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nucleicos
ADN y ARN
Objetivos:
El alumno aprenderá a:
Reconocer las funciones principales de los ácidos nucleicos
Identificar la estructura de los ácidos nucleicos (nucleótido y
nucleósido)
Formado por nucleótidos
Indica las diferencias entre la adenina y las otras pares de
bases
Cada una de las bases del ADN tiene un átomo de nitrógeno
unido a un átomo de hidrógeno. Deduce como se utiliza este
nitrógeno cuando se forma un nucleótido.
Identifica tres semejanzas entre la adenina y guanina
Compara la estructura de la citosina con la timina
Sugiere la importancia de tener 4 pares de bases distintas
Enlace fosfodiester
10
Direccionalid
ad química
de una hebra
de ADN
5’ 3’
Grupo fosfato Grupo hidroxilo
ADN ARN
El azúcar
Numero de
cadenas
Bases
nitrogenadas
Tipo de enlace
Estructura del
ADN (1953)
-Compara la composición relativa de
bases de la bacteria con los eucariotas
-Calcula la proporción (A+G)/(T+C)
-¿Qué sugieren estos resultados?
(1952)
Complementarias
Estructura del DNA
Estructura del DNA
2 Cadenas de
Nucleótidos
Doble Hélice
Antiparalelas
2 Cadenas de Nucleótidos: unidos por enlaces fosfodiester.
Las cadenas son complementarias: interacciona adenina
con timina (2 HB) y guanina con citosina (3HB)
Antiparalela: las cadenas son paralelas pero una corre en
sentido 5´ a 3´ y lo otra en sentido 3´ a 5´
Doble hélice: Formado por dos cadenas de nucleótidos
unidas por puentes de H entre una purina y una pirimidina
Gen
Secuenciade ADN que incluye la secuencia que codifica
para una proteína y su región reguladora
Cromosoma
Combinación de ADN lineal y proteínas (histonas)
Cromosoma bacteriano
Bacterias tienen un único cromosoma circula
Partes de un cromosoma
Tipos de cromosomas
Hetero- y Eucromatina
30
Brazo
Brazo DHU extra
contiene el
nucleotido
dihidrorina
División celular
Menselson y Stahl
¿Qué modelo se
refuta con este
¿Cómo se tendría queexperimento?
ver el tubo de
ensayo para comprobar el modelo
conservativo?
¿Qué modelo se refuta con este
experimento?
Fases de la replicación
Inicio
Elongación
Terminación.
Elongación
Crecimiento bidireccional de las horquillas de replicación.
Replicación semiconservativa, semidiscontinua, coordinada.
Terminación
Reconocimiento de señales de terminación.
Desensamble de replisomas.
DnaA
Iniciaen varios orígenes de replicación en el cromosoma
Se forma una burbuja de replicación
Es bidireccional con sentido 5´ a 3´
Semidiscontinua: Una de las hebras no puede ser
sintetizada de continuo
Consecuencia de la direccionalidad
Helicasa
DDK
Ciclinia
A-Cdk2
Helicasa
(procariotas)
Helicasas
3´ 5´
3´
5´
3´
2 cadena rezagada:
5´
DNA polimerasa δ le adiciona nucleótidos de manera discontinua (fragmentos de
Okasaki 100-400n)
DNA polimerasa α usa fragmentos de ARN para adicionar ADN (≈20 n)
Primasa adiciona fragmentos de ARN
ADN polimerasa
DNA polimerasas
Síntesis de la cadena rezagada
Siempre de 5´a 3´.
