregularía independientemente de cuanto
contamináramos.
Este libro surge de la necesidad de contar con un texto guía para el curso Biología de los
Microorganismos, parte de la nueva malla de la Facultad de Ingeniería y Ciencias Aplicadas.
Con seguridad, el libro tendrá errores de diferente naturaleza. Si es así, agradeceremos
cualquier sugerencia para su corrección o mejoras.
Finalmente, quiero agradecer a los autores de este apunte, quienes se dedicaron a esta
tarea en forma diligente y comprometida y a la Facultad de Ingeniería, que financió esta
primera versión.
Felipe Scott
i
INDICE
1 MICROORGANISMOS Y MICROBIOLOGÍA ............................................................. 6
ii
3.1 Metabolismo microbiano .................................................................................... 31
iii
AGUAS RESIDUALES.................................................................................................... 60
iv
Capítulo 1
5
1 Microorganismos y microbiología
La microbiología es el estudio de los microorganismos, los cuales son un grupo amplio y diverso de
organismos microscópicos que existen como células aisladas o asociadas. Los microorganismos
son capaces de realizar sus procesos vitales de crecimiento, generación de energía y reproducción,
independiente de otras células, sean de la misma clase o de otra diferente.
Todas las células están formadas por cuatro tipos de componentes químicos: proteínas, ácidos
nucleicos, lípidos y polisacáridos. En conjunto, se denominan macromoléculas. La naturaleza
química y la disposición de las macromoléculas en una célula de un organismo es lo que lo
diferencia con una célula de otro organismo. Aunque cada tipo de célula tiene una estructura y un
tamaño definido, una célula es una unidad dinámica, que realiza constantes cambios reemplazando
sus componentes. Incluso cuando no está creciendo, una célula puede estar tomando materiales
del medio para incorporarlos a su propia estructura. Al mismo tiempo, libera productos de desecho
en el medio. Por tanto, la célula es un sistema abierto en constante cambio y, sin embargo,
permanece igual.
1.1.1 Proteínas
Los aminoácidos son las unidades monoméricas de las proteínas. La mayor parte de ellos contienen
carbono, hidrógeno, oxígeno y nitrógeno, pero dos de los 21 aminoácidos más comunes en las
células contienen también azufre y uno contiene selenio. Todos los aminoácidos contienen dos
grupos funcionales, un grupo carboxílico (-COOH) y un grupo amino (-NH2). La importancia de estos
grupos funcionales (Figura 1.1) radica en que permiten la formación de enlaces peptídicos, un tipo
de enlace covalente que es característico de las proteínas y que se establecen entre el carbono del
grupo carboxilo de un aminoácido y el nitrógeno del grupo amino de otro, con eliminación de una
molécula de agua.
Los aminoácidos difieren entre sí por la naturaleza del grupo lateral (abreviado como R en la Figura
1.1) que está unido al carbono . El carbono es el átomo de carbono inmediatamente adyacente
al grupo carboxílico. Las cadenas laterales varían considerablemente, y pueden ser tan simples
como un átomo de hidrógeno en el aminoácido glicina o ser estructuras con anillos aromáticos como
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en el aminoácido fenilalanina. Las propiedades químicas de un aminoácido se deben
fundamentalmente a la naturaleza de la cadena lateral y por ello los aminoácidos que muestran
propiedades químicas similares se pueden agrupar en “familias” como se indica en la Figura 1.1.
Por ejemplo, la cadena lateral puede contener en sí misma un grupo carboxílico, como en el caso
del ácido aspártico o del ácido glutámico, constituyendo los aminoácidos ácidos. En cambio, varios
aminoácidos contienen cadenas laterales hidrofóbicas y representan en conjunto los aminoácidos
no polares o apolares. El aminoácido cisteína contiene un grupo sulfhidrilo (-SH) que puede unir
una cadena de aminoácidos con otra por un puente disulfuro (R-S-S-R). La diversidad química de
los aminoácidos permite a las células producir un gran número de proteínas químicamente distintas,
con diferentes propiedades bioquímicas.
Los aminoácidos, pueden presentarse como isómeros, es decir dos moléculas de misma fórmula,
pero diferente forma estructural. En tanto los isómeros que presentan las mismas fórmulas
moleculares y estructurales, pero que difieren en que uno es la “imagen especular” del otro, se
denominan enantiómeros y se designan como D y L. A pesar que en la naturaleza existen tanto
azúcares como aminoácidos D o L, en los sistemas biológicos predominan los azúcares con
configuración D y aminoácidos de la forma L.
Las proteínas son polímeros de aminoácidos unidos covalentemente por enlaces peptídicos. Dos
aminoácidos unidos forman un dipéptido, tres aminoácidos un tripéptido y cuando diez o más
aminoácidos se unen por enlaces peptídicos forman un polipéptido. Las proteínas están formadas
por uno o varios polipéptidos.
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Un tipo de estructura secundaria es la hélice , en la cual los átomos de oxígeno y de nitrógeno de
los diferentes aminoácidos tienden a disponerse en la estructura enrollada lo suficientemente
próximos como para permitir el establecimiento de puentes de hidrógeno (y la estabilidad inherente
asociada a su formación) facilita que muchos polipéptidos adopten directamente está estructura
(Figura 1.2 (a)). Otros polipéptidos adoptan una estructura secundaria llamada hoja , en la cual la
cadena de aminoácidos del polipéptido se pliega en zig-zag sobre sí misma en vez de formar una
hélice; este tipo de plegamiento deja al descubierto átomos de hidrógeno que pueden establecer
puentes de hidrógeno (Figura 1.2 (b)).
Figura 1.2: Estructura secundaria de polipéptidos. (a) Estructura secundaria en hélice . (b) Estructura
secundaria en hoja .
La estructura secundaria de muchos polipéptidos contiene tanto regiones en hélice como regiones
en hoja ; y el tipo de plegamiento concreto viene determinado en cada caso por las oportunidades
que tenga de formar puentes de hidrógeno e interacciones hidrofóbicas. La estructura secundaria
de tipo hoja confiere una estructura más bien rígida, mientras que la estructura en hélice es más
flexible, por lo que la estructura secundaria de un polipéptido condiciona, en gran medida, la función
de una determinada proteína en la célula. Muchos polipéptidos se pliegan en dos o más segmentos,
cada uno de los cuales presenta una estructura secundaria diferente (Figura 1.3). Estos segmentos,
denominados dominios, son regiones del polipéptido que tienen funciones específicas en la
molécula proteica final.
Figura 1.3: Estructura terciaria de polipéptidos mostrando posiciones donde pueden localizarse regiones de
hélice y hoja . (a) Insulina, proteína que contiene dos cadenas polipéptidas en presencia de estructura
secundaria hélice y hoja ; y puentes disulfuro (en amarillo) determina la estructura terciaria.
(b) Ribonucleasa, proteína con varias regiones hélice y hoja .
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Una vez que un polipéptido ha adoptado una estructura secundaria determinada, se pliega sobre sí
mismo para formar una molécula aún más estable. Esa disposición conduce a la formación de la
estructura terciaria de las proteínas. Como ocurre con la estructura secundaria, la estructura
terciaria está determinada en definitiva por la estructura primaria, pero también está regida por la
estructura secundaria, dado que la cadena lateral de cada aminoácido del polipéptido queda en una
posición específica. Si se pueden formar enlaces adicionales de puentes de hidrógeno, uniones
covalentes, interacciones hidrofóbicas u otras interacciones atómicas, el polipéptido se plegará
hasta alcanzar una forma tridimensional única (Figura 1.3).
Con frecuencia un polipéptido se dobla de tal forma que quedan expuestos grupos sulfhídrilo (-SH)
pertenecientes a residuos de cisteína. Estos grupos -SH libres se pueden unir covalentemente
formando un puente disulfuro (-S-S-) entre los dos aminoácidos. Si los dos residuos de cisteína
pertenecen a diferentes cadenas polipeptídicas de una proteína, el puente disulfuro une físicamente
las dos moléculas (Figura 1.3 (a)). Además, un único polipéptido se puede plegar y unirse a sí
mismo si dos residuos de cisteína originan un puente disulfuro dentro de la misma molécula.
Finalmente, la disposición terciaria origina en la molécula regiones expuestas y otras hendidas, que
pueden ser importantes en la unión con otras moléculas, por ejemplo, en la unión entre un sustrato
y una enzima.
En el caso de que una proteína conste de más de un polipéptido, la disposición espacial de las
subunidades polipeptídicas, que forma la molécula proteica final, se conoce como estructura
cuaternaria de la proteína. En las proteínas que presentan estructura cuaternaria, cada subunidad
de la estructura final tiene su propia estructura primaria, secundaria y terciaria. Algunas proteínas
con estructura cuaternaria contienen varias subunidades idénticas; otras contienen subunidades
distintas y algunas pueden contener más de una subunidad idéntica y un segundo tipo de subunidad
distinta. Las subunidades de las proteínas multiméricas se mantienen unidas por interacciones no
covalentes (puentes de hidrógeno, fuerzas de van der Waals e interacciones hidrófobicas) o por
enlaces covalentes, que frecuentemente son enlaces disulfuro entre subunidades.
Los ácidos nucleicos, DNA (ácido desoxirribonucleico) y RNA (ácido ribonucleico), son
macromoléculas formadas por monómeros llamados nucleótidos. Por consiguiente, tanto el DNA
como el RNA son polinucleótidos. El DNA lleva la información genética de la célula y el RNA actúa
como una molécula intermedia para convertir esa información en secuencias definidas de
aminoácidos que forman las proteínas. Un nucleótido se compone de tres unidades. Un azúcar de
5 átomos de carbono, la ribosa (en el RNA) y la desoxirribosa (en el DNA), una base nitrogenada y
una molécula de fosfato, PO43- (Figura 1.4). A su vez una base unida al azúcar, sin el fosfato, se
denomina nucleósido. Por tanto, los nucleótidos son nucleósidos que contienen uno o más grupos
fosfato.
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Figura 1.4: Nucleótidos. Se muestra un ribonucleótido, en el RNA. Los desoxirribonucleótidos, en el DNA,
tienen un átomo de H en lugar de un grupo OH en el carbono 2’. Tanto los ribonucleótidos como los
desoxirribonucleótidos contienen un fosfato en la posición 5’.
Los polinucleótidos contienen nucleótidos que están unidos covalentemente por medio de fosfato
entre el carbono 3’ (3 prima) de un azúcar y el carbono 5 (5’) de otro azúcar adyacente. Esta unión
se denomina enlace fosfodiéster, ya que un mismo fosfato se une por enlace éster a dos azúcares
separados (Figura 1.5).
Figura 1.5: Estructura parcial de una cadena de DNA. Las bases nitrogenadas pueden ser adenina,
guanina, citosina o timina. En el RNA, en el carbono 2' de la ribosa se presenta un grupo OH y el uracilo
sustituye a la timina.
Las bases nitrogenadas presentes en los ácidos nucleicos pertenecen a dos clases. Las bases
púricas, adenina y guanina, contienen dos anillos heterocíclicos fusionados, mientras que las bases
pirimidínicas, timina, citosina y uracilo, contienen un único anillo heterocíclico de seis elementos
(Figura 1.6). A excepción de la timina que se presenta sólo en el DNA y el uracilo sólo en el RNA,
las restantes bases nitrogenadas, guanina, adenina y citosina se encuentran tanto en el DNA como
en el RNA.
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Figura 1.6: Estructura de las bases del DNA y RNA.
Los nucleótidos, además de ser los constituyentes de los ácidos nucleicos, desempeñan otras
funciones en la célula. Los nucleótidos, en especial el trifosfato de adenosina (ATP), actúan como
fuentes de energía química liberando, mediante la rotura de un enlace fosfato, suficiente energía
como para suministrar la requerida para la puesta en marcha de las reacciones celulares. Otros
nucleótidos, o derivados de ellos, funcionan en reacciones de oxidación-reducción de las células,
como transportadores de azúcares en la biosíntesis de los polisacáridos y como moléculas
reguladoras que inhiben o estimulan las actividades de ciertas enzimas o procesos metabólicos.
1.1.3 Lípidos
Los ácidos grasos son los principales constituyentes de los lípidos de bacteria y eucariontes. Por
otro lado, los lípidos en arqueas contienen principalmente la molécula hidrofóbica fitano. Los ácidos
grasos están formados por regiones hidrofóbicas (que repelen el agua) y otras hidrofílicas (solubles
en agua), por ende, son moléculas anfipáticas o anfifílicas.
Los lípidos simples contienen ácidos grasos unidos al alcohol glicerol, de tres átomos de carbono
C3. Los lípidos simples también se denominan triglicéridos porque a la molécula de glicerol se unen
tres moléculas de ácidos grasos. Los lípidos complejos son lípidos simples que contienen elementos
adicionales como fósforo, nitrógeno o azufre, o pequeños compuestos hidrofílicos carbonados,
como azúcares, etanolamina, serina, o colina. Los lípidos que contienen un grupo fosfato se llaman
fosfolípidos y son un grupo importante de lípidos complejos porque desempeñan una importante
función estructural en la membrana citoplasmática. Debido a la naturaleza anfipática de los lípidos,
es decir muestran propiedades hidrofóbicas e hidrofílicas, se agregan en las membranas con las
porciones hidrofílicas orientadas al medio externo o al medio interno citoplasmático, manteniendo
sus porciones hidrofóbicas sin contacto con el medio acuoso. Por lo tanto, cumple la función de
barrera de permeabilidad adecuada debido a la incapacidad de las sustancias solubles en agua
para atravesar la porción hidrofóbica de los ácidos grasos de los lípidos. En el caso de la membrana
citoplasmática actúa como barrera a la libre difusión de sustancias dentro o fuera de las células.
1.1.4 Polisacáridos
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carbohidratos simples se pueden formar derivados reemplazando uno o más de los grupos hidroxilo
por otras especies químicas. Por ejemplo, el peptidoglicano, que es un polímero importante de la
pared celular bacteriana, contiene un derivado de la glucosa, la N-acetilglucosamina. Además de
sus derivados, los azúcares pueden tener una misma fórmula estructura y sin embargo diferir en
sus propiedades estereoisoméricas. Por tanto, la célula dispone de un gran número de azúcares
diferentes y potencialmente disponibles para la construcción de los polisacáridos.
Los polisacáridos están formados por muchas unidades monoméricas de hidratos de carbono, las
cuales puede ser cientos e incluso miles, todos estos monómeros se encuentran unidos por enlaces
covalentes llamados enlaces glicosídicos. Si dos azúcares (monosacáridos) se unen por un enlace
glicosídico se forma un disacárido. La adición a esta molécula de otro monosacárido origina un
trisacárido y cuando son hasta 20 unidades de monosacáridos, corresponde a un oligosacárido.
Una cadena de más 20 monosacáridos se denomina polisacárido.
El enlace glicosídico puede presentar dos orientaciones, llamadas alfa () y beta (). Por ejemplo,
tanto la celulosa y el almidón se componen de solamente de unidades de glucosa, sin embargo, sus
propiedades funcionales son completamente distintas debido a las diferentes configuraciones, y
, de sus enlaces glucosídicos. La celulosa, formada por unidades de glucosa unidas por enlace -
1,4 es un componente rígido de la pared celular de las plantas y de algas. Mientras que el almidón,
formado por unidades de glucosa unidas por enlace -1,4 funciona como reserva importante de
carbono y energía en bacterias, plantas y animales. Los polisacáridos se pueden combinar también
con otras clases de macromoléculas, como proteínas y lípidos, formando polisacáridos complejos
del tipo de las glicoproteínas y los glicolípidos, respectivamente.
