Ligamiento y Recombinacin en Plantas
1.
LIGAMIENTO:
Ligamiento por definicin, se dice que dos loci estn ligados cuando
se encuentran situados sobre el mismo cromosoma. Todos aquellos
loci que se encuentran situados sobre el mismo cromosoma forman
un Grupo de Ligamiento. Cuanto ms alejados estn entre s dos loci
ligados (A,a y C,c) ms probable es que se d sobre cruzamiento
entre ellos, cuanto ms cerca estn entre s dos loci ligados (A,a y
B,b) menos probable es que se d sobre cruzamiento entre ambos.
Dos loci ligados pueden estar en Fase de Acoplamiento AB/ab (los
dos alelos dominantes sobre el mismo cromosoma, y los dos
recesivos sobre el cromosoma homologo) o en Fase de Repulsin
Ab/aB (un alelo dominante y otro recesivo sobre cada cromosoma).
ANALISIS DE LIGAMIENTO:
Consiste en mapear loci genticos observando individuos con parentesco. Es
decir, se intenta encontrar una caracterstica fcil de medir que est asociado al
gen (o a uno de ellos en enfermedades multifactoriales) que provoca la
enfermedad, de manera que evaluando este factor sepamos si un individuo
presenta o no la enfermedad, o incluso si es portador de ella.
El estudio de ligamiento gentico es un mtodo indirecto que permite
establecer una relacin de una enfermedad (gentica) entre miembros de una
familia.
Para establecer esta relacin se usan marcadores genticos que estn
localizados en la regin del cromosoma que nos interesa.
Es habitual hacer anlisis de asociacin don marcadores a lo largo de todo el
genoma (GWA) para la identificacin de su asociacin a un rasgo observable.
A diferencia de lo GWL, donde se suelen identificar alelos asociados a alto
riesgo de padecer la enfermedad, los GWA pueden identificar rasgos allicos
moderados asociados a enfermedades multifactoriales.
Existen dos planteamientos generales cuando se hace anlisis de ligamiento:
PLANTEAMIENTO DIRECTO:
Una vez conocida la existencia de ligamiento, permite calcular las frecuencias
fenotpicas esperadas: La mejor manera de entender el planteamiento directo
es mediante la realizacin de un ejercicio.
Ejercicio, Apartado 1: Cruzamiento prueba
Si en el 80% de las meiosis se da sobre cruzamiento, entonces su frecuencia
es 0.8 (2p=0.8) y existen por tanto un 40% de gametos recombinantes (p=0.4).
2p = 0.8
p = 0.4
D = 40M
El cruzamiento que plantea el problema es AaBb X aabb. Por tanto, sabiendo
que ambos genes estn ligados y que la proporcin se recombinantes es 40%
(p=0.4)
Gametos:
A B = (1-p) = 0.3
A b = p=0.2
a B = p=0.2
ab=1
a b = (1-p) = 0.3
(A continuacin): el resultado de llevar a cabo el cruzamiento se representa en
un cuadrado de Punnet en el que se ponen en filas y columnas los genotipos
de los gametos de cada planta del cruce (verde), y se combinan para dar los
genotipos de la descendencia (amarillo).
Por tanto, las frecuencias fenotpicas seran:
AB = 0.3
Ab = 0.2
aB = 0.2
Ab = 0.3
Nota: como en el ejercicio no se han definido los fenotipos que definen cada
alelo, se representan simplemente los fenotipos por las letras de los alelos que
los definen (siendo A>a;B>b), es decir, por ejemplo el genotipo AaBb tendra un
fenotipo AB, el genotipo aaBb tendra fenotipo aB etc.
Ejercicio 1, Apartado 2: F2
De nuevo, si en el 80% de las meiosis se da sobre cruzamiento, entonces su
frecuencia es 0.8 (2p=0.8) y existen por tanto un 40% de gametos
recombinantes (p=0.4). La diferencia con el apartado anterior es que el
genotipo de las plantas que se cruzan ha variado porque ahora es una F2 y no
un cruzamiento prueba. Por tanto, el cruzamiento al que se refiere es AaBb X
AaBb.
