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Guia de Biologia Molecular Aplicada A La Acuicultura
Guia de Biologia Molecular Aplicada A La Acuicultura
Principiantes de
Biologa Molecular
Aplicada a la
Acuicultura
Karl Andree
IRTA Sant Carles de la Rapita
Introduccin
Estructura del ADN y Terminologa
Metodologa Bsica
Clonacin / Secuenciacin
Marcadores Gnica
Deteccin Gnica
Southern / northern blots
Microarray
PCR y RFLP
Expresin Gnica
qPCR (PCR a tiempo real)
northern blots
DNArt
x 147 = 587!!!
5
5
Puentes de H en forma de
cremallera
Las dos hebras se mantienen
unidas por puentes de H.
T/A = 2 enlaces
G/C = 3 enlaces
Terminologa Bsica
Coding Strand (sentido) - la secuencia se muestra de izquierda a
derecha de 5a 3
Non-coding Strand (antisentido) - la secuencia normalmente se
representa de izquiera a derecha de 3 a 5, aunque puede mostrarse
en sentido contrario
El ARNm se copia a partir de esta cadena de forma que la secuencia final del
ARNm es la misma que la de la cadena codificante
El ADNc se sintetiza a partir del ARNm, usando transcriptasa inversa, por
tanto es un duplicado de la cadena no codificante
5- CAATGATGGTATGGAATTCCTGCAGGGGCCCTAG -3
3- GTTAC TACCATACCTTAAGGACGTCCCCGGGATC -5
Taxonomy/Phylogeny
Gene Detection/Expression
Write Results
Test primers/probes
Write Results
Publish / Present Data
BioInformatics Consortium:
Design microarrays,
Create transgenic animals,
Whole genome comparisons,
Etc...
Archive samples for later testing
Clon
Def.: - una clula, producto celular u organismo que es genticamente
idntico a la unidad o individuo del que procede.
Los clones se pueden guardar en genotecas que representan la totalidad
o una fraccin del genoma de un organismo.
Las tcnicas de PCR o DNA splicing son mtodos para el aislamiento
de fragmentos especficos de ADN clonado.
Los plsmidos, los virus, y cromosomas artificiales (YACs, BACs) se
usan como vectores para la duplicacin de ADN clonado y para
asegurar un archivo estable de la secuencia.
DNA splicing (mediante enzimas de restriccin) es un mtodo
comn para la insercin de ADN clonado en un vector.
tambin los vectores TA, basados en la actividad polimerasa no
especfica de la polimerasa de ADN Taq, son comunes.
Enzimas de Restriccin
(la R en RFLP)
Secuenciacin de ADN
Las secuencias de 5
ADN son
generadas por
mquinas
Las mquinas
tambin cometen
errores
Lee ambas
cadenas y
comprueba
visualmente tus
datos!
Anlisis Filogenticos
Neighbor Joining
Maximum Parsimony
Maximum Likelihood
Bayesian Method
Alineamiento de Secuencias
Las secuencias consenso se analizan en un editor de alineamientos
Todas las secuencias se alinean mecnicamente y se editan manualmente
BioEdit y otros freeware contienen Clustal W para alineamientos mecnicos
hand alignments, o edicin manual, necesarios para la revisin de transversiones y
transiciones con el fin de corregir los errores de alineamiento producidos por la mquina
I. Deteccin de Genes
Southern Blot & Northern Blot
Hoy qPCR prcticamente ha reemplazado a los northern blots
Microarray
puede detectar diferencias grandes de expresin gnica entre
muestras a baja resolucin
a menudo se usa para identificar genes de inters para experimentos
de alta resolucin o estudios de expresin gnica con qPCR
Southern y Northern
Blots
Southern - ADN (Edwin Southern:1975)
northern - ARN
Ambos mtodos:
separacin electrofortica
transferencia mediante absorcin a
una membrana cargada para blotting
Hibridacin de sonda marcada para
la deteccin de YFG
Diseo Experimental
del Microarray
Purificacin del ARN de cada
poblacin celular o grupo de
tratamiento
Obtencin de ADNc mediante
transcripcin inversa usando
marcaje fluorescente
Hibridacin al chip que contiene
70,000 fragmentos de genes
Inspeccin mediante excitacin
por lser de tags fluorescentes y
una cmara CCD de alta
resolucin
Anlisis asistido por ordenador de
los resultados (eg: Bio-LIMS)
Biological Laboratory Information Management System
ADN Microsatlite
Secuencias de ADN altamente
repetitivas descubiertas usando
curvas Cot (Britten & Davidson 1960s)
Romper el ADN en fragmentos de
400 - 500 pb
Calentar el ADN para
desnaturalizarlo y obtener cadenas
sencillas
Enfriar lentamente y tomar muestras
a distintos tiempos
Despus: 13 copias
5 CAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAG 3
3 GTCGTCGTCG TCGTCG TCGTC GTCGTC GTCGTCGTC GTC 5
Microsatlites
tambin llamados Simple Sequence Repeats (SSRs) o Variable Number Tandem
Repeats (VNTRs), son loci polimrficos presentes en ADN nuclear y organelar que
consisten en unidades repetidas de 1-4 pares de bases de longitud
debido a la alta incidencia de mutacin y la mutltiplicidad de los alelos son tiles para
realizar comparaciones genticas intra-especies de alta precisin
los ensayos pueden resultar caros de desarrollar si no se conoce la sccuencia genmica
constituyen una herramienta relativamente barata de usar para estudios de poblaciones
o de paternidad
Son tiles como marcadores en Quantitative Trait Loci (QTL) para reproduccin
selectiva
Forward Primer
0 - GAATTCCGGGGTCCTTCCCAGACACGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTG -50
51- TGTGAGTGTGGTGGTTTGCCTTATTCAGTGGTGCCACTCCATCATGCGAG -100
Reverse Primer
Alelos
Microsatlite
el tamao de los alelos es
normalmente pequeo: 50500 pb
la existencia de un nmero
alto de alelos hace que sean
muy tiles en estudios de
poblaciones
la tcnica analtica se basa
en PCR
fcilmente adaptable a la
mayora de laboratorios,
tambin puede ser
subcontratada a travs de
diversas compaias de
biotecnologa
Repeat No.