Todos los organismos celulares son estructuras altamente organizadas que muestran alguna forma
de metabolismo. Esto es, las células toman sustancias químicas del medio y las transforman,
conservan parte de la energía de dichas sustancias de modo que las células puedan usarla, y luego
eliminan los productos de desecho. Además, todas las células poseen reproducción, es decir son
capaces de dirigir una serie de reacciones bioquímicas que conduce a su propia síntesis. Como
resultado de los procesos metabólicos, una célula crece y se divide para formar células. Muchas
células sufren diferenciación, un proceso por el que se forman nuevas sustancias o estructuras. A
menudo, la diferenciación celular es parte de un ciclo vital en el que las células forman estructuras
especiales relacionadas con la reproducción, la dispersión o la supervivencia.
Por otra parte, las células pueden comunicarse, es decir responden a señales químicas en su medio
ambiente, tales como las producidas por otras células e incluso pueden estimar su propio número
en el ambiente circundante por medio de pequeñas moléculas que se difunden y pasan entre células
vecinas. Además, con frecuencia los organismos celulares tienen movimiento por autopropulsión,
así como de diferentes mecanismos responsables de la movilidad.
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Finalmente, a diferencia de las estructuras inertes, la célula puede evolucionar. A través del proceso
de evolución las células pueden cambiar permanentemente sus características y transmitir las
nuevas propiedades a su descendencia.
Ferdinand Cohn hacia 1850 se interesó especialmente por las bacterias resistentes al calor, lo que
le llevó a descubrir el género Bacillus y el proceso de formación de esporas. Cohn describió el ciclo
de vida completo de Bacillus (célula vegetativa endospora célula vegetativa) y descubrió que
las células vegetativas, pero no las endosporas, podían morir mediante ebullición. Estos hallazgos
de Cohn ayudaron a explicar por qué algunos científicos anteriores, como John Tyndall, observaron
que la ebullición era a menudo una técnica efectiva de esterilización, pero no siempre era así.
En 1864 fue el químico Louis Pasteur quién dio fin a la controversia sobre la teoría de la generación
espontánea, cuya idea básica es que un alimento se pudre si permanece durante cierto tiempo a la
intemperie. Cuando este alimento putrefacto se examina al microscopio se observa que está repleto
de bacterias. Por lo tanto, algunos científicos pensaban que estás bacterias que inicialmente no se
observaron en el alimento fresco, provenían de semillas o gérmenes que llegaban al alimento a
través del aire, mientras que otros opinaban que se originaban espontáneamente a partir del
material inerte. En primer lugar, Pasteur descubrió que el aire normal contiene continuamente una
diversidad de células microbianas que son indistinguibles de las que se encuentran en los materiales
en putrefacción. Por tanto, concluyó que los organismos encontrados en tales materiales se
originaban a partir de microorganismos presentes en el aire. Además, postuló que dichas células
en suspensión se depositan constantemente sobre todos los objetos.
Pasteur empleó el calor para eliminar los contaminantes, pues ya se sabía que el calor destruye
con efectividad los organismos vivos. De hecho, otros investigadores ya habían mostrado que, si
una solución de nutrientes se introducía en un matraz de vidrio, se sellaba y se calentaba luego
hasta ebullición, nunca se descomponía. Los defensores de la generación espontánea criticaban
tales experimentos argumentando que se necesitaba de aire fresco para la generación espontánea
y que el aire dentro del matraz cerrado se modificaba por el calentamiento, de modo que no era
capaz de permitir la generación espontánea. Para objetar esta idea Pasteur, construyó un matraz
con forma de cuello de cisne, que ahora se designa matraz Pasteur (Figura 1.7). En tales
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recipientes, las soluciones nutritivas se podían calentar hasta ebullición; luego cuando el matraz se
enfriaba, el aire podía entrar de nuevo, pero la curvatura del cuello del matraz evitaba que el material
particulado, las bacterias y otros microorganismos alcanzasen el interior del matraz. El material
esterilizado en tal recipiente no se descomponía y no aparecían microorganismos mientras el cuello
del matraz no contactara con el líquido estéril. Sin embargo, bastaba con que el matraz se inclinara
lo suficiente como para permitir que el líquido estéril contactara con el cuello, para que ocurriera la
putrefacción y el líquido se llenara de microorganismos. Este sencillo experimento bastó para
aclarar definitivamente la controversia sobre la generación espontánea.
Figura 1.7: Experimento de Pasteur con matraces de cuello de cisne. (a) esterilización del contenido del
matraz. (b) Si el matraz se mantiene en posición vertical no hay crecimiento microbiano. (c) Si los
microorganismos atrapados en el cuello alcanzan el líquido estéril, crecen rápidamente.
Pasteur consiguió muchos otros éxitos en microbiología y medicina, entre los principales destaca el
desarrollo de vacunas para enfermedades como el carbunco, el cólera aviar y la rabia, durante el
período de 1880-1890. Estos avances médicos y veterinarios no sólo tuvieron importancia por sí
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mismos, sino que permitieron que arraigara el concepto de la teoría microbiana de las enfermedades
infecciosas, cuyos principios estaban siendo desarrollados por otro científico llamado Robert Koch.
En su trabajo inicial Koch estudió el carbunco, una enfermedad del ganado que en ocasiones
también afecta al hombre. Esta enfermedad está causada por una bacteria formadora de
endosporas, Bacillus anthracis, y la sangre de un animal con carbunco está llena de células de esta
bacteria. Koch puso de manifiesto que la bacteria estaba siempre presente en la sangre de los
animales enfermos. Sin embargo, la mera asociación de la bacteria con la enfermedad no
demostraba que la bacteria fuera la causa de la enfermedad, por el contrario, podría ser un efecto
de la enfermedad. Por eso Koch demostró que era posible tomar una pequeña cantidad de sangre
de un ratón enfermo, inyectarla en un segundo ratón y provocar en éste la enfermedad y la muerte.
Tomando sangre de este segundo animal e inyectándola en otro obtenía gran cantidad de la bacteria
formadora de endosporas. Koch también demostró que la bacteria podía ser cultivada en caldos
nutritivos fuera del animal y que, incluso después de muchas resiembras o transferencias de cultivo,
la bacteria podía causar la enfermedad aun cuando se reinoculaba a un animal. Es decir, la bacteria
procedente de un animal enfermo y la mantenida en cultivo inducían los mismos síntomas de
enfermedad tras su inoculación. Para demostrar que un tipo concreto de microorganismo es el
agente etiológico de una enfermedad específica, Koch formuló cuatro criterios, conocidos en la
actualidad como postulados de Koch, que son resumidos en la Figura 1.8.
Figura 1.8: Los postulados de Koch para demostrar que un determinado microorganismo causa una
enfermedad específica.
Por otra parte, Koch desarrolló varios métodos para obtener bacterias en cultivo puro (axénico).
Para ello empezó usando nutrientes sólidos como la superficie de una rebanada de papa para
cultivar bacterias. Koch observó que cuando se exponía al aire la superficie de un nutriente sólido
se desarrollaban colonias bacterianas que tenían formas y colores característicos. Dedujo que cada
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colonia se originaba a partir de una sola célula bacteriana que había caído sobre la superficie, había
encontrado los nutrientes apropiados y se había multiplicado; es decir cada colonia representaba
un cultivo axénico o puro. Posteriormente, Koch ideó caldos nutritivos más uniformes y
reproducibles solidificados con gelatina y más tarde agar. Actualmente el agar es el agente
solidificante más usado en los laboratorios de microbiología para obtener y mantener cultivos puros
de microorganismos.
Sin embargo, el mayor logro de Koch y que lo hizo merecedor del premio Nobel de fisiología y
medicina en 1905, está relacionado con la tuberculosis. Cuando Koch comenzó este estudio (1881),
una de cada siete muertes en humanos era debida a la tuberculosis. Sin embargo, no se conocía el
organismo responsable de la enfermedad. Por lo tanto, en primer lugar, el objetivo de Koch fue
detectar el agente causante de la enfermedad y para ello empleó todos los métodos que había
desarrollado previamente: microscopía, tinción de tejidos, aislamiento en cultivo puro e inoculación
en animales. Sin embargo, el microorganismo causante de la enfermedad Mycobacterium
tuberculosis, es difícil de teñir debido a que posee grandes cantidades de lípidos en su superficie.
Por lo cual Koch diseño un procedimiento de tinción que utilizaba azul de metileno para teñir el
microorganismo y un segundo colorante, marrón Bismark para teñir sólo el tejido. El método de
Koch fue el precursor de la tinción de Ziehl-Nielsen usada actualmente para teñir bacterias ácido-
alcohol resistentes como Mycobacterium tuberculosis. Sin embargo, Koch era consciente de que
identificar un microorganismo asociado a la tuberculosis no bastaba, debía cultivar el
microorganismo para demostrar que era la causa específica de la enfermedad.
Desde mediados del siglo XX, un área de investigación básica que se desarrolló rápidamente fue la
genética bacteriana que, junto a la bioquímica y la fisiología, permitieron obtener un avanzado
conocimiento del DNA, RNA y síntesis proteica. Posteriormente, fue posible introducir DNA de
origen exógeno en bacterias y controlar su replicación y características, lo cual dio paso a la
aparición de la biotecnología. Actualmente es posible secuenciar con rapidez los genomas
completos de microorganismos, permitiendo lograr avances en medicina, ecología microbiana,
microbiología industrial y muchas otras áreas relacionadas.
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2 Estructura y funciones de las células
2.1 Microscopía
2.1.1 Microscopía óptica
Se utilizan en la actualidad varios tipos de microscopios ópticos: de campo claro, contraste de fases,
campo oscuro y fluorescencia. El microscopio de campo claro es el que generalmente se emplea y
se compone de dos series de lentes (lentes del objetivo y lentes del ocular) que funcionan
conjuntamente para producir la imagen. Con este tipo de microscopio las muestras se visualizan
gracias a las diferencias de contraste entre ellas y el medio que las rodea. Las diferencias de
contraste se producen porque las células absorben o dispersan la luz en diferentes grados (Figura
2.1 (a).
Muchas células bacterianas son difíciles de observar con el microscopio de campo claro debido a
su falta de contraste con el entorno, para ello se utilizan colorantes para teñir las células y aumentar
así su contraste facilitando su observación. Los colorantes son compuestos orgánicos y cada tipo
de colorante tiene afinidad por determinados componentes celulares. Existen colorantes catiónicos
(cargados positivamente), los cuales se combinan fuertemente con constituyentes celulares
cargados negativamente, como los ácidos nucleicos y los polisacáridos ácidos. Entre los colorantes
catiónicos se pueden citar el azul de metileno, el cristal violeta y la safranina.
Las tinciones más simples se realizan sobre preparaciones previamente secadas (Figura 2.2).
Sobre un portaobjeto con una suspensión de microorganismos previamente secada y fijada, se
derrama una pequeña cantidad de una solución diluida de colorante y se mantiene el contacto
durante uno o dos minutos; a continuación, se lava varias veces con agua y se seca.
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Figura 2.2: Tinción de células para observación microscópica.
Además, existen las tinciones diferenciales, las cuales no tiñen del mismo modo todos los tipos de
células. Una ampliamente usada en bacteriología es la denominada tinción de Gram, dependiendo
del resultado de esta tinción, las bacterias pueden dividirse en dos grandes grupos, Gram positivas
y Gram negativas. Las bacterias Gram positivas aparecen de color morado mientras que las Gram
negativas presentan color rojo, estas diferencias se deben a la estructura de la pared celular, de tal
modo que el alcohol es capaz de decolorar las células Gram negativas, pero no las Gram positivas
(Figura 2.3).
Los anteriores microscopios estudiados sólo entregan imágenes bidimensionales, sin embargo,
existen formas de microscopia óptica en que se obtienen imágenes tridimensionales, entre los que
se encuentran: de contraste de interferencia diferencial, fuerza atómica y confocal.
La microscopía de contraste de interferencia diferencial emplea una fuente de luz polarizada, la cual
pasa través de un prisma que genera dos haces diferentes de luz que atraviesan la muestra y entran
en la lente del objetivo. Aquí los dos rayos de luz se combinan y debido a pequeñas diferencias en
el índice de refracción de las sustancias que cada rayo ha atravesado, los dos rayos combinados
no están en la misma fase, lo que crea como resultado un efecto de interferencia. Este efecto
intensifica diferencias muy sutiles de la estructura celular, como son el núcleo de células
eucarióticas, esporas, vacuolas, las cuales adquieren una apariencia tridimensional.
En la microscopía de fuerza atómica se sitúa una fina aguja como sonda muy próxima a la muestra
que se va a analizar, de tal modo que se establecen fuerzas atómicas débiles de repulsión entre la
sonda y la muestra. Por lo que cuando la muestra se recorre tanto en dirección vertical como
horizontal, la sonda reproduce los valles y las colinas de la muestra registrando las interacciones
con la superficie. Estas señales se registran en una serie de detectores que generan información
digital a una computadora, la cual reproduce la imagen. Este tipo de microscopía no requiere de
fijación ni inclusión, lo que permite la observación de muestras vivas e hidratadas.
Cuando en una muestra sólo se pretende estudiar las estructuras externas de un organismo se
pueden observar las células intactas o de los componentes celulares de modo directo por MET o
se puede utilizar el microscopio electrónico de barrido (MEB). Para este último se requiere que la
muestra se recubra con una capa final de un metal pesado, como el oro. El haz de electrones del
MEB barre la superficie de la muestra y los electrones desviados por la capa de metal son recogidos
y proyectados sobre una pantalla para reproducir una imagen. Todos los microscopios electrónicos
incorporan cámaras que permiten fotografiar las muestras. Este tipo de fotografía se denominan
micrografías electrónicas.
Varios grupos de bacterias pueden ser inmediatamente reconocidas gracias a sus formas
peculiares. Por ejemplo, las espiroquetas son bacterias con forma de sacacorchos, las bacterias
con apéndices, que presentan protuberancias celulares en forma de largos tubos o tallos, o las
bacterias filamentosas que forman células largas y delgadas o cadenas de células.
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Figura 2.4: Formas celulares representativas de diferentes morfologías en procariotas.
Con respecto al tamaño de las células microbianas, los procariotas presentan tamaños que van
desde 0,1-0,2 m a más de 50 m de diámetro (un m es la millonésima parte de un metro). Las
dimensiones de un procariota de tipo medio, como la bacteria Escherichia coli, son de 1 x 3 m (un
bacilo, diámetro y largo). A efectos comparativos, una célula eucariótica típica puede variar de 2 a
más de 200 m de diámetro. Por tanto, la mayoría de los procariotas son mucho más pequeños que
los eucariotas y el tamaño pequeño de los procariotas determina algunas de sus propiedades
biológicas, como es la velocidad con la que los nutrientes entran al interior de la célula y las
sustancias de desecho salen al exterior de la misma, lo que constituye un factor clave porque influye
en los ritmos metabólicos celulares y en la velocidad de crecimiento, que es en general
inversamente proporcional al tamaño celular.
