BIOLOGA CELUL AR
El caos ordenado
de las protenas
En contra de lo aceptado, las protenas no necesitaran adoptar
formas rgidas para llevar a cabo sus funciones en la clula
A. Keith Dunker y Richard W. Kriwacki
EN SNTESIS
Segn el conocimiento tradicional, las
protenas deben adoptar una configu-
racin rgida para desempear tareas
tales como la unin a determinadas
molculas diana. Pero trabajos recien-
tes indican que una tercera parte de
las protenas humanas se hallan total
o parcialmente desestructuradas.
Aunque durante mucho tiempo la
falta de plegamiento se consideraba
una patologa, se sabe ahora que ese
rasgo no impide necesariamente la
operatividad de la protena. De hecho,
a menudo resulta crucial para su fun-
cionamiento.
Las protenas desestructuradas pue-
den haber desempeado un papel im-
portante durante la evolucin. Un mejor
conocimiento de su naturaleza contri-
buira al diseo de nuevos frmacos.
60 INVESTIGACIN Y CIENCIA, junio 2011
L
a oa o a aria de la vida. Representan los ojos,
los brazos y las piernas de las clulas vivas. Incluso el ADN, el
icono supremo de todas las molculas biolgicas, resulta im-
portante sobre todo porque contiene los genes que especifican
la sntesis de protenas. Y las clulas de nuestro organismo
como las neuronas, los leucocitos o las clulas olfatorias
se diferencian unas de otras en gran medida porque acti-
van distintos conjuntos de genes y, en consecuencia, producen diferentes
grupos de protenas.
Dada la importancia de esas molculas, muchos podran pensar que
los aspectos bsicos de su morfologa y funcionamiento se conocen des-
de hace tiempo. Sin embargo, durante decenios los cientficos aceptaron
una idea que result incompleta. Dedujeron, acertadamente, que las protenas
se hallaban compuestas por aminocidos unidos entre s como las cuentas de un
collar. Adems, para que una protena ejerciera su funcin, su cadena de ami-
nocidos deba primero plegarse y adoptar una configuracin precisa y rgida.
No obstante, hoy se hace cada vez ms evidente que ciertas protenas desempe-
an sus funciones biolgicas sin haber llegado nunca a plegarse por completo,
mientras que otras se pliegan solo cuando se las necesita. De hecho, quizs una
tercera parte de las protenas humanas son intrnsicamente desordenadas y
poseen al menos algunas regiones desplegadas o desordenadas.
XXXXXXXX
Desde hace tiempo se saba que las polimerasas (enzimas que copian el ADN
o lo transcriben a ARN) representan complicadas nanomquinas constituidas por
 A. Keith Dunker es biofsico de la facultad de medicina de la Universidad
de Indiana, donde dirige el Centro de Biologa Computacional y Bioinformtica.
Investig los virus durante treinta aos antes de adentrarse en el estudio
de las protenas desestructuradas en 1995.

Richard W. Kriwacki es bilogo estructural en el Hospital de

Investigacin Peditrica St. Jude de Menfis. En 1996, cuando trabajaba
en el Instituto Scripps de Investigacin en La Jolla, California,
descubri, junto con otros, uno de los primeros ejemplos de protenas
desordenadas.

La protena flexible p27 (verde), al plegarse

en mltiples formas, puede enrollarse en
torno a distintas molculas asociadas, algo
XXXXXXXX

que las protenas con una estructura

tridimensional nica no pueden hacer.

