Informe B Squeda An Lisis e Interpretaci N de Datos Bioinform Ticos PDF

UNIVERSIDAD NACIONAL DEL SANTA
FACULTAD DE CIENCIAS
ESCUELA PROFESIONAL DE
BIOTECNOLOGÍA
INGENERIA GENETICA
ALUMNOS:
 Álvarez Huaytan Katherine Aracely
 Herrera Perez Delfina Karen
 Otiniano Jiménez Patricia Alexandra
 Palacios Pascual Ainnie Mackenzy
 Rodríguez Espejo Manuel Isaías
CICLO:
SEXTO
TEMA:
BÚSQUEDA, ANÁLISIS E INTERPRETACIÓN DE DATOS
BIOINFORMÁTICOS
DOCENTE:
WILLIAN CAPA ROBLES
NUEVO CHIMBOTE – PERÚ
2021
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PRACTICA N° 4
BÚSQUEDA, ANÁLISIS E INTERPRETACIÓN DE DATOS

BIOINFORMÁTICOS
I. INTRODUCCION
La Bioinformática ha demostrado obtener mejoras en la investigación en áreas afines. Biólogos

usan programas para alinear secuencias y crear estructuras, que son de importancia para analizar
los resultados dados por dichos programas de software. De esta manera, se ha logrado descubrir
especies nuevas, determinar a qué especie pertenece una muestra de un ser vivo, curas, entre otros
descubrimientos.
En esta misma línea, los microorganismos son vitales gracias a sus funciones ecosistémicas, las
mismas con gran impacto en el ámbito biotecnológico, con aplicaciones realmente alentadoras y
provechosas. Por ejemplo, el estudio de Escherichi coli, ampliamente distribuido en los sistemas
digestivos de seres vivos de sangre caliente, por lo que su presencia es utilizada como indicador
principal para detectar contaminaciones fecales en el control de calidad de aguas y alimentos;
Bacillus subtilis, que se ha mostrado muy manejable para la manipulación genética, ha sido
adoptado como un organismo modelo para estudios de laboratorio, sobre todo de eyaculación,
muy útil en protocolos de manipulación genética como es en el caso de la experimentación con
uracilo y con enzimas dutt y dump; Saccharomyces cerevisiae, empleado para estudiar el
envejecimiento, regulación de la expresión génica, señales de transducción, ciclo celular,
metabolismo, apoptosis, enfermedades neurodegenerativas y muchos otros procesos, también se
ha empleado para numerosas finalidades; como en la industria de las bebidas fermentadas, en
particular la cerveza; Xanthomonas campestris, usada en la producción comercial de un
polisacárido de alto peso molecular, la goma Xantana, que es un eficiente viscosificador de
soluciones acuosas, con importantes usos, especialmente en la industria alimenticia; Clostridium
butyricum¸ cuyos productos de su metabolismo incluyen CO 2 , H 2 , así como compuestos
orgánicos (butírico, láctico, acético y succínico) y disolventes (butanol, acetona, isopropanol),
muchos de los cuales es usado en una infinidad de industrias; ampliamente utilizado en la
producción de una gran variedad de glucanasas con un espectro tal que puede lograrse la completa
degradación de la celulosa, sus productos son generalmente considerados como GRAS, lo que
permite su aplicación en la industria de alimentos tanto para el hombre y animales;
Corynebacterium glutamicum es usado para producir amino-ácidos que crece en gran variedad de
sustratos y es resistente durante la fermentación, a variaciones de pH, temperatura, presión
osmótica y acumulación de alcohol, características que lo hacen candidato a ser mejorado para la
síntesis de ácido láctico y etanol. Por otro lado, las enzimas: Pyruvate kinase, con potencial para
ser utilizadas como marcadores tumorales, biosensores, blanco para quimioterapia de parásitos
y/o como modelo industrial para la sobreproducción de proteínas recombinantes y presente en la
ruta metabólica de la glubólisis; Acetyl-CoA carboxylase, Juegan un papel importante en la
regulación del metabolismo de los ácidos grasos ya que cataliza el primer eslabón en la síntesis
de los ácidos grasos, presente en la β-oxidación; Lactate dehydrogenase, Juega un papel
importante en la producción de energía por el cuerpo; Citrate synthase, Es importante debido a
que cataliza la reacción de condensación tipo aldólica del acetato, proveniente del acetil-CoA, y
del oxaloacetato para formar citrato, en el ciclo de Krebs; Glucose 6-phosphate dehydrogenase,
Es importante porque ayuda a mantener la homeostasis de los eritrocitos frente a los insultos