2p = 0.8
p = 0.4
D = 40M
(A continuacin): El resultado de llevar a cabo el cruzamiento se representa, de
nuevo, en un cuadrado de Punnet en el que se ponen en filas y columnas los
genotipos de los gametos de cada planta del cruce (verde), y se combinan para
dar los genotipos de la descendencia (amarillo).
Por tanto, las frecuencias fenotpicas seran el resultado de sumar las
frecuencias de todas los genotipos (celdas en amarillo) que den un cierto
fenotipo:
Fenotipo AB: 0.59
Fenotipo Ab : 0.16
Fenotipo aB : 0.16
Fenotipo ab : 0.09
PLANTEAMIENTO INVERSO:
A partir de unas proporciones fenotpicas, permite saber si los fenotipos (genes
que los controlan) estn ligados, su fase y distancia. En este caso, para
resolver estos ejercicios, hay que realizar una serie de pasos comunes a los
problemas tanto de cruzamientos prueba como de F 2.
Paso 1: Hiptesis de partida o Hiptesis nula (Ho) y test de chi-cuadrado para
aceptar/rechazar esta Ho.
Paso 2: Si se aceptara la Ho, entonces los genes son independientes y se
acaba el ejercicio. Si se rechazara la Ho, se realizan dos pruebas de chicuadrado (una para cada gen por separado) para ver si se ajustan a las
segregaciones que se esperan segn las leyes de Mendel y se pasa al paso.
Paso 3: Si los genes por separado se estn heredando bien, entonces se
realiza una chi-cuadrado de ligamiento para extraer el error de segregacin que
pueda existir por estos genes por separado.
Ejercicio 1: Resolucin
cruzamiento prueba
Planteamiento
inverso>
1.
Paso 1: La hiptesis de partida (Ho) siempre es, en este punto, que los genes
son independientes. Por tanto, partiendo de esta hiptesis, el resultado de
cruzar AaBb X aabb dara la siguiente descendencia:
Bajo la Ho, la descendencia presentara todos los fenotipos en una proporcin
de . Sin embargo, se ha observado otras proporciones en la realidad:
Hiptesis de partida vs. datos observados:
Obviamente, no se observan los mismos individuos que se esperan si los
genes fuesen independientes (Ho). Para ver estadsticamente si estas
diferencias son significativas, se aplica una prueba de chi-cuadrado.
La prueba de ajuste de chi-cuadrado permite aceptar o rechazar, con un valor
de probabilidad y unos grados de libertad determinados, una hiptesis de
partida (H0).
Para ello compara los valores esperados segn la hiptesis con los valores
observados en el experimento. Una vez obtenido hay que mirar la tabla
siguiente:
Se busca en la tabla el valor obtenido (teniendo en cuenta el grado de libertad
del problema):
- Si la probabilidad de ajuste es mayor a 0.05, no hay diferencias significativas
entre los datos observados y los esperados, y por tanto se acepta la Ho.
- Si es menor a 0.05, los datos observados no se ajustan significativamente a
los esperados segn la Ho y por tanto, se rechaza la Ho.
En nuestro ejercicio:
El valor de X2 es, por tanto, muy alto, con valores de probabilidad de ajuste
menores a 0.001 (p<0.001). Entonces se rechaza la Ho.
Los genes NO se comportan en este punto como INDEPENDIENTES.
Paso 2: La hiptesis de partida (Ho) ha sido rechazada. Ahora hay que ver si
los genes A,a y B,b estn segregando adecuadamente segn las leyes de
Mendel. Para ello, los estudiamos independientemente y vemos los fenotipos
que esperaramos encontrar para cada gen (y carcter que controla) por
separado.
Gen A,a: como es un cruzamiento prueba, el cruzamiento teniendo en cuenta
slo este gen (Aa X aa) dara una descendencia fenotipo A, y fenotipo a.
Gen B,b: como es un cruzamiento prueba, el cruzamiento teniendo en cuenta
slo este gen (Bb X bb) dara una descendencia fenotipo B, y fenotipo b.
Paso 3: Aunque ambos genes estn segregando bien, tienen un pequeo
error en su segregacin (poque sus valores de X2 no han sido 0) que debe ser
substrado del valor inicial de X2. Para ello hacemos la siguiente prueba de X2
de ligamiento:
Mirando de nuevo en la tabla de X2 vemos que sigue siendo significativo, por
tanto en este punto s podemos decir que los genes se encuentran ligados.