Junio 2011, InvestigacionyCiencia.es 61

numerosas partes mviles; gracias a una suerte de bisagras, los
distintos segmentos proteicos pivotan unos en torno a otros.
Pero a menudo uno se imagina esas molculas como combina-
ciones de piezas rgidas, de modo similar a las secciones de una
silla plegable. Las protenas intrnsicamente desordenadas se
parecen ms bien a unos espaguetis revueltos en un puchero de
agua hirviendo.
Hace quince aos esa afirmacin se hubiese considerado una
hereja. Hoy en da, se reconoce que ese carcter amorfo y flexi-
ble probablemente contribuy al origen de la vida sobre la Tierra
y que la flexibilidad sigue desempeando un papel crucial en
las clulas, en concreto, durante la divisin celular y la activa-
cin gnica. Esta reciente perspectiva proporciona conocimien-
tos nuevos y asombrosos sobre la biologa bsica de las clulas
y apunta hacia formas novedosas de tratar las enfermedades,
entre ellas el cncer.
ENCAJES PERFECTOS
La idea de que una estructura tridimensional rgida determina-
ba la funcin de una protena se plante en 1894. Emil Fischer,
qumico de la Universidad de Berln, propuso que las enzimas
(los catalizadores de las reacciones bioqumicas) interacciona-
ban con otras molculas al unirse a contornos especficos de su
superficie externa; en cambio, las enzimas no reconoceran otras
molculas con caractersticas superficiales ligeramente distin-
tas. En otras palabras, una enzima y la molcula a la que se une
encajan entre s como una llave y una cerradura.
En la poca en que Fischer formul su modelo se desconoca
la naturaleza de las protenas. Durante los 60 aos siguientes,
se descubri que las protenas estaban formadas por cadenas de
aminocidos y se concluy que, para funcionar correctamen-
te, deban plegarse y adoptar una forma precisa. En 1931, el bio-
qumico Hsien Wu proporcion un slido respaldo a esa idea al
demostrar que la desnaturalizacin de las protenas (la elimina-
cin de su estructura tridimensional natural) daba lugar a una
prdida total de su funcin. Tras determinar la estructura tridi-
mensional de la mioglobina de cachalote en 1958, se ha analiza-
do la arquitectura de ms de 50.000 tipos de protenas. Para tal
fin, primero se provoca la transformacin de las estructuras r-
gidas en cristales; posteriormente, estos se irradian con rayos X
y se estudia su difraccin.
Pero ese mundo estructurado de las protenas, basado en el
modelo de llave y cerradura, no resultaba en realidad tan est-
tico. A principios del siglo ya se saba que muchos anticuer-
pos se unan a diversas molculas diana, o antgenos, una ob-
servacin que contradeca el modelo de llave y cerradura. En
los aos cuarenta, el clebre qumico Linus Pauling sugiri que
ciertos anticuerpos podan plegarse de distintos modos y que
las diversas configuraciones adoptadas dependan del ajuste
entre anticuerpo y antgeno.
A partir de los aos cuarenta, otras observaciones indicaron
que no todas las protenas se atenan al dogma segn el cual la
funcin era consecuencia de una estructura tridimensional r-
gida. Pero, por lo general, aquellas que no lo hacan se conside-
raban un caso aislado, inslitas excepciones a la norma. Uno de
los autores (Dunker) describi varios de esos ejemplos y se dio
cuenta de que tal vez deba reexaminarse el dogma. En 1953, se
descubri que la casena (la protena de la leche) se hallaba de-
sestructurada en su mayor parte; esa flexibilidad probablemen-
te facilitaba su digestin en los mamferos lactantes. A princi-
pios de los setenta, se observ que la protena fibringeno con-
