La película nos narra una historia ambientada en el Siglo XVIII, en la jungla
tropical que está por encima de las cataratas de Iguazú donde viven los indios guaraníes, un pueblo aun sin civilizar por las dificultades de acceso a su territorio. Pese a ello llega hasta ellos un misionero jesuita dispuesto a evangelizarlos y que poco después es atado a una cruz con una corona de espinas y enviado por el río hasta caer por la catarata. El padre Gabriel, que le había encargado tal labor, decide asumirla personalmente, por lo que pese a las dificultades llega hasta las tierras habitadas por los guaraníes, donde gracias a la música de su oboe consigue ganarse su confianza. Gracias a su perseverancia consigue aprender su idioma y consigue las primeras conversiones de los indígenas al cristianismo, pero de pronto, y de forma sorpresiva aparece en esas tierras un grupo de mercenarios, al mando de Rodrigo Mendoza, en busca de esclavos. De regreso a Asunción, Rodrigo se entera de que Carlota, la mujer a la que ama está enamorada de su hermano Felipe, y tras sorprenderlos juntos pelean y acaba con la vida de este. Arrepentido por su acción, Mendoza se encierra en una de las misiones jesuitas durante seis meses, hasta que el padre Gabriel habla con él y le convence de que puede cambiar su vida y purgar sus pecados cumpliendo una gran penitencia: cargará con sus armas y las arrastrará hasta el pueblo donde el padre Gabriel está comenzando a construir la misión de San Carlos, que contribuirá a levantar, convirtiéndose finalmente en un jesuita más. Entretanto llega al lugar el Cardenal Altamirano con una delicada misión: se le encarga la toma de una decisión que satisfaga por igual a los portugueses, los españoles, y la iglesia. Un difícil equilibrio, ya que los primeros desean aumentar sus territorios, y ello no debe perjudicar a los españoles. Y esa satisfacción supondrá la tranquilidad para la iglesia. Una cuestión que es aparentemente política, pero que va más allá, dado que, si se traspasan las tierras a los portugueses, automáticamente quedará autorizada la esclavitud, permitida en dicho país. Esto supondrá un beneficio para ambos países, ya que los portugueses podrán hacerse con las fértiles tierras que explotan las comunidades creadas por los misioneros y podrán además vender sus esclavos a los españoles, pero la decisión no es sencilla, tras visitar las misiones y ver el trabajo realizado por los jesuitas, no tendrá más remedio que optar por ceder las tierras a Portugal. La decisión no es aceptada por los guaraníes, que no desean pasar a ser esclavos y deciden combatir contra los portugueses. Todos los sacerdotes, excepto el padre Gabriel, para quien el voto de obediencia es el más sagrado de todos, deciden unirse a ellos. Es ahí donde Mendoza utilizará su conocimiento militar que será de gran importancia para sorprender a los soldados portugueses y robar algunas de sus armas, pese a lo cual, el gran despliegue de medios y soldados consigue arrasar la misión, muriendo los combatientes Mendoza y Fielding, pero también el padre Gabriel, pese a que su única oposición fue la celebración de una misa en la que los asesinos oyen los cantos de los indios.
Después El Cardenal Altamirano o Su Eminencia Es Enviado A Las Américas Españolas para Ver Si Se Permite El Traspaso de Un Territorio Español A Uno de Portugal