Transcriptoma

Proteoma

Dr. Edgar A. COTRINA GAVEDIA

 Introducción
• En la jerga biológica últimamente son
muy abundantes los denominados
“omas”.
• Genoma, transcriptoma, metaboloma y
proteoma.
• Niveles de análisis para estudiar el
funcionamiento de nuestras células,
órganos, tejidos u organismos.
 Introducción
• El genoma (constituido por ADN) es el
conjunto de genes.
• El transcriptoma es el conjunto de ARN
mensajero de esos genes .
• El proteoma es el conjunto de todas las
proteínas obtenidas directamente o tras
diversas transformaciones .
• Metaboloma se reservaría al conjunto de
los diferentes metabolitos existentes,
con diversas naturalezas químicas.
 Introducción
• Las proteínas son las verdaderas
expresiones funcionales del
genoma, de los genes.
• Uno de los dogmas de la biología
fue la idea de un gen-una
proteína.
 Introducción
• Desde un cierto número de genes se puede
producir un número mucho mayor de proteínas
• Mecanismos de modificación postrasduccionales
de las proteínas: fosforilación, glicosilación,
polimerización, etcétera, afectan a aspectos
esenciales de su funcionalidad.
• Influencias medioambientales o las relaciones
multigénicas que subyacen en la mayoría de las
enfermedades o en el envejecimiento.
• Todo ello no podría aclararse por el mero
examen y conocimiento del genoma humano.
 Historia
• En el siglo XIX, las
observaciones del monje
austriaco Gregor Mendel
sugirieron que existía una
relación entre un rasgo o
carácter en un individuo y
cierta información
(almacenada en las células)
que lo determinaba, y esta
hipótesis llevó a proponer la
existencia de lo que luego
se denominó como genes.
 Historia

• A mediados del siglo

XX se postuló un
modelo estructural del
ADN que permitió
comprender las bases
moleculares de los
eventos que determinan
la herencia,
estableciendo las
conceptos para el
desarrollo de la
tecnología.
 Historia
• Posteriormente, en los
años 80 se vislumbró la
posibilidad de
determinar las
secuencias completas
de los genomás de
varios organismos,
incluyendo el humano,
dando así origen a la
"genómica estructural"
 Genoma Humano - Historia
• En el mes de Febrero de 2001, la revista
Nature [The Genome International
Sequencing Consortium, Nature, 409,
860-921 (2001)] publica el primer borrador
del genoma humano cuyo desciframiento
completo se prevé para el año 2003,
coincidiendo con el cincuenta aniversario
de la publicación del modelo estructural
del DNA por Watson y Crick [Watson JD y
Crick F., Nature, 171, 737 (1953)].
 Historia
• Más tarde, surgió el término "genómica
funcional" para el entendimiento de las
funciones de genes y/o proteínas, que
permiten establecer vías genéticas
integradas que gobiernan la fisiología
de un organismo
 Proyecto Genoma humano
• La determinación casi
completa de la secuencia
de bases nitrogenadas
(adenina, A; timina, T;
guanina, G; y citosina,
C), que en número de
3,2x109 (tres mil
doscientos millones de
pares de bases)
conforman los 23
cromosomas humanos y
que son los elementos
fundamentales de
nuestros casi 30 mil
genes
 Genoma Humano
• Operómica : como el conjunto de
abordajes de estudio a realizar
durante todo el trayecto que va
desde el ADN, pasando por el ARN,
hasta las proteínas y el análisis
molecular y celular de sus
funciones
 Genética y Genómica
• La Genética : mecanismos de la
herencia, que se expresan a través de
los genes.
• La Genómica : la naturaleza íntima de
los genes y su funcionamiento.
• Proyecto Genoma Humano :
identificación y secuenciación de
nuestros alrededor de 40.000 genes.
 Genoma Humano
• Para muchas personas
quizá supuso una
decepción saber que “solo”
poseemos unos 40.000
genes.
• La relación entre número
de proteínas y genes es
sólo de 1-2 en bacterias,
de 3 en levaduras, algo
más superior en
organismos intermedios,
pero en los humanos ese
número es mucho más
elevado, posiblemente en
el rango de 6-8.
 Genoma Humano
• El conocimiento final de la secuencia del
genoma puso más o menos en claro
que estamos hablando de la
identificación y de la secuenciación de
una cantidad de entre 40.000 y 60.000
genes del genoma humano.
 Proyecto Proteoma Humano
• Proyecto Proteoma Humano (PPH)
Posiblemente quedará fijada la fecha de
abril del 2001 como la del nacimiento
del coincidente con la primera reunión
internacional que se celebró para
presentar a HUPO, es decir, la
organización mundial creada para
coordinar y estimular todos los estudios
proteómicos que se pretenden integrar
dentro del PPH.
 Proteoma