tena una regin de gran tamao sin una estructura fija; esa
62 INVESTIGACIN Y CIENCIA, junio 2011
regin, junto con otras de menor tamao descubiertas poste-
riormente, desempeaba un papel crucial en la coagulacin de
la sangre. Ms tarde, en ese mismo decenio, la protena de la
envoltura externa, o cpside, del virus del mosaico del tabaco
ofreca otro ejemplo revelador. Cuando la cpside se halla va-
ca, la protena presenta grandes regiones desestructuradas que
cuelgan en la cavidad; esa laxitud permite que el ARN recin
sintetizado, formado durante la reproduccin vrica en una c-
lula infectada, se empaquete en su interior. Pero a medida que
el ARN va entrando, la protena se une a l y adopta una estruc-
tura rgida.
Mientras tanto, la imposibilidad de inducir experimental-
mente el plegamiento de determinadas protenas haca su-
poner que se cometa algn error: seguramente las cadenas
de aminocidos solo podran adoptar una forma plegada
correcta en el ambiente interno de la clula. As, cuando los
investigadores colocaban disoluciones de protenas purifica-
das en viales para examinarlas con un espectrmetro de reso-
nancia magntica nuclear (RMN) una de las tcnicas ms
utilizadas para estudiar protenas obtenan a veces datos bo-
rrosos, algo que interpretaban como un fallo en el plegamien-
to de las molculas.
Pero esos resultados encerraban una informacin mucho
ms interesante. La espectroscopia de RMN exige la aplicacin
de potentes pulsos de radiofrecuencia para inducir el giro sin-
cronizado de los ncleos atmicos de determinados elementos,
como el hidrgeno. Los ligeros cambios de frecuencia en la res-
puesta de los ncleos guardan una estrecha relacin con la po-
sicin de los tomos en el interior de los aminocidos y con la
ubicacin de un aminocido respecto a otro. As, a partir de los
cambios de frecuencia se suele establecer la estructura de una
protena rgida. Pero si los aminocidos se mueven mucho
como sucedera en una protena desestructurada los cam-
bios de frecuencia se vuelven borrosos.
En 1996, uno de los autores (Kriwacki, a la sazn en el Ins-
tituto Scripps de Investigacin) examinaba la protena p21,
implicada en el control de la divisin celular, cuando se dio
cuenta de un hecho sorprendente. Segn los datos de RMN, la
protena presentaba una desorganizacin casi total. Los ami-
nocidos rotaban libremente en torno a los enlaces qumicos
que los mantenan unidos, nunca permanecan en una confor-
macin determinada durante ms de una fraccin de segundo.
Y sin embargo y este fue el aspecto que le choc, p21 segua
ejerciendo su indispensable funcin reguladora. Constitua la
primera prueba convincente de que la falta de estructura en
una protena no inutiliza su funcin.
La espectroscopa de RMN sigue representando la principal
tcnica para determinar si una protena se halla plegada o
desordenada. Gracias a ella, junto con otros mtodos, se ha con-
firmado que numerosas protenas son intrnsecamente desor-
denadas. Esas molculas cambian constantemente de forma
PGINAS ANTERIORES: AXS BIOMEDICAL ANIMATION STUDIO
como consecuencia del movimiento browniano y de sus pro-
pias fluctuaciones trmicas y, sin embargo, son perfectamente
funcionales.
MARAA PROTEICA
Esta visin nueva y ms amplia queda muy bien reflejada en
la protena p27, presente en la mayora de los vertebrados. Al
igual que p21, p27 es una de las protenas fundamentales que
regulan la divisin celular para que las clulas no se multipli-
quen de manera descontrolada. La RMN muestra que p27 es
muy flexible, con regiones que se pliegan y despliegan rpida-
 U NA V I S I N M S A M P L I A

