Módulo 2: Introducción al modo estructura.

Bienvenidos al Módulo 2:
Introducción al modo estructura.

En este módulo abordaremos los siguientes temas:

1. El modo estructura representado por el lápiz.

2. La tabla periódica de los elementos.
3. El dibujo de las primeras estructuras.
4. Las operaciones de depuración.

Hacia el final del capítulo estaremos en condiciones de trabajar los diferentes formatos de la pantalla y
comenzaremos a familiarizarnos con las herramientas básicas del programa.

Por último presentaremos una aplicación didáctica para trabajar con los alumnos: “El grafeno”

Importante: para poder avanzar al siguiente módulo y realizar actividades más complejas es
imprescindible dedicarle tiempo de práctica con el software, verificar las indicaciones de cada ejercicio y
hacer las consultas sobre las dudas que surjan en ese proceso.
Módulo 2: Introducción al modo
Estructura

En este módulo vamos a explorar las herramientas y aplicaciones cuando trabajamos en el

modo STRUCTURE [ESTRUCTURA].

Aprenderemos a dibujar estructuras simples, borrarlas, explorar la tabla periódica, mover

estructuras (trasladar, rotar en 2 y 3D), utilizar el comando de depuración, generar
compuestos cíclicos, editar etiquetas de átomos y estructuras, conocer las diferentes formas
de limpiar la pantalla.

El Modo Estructura: El lápiz

El modo Estructura es el que aparece por defecto en la pantalla del programa cada vez que
se le da inicio.
Hay tres herramientas de dibujo manual representadas con el dibujo de un lápiz. Cada una
de ellas tiene diferentes características, que explicaremos en detalle a continuación.
El primer dibujo del lápiz se llama HERRAMIENTA DE DIBUJO NORMAL, es el que
aparece por defecto cuando se trabaja en el modo Estructura.
El segundo dibujo del lápiz se llama HERRAMIENTA DE DIBUJO CONTINUO, y se
utiliza arrastrando el mouse y haciendo clic cada vez que queremos terminar un enlace. Al
finalizar la estructura, presionando el botón derecho, se puede salir de este modo de dibujo
y volver a la herramienta de dibujo normal.
El tercer dibujo del lápiz se llama HERRAMIENTA DE DIBUJO DE CADENAS y se
utiliza de la misma forma, haciendo clic con el botón izquierdo y arrastrando con el mouse
hasta lograr la estructura deseada.

La Tabla periódica
Una vez abierto el programa en el modo Estructura se puede ver, a la izquierda de la
pantalla, una columna en cuya parte superior aparece un icono, que simboliza la tabla
periódica de los elementos. Debajo aparecen los elementos con los que se trabaja más a
menudo; el primero de ellos es el carbono (C).

Para trabajar con un elemento que no figura en esa columna hay que recurrir a la tabla
periódica y seleccionarlo directamente desde allí.

La tabla periódica de los elementos

Una vez que ingresamos a la tabla, con sólo posicionarnos en algún elemento aparecerán
dos cuadros en los que se muestran sus propiedades: uno superior, en el que se muestran
datos tales como su masa, valencia y configuración electrónica; y uno en la parte inferior,
en el que figuran sus características, datos referentes a su descubrimiento, su nombre de
origen, radio atómico, electronegatividad, densidad, punto de fusión y punto de ebullición
en grados Kelvin.

Botones extra en la parte inferior de la tabla periódica

Con estos botones se activan otras funciones de la tabla. Veamos en primer lugar los de la
izquierda: allí aparece una columna con tres botones; al presionar el que representa una
flecha que apunta hacia arriba se pueden mostrar u ocultar los datos adicionales que figuran
en la parte inferior de la tabla.

Show/Hide Extra Data (muestra/oculta datos adicionales)

El primer botón, que representa una cámara de fotos, presenta una imagen característica del
elemento seleccionado.

Con el botón central, que tiene la forma de un alfiler para papel, podremos inmovilizar la
tabla y posicionarnos en ella para recorrer los elementos sin salir de la pantalla.

Por último, en la columna de la derecha, encontramos dos botones:

1. D (deuterio) 2H: recordemos que es uno de los isótopos del hidrógeno, también
llamado hidrógeno pesado.
 2. T (Titrio) 3H: es otro isótopo natural del hidrógeno, es radiactivo y tiene una
semivida de 12,3 años.

Podremos ver algunas características de este isótopo. Ambos isótopos son muy útiles en los
procesos de fusión nuclear debido a su selección sumamente eficaz de la reacción.
Dibujando las primeras estructuras
Ahora sí, comencemos a dibujar. Si hacemos clic con el botón izquierdo del mouse sobre la
pantalla (teniendo en cuenta estar situados en el modo Estructura, con el botón de la
herramienta de dibujo normal habilitado y el elemento C (carbono) seleccionado desde la
columna izquierda de la pantalla), vamos a ver que aparece el CH4. Al hacer clic
nuevamente sobre el carbono veremos que aparece la molécula CH3-CH3; si repetimos la
operación dos veces más sobre el carbono de la izquierda, obtendremos la siguiente
estructura:

Para generar dobles o triples enlaces, basta con hacer clic con el botón izquierdo del mouse
sobre los enlaces simples.

