TEMA 7B.

TAXONOMÍA MICROBIANA

7.6 TAXONOMÍA CLÁSICA

7.1.1 Conceptos y generalidades
7.1.4 Nomenclatura. El Sistema binomial de Linneo
7.1.3 Caracteres de valor taxonómico
7.7 TAXONOMÍA NUMÉRICA
7.8 CLAVES DE IDENTIFICACIÓN
7.9 TAXONOMÍA MOLECULAR
7.9.1 Hibridación DNA:DNA
7.9.2 Ribotipado
7.9.3 Análisis de ácidos grasos (FAME)
7.10 TAXONOMÍA POLIFÁSICA
7.10.1 Relación entre Taxonomía Molecular y Filogenia
7.10.2 Relación entre Taxonomía Clásica y Filogenia
7.11 EL CONCEPTO DE ESPECIE EN MICROBIOLOGÍA
7.11.1 Especies bacterianas y taxones superiores
7.11.2 Especiación bacteriana
TEMA 10. TAXONOMÍA MICROBIANA

7.12 SISTEMÁTICA FILOGENÓMICA

7.13 MANUALES DE SISTEMÁTICA Y COLECCIONES
DE CULTIVOS PUROS
TAXONOMÍA
CLÁSICA
LA TAXONOMÍA ES LA CIENCIA DE LA CLASIFICACIÓN
QUE ESTRUCTURA LOS ORGANISMOS EN GRUPOS
(TAXONES) EN BASE A SU SIMILITUD, Y ESTA
CONSTITUIDA POR DOS SUBDISCIPLINAS
PRINCIPALES:

NOMENCLATURA: QUE ASIGNA NOMBRE A LOS TAXONES

IDENTIFICACIÓN: QUE DETERMINA A QUE TAXONES

PERTENECE UN ORGANISMO

TAXONOMÍA FILOGÉNIA
MICROBIANA MICROBIANA
ANÁLISIS FENOTÍPICO ANÁLISIS GENOTÍPICO
(FENÉTICOS) (FILOGENIA)
(Morfología, Movilidad, (Secuencia del ADN
Nutrición y Fisiología, etc) ribosomal)
NOMEMCLATURA SEGÚN SISTEMA BINOMIAL

Carl von Linneo (1707-

1778), propone sistema
binomial usado posteriormente
para clasificar microorganismos

Escherichia coli

(Ej: Descubierta por Theodor

Escherich en 1888 y
encontrada en el colon)
CRITERIOS DE IDENTIFICACIÓN
 CRITERIOS DE IDENTIFICACIÓN

CONTENIDO G+C

% G+C = G+C x 100

G+C+A+T

SE PUEDE DETERMINAR POR MEDIO DE:

1) Desnaturalización térmica
2) Métodos cromatográficos
3) Southern blot

CRITERIO DE EXCLUSIÓN:

1) % GC > 3, probablemente especies diferentes

2) % GC > 10, probablemente géneros diferentes

VALOR TAXONÓMICO LIMITADO

 TAXONOMÍA BACTERIANA CLÁSICA
Dominio
Phylum
Clase
Orden
Familia
Genero
Especie

Bacteria
Proteobacteria
Gamma Proteobacteria
Zymobacteria
Enterobacteriales
Enterobacteriaceae
Escherichia
Escherichia coli

EN LA TAXONOMÍA BACTERIANA CLÁSICA, SE

DETERMINAN VARIAS CARACTERÍSTICAS Y LOS
RESULTADOS SE UTILIZAN PARA AGRUPAR LOS
ORGANISMOS EN LA ESCALA TAXONÓMICA
DESDE DOMINIO HASTA LA ESPECIE
TAXONOMÍA BACTERIANA CLÁSICA
CRITERIOS GENERALES