Orden frente a desorden

La maquinaria molecular de las clulas transcribe la
informacin codificada en las secuencias de ADN
(los genes) en molculas de ARN y traduce el ARN
en las largas cadenas de aminocidos que com-
ponen las protenas. Los libros de texto de bio-
loga afirman que, a continuacin, una protena
debe plegarse y adoptar una forma peculiar
(secuencia superior) para desempear su funcin; por
ejemplo, para unirse a una molcula especfica del
mismo modo en que una llave encaja en una cerradura.
Sin embargo, muchas protenas permanecen desplega-
das, al menos en parte. Esta flexibilidad las capacita para
unirse a distintas molculas (secuencia inferior) o para
realizar otras funciones.

ADN Visin clsica de la actividad proteica

ARN
Unin del tipo Al disociarse,
La protena se pliega llave-cerradura la protena sigue plegada

Protena incipiente

Ribosoma
ARN

Proceso descubierto recientemente

La protena La protena se puede La protena se pliega y se une Al disociarse,

permanece extendida unir a diversas dianas (asumiendo formas distintas en funcin la protena
de la estructura de la diana) se extiende

mente para dar lugar a estructuras lbiles con forma de saca-
corchos o de lmina. En la mayora de las clulas cancerosas
humanas la cantidad de p27 se reduce, y cuanto menor sea el
valor, peor resulta el pronstico para el paciente.
La molcula p27 frena la divisin celular al unirse al menos
con seis tipos de enzimas quinasas e inhibir su actividad. Las
quinasas son las principales reguladoras de la replicacin del
ADN y de la divisin celular. Aaden grupos fosfato
(PO 3
4 ) a otras protenas (las fosforila), una reaccin que pone
en marcha una cascada de sucesos. Para llevar a cabo su tarea,
la dinmica molcula p27, con forma de cordn, se enrolla alre-
dedor de una quinasa que posee una estructura bsicamente
rgida y recubre una parte importante de su superficie, entre
ellos los lugares qumicamente reactivos, o centros activos.
Ese bloqueo impide la fosforilacin y, por tanto, detiene la di-
visin celular. Gracias a su flexibilidad, p27 puede amoldarse a
distintos tipos de enzimas, enrollndose en torno a ellas e inhi-
bindolas. Cuando una protena posee esta caracterstica se dice
que es promiscua o que est pluriempleada.
En una escala que abarcara desde un estado de mximo
desorden (sin ninguna estructura) hasta otro de mximo or-
den (plegamiento rgido), la protena p27 se situara cerca del
primer extremo, y las quinasas, del extremo opuesto. Muchas
otras protenas ocupan alguna posicin intermedia, ya que
poseen unas regiones estructuradas y otras desestructuradas.
La calcineurina, que interviene en la respuesta inmunitaria
(por lo que constituye la diana de los frmacos antirrechazo),
acta al revs que una quinasa. Posee una regin organizada,
el centro activo de la enzima, que funciona segn el modelo
clsico de llave y cerradura para retirar los grupos fosfato de
otras protenas que han sido fosforiladas. Pero tambin cuen-
ta con una regin desordenada que se une al centro activo de
la propia enzima y lo anula cuando no hay necesidad de reti-
rar grupos fosfato. Por tanto, la calcineurina puede conside-
rarse como dos protenas en una: la regin estructurada lle-
va a cabo la catlisis y la regin desestructurada regula esa
funcin cataltica.
Los ejemplos mencionados hasta aqu hacen referencia a
protenas que se pliegan bien sobre s mismas o en torno a
otras para realizar su funcin. Pero a menudo el desorden
forma parte del mecanismo operativo de una protena. En un
caso conocido, la longitud de una regin desestructurada ac-
ta a modo de mecanismo temporizador, al controlar la velo-
cidad a la que dos lugares de unin se acercan entre s: cuan-
do la regin desorganizada es ms larga, los dos puntos de
unin emplean ms tiempo en reconocerse que cuando esa
regin es ms corta. En otro caso, la desestructuracin per-
mite a la protena colarse a travs de una estrecha abertura y
atravesar la membrana celular. Y tambin existen protenas
desordenadas en los axones de las neuronas, donde forman
estructuras con forma de cepillo que evitan el colapso de los
axones.
Al contrario de lo que podamos esperar, algunas prote-
nas permanecen desestructuradas incluso despus de unirse.
En el Hospital para Nios Enfermos de Toronto, Tanja Mittag
(que trabaja en la misma facultad que Kriwacki), descubri

Junio 2011, InvestigacionyCiencia.es 63

 D E T E R M I N AC I N D E L A E S T R U C T U R A
Protenas escurridizas
Ante la imposibilidad de conocer su estructura por los medios usuales,
debe recurrirse al refinado de modelos estadsticos