La membrana citoplasmática es una estructura fina que rodea completamente la célula, esta
constituye la barrera que separa el interior de las células (el citoplasma) del exterior, actuando como
una barrera muy selectiva que permite que en el interior de la célula se concentren determinados
metabolitos y se excreten las sustancias de desecho.
La estructura general de la mayoría de las membranas biológicas es una bicapa lipídica. Los
fosfolípidos poseen una región altamente hidrofóbica (ácidos grasos) y una región relativamente
hidrofílica (glicerol) y pueden presentarse en múltiples formas químicas distintas debido a la
variación en la composición de ácidos grasos y de los compuestos fosforilados que se unen al
esqueleto de glicerol. Cuando los fosfolípidos se agregan en soluciones acuosas tienden a formar
bicapas de manera espontánea; los ácidos grasos se orientan hacia el interior, manteniéndose en
un ambiente hidrofóbico, mientras que las porciones hidrofílicas son las expuestas a la fase acuosa.
La estructura de bicapa en la membrana representa probablemente la organización más estable
que pueden alcanzar las moléculas lipídicas en un entorno acuoso.
La unidad de membrana consta de una bicapa de fosfolípidos en la que existen proteínas embebidas
(Figura 2.5). Las principales proteínas de membranas poseen una región altamente hidrofóbica que
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interacciona con las zonas apolares de los ácidos grasos y que atraviesan las membranas
presentando regiones superficiales tanto en el exterior como en el interior de la célula. La estructura
global de la membrana citoplasmática se estabiliza mediante puentes de hidrógeno e interacciones
hidrofóbicas. Además, algunos cationes como el Ca2+ y le Mg2+ también contribuyen a la
estabilización de la membrana a través de interacciones iónicas con los grupos polares de carga
negativa presentes en los fosfolípidos.
Figura 2.5: Diagrama de la estructura de la membrana citoplasmática; la superficie interna se orienta hacia
el citoplasma y la externa hacia el ambiente.
En resumen, se considera a las membranas como un mosaico fluido en el que existen proteínas
con orientaciones específicas que atraviesan la bicapa lipídica y presenta una estricta organización
y elevada movilidad. Sin embargo, en el caso de membranas de eucariotas, estás poseen esteroles.
Los esteroles son moléculas rígidas y planas, mientras que los ácidos grasos son flexibles, por lo
que la asociación de los esteroles con las membranas favorece su estabilización, pero las hace
menos flexibles. Por otra parte, los hopanoides son sustancias similares a los esteroles que están
presentes en muchas bacterias, cumpliendo un papel parecido al de los esteroles en las membranas
de los eucariotas.
Las células muy rara vez recurren a la difusión como sistema de transporte de nutrientes. En este
proceso, una molécula difunde a través de la membrana plasmática a favor de su gradiente
(diferencia) de concentración. Sin embargo, los microorganismos habitan en ambientes en los que
las moléculas útiles, como azúcares o fuentes de nitrógeno y otros nutrientes, se encuentran en
muy bajas concentraciones. Para llevar a cabo las reacciones intracelulares que permiten vivir al
microorganismo, las concentraciones de estos sustratos en el interior de la célula deben ser mucho
más altas que las que se encuentran en el hábitat, este es el trabajo de los transportadores.
22
Existen al menos tres clases de sistemas de trasporte, aquellos que implican solamente una
proteína transmembranal (transporte simple), aquellos que comprenden una proteína
transmembranal más un componente periplásmico de unión (translocación de grupo) y, finalmente
aquellos que implican una serie de proteínas que cooperan en el proceso del transporte
(transportador ABC, Figura 2.6). Todos estos sistemas requieren energía, bien sea en forma de
fuerza motriz de protones, de ATP o de algún compuesto de alta energía.
23
Figura 2.7: Estructura de los transportadores transmembranales y tipos de procesos de transporte. En los
casos de transporte de tipo antiporte y simporte, la molécula co-transportada se indica en amarillo.
En el caso de bacterias Gram negativas, estas presentan un espacio llamado periplasma entre la
membrana citoplasmática y una membrana externa rica en lípidos. El periplasma contiene diversas
proteínas, muchas de las cuales funcionan en sistemas de transporte y se denominan proteínas
periplásmicas de unión. El tipo de transporte se denomina sistema de transporte ABC. En este tipo
de transporte, la proteína periplásmica de unión tiene una elevada afinidad por el sustrato, la
proteína transmembranal forma el canal de transporte y la proteína citoplásmica que hidroliza el
ATP suministra la energía requerida para el proceso.
La pared celular es una capa resistente, y no rígida porque soporta las fuerzas osmóticas y el
crecimiento, que se localiza en el exterior de la membrana plasmática en las células. En la pared
celular de bacteria hay una capa rígida que es la responsable de la resistencia de la pared celular.
Esta capa rígida tiene una composición muy similar tanto en bacteria Gram positivas como en Gram
negativas, se denomina capa de peptidoglicano (o mureína) y está formada de finas láminas
compuestas por dos derivados de azúcares: N-acetil-glucosamina y ácido N-acetilmurámico, y un
pequeño grupo de aminoácidos. Estos componentes se unen entre sí para formar una estructura
repetitiva que se denomina tetrapéptido del glicano.
La estructura básica del peptidoglicano está constituida por una lámina en la que las cadenas de
derivados de azúcares se conectan entre sí por puentes peptídicos a través de los aminoácidos.
Los enlaces glicosídicos que unen los azúcares en las cadenas son muy fuertes, pero las cadenas
por sí solas no pueden conferir rigidez en todas las direcciones, por lo que cuando las cadenas se
entrecruzan mediante puentes peptídicos se logra la rigidez característica de la pared.
La morfología de las paredes celulares es muy distinta en las células Gram positivas y Gram
negativas, como se observa en la Figura 2.8. En bacterias Gram positivas, el peptidoglicano
representa hasta el 90% de la pared y en pequeñas cantidades suelen estar presentes los ácidos
teicoicos. Mientras que en bacterias Gram negativas, el peptidoglicano constituye alrededor del 10%
de pared, estando constituido el resto por una membrana externa. Sin embargo, tanto en Gram
24
positivas como en Gram negativas se cree que la forma de la bacteria viene determinada por la
longitud de las cadenas de peptidoglicano, y por el número y tipo de puentes establecidos entre las
cadenas.
Figura 2.8: Paredes celulares de bacteria (a,b) Diagramas esquemáticos de paredes celulares Gram
positivas y Gram negativas (c,d) Micrografías electrónicas de la pared de bacterias Gram positivas y Gram
negativas.
Se conocen más de 100 tipos distintos de peptidoglicano cuyas variaciones más importantes se
refieren a los puentes interpeptídicos. Cualquier aminoácido presente en el tetrapéptido también
puede presentarse en el puente, pero además otros aminoácidos como glicina, serina, treonina y
ácido aspártico pueden también estar presentes. No obstante, hay ciertos aminoácidos que nunca
se presentan en los puentes interpeptídicos: ni aminoácidos ramificados, ni arómaticos, ni
azufrados, ni histidina, arginina o prolina. Si bien se puede afirmar que la química exacta del
peptidoglicano puede variar, la forma estructural del peptidoglicano es la misma en todos los casos:
la N-acetilglucosamina y el ácido N-acetilmurámico se unen entre sí a través de aminoácidos.
El peptidoglicano sólo se presenta en el dominio bacteria, ya que entre los constituyentes de las
paredes de arqueas y eucariotas no se ha encontrado el ácido N-acetilmurámico ni el aminoácido
diaminopimélico. Algunas arqueas presentan paredes celulares que contienen un polisacárido
similar al peptidoglicano, denominado pseudopeptidoglicano. Este está formado por unidades
alternativas de N-acetilgucosamina y ácido N-acetiltalosaminurónico. Sin embargo, el tipo de pared
que se ha encontrado en la mayoría de los grupos de arqueas es la capa superficial paracristalina
(Capa S) que está compuesta por glicoproteína o proteína dispuesta en simetría hexagonal. Algunas
especies del dominio bacteria también presentan Capa S en sus superficies más externas.
Además del peptidoglicano, las bacterias Gram negativas poseen en su pared una capa adicional
que está compuesta de lipopolisacárido (LPS). La estructura del lipopolisacárido consta de dos
porciones: el núcleo del lipopolisacárido y el polisacárido O (Figura 2.9). El núcleo del polisacárido
está compuesto por cetodesoxioctonato (KDO), azúcares de siete carbonos (heptosas), glucosa,
galactosa y N-acetilglucosamina. El polisacárido O está unido al núcleo y consta generalmente de
galactosa, glucosa, ramnosa y manosa (hexosas) así como uno o más dideoxiazúcares poco
25
frecuentes como abecuosa, colitosa, paratosa o tivelosa. La parte lipídica del lipopolisacárido,
conocida como lípido A, en el cual los ácidos grasos se unen por un enlace amino éster a un
disacárido compuesto de N-acetilglucosamina-fosfato. Este disacárido se une al núcleo del
polisacárido a través del KDO. Los ácidos grasos que normalmente se encuentran en el lípido A
son el ácido caproico, laúrico, mirístico, palmítico y esteárico. El LPS se asocia con varias proteínas
formando la mitad externa de la unidad de membrana. Mientras que la porción interna de la
membrana se encuentra una pequeña proteína que funciona como una especie de anclaje entre la
membrana externa y el peptidoglicano, la cual se denomina lipoproteína compleja.
Figura 2.9: Estructura del lipopolisacárido de bacterias Gram negativas. Polisacárido O varía siempre entre
las especies. KDO; cetodesoxioctonato; Hep, heptosa; Glu, glucosa; Gal, galactosa; GluNac,
N-acetilglucosamina; GlcN, glucosamina y P, fosfato.
2.2.5 Movilidad
Muchas procariotas son móviles y esta capacidad de movimiento independiente se debe con
frecuencia a una estructura especial, el flagelo. Sin embargo, algunas bacterias se desplazan a lo
largo de superficies sólidos por deslizamiento y otros microorganismos acuáticos son capaces de
controlar su posición en el agua mediante unas estructuras llenas de gas denominadas vesículas
de gas.
Los flagelos bacterianos son apéndices largos y finos que se encuentran libres por un extremo y
unidos a la célula por el otro. La disposición de los flagelos varía según las bacterias. En la
flagelación polar, los flagelos se localizan en uno o ambos extremos de la célula. En la flagelación
perítrica, los flagelos se distribuyen por varios lugares de la superficie celular. Estos últimos se
mueven por lo general en línea recta de manera lenta y continuada, por el contrario, los que
presentan flagelos polares, se mueven más rápidamente y dan giros periódicos.
La forma de los flagelos no es recta sino helicoidal. La estructura flagelar básica consiste en el
filamento del flagelo bacteriano, el cual está compuesto de subunidades de una proteína llamada
flagelina. La forma y la longitud de onda de un flagelo están determinadas en parte por la estructura
de la flagelina, y también en parte por la dirección de la rotación del filamento. La base del flagelo
presenta una estructura diferente a la del filamento, en ella existe una región más ancha que se
llama gancho que consta de un tipo único de proteína y su función es unir el filamento a la parte
26
motora del flagelo. El motor del flagelo está anclado en la membrana citoplasmática y en la pared
celular y está constituido por un eje central que atraviesa un sistema de anillos. En bacterias Gram
negativas, existe un anillo externo que está anclado en la capa de peptidoglicano de la pared celular
y un anillo interno situado en la membrana citoplasmática. En las bacterias Gram positivas, como
carecen de la capa externa de lipopolisacárido, sólo existe el par de anillos internos. Alrededor del
anillo interno y anclado también en la membrana citoplasmática se encuentra un par de proteínas
denominadas Mot. Estas proteínas controlan realmente el motor flagelar provocando la rotación del
filamento. Finalmente, otro conjunto de proteínas denominadas Fli funcionan con un conmutador
del motor, invirtiendo la rotación del flagelo en respuesta a señales intracelulares (Figura 2.10).
Figura 2.10: Estructura del flagelo procariota y su unión a la pared celular y a la membrana en una bacteria
Gram negativa.
La síntesis del flagelo comienza con el ensamblaje del anillo MS en la membrana citoplasmática,
seguida de la formación de los otros anillos P y L, el gancho y la proteína terminal (cap). El anillo L
se inserta en la capa de LPS y el anillo P en el peptidoglicano. Las moléculas de flagelina se
sintetizan en el citoplasma y pasan a través de un canal situado en el interior del filamento hasta
situarse por aposición en su extremo. En el extremo de un flagelo en crecimiento existe la proteína
cap, que ayuda a las moléculas de flagelina que difunden por el canal interior a distribuirse de forma
organizada en el extremo terminal, mientras se forma la nueva porción del filamento. El crecimiento
del flagelo ocurre de modo continuo hasta que se alcanza su longitud final. Los flagelos rotos son
todavía capaces de rotar y pueden ser reparados por nuevas unidades de flagelina que llegan a
través del canal del filamento para reemplazar las unidades proteicas perdidas.
27
La movilidad por deslizamiento se presenta con frecuencia en el dominio bacteria, es
considerablemente más lento que el proporcionado por flagelos. Los procariotas que se mueven
por deslizamiento suelen ser células filamentosas o bacilares y el proceso requiere que exista
contacto entre las células y una superficie sólida. Existen diferentes mecanismos que permiten el
deslizamiento de bacterias. Por ejemplo, en cianobacterias, las células secretan un polisacárido
mucoso sobre la superficie externa de la célula a medida que se deslizan. En el caso de bacterias
no fotótrofas, existen proteínas específicas ancladas en la membrana citoplasmática y en la
membrana externa que impulsan a la célula hacia delante por un mecanismo del tipo cadena
continua, con el gasto de energía liberada por la fuerza motriz de protones.
La quimiotaxis es la respuesta a agentes químicos, es decir las bacterias son capaces de responder
por medio de su movimiento al gradiente químico temporal. El modo mediante el cual una bacteria
emplea los cambios temporales de concentración química para controlar la rotación del flagelo
requiere de proteínas sensoras que se sitúan en la membrana y que se denominan
quimiorreceptores, capaces de captar el gradiente químico en función del tiempo y de interactuar
con proteínas citoplasmáticas que condicionan la dirección de giro del motor flagelar.
Otras taxias presentes en bacterias son por ejemplo aerotaxia, movimiento de acercamiento o
alejamiento al oxígeno y osmotaxis, aproximación o huida de condiciones ambientales de elevada
fuerza iónica.
Además de las paredes celulares y de las capas de superficie relacionadas, algunas procariotas
tienen otras capas más externas que contactan con el medio. Dentro de estas estructuras
producidas por algunas clases de procariotas se encuentras las fimbrias y los pelos, las cuales
presentan una estructura similar al de los flagelos, pero no confieren movilidad. Las fimbrias son
considerablemente más cortas que los flagelos y mucho más numerosas. Existen evidencias que
en algunos organismos las fimbrias favorecen la fijación a las superficies o bien a la formación de
películas sobre superficies líquidas. A su vez, los pelos o pili son estructuralmente similares a las
fimbrias, pero por lo general son más largos y solamente existen unos pocos sobre la superficie de
las células. Los pelos contribuyen a la fijación de bacterias patógenas a los tejidos humanos y
también participan en el proceso de la conjugación.