Topoisomeras
a IV
Tus-Ter
Telómeros
Son secuencias
repetidas que se
encuentran en los
extremos de los
cromosomas lineales
Entre otras
funciones resuelven
los problemas de
replicar este tipo de
cromosomas
Telomerasa
Enzima capaz de resolver el
problema de acortamiento de los
extremos
Ribonucleoproteína =
proteina+ADN
Mecanismos de reparación
Laspropias replicasas son capaces
de reparar sus errores durante la
elongación:
actividad correctora de prueba
(proofreading)
Implica una actividad exonucleasa 3’
5’
Transcripción
del ADN a ARN
Transcripción
Sintetiza ARN a partir de ADN
Ocurre en varios pasos; para la
expresión de un gen:
La ARN polimerasa se une a un sitio
especifico del gen
La ARN polimerasa se mueve a lo largo
del gen separando la doble hélice de
ADN y sintetizando una cadena
complementaria de ARNm a la cadena
molde de ADN en dirección 5´a 3´
Se forman enlaces fosfodiester para
formar el polímero de ARNm idéntico
a la cadena codificante de ADN
La transcripción termina en un sitio
especifico del gen
Después de sintetizarse la cadena de
ARN la doble hélice de ADN se vuelve
a formar
ARN mensajero
ARN Polimerasa
RNA pol I transcribes ribosomal RNAs
(rRNAs)
RNA pol II transcribes RNAs that will
become messenger RNAs (mRNAs) and also
small regulatory RNAs
RNA pol III transcribes small RNAs such as
transfer RNAs (tRNAs)
Se inicia en promotores.
Promotor estándar
Promotores Eucarióticos
Inicio de
transcripción
0 PB
Caja TATA a entre -26
y -30 PB aprox.
Elementos de Respuesta.
CaRE, SRE, CRE, GRE
Dedos de Zinc
Hojas β
RNA polimerasa
14 pares de
bases
82
[Extraído de: Lodish, 2005]
Pasos de la transcripción
Terminación
Terminación Actividad
helicasa
Dependiente de ρ ~275 kD hexamero
Sitio de paro
sensible de rho
ARN mensajero UTR 5´ y 3´: UnTranslatec Región
Exones e intrones
5´cap
CDS: Protein coding Region
Cola poliA
89
MADURACIÓN DE ARN
Exon. Región codificadora de
proteínas
Intron. Región NO
codificadora de proteínas
No necesita templados
Procesos adicionales en eucariotas
Adición:
5´cap
Residuo de colas de poliadenilato
Función parcialmente conocida:
Cap puede participar en la exportación fuera del núcleo y
ayuda a proteger su degradación
Cola de pol (A) se une a proteínas especificas que ayudan
a proteger su degradación
Complejo
poro nuclear
Splicing
La mayoría de los
genes
Solo los que
codifican para
histonas no
Grupo I
En núcleo, mitocondrias y cloroplastos que codifican para
mARN rARN y tARN
No requiere ATP
Grupos de transesterificación ribosa 2´o 3´ ataca nucleofílico
1 nucleótido de
guanina
(nucleótido
cofactor)
Ataque
nucleofílico al
intrón
El extremo 3´libre
del exón ataque
nucleofílico al
intrón para
despegarlo y
unirse al exón
Grupo 2
Transcrito primario de cloroplastos
y mitocondrias de hongos, algas y
plánctones
Grupos de transesterificación ribosa
2´o 3´ ataca nucleofílico
Ataque nucleofílico de la 2´ de un
adenilato dentro intrón y forma un
lazo
¿Enzimas?
Tomas Cech en 1982
No requieren encima
Propiedad autocatalíticos del ARN
Grupo 3
Transcritos primarios del núcleo
Requieren de proteínas llamadas small nucelar ribonucleo
proteins (snurps)
De 5 tipos U1, U2, U4 ,U5, U6 (altamente conservadas)
Regiones
complementarias.
U2 en adelante
forman el spliciosoma
Si necesita atp
ATP
ADP +
Pi
Spliciosoma
ATP ADP
Grupo 4
Grupo 4 requiere
ATP y
endonucleaasas
Están en tRNA
Endonucleasas
rompen enlace
fosfodiester y
quinasas y ligasas
unen los exones
Múltiples productos por un gen
¿Por que hacer esto que requiere
energía sin ningún beneficio?
Un mRNA muchos
polipéptidos
Ambiente da
señales de que va a
ser
Por:
varios sitios de poli-A
varios lugares de splicing
Proteínas de unión a RNA promueven alguna vía
a) La existencia de regiones conservadas en los intrones que
separan los segmentos V, D, J y que guían el proceso de
recombinación
b) La existencia de recombinasas específicas (RAG1, RAG2) que
solo se expresan en los linfocitos B y T.