SANTI ESTEBAN MARTN, CARLOS W. BERTONCINI Y XAVIER SALVATELLA
Existen solo veinte aminocidos naturales para la biosntesis de pro-
tenas de acuerdo con las instrucciones codificadas en el genoma.
Siendo tan simples en su composicin qumica, cmo es posible que
estas macromolculas puedan ejecutar funciones de suma diversidad
y complejidad? Ello se debe a que la actividad biolgica de cada pro-
tena no depende tanto de la naturaleza de los aminocidos que la com-
ponen como del modo en que se combinan y, por tanto, de la estruc-
tura tridimensional que esta adopta al plegarse para una protena
mediana, de unos 200 aminocidos, el nmero de combinaciones posi-
bles para los veinte aminocidos disponibles asciende a 20200.
La estrecha relacin entre la estructura y la funcin en las prote-
nas ha originado programas de investigacin que tienen por objeto la
determinacin sistemtica de la estructura de todas las protenas del
genoma. Estos estudios han revelado, sorprendentemente, que existe
un nmero elevado de protenas que, aunque no adoptan estructuras
tridimensionales definidas, llevan a cabo importantes funciones bio-
lgicas. Esta nueva clase de protenas, que desafan en parte el dogma
central de la biologa molecular formulado por Francis Crick en 1958
(a cada secuencia aminoacdica le corresponde una estructura tridi-
mensional), recibe el nombre de protenas intrnsecamente desorde-
nadas (IDP, por sus siglas en ingls).
Las IDP no pueden ser descritas por una sola conformacin, puesto
que adoptan mltiples estructuras. Deben representarse como un con-
junto de estas algunas compactas, otras extendidas de estabilidad
similar y que se intercambian a una gran velocidad: ms de un milln
de veces por segundo.
Dado que estas macromolculas desempean funciones impor-
tantes y se hallan implicadas en enfermedades neurodegenerativas
Secuenciacin
Estructura primaria
Protena
intrnsecamente
desordenada
Descripcin estructural de protenas intrnsecamente desordenadas. A partir de la
estructura primaria de la protena (cadena de aminocidos), se propone un conjunto de
estructuras tridimensionales basadas en las preferencias que presenta cada uno de los
20 aminocidos naturales en las regiones flexibles de protenas conocidas. Se obtiene as
un primer modelo terico aproximado (hebras verdes). Para refinar esta descripcin de
la protena, se recurre a parmetros estructurales obtenidos mediante resonancia mag-
64 INVESTIGACIN Y CIENCIA, junio 2011
(alzhimer y prkinson), reviste suma importancia conocer sus pro-
piedades estructurales. Existe por ello un gran inters en averiguar
si presentan patrones estructurales de baja estabilidad, es decir, ple-
gamientos adoptados por una pequea fraccin de las estructuras
que colectivamente las describen y que, por lo tanto, no se pueden
estudiar con las tcnicas de determinacin estructural usuales. Carac-
terizar a resolucin atmica cada una de estas estructuras constituye
uno de los principales retos de la biologa estructural moderna. Debido
a su complejidad, esta cuestin solo puede abordarse desde una
aproximacin interdisciplinaria, que combine el uso de mediciones
experimentales con modelos tericos basados en el anlisis de estruc-
turas de protenas depositadas en bases de datos.
Un paso importante en esa direccin fue descubrir que las prefe-
rencias estructurales de cada uno de los veinte aminocidos naturales
en protenas desordenadas son en gran medida independientes del
contexto (la secuencia); asimismo, guardan una estrecha semejanza
con las preferencias observadas en las regiones flexibles de protenas
ordenadas, tales como los bucles que conectan elementos de estruc-
tura secundaria.
Modelos refinados
Ese condicionante (preferencias estructurales) permite generar mode-
los para protenas desordenadas que, pese a contener notables aproxi-
maciones, presentan un elevado grado de acuerdo con las mediciones
experimentales de resonancia magntica nuclear (RMN) y de disper-
sin de rayos X a ngulo pequeo. Sin embargo, estos modelos preli-
minares, aproximados, carecen de la resolucin necesaria para estu-
diar la presencia de patrones de baja estabilidad, posiblemente
...
Modelo computacional
aproximado
1 2
Experimento
Experimento
Modelo Modelo
ntica nuclear (RMN). El mtodo se basa en comparar los valores experimentales de esos
parmetros con los valores tericos (calculados a partir del modelo) correspondientes (1).
Segn el grado de coincidencia, se modifica el modelo inicial. Se obtiene entonces un
segundo modelo, mejorado (hebra granate) y se procede a una segunda comparacin

