Ácidos nucleicos: Introducción

Bases, nucleósidos y nucleótidos

F. Miescher (1865)

- Estudia la composición química del pus: encuentra

una fracción precipitable por ácido diluído que denomina
nucleína

- Encuentra un material parecido a la nucleína en la

esperma de salmón, y lo fracciona en una componente
proteico (protamina) y un componente que contiene P,
de carácter ácido, que Altmann denomina ácido nucleico
- Estudios posteriores a Miescher demuestran la existencia
de dos tipos de ácido nucleico: uno abundante en la levadura,
que recibe el nombre de ácido zimonucleico y otro, abundante
en el timo, llamado ácido timonucleico.

- Posteriormente se comprueba que en la composición del

llamado zimonucleico entra la ribosa, y por eso pasa a llamarse
ácido ribonucleico (RNA, ARN), mientras que el timonucleico
contiene desoxirribosa, por lo que pasa a llamarse ácido
desoxirribonucleico (DNA, ADN)
 Experimento de Avery (1944)

El neumococo tipo R (rough, rugoso) (colonias a la izda.) puede

ser transformado en neumococo tipo S (smooth, liso) (colonias
a la dcha.) por el DNA del neumococo S. Esta transformación
se transmite a la descendencia.
 La hidrólisis química completa de un ácido nucleico da lugar a
una mezcla equimolar de:

A. Una base nitrogenada heterocíclica, purina o pirimidina

B. Una pentosa, ribosa o desoxirribosa

C. Ortofosfato

La hidrólisis enzimática completa de un ácido nucleico da lugar

a una mezcla de nucleótidos

Los ácidos nucleicos son polímeros (de altísimo peso molecular)

cuyos monómeros son los nucleótidos.
 DNA de Escherichia coli

Una sola molécula circular

cuya circunferencia mide
1 mm

Tiene un peso molecular de

aproximadamente 109
 NH2
N
O N
-
O P O CH2 N
O N
O- H H
H
OH OH

Pentosa Base

Fosfato Nucleósido

Nucleótido
 NH2
N Polinucleótido
N
O P O CH2 N
O N
-
O NH2
N
O N
OH
O P O CH2 N
O N
-
O NH2
N
O N
OH
O P O CH2 N
Enlace -
O N
fosfodiéster O
Enlace
O OH -glicosídico
 Purinas Pirimidinas
6 7 4
5
1 N 3
N 5
N 8
2 2 6
4 NH
N N
3 9 1
 NH2
N
N

N NH

Adenina: 6-amino purina

O
N
HN

H2 N N NH

Guanina: 2-amino 6-oxo purina

 O
N Hipoxantina:
HN
6-oxo purina
N NH

O
N Xantina:
HN
2,6 dioxo purina
O NH NH

OH
Ácido úrico:
N 2,6,8 trioxo purina
N
OH
HO N NH
 NH2
Citosina:
N
2-oxo 4-amino
pirimidina
O N
O
Uracilo:
HN 2,4-dioxo
pirimidina
O N
O
Timina:
CH3 2,4-dioxo
HN
5-metil
pirimidina
O N
Propiedades de las bases

1. Carácter levemente básico

2. Solubilidad escasa en agua
3. Espectro de absorción con máximo a 260 nm
4. Posibilidad de formas tautoméricas
5. Todos los reactivos de las bases son potencialmente
mutagénicos
Forma O
ceto
HN

O NH

Formas tautoméricas
del uracilo

Forma OH
enol
N

HO N
 NH2 O

N HNO2 N
N HN
+ NH3
N NH N NH

Reacción de desaminación por ácido nitroso:

Adenina se desamina a hipoxantina; por ello todos los

nitrosocompuestos son mutágenos químicos potentes.
 O
NH2
N
H3 C HN
N Bases
N
H3C
NH
NH
N N modificadas
N
CH3
1-Metiladenina 2-Dimetilaminoguanina

H2C CH2 CH3

C
S O
H CH2
N
HN HN
N
N
O N S N
N NH
4-Tiouracilo 2-Tiouracilo
Isopenteniladenina
 Productos naturales: metilxantinas

O CH3 O OH CH3
H 3C N H 3C N N
N N N

O N NH O N NH O N NH

CH3 CH3 CH3

Cafeína Teofilina Teobromina

Inhibidores de la cAMP fosfodiesterasa

Análogos sintéticos de bases: antimetabolitos

SH O
Br
N HN
N

N NH O N

6-Mercaptopurina 5-Bromouracilo

O
N N
N HN
N
H 2N N NH NH
H 2N N
2-Aminopurina 8-Azaguanina
Nucleósidos, 1

Unión de una base a una pentosa a través de un enlace de tipo

-N-glicosídico:
H2 N
Enlace H2 N
N -N-glicosídico
N N
N
HOCH2 N N
O HOCH2 N N
O

OH OH
OH H
Adenosina Desoxiadenosina
(pentosa es ribosa) (pentosa es desoxirribosa)