• "proteoma“ : conjunto completo de proteínas

expresadas por una célula durante su tiempo
de vida.
• conjunto total de proteínas expresadas
por un genoma completo, incluyendo las
modificadas después de la traducción
 Proteoma
• Una vez secuenciado
el genoma,
comienza la tarea de
desentrañar lo que
hacen los genes, es
decir, para qué
sirven las proteínas
que fabrican, por
ejemplo.
 Proteoma
• Un gen es un almacén
de información para
elaborar una proteína.
Cada proteína es una
máquina diminuta a la
que está encomendada
el cumplimiento de una
función dentro de la
célula
 Proteoma
• A partir de ahora, las palabras
proteoma, bioinformática, biochips y
polimorfismos serán de uso corriente y
aparecerán en los diarios y revistas con
asiduidad.
• Estamos ya en el futuro. 
 Proteoma
• la Proteómica será la tecnología
fundamental para lograr convertir
los avances genómicos en una
comprensión más profunda de la
naturaleza de las enfermedades y
de los modos de combatirlas.
 Proteoma
• La proteómica : es el estudio del
proteoma .
• Es sumamente compleja debido que
habrá de aclarar cuestiones
relacionadas con la abundancia de las
proteínas, la dinámica de las proteínas,
de su estado de activación y de la
interacción de una proteína con otra.
 Proteoma
• Para este fin los investigadores poseen
una herramienta hasta ahora
fundamental para el estudio del
proteoma como lo es el método de la
electroforesis bidimensional en gel de
poliacrilamida.
 Proteoma
• Las proteínas son separadas primero en base a
su carga eléctrica y luego por su masa en la
segunda dirección, las que luego son teñidas
con plata lográndose visualizar mezclas de entre
1000 a 3000 proteínas.

• "softwares" especiales permite la comparación

de múltiples genes dentro del mismo laboratorio
y también mediante la utilización de Internet la
comparación con otras bases de datos.
 Proteoma
• Para identificar la proteína, los
perfiles de masa molecular o
secuencias de aminoácidos
obtenidos se comparan con las
bases de datos de proteínas
existentes utilizando potentes
programas bioinformáticos.
 Proteoma - Utilidad
• Resultará así sin duda de un beneficio
extraordinario el poder desarrollar
drogas sobre la base de regular la
producción de una proteína muy
específica en distintas afecciones,
neoplásicas, neurológicas,
enfermedades infecciosas y cardíacas y
preparación de vacunas
 Proteoma Humano
• Celera Genomics negocia con Gene-Bio, una
rama del Instituto Suizo de Bioinformática de
Ginebra, un acuerdo para constituir una
compañía dedicada a catalogar el proteoma
humano completo.
• El método que actualmente se utiliza para
estudiar las proteínas está basado en un
desarrollo electroforético bidimensional sobre
gel
 Transcriptoma
• Trascriptoma : El
estudio del ARNm
total de una célula.
• cobra gran valor
gracias a la relación
existente entre la
expresión génica y
la función de un gen
 Transcriptoma- Utilidad