implicados en la funcin de las IDP. Es necesario, pues, mejorar los
modelos actuales a travs de tcnicas de refinado estructural.
La RMN es una tcnica particularmente adecuada para el refi-
nado estructural, dado que algunos de los parmetros experimenta-
les accesibles, como los acoplamientos dipolares residuales (RDC,
por sus siglas en ingls), dependen tanto de la estructura local y
secundaria como de la topologa de la protena. Los mtodos de refi-
nado corrigen la posicin de los tomos de cada una de las estruc-
turas hasta que estas reproducen, en conjunto, los datos de RMN
obtenidos experimentalmente.
En nuestro laboratorio hemos desarrollado una herramienta que
permite mejorar la precisin de modelos aproximados para el estu-
dio de IDP. A partir de valores de RDC obtenidos mediante RMN,
hemos determinado un modelo estructural de la protena ubiquitina
en su estado desordenado. El conjunto refinado obtenido reproduce,
adems de los datos de RDC, otros parmetros de RMN medidos
de forma independiente, lo que valida el clculo estructural llevado
a cabo. La caracterstica ms importante de este conjunto es, sin
embargo, que reproduce los patrones estructurales de baja estabi-
lidad de la molcula en estudio.
Los resultados, que se publicaron en marzo de 2010 en el Journal
of the American Chemical Society, indican que el refinado de mode-
los estadsticos a partir de datos de RMN, como los acoplamientos
dipolares residuales, abre las puertas a la caracterizacin de las pro-
piedades estructurales de IDP a alta resolucin. Ello permitir ahon-
dar en el conocimiento del origen de la actividad biolgica de esta
misteriosa clase de protenas as como en su implicacin en enfer-
medades neurodegenerativas con importante impacto personal
y social.
Santi Esteban Martn, Carlos W. Bertoncini y Xavier Salvatella
Laboratorio de biofsica molecular
Instituto de Investigaciones Biomdicas de Barcelona
...
Modelo refinado
Conjunto final
de estructuras
N buscaban segmentos de ADN que codificaban largas cadenas de
Experimento
Modelo
con los datos experimentales de referencia (2). Y as sucesivamente hasta que los valo-
res tericos coinciden con los experimentales (N). El modelo refinado, de gran precisin,
que se obtiene al final del proceso resulta de gran utilidad para estudiar las propiedades
estructurales de la protena.
hace poco la protena inhibidora Sic1 en la levadura. La mo-
lcula se mantiene unida a su compaera a travs de varios
segmentos cortos que se juntan y separan continuamente en
un nico punto, mientras que el resto de Sic1 permanece de-
sestructurado.
El desorden tambin se da en las protenas de organismos
ms sencillos, e incluso en virus. Los fagos, virus especializados
en infectar bacterias, se adhieren a la membrana de una clula
husped mediante protenas que se mantienen unidas al cuer-
po principal del fago por medio de conectores flexibles. A con-
tinuacin, la protena de adhesin, de menor tamao y mayor
movilidad que el fago entero, puede reorientarse con rapidez y
optimizar su alineamiento durante el acoplamiento.
PROMISCUIDAD GENERALIZADA
Hasta la fecha, se han identificado unas 600 protenas to-
tal o parcialmente desestructuradas y se ha descrito su fun-
cin en laboratorios de todo el mundo. Pero sospechamos que
existen muchas ms. Despus de todo, hasta hoy tan solo se ha
descifrado la estructura de una pequea parte de las 100.000 pro-
tenas que se estima que hay en el cuerpo humano. Adems,
recientes estudios bioinformticos llevados a cabo por
Dunker y sus colaboradores apuntan en esa direccin.
El enfoque bioinformtico se basa en los primeros estu-
dios tericos de protenas individuales. Estos sugeran que,
despus de que una clula sintetiza una cadena de aminoci-
dos para fabricar una protena, la cadena se pliega de una
manera que depende de su composicin. En concreto, los ami-
nocidos voluminosos e hidrofbicos (los que repelen las mo-
lculas de agua que, de forma natural, rodean a las protenas)
tienden a situarse en la parte interior de la molcula. Por el
contrario, los aminocidos que acaban localizndose sobre la
superficie de una protena plegada suelen ser pequeos e hi-
droflicos (tienden a interaccionar con las molculas de agua
circundantes).
La idea de Dunker consista en comparar las secuencias de
aminocidos de protenas que se saba eran intrnsecamente de-
sordenadas con las que presentaban formas plegadas rgidas.
Mediante el empleo de algoritmos de computacin, su equipo
descubri en 1997 que las protenas intrnsecamente desorde-
nadas presentaban ms aminocidos hidroflicos que las pro-
tenas rgidas. Por tanto, el balance entre aminocidos hidrof-
licos e hidrofbicos permitira pronosticar el grado de plega-
miento o desorganizacin de una protena concreta.
Para explorar las implicaciones biolgicas de sus hallazgos
preliminares, el equipo de Dunker realiz en el ao 2000 una
comparacin entre los diversos reinos de la vida. Se examina-
ron los genomas de varios organismos mediante algoritmos que
aminocidos hidroflicos. Las protenas correspondientes resul-
taran las ms idneas para presentar, al menos, cierto grado
