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INVESTIGACI
ÓN VERSIÓN: 01
Título: ANÁLISIS COMPUTACIONAL DE LAS POSIBLES INTERACCIONES DE COMPUESTOS CANNABINOIDES CON LA ENZIMA AROMATASA.
Nombre de los Grupos de Investigación: (registre la información de los grupos que participan) Total de Investigadores
(número)
1. Nombre: Código GrupLAC
Facultad/Programa: Reconocido Si No
2. Nombre: Código GrupLAC
Facultad/Programa: Reconocido Si No
3. Nombre: Código GrupLAC
Facultad/Programa: Reconocido Si No
Línea(s) de Investigación:
DESCRIPCIÓN DE LA PROPUESTA
Por más de 25 años un número incontable de estudios han mostrado el papel que juegan
la familia de las COXs, prostaglandina sintetasas, en el cáncer. En el 2005 se encontró
que los NSAIDs, inhibidores selectivos de la COX-1 y COX-2, suprimían la actividad de la
Aromatasa a nivel transcripcional [CITATION Bru05 \l 9226 ], convirtiéndose en la primera
generación de SAERs, una línea alterna que deja de lado los problemas asociados con
las tradicionales terapias hormonales para combatir el cáncer de mama.
La marihuana es una planta que ha comenzado a tener popularidad con usos alternativos
en medicina debido a que se ha descubierto que fuera de sus propiedades como droga
alucinógena puede ser usada en múltiples formas como planta medicinal. Por ejemplo
el Δ9-Tetrahidrocannabinol (Δ9-THC), un componente biológicamente activo de la
marihuana conocido por sus efectos psicotrópicos puede tener una gran variedad de
usos farmacológicos tales como: analgésico, antiinflamatorio y ser usado como
anticancerígenos [CITATION ElS17 \l 9226 ]. Siendo el cáncer uno de los grandes
problemas que afectan la humanidad y no teniendo aún curas definitivas a ciertos
estadios de la enfermedad, su estudio y diferentes alternativas de tratamiento son de
vital importancia hoy en día.
Las técnicas de diseño de drogas asistido por computadoras (CADD) son hoy en día
herramientas útiles para el estudio de nuevos ligandos, ya que haciendo uso de éstas
podemos calcular parámetros moleculares y simular el reconocimiento molecular de
ligandos que nos podrían brindar información sobre las características que posee una
determinada sustancia o sistema. La presente investigación pretende realizar estudios
teórico-computacionales basados en encontrar un mecanismo que permita entender la
actividad anti-estrogénica del Δ9-THC y otros cannabinoides encontrados en la
marihuana, el planteamiento de cómo el Δ9-THC y otros cannabinoides podrían ejercer
un efecto inhibidor de la Aromatasa es una pregunta que actualmente no tiene una
respuesta clara y satisfactoria.
Justificación
En tiempos de paz como los que vive nuestro país se hace necesario buscar nuevas
alternativas a cultivos ilícitos que podrían tener otros potenciales usos como es el caso
de la marihuana, la cual ha sido demostrada como un compuesto con propiedades
medicinales en numerosos estudios. Entre estos usos alternos que podrían tener los
cannabinoides de la marihuana se encuentra su uso como anticancerígeno. Se conoce
que el Δ9-THC tiene propiedades como disruptor endocrino, tales como la actividad
anti-estrogénica, la cual ha sido objeto de investigaciones previas [CITATION Bro02 \l
9226 ]. Se sabe que el Δ9-THC inhibe la ovulación, y en varones atenúa la movilidad
del espermatozoide del ratón [CITATION Mor12 \l 9226 ]. Debido a la similitud en la
estructura entre Δ9-THC y E2, se atribuyó a la inhibición competitiva de cada uno de
estos; Sin embargo, esta temprana hipótesis de que el Δ9-THC podría unirse
directamente al receptor de estrógenos ha sido descartada [CITATION Tak13 \l 9226 ].
Adicionalmente, se sabe que el Δ9-THC no tiene actividad inhibidora sobre la enzima
CYP19A1, también conocida como Aromatasa, que cataliza la conversión de la
testosterona (un andrógeno) en E2 [CITATION Lew84 \l 9226 ]. Así, hasta ahora aún
no se puede responder a la pregunta de cómo el Δ9-THC interrumpe la señalización de
estrógenos como un potencial anti-estrogénico, posiblemente conduciendo a la
interrupción de la función ovárica y el desarrollo de los senos. Es importante investigar
la base mecanicista de la perturbación de señalización E2 del Δ9-THC. En esta
investigación, se discute el posible mecanismo(s) del Δ9-THC mediada por la
interrupción de E2/ER α señalización a través de ER β. Todo lo anteriormente descrito
se encuentra justificado con el hecho de que el cáncer de mamá, más que ser un
problema regional es un problema mundial que azota a millones de mujeres anualmente
[3]. El descubrimiento en el siglo XIX de la dependencia de éste con las hormonas
sexuales, estimuló al desarrollo de fármacos que disminuyeran los niveles de estas
hormonas (hormonoterapia) en el cuerpo, teniendo como ventaja el impedimento de la
regresión del tumor [CITATION Rui04 \l 9226 ]. Con el paso del tiempo se han
diseñado fármacos mucho más efectivos que el Tamoxifeno, un antiestrógeno que ha
sido la base de la terapia hormonal en mujeres posmenopáusicas con cáncer de mama
ER+ por más de treinta años, pero con el perjuicio de privar de estrógenos zonas donde
son necesarios para la buena actividad [7].