Paso 4: Sabiendo que los genes estn ligados hay que calcular la distancia
que existe entre ellos en el mapa gentico.
Para ello, hay que recordar que la Distancia se define como la frecuencia de
gametos recombinantes multiplicado por 100.
En los ejercicios en los que se trata de cruzamientos prueba, es muy sencillo
calcularlo, ya que los fenotipos de la descendencia coinciden con los gametos
de los individuos parentales que no es el homocigoto recesivo aabb. En el caso
de este problema, tenemos 4 tipos de descendientes (los 4 fenotipos de la
descendencia). Como ya se ha visto, los gametos recombinantes siempre
estn en menor proporcin que los gametos parentales, por tanto, los
descendientes que se encuentren en menor proporcin proceden de gametos
recombinantes y podremos usarlos para calcular su frecuencia.
Los fenotipos en menor proporcin en este problema fueron:
Ab (N=18) y aB (N=15).
Por tanto, stos proceden de gametos recombinantes. Slo debemos calcular
ahora su frecuencia, es decir, la p (frac. de recombinacin).
Adems, los genes estaban en acoplamiento, porque Ab y aB son
recombinantes y por tanto AB y ab eran parentales (recordar definicin de
genes en acoplamiento y repulsin).
IMPORTANCIA DEL LIGAMENTO EN LA MEJORA DE GENES
La ocurrencia de que dos caracteres, debidos a dos genes diferentes, se
transmiten de forma independiente, como sealo Mendel, se debe a que estn
localizados en diferentes cromosomas o a que estando en el mismo
cromosoma exista un fenmeno de recombinacin. Lo contrario, esto es la
transmisin de los dos caracteres siempre juntos, se denomina ligamento. El
fenmeno de ligamento indica por ello que los dos genes se encuentran en el
mismo cromosoma y adems muy prximos (lo que reduce la probabilidad de
que se separen por recombinacin)
Cuando en una familia se examina la herencia de un determinado carcter o
una enfermedad y se compara con la herencia de otro, generalmente el
segundo es un marcador polimrfico (determinada secuencia variable de unos
individuos a otros, cuya localizacin en el genoma se conoce), con un cierto
grado de probabilidad, saber si ambos caracteres estn ligados.
El anlisis de ligamento se utiliza en gentica para localizar genes
responsables de enfermedades, a travs del estudio de la segregacin de la
enfermedad de marcadores repartidos por todo el genoma. Este tipo de
estudios ha permitido conocer la localizacin de un importante nmero de
genes implicados en enfermedades humanas. Generalmente a travs de estos
estudios se determina la localizacin de un gen a una zona (locus) con un
margen de 10 20cm. Posteriormente, utilizndose marcadores de la zona, se
va disminuyendo este margen de error, acotndose una zona de 1 2cm, en la
que existen entre 20 a 50 genes, que posteriormente son examinados por otros
medios como expresin mltiple (examen del mRNA que se expresa por ese
tejido) o genes candidatos (genes con funciones que intervienes en la
patogenia del proceso en estudio).
EJERCICIOS:
1) En un laboratorio de gentica, en el que se trabaja con una determinada
especie de insecto, se cruz una hembra doble heterocigota en fase de
repulsin (Ab/aB) por un macho doble homocigoto recesivo (aabb) y se
obtuvieron 180 individuos AB, 422 Ab, 416 aB y 182 ab. Cuando se realiz el
cruzamiento recproco de un macho doble heterocigoto en fase de repulsin
(Ab/aB) por una hembra doble homocigota recesiva (aabb) se obtuvieron 355
individuos Ab y 350 aB.
a) Cmo explicara las diferentes segregaciones obtenidas en estos dos
cruzamientos recprocos?
En ambos casos, se trata de un cruzamiento prueba y, por tanto, el fenotipo de
cada individuo de la descendencia nos muestra la combinacin de alelos que
ha recibido en el gameto correspondiente al parental diheterocigoto.