de desorganizacin. En los organismos ms sencillos, las bacte-
rias y las arqueobacterias, se previ que muy pocas protenas
exhibiran un desorden intrnseco. Pero en eucariotas (organis-
mos ms complejos con clulas nucleadas, como levaduras, mos-
cas de la fruta y seres humanos) las protenas desestructuradas
seran mucho ms frecuentes.
Esos resultados fueron ampliados en 2004 por un equipo
liderado por David T. Jones, de la Universidad de Londres, que
realiz comparaciones con datos relativos a seres humanos.
De modo sorprendente, se descubri que hasta el 35 por cien-
to de todas las protenas humanas contendran amplias regio-
Junio 2011, InvestigacionyCiencia.es 65
 EN LA CLULA
Flexibilidad
operativa
En sus diversas funciones como enzimas, componen-
tes estructurales o mquinas moleculares, las prote-
nas dirigen casi todas las actividades celulares. Se
ilustran tres ejemplos, en una clula humana, en que
la ausencia de una estructura predeterminada en la
protena resulta crucial para el funcionamiento de
la misma.
Protector contra el cncer
Cuando una clula resulta daada por la radiacin
o por otros motivos, la protena p53 entra en accin.
Una agrupacin de cuatro copias de p53 se adhiere a lugares
especficos del ADN para poner en marcha la produccin de
enzimas reparadoras del ADN. Las regiones desestructu-
radas de p53 permiten al complejo proteico enrollarse en
torno a la doble hlice. Aparte del ADN, la protena puede
interaccionar con el ARN y con ms de 100 tipos de
protenas.
ADN
p53
desestructurada
nes desestructuradas. Es decir, en un tercio de nuestras pro-
tenas el concepto de llave y cerradura resultara, sencillamen-
te, irrelevante.
Las razones de esta discrepancia todava no se han aclara-
do. Una posible explicacin sera que las protenas con caracte-
rsticas estructurales del tipo llave-cerradura demostraran la
mxima eficacia en funciones como la actividad enzimtica,
mientras que las protenas intrnsecamente desordenadas lo ha-
66 INVESTIGACIN Y CIENCIA, junio 2011
Transportador monorral
Una mquina molecular formada por dos copias Cargamento
de la protena kinesina camina a lo largo de los
microtbulos para arrastrar una vescula u otro tipo
de cargamento de una parte a otra de la clula. Kinesina
Cada paso est impulsado por una molcula de ATP,
que reacciona con el pie adelantado y obliga a que
una regin conectora desestructurada de la pro-
tena se pliegue en torno a ese pie. Al mismo tiempo,
el conector tambin empuja al pie posterior, obli- Regin
gndolo a girar hacia delante, donde se vuelve desestructurada
a unir al microtbulo.
ATP
Microtbulo
Complejo
del poro nuclear
Regin Protenas desplegadas
de p53
Controlador de acceso al ncleo
Incrustado en la membrana nuclear, el complejo
M STRUCTURES TO DRUG DISCOVERY, POR ANDREAS C. JOERGER
del poro nuclear est formado por unos 30 tipos de
protenas ensambladas con una perfecta simetra
ERSPECTIVES IN BIOLOGY, VOL. 3, N. O 2; FEBRERO DE 2011
octogonal y regula las molculas que entran y
salen. La abertura est rellena de un gel de
protenas totalmente desplegadas. Las molculas
pequeas como el agua atraviesan el gel sin ningn
impedimento, mientras que las molculas grandes
necesitan de un medio de transporte activo.
Y ALAN R. FERSHT EN COLD SPRING HARBOR PERSPECTIVES
FUENTE: THE TUMOR SUPPRESSOR P53: FROM
ran en la sealizacin y la regulacin. Las bacterias sencillas
renen todos sus elementos constituyentes en un nico espa-
cio. Los organismos complejos, en cambio, poseen numerosos
compartimentos intracelulares como el ncleo, el aparato de
Golgi, las mitocondrias, etctera; por tanto, necesitan una ma-
yor sealizacin entre sus componentes y una regulacin ms
extensa. Los organismos pluricelulares requieren adems es-
quemas de sealizacin para coordinar la actividad de los di-
v
versos tipos de clulas y tejidos. En el ejemplo de la protena
p27 comentado anteriormente, la flexibilidad de la molcula le
permite transmitir mensajes qumicos a lo largo de las rutas de
sealizacin de una clula: la informacin se halla en su confi-
guracin, en sus modificaciones qumicas (como la fosforila-
cin) y en el tipo de unin que establece con otras molculas, a
las que inhibe o regula.
EL SECRETO DE LA EVOLUCIN
La escasez de protenas intrnsecamente desordenadas en las
bacterias
b indicara que ese tipo de molculas habra surgido
tarde en la evolucin. Sin embargo, diversas lneas de investi-
gacin sugieren lo contrario. Por un lado, numerosos sistemas
de sealizacin importantes en bacterias utilizan protenas de-
sestructuradas, y no protenas estructuradas. Adems, en las
mquinas moleculares evolutivamente antiguas, formadas por
asociaciones de ARN y protenas, casi todas las protenas se
hallan total o parcialmente desestructuradas cuando no estn
unidas a su ARN correspondiente. Entre estos complejos hbri-
dos cabe citar los somites cirujanos (spliceosome, una mquina
molecular que mediante diversos cortes y empalmes edita, o
procesa, el ARN en una de las etapas intermedias de la sntesis
proteica) y el ribosoma (el complejo que enlaza los aminoci-
dos entre s para formar protenas).
