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Despus El cardenal Altamirano o su eminencia es enviado a las Amricas espaolas para ver si se permite el traspaso de un territorio espaol a uno de Portugal. Es este el territorio en el que se encuentra La misin de San Carlos. El padre Gabriel se preocupa ya que sabe que este territorio es cedido a la Corona Portuguesa, todos ah sern esclavizados y matarn a los guaranes sin siquiera mandar a una orden religiosa a evangelizarlos, ya que los consideran como animales.

Se organiz una audiencia en Asuncin, con el cardenal, la nobleza Espaola y Portuguesa y los jesuitas. En dicha audiencia el padre Gabriel intento enseo como cantaba un nio guaran intentando demostrar como los indgenas podan aprender ser evangelizados y tratados como seres humanos. Pero Don Cabeza, que como ya habamos dicho era traficante de comerciantes y al mismo tiempo parte de la nobleza espaola, intenta convencer al cardenal que el trabajo hecho por los jesuitas no es importante ya que el consideraba ms importante lo que mandaba la Corona que el bienestar de los indgenas. Al or esto Rodrigo le dice a Don Cabeza que esta equivocado y le argumenta que los guaranes necesitan de alguien que los gue , los evangelice y los ayude a construir su aldeas. Pero Con esto don Cabeza se ofende pues no tolera que un fraile le levante la voz, entonces Rodrigo tiene que disculparse pblicamente ya que como fraile tenia que obedecer.

El cardenal no sabe que decir entonces decide ir el mismo a ver como vivan algunas de las misiones del territorio. Empez por la misin ms antigua, la de San Miguel. Al llegar aqu se da cuenta de cmo la evangelizacin a resultado, tambin observa como los indgenas construan sus instrumento Altamirano, enviado especial del Papa, llega a la regin a determinar si alguna de las misiones debe de contar con la venia papal para continuar y cuales deben ser entregadas a los portugueses.

Apostando por el poder poltico y econmico Altamirano termina por entregar todas las misiones jesuitas a los portugueses. En La Misin, cuando el nuncio vaticano, cardenal Altamirano, pide cuentas al cnsul portugus sobre la masacre de San Carlos (en la penltima escena de la pelcula), le reprende de este modo: Tiene la desfachatez de decirme que esa operacin era necesaria?. A lo que el cnsul responde: La operacin se ejecut con el visto bueno de la Santa Sede, y en verdad s fue necesaria No haba alternativa,

Eminencia. Nosotros representamos al mundo civilizado, y el mundo civilizado es as

Altamirano, en un primersimo primer plano, reflexiona en voz alta: No seor cnsul, el mundo no es as. Nosotros lo hemos hecho as. Yo lo he hecho as

En la ltima secuencia, un nio superviviente bucea al fondo del ro para recuperar la espada de Mendoza. El tema "Guaran" se desnuda de orquestaciones y queda resuelto a coro infantil y acompaamiento tnico, como un hacha de guerra desenterrada.