Dependiendo de si los dos genes segregan independientemente o no, las
frecuencias con que se producen los cuatro tipos de gametos en la meiosis del
parental diheterocigoto se correspondern con algunas de las recogidas en la
tabla siguiente:
Gameto
Loci
independiente
s
Loci ligados
fase de
acoplamiento
Loci ligados
fase de
repulsin
AB
Ab
AB
Ab
En nuestro caso, en ambos cruzamientos, el doble heterocigoto est en fase de
repulsin y, por tanto esperaramos que la segregacin fenotpica y, por tanto la
gamtica, se ajustara a la de la primera columna de frecuencias, en el caso de
los loci fueran independientes o a la de la tercera, en el caso de que los loci
estn ligados. En cualquier caso, esperaramos que la segregacin de la
descendencia incluya cuatro clases fenotpicas, salvo en el caso extremo en
el
y,
, en la que no habra gametos recombinantes (en fase de
acoplamiento). Esto slo ocurrir si que los genes son tan prximos que,
prcticamente, nunca se da recombinacin entre ellos, o en el caso de que el
individuo sea aquiasmtico debido a alguna circunstancia.
Los resultados obtenidos en el primer cruzamiento sugieren que estos genes
no son independientes. Por tanto, el valor de c ser menor que 0,5 (caso de
independencia) pero mayor que 0, porque se aprecian cuatro clases
fenotpicas. No obstante, los resultados obtenidos en el segundo cruzamiento
indican que los genes estn totalmente ligados, porque slo aparecen gametos
en fase de repulsin (de tipo parental). Otra diferencia entre ambos
cruzamientos consiste en que, en el primer caso, el parental doble heterocigoto
es la madre y, en el segundo, el parental doble heterocigoto es el padre.
Por tanto, concluiremos que, probablemente, la diferencia entre los dos
cruzamientos se debe a que, en esta especie, el macho es aquiasmtico.
Con los resultados obtenidos en el primer cruzamiento realizaremos una
prueba
La
para comprobar que los loci no segregan independientemente.
Gameto
Frecuencias
Observadas
AB
180
Ab
422
aB
416
ab
182
Total
1200
Frecuencias
esperadas con
loci
independiente
s
1200
de la prueba tiene 3 grados de libertad (4 1 que se pierde al calcular el
nmero de individuos en la descendencia) y el valor crtico ser
.
Por tanto, como 188,88 > 7,815 concluimos que los loci no segregan
independientemente.
(Esta prueba se puede realizar, alternativamente, en la pgina de chicuadrado incluida en el curso)
b) A qu distancia gentica se encuentran los loci A,a y B,b?
Para estimar la distancia entre los loci calcularemos la frecuencia de
recombinantes en la descendencia del primer cruzamiento:
La distancia gentica entre dos loci, medida en centimorgans (cM) es igual a la
fraccin de recombinacin expresada en tanto por ciento.
2) La longitud de la cola de cierta raza de ratones est determinada por tres
genes cuantitativos de efectos aditivos (factores polmeros) A,a; B,b y C,c;
cuyos loci se encuentran situados en el mismo brazo de un determinado
autosoma, siendo B,b el locus central. La distancia entre A,a y B,b es de 10
cM, la distancia entre B,b y C,c es de 20 cM y el coeficiente de coincidencia es
1. Los genes A, B y C contribuyen al valor genotpico de la longitud de la cola
con 2 cm, mientras que los genes a, b, y c contribuyen con 1 cm.
Se obtuvieron lneas consanguneas procedentes de una misma poblacin
base y se seleccionaron dos lneas homocigotas, una de ellas para los tres
alelos mayscula y la otra para los tres alelos minscula. Se cruzaron ambas
lneas para obtener una F1 compuesta de individuos triheterocigotos y estos se
cruzaron entre s para obtener la F2.
Indique la probabilidad de que aparezcan ratones cuya cola mida 10 cm
de longitud en esta F2.
En la gametognesis de los individuos triheterocigotos se producirn ocho tipos
de gametos (23), cuyas frecuencias se pueden calcular utilizando la informacin
que proporciona el resultado sobre localizaciones relativas y distancias
genticas
Sabemos que la distancia entre A,a y B,b es de 10 cM y, por tanto, la fraccin
de recombinacin entre ambos, p1, ser 0,1.