Purinas: enlace entre carbono anomérico (1’) y N9 de la base

 Nucleósidos, 2

NH2 NH2
N N
O O
HOCH2 N HOCH2
O N
O

OH OH
OH H

Citidina Desoxicitidina

Pirimidinas: enlace entre carbono anomérico (1’) y N1 de la base

 Numeración Nomenclatura

H2N
6 Base Nucleósido
7N N1
5
5' 8 4 2 Adenina Adenosina
HOCH2 N9 N Guanina Guanosina
O 3
4' 1' Hipoxantina Inosina
3' 2'
Citosina Citidina
OH OH
Uracilo Uridina
Timina Timidina
 Numeración de átomos en los nucleósidos

O
HN
5' O
HOCH2 O N
4' 1' 5’
4’ 1’
3' 2'
OH OH 3’ 2’

Uridina
 Propiedades químicas de los nucleósidos

1. Incremento marcado en solubilidad con respecto a la de la base

2. Reacciones propias de la pentosa: Reacción del orcinol (ribo-)

y de la difenilamina (desoxirribo-)

3. Absorción a 260 nm como las bases aisladas

 Conformación de nucleósidos

Adenosina (anti-) Adenosina (syn-)

 O
HN
O NH
HOCH2 O

OH OH Enlace C-C en lugar

del C-N habitual

Pseudouridina
 Antibióticos nucleosídicos
NH2
Cordicepina N
N

O N
N
NH2
N
N
HOCH2 OH
HOCH2 O N
N

NH OH
H 3C O CH2 CH C O
NH2 Puromicina
 Antivirales

NH2
N
O
HOCH2 O N
OH

Citosin arabinósido
OH (Vidarabin)
 Antirretrovirales

O
O
CH3
HN CH3
HN
HOCH2 O N
O HOCH2 O N
O

C C
N3

AZT, Zidovudina D4T, Estavudina

 Nucleótidos
(ribonucleótidos)

NH2 NH2 NH2

N N N
O O O O
-
O P O CH2 N HOCH2 O N HOCH2 N
O O
O-

OH OH O OH OH O
-
O P O O P O-
O- O-

5’-nucleótido 3’-nucleótido 2’-nucleótido

(5’-CMP) (3’-CMP) (2’-CMP)
 Nucleótidos (desoxirribonucleótidos)

O O
HN HN
O O CH3 O
-
O P O CH2 N HOCH2 N
O O
O-

OH H O H
O P O-
O-
5’-dTMP
3’-dCMP
 Nucleótidos cíclicos
NH2
N
N

O N
N

O O
O OH
P
-
O

3’,5’ Adenosin monofosfato cíclico, cAMP

 NH2
N
O N 5’-Adenosina
-
O P O CH2
O N monofosfato, AMP
N
-
O

OH OH NH2
N
O O N
5’-Adenosina
O P O P O CH2 N
- -
O N difosfato, ADP
O O

OH OH NH2
N
O O O N
-
O P O P O P O CH2
5’-Adenosina
O N
O- -
O -
O
N trifosfato, ATP

OH OH

Nucleósido polifosfatos
Propiedades de los nucleótidos

1. Carácter ácido debido al fosfato

2. Solubilidad incrementada respecto al nucleósido
3. Máximo de absorbancia UV a 260 nm
4. Misma reactividad que bases y nucleósidos
 NH2
N
O O O N
-
O P O P O P O CH2 N
O N
- - -
O O O

ATP
OH OH

H2O

G = -7.6 kcal/mol
NH2
Pi N
O O N
O P O P O CH2 O N
N
- -
O O

ADP OH OH
ATP como
donador de energía
 NH2
N
O O O N
 
-
O P O P O P O CH2 N
O N
- - -
O O O
ATP
OH OH

O O
O P O P O Configuración de alta energía (anhídrido)
O- O-

O
O P O CH2 Configuración de baja energía (éster)
O-
 HOCH2 O
O HN
OH O O O
O P O P O CH2 O N
OH
O- O-
OH

Uridindifosfato glucosa (UDPG) OH OH

NH2
N
CH3 O O O
H 3 C N+ CH2 CH2 O P O P O CH2 O N
CH3 O- O-

Citidindifosfato colina (CDP-colina)

OH OH
 NH2
N
O O N
-
O S O P O CH2 N
O N
-
O O
3’-Fosfoadenosina
O OH 5’-fosfosulfato, PAPS
-
O P O
O-
NH2
N
N
-
OOC CH CH2 CH2 S+ CH2 N
O N
+
NH3 CH3

S-adenosil
OH OH metionina, SAM
 NH2
N
O O N
N+ CH2 O P O P O CH2 N
O N
OH OH O -
O -

O
OH OH Nicotinamido
H3C N adenin dinucleótido,
NH
NAD+
H3C N N O
CH2
HCOH
NH2
HCOH
N
HCOH O O N
CH2 O P O P O CH2 O N
N
Flavin adenin
O- O- dinucleótido,
FAD
OH OH
 Panteteína ADP
NH2
H H HO H N
O O
N N N
HS C C O P O P O CH2 O N
O O H3C CH3 O- O- N
H H
H H
OH OH

Coenzima A