106
bonucelasa
bonucelasa 5´CAP EXÓN -AAAAAAA exoribonucelasa
exoribonucelasa
endonucleasa
endonucleasa
Traducción del
ARN a proteína
En el
Ribosoma:
enzima formada por
cadenas de proteínas
+ ARN Ribosomal
Traducción
Síntesisde proteína a partir de ARNm
Célula necesita miles de diferentes tipos proteicos. Estructura y
función: enfunción del tiempo.
90% de la energía química.
Una cadena polipéptica de
100 residuos es sintetizada
en 5 s.
Regulada: solo se sintetiza
las que necesita en ese
momento.
Requerimientos
70 proteínas ribosomales
20 o mas enzimas para activar
precursores de a.a
12 o mas enzimas auxiliares
Factores proteicos de iniciación,
elongación y terminación.
100 o mas enzimas post-
traduccionales
40 o mas RNAs ribosomales y
traduccionales.
300 macromoléculas
cooperadoras.
Ribosoma
50´s Paul Zamecnik. La síntesis proteica se desarrolla en los
ribosomas
Ribosoma=Proteína + ARN Ribosomal
Ribosoma:
Theodor
Svedberg
S=svedbergs
Los ribosomas tienen 2 sitios
A (aminoacil) se une el tRNA
P (peptidil) en el se unen los péptidos
Ambas están en las dos sub unidades
¿cuántos tipos de
aminoácidos conforma las
proteínas?
¿cuántos tipos de Bases
nitrogenadas conforma los
Ácidos nucleicos ?
¿cómo $%#=! Traduces un
mensaje de 4 (Ac. nucleicos)
letras a uno de 20
(aminoácidos)?
Al menos necesitas 3 bases nitrogenadas
para formar un aminoácido
Codón: ARN mensajero
Sontres bases nitrogenadas que traducirán para un
aminoácido
¿Cuántas combinaciones
posibles de 3 bases
nitrogenadas (codones)
tenemos con las 4 BN?
Código Genético
4 amino ácidos en 2 BN
A U G C
U G A C AU G C A UG C A C UG
16 combinaciones posibles para 20 amino ácidos.
Sucesivos
No se
sobrelapan
¿Qué codón da qué aa?
1961 Marshall Nirenberg y Heinrich Matthaei
ARNm´s
Polipeptido.
U U C U U C U U C U U C
A A G A A G A A G A A G
A G U A G U A G U A G U
C C A C C A C C A C C A
CADA UNO CON SUS 3
DISTINTOS MARCOS DE
LECTURA
Características del código genético
El inicio tiene que tener un orden
Si el inicio comienza una o dos pares de bases desfasada o hay
alguna deleción proteína incorrecta.
El codón es de inicio es AUG pero tambien traduce para metionina
intermedias.
G-H-L-K-J-F-Q-R-Y-L-… (50)PARO
Proteínas normalmente necesitan 500 codones consecutivos.
ARNt-aminoacil Aminoácido + ARNt
Traduce el lenguaje de
4 letras (A, G, C o U) a
20 de a.a
Brazo TψC
contiene Brazo del a.a
ribotimidina, unio con el a.a
pseudouridina y
citocinas
metiladas
Entre 73 y 93
nucleotidos
Brazo DHU
contiene el
nucleotido
dihidrorina
Brazo
extra
¿Cómo es esto
posible?
La hipótesis del bamboleo
Algunos tRNA tienen inosinato (I), la
cual contiene hipoxantina
Las primeras dos bases del codón
dan especificidad y sus puentes
son mas fuertes
Cuando la base 5´del anticodón es
A ó C la unió es especifica. Si es
U ó G es menos específica y tener
2 opciones. Si es I puede A, U ó C
Cuando un a.a se da por varios
codones que difieren de las 2
primeras bases los tRNA son
diferentes.
Solo 32 tRNAs son requeridos
para traducir 61 codones.
Traducción
También tiene
Inicio
Activación de ARNt
Elongación
Terminación
Activación deARNt-aminoacil
Mahlon
Hoagland and Zamecnik. Un aminoácido se una a
ARNt por medio de la encima aminoacyl-tRNA sintetasas
Ocurre en el citosol.