Sabemos que la distancia entre C,c y B,b es de 20 cM y, por tanto, la fraccin
de recombinacin entre ambos, p2, ser 0,2.
Como sabemos que el coeficiente de coincidencia vale 1, podemos calcular
que la frecuencia de doble sobrecruzamientos es igual a la esperada,
suponiendo independencia entre los sucesos de que ocurra uno y otro
sobrecruzamiento.
Por tanto, las frecuencias gamticas sern:
Gametos
ABC
ABc
AbC
Abc
Frecuencia
Gametos
0,36
0,09
0,01
0,04
aBC
aBc
abC
abc
0,04
0,01
0,09
0,36
Frecuencia
Si cruzamos dos triheterocigotos, la segregacin genotpica de la descendencia
ser el resultado del producto cartesiano de dos segregaciones como esta. En
la tabla siguiente indicaremos, para cada combinacin de gametos el genotipo
y el fenotipo (entre parntesis) del individuo resultante, y la frecuencia
esperada de dicha combinacin.
Para calcular la probabilidad de que nazca un ratn con una cola de 10 cm.
Tendremos que sumar las frecuencias de las casillas correspondientes:
2.
RECOMBINACIN GENTICA:
Es el proceso por el cual una hebra de material gentico
(usualmente ADN, pero tambin puede ser ARN) se corta y luego se
une a una molcula de material gentico diferente. En eucariotas la
recombinacin comnmente se produce durante la meiosis de
la reproduccin sexual, como entrecruzamiento cromosmico entre
los cromosomas apareados. Este proceso conduce a que la progenie
tenga combinaciones de genes diferentes a las de sus padres y
puede producir alelos quimricos. En biologa evolutiva se cree que
esta mezcla de genes tiene varias ventajas, incluyendo que permite a
los organismos que se reproducen sexualmente y evitar el trinquete
de Muller.
En biologa molecular, "recombinacin" tambin se refiere a la
recombinacin artificial y deliberada de piezas de ADN distintas, a
menudo de diferentes organismos, creando lo que se llama ADN
recombinante.
Ciertas enzimas llamadas recombinasas catalizan las reacciones de
recombinacin
natural. RecA,
la
recombinasa
encontrada
en Escherichia coli, es responsable de la reparacin de las roturas en
el ADN bicatenario. En levaduras y otros organismos eucariotas se
necesitan dos recombinasas para reparar esas roturas. La
protena RAD51 es
necesaria
para
las
recombinaciones mittica y meitica,
mientras
que
la
protena DMC1 es especfica de la recombinacin meitica.
2.1.
TIPOS DE RECOMBINACIN GENTICA:
2.1.1. RECOMBINACIN HOMOLOGA:
La recombinacin
homloga (tambin
llamada
recombinacin general) sucede durante la profase I de
la meiosis y tiene lugar entre las largas regiones de
ADN cuyas secuencias son homlogas, es decir
altamente similares aunque no idnticas.
2.1.2. ROCOMBINACIN NO HOMOLOGA:
La recombinacin puede ocurrir entre secuencias de
ADN que no contienen secuencias homlogas. Esto se
conoce como recombinacin no homloga. Acontece
raramente en procariotas y levaduras, pero es ms
frecuente en clulas de mamferos.
3.
REFERENCIAS BIBLIOGRAFICAS:
http://asociaciones.uca.es/genetica-vid/Bloques/Bloque-mapas
%20geneticos/ligamiento-y-resolucion-de-problemas-enologia.pdf
http://pendientedemigracion.ucm.es/info/genetica/grupod/Ligamiento/Lig
amiento.htm#Concepto de ligamiento
http://asociaciones.uca.es/genetica-vid/Bloques/Bloque-mapas
%20geneticos/ligamiento-y-resolucion-de-problemas-enologia.pdf
https://es.wikipedia.org/wiki/Ligamiento#An.C3.A1lisis_de_ligamiento
http://www.unavarra.es/genmic/genetica%20y%20mejora/pgm0809.pdf
http://mendel.ugr.es/~rnavajas/docs/Manual_de_Problemas.pdf
http://recursostic.educacion.es/secundaria/edad/4esobiologia/4quincena
6/pdf/quincena6.pdf