28
Por otra parte, algunos organismos procarióticos secretan en su superficie materiales viscosos y
pegajosos. Glicocálix se define como el material polisacarídico que se extiende alrededor de la
célula. La composición de esta capa varía en los diferentes organismos y puede ser gruesa o fina,
rígida o flexible. Las capas rígidas se organizan como una matriz impermeable que excluye algunas
partículas, denominándose cápsula. Si el glicocálix se deforma fácilmente, no excluye partículas y
es más difícil de visualizar, se denomina capa mucosa.
El glicocálix desempeña varias funciones en las bacterias, por ejemplo, en la adherencia o fijación
de algunos microorganismos patógenos a sus hospedadores y contribuye a la resistencia a la
desecación por su capacidad de retención de agua. Además, bacterias con cápsula resisten mejor
la acción de las células fagocitarias del sistema inmunitario.
Por último, en el interior celular a menudo se observan gránulos y otras inclusiones, en general su
función es almacenar energía o actuar como reserva de los precursores estructurales necesarios
para la síntesis de las macromoléculas. Una de las inclusiones más comunes entre los procariotas
consta de poli--hidroxialkanoatos (PHA), que corresponde a polímeros que pueden actuar como
reserva de carbono y energía. Otro producto de reserva es el glucógeno, un polímero de glucosa,
que también corresponde a un depósito de carbono y energía que se acumula cuando la fuente de
carbono está en exceso en el medio.
Las vesículas de gas representan una forma de movilidad que permite que las células floten dentro
del agua a diferentes alturas, en función de los factores microambientales. Las vesículas de gas
son estructuras fusiformes, huecas pero rígidas, de longitud y diámetro variable. GvpA es la proteína
estructural y constituye hasta el 97% de la proteína total de la vesícula. Existe una segunda proteína
denominada GvpC, es minoritaria y su función es reforzar la vesícula de gas. La membrana de las
vesículas de gas es permeable a los gases y en organismos acuáticos fototrofos, las vesículas les
permiten ajustar verticalmente su posición a regiones donde la intensidad de luz sea óptima para la
fotosíntesis.
2.2.9 Endosporas
Las endosporas son células diferenciadas resistentes al calor, desecación, radiación, los ácidos y
los desinfectantes químicos, y pueden permanecer en un estado de latencia durante períodos de
tiempo muy largos. La estructura de las endosporas es mucho más compleja que el de la célula
vegetativa y presenta variadas capas superficiales. La capa más externa es el exosporio, una fina
y delicada cubierta de naturaleza proteica. Por debajo de ésta se encuentra la cubierta de la espora,
que se compone de varias capas de proteínas específicas de la espora. Por debajo de la cubierta
de la espora se localiza el córtex, que es una capa de peptidoglicano. Internamente y por debajo
del córtex se presenta el núcleo o protoplasto de la espora, que contiene la pared celular normal, la
membrana citoplasmática, el citoplasma, el nucleoide, etc. Un compuesto químico característico de
las endosporas, ausente en las células vegetativas, es el ácido dipicolínico, el cual se localiza en el
núcleo de la espora y este junto con iones calcio forman los complejos de dipicolinato cálcico.
29
El núcleo de una endospora a diferencia de una célula vegetativa, presenta además de un
abundante contenido de dipicolinato cálcico, se presenta en un estado parcialmente deshidratado y
contiene sólo el 10-30% del agua de la célula vegetativa. La deshidratación aumenta la
termorresistencia de la endospora y al mismo tiempo le confiere resistencia frente a sustancias
químicas y hace que las enzimas estén inactivas.
Figura 2.11: Germinación de la endospora en Bacillus; conversión de una célula madura (a) a una célula
vegetativa (d). Las micrografías muestran la secuencia de procesos que se inician con la espora refringente.
En la activación (b) se pierde la refractibilidad, mientras que en (c) y (d) se aprecia la emergencia de la
nueva célula vegetativa (crecimiento).
La activación se realiza fácilmente por el calentamiento de las endosporas recién formadas, durante
varios minutos a una temperatura subletal pero elevada. Las endosporas activadas quedan
condicionadas a germinar cuando se colocan en presencia de los nutrientes adecuados. La
germinación es un proceso rápido y supone la pérdida de refringencia de la espora. En esta etapa
ocurre la desaparición del dipicolinato cálcico, los componentes del córtex y se degradan las SASPs.
La siguiente fase, el crecimiento, se caracteriza por un aumento de volumen de la célula debido a
una acumulación de agua y por síntesis de novo de RNA, proteínas y DNA. Finalmente, la célula
emerge una vez rota la cubierta de la endospora y se divide. La célula continúa luego en crecimiento
vegetativo hasta que nuevamente detecta señales ambientales que ponen en marcha la
esporulación.
30
3 Metabolismo microbiano y bioquímica básica
3.1 Metabolismo microbiano
Las bacterias se encuentran en casi todos los ambientes e intervienen en varios procesos
biológicos. El crecimiento microbiano requiere la formación de estructuras complejas como
proteínas, ácidos nucleicos, polisacáridos y lípidos a partir de elementos preformados en el medio
de crecimiento o ser sintetizados por la propia célula, a su vez, este crecimiento necesita de una
fuente de energía para ser llevado a efecto, todo este proceso se designa con el nombre de
metabolismo, que se define como todas las transformaciones químicas que ocurren en una célula.
Otra parte importante del metabolismo es la de transformar y conservar la energía que está
contenida en una reacción química en algún proceso que requiera de energía, como puede ser el
trabajo o el movimiento (Figura 3.1). Entonces, el metabolismo es la suma de las transformaciones
químicas (reacciones) que ocurren en la célula. Puede dividirse en dos categorías: rutas
generadoras de energía o degradativas (catabolismo) y rutas consumidoras de energía o
biosintéticas (anabolismo).
Figura 3.1. Una Visión Simplificada del Metabolismo Celular. Fuente: (M.T. Madigan, J.M. Martinko y J.
Parker., 2002).
Es evidente que los nutrientes son transformados cuando entran en un organismo, ya que en ningún
caso el alimento contiene todas las moléculas que una célula requiere. Por ejemplo, se conoce que
las transformaciones que sufre la glucosa, una de las azucares más comunes en la naturaleza, no
ocurren en un solo paso, sino que, por el contrario, se forman varios productos intermedios que en
muchas ocasiones no tienen una función específica a no ser la de formar parte de lo que se conoce
como vía metabólica (veremos este proceso conocido como glicólisis en este capítulo). La
transformación de los nutrientes en compuestos útiles para la subsistencia de un organismo se lleva
a cabo por medio de las reacciones químicas que realizan unas proteínas conocidas como enzimas.
El término metabolismo se refiere al conjunto de reacciones químicas que tiene lugar en la célula,
y tiene tres funciones específicas a saber:
Obtener energía química del entorno, almacenarla, para utilizar luego en diferentes
funciones celulares.
Convertir los nutrientes exógenos en unidades precursoras de los componentes
macromoleculares de la célula bacteriana.
Formar y degradar moléculas necesarias para funciones celulares específicas, como por
ejemplo, movilidad y captación de nutrientes.
31
La energía liberada en las reacciones catabólicas se usa para fosforilar ADP, generando ATP, lo
que como veremos permite la acumulación temporal de energía. Por lo tanto, el ATP acopla los
procesos productores de energía de la célula a los consumidores de energía (Figura 3.2). Todos los
procesos que ocurren en la célula o bacteria requieren de energía. Esta energía está almacenada
como moléculas de ATP, que se forma a partir de ADP y fosfato inorgánico.
La biosíntesis es un proceso que requiere energía, por lo tanto, las bacterias deben ser capaces de
obtenerla de su entorno para crecer y, eventualmente, multiplicarse. El conjunto de reacciones
degradativas de los nutrientes para obtener energía o para convertirlos en unidades se observa en
la Figura 3.3.
32
3.1.1 Nutrición microbiana
Muchos procariotas necesitan algún tipo de compuesto orgánico como fuente de carbono. Los
estudios nutricionales han demostrado que las bacterias pueden asimilar varios compuestos
orgánicos carbonados y usarlos para hacer nuevo material celular. Los aminoácidos, los ácidos
grasos, los ácidos orgánicos, los azúcares, las bases nitrogenadas, los compuestos aromáticos y
otros compuestos orgánicos pueden ser utilizados como fuentes de carbono. Algunos procariotas
son autótrofos, capaces de construir todas sus estructuras orgánicas a partir del dióxido de carbono
con la energía obtenida de la luz o de compuestos inorgánicos. En peso seco, una célula típica
contiene 50% de carbono; el carbono es el principal elemento de todas las clases de
macromoléculas.
Después del carbono, el siguiente elemento más abundante en la célula es el nitrógeno. En una
bacteria típica alrededor del 12% de su peso seco es nitrógeno, este elemento es importante en las
proteínas, en los ácidos nucleicos y en otros constituyentes celulares. En la naturaleza, el nitrógeno
se presenta en forma inorgánica y orgánica. Sin embargo, la mayor parte del nitrógeno natural
disponible está en forma inorgánica, como amoniaco (NH3), nitratos (NO3-) o N2. La mayoría de las
bacterias son capaces de usar amoníaco como única fuente de nitrógeno y otras muchas pueden
usar nitratos. El nitrógeno gaseoso (N2) puede ser usado como fuente de nitrógeno por algunas
bacterias fijadoras de nitrógeno, como aquellas pertenecientes al género Azotobacter.
El potasio es necesario en todos los organismos. Una gran diversidad de enzimas lo requieren
específicamente. El magnesio funciona como estabilizador de los ribosomas, las membranas
celulares y los ácidos nucleicos, y también se necesita para la actividad de muchas enzimas. El
calcio no es un nutriente esencial para el crecimiento de muchos microorganismos, pero se utiliza
para estabilizar la pared celular bacteriana y tiene una función importante en la termorresistencia
de las endosporas. El sodio es requerido por algunos microorganismos, por ejemplo, el agua de
mar tiene un elevado contenido de sodio y los microorganismos marinos normalmente lo requieren
para su crecimiento.
33
El hierro es fundamental en la respiración celular y es también un elemento clave para los
citocromos y para las proteínas que contienen hierro y azufre implicadas en el transporte de
electrones.
Los micronutrientes son metales, muchos de los cuales tienen una función estructural en varias
enzimas. Entre ellos podemos destacar el cobre que es utilizado en la respiración, citocromo c
oxidasa, en fotosíntesis, plastocianina y en algunas superóxido dismutasas. El manganeso es
activador de muchas enzimas, presentes en algunas superóxidos dismutasas y en la enzima que
rompe la molécula de agua en fotótrofos oxigénicos y el zinc es requerido para la función celular de
la anhidrasa carbónica, alcohol deshidrogenasa, RNA y DNA polimerasas y muchas proteínas que
se unen al DNA.
Por otra parte, los factores de crecimiento son compuestos orgánicos que como los micronutrientes
se necesitan en muy pequeñas cantidades y sólo por algunas células. Los factores de crecimiento
son vitaminas, aminoácidos, purinas y pirimidinas. Aunque la mayoría de los microorganismos son
capaces de sintetizas estos compuestos, en algunos casos es necesario suministrarlos en el medio
de cultivo. Las vitaminas son los factores de crecimiento que se necesitan con mayor frecuencia.
Las principales vitaminas requeridas por los microorganismos son tiamina (vitamina B1), biotina y
piridoxina (vitamina B6).
Los medios de cultivo son las soluciones nutritivas que se usan en el laboratorio para el cultivo de
los microorganismos. En microbiología, se usan dos tipos generales de medio de cultivo: los
químicamente definidos y los complejos (no definidos). Los medios definidos se preparan
añadiendo cantidades precisas de compuestos orgánicos e inorgánicos purificados a un volumen
de agua destilada. Por tanto, se sabe la composición química exacta de un medio definido. A
menudo, los medios complejos emplean hidrolizados de caseína (la proteína de la leche), carne,
soya, levaduras u otras sustancias muy nutritivas. Tales hidrolizados están disponibles
comercialmente en forma de polvo y puede ser pesados con facilidad y disueltos en agua destilada
para preparar un medio.
Una vez que se ha preparado un medio de cultivo puede ser inoculado (es decir, se le añaden
organismos) y a continuación incubado en condiciones que favorezcan el crecimiento microbiano.
En general, se tratará del crecimiento de un cultivo axénico o puro, es decir un cultivo que contiene
sólo un tipo de microorganismos. Para mantener un cultivo axénico es esencial evitar la entrada en
él de otros organismos ubicuos no deseados, llamados contaminantes. Un método importante para
obtener cultivos axénicos es el cultivo de microorganismos en medio sólido en placas de Petri.
Los medios sólidos inmovilizan a las células, permitiéndoles crecer y formar masas aisladas visibles
llamadas colonias. Las colonias bacterianas pueden ser de forma y tamaño variable dependiendo
del organismo, las condiciones del cultivo, el suministro de nutrientes, como la cantidad de oxígeno
y otros parámetros fisiológicos. Los medios sólidos se preparan igual que los líquidos salvo que se
les añade agar como agente gelificante.
34
3.2 Energía y enzimas
Independiente de la existencia de diferentes tipos de microorganismos en función de su fuente de
energía: quimiorganotrofos (obtienen energía a partir de compuestos orgánicos), quimiolitotroficos
(obtienen energía a partir de compuestos inorgánicos) y fotótrofos (contienen pigmentos que les
permite usar la luz como fuente de energía), todo microorganismo debe ser capaz de obtener
energía de compuestos de químicos o de la luz y conservar la energía como ATP.
La energía se define como la capacidad de realizar un trabajo. A su vez, la energía liberada que es
utilizable para realizar un trabajo, se denomina energía libre. El cambio en energía libre durante una
reacción se expresa como Gº’. Los índices cero y apóstrofe indican que un valor dado de energía
libre ha sido obtenido bajo condiciones estándar o habituales. Si Gº’ es negativo, significa que la
reacción ocurre espontáneamente con liberación de energía; energía que la célula será capaz de
conservar en forma de ATP, tales reacciones se llaman exotérmicas. Sin embargo, si Gº’ es
positiva, la reacción requiere energía y estas reacciones se denominan endotérmicas.
Para calcular la energía libre que produce una reacción es necesario saber la energía libre de los
reaccionantes y de los productos. Esta es la energía libre de formación, es decir, la energía liberada
o requerida para la formación de una molécula determinada a partir de sus elementos
constituyentes. Por convenio, el valor de la energía libre de formación (Gºf) para los elementos
(como el C, H2, N2) es cero. Si la formación de un compuesto a partir de sus elementos es
exotérmica, entonces la energía libre de formación de ese compuesto es negativa (se libera
energía), mientras que si la reacción es endotérmica (requiere energía) la energía libre de formación
del compuesto es positiva.
La energía libre nos indica sólo si en una determinada reacción se libera o se requiere energía, pero
no nos indica nada acerca de la velocidad de la reacción. Esta última se relaciona a la energía de
activación, que corresponde a la cantidad de energía que se necesita para llevar todas las moléculas
de una reacción química a un estado reactivo.
35
Figura 3.4: Desarrollo de una hipotética reacción exotérmica: A+BC+D y concepto de energía de
activación. Las reacciones químicas pueden no ocurrir espontáneamente incluso aunque liberen energía, ya
que los reactivos deben activarse previamente. Una vez que la activación tiene lugar, la reacción ocurre
espontáneamente. Los catalizadores, tal como las enzimas, rebajan la energía de activación requerida.