Las investigaciones sobre el origen de la vida tambin in-
dican la antigedad de las protenas desestructuradas. Una de
las principales hiptesis sostiene que la vida de los primeros
organismos se basaba en el ARN. La molcula ejerca a la vez
una funcin cataltica y de almacenamiento de informacin
gentica, tareas que en las clulas modernas desempean las
protenas y el ADN, respectivamente. Un problema importan-
te relacionado con esta teora es que el ARN se pliega de ma-
nera muy poco eficiente para adoptar su forma cataltica y a
menudo se queda atascado en conformaciones inactivas. En
las clulas actuales, las protenas chaperonas del ARN ayudan
al cido nucleico a plegarse correctamente. Otras protenas es-
tabilizan un ARN determinado en su configuracin activa, lo
que sugiere que la aparicin de esas molculas habra resuel-
to la dificultad de plegamiento del ARN. Tanto las chaperonas
como las protenas estabilizantes carecen de estructura antes
de unirse al ARN.
Otro dato que respalda la antigedad de las protenas de-
sordenadas procede del anlisis del origen del cdigo genti-
co, el conjunto de reglas que utilizan las clulas para traducir
la informacin almacenada en los cidos nucleicos (ARN o
ADN) en una secuencia de aminocidos. Se piensa que deter-
A otras, por protenas muy dinmicas. El amanecer de una nue-
minados aminocidos fueron codificados en las etapas inicia-
les de la creacin de la vida, mientras que otros lo fueron ms
tarde. Probablemente, los aminocidos voluminosos e hidrof-
bicos
b que dirigen el plegamiento de una protena aparecieron
tarde, de modo que las protenas sintetizadas a partir de los
primeros aminocidos muy probablemente permaneceran des-
plegadas cuando se hallaban aisladas. De ser cierta la idea so-
bre
b la evolucin del cdigo gentico, las primeras protenas que
se crearon presentaran un plegamiento precario o careceran
de l. Sin duda, los aminocidos que surgieron ms tarde per-
mitieron que las protenas adquirieran una estructura; esos
aminocidos sirvieron de base para la formacin de centros ac-
tivos del tipo llave-cerradura en las enzimas y ofrecieron la
oportunidad para que, a lo largo de millones de aos, las pro-
tenas reemplazaran al ARN como centro neurlgico de la ac-
tividad cataltica de la clula.
UN ARMA DE DOBLE FILO
A la vista de la importancia biolgica de las protenas, no debe-
ra sorprendernos que muchas de ellas sean responsables de en-
fermedades. El nuevo paradigma del desorden intrnseco en las
protenas cambiar por completo la forma en que entendemos
y tratamos las dolencias humanas.
En algunos casos, la ausencia de estructura en una prote-
na resultar perjudicial. Si una clula las sintetiza en exceso,
ciertas protenas desorganizadas tendern a agregarse y a for-
mar placas. En el cerebro, se piensa que estas placas ocasionan
una serie de patologas neurodegenerativas devastadoras, en-
tre ellas las enfermedades de Alzheimer, Parkinson y Hunting-
ton. Parece que las protenas desestructuradas deben mante-
nerse bajo un control escrupuloso para evitar que se vuelvan
dainas. En 2008, un estudio a gran escala realizado en leva-
duras, ratones y humanos, encabezado por M. Madan Babu, del
Laboratorio de Biologa Molecular del Medical Research Coun-
cil en Cambridge, demostr que las clulas regulan de forma
ms estricta las protenas desestructuradas que las que se hallan
plegadas.
El descubrimiento de la posible implicacin de protenas
intrnsecamente desordenadas en ciertas enfermedades est
generando nuevas ideas sobre futuros tratamientos. En casi to-
dos los procesos biolgicos se producen interacciones entre
protenas, por lo que durante mucho tiempo han sido objeto
de inters en el desarrollo de medicamentos; pero hasta la fe-
cha se han obtenido escasos resultados, si se compara con las
estrategias dirigidas contra las interacciones entre enzimas y
molculas ms pequeas. Las protenas que interaccionan con
protenas desestructuradas a menudo ofrecen a sus compae-
ras puntos de anclaje que los investigadores podran aprove-
char para introducir nuevos frmacos. En concreto, mediante
molculas que anulan una interaccin entre un gen importan-
te para la supresin del cncer y una de sus parejas regulado-
ras, se ha conseguido detener el cncer de animales de labora-
torio; en la actualidad, esas molculas se estn ensayando en
humanos. El equipo de Kriwacki est desarrollando una lnea
de ataque parecida para tratar el retinoblastoma, un cncer del
ojo que afecta especialmente a los nios. Los ensayos prelimi-
nares en animales han ofrecido resultados prometedores. Otros
laboratorios estn trabajando en proyectos similares.
Los investigadores interesados en el modo de accin de las
protenas estn empezando a dejar de lado el antiguo modelo
de la llave-cerradura. Se estn dando cuenta de que algunas fun-
ciones biolgicas estn mejor dirigidas por protenas rgidas, y
va era en la estructura y funcin de las protenas tiene el poten-
cial necesario para trasformar nuestros conocimientos sobre la
vida, y quiz para salvarla.
PA R A S A B E R M S
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Junio 2011, InvestigacionyCiencia.es 67