El siguiente protocolo para la electroforesis en gel de agarosa-formaldehído da una mayor

sensibilidad para gel y posterior análisis. Una característica clave es el tampón de carga de
ARN concentrado que permite un mayor volumen de muestra de ARN que se debe cargar
sobre el gel que los protocolos convencionales.

1,2% de agarosa formaldehído preparación gel

Para preparar gel de agarosa formaldehído (1,2% de agarosa) de tamaño 10 x 14 x 0,7 cm,
mezcla: 1,2 g de agarosa.

Ml 10x tampón de gel 10 formaldehído agarosa (ver composición abajo) Añadir RNasa
libre de agua a 100 ml

Si se necesitan geles más o menos grandes, ajustar las cantidades de componentes

proporcionalmente. Se calienta la mezcla para fundir agarosa. Enfriar a 65 ° C en un baño
de agua.

Añadir 1,8 ml de 37% (12,3 M) formaldehído (tóxico) y 1 l de un ml de bromuro de etidio

solución de 10 mg / (mutagénico). Mezclar bien y verter sobre soporte de gel.

Antes de ejecutar el gel, equilibrar en 1x formaldehído agarosa tampón de gel en

funcionamiento durante al menos 30 minutos.

Preparación de la muestra de ARN para el formaldehído electroforesis en gel de agarosa

Añadir 1 volumen de tampón de carga 5x por 4 volúmenes de muestra de ARN (por

ejemplo, 10 l de tampón de carga y 40 l de RNA) y mezclar.

Incubar durante 3 a 5 minutos a 65 ° C, enfriar en hielo, y cargar en el gel de agarosa

formaldehído equilibrada.

Gel condiciones de funcionamiento

Ejecute gel a 5-7 V / cm en tampón de 1x formaldehído gel de agarosa.

Composición de los tampones de gel de agarosa formaldehído

Tampón de gel de agarosa formaldehído 10x

MM 3- [N-morfolino] ácido 200 propanosulfónico (MOPS) (ácido libre)
Acetato de sodio 50 mM
EDTA 10 mM
pH a 7,0 con NaOH

Buffer Correr 1x gel de agarosa formaldehído

100 ml de tampón de gel de agarosa formaldehído 10x
20 ml 37% (12,3 M) de formaldehído
Agua 880 ml RNasa libre
5x carga de ARN Buffer
16 l bromofenol acuosa saturada de solución de azul †
80 l de EDTA 500 mM, pH 8,0
720 l 37% (12,3 M) de formaldehído
2 ml 100% de glicerol
3084 l formamida
Tampón de gel 4 ml 10 x formaldehído agarosa
RNasa libre de agua a 10 ml
Estabilidad: Aproximadamente 3 meses a 4 ° C

The following protocol for formaldehyde-agarose gel electrophoresis gives enhanced

sensitivity for gel and subsequent analysis (e.g. northern blotting). A key feature is the
concentrated RNA loading buffer that allows a larger volume of RNA sample to be loaded
onto the gel than conventional protocols (e.g. Sambrook, J. et al., eds. (1989) Molecular
cloning — a laboratory manual, 2nd ed. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor
Laboratory Press).

1.2% Formaldehyde Agarose gel preparation

To prepare Formaldehyde Agarose gel (1.2% agarose) of size 10 x 14 x 0.7 cm, mix:
1.2 g agarose
10 ml 10x Formaldehyde Agarose gel buffer (see composition below)
Add RNase-free water to 100 ml
If smaller or larger gels are needed, adjust the quantities of components proportionately.
Heat the mixture to melt agarose. Cool to 65°C in a water bath. Add 1.8 ml of 37% (12.3
M) formaldehyde (toxic) and 1 µl of a 10 mg/ml ethidium bromide (mutagenic) stock
solution. Mix thoroughly and pour onto gel support. Prior to running the gel, equilibrate in
1x Formaldehyde Agarose gel running buffer for at least 30 min.

RNA sample preparation for Formaldehyde Agarose gel electrophoresis

Add 1 volume of 5x loading buffer per 4 volumes of RNA sample (for example 10 µl of
loading buffer and 40 µl of RNA) and mix.
Incubate for 3–5 min at 65°C, chill on ice, and load onto the equilibrated Formaldehyde
Agarose gel.

Gel running conditions

Run gel at 5–7 V/cm in 1x Formaldehyde Agarose gel running buffer.

Composition of Formaldehyde Agarose gel buffers

10x Formaldehyde Agarose Gel buffer

200 mM 3-[N-morpholino]propanesulfonic acid (MOPS) (free acid)
50 mM sodium acetate
10 mM EDTA
pH to 7.0 with NaOH
1x Formaldehyde Agarose Gel Running Buffer
100 ml 10x Formaldehyde Agarose gel buffer
20 ml 37% (12.3 M) formaldehyde
880 ml RNase-free water

5x RNA Loading Buffer

16 µl saturated aqueous bromophenol blue solution†
80 µl 500 mM EDTA, pH 8.0
720 µl 37% (12.3 M) formaldehyde
2 ml 100% glycerol
3084 µl
4 ml 10 x Formaldehyde Agarose gel buffer
RNase-free water to 10 ml
Stability: Approximately 3 months at 4°C