Los catalizadores de las reacciones biológicas son proteínas llamadas enzimas. Las enzimas son
muy específicas para las reacciones que catalizan, es decir, cada enzima cataliza solamente un
único tipo de reacción química o en el caso de algunas enzimas, una clase de reacciones
estrechamente relacionadas. Esta especificidad se debe a la estructura tridimensional de la
molécula de la enzima. En una reacción catalizada enzimáticamente, la enzima se combina
temporalmente con el reaccionante que se denomina sustrato (S) de la enzima, para formar un
complejo enzima-sustrato (E-S). Luego, cuando ocurre la reacción, el producto (P) se libera y la
enzima (E) vuelve a su estado original.
Por lo general, la enzima es mucho más grande que el sustrato y la combinación E-S suele depender
de enlaces débiles tales como puentes de hidrógeno, fuerzas de van der Waals e interacciones
hidrofóbicas. La pequeña porción de la enzima que se une al sustrato constituye el sitio activo de la
enzima. Por lo que, para catalizar una reacción específica, una enzima debe colocar el sustrato
adecuado de modo preciso para que interacciones con los grupos catalíticos del sitio activo de la
enzima.
Muchas enzimas contienen pequeñas moléculas no proteicas que participan en la función catalítica,
pero que no son considerados como sustratos. Estas moléculas son los grupos prostéticos y
coenzimas. Los grupos prostéticos se unen fuertemente a sus enzimas, por lo general de modo
permanente. Las coenzimas se unen más débilmente a las enzimas y una sola molécula de
coenzima puede unirse a diferentes enzimas a lo largo del tiempo durante el crecimiento. Las
coenzimas sirven como transportadores o intermediarios de pequeñas moléculas de una enzima a
otra. La mayor parte de las coenzimas derivan de vitaminas.
3.2.1 Oxidación-reducción
36
oxidaciones y reducciones implican frecuentemente la transferencia no sólo de electrones sino de
átomos completos de hidrógeno. Un átomo de hidrógeno consiste de un protón y un electrón,
cuando pierde su electrón, el átomo de hidrógeno se convierte en un protón (o ión hidrógeno H+).
Las sustancias varían en cuanto a su tendencia a oxidarse o reducirse. Esta tendencia se expresa
como el potencial de reducción de la sustancia. La cantidad de energía liberada en una reacción
redox depende de la naturaleza tanto del donador como del aceptor de electrones: cuanto mayor
sea la diferencia entre los respectivos potenciales de reducción, mayor será la energía liberada
cuando reaccionen entre ellos.
Existen dos tipos de transportadores de electrones: los que difunden libremente y los que están
unidos firmemente a enzimas anclados en la membrana citoplasmática. Los transportadores unidos
a membrana funcionan en las reacciones de transporte de electrones asociados a membranas (por
ejemplo, el citocromo c en la cadena transportadora de electrones en la respiración aerobia). Los
transportadores difusibles incluyen las coenzimas nicotinamida adenín dinucleótido (NAD+) y NAD-
fosfato (NADP+). NAD+ y NADP+ son transportadores de átomos de hidrógeno y transfieren dos
átomos de hidrógeno al siguiente transportador de una cadena (Figura 3.5). A pesar que NAD+ y
NADP+ tienen los mismos potenciales de reducción, generalmente funcionan en la célula en
operaciones distintas. NAD+ / NADH funciona en reacciones que generan energía (catabólicas),
mientras que NADP+ /NADPH opera fundamentalmente en reacciones de biosíntesis (anabólicas).
Figura 3.5: Estructura de la coenzima redox nicotinamida adenín dinucleótido (NAD+). En el NADP+ está
presente un grupo fosfato. NAD+ y NADP+ sufren oxido-reducción tal como se señala, difunden y son
transportadores de átomos de hidrógeno.
Se puede considerar que las reacciones de oxidación-reducción ocurren en tres fases: extracción
de los electrones del donador primario, transferencia de los electrones a través de una serie de
transportadores y captura de los electrones por el aceptor final. Cada paso está catalizado por una
enzima distinta, que se une a su sustrato y a su coenzima específica. La Figura 3.6 muestra un
diagrama esquemático sobre el funcionamiento de la coenzima NAD+ en una reacción de dos partes.
37
Una vez la coenzima ha realizado su función en una reacción, puede difundir por el citoplasma hasta
que se encuentra otra enzima que requiere esa coenzima. El proceso completo puede repetirse tras
la conversión de la coenzima a su estado original.
Figura 3.6: Esquema de una reacción oxidación-reducción que implica las formas oxidadas y reducidas de
la coenzima nicotinamida adenin dinucleótido, NAD+ y NADH.
En los organismos vivos, la energía química liberada en estas reacciones se conserva normalmente
en forma de enlaces fosfato de alta energía. Estos compuestos son los que actúan luego como la
fuente de energía que dirige las reacciones celulares que la requieren.
El compuesto más importante con fosfato de alta energía es el trifosfato de adenosina (ATP). El
ATP consta del ribonucleósido de adenosina a que se unen en serie tres moléculas de fosfato. El
ATP actúa como el transportador de energía principal en los organismos vivos y se genera en las
reacciones exotérmicas para ser usado en las reacciones endotérmicas. De la estructura del ATP,
los dos grupos fosfato del ATP presentan enlaces fosfoanhidrido y tienen altas energías libres de
hidrólisis. La energía de estos enlaces se usa por lo general en reacciones biosintéticas y otros
procesos celulares, mediante procesos cuidadosamente regulados en los que la energía liberada
en la hidrólisis del ATP se acopla a reacciones que requieren energía.
Además de compuestos de alta energía con fosfato, se producen en la célula otros compuestos que
pueden conservar la energía que se libera en reacciones exotérmicas. Por ejemplo, derivados de
coenzima A (como el acetil-CoA), los cuales contienen enlace tioéster en lugar de fosfoanhídrido y
suministran suficiente energía libre de hidrólisis como para dirigir la síntesis de un enlace fosfato de
alta energía.
38
Para el almacenamiento de la energía, las células producen polisacáridos insolubles que luego
puede oxidarse produciendo ATP, entre ellos encontramos los polímeros de poliglucosa, glucógeno,
almidón, poli-hidroxialcanoatos y azufre elemental. Estos polímeros se almacenan dentro de la
célula como grandes gránulos; que, en ausencia de una fuente de energía externa, las células
pueden oxidar y ser capaces de hacer nuevo material celular o disponer del nivel de energía de
mantenimiento, incluso cuando en el medio ambiente no se dispone de sustancias capaces de
suministrar energía.
Por otra parte, la fermentación y la respiración son procesos distintos en cuanto al mecanismo por
el que se sintetiza ATP. En la fermentación, el ATP se produce mediante un proceso llamado
fosforilación a nivel de sustrato, en el que el ATP se forma durante los pasos del catabolismo de un
compuesto orgánico. Está se diferencia de la fosforilación oxidativa que produce ATP a expensa de
la fuerza de protones (Figura 3.7). En organismos fotosintéticos, logran la síntesis del ATP mediante
fotofosforilación, cuyo mecanismo básico es similar a la fosforilación oxidativa excepto que es luz,
en lugar de un compuesto químico, la que inicia las reacciones oxidación-reducción.
39
3.3.1 Glucolisis
Figura 3.8: Ruta de Embden-Meyerhof (glucolisis), la secuencia de reacciones enzimáticas que convierten
glucosa en piruvato y luego en productos de fermentación.
En la etapa I, la glucosa es fosforilada por el ATP dando lugar a glucosa 6-fosfato, que es convertida
a continuación a una forma isomérica, la fructosa-6-fosfato, que mediante una segunda fosforilación
se convierte en fructosa-1,6-difosfato, que es un metabolito intermediario clave de la glucosa. Si se
fermentan otros azúcares distintos a la glucosa, se convierten antes a fructosa-1,6-difosfato para
poder ser utilizados por la ruta de Embden-Meyerhof. La enzima aldolasa cataliza la rotura de la
fructosa-1,6-difosfato en dos moléculas de tres átomos de carbono, el gliceraldehído-3-fosfato y su
isómero dihidroxiacetona-fosfato. Existe una enzima de cataliza la interconversión de
dihidroxiacetona-fosfato a gliceraldehído-3-fosfato, pero para simplificar se considera sólo este
último ya que es el que será metabolizado. Hasta ahora no ha ocurrido ninguna reacción redox y
todas las reacciones, incluyendo las del consumo de ATP, tienen lugar sin transferencia de
electrones.
40
La primera reacción redox de la glucolisis tiene en la etapa II durante la conversión del
gliceraldehído-3-fosfato a ácido 1,3-difosfoglicérico. En esta reacción (que ocurre dos veces, una
por cada molécula de gliceraldehído-3-fosfato) una enzima cuya coenzima es NAD+ acepta dos
átomos de hidrógeno y el NAD+ se convierte en NADH; la enzima que cataliza esta transformación
se llama gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa. Simultáneamente, cada molécula de
gliceraldehído-3-fosfato es fosforilada por la adición de una molécula de fosfato inorgánico. Esta
reacción, en la que el fosfato inorgánico se convierte en orgánico, prepara el escenario para la
conservación de la energía por fosforilación a nivel de sustrato; la formación de ATP es posible
porque cada uno de los fosfatos de la molécula de ácido 1,3-difosfoglicérico presenta un enlace de
alta energía. La síntesis de ATP tiene lugar cuando cada molécula de ácido 1,3-difosfoglicérico se
convierte en ácido 1,3-fosfoglicérico y cuando más tarde en la vía, cada molécula de
fosfoenolpiruvato se convierte en piruvato.
En cualquier proceso que produzca energía, la oxidación debe acompañarse de una reducción y
debe haber un aceptor de electrones por cada electrón cedido. En este caso, la reducción del NAD+
en un paso enzimático de la glucolisis se equilibra con su oxidación en otro paso. Los productos
finales deben estar también en equilibrio redox con el sustrato inicial, la glucosa. De aquí que los
productos que aquí se generan, etanol más CO2 o lactato más protones, estén en equilibrio atómico
y electrónico con la glucosa inicial.
El proceso por el que un compuesto se oxida usando O2 como aceptor final de electrones se llama
respiración aeróbica. La respiración aeróbica se centra en: (1) el modo en que los electrones son
transferidos desde el compuesto orgánico hasta el aceptor final de electrones, originando síntesis
de ATP a expensas de la fuerza motriz de protones a través de la membrana y (2) las vías
bioquímicas implicadas en la transformación del carbono orgánico a CO2.
41
1. Conservación de la energía a partir de la fuerza motriz de protones
Cuando el O2 se reduce a H2O, necesita H+ para completar la reacción y estos protones derivan de
la disociación del agua en H+ y OH-. El empleo de H+ en la reducción del O2 a H2O origina una
acumulación neta de OH- en la cara interna de la membrana. A pesar de su pequeño tamaño, como
presentan carga, ni H+ ni OH- pueden atravesar libremente la membrana y en consecuencia, no se
puede restaurar espontáneamente el equilibrio. Por tanto, aunque se considera que el transporte
de electrones hasta el O2 produce agua, lo que realmente produce son los componentes del agua,
H+ y OH-, que se acumulan en lados opuestos de la membrana. El resultado final en términos netos
es la generación de un gradiente de pH o potencial electroquímico a través de la membrana, con la
porción interna citoplásmica eléctricamente negativa y alcalina, y la porción externa de la membrana
cargada positivamente y ácida. Este gradiente de pH y potencial electroquímico origina que la
membrana posea un cierto estado energético y parte de esa energía eléctrica puede ser conservada
por la célula.
42
Por lo tanto, el estado energético de una membrana se expresa como la fuerza motriz de protones.
Tal estado energético inducido como resultado de los procesos de transporte de electrones puede
usarse directamente para producir trabajo útil, como el transporte de iones o rotación del flagelo, o
bien puede utilizarse para dirigir la formación de enlaces fosfato de alta energía en ATP.
Para la generación de la fuerza motriz de protones se requiere las actividades de las enzimas
flavínicas, las quinonas y el complejo citocromo bc1 (Figura 3.9). La serie de reacciones de
oxidación-reducción que tiene lugar durante el transporte de electrones puede analizarse
examinando secuencialmente cada par de transportadores. Después de la cesión de dos átomos
de hidrógeno del NADH al FAD, se liberan dos H+ cuando el FADH cede dos electrones a una
proteína con hierro y azufre que forma parte del Complejo I. Cuando esta proteína con hierro no
hémico reduce la coenzima Q, se toman dos protones de la disociación del agua en el citoplasma.
La coenzima Q pasa a un electrón cada vez al complejo del citocromo bc1, que se señala como
complejo III. El complejo del citocromo bc1 está formado por diversas proteínas que contienen varios
hemos o centros metálicos, con dos tipos de hemo b (bL y bH), un tipo de hemo c (c1) y una proteína
Fe/S.
Figura 3.9: Generación de la fuerza motriz de protones durante la respiración aerobia. Las cargas + y –
representan H+ y OH-, respectivamente. FMN, flavoproteína; Q, quinona; Fe/S, proteína con hierro y azufre;
cit a,b,c, citocromos (bL y bH, se refieren a citocromos de tipo b de bajo y alto potencial).
La principal función de complejo citocromo bc1 es transferir electrones de las quinonas al citocromo
c, de modo acoplado a la translocación de protones a través de la membrana originando la
acumulación de OH- en el citoplasma y de protones en la superficie externa de la membrana. Los
electrones viajan del complejo bc1 a un citocromo c externo que se encuentra en el periplasma unido
a la cara externa de la membrana, y de aquí hasta el complejo aa3 de elevado potencial (Complejo
IV). Este último constituye la oxidasa terminal del sistema y reduce el O2 a H2O en el paso final del
transporte de electrones.
43
Posteriormente, la fuerza motriz de protones es convertida en ATP a través de un complejo
enzimático situado en la membrana llamado ATP sintetasa o ATPasa, la cual contiene dos partes
funcionales, una pieza globular llamada F1, formada por varias subunidades y localizada en la cara
citoplásmica de la membrana y un canal conductor de protones llamado F0, que atraviesa la
membrana. El complejo F1/F0 cataliza una reacción reversible entre ATP y ADP+Pi (fosfato
inorgánico).
La síntesis de ATP por la ATPasa se denomina fosforilación oxidativa en los sistemas respiratorios
y fotofosforilación en los organismos fototróficos. Las estimaciones estequiométricas indican que 3
a 4 protones son consumidos por cada ATP producido. Por último, la acción de la ATPasa es
reversible, pues la hidrólisis de ATP puede originar la formación de una fuerza motriz de protones.
Las etapas iniciales de la respiración de la glucosa incluyen los mismos pasos bioquímicos que en
la glucolisis. Como se indicó, el piruvato es un intermediario clave en la glucolisis. Sin embargo,
mientras que en la fermentación el piruvato se convierte en productos de la fermentación, durante
la respiración el piruvato se oxida por completo a CO2. Una ruta importante para la oxidación total
del piruvato a CO2 es el llamado ciclo del ácido cítrico (CAC) que se representa en la Figura 3.10.