Deshacer y rehacer una operación

Con sólo habilitar la flecha de la izquierda volveremos un paso en la última operación

realizada, e inmediatamente se habilitará la flecha de la derecha por si queremos volver a
realizar esa operación que borramos.

Borrar estructuras

La posibilidad de cometer errores al comenzar a dibujar con el programa es muy alta, por
eso es importante saber cómo borrar. Para hacerlo, se puede usar tanto el icono de la goma
de borrar como la tijera.

Para borrar con la goma, debemos ir seleccionando los distintos enlaces y átomos con el
botón izquierdo del mouse. Si queremos borrar toda una estructura en un único paso,
debemos seleccionarla en su totalidad.
La tijera sólo puede ser utilizada si antes de realizar la operación de corte se selecciona el
enlace, átomo o estructura que se desea cortar. El primer paso, entonces, es la selección; el
segundo, el corte. Veamos cómo procedemos para seleccionar.

Herramientas de selección y movimiento de las estructuras:

Para seleccionar, las herramientas son dos. La fundamental es la que aparece en primer
lugar comenzando desde la izquierda en la barra de herramientas estructura, que es la
herramienta Select/Move (seleccionar/mover).

La otra herramienta complementaria está a su derecha, marcada con un círculo rojo, y

presenta dos formatos de selección: un rectángulo y una forma de lazo, con sólo hacer clic
sobre una aparece la otra.

Al posicionarnos sobre un enlace, seleccionaremos parte de la estructura; si generamos un

rectángulo o lazo desde fuera de la estructura haciendo clic y arrastrando el mouse,
estaremos seleccionando toda la estructura.
Movimiento de estructuras

La primera herramienta que nos proporciona movimiento es la que vimos anteriormente.

Para poder trasladar la/s estructuras dentro de la zona de trabajo seleccionamos la molécula
y luego, con el botón izquierdo del mouse, la arrastramos hasta el sitio que queramos.

La segunda opción para mover una estructura es utilizar el botón que se encuentra a la
derecha de la herramienta de selección y movimiento: Select/Rotate/Resize (seleccionar,
rotar, redimensionar).

Para rotar la estructura, hay que seleccionar la herramienta, hacer clic con el botón
izquierdo del mouse y mantenerlo presionado, y luego hacer movimientos circulares hacia
la derecha o a la izquierda.

La tercera herramienta de movimiento es 3D Rotation (rotación 3D). Para mover la

estructura con ella, hay que hacer clic con el botón izquierdo del mouse y mantenerlo
presionado; luego, haciendo movimientos en cualquier dirección del espacio podremos
observar un giro de la estructura de 360º respecto de su eje de simetría.

Herramientas para trabajar la posición de enlaces y átomos

Vamos a ver para qué podemos usar estas herramientas y presentaremos algunos ejemplos
prácticos.

De izquierda a derecha, la primera es Change Position (cambio de posición). Con esta

herramienta podemos seleccionar un átomo con el botón izquierdo del mouse y, haciendo
clic sobre él, modificar su posición. Veamos, en el caso más simple de una molécula de
metano, cuáles son las formas de cambio posibles:
Set bond Horizontally (colocar enlaces horizontals)

Veamos el siguiente ejemplo: hemos tomado con el botón izquierdo del mouse el enlace
superior izquierdo haciendo clic sobre él para girarlo en forma horizontal, y hemos logrado
el siguiente resultado:

Set bond vertically (colocar enlaces verticales)

Veamos el siguiente ejemplo: hemos tomado con el botón izquierdo del mouse el enlace
superior izquierdo haciendo clic sobre él para girarlo en forma horizontal, y hemos logrado
el siguiente resultado:

Flip on bond (voltear sobre los enlaces)

Si elegimos un enlace de la estructura diseñada y hacemos clic sobre ella podemos voltear
el resto de la molécula en función del enlace. Veamos un ejemplo para entenderlo mejor:
Flip top to bottom (voltear de arriba abajo)

Esta herramienta gira las estructuras de arriba hacia abajo, como se ve en el siguiente
ejemplo:

Flip left to right (voltear de izquierda a derecha)

Esta herramienta gira las estructuras de izquierda a derecha. Veamos el siguiente ejemplo:

Dibujar estructuras con el lápiz continuo y cadenas

Al realizar una estructura con el modo continuo, la geometría de la molécula no es la real,
veremos en el siguiente apartado cómo hacerlo. El dibujo de la derecha está realizado en el
modo cadenas.