oxidativos, a través de la producción de NADPH, en la ruta de las pentosa fosfato.
En esta práctica se trabajó con un grupo de enzimas que participan en distintas rutas metabólicas,
siendo un total de 8 enzimas y 8 microorganismos, de los cuales se hizo un análisis de si poseían
o no los genes que codifican para las enzimas, terminando con un alineamiento múltiple de
secuencias nucleotídicas para determinar si existen regiones conservadas en genes de distintas
especies, todo esto mediante la base de datos del NCBI y el programa para alineamiento
CLUSTAL X.
II. OBJETIVO
 Realizar un alineamiento múltiple de secuencias sobre enzimas en distintos organismos.
III. METODOLOGÍA
Para realizar la búsqueda respectiva de las enzimas presentes en los microorganismos se utilizó
la base de datos NCBI, cruzando información enzimas (genes) y organismos de interés
biotecnológico, se selección una secuencia nucleotídica en formato FASTA para su posterior
alineamiento en el programa CLUSTAL W.
IV. RESULTADOS
Tabla 1. Presencia de enzimas en organismos biológicos.
Citrat
Acetyl- Lactate ADP-Glc
Pyruv e
CoA dehydroge Hexoki (RUBIS pyrophospho (G6P
Enzimas ate synth
carboxy nase nase CO) rylase D)
kinase ase
lase
Escherichia coli Si Si Si No No Si No Si
Bacillus subtilis Sí Sí Sí No No Sí No Sí
Saccharomyces cerevis
iae
SI SI SI SI NO SI NO SI
Arthrospira platensis (
Si Si Si No Si Si No Si
Spirulina)
Aspergillus niger Si Si Si Si No Si No Si
Clostridium
butycurum
Si Si Si No No No No No
Xanthomonas
Si Si Si No No SI No No
campestri
Corynebacterium
glutamicum
Si Si Si No No Si No Si
Elaboración: propia
Fig.1. Alineamiento de Pyruvate kinase
Fig.2. Alineamiento de Acetyl-CoA carboxylase
Fig.3. Alineamiento de Lactate dehydrogenase
Fig.4. Alineamiento de Hexokinase
Fig.5. Alineamiento de Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase (RUBISCO)
Fig.6. Alineamiento de Citrate synthase
Fig.7. Alineamiento de Glucose 6-phosphate dehydrogenase (G6PD)
CONCLUSION
Del trabajo finalizado, podemos concluir que para enzima Pyruvate kinase presenta poca
conservación de información genética y hay mayor presencia de gaps en los todos los organismos.
Por otro lado, en la enzima Acetyl-CoA carboxylase no se tuvo conservación de la información
genética de esta en los 8 organismos puesto que el porcentaje de gaps fue mayor. La enzima lactate
deshydrogenase tuvo poca conservacion y mayor presencia gaps. La enzima Hexokinase si tuvo
mayores regiones de áreas conservadas y menor presencia de gaps ya que solo estuvo presente en
2 organismos, Saccharomyces cerevisiae y Aspergillus niger. Sin embargo, la enzima RUBISCO
tan solo tuvo presencia en el organismo Arthrospira platensis (Spirulina). La enzima Citrate
synthase si tuvo regiones conservadas en 7 de los organismos a excepción de Xanthomonas
campestri, donde esta no estuvo presente. Y, por último, la conservación de información en la
enzima Glucose 6-phosphate dehydrogenase fue menor ya que esta tuvo mayor presencia de gaps.
BIBLIOGRAFÍA:
Gómez , G., & Batista. (2006). Optimización de medios de cultivo para microorganismos, una
valiosa estrategia para la producción de biopreparados de interés agrícola. Cultivos Tropicales,
17-24. Obtenido de https://www.redalyc.org/pdf/1932/193215825002.pdf
Satish, S., Raveesha, K. A., & Janardhana, G. R. (2005). Antibacterial activity of plant extracts
on phytopathogenic Xanthomonas campestris pathovars. Letters in Applied Microbiology, 28(2),
145-147.
Ikeda, M., & Nakagawa, S. (2003). The Corynebacterium glutamicum genome: features and
impacts on biotechnological processes. Applied microbiology and biotechnology, 62(2), 99-
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La Bioinformática ha demostrado obtener mejoras en la investigación en áreas afines. Biólogos

Tabla 1. Presencia de enzimas en organismos biológicos.

Fig.1. Alineamiento de Pyruvate kinase

Fig.3. Alineamiento de Lactate dehydrogenase

Fig.5. Alineamiento de Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase (RUBISCO)

Fig.7. Alineamiento de Glucose 6-phosphate dehydrogenase (G6PD)

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