Por cada molécula de piruvato que se oxida en el ciclo se producen tres de CO2, una durante la
formación de acetil-CoA, otra por decarboxilación del isocitrato y otra por decarboxilación del -
cetoglutarato. Además, como en la fermentación, los electrones liberados durante la oxidación de
44
intermediarios del CAC son transferidos a enzimas que contienen NAD+ o FAD. Sin embrago, la
respiración difiere de la fermentación en la manera en la que el NADH y el FADH se oxidan. En la
respiración, los electrones del NADH, en vez de usarse para reducir un intermediario como el
piruvato, se transfieren al oxígeno o a otros aceptores finales de electrones mediante el sistema de
transporte de electrones. Por tanto, a diferencia de lo que ocurre en la fermentación, la presencia
en la respiración de un aceptor terminal de electrones permite la oxidación completa de la glucosa
a CO2 con mayor producción de energía.
El ciclo del ácido cítrico se compone de una serie de intermediarios que pueden ser utilizados para
fines biosintéticos cuando se requieren. En este contexto, los intermediarios -cetoglutarato y
oxalacetato son precursores de ciertos aminoácidos y el succinil-CoA que se necesita para formar
el anillo porfirínico de los citocromos, la clorofila y otros compuestos tetrapirrólicos. El oxalacetato
puede convertirse en fosfoenolpiruvato, un precursor a su vez de la glucosa. Además, el acetil-CoA
representa el material de origen para la biosíntesis de ácidos grasos.
La energía para el anabolismo la suministra el ATP o la fuerza motriz de protones, esta energía
generada durante el catabolismo se consume tanto en la formación de monómeros como durante
la polimerización de los monómeros para formar las respectivas macromoléculas.
Al igual que sucedía con el catabolismo, es conveniente adquirir una perspectiva global del
anabolismo, tratando de entender que se trata de una actividad química que las células realizan con
el objetivo de construir diferentes tipos de biomoléculas reducidas a partir de unos pocos
precursores relativamente oxidados. Para ello será necesario utilizar energía procedente del ATP y
de coenzimas reducidos que las células autótrofas obtienen en la fase luminosa de la fotosíntesis y
las células heterótrofas mediante el catabolismo de otras biomoléculas.
45
4 Diversidad metabólica en los microorganismos.
Las bacterias son seres vivos y están compuestas al igual que las células eucariotas por proteínas,
polisacáridos, lípidos, ácidos nucleicos, entre otros. Estas moléculas a su vez forman parte de
estructuras celulares más complejas, como por ejemplo la pared celular y la membrana
citoplasmática. Una característica de los seres vivos es la capacidad para sintetizar sus propios
constituyentes a partir de nutrientes que toman del medio externo.
El crecimiento bacteriano se define como el aumento ordenado de todos los constituyentes químicos
de la célula. Se trata de un proceso complejo, que supone la replicación de todas las estructuras y
componentes celulares a partir de los nutrientes exógenos. El conocimiento de la fisiología y del
metabolismo bacteriano tiene algunas aplicaciones prácticas:
Los distintos tipos de metabolismo microbiano se pueden clasificar según tres criterios distintos:
El carbono es el mayor constituyente de la célula bacteriana, por lo tanto, no llama la atención que
requiera más carbono que cualquier otro nutriente.
Las bacterias se pueden dividir de acuerdo a la forma en la que el organismo obtiene o utiliza el
carbono para la construcción de la masa celular:
46
4.1.2 Según el punto de vista biosintético
La forma en la que organismo obtiene los equivalentes reductores para la conservación de energía
o en las reacciones biosintéticas:
Litótrofo: son aquellas que sólo requieren sustancias inorgánicas sencillas. Los
equivalentes reductores se obtienen de compuestos inorgánicos. (H2S, SO, NH3, NO2-, Fe,
etc.).
Organotrofo: requieren compuestos orgánicos. Los equivalentes reductores se obtienen de
compuestos orgánicos. (hidratos de carbono, hidrocarburos, lípidos, proteínas, alcoholes).
En la práctica, estos términos se combinan casi libremente (Figura 4.1, Figura 4.2 y Tabla 4.1). Los
ejemplos típicos son como sigue:
47
Figura 4.1 Transformaciones biológicas de moléculas carbonadas. Fuente: (Smith, C.A., y Wood, E.J.,
1998).
Figura 4.2 Clasificación de nutricional de los organismos Fuente: (Smith, C.A., y Wood, E.J., 1998).
48
Recordar que la fermentación y la respiración son procesos distintos en cuanto al mecanismo por
el que se sintetiza ATP. En la fermentación, el ATP se produce mediante un proceso llamado
fosforilación a nivel de sustrato, en el que el ATP se forma durante los pasos del catabolismo de un
compuesto orgánico. Está se diferencia de la fosforilación oxidativa que produce ATP a expensas
de la fuerza de protones. En organismos fotosintéticos, la síntesis del ATP se alcanza mediante
fotofosforilación, cuyo mecanismo básico es similar a la fosforilación oxidativa excepto que es luz,
en lugar de un compuesto químico, la que inicia las reacciones oxidación-reducción.
Estos microorganismos se caracterizan por utilizar compuestos químicos inorgánicos como fuente
de energía. Aunque carecen de pigmentos fotosintéticos, comparten con los fotoautótrofos la
habilidad para utilizar CO2 como única fuente de carbono (quimiolitoautótrofos), por lo que existen
muchas rutas bioquímicas comunes. Cabe destacar que existen otras estrategias metabólicas como
la mixotrofía, en la que los microorganismos obtienen energía desde la oxidación de un compuesto
inorgánico mientras que la fuente de carbono proviene de un compuesto orgánico.
La Tabla 4.2 presenta algunos dadores de electrones, el nombre del grupo de quimiolitotrofos que
los utiliza y la energía libre de Gibbs liberada en la reacción por cada dos electrones transferidos.
Tabla 4.2 Reacciones en quimiolitotrofos. Todas las reacciones usan oxígeno como aceptor de electrones
excepto la reducción de fosfito.
′
Dador de e- Reacción Grupo 𝚫𝑮𝟎
(𝒌𝑱/𝟐𝒆− )
Fosfito 4𝐻𝑃𝑂32− + 𝑆𝑂42− + 𝐻 + → 4𝐻𝑃𝑂42− + 𝐻𝑆 − Bacterias del fosfito -91
Hidrógeno 𝐻2 + 1⁄2 𝑂2 → 𝐻2 𝑂 Bacterias del hidrógeno -237
Azufre 𝑆 0 + 3⁄2 𝑂2 + 𝐻2 𝑂 → 𝑆𝑂42− + 2𝐻 + Bacteria del azufre -196
Amonio 𝑁𝐻4+ + 3⁄2 𝑂2 → 𝑁𝑂2− + 2𝐻 + + 𝐻2 𝑂 Bacteria nitrificante -92
Ion ferroso 𝐹𝑒 +2 + 𝐻 + + 1⁄4 𝑂2 → 𝐹𝑒 +3 + 1⁄2 𝐻2 𝑂 Bacteria del hierro -66
A modo de ejemplo, los organismos que utilizan hidrógeno pueden dividirse en dos clases de
acuerdo al aceptor de electrones que utilizan. Los oxidantes anaerobios de hidrógeno utilizan
nitrato, sulfato, ion férrico y otros como último aceptor de electrones. Con muchos representantes
en Bacteria y Archaea serán discutidos más adelante (Respiración Anaeróbica). En esta sección, el
foco estará en las bacterias aerobias oxidantes de hidrógeno.
49
Como se presenta en la Tabla 4.2, la oxidación de hidrógeno con oxígeno es un proceso exergónico
que permite la producción de ATP. En esta reacción, catalizada por la enzima hidrogenasa, los
electrones provenientes del H2 son trasferidos inicialmente a una quinona. Luego pasan por una
serie de citocromos para eventualmente reducir O2 a agua. El transporte de electrones a través de
la cadena transportadora permite la translocación de protones desde el interior de la célula al
exterior, creando un gradiente de protones que luego es utilizado por la enzima ATPasa para
sintetizar ATP. En muchas bacterias que utilizan hidrógeno, la síntesis de NADH es realizada
directamente por una hidrogenasa no asociada a membrana. Este NADH es utilizado por las
bacterias quimiolitoautotrofas para fijas CO2 utilizando el ciclo de Calvin-Benson.
Son aquellos que necesariamente requieren el oxígeno para vivir, su metabolismo es de respiración
aerobia, es decir el oxígeno es el aceptor final de electrones. La enzima catalasa y superóxido
dismutasa (SOD) permite que contrarreste las formas tóxicas del oxígeno como es el caso de los
radicales libres, anión peróxido, radical hidroxilo, etc.
Aerobios facultativos
Utilizan el oxígeno cuando está presente pero cuando no hay pueden continuar su crecimiento a
través de la fermentación o respiración anaerobia. Aunque su crecimiento es mayor en presencia
de oxígeno así como su producción de energía. Ejemplo, Escherichia coli.
No pueden usar el oxígeno molecular (O2) como aceptor de electrones para la producción de
energía ni para su crecimiento. No tienen enzimas para neutralizar las formas tóxicas del oxígeno y
por esto dada su extrema sensibilidad pueden morir cuando este elemento está presente en el
medio. Ejemplo, especies de Clostridium.
Anaerobios aerotolerantes
Toleran el oxígeno porque tiene una enzima (SOD), que neutraliza las formas tóxicas del oxígeno
pero no lo usan para su crecimiento ni para la obtención de energía. Son organismos fermentadores.
Ejemplo, Lactobacillus usados en la producción de quesos, yogures y alimentos fermentados.
50
Figura 4.3: Efecto del oxígeno en el crecimiento microbiano. (a) Microorganismos aerobios; (b) anaerobios
estrictos; (c) anaerobios o aerobios facultativos (c); (d) microaerófilos y (e) anaerobios aerotolerantes.
(Tomado de Madigan et al. 2003).
Para los microorganismos aerobios (capaces de crecer en presencia de oxígeno), el oxígeno actúa
como aceptor terminal de electrones al final de la cadena transportadora de electrones. En
microorganismos anaerobios en cambio (viven en ausencia de oxígeno), otras moléculas reducidas
(o al menos no completamente oxidadas) actúan como último aceptor de electrones. Las bacterias
que llevan a cabo respiración anaeróbica producen cadenas trasportadoras de electrones que
contienen citocromos, quinonas, proteínas hierro-azufre y todos los otros componentes típicos de
una cadena transportadora de electrones encontrada en la respiración aerobia, en la fotosíntesis y
en la quimiolitotrofos. De hecho, en algunos organismos, como las bacterias denitrificantes, las que
son en su mayoría aerobios facultativos, la respiración anaeróbica compite con la aeróbica. Si el
oxígeno está presente, la bacteria respirará aeróbicamente, y los genes que codifican para las
proteínas necesarias para la respiración anaerobia estarán reprimidos (no se expresarán). Sin
embargo, cuando el O2 se agota del ambiente, las bacterias respirarán anaeróbicamente reduciendo
un aceptor alternativo de electrones. Otros microorganismos son anaerobios obligados y son
incapaces de utilizar O2.
51
Figura 4.4: Formas más importantes de la respiración anaeróbica. Las parejas de reducción están
ordenadas desde la más electronegativa arriba a la más electropositiva abajo.
El proceso de reducción del CO2 a CH4 sigue los siguientes pasos (Figura 4.5):
52
1. El CO2 es activado por una enzima que contiene metanofurano como cofactor y es reducido
por dos electrones a un grupo formil. El dador inmediato de electrones es la proteína
ferrodoxina.
2. El gurpo formil es transferido desde el metanofurano a una enzima que contiene
metanopterina. Es subsecuentemente deshidratado y reducido en dos pasos al nivel de
metileno y metil. El dador inmediato de electrones es la coenzima F420 reducida.
3. El grupo metilo es transferido desde la metanopterina a una enzima que contiene CoM. Esta
reacción es exergónica y la energía liberada se utiliza para bombear Na+ a través de la
membrana celular hacia el exterior. Esto crea un gradiente de protones que luego es usado
por una ATPasa.
4. El grupo metilo es finalmente reducido a metano usando CoB y CoM. Finalmente, estos
cofactores son regenerados a su estado reducido utilizando H2.
Figura 4.5: Metanogénesis desde CO2 e H2. El atomo de carbono que está siendo reducido se muestra en
azul y la fuente de electrones en verde oliva. Siglas: MF, metanofurano, MP, metanopterina, CoM, coenzima
M; F420red, coenzima F420 reducida; F420, coenzima F430, Fd, ferrodoxina; CoB, coenzima B.
En la base del proceso fotosintético están un numero de pigmentos fotosensibles conocidos como
clorofilas, estando presentes en plantas, algas y varios grupos de procariontes. La absorción de luz
por estos pigmentos es el inicio de la conversión de energía fotosintética, de la que se obtendrá
como resultado neto energía química en forma de ATP. En fotoautótrofos, se requiere la ocurrencia
de dos conjuntos de reacciones operando en paralelo: producción de ATP y reducción de CO2 para
formar material celular. Durante el crecimiento autótrofo, la energía es provista en forma de ATP, y
los electrones para la reducción de CO2 provienen del NAD(P)H. Estos últimos (tanto NADH como
NADPH) son producidos por la reducción del NAD+ (o NADP+) por los electrones provenientes de
distintas fuentes. Algunas bacterias fototróficas los obtienen desde dadores de electrones en el
ambiente, como fuentes reducidas de azufre (ej. H2S o incluso H2). Por el contrario, las plantas,
algas y cianobacterias utilizan el agua como fuente de electrones. En estas, la oxidación del agua
produce oxígeno molecular como subproducto (el producto corresponde a los electrones que son
arrancados desde el agua gracias a la energía solar). Dado que existe producción de O 2, la
fotosíntesis en estos microrganismos es llamada fotosíntesis oxigénica. Sin embargo, en algunas
bacterias fotótrofas el agua no es oxidada ni se produce O2, luego en estas bacterias este
mecanismo es llamado fotosíntesis anoxigénica. Cianobacterias y su metabolismo basado en
fotosíntesis oxigénica fueron las responsables de la formación de este gas en la tierra.
Figura 4.6: (a) Clorofila a; (b) estructura del grupo heme c de un citocromo;
(c) espectro de absorción de Chl a y Bchl a.
54
Como lo sugiere la letra “a” en la clorofila a, existe un gran número de clorofilas y bacterioclorofilas
diferentes, y cada una se caracteriza por su único espectro de absorción de luz. La clorofila b, por
ejemplo, presenta un máximo de absorbancia a 660nm (en vez de 680 nm). Aunque todas las
plantas contienen clorofila a y b, algunos procariontes consienten sólo clorofila a, otros clorofila d y
algunos eucariontes clorofila c. En particular, las cianobacterias (procariontes fotoautótrofos),
producen clorofilas a y b, mientras que los fotótrofos anoxigénicos, como las bacterias verdes y
purpuras, producen una o más bacterioclorofilas. Así, la bacterioclorofilas a, presente en la mayoría
de las bacterias purpuras tiene un máximo de absorción entre 800 y 925 nm; la bacterioclorofila c,
característica de las bacterias verdes del azufre (Chlorobia) tiene un máximo de absorción cercano
a 750 nm. Entonces, ¿por qué diferentes fotótrofos tienen diferentes formas de clorofilas o
bacterioclorofilas. Esto les permite hacer un mejor uso de la energía en el espectro
electromagnético, dado que sólo la energía que es absorbida puede ser utilizada para su
conservación en forma de energía química. Además, al tener diferentes pigmentos que absorben
en distintas longitudes de onda, diferentes fotótrofos pueden coexistir en el mismo hábitat, cada
organismo usando las longitudes de onda que otros no usan.