primer A
primer B
6
9
5
7
1
9
7
2
6
7
3
6
5
C- type
E- type
Ase I
M WSHV1 WSHV2 M
Hind Sst Hind Sst
ADN Ribosomico
De
18S
ETS
5.8S
ITS-1
ITS-2
5.8S
18S
28S
ETS
gra
Int
da
ac
do
to
ITS-1
28S
ITS-2
ETS
ADN Ribosomico
Large Subunit
-30 proteins
-24S rRNA
-5.8S rRNA
Small
Subunit
rRNA
18S
ETS
Small Subunit
-20 proteins
-18S rRNA
5.8S
ITS-1
ITS-2
5.8S
18S
28S
ETS
ITS-1
28S
ITS-2
ETS
Secuenciacin Mitocondrial
Heredado slo a travs de la linea materna
AF42
AF43
AF40
AF39
AF38
AF36
AF30
AF28
AF25
AF12
http://mitofish.ori.u-tokyo.ac.jp/
AF8
AF1 Afallax
A. fallax
AF51
AF22
AF3
AF15
AF16
AF18
AF19
AF20
AF27
AF49
AF2
AF6
AF14
AF31
AF29
AF33
AF7
AF9
AF26
AF24
AF32
AA13 Aalosa
AA14 Aalosa
AA12 Aalosa
AA11 Aalosa
AA10 Aalosa
AA9 Aalosa
AA8 Aalosa
AA4 Aalosa
AA2 Aalosa
AA1 Aalosa
AA3 Aalosa
AA5 Aalosa
AA7 Aalosa
AF37
AA6 Aalosa
AA15 Aalosa
AF5
AF23
AF46
AF47
A. fallax morphometry
A. alosa ND1 genotype
AF48
AF50
AF41
AF4
AF21
AF34
AF35
AF44
AF45
0.002
A. alosa
-actin
Vasa
R = 2 Ct
Mtodo de la Curva
Standard Relativa:
R=
C1
(E T) CtT
(E R) CtR
C1
ZI
ZII
ZI
Cycle number
ZI = zooea I
ZII = zooea II
M = megalopa
C1 = first crab
ZII
0
-2
R
A
R
R
A
R
R
A
P
tin
n
o
n
p
o
o
e
e
st
st
O
O
tin
c
e
Resumen
YFG
Resources
GenBank NCBI (National Center for Biotechnology Information)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
tambin EMBL (European Molecular Biology Laboratory) & DDBJ (DNA Data Bank of
Japan)
Bsqueda y descarga de secuencias de ADN y proteinas
Anlisis BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) para comparacin de secuencias
T T G C
A A C G T T C A G T
95oC
55oC
72oC
Nmero de ciclo
0
1
2 3
ADN de novo
100000
DNA original
20
30
40
Nmero de Ciclos
El uso de espectrofotometra
A260 = 1 = 50 g/ml de AND genmico; o
[DNA] = A260 x Dilucin x 50 g/ml
33 g/ml primers
40 g/ml RNA
Absorbance
0.5
0
260 nm 280 nm
Wavelength
GCTAGCATGACCTCGTGAATGGGCTAG 3
GCTAGCAT GACCTC
GTGAATGGGCTAG 3
GTGTATCATGACGTAGATTCGGGCCC 3
0.4 M
100 10 1 0.1
0.8 M
100 10 1 0.1
RT-PCR
Reverse Transcription PCR (PCR con Transcripcin inversa)
Requiere sntesis previa de ADN a partir de un ARN plantilla
(template).
La transcriptasa inversa es una ADN-polimerasa dependiente de
ARN.
La polimerizacin de ADN puede tener lugar en el mismo tubo de
reaccin o separadamente.
P. pungens
P. multistriata
Protoceratium
P. fraudulenta
False positive
False positive
Samples
Standards
Samples
False Positive
False Positive
Amplification Plot
Dissociation Curve
primer F
Denature
primer F
primer F
Anneal
Extend
Contaminacin
Rompe el ciclo!
Limpia gradillas & superficies entre usos
La contaminacin de la PCR se autoperpetua
Amplificacin
Acknowledgements:
Carles Garcia
Nacho Fernandez
Carmen Lopez
Guillermo Guerao
Enric Gisbert
Miguel Angel Lopez
Guiomar Rotllant
Ana Roque
Investigant el present, apropant el futur www.irta.es
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