CRITERIOS ESPECÍFICOS
TAXONOMÍA
NUMÉRICA
TAXONOMÍA NUMÉRICA

1) Agrupación de unidades taxonómicas o

taxones por métodos numéricos
2) Se basa en un gran número de
caracteres
3) Cada carácter tiene igual peso
4) La similitud es función de la proporción
de caracteres comunes
TAXONOMÍA NUMÉRICA

1) Caracteres fenotípicos (no menos de 60)

2) Coeficiente de semejanza = a+d .

a+b+c +d
a: número de caracteres positivos en ambas cepas
b: número de caracteres positivos sólo en cepa 1
c: número de caracteres positivos sólo en cepa 2
d: número de caracteres negativos en ambas cepas
 Budvicia
Edwards
Hafnia
Providen
Escheric
Leclercia
Morganell
ATC
Shigela
Yersinia
Buttiauxe
Cedecea
Yokenella
Salmonella
Trabulsie
Kluyvera
ATC
ATC
Ewingella
Rahnella
Moellerella
ATC
Unweighted pair-group average

OW
Tree Diagram for 57 Cases

OW
OW
Percent disagreement

OW
OW
O
O
OW
OW
OW
OW
OW
O
O
O
O
O
O
O
Leminore
Pragia
O
Tatumella
Xenorh
OW
OW
OW
OW
Photor
Citrobacte
Proteus
Enterob
Klebsiella
Pantoea
0,7 Serratia

0,6

0,5

0,4

0,3

0,2

0,1

0,0
Linkage Distance
CLAVE DE IDENTIFICACIÓN PARA
BACTERIAS GRAM POSITIVAS
TAXONOMÍA
MOLECULAR
 LA TAXONOMÍA MOLECULAR TAMBIÉN
LLAMADA QUIMIOTAXONOMIA EMPLEA LOS
ANÁLISIS MOLECULARES DE LAS DIVERSAS
BIOMOLÉCULAS DE LAS CÉLULAS
TIPOS DE MARCADORES CARACTERÍSTICAS
• HIBRIDACIÓN ADN-ADN 1) NO SON UNIVERSALES,
MUY ÚTILES DENTRO
DE ALGUNOS GRUPOS
• RIBOTIPADO 2) ALTO GRADO DE
DISCRIMINACIÓN
• ANÁLISIS DE LÍPIDOS 3) PRESENTES EN
DISTINTAS
ESTRUCTURAS
CELULARES
 HIBRIDACIÓN ADN-ADN
1) DEPENDE DE LA SECUENCIA COMPLETA
DEL GENOMA

2) ÚTIL EN ORGANISMOS ESTRECHAMENTE

RELACIONADOS

3) DETERMINACIÓN POR:
- % HIBRIDACIÓN DE ADN1-ADN2 (RADIACTIVO)
- TEMPERATURA DEL PUNTO DE FUSIÓN
(ΔTM DEL HÍBRIDO)

4) ES EL CRITERIO ACTUAL DE DEFINICIÓN

DE ESPECIE (GOLD STANDARD)
HIBRIDACIÓN ADN-ADN
(MÈTODO RADIOACTVO)
 HIBRIDACIÓN ADN-ADN
(MÉTODO TEMP. PUNTO DE FUSIÓN)
 HIBRIDACIÓN ADN-ADN
(MÉTODO TEMP. PUNTO DE FUSIÓN)
Absorbancia

ADN simple hebra

Aumento de
ADN doble hebra absorbancia del
ADN a 260nm por
desnaturalizacion
220 260 300
Longitud de onda (nm)
Abs. relativa 260 nm

ADN simple hebra

desnaturalización Tm: punto medio del

Tm = 86ºC
perfil de
desnaturalización
ADN doble hebra
térmica de ADN-ADN
80 90 100
temperatura (ºC)
HIBRIDACIÓN ADN-ADN