Las clorofilas y todos los otros componentes del aparato recolector de luz están organizados en
sistemas membranosos conocidos como membranas fotosintéticas. La ubicación de estas
membranas fotosintéticas difiere en procariontes y eucariontes. En estos últimos, la fotosíntesis está
asociada al organelo intracelular conocido como cloroplasto, donde las clorofilas están asociadas a
las membranas de los tilacoides. Estos se apilan para formar granas de tal forma que dentro del
cloroplasto se crea un espacio interior al sistema de membrana de los tilacoides (lumen del tilacoide)
y un espacio exterior a estos pero interior al cloroplasto conocido como estroma (Figura 4.7). Este
arreglo o estructura hace posible la generación de un gradiente de protones alimentado por la
energía luminosa (en vez de por energía contenida en moléculas orgánicas como en la respiración).
Este gradiente de protones, con una mayor concentración de protones en el lumen de los tilacoides
(bajo pH) y una menor concentración de estos en el estroma (alto pH), permite que la enzima
ATPasa sintetice ATP.
Figura 4.8: Estructura típica de una cianobacteria. Nótese que los tilacoides no están separados totalmente
de la membrana plasmática (de otra forma constituirían organelos en un procarionte).
Las ficobilinas por su parte son características de cianobacterias y algas rojas donde forman, en
asociación con proteínas, las ficobiliproteínas las que actúan como el principal sistema de captación
de luz de estos fotótrofos. Estas absorben luz a 620 nm (ficocianina, color azul) o a 550 nm
(ficoeritrina, color rojo). Estos pigmentos permiten aumentar la eficiencia de los sistemas de
captación de luz, permitiendo el crecimiento de las cianobacterias a bajas intensidades luminosas.
56
absorbidos, y es la parte no absorbida del espectro de la luz lo que le da su color a un organismo
fotosintético. Una ecuación general para este conjunto de reacciones es:
Además de no representar el proceso que ocurre en bacterias anoxigénicas, esta ecuación tampoco
da cuenta de variaciones entre fotótrofos oxigénicos, siendo más adecuada para describir las
reacciones que ocurren en un cloroplasto de un eucarionte. Pese a esto, será utilizada para
presentar las generalidades de las reacciones dependientes de luz.
El proceso comienza con la captación de un fotón por una de las moléculas de clorofila en el
fotosistema II (véase la Figura 4.9) con la consecuente liberación de un electrón. Este electrón es
transportado en una cadena transportadora de electrones hasta el fotosistema I, translocando un
protón desde el estroma al lumen del tilacoide. El fotosistema I (o más precisamente la clorofila u
otros pigmentos en dicho fotosistema), capta suficiente energía luminosa para aumentar la energía
del electrón permitiendo que reduzca una molécula de NADP+ a NADPH. El gradiente de protones
formado es utilizado por la ATPasa para generar ATP desde ADP y fosfato inorgánico en forma
similar a lo que ocurre en la respiración aeróbica. Las moléculas de clorofila del fotosistema II, que
cedieron sus electrones a la cadena transportadora, los recuperan mediante la fotoelectrólisis del
agua, proceso donde esta es oxidada a oxígeno molecular liberando 2 electrones, dos protones y
½ O2 por cada molecular de agua. Los protones liberados contribuyen a aumentar el gradiente de
protones, generando ATP en última instancia.
Los conceptos relacionados con la segunda reacción que implica reducción y fijación de CO2 a
moléculas orgánicas con la utilización de subproductos de la primera reacción, fue delineada por
Bassham et al. en 1954, junto a Calvin y Benson, quienes dilucidaron la ruta completa de asimilación
del dióxido de carbono con intermediarios y las enzimas relacionadas en este proceso. El ciclo
puede resumirse de acuerdo a:
57
El ciclo de Calvin-Benson (Figura 4.10) representa la ruta central de la reducción del CO2. El ciclo
inicia cuando la enzima Ribulosa 1-5 bifosfato carboxilasa oxigenasa (Rubisco) realiza la
carboxilación del CO2 al aceptor ribulosa-1,5-bisfofato (RuB-P, con 5 carbonos) formando como
primer producto estable de este proceso dos moléculas de 3- fosfoglicerato (6 carbonos entre
ambas) que luego es reducido a gliceraldehido 3-P, una triosa precursora de la regeneración de
RuB-P y de la síntesis de sacarosa y almidón.
4.5 Referencias
Atlas, R. y R.Bartha. 2002. Ecología Microbiana y Microbiología Ambiental. 4ª Ed. Pearson Educacion.
Aleff, K. Y y P. Nannipieri. 1995. Methods in Applied Soil Microbiology and Biochemistry. Academic Press
Inc., N. Y.
Audesirk T. y G.Audesirk y Byers B. E, 2003. Biología la vida en la Tierra. Editorial Pearson México.
Bassham JA, Benson AA, Kay LD, Harris AZ, Wilson AT and Calvin M (1954) The path of carbon in
photosynthesis. XXI. The cyclic regeneration of carbon dioxide acceptor. J Am Chem Soc 76: 1760–1770
Brock, M. T. Madigan. 1993. Microbiología, T. Prentice Hall Hispanoamericana.
Madigan, Michael T., et al. Brock Biology of Microorganisms 13th edition. Benjamin Cummings, 2010.
Chapters 13 and 14 (sections of)
Christopher K. Mathews, K. E. Van Holde, Kevin G. Ahern 2002 . Bioquímica. Editorial Pearson.
Ganong, W.F. 1996: Fisiología Médica, 5° ed., McGraw-Hill, México.
Madigan, M.T., J.M. Martinko, J. Parker. 2000. Brock Biology of Microorganisms. 8th Edition 1997 y 9th.
Edition. Prentice Hall, NY. USA.
Paul E. A. y F.E. Clark. 1989. Soil Microbiology and Biochemistry. Academic Press Inc.,
58
Smith, C.A., y Wood, E.J., 1998. Biosíntesis. Addison-Wesley Iberoamérica
59
5 Calidad microbiológica del agua, potabilización y tratamiento de aguas
residuales
5.1 Introducción
La potabilización y tratamiento de aguas constituyen actividades fundamentales en la sociedad
moderna. La contaminación del agua potable tiene el mayor impacto en la salud humana a nivel
mundial, especialmente en los países en vías de desarrollo, estimándose que más de 1000 millones
de personas no tienen acceso a agua potable limpia y segura (WHO, 2003). La Organización
Mundial de la Salud (OMS), reporta que el 60% de las enfermedades y un tercio de las muertes en
países en vías de desarrollo son atribuibles al consumo de agua contaminada (WHO, 1996). Aunque
la situación ha mejorado, desde 9 millones de muertes al año por consumo de agua contaminada
en 1980 a 5 millones de muertes en 1996 y 2,2 millones de muertes en 2004 (Clasen et al., 2014),
todavía gente muere por razones totalmente evitables.
El objetivo de los procesos de tratamiento y potabilización del agua es obtener agua química y
microbiológicamente segura para consumo humano, además debe estar libre de todo olor y sabor.
Esto puede resumirse en:
Agua potable: que puede ser consumida en cualquier cantidad deseada sin que represente
un riesgo para la salud.
Agua palatable: agua que es agradable de beber desde un punto de vista organoléptico, no
necesariamente es segura de beber.
Es la combinación de potabilidad y palatabilidad la que hacen de un agua una fuente adecuada para
el uso humano.
60
El arsénico en particular es un contaminante problemático en el norte del país. Su contenido en el
agua puede alcanzar valores tan altos como 800 𝜇𝑔/𝐿 en el río Toconce que abasteció de agua a
la ciudad de Antofagasta entre 1958 y 1970 (Ahumada, 2014). Otros compuestos son fluoruros,
hierro, sodio y altas concentraciones de carbonatos (que resultan molestos por aumentar la dureza
del agua).
Incluso el agua que se aprecia como perfectamente transparente y limpia puede estar contaminada
con microrganismos patógenos que presenten un serio riesgo para la salud pública. Dado que
resulta impracticable buscar en el agua todos los posibles microorganismos patógenos, e incluso
algunos pocos microorganismos son generalmente tolerables, las fuentes de agua son examinadas
en busca de microorganismos específicos conocidos como microorganismos indicadores, cuya
presencia es señal de una potencial contaminación con patógenos. Un indicador microbiológico
ampliamente utilizado para detectar contaminación es el grupo de microorganismos conocidos
como coliformes. Estos son utilizados dado que muchos de ellos habitan en grandes cantidades
en el tracto intestinal de humanos y otros animales. Luego, su presencia en una muestra de agua
es indicativa de contaminación por heces. Este grupo de bacterias está definido como aerobios
facultativos, Gram-negativos, no formadores de esporas, con forma de bastones y que fermentan
lactosa con formación de gas en 48h a 35°C. Aunque esta definición incluye varios microorganismos
que no están taxonómicamente relacionados, resulta útil como veremos más adelante. Sin
embargo, muchos coliformes pertenecen al grupo de bacterias entéricas, entre las que se incluye
un subgrupo de bacterias termotolerantes conocidas como coliformes fecales entre las que se
incluye a Enterobacter (inofensiva), Escherichia coli (común en el intestino y patógeno ocasional) y
Klebsiella pneumoniae. La presencia de coliformes fecales, especialmente E. coli indica que el agua
no es segura para consumo humano. Sin embargo, una vez excretadas los coliformes fecales
eventualmente mueren (haciéndose indetectables por métodos de recuento microbiológico),
mientras que otros patógenos podrían no haber muerto. Además, la ausencia de coliformes fecales
no garantiza que la muestra no esté contaminada con otras bacterias, protozoos o virus. Por esto,
el agua para consumo humano es siempre tratada por métodos que discutiremos en una siguiente
sección.
Se han desarrollado diversos métodos para la identificación de coliformes en aguas. Todos se basan
en el crecimiento de los microorganismos obtenidos desde una muestra de agua. En esta sección
nos referiremos a dos:
Filtración por membrana e incubación en medio EMB-lactosa. En este método se pasan 100
ml de agua a través de un filtro que retiene todas las bacterias. Luego este es depositado
sobre una placa de agar selectivo y diferencial que contiene Eosina y azul de metileno (EMB
por sus siglas en inglés) y lactosa. Un medio selectivo sólo permite el crecimiento de los
organismos que posean una cierta característica que permite su selección, en este caso el
crecimiento en lactosa. Por otro lado, un medio diferencial permite distinguir (en forma visual
generalmente) un microrganismo entre los restantes que crecen en el mismo medio. En
61
este caso, los colorantes EMB son selectivos para bacterias Gram-negativas y permite la
identificación visual de coliformes y coliformes fecales.
Filtración por membrana e incubación en medio MI. Los microorganismos recolectados al
pasar 100 ml de agua a través de un filtro son depositados en una placa con agar MI. Este
agar permite la identificación de colonias de E. coli diferenciándolas del resto de colonias
de coliformes, usando para esto las capacidades metabólicas de E. coli. Mientras que todos
los coliformes metabolizan el derivado de galactosa conocido como 4-metil-lumbeliferil-𝛽 -
D-galactopiranosa (MUG), incluyendo a E. coli (gracias a que son capaces de fermentar
lactosa) sólo E. coli es capaz de metabolizar la molécula indoxil-𝛽-D-glucoronido (IBDG). El
consumo de MUG causa que las colonias produzcan una molécula fluorescente visible en
luz UV (lo que hace que las colonias brillen), mientras que el consumo de IBDG produce un
pigmento azul. Luego todos los coliformes serán blancos brillantes bajo luz UV, pero sólo
E. coli será brillante y azul (Figura 5.1, derecha).
Figura 5.1: Izquierda, colonias de coliformes creciendo en un filtro depositado en agar EMB-lactosa. La
apariencia oscura y brillante de las colonias es característica de coliformes. Derecha, coliformes creciendo
en medio MI y examinados bajo luz UV. Una única colonia de E. coli se muestra azul y brillante.
Menos del 10% de las muestras debe tener 1 colonia de coliformes totales por cada 100 ml.
Menos del 5% de las muestras debe tener como máximo 5 colonias de coliformes totales
por 100 ml.
Todas las muestras deben estar exentas de E. coli (recuento negativo)
Donde el número de muestras depende de la población abastecida, siendo de 8 muestras por mes
para una población inferior a 7600 habitantes a 500 muestras por mes para una población superior
a 4,69 millones de habitantes. ¿Cómo se alcanza este nivel de pureza en el agua?
5.3.1 Desarenador
5.3.2 Coagulación
Sulfato de aluminio
Aluminato de sodio
Cloruro de aluminio
Cloruro férrico
Sulfato férrico
Sulfato ferroso
5.3.3 Floculación
Luego se realiza la etapa de floculación en donde se realiza un mezclamiento lento que tiene por
objeto permitir los contactos entre los flóculos (creados anteriormente por la coagulación), la
turbiedad y el color, la mezcla debe crear diferencias de velocidad del agua dentro del equipo, pero
no muy grandes, ya que los flóculos corren el riesgo de romperse. Dicha agitación produce la
aglomeración de los flóculos incrementándose el tamaño de los mismos y su peso, favoreciendo su
posterior sedimentación en los estanques de sedimentación, sin embargo, partículas pequeñas se
mantendrán en suspensión. La floculación se puede mejorar mediante la adición de un reactivo de
63
floculación o ayudante de floculación, llamados floculatentes, los cuales se dividen según su
naturaleza:
c) Floculantes orgánicos de síntesis: son los más utilizados y son macromoléculas de una
gran cadena, obtenidos por asociación de monómeros sintéticos con masa molecular elevada
(cercana a 100 gr/mol), estos se clasifican de acuerdo a la ionicidad de los polímeros:
5.3.4 Sedimentación
5.3.5 Filtración
Finalmente se utiliza un filtro de arena para la remoción de partículas más pequeñas (ver Figura
5.3). En los filtros de arena, el agua fluye a través de varias capas de arena de distinta granulometría
y, finalmente gravilla, la que actúa como un sello para que no escape arena del filtro.
5.3.6 Desinfección
El agua clarificada y filtrada debe ser desinfectada antes de ser inyectada a la red de agua potable.
La desinfección primaria es la introducción de suficiente desinfectante al agua pretratada para matar
los microorganismos existentes en ella e inhibir el crecimiento potencial de nuevos
microorganismos. La cloración es el método más común para alcanzar este objetivo. En dosis
64
suficientes, el cloro mata a los microorganismos patógenos en menos de 30 minutos (Madigan et
al., 2010). Sin embargo, algunos patógenos protistas como Cryptosporidium (causante de la
criptosporidiosis, caracterizada por diarrea y dolor abdominal) no son fácilmente eliminados por el
tratamiento con cloro, pero si por luz UV. Adicionalmente a su rol como bactericida, el cloro oxida
muchos compuestos orgánicos. Dado que el sabor y olor del agua es producto de estos
compuestos, el tratamiento con cloro también ayuda en la obtención de un agua libre de sabores y
olores. El cloro se añade al agua en forma de solución concentrada de hipoclorito de sodio o
hipoclorito de calcio, o bien en forma de cloro gaseoso desde tanques presurizados. Este último
método es utilizado en plantas de potabilización de gran tamaño dado que es más susceptible de
ser implementado bajo un esquema de control automático.
