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Viajó después a Leipzig, donde asistió a las clases de Felix Klein, y a París, donde conoció a
Henri Poincaré, Camille Jordan y Charles Hermite. De regreso a Königsberg, en 1886 inició allí
su carrera académica como privatdozent; siete años más tarde, cuando Lindemann marchó a
Berlín, Hilbert accedió al cargo de profesor ordinario por recomendación de Klein, por
entonces profesor en Gotinga; a esta universidad se incorporó también Hilbert en 1895, de
nuevo por intervención de Klein, y en ella desarrolló el resto de su carrera profesional.
En Gotinga centró su atención en la geometría, tratando de plasmar en ese nuevo interés una
idea que alimentaba desde mucho antes: lo importante no es la naturaleza de los objetos
geométricos, sino la de sus interrelaciones. En su obra de 1899, dedicada a proporcionar a la
geometría euclidiana una fundamentación estrictamente axiomática y que ha ejercido una
gran influencia sobre el desarrollo de la matemática en el siglo XX, realizó el primer esfuerzo
sistemático y global para hacer extensivo a la geometría el carácter puramente formal que ya
habían adquirido la aritmética y el análisis matemático.
A partir del año 1904 empezó a desarrollar un programa para dotar de una base axiomática a
la lógica, la aritmética y la teoría de conjuntos, con el objetivo último de axiomatizar toda la
matemática. Aunque su propósito de demostrar la consistencia de la aritmética había de verse
frustrado por los resultados posteriores (1931) obtenidos por Kurt Gödel, el programa de
formalización de Hilbert contribuyó al desarrollo de la llamada metamatemática, entendida
como método para establecer la consistencia de cualquier sistema formal.