LA FUSIÓN PUEDE MEDIRSE

EXPERIMENTALMENTE DADO QUE
LAS CADENAS DE ADN SIMPLES Y
DOBLES DIFIEREN EN SU CAPACIDAD
PARA ABSORBER LA LUZ
ULTRAVIOLETA DE CIERTA
LONGITUD DE ONDA, AUNQUE
TENGA LA MISMA SECUENCIA

Tm H = Δtma- Δ tmb
RIBOTIPADO
ANÁLISIS DE ÁCIDOS GRASOS
TAXONOMÍA
POLIFÁSICA
TAXONOMIA POLIFÁSICA
Consenso en la integración de distintos tipos
de caracteres:
 Fenotípicos: - clásicos (morfología, nutrición, etc)
- marcadores quimiotaxonómicos
- perfil de proteínas totales y enzimas

 Genotípicos: clásicos: % G+C

hibridación DNA-DNA

nuevos: fingerprinting (ej. perfiles moleculares

por restricción o amplificación de ADN)

 Filogenéticos: basados en el gen del ARNr 16S

(Vandamme et al., 1996)

RELACIÓN ENTRE LA TAXONOMÍA
MOLECULAR Y LA FILOGENIA

NÓTESE QUE POR ENCIMA DEL 70 % DE

HIBRIDACIÓN, NO SE ENCONTRARON VALORES DE
SIMILITUD MENOR DEL 97 % EN EL GEN RNA 16S
RELACIÓN ENTRE LA TAXONOMÍA
MOLECULAR Y LA FILOGENIA

Definición especie: % de hibridación ADN1-ADN2 > 70%

En general se cumple:
Secuencia del gen del ARNr 16S difiere en mas del 3%
con el resto de las secuencias conocidas de bacterias
entonces el % de hibridación ADN-ADN es menor al 70%

especies diferentes

Se emplea frecuentemente para:

1) completar identificación de cultivos puros
2) análisis de comunidades de no cultivables
ANÁLISIS DE LA SECUENCIA DEL GEN ARNr 16S PARA
LA IDENTIFICACIÓN DE UNA CEPA BACTERIANA

Alineamiento y corrección de la secuencia

Comparación con bases de secuencias

(http://rdp.cme.msu.edu/html http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank)

Diferencia de secuencia con la cepa mas similar

> 3% < 3%

pruebas fenotípicas
Confirmación con
pruebas fenotípicas y diferentes similares
genotípicas diferentes
Hibridación ADN-ADN

< 70% > 70%

NUEVA ESPECIE
NUEVA CEPA DE LA
MISMA ESPECIE
IDENTIFICACIÓN DE UNA CEPA BACTERIANA EN LA
ERA GENÓMICA
 RELACIÓN ENTRE LA TAXONOMÍA
CLÁSICA Y LA FILOGENIA
Termofilia en todos los miembros de la rama
Termofilia en algunos miembros de la rama
5) Lípidos de membrana
(ésteres o éteres)
6) Metanogénicos: todos pertenecen a
uno de los 4 linajes dentro de Archaea
1) Termofilia representada en
los grupos mas profundos de
Archaea y Bacteria
2) Muchos de los linajes
profundos son anerobios o
microaerofílicos
3) Fotosíntesis basada en
clorofilas: distribuida en
varios linajes de Bacteria
4) Estructura de la pared
celular:
- Peptidoglicano solo presente
en Bacteria
- Linaje Gram + son filogenéti-
camente coherente
EL CONCEPTO DE
ESPECIE EN
MICROBIOLOGÍA
 ESPECIE
1) UNIDAD TAXONÓMICA BÁSICA
2) GRUPO DE CEPAS QUE TIENE UN ALTO
GRADO DE SIMILITUD EN SUS
PROPIEDADES Y QUE DIFIEREN EN
FORMA SIGNIFICATIVA DE OTROS
GRUPOS DE CEPAS

CEPA: POBLACIÓN DE ORGANISMOS QUE

DESCIENDE DE UN ÚNICO ORGANISMO
 ESPECIE BACTERIANA

 Concepto en revisión continua

• Definición metodológica estándar:

- % de hibridación ADN1-ADN2 > 70%
- ΔTm < 5ºC (estabilidad térmica del híbrido ADN1-ADN2

• Generalmente se usa el criterio POLIFÁSICO

(combinación de características fenotípicas y genómicas)
ESPECIE BACTERIANA

DDH
Stackerbrandt, 2006
<70% C hun et al., 2018
“Gold Standard”

ANI Average nucleotide

Ho mo logía 16S rRNA
identity
Kim et al., 2006 <95-96%
<98.65%
 CATEGORÍAS DE CLASIFICACION A NIVEL
DE SUB-ESPECIE (TIPIFICACIÓN)
VARIEDADES O TIPOS

1) Serovariedad o serotipo (antígenos distintos)

2) Fagovariedad (tipificación por fagos)
3) Biovariedad (diferencias bioquímicas y
fisiológicas)
4) Patovariedad (patogenicidad)
5) Morfovariedad (diferencias morfológicas)
6) Genomovariedad (grupos con ADN similares)
ESPECIACIÓN BACTERIANA
ESPECIACIÓN BACTERIANA
1) Varios ecotipos coexisten en un
único hábitat microbiano, ocupando
cada uno su propio nicho ecológico
primario
2) Una mutación adaptativa dentro
de uno de los ecotipos forma una
población que reemplaza al ecotipo
original
3) Al repetirse este proceso, se
forma una población de células
genéticamente distinta que
representa un nueva especie.
 SISTEMÁTICA
FILOGENÓMICA
 MANUALES DE
SISTEMÁTICA Y
COLECCIONES DE
CULTIVOS PUROS
NOMENCLATURA Y MANUALES DE
SISTEMÁTICA BACTERIANA

1) Bergey´s Manual of Determinative Bacteriology

1923 (1ed)-1994 (9ed)
2) Bergey´s Manual of Systematic Bacteriology 1a Ed,
1984 (vol 1)-1989 (vol 4)
3) Bergey´s manual of Systematic Bacteriology 2a Ed,
2001(vol 1)-2005(Vol 2)
4) The Prokaryotes (http:/www.prokaryotes.com)
NOMENCLATURA Y MANUALES DE
SISTEMÁTICA BACTERIANA
1) Actualmente con mas
de 40 divisiones (phylum),
algunas de organismos no
cultivados

2) Phylum mejores
caracterizados:
Proteobacteria (α,β,γ,δ,ε),
Gram positivos (LowGC y
HighGC)

3) Origen de mitocondrias (phylum Proteobacteria) y

cloroplastos (phylum Cyanobacteria)
PHYLUM BACTERIANOS
PHYLUM ARCHAEA
PUBLICACIONES Y COLECCIONES
PUBLICACIONES
International Journal of Systematic and Evolutionary
Microbiology (antes IJSB). Publicado por la Sociedad General
de Microbiología

Otros: Applied and Environmental Microbiology,

Systematic Applied Microbiology

COLECCIONES (cepas tipo y otras)

ATCC (American Type Culture Collection)
DSMZ (Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zelkulturen,
Colección alemana)
CIP (Colección del Instituto Pasteur, Francia)
LITERATURA:
1) BROCK-BIOLOGÍA DE LOS MICROORGANISMOS
/Madigan MT et al./, 13va Edición, Pearson Educación,
Madrid, 2011.
2) Vandamme P. et al (1996). Polyphasic taxonomy, a
consensus approach to bacterial systematics. Microbiol
Rev 60, 407-438.
3) Roselló-Mora R & Amann R. (2001). The species concept
for prokaryotes. FEMS Microb Rev 25, 39-67.
4) BROCK- BIOLOGY OF MICROORGANISMS /Madigan et al.
(Eds), International 15th Edition, Pearson Education, NY, USA,
2018.
5) Wu et al. 2009. Nature 462:1056-1060