• El Instituto Nacional del Cáncer

americano, de Bethesda, Maryland,
lleva ya cerca de tres años examinando
los ARNm producidos por varios tipos
de células cancerosas.
 Genoma - Transcriptoma -
Proteoma
• Comparativamente, si el ADN es el
anteproyecto que la célula utiliza para
construir las proteínas, el ARNm sería el
plano parcial que el contratista lleva a la
obra cada día. El ADN permanece en el
núcleo de la célula; los ARNm
transcritos desde los genes activos lo
abandonan para ocuparse de la
fabricación proteica.
 Genes Tumorales Humanos
• En el Proyecto Índice de
los Genes Tumorales
Humanos, en el que
colaboran, además, las
compañías farmacéuticas
Bristol-Meyers Squibb,
Glax o Wellcome y
Merck. Hasta la fecha se
han identificado más de
50.000 genes que están
activos en uno o más
tipos de cánceres.
 Genes Tumorales Humanos
• Se ha objetivado que en las
células de algunos cánceres
de mama actúan 5.692
genes, entre ellos 277 que
no lo hacen en otros tejidos.
Por consiguiente, productos
farmacológicos dirigidos
contra las proteínas
producidas por esos 277
genes, podrían servir como
tratamiento con menos
efectos secundarios que los
actuales, al ser más
específicos. 
 Utilidad del Transcriptoma -
Proteoma en el Cáncer
• El cáncer es una enfermedad genética.
• la definición del cáncer como
enfermedad genética es que la piedra
angular para la investigación oncológica
ha de estar basada en herramientas de
análisis genético.
 Utilidad Gen - Enfermedad
• ¿cómo se investiga la
relación gen-
enfermedad?
• las herramientas de
análisis genético han
sufrido una revolución
técnica comparable a
la incorporación del
microscopio en los
laboratorios
 Análisis genómico
• Han aparecido
sistemas de análisis
genómico masivo
• permiten analizar en
un solo experimento el
estatus de miles de
genes
 Gen - Enfermedad
• estudiar la relación
gen-enfermedad no
está basado en analizar
un gen único y sus
efectos sino en
analizar el
comportamiento de
miles de genes de
forma simultánea
Matrices – Microarrays -Biochips

• Estos sistemas son

denominados
genéricamente como
matrices, arrays,
microarrays o biochips
 Micromatrices de ADN
• Las micromatrices son placas de cristal, plástico o
nylon con un tamaño de pocos centímetros
cuadrados de superficie, en las que se distribuyen
ordenadamente de cientos a miles de secuencias
de ADN . Al igual que las técnicas de Southern y
de Northern, el principio de las micromatrices es
la hibridación (apareamiento complementario)
entre ácidos nucleicos conocidos que son fijados
químicamente a una superficie sólida (matriz), y
fragmentos de ácidos nucleicos complementarios
presentes en las muestras en estudio
Matrices – Microarrays -Biochips
• Un array de expresión
puede identificar el nivel
de expresión de un gen
individual asociado a un
determinado fenotipo
• Los niveles más alto de
complejidad, sin embargo,
permiten examinar la
figura completa del
conjunto del transcriptoma
Matrices – Microarrays -Biochips
• la mayor contribución de los estudios con
arrays tiene su nicho natural en la
taxonomía.
• Clasificar un determinado tumor con un
nombre y apellidos lo más certero posible
permite ajustar el diagnóstico y el
tratamiento casi de forma individual.
Matrices – Microarrays -Biochips
• La tecnología de microarrays puede usarse
para derivar clasificaciones, establecer
asociaciones con la línea celular de origen y
ayudar en el pronóstico, pero con la ventaja
añadida de ser capaz de identificar los genes
que determinan esa clasificación.
Matrices – Microarrays -Biochips