Unión del a.a a su tRNA por la aminoacil-tRNA sintetasas
Una aminoacil sintetasa para cada tipo de a.a, aun que un a.a
tenga dos tRNA
Activación del aa-tARN
Mg2+
Amino acid + tRNA + ATP aminoacyl-tRNA + AMP + PPi
Primer paso un aa se une a una molécula de ATP y forma
aminoacil adenilato mono fosfato.
El grupo carboxil del a.a se une al ATP con liberacion de PPi.
Elsegundo paso el a.a-AMP es unido con su respectivo
tRNA según el tipo de aminoacil transferasa.
Un enlace éster entre el a.a y la ultima Adenina 3´del tRNA.
amino carboxilo
%
Activación de primer aa
Primer amino acido es siempre Met
Un grupo formil es transferido al grupo amino de Met de 10-
Formiltetrahidrofolato por la enzima transformilasa
Metionina
10-Formiltetrahidrofolato
(ácido fólico)
Activación de primer aa
Dos tRNA: tRNAMet y
tRNAifMet
Metionina es unida a
tRNAifMet por la Met-
tRNA sintetasa
(misma sintetasa para
fMet y para Met)
Transformilasa no
formila metioninas
libres o unidas a
tRNAmet solo formila a
Met unida a tRNAifMet
Bloquear el grupo amino
Hace que la traducción NO empiece en un AUG intermedio
Ayuda a unirse al sitio del ribosoma donde inicia la traducción.
De 4 a 9
pb
De 8 a 13
Inicio (procatiotas) La sub
unidad 30 s
se una al
Factor de
Previene que se iniciacio 3
unan Inicia en el
prematuramente a
50 S
codón AUG
de metionina
Se une el
mRNA en su
sitio de
inicio. (codon
AUG en sitio
P del
ribosoma)
El complejo que consta de la
subunidad 30S, IF-3, y el ARNm. Se
aparea con el anticodón que trae
consigo IF-2 unido a un GTP
La molécula de GTP unido a IF-2 se
hidroliza a GDP y Ppi liberando a
IF-3 y a IF2
Se una la sub unidad 50S ribosomal.
Elongación.
Tu Ts G
Factores de elongación
Complejo de iniciación
GTP
Necesita.
Tu GTP
COMPLEJO aminoacyl-tRNA-EF-
Tu.GTP
Hidrolizado y
luego
reactivado
Unión sitio A
Se forma un enlace peptídico
El ribosoma
cataliza
Peptidil-transferasa
Se produce un dipeptidil-tRNA
No cargado
Translocación
El dipeptidil se mueve de A a P
Se repite el ciclo
La cadena poli-
peptídica
permanece unida al
último tRNA
Terminación.
UAA, UAG, UGA
+H
-o-H
Corrección de pruebas
Esta limitada a la interacción codón anti-codón.
apareamiento hay
tiempo para que se
disocie Tu-GTP y no se
lleve la síntesis
Una vez se une el tRNA a mRNA no hay
corrección esto se vio con experimento de
hibrido.
Velocidad/fidelidad
Diferencias entre eucariotas y procariotas y su escaneo del
inicio
Elongation in eukaryotes
eEF-1 has two subunits, α and βγδ.
α acts as counterpart to prokaryotic EF-Tu
βγ δ acts as counterpart to prokaryotic EF-Ts
eEF-2 the counterpart to prokaryotic EF-G
Terminación en eucariotas
Eukaryotic translation termination
factor 1 (eRF1), also known asTB3-1
The only release factor (eRF) which
recognizes all three stop codons. The
overall process of termination is similar
in prokaryotes, but in the latter 3 separate
release factors exist, RF1, RF2 and RF3.
[8]
Diferencias Procariotas y
eucariotas
EF-G
Un codón en el ARN mensajero especifica un aminoácido
El ARN de transferencia tiene unido un aminoácido y tiene al
anticodón que se une al codón para traducir.
El ribosoma cataliza al enlace peptídico para que crezca la
cadena de aminoácidos
Siempre inicia con el codón AUG
Cadenas de ADN ARN mensajero
sintetizándose sintetizándose ARN mensajero
Ribosoma
Proteína
Cadena de ADN sintetizándose