El cloro es consumido cuando reacciona con los materiales orgánicos. Luego, debe adicionarse una
cantidad suficiente de cloro al agua ya desinfectada para obtener una baja concentración de cloro,
llamado cloro residual. El cloro residual actúa matando cualquier microorganismo que haya
sobrevivido y asegurando la no proliferación de nuevos microrganismos. Esta operación es llamada
desinfección secundaria, manteniéndose un nivel de cloro de entre 0,2-0,6 mg/L.
En la Figura 5.4 se presenta una vista aérea de la planta de potabilización de agua Las Vizcachas
de Aguas Andinas que surte de este elemento a parte de la ciudad de Santiago.
Figura 5.4: Vista aérea de la planta de potabilización de agua Las Vizcachas, operada por Aguas Andinas.
La planta obtiene el agua no tratada del Rio Maipo, desde la que el agua es bombeada a los
desarenadores donde arena, partículas minerales y otras partículas grandes (visibles a simple
vista), sedimentan. Posteriormente se adicionan polímeros aniónicos (floculantes, como el sulfato
de aluminio) y el agua se conduce a los tanques de sedimentación. Luego el agua es conducida a
un sistema de filtros de arena que permite la remoción de las partículas más pequeñas, la mayoría
de los contaminantes orgánicos e inorgánicos y microbios.
65
5.4 Tratamiento de aguas residuales
Las aguas residuales corresponden a descargas domesticas al alcantarillado y residuos industriales
líquidos (RILes) que no pueden ser vertidos a cauces naturales, aguas subterráneas o al mar debido
a razones de salud pública, económica, ambiental, estética y, principalmente, normativas. En Chile,
la descarga de residuos líquidos a aguas superficiales continentales y marinas está normada por el
Decreto Supremo N°90 de 2001, en el que se establecen las concentraciones máximas admisibles
de un número de contaminantes. Los residuos líquidos que excedan a lo menos una de estas
concentraciones deberán ser tratados. Respecto a las descargas domésticas, normalmente se trata
de efluentes líquidos contaminados con material fecal humano o animal. También pueden contener
moléculas inorgánicas y orgánicas que pueden resultar potencialmente peligrosas, así como
microorganismos patogénicos.
En promedio, un habitante de USA utiliza entre 350 a 700 L de agua por día, para lavado, duchas,
consumo directo, cocina y sanitización. En Chile, un habitante promedio consume entre 120 a 180
L por día, con aumentos en el periodo estival1. En la actualidad, cerca del 100% del agua consumida
es recolectada por alcantarillado y conducida a plantas de tratamiento de aguas las que son
construidas y operadas por empresas sanitarias (por ejemplo, ESVAL o Aguas Andinas).
Por otro lado, los Residuos Industriales Líquidos (RILes), incluyen descargas de industrias
petroquímicas, producción de pesticidas, industria de alimentos, lácteos, plásticos metalúrgicos y
un sinfín de actividades industriales. En Chile, comúnmente los RILes generados en una industria
son tratados en instalaciones que pertenecen a esta (especialmente cuando se trata de grandes
volúmenes o altos niveles de contaminación). Cuando se trata de RILes diluidos o con bajos
caudales, estos son descargados a la red de alcantarillado.
El tratamiento de aguas utiliza métodos físicos, químicos y biológicos para remover o neutralizar
contaminantes en el agua. Su objetivo es reducir la concentración de materiales orgánicos e
inorgánicos hasta niveles que no permitan el crecimiento de microrganismos y eliminar otros
materiales potencialmente tóxicos. La eficiencia del tratamiento se expresa en términos de la
reducción alcanzada en la demanda bioquímica de oxígeno (DBO), esto es la cantidad de oxígeno
disuelto consumido por microorganismos aeróbicos para oxidar completamente toda la materia
orgánica e inorgánica contenida en la muestra. Usualmente este valor se obtiene por ensayos en
botellas de 300 ml donde se introduce una cantidad de muestra lo suficientemente diluida para
permitir la oxidación total de la materia orgánica sin consumir la totalidad del oxígeno disuelto en el
agua (el ensayo se realiza sin inyectar nuevo oxígeno). Cada botella es inoculada con
microorganismos aerobios y se permite su crecimiento por 5 días a 20°C. Luego de este periodo se
mide la concentración de oxígeno en la muestra líquida y la DBO se calcula como:
1
Superintendencia de Servicios Sanitarios. “SISS da a conocer nivel de consumo de agua potable en el país”. Disponible
en: http://www.siss.gob.cl/577/articles-7663_recurso_5.pdf.
66
1500 mg/L para una planta lechera hasta valores superiores a 175000 mg/L para una planta de
producción de etanol desde azúcar de caña. Una planta de tratamiento de aguas bien diseñada y
eficientemente operada puede remover sobre el 95% de la DBO. Para plantas de tratamiento de
aguas domésticas, esto implica que el agua que retorna al ambiente tendrá una DBO cercana a 5
mg/L. ¿Cómo se logra esta operación? A través de un diseño multietapa que integra procesos
químicos, físicos y biológicos.
Utiliza sólo métodos de separación física para eliminar material particulado el que consiste de sólido
orgánicos e inorgánico. El agua que ingresa a la planta de tratamiento pasa a través de una serie
de rejas de barras, y pantallas de separación que remueven objetos grandes. Luego, el agua pasa
a tanques de sedimentación donde permanece por horas permitiendo la sedimentación del material
particulado. Desde estos, el agua clarificada se descarga por rebalse.
Este involucra una serie de reacciones de degradación y fermentación que son llevadas a cabo por
un consorcio de procariontes bajo condiciones anaerobias (libres de oxígeno). El tratamiento
anaerobio se utiliza para tratar aguas residuales que contienen grandes cantidades de materia
orgánica soluble (y que por ende presentan altas DBOs). El proceso de digestión anaerobia se lleva
a cabo en grandes tanques aislados del ambiente llamados digestores de lodos o biorreactores de
lodos anaerobios. El proceso requiere la acción concertada de varios tipos de procariontes. Primero,
ciertos anaerobios utilizan polisacaridasas, proteasas y lipasas para digerir los sólidos suspendidos
y grandes macromoléculas a compuestos solubles. Estos compuestos solubles son fermentados
para dar una mezcla de ácidos grados, hidrógeno y dióxido de carbono. Los ácidos grasos son
fermentados por la acción cooperativa de bacterias sintróficas para producir acetato, CO 2 y H2.
Estos productos son los sustratos utilizados por arqueas metanogénicas, las que fermentan acetato
para producir metano y CO2. Adicionalmente, otros metanotrofos utilizan hidrógeno para reducir el
CO2 hasta metano con producción concomitante de agua. La mezcla de CO2 y metano producida,
conocida como biogás puede ser combustionada en la planta para producir calor y electricidad, o
ser purificada para ser inyectada a la red de gas natural.
67
Figura 5.6 Digestores anaerobios. Izquierda, digestor real en una planta de tratamiento de aguas. Derecha,
diagrama de la estratificación en un digestor.
Las etapas diferenciadas que constituyen el proceso de la digestión anaerobia son: etapa hidrolítica
y fermentativa, etapa acidogénica y etapa metanogénica (Figura 5.7).
Figura 5.7 Etapas en la digestión anaerobia. Los porcentajes indican el flujo de energía proveniente de los
compuestos orgánicos complejos para cada etapa hacia la producción de metano. Adaptado de Speece
(1983)
En esta primera etapa un amplio grupo de microorganismos hidrolíticos actúan sobre los polímeros
orgánicos (carbohidratos, lípidos, proteínas) u otros materiales complejos despolimerizándolos
enzimáticamente en los correspondientes monómeros o fragmentos más sencillos. Estos
compuestos experimentan a continuación procesos de fermentación que originan diferentes ácidos
orgánicos, principalmente acetato, propionato y butirato y, en menor proporción, CO2 e hidrógeno.
68
Esta etapa resulta indispensable para lograr la ruptura de los biopolímeros complejos en polímeros
solubles o monómeros, puesto que los microorganismos que realizan la depuración solamente son
capaces de actuar sobre materia orgánica disuelta. Este proceso de hidrólisis es realizado por
enzimas extracelulares y en ocasiones puede resultar demasiado lento. En estos casos, esta etapa
resulta limitante y, por ende, controla la velocidad del proceso. Suele recurrirse entonces, a
tratamientos previos del sustrato por medios químicos o mecánicos. En muchos casos, sobre todo
de aguas residuales provenientes de industrias alimentarias, este paso no es limitante ya que la
materia orgánica contenida en los efluentes es en general de bajo peso molecular y fácilmente
degradable.
Etapa Acetogénica
Durante esta etapa actúan dos tipos diferentes de microorganismos capaces de producir acetato:
Etapa Metanogénica
Esta es la única etapa estrictamente anaerobia, y en ella, las bacterias metanogénicas son las
responsables de la formación de metano a partir de sustratos monocarbonados principalmente.
Este es un proceso lento, constituyendo la etapa limitante del proceso de degradación anaerobio
en caso de sustratos fácilmente hidrolizables, puesto que tanto la cinética del proceso como la
velocidad de formación de nuevas bacterias son lentas.
Las bacterias metanogénicas son microorganismos anaerobios estrictos. En general, han sido
encontradas en gran número en aquellos lugares donde el valor del potencial redox presenta valores
inferiores a los -300mV.
La baja producción de lodo biológico, por lo tanto, se tienen menores costos de disposición.
Útiles para altas DB O. Produce efluentes con DBO fuera de norma DS 90.
Bajos costos en inversión inicial
Menores costos de operación puesto que no requiere oxígeno
Producción de metano que puede ser utilizado como combustible
Bajos requerimientos de nutrientes (menor que en un sistema aerobio)
69
5.4.4 Tratamiento secundario aeróbico
En este se utilizan las reacciones de degradación oxidativas llevadas a cabo por microorganismos
bajo condiciones aeróbicas para tratar aguas residuales que contienen bajos niveles de materia
orgánica. En general, el agua residual que se origina de fuentes residenciales puede ser tratada en
forma eficiente utilizando sólo el tratamiento aeróbico. Entre los diferentes procesos de degradación
aerobia que pueden ser utilizados para el tratamiento de aguas, el proceso de lodos activados
representa uno de los más comunes. En este, el agua a tratar ingresa continuamente a tanques que
son aireados desde el fondo. En los tanques crecen bacterias como Zoogloea ramigera y otras, que
son capaces de formar agregados conocidos como flóculos. Una característica de Z. ramigera es
que produce polisacáridos extracelulares que facilitan su agregación. Además, protistas, bacterias
filamentosas y hongos también forman parte de los flóculos. La oxidación de la materia orgánica
ocurre en el flóculo mientras es agitado y expuesto al aire. Así como ingresa continuamente el agua
a tratar (afluente), el agua tratada (efluente) es descargada continuamente, arrastrando parte de los
flóculos, hacia un tanque de sedimentación (clarificador secundario) que permite la separación del
agua tratada y los flóculos, los que son recirculados al reactor aireado (Figura 5.8). Dado que los
microorganismos disponen de oxígeno como último aceptor de electrones, son capaces de realizar
respiración aeróbica. Por ende, obtienen un alto rendimiento energético de la materia orgánica que
degradan, lo que a su vez repercute en un alto rendimiento del sustrato en biomasa. Esto implica
que, en un sistema aerobio de tratamiento, además de requerir de una cantidad importante de
energía para la aireación, entre un 40 y 60% de la materia orgánica es transformada en lodos
(biomasa) que han de ser estabilizados o dispuestos como residuos sólidos. Por otro lado, en un
sistema anaerobio solo un 10% de la carga orgánica es transformada en biomasa y además se
genera biogás. Luego, una solución para los lodos generados y separados en el clarificador de un
sistema aerobio es ser alimentados a un sistema de tratamiento secundario anaerobio, donde son
digeridos y utilizados para producir biogás y una menor cantidad de lodos.
Figura 5.8: Sistema de lodos activados. Izquierda, fotografía de un reactor donde se muestra el sistema de
inyección de aire. Derecha, diagrama de la operación de un reactor de lodos activados.
Considerando que la digestión anaerobia produce menos residuos sólidos y además produce
biogás, ¿por qué no utilizar siempre digestión anaerobia? La razón principal es que la digestión
anaerobia no logra reducir la concentración de contaminantes hasta los niveles adecuados para la
descarga de las aguas a ríos, mares o lagos (¿por qué?, véase el cuadro 1.)
70
Cuadro 1. ¿Por qué la digestión anaerobia no es utilizada en aguas con baja DBO?
Hace más de 100 años, Michaelis y Menten descubrieron que la reacción entre una
enzima y su sustrato, puede ser representada cuando hay mucho más sustrato que
enzima de acuerdo a:
𝑉𝑚𝑎𝑥 𝑆
𝑣=
𝐾𝑀 + 𝑆
Tras la depuración biológica, las aguas residuales contienen compuestos orgánicos, fosfatos y
nitratos disueltos que solo se degradarán lentamente. Los nitratos se forman por oxidación del
amonio desprendido en la degradación de compuestos orgánicos nitrogenados. Esta es una tarea
de las bacterias nitrificantes, uno de cuyos grupos está representado en las aguas residuales
principalmente por Nitrosomonas y Nitrosospira, que únicamente llevan a cabo la reacción de
oxidación del amonio a nitrito para obtener energía metabólica, mientras que un segundo grupo de
bacterias, que aparece siempre junto al ya citado corresponde a Nitrobacter, los que oxidan el nitrito
a nitrato y obtienen energía gracias exclusivamente a este proceso:
Oxidación del amonio:
a. NH4 + ½ O2 NH2OH + H
b. NH2OH + O2 + 2ADP + 2PO4 HNO2 + H2O + 2 ATP
71
Oxidación del nitrito:
NO2 + ½ O2 + ADP + PO4 NO3 + ATP
Este proceso es realizado en condiciones aerobias por los microorganismos autótrofos antes
mencionados.
Sin embargo, la remoción biológica de nitrógeno no puede terminar aquí, ya que el nitrato producido
actuaría como un eutroficante llevando a una sobrepoblación de ciertos organismos en las aguas,
como por ejemplo algas. Por lo tanto, es necesario llevar a cabo un proceso de desnitrificación que
es realizado en condiciones anóxicas (oxígeno disuelto ausente, pero con oxígeno disponible a
partir de nitrato o nitrito) por bacterias heterótrofas facultativas que cambian su metabolismo bajo
estas condiciones obteniendo oxigeno de los nitratos y nitritos produciendo N2 como producto de
desecho.
Figura 5.9: Vista aérea de la La Farfana, planta de tratamiento de aguas de la empresa Aguas Andinas.
72
5.5 Referencias
Ahumada G. Arsénico en el agua potable: una preocupación a nivel global. Revista AIDIS. Octubre 2014.
Clasen, T., Pruss‐Ustun, A., Mathers, C. D., Cumming, O., Cairncross, S., & Colford, J. M. (2014).
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Speece, R. E. (1983). Anaerobic biotechnology for industrial wastewater treatment. Environmental science &
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73