Adicionar átomos

Aquí se puede apreciar que, a partir de la estructura superior y simplemente seleccionando

el elemento que queremos añadir, se pueden cambiar los átomos de la molécula que
estamos diseñando. Una vez seleccionado el elemento que deseamos insertar, sólo hay que
hacer clic en el átomo que hay que reemplazar.

Adicionar en forma explícita los hidrógenos de la molécula

Como se puede apreciar en la imagen, desde Tools (herramientas), hay que elegir la opción
Add Explicit Hydrogens (adicionar en forma explicita los hidrógenos). De esta forma, se
pueden ver en la estructura todos los hidrógenos asociados.

Para remover los hidrógenos hay que seleccionar la opción que se encuentra debajo de ésta,
Remove Explicit Hydrogens (remover hidrógenos explícitos).

Arrastrando el mouse (Depurar)

Clean Structure (Depurar estructura)

Con esta herramienta se estandarizan todas las longitudes de enlaces y ángulos en las estructuras
dibujadas. También se cierran las moléculas para hacerlas químicamente correctas. En el caso de
fragmentos acíclicos, ubica los enlaces cercanos a los carbonos sp2 a un ángulo de 120º y los
enlaces sp a 180º (lineales).
En el caso de isómeros geométricos y estereoisómeros, este comando estandariza sus longitudes
de enlace y ángulos mientras guarda todas sus propiedades estructurales.

Veamos los siguientes ejemplos y la explicación de su uso paso a paso:

A la izquierda figuran las estructuras sin depurar; a la derecha aparecen las moléculas
después de ser seleccionadas las estructuras y de hacer clic en el comando depurar. Aquí
podemos, entonces, apreciar las diferencias entre antes y después de realizada la operación
de depurado.
Generar un anillo desde una estructura lineal
Para generar la molécula cíclica con la herramienta de depuración, hay que realizar, con la
herramienta lápiz, cadenas de 7 carbonos; luego, con la herramienta lápiz normal, hay que
hacer clic en el carbono de inicio y arrastrar el mouse hasta el carbono final, y a
continuación, unirlos con una línea recta.
Veamos el siguiente ejemplo: cómo crear un cicloheptano
Edición de etiquetas de átomos
Esta herramienta se halla en la parte inferior de la columna izquierda, donde se encuentran
los átomos, haciendo clic en el icono de las flechas que apuntan hacia abajo se va a habilitar
otra columna que van a ver en el círculo rojo en la siguiente imagen:

Para habilitar el comando hay que hacer clic sobre él y luego sobre el lugar
donde queremos colocar el radical. Luego se va a abrir la caja de diálogo
que vemos arriba, allí aparecen una serie de radicales prediseñados, y
también podemos escribir uno, como vemos en la imagen que sigue. A
continuación, hay que hacer clic sobre el botón Insert (insertar).

Por último, y con la herramienta de etiquetado habilitada, al hacer clic

sobre el radical abreviado, se vuelve a abrir la caja de diálogo, y al hacer
clic en el botón expand (expandir) se puede ver el radical desplegado.

Veamos cómo queda nuestra molécula:

Dibujando la estructura del ácido-4-fenilbutanodioico
¿Cómo hacer?

1. Realizar la estructura del benceno con las herramientas vistas.

2. Adicionar el grupo metilo al anillo.
3. Habilitar la herramienta de etiquetar átomos, hacer clic sobre el carbono del metilo,
colocar en la caja de dialogo el radical (CH2)3COOH y hacer clic sobre el botón insertar.
4. Con la herramienta de etiquetar átomos habilitada, volver a hacer clic sobre el radical
abreviado y, una vez abierta nuevamente la caja de diálogo, hacer clic en expandir.
5. Visualizar el radical expandido.

Limpiar la pantalla

● Una forma de limpiar la pantalla es, desde el menú seleccionar Edit (editar), hacer clic en la
opción Select all (seleccionar todo). Luego hay que volver al menú seleccionar nuevamente
Edit (editar), opción Delete (borrar).
● Desde el menú seleccionar Pages (páginas), opción New (nuevo). Inmediatamente
comenzaremos a trabajar en una nueva página.

El primer icono es New Document (nuevo documento). Haciendo clic sobre él se abrirá,
justamente, un documento nuevo.
El segundo icono es New Page (nueva página), haciendo clic sobre él se abre una página
nueva para comenzar a trabajar.
Actividades

Actividad
Con las herramientas vistas en este capítulo diseñar las moléculas que se presentan en el siguiente
cuadro:
Realice el etiquetado de las siguientes moléculas, visualice en forma abreviada y expandida,
recorra el final del presente capítulo para ver el paso a paso en la realización de este ejercicio.
 A trabajar

Ideas para el aula