• En la actualidad existen en el mercado

científico herramientas de análisis
genómico (matrices o microarrays)
diseñadas a partir de ácidos nucleicos en
forma de cDNA (DNA monocatenario y
complementario al RNA mensajero que
contiene la secuencia codificante de un
gen), secuencias cortas de nucleótidos
(oligonucleótidos), o DNA de doble cadena.
Matrices – Microarrays -Biochips
• El material obtenido de la
muestra problema,
convenientemente tratado
y marcado (radioactividad,
fluorescencia) se pone en
contacto con el array,
hibridando en aquellas
posiciones en que se
complemente con las
sondas
Matrices – Microarrays -Biochips
• El patrón de
hibridación es
revelado empleándose
un escáner basado en
microscopía confocal,
y la imagen resultante
se convierte a valores
numéricos que
constituyen los
resultados del ensayo
Matrices – Microarrays -Biochips
• El nivel de expresión
de un gen se refleja en
el número de copias de
mRNA presentes en la
muestra problema y,
por tanto, es
proporcional al nivel
de señal detectado
 Micromatrices de ADN
• En el campo clínico, las micromatrices han
facilitado la comprensión de los mecanismos
moleculares de carcinogénesis, conocer nuevos
marcadores tumorales, clasificar neoplasias de
difícil diferenciación, identificar patrones de
expresión diferencial de genes involucrados en
la génesis de metástasis, así como determinar
los genes involucrados en las respuestas
inmunes en diferentes enfermedades o en la
respuesta a diferentes microorganismos
 Micromatrices de ADN
• En el futuro se espera que el
conocimiento del genoma de cada
individuo permita dilucidar la
predisposición a sufrir determinadas
enfermedades y de esta manera
desarrollar terapias específicas para
cada persona.
• Las micromatrices son uno de los
instrumentos que harán posible este
anhelo médico.
 Micromatrices de ADN
• Comúnmente en los estudios de este
tipo, estos datos se corroboran
realizando análisis de Northern (ARNm)
o de Western (proteínas) blots para
aquellos genes que muestran una
expresión diferencial
 Micromatrices de ADN
• Las micromatrices aunque muy
convenientes para el estudio global de
la expresión de genes, tienen algunas
desventajas con respecto a otras
metodologías
 Micromatrices de ADN
• Las ventajas son
• Facilitan el estudio de la expresión de miles de genes
en forma simultánea en un sistema celular determinado.
• Permiten establecer una conexión biológica racional
entre la función de un producto génico y su patrón de
expresión, así como su relación con los patrones de
expresión de muchos otros genes simultáneamente, es
decir, facilitan identificar el grupo de genes expresados
en una célula en un momento determinado. Esto
permite analizar a fondo los sistemás bioquímicos y
regulatorios que están operando y que funciones puede
o no realizar la célula en un momento dado.
 Micromatrices de ADN
• La viabilidad técnica: es una tecnología
de fácil transferencia (de hecho ya
existe en nuestro medio tecnología
adecuada para construirlas), la
medición depende de una hibridación
sencilla y hay suficiente información de
libreras de secuencias para construirlas
 Micromatrices de ADN
• Sus desventajas son:
• El costo elevado de su elaboración
• La necesidad de fluorómetros y de software
especializados en el análisis de la información que
dependen en forma importante de la casa comercial
que los suministra.
• La reproducibilidad de los datos no siempre es
consistente. Este problema se ha resulto
parcialmente haciendo mediciones por duplicado
(dos puntos en la matriz que corresponden al
mismos gen).
 Micromatrices de ADN
• La repetición de un experimento a otro
puede mostrar variaciones importantes
en el patrón de expresión lo cual hace
necesario en algunos casos obtener
múltiples réplicas
 Micromatrices de ADN
• Las micromatrices están siendo
empleadas en la investigación
biomédica cubriendo áreas tales como
la fisiología, la genética, la embriología,
etc. Sin embargo, los avances más
importantes se han realizado
empleando esta tecnología en el campo
de la inmunología básica y aplicada.
 Metaboloma

• conjunto total de metabolitos de

una célula, consecuencia de la
función de RNAs y proteínas.
• permitan identificar metabolitos en
la célula y determinar perfiles de
abundancia en relación a los
estudios del transcriptoma y el
proteoma.
Nivel de análisis Definición Método de análisis

GENOMA Conjunto completo de genes de un organismo o sus organelas Secuenciación sistemática del ADN

Conjunto completo de moléculas de ARN mensajero presentes en Hibridización. SAGE (serial analysis of gene
TRANSCRIPTOMA
una célula, tejido u órgano. expresion)

Total de moléculas proteicas presentes en una célula, tejido u

PROTEOMA Electroforesis bi-dimensional.
órgano.

Espectroscopía con luz infrarroja. Espetrometría de

Conjunto completo de metabolitos (intermediarios de bajo peso
METABOLOMA masa. Espectrometría con resonancia nuclear
molecular) en una célula, tejido u órgano.
magnética.

Adaptado de Nature. Febrero de 2000. Vol 403 pag 601

Francis Crick ( 1919- ) James Watson ( 1928- )
El AmpliChip Array
Permite detectar mutaciones en los
60 genes del P450 especialmente el
CyP2D6 y el CYP2D19.
Este conocimiento permitirá detectar
Variaciones genéticas que alteren el
Metabolismo de los fármacos y su
respuesta terapéutica.
La Molécula del DNA: Vista Superior
El ADN es como una madeja de hilo enrrollada
en el cromosoma

Cromosoma

ADN
Niveles de Intervención

Genómica

Proteina Proteómica

Receptor
 Genómica y Proteómica

Genoma

Proteómica
Genética Molecular

Hemos Descifrado
El Genoma Humano Si.. Pero aún
No logro
Entender a las
Mujeres…..
GRACIAS