Objetivo General
Objetivos Específicos
Realizar un acoplamiento molecular con el fin de estudiar las posibles interacciones de los
compuestos cannabinoides y los aminoácidos presentes en el sitio activo de la enzima
Aromatasa.
Las estructuras de los ligandos y de la enzima se prepararán usando Sybyl X [15]. Las
estructuras moleculares de los ligandos se construirán mediante la opción SKETCH en
Sybyl. Las optimizaciones de la geometría se efectuarán usando el campo de fuerza
Tripos [CITATION Cla89 \l 9226 ] con un dieléctrico dependiente de la distancia y el
algoritmo de gradiente conjugado de Powell. Se emplearán cargas de Gasteiger-Hückel.
Todas las moléculas de agua e iones se removerán del archivo original del Protein Data
Bank. Se adicionarán átomos de hidrógeno Polar y cargas de Kollman [CITATION
Wei84 \l 9226 ], se asignarán parámetros de solvatación atómica y volúmenes
fragmentados a la proteína usando AutoDock Tools (ADT). Para la validación del
protocolo de acoplamiento, las coordenadas del ligando en el complejo cristalino se
removerán y se verificarán los órdenes de enlace. Para los cálculos de acoplamiento se
asignaran cargas Gasteiger parciales [CITATION Gas80 \l 9226 ] a las moléculas de los
inhibidores, y se unirán átomos de hidrógeno no polares. Se permitirá que todas las
torsiones roten durante el acoplamiento.
El programa auxiliar AutoGrid generará las cuadrículas de los mapas. Se centrará cada
cuadrícula en la estructura cristalina del correspondiente y su tamaño abarcará el
volumen total de la proteína. Se utilizarán parámetros Lennard-Jones 12-10 y 12-6,
suministrados por el programa para la modelación de puentes de Hidrógeno y de las
interacciones de Van der Waals, respectivamente. El dieléctrico de permitividad
dependiente de la distancia de Mehler y Solmajer [CITATION Meh91 \l 9226 ] se usará
para el cálculo de cuadrículas de los mapas electrostáticos y será empleado para todos
los ligandos, posiciones, orientaciones y torsiones aleatorias de inicio. Los pasos de
traslación y torsión se tomarán de los valores por defecto en AutoDock. Para la
minimización se aplicarán tanto el algoritmo genético Lamarckiano cómo los métodos
pseudo-Solis y Wets usando parámetros por defecto. El número de corridas de
acoplamiento será de 100. La población en el algoritmo genético será 150, las
evaluaciones de energía serán de 250000 y el máximo número de iteraciones de 27000.
SSY −PRESS
q 2= (1)
SSY
Donde SSY representa la varianza de las actividades biológicas alrededor del valor
medio, y PRESS es la suma de los cuadrados del error predicción, derivado del método
LOO. La incertidumbre de la predicción se define como:
PRESS
SPRESS=
√ n−k −1
(2)
2 2 2
SSmedia =SSregr + SSerror =∑ ( Y^ −Ý ) +∑ ( Y −Y^ ) =∑ ( Ý −Y ) (4)
Cronograma de Actividades
2 Diseño molecular
Optimización de las
3
geometrías de los ligandos
4 Acoplamiento Molecular
RESULTADO/PRODUC
INDICADOR BENEFICIARIO
TO ESPERADO
Establecer una metodología Presentaciones en congresos y Comunidad académica de
sencilla que pueda ser utilizada publicación en revistas la facultad de ciencias
en futuras investigaciones indexadas. exactas y naturales
relacionadas con el campo de
modelado molecular y diseño de
ligandos.
Tabla 2. Fortalecimiento de la comunidad científica
RESULTADO/PRODUC
INDICADOR BENEFICIARIO
TO
ESPERADO
Análisis de los parámetros Divulgación de resultados en Comunidad académica de
estadísticos para la predicción de revistas indexadas o resumen la facultad de ciencias
actividades biológicas a partir del en congresos nacionales y/o exactas y naturales
modelo obtenido. internacionales.
RESULTADO/PRODUC
INDICADOR BENEFICIARIO
TO ESPERADO
Presentar ante grupos de Divulgación de resultados en Comunidad científica general y
investigación competentes los revistas indexadas o resumen académica.
resultados provenientes de la en congresos nacionales y/o
investigación. internacionales.
* Los supuestos indican los acontecimientos, las condiciones o las decisiones, necesarios para que se logre el impacto esperado.
Referencias
4. PRESUPUESTO
FUENT
RUBR ES Total
OS Universidad de Otras instituciones
Cartagena
Efectivo Especie Efectiv Especie
o
SOFTWARE
MATERIALES Y SUMINISTROS 250000 250000
SALIDAS DE CAMPO
MATERIAL BIBLIOGRÁFICO
PUBLICACIONES Y REGISTROS DE
PROPIEDAD INDUSTRIAL O
INTELECTUAL
SERVICIOS TÉCNICOS
VIAJES
MANTENIMIENTO
ADMINISTRACIÓN
TOTAL 250000
Totales
Totales
*Valorar el uso de equipos hasta por el 10% del valor comercial del equipo
Totales
Totales
Totales
Totales
Totales
Totales
Totales
Tabla 4.11. Descripción Administración
Justificaci FUENT
ón ES
Totales
HOJA DE VIDA
(RESUMEN)
IDENTIFICACION DEL INVESTIGADOR PRINCIPAL O COINVESTIGADOR:
Apellidos: Nombre:
Correo electrónico:
Documento de identidad: