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BIOMOLECULAS

PROTENAS, ENZIMAS Y CIDOS NUCLEICOS PROTENAS


Las protenas son esenciales emplean como componentes crecimiento, la restauracin abastecimiento adecuado de especiales que regulan miles seres vivos. en la qumica de la vida. Estas macromolculas se estructurales de las clulas y tejidos, as que el y el mantenimiento del organismo dependen del esas sustancias. Algunas son enzimas, molculas de reacciones qumicas distintas que ocurren en los

Los elementos protenicos constitutivos de cada clula son la clave de su estilo de vida. Cada tipo celular posee una distribucin, cantidad y especie de protenas que determina el funcionamiento y la apariencia de la clula. Una clula muscular difiere de otras en virtud de su gran contenido de protenas contrctiles, como la miosina y la actina, a las que se debe, en gran parte su apariencia y su capacidad de contraccin. La protena llamada hemoglobina, que se encuentra en los glbulos rojos o eritrocitos, se ocupa de la especializada funcin de transportar oxgeno. La mayor parte de las protenas son especficas de cada especie; es decir, las protenas varan un poco de una especie a otra, de manera que el complemento de cada una de ellas (determinado por las instrucciones de los genes) es el principal factor de las diferencias que median entre una especie y otra. As, las protenas en las clulas de un perro varan un poco con respecto a las de un zorro o a las de un coyote. Se cree que el grado de diferencia depende de las relaciones evolutivas. Los organismos vagamente relacionados tienen protenas que difieren en forma ms marcada, que las de aquellos entre los cuales se establece una relacin evolutiva ms estrecha. Algunas protenas apenas son diferentes an entre individuos de una misma especie, por lo que se considera que cada organismo es nico, desde el punto de vista bioqumico. Slo individuos genticamente idnticos (gemelos idnticos o cepas de organismos cultivados en relacin muy estrecha) presentan protenas idnticas. Funciones biolgicas de las protenas Gracias a su gran hetereogeneidad estructural, las protenas asumen funciones muy variadas. Describir las funciones de las protenas equivale a describir en trminos moleculares todos los fenmenos biolgicos. Podemos destacar las siguientes: Funcin enzimtica. La gran mayora de las reacciones metablicas tienen lugar gracias a la presencia de un catalizador de naturaleza proteica especfico para cada reaccin. Estos biocatalizadores reciben el nombre de enzimas. La gran mayora de las protenas son enzimas. Funcin hormonal. Las hormonas son sustancias producidas por una clula y que una vez secretadas ejercen su accin sobre otras clulas dotadas de un receptor adecuado. Algunas hormonas son de naturaleza proteica, como la insulina y el glucagn (que regulan los niveles de glucosa en sangre) o las hormonas segregadas por la hipfisis como la hormona del crecimiento, o la calcitonina (que regula el metabolismo del calcio).

Reconocimiento de seales qumicas. La superficie celular alberga un gran nmero de protenas encargadas del reconocimiento de seales qumicas de muy diverso tipo (figura de la izquierda). Existen receptores hormonales, de neurotransmisores, de anticuerpos, de virus, de bacterias, etc. En muchos casos, los ligandos que reconoce el receptor ( hormonas y neurotransmisores) son, a su vez, de naturaleza proteica. Funcin de transporte. En los seres vivos son esenciales los fenmenos de transporte, bien para llevar una molcula hidrofbica a travs de un medio acuoso (transporte de oxgeno o lpidos a travs de la sangre) o bien para transportar molculas polares a travs de barreras hidrofbicas (transporte a travs de la membrana plasmtica). Los transportadores biolgicos son siempre protenas. Funcin estructural. Las clulas poseen un citoesqueleto de naturaleza proteica que constituye un armazn alrededor del cual se organizan todos sus componentes, y que dirige fenmenos tan importantes como el transporte intracelular o la divisin celular. En los tejidos de sostn (conjuntivo, seo, cartilaginoso) de los vertebrados, las fibras de colgeno forman parte importante de la matriz extracelular y son las encargadas de conferir resistencia mecnica tanto a la traccin como a la compresin Funcin de defensa. La propiedad fundamental de los mecanismos de defensa es la de discriminar lo propio de lo extrao. En bacterias, una serie de protenas llamadas endonucleasas de restriccin se encargan de identificar y destruir aquellas molculas de DNA que no identifica como propias (en color blanco en la figura de la derecha). En los vertebrados superiores, las inmunoglobulinas se encargan de reconocer molculas u organismos extraos y se unen a ellos para facilitar su destruccin por las clulas del sistema inmunitario Funcin de movimiento. Todas las funciones de motilidad de los seres vivos estn relacionadas con las protenas. As, la contraccin del msculo resulta de la interaccin entre dos protenas, la actina y la miosina. El movimiento de la clula mediante cilios y flagelos est relacionado con las protenas que forman los microtbulos Funciones de reserva. La ovoalbmina de la clara de huevo, la lactoalbmina de la leche, la gliadina del grano de trigo y la hordena de la cebada, constituyen una reserva de aminocidos para el futuro desarrollo del embrin. Funciones reguladoras. Muchas protenas se unen al DNA y de esta forma controlan la transcripcin gnica. De esta forma el organismo se asegura de que la clula, en todo momento, tenga todas las protenas necesarias para desempear normalmente sus funciones. Las distintas fases del ciclo celular son el resultado de un complejo mecanismo de regulacin desempeado por protenas como la ciclina Otras funciones. Los fenmenos de transduccin (cambio en la naturaleza fsico-qumica de seales) estn mediados por protenas. As, durante el proceso de la visin, la rodopsina de la retina convierte (o mejor dicho, transduce) un fotn luminoso (una seal fsica) en un impulso nervioso (una seal elctrica) y un receptor hormonal convierte una seal qumica (una hormona) en una serie de modificaciones en el estado funcional de la clula.

Aminocidos

Es esencial tener un conocimiento bsico acerca de la qumica de las protenas, para entender la nutricin y otros conceptos del metabolismo. Las protenas se componen de carbono, hidrgeno, oxgeno, nitrgeno y a veces, azufre. Los tomos de estos elementos suelen formar subunidades moleculares denominadas aminocidos. Los veinte tipos distintos de aminocidos que se encuentran en condiciones normales en las protenas contienen un grupo amino (-NH2) y un grupo carboxilo (COOH) unidos al mismo tomo de carbono, llamado carbono alfa. Los aminocidos difieren en su grupo R o cadena lateral unida al carbono alfa. La glicina, el aminocido ms simple presenta un hidrgeno como grupo R o cadena lateral; la alanina un grupo metilo (-CH3). Los aminocidos puestos en una solucin de pH neutro se comportan como iones dipolares. Esta es la forma en que se comportan en el pH celular. El grupo amino (NH2) acepta un protn hasta convertirse en -NH3+ y el grupo carboxilo dona un protn convirtindose en -COO- disociado. Segn se mencion, la solucin de un cido y su base conjugada sirve de amortiguador y resiste cambios en el pH cuando se agrega un cido o una base. Gracias a los grupos amino y carboxilo de una protena, al encontrarse sta en una solucin, resiste cambios en la acidez o alcalinidad y, por lo tanto, desempea las funciones de un importante amortiguador biolgico. El carbono alfa de un aminocido es un carbono asimtrico. Por tanto, cada aminocido puede presentarse en dos enantimeros distintos, o imgenes en espejo. Ambas imgenes se Ilaman L-ismero y D-ismero. Cuando se sintetiza un aminocido en el laboratorio se produce una mezcla de ismeros L y D. Sin embargo los de los seres vivos son casi exclusivamente L-ismeros. Una excepcin seran los pocos aminocidos D presentes en los antibiticos producidos por los hongos.

Los aminocidos se agrupan en la figura segn las propiedades de sus cadenas

laterales. Los aminocidos con cadenas laterales no polares son hidrfobos, en tanto que aqullos con cadenas laterales polares son hidrfilos. Los aminocidos cidos tienen cadenas laterales con un grupo carboxilo. En el pH celular, el grupo carboxilo se disocia de manera que el grupo R tiene una carga negativa. Los aminocidos bsicos tienen carga positiva debido a la disociacin del grupo amino en su cadena lateral. Las cadenas laterales cidas o bsicas son inicas y por tanto, son hidrfilas. Adems de los veinte aminocidos conocidos, algunas protenas contienen otros aminocidos menos comunes. Estos se producen por la modificacin de aqullos, al formar parte de una protena. Por ejemplo, la lisina y la prolina pueden convertirse en hidroxilisina e hidroxiprolina respectivamente despus de incorporarse al colgeno. Estos aminocidos dan origen a enlaces cruzados entre las cadenas peptdicas del colgeno. Dichos enlaces aportan la firmeza y la fuerza de las molculas del colgeno, que es uno de los principales componentes del cartlago, del hueso y de otros tejidos conectivos. Con excepciones, las plantas sintetizan todos sus aminocidos a partir de sustancias ms simples. Las clulas humanas y animales fabrican algunos de importancia biolgica, aunque no todos, si cuentan con la materia prima necesaria. Aquellos que los animales no pueden sintetizar, deben obtenerlos en la dieta: stos son los llamados aminocidos esenciales. Los animales tienen distintas capacidades de biosntesis; lo que para un animal es un aminocido esencial, para otro puede no serlo.

Las cadenas de polipptidos se forman a partir de aminocidos


Los aminocidos se combinan por medios qumicos unos con otros enlazando el carbono del grupo carboxilo de una molcula con el nitrgeno del grupo amino de otra. El enlace covalente que une dos aminocidos se denomina enlace peptdico. Cuando dos aminocidos se combinan, se forma un dipptido; una cadena ms larga recibe el nombre polipptido. El elaborado proceso por medio del cual se sintetizan polipptidos se tratar ms adelante.

Un polipptido contendr cientos de aminocidos unidos en un orden lineal especfico. Una protena se forma por una o varias cadenas de polipptidos. Puede formarse una variedad casi infinita de molculas protenicas. Debe aclararse que una protena difiere de otra en cuanto al nmero, tipo y secuencia de los aminocidos que la conforman. Los veinte tipos que se encuentran en las protenas biolgicas podran considerarse como letras de un alfabeto de protenas, de manera que cada protena sera una palabra formada por distintas letras.

Estructura de las protenas: niveles de organizacin


Las cadenas de polipptidos que forman una protena se encuentran enrolladas o plegadas de modo que forman una macromolcula con una conformacin especfica, tridimensional. Esta conformacin determina la funcin de la protena. Por ejemplo, la conformacin nica de una enzima le permite "identificar" y actuar sobre su sustrato, sustancia que dicha enzima regula. La forma de una protena hormonal le permite combinarse con su receptor en el sitio de la clula blanco. (La clula sobre la cual la hormona est diseada para actuar.) Las protenas se clasifican en fibrosas o globulares. En las protenas fibrosas, las cadenas de polipptidos estn dispuestas en lminas largas; en las protenas

globulares las cadenas de polipptidos se encuentran plegadas en forma estrecha a fin de producir una molcula compacta, de forma esfrica. La mayor parte de las enzimas son protenas globulares. Hay varios niveles de organizacin en una molcula protenica: primario, secundario, terciario y cuaternario. Estructura primaria La secuencia de aminocidos en una cadena de polipptidos determina su estructura primaria. Esta secuencia, se especifica por la informacin gentica. Utilizando mtodos analticos ideados al inicio del decenio de 1950, algunos investigadores determinaron la secuencia exacta de los aminocidos que constituyen una molcula de protena. La insulina, hormona secretada por el pncreas, que se utiliza en el tratamiento de la diabetes, fue la primera protena cuya secuencia de aminocidos en la cadena polipeptdica pudo determinarse. La insulina contiene 51 unidades de aminocidos unidos en dos cadenas enlazadas. Estructura secundaria La estructura secundaria de las protenas implica que las cadenas se pliegan y forman un hlice u otra estructura regular. Esta uniformidad se debe a las interacciones entre los tomos del esqueleto regular de la cadena peptdica. Los grupos funcionales no intervienen en la formacin de enlaces de la estructura secundaria. Las cadenas peptidicas no suelen encontrarse aplanadas ni se pliegan al azar sino que se pliegan y dan lugar a una estructura tridimensional especfica. Una estructura secundaria que se observa con frecuencia en las molculas de protena es la llamada hlice alfa. Esto abarca la formacin de espirales de una cadena peptdica. La hlice alfa es una estructura geomtrica muy uniforme y en cada giro se encuentran 3,6 aminocidos. La estructura helicoidal se determina y mantiene mediante puentes de hidrgeno entre los aminocidos en los giros sucesivos de la espiral. En la estructura alfahelicoidal, los puentes de hidrgeno ocurren entre tomos de una misma cadena peptdica.La hlice alfa es la unidad estructural bsica de las protenas fibrosas como la lana, cabello, piel y uas. Las fibras son elsticas porque los enlaces de hidrgeno pueden reformarse. Este es el motivo por el cual el cabello humano puede estirarse hasta cierto largo y luego recupera su longitud.

Otro tipo de estructura secundaria es el denominado lmina plegada beta. En stas los puentes de hidrgeno pueden ocurrir entre diferentes cadenas polipeptdicas (lmina intercatenaria); cada cadena en forma de zigzag est completamente extendida y los enlaces de hidrgeno ocasionan la formacin de la estructura en forma de lmina. Pero tambin se pueden formar lminas plegadas entre regiones diferentes de una misma cadena peptdica (lmina intracatenaria). Esta estructura es ms flexible que elstica. La fibrona, la protena de la seda, est caracterizada por una estructura de lmina plegada beta; el ncleo de muchas protenas globulares tambien est formado por lminas beta. Las estructuras laminares intracatenarias ocurren sobre todo en protenas globulares, en tanto que las intercatenarias entre las fibrosas. En ambos casos son posibles dos formas laminares, segn el alineamiento de las diferentes cadenas o segmentos: si stos se alinean en la misma direccin (de extremo N- a C-terminal, por ej.) la disposicin es una lmina beta paralela, en tanto que si estn alineados en sentido opuesto, la lmina es beta antiparalela. Si bien ambos casos ocurren en la naturaleza, la estructura antiparalela es ms estable porque los dipolos C=O y NH estn mejor orientados para una interaccin ptima. En las protenas fibrosas la estructura es exclusivamente helicoidal (colgeno) o exclusivamente laminar, pero en las protenas globulares la estructura secundaria siempre tiene una porcin que no es ni helicoidal ni laminar, denominada aleatoria (zonas de conexin); estas protenas pueden ser parcialmente helicoidales y aleatorias, parcialmente laminares y aleatorias, totalmente aleatorias o una mezcla variable de partes de ordenamiento helicoidal, laminar y aleatorio. Un concepto muy utilizado en la estructura tridimensional de una protena es el dominio, que corresponde a una zona de la molcula que tiene caractersticas estructurales definidas. En una molcula de protena puede haber ms de un dominio y este hecho est relacionado con la funcin de la misma. Los dominios suelen ser muy conservados a lo largo de la evolucin: las proteasas tipo papana de virus, bacterias, plantas y animales tienen una estructura compuesta de dos dominios entre los cuales se ubica el sitio activo de la enzima. Estructura terciaria La estructura terciana de una molcula de protena est determinada por la forma que adopta cada cadena polipeptdica. Esta estructura tridimensional est

determinada por cuatro factores que se deben a interacciones entre los grupos R: 1. Puentes de hidrgeno entre los grupos R de las subunidades de aminocidos en asas adyacentes de la misma cadena de polipptidos. 2. Atraccin inica entre los grupos R con cargas positivas y aqullos con cargas negativas. 3. Interacciones hidrfobas derivadas de la tendencia de los grupos R no polares para asociarse hacia el centro de la estructura globular, lejos del Iquido que los rodea. 4. Los enlaces disulfuro, que son covalentes (-S-S-), unen los tomos de azufre de dos subunidades de cistena. Estos enlaces pueden unir dos porciones de una misma cadena o dos cadenas distintas. Estructura cuaternaria Las protenas compuestas de dos o ms cadenas de polipptidos adquieren una estructura cuaternaria: cada cadena muestra estructuras primaria, secundaria y terciaria y forma una molcula protenica biolgicamente activa. La hemoglobina, protena de los glbulos rojos encargada del transporte de oxgeno, es un ejemplo de protena globular con estructura cuaternaria. La hemoglobina est compuesta por 574 aminocidos dispuestos en cuatro cadenas polipeptdicas: dos cadenas alfa idnticas y dos cadenas beta idnticas entre s. Su frmula qumica es C3032H48160872S8Fe4

La estructura de las protenas determina su funcin


La estructura de las protenas determina la actividad biolgica de stas. De entre las innumerables conformaciones tericamente posibles de una protena, generalmente hay una que predomina. Esta conformacin es generalmente la ms estable y en ese caso se dice que la protena se encuentra en estado nativo (protena nativa). La actividad biolgica de una protena puede ser afectada por cambios en la secuencia de aminocidos o en la conformacin de la protena. Cuando ocurre una mutacin (cambio qumico en un gen) que ocasiona un cambio en la secuencia de aminocidos de la hemoglobina, puede producirse un trastorno: anemia de cIulas falciformes. Las molculas de hemoglobina en una persona con anemia de clulas falciformes tienen el aminocido valina, en vez de cido glutmico en la posicin 6, es decir, el sexto aminocido del extremo terminal de la cadena beta. La sustitucin de la valina con una cadena lateral sin carga por glutamato con una cadena lateral con carga hace que la hemoglobina sea menos soluble y ms propensa a formar estructuras en forma de cristal, lo que provoca un cambio en la forma de los glbulos rojos.

Los cambios en la estructura tridimensional de una protena tambin alteran su actividad biolgica. Cuando una protena se calienta o se trata con algunas sustancias qumicas, su estructura terciaria se distorsiona y la cadena peptdica en espiral se desdobla para dar lugar a una conformacin ms al azar. Este desdoblamiento se acompaa de una prdida de su actividad biolgica; por ejemplo de su capacidad de actuar como enzima. Este cambio en la forma de la protena y la prdida de su actividad biolgica se Ilama desnaturalizacin. En general, la desnaturalizacin no puede revertirse; sin embargo, en determinadas condiciones, algunas protenas que han sido desnaturalizadas recuperan su forma original y su actividad biolgica cuando se restauran las condiciones normales del medio. Las protenas no son eternas y en las clulas es frecuente que las molculas de protena se sinteticen y se degraden de acuerdo a las necesidades celulares. La degradacin de una protena es llevada a cabo por proteasas o peptidasas que hidrolizan algunas o todas las uniones peptdicas, con lo que la protena puede quedar reducida a sus unidades constitutivas, los aminocidos, que pueden luego ser utilizados para construir molculas de la misma o de otra protena. El proceso de hidrliisis destruye la estructura primaria y en el laboratorio puede ser llevado a cabo por la accin de enzimas o por cidos o lcalis concentrados y a elevadas temperaturas.

LAS ENZIMAS, UN TIPO ESPECIAL DE PROTENAS


Llegamos ahora a las protenas ms notables y altamente especializadas, las enzimas. Son los catalizadores de las reacciones de los sistemas biolgicos. Tienen un gran poder cataltico, a menudo muy superior al de los catalizadores sintticos. Poseen un elevado grado de especificidad respecto a sus sustratos, aceleran reacciones qumicas especficas y funcionan en soluciones acuosas en condiciones muy suaves de temperatura y pH. Hay pocos catalizadores no biolgicos que tengan todas estas propiedades. Las enzimas constituyen una de las claves para conocer de qu modo sobreviven y proliferan las clulas. Actuando en secuencias organizadas catalizan cientos de reacciones consecutivas en las rutas metablicas mediante las que se degradan nutrientes, se conserva y transforma la energa qumica y se fabrican las macromolculas biolgicas a partir de precursores sencillos. Algunas de las enzimas que participan en el metabolismo son enzimas reguladores que pueden responder a diversas seales metablicas cambiando adecuadamente su actividad cataltica. A travs de la accin de las enzimas reguladoras los sistemas enzimticos estn altamente coordinados, proporcionando una armoniosa influencia recproca entre la multitud de actividades metablicas diferentes que son necesarias para la vida. El estudio de las enzimas tambin tiene una importancia prctica inmensa. En algunas enfermedades, especialmente en las que son genticamente heredables, puede haber una deficiencia, o incluso una ausencia total, de una o ms enzimas en los tejidos. Tambin se pueden producir situaciones anormales por la actividad excesiva de un enzima especfico. La medicin de la actividad enzimtica en el plasma sanguneo, eritrocitos o muestras de tejido es importante en el diagnstico de enfermedades. Las enzimas se han convertido en herramientas prcticas importantes, no slo en medicina sino tambin en la industria qumica, en el tratamiento de los alimentos y en la agricultura; juegan un papel incluso en las actividades domsticas diarias tales como la preparacin de alimentos (enzimas tiernizantes de la carne como la papana) o en la limpieza (proteasas y lipasas que

degradan protenas y grasas, respectivamente, que son incorporadas a los detergentes). La mayora de las enzimas son protenas Con la excepcin de un pequeo grupo de molculas de ARN cataltico (ribozimas), todos las enzimas son protenas. Su actividad cataltica depende de la integridad de su conformacin proteica nativa. Si se desnaturaliza o disocia un enzima en sus subunidades, se pierde normalmente la actividad cataltica. Si se descompone un enzima en sus aminocidos constituyentes, siempre se destruye su actividad cataltica. As, las estructuras primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria de las protenas enzimticas son esenciales para su actividad cataltica. Las enzimas, al igual que otras protenas, tienen masas moleculares relativas que van desde unos doce mil hasta ms de un milln de daltons (12 a 1000 kDa). Algunos enzimas no requieren para su actividad ms grupos qumicos que residuos aminoacdicos. Otros requieren un componente qumico adicional Ilamado cofactor. El cofactor puede ser uno o varios iones inorgnicos tales como Fe 2+, Mg2+, Mn2+ o Zn2+ o un complejo orgnico o metaloorgnico denominado coenzima. Algunos enzimas requieren tanto una coenzima como uno o ms iones metlicos para su actividad. Una coenzima o ion metlico unido covalentemente a la protena enzimtica se denomina grupo prosttico. Una enzima completa catalticamente activa junto con su coenzima y/o iones metlicos se denomina holoenzima. La parte proteica de tal enzima se denomina apoenzima o apoprotena. Las coenzimas actan como transportadores transitorios de grupos funcionales especficos. Muchas vitaminas, que son nutrientes orgnicos requeridos en pequeas cantidades en la dieta, son precursoras de coenzimas. Finalmente, algunos enzimas son modificados por fosforilacin, glucosilacin y otros procesos. Gran parte de estas alteraciones intervienen en la regulacin de la actividad enzimtica. Las enzimas se clasifican segn la reaccin catalizada Muchas enzimas se han bautizado aadiendo el sufijo asa al nombre del sustrato sobre el que actan (como la ureasa, que cataliza la hidrlisis de la urea) o utilizando una palabra o frase que describe su actividad (como la ADN polimerasa, que cataliza la sntesis de ADN en el proceso de duplicacin o replicacin del ADN). Otros enzimas, tales como la pepsina y la tripsina (enzimas digestivas), tienen nombres que no se refieren a sus sustratos. A veces la misma enzima tiene dos o ms nombres, o dos enzimas diferentes tienen el mismo nombre. Debido a tales ambigedades y al nmero siempre creciente de enzimas descubiertas, se ha adoptado por acuerdo internacional un sistema de nomenclatura y clasificacin de las enzimas. Este sistema distribuye las enzimas en seis clases principales, cada una de ellas con diferentes subclases, segn el tipo de reaccin catalizada. Nmero Clase Tipo de reaccin catalizada 1 Oxidorreductasas Transferencia de electrones (iones hidruro o tomos de hidrgeno) 2 Transferasas Reacciones de transferencia de grupos 3 Hidrolasas Reacciones de hidrlisis (transferencia de grupos funcionales al agua) 4 Liasas Adicin de grupos a dobles enlaces, o formacin de dobles enlaces por eliminacin de grupos 5 Isomerasas Transferencia de grupos dentro de molculas, dando formas isomricas

Ligasas

Formacin de enlaces C-C, C-S, C-O y C-N mediante reacciones de condensacin acopladas a la ruptura de la molcula de ATP

A cada enzima se le asigna un nmero clasificatorio de cuatro dgitos y un nombre sistemtico, el cual identifica la reaccin catalizada. Por ejemplo, el nombre sistemtico formal de la enzima que cataliza la reaccin ATP + D-Glucosa ADP + D-Glucosa-6-fosfato

es ATP:glucosa fosfotransferasa, que indica que cataliza la transferencia de un grupo fosfato desde el ATP a la glucosa. El nmero de clasificacin de esta enzima (nmero EC) [1] es 2.7.1.1, donde el primer dgito (2) denota el nombre de la clase de enzima de la que se trata (es una transferasa); el segundo dgito (7) hace referencia a la subclase (se trata de una fosfotransferasa); el tercer dgito (1) indica que es una fosfotransferasa con un grupo hidroxilo como aceptor y el cuarto dgito (1) precisa que el otro sustrato es la D-glucosa, que actuar como aceptora del grupo fosfato. Cuando el nombre sistemtico es largo, o demasiado complicado, puede utilizarse un nombre trivial (en este caso hexoquinasa). Cmo funcionan las enzimas? La catlisis enzimtica de las reacciones qumicas es esencial para los sistemas vivos. En las condiciones que predominan en los sistemas biolgicos, las reacciones sin catalizar tienden a ser lentas. La mayora de molculas biolgicas son muy estables al pH neutro, la temperatura suave y el ambiente acuoso que existe en el interior de las clulas. Muchas reacciones comunes del metabolismo de los seres vivos resultaran poco probables en el ambiente celular, tales como la formacin transitoria de intermedios cargados inestables o la colisin de dos o ms molculas con la orientacin precisa requerida para la reaccin. Para tomar un ejemplo contundente, digamos que las reacciones necesarias para digerir los alimentos, enviar seales nerviosas o contraer el msculo no se dan a una velocidad til sin catlisis. Una enzima soluciona estos problemas al proporcionar un ambiente dentro del cual una reaccin determinada es energticamente ms favorable. El rasgo distintivo de una reaccin catalizada enzimticamente es que tiene lugar dentro de un hueco de la molcula de la enzima denominada sitio activo o centro activo. La molcula sobre la que acta la enzima y que queda fijada en el sitio activo se denomina sustrato. El complejo enzima-sustrato es de importancia central en la accin de las enzimas Las enzimas alteran las velocidades de reaccin pero no los equilibrios Un anlisis de una reaccin catalizada por un enzima nos servir para introducir algunos conceptos y definiciones importantes. Se puede escribir una reaccin enzimtica sencilla como E+S ES EP E+P (1)

donde E, S y P representan enzima, sustrato y producto, respectivamente. ES y EP son complejos del enzima con el sustrato y con el producto, respectivamente.

Para entender la catlisis, hemos de apreciar en primer lugar la importante distincin entre equilibrios de reaccin y velocidades de reaccin. La funcin de un catalizador (y, en consecuencia, de una enzima) es aumentar la velocidad de una reaccin. Los catalizadores no modifican los equilibrios de reaccin. Cualquier reaccin, por ejemplo S P, donde S es el sustrato y P es el producto, puede describirse mediante un diagrama de la coordenada de reaccin, que es una descripcin grfica del camino energtico de la reaccin.

En su forma normal estable, o estado basal, cualquier molcula (tal como S o P) contiene una cantidad caracterstica de energa. El equilibrio entre S y P refleja la diferencia de la energa ( G) de sus estados basales. En el ejemplo que se muestra en la figura, la energa del estado basal de P es inferior al de S, con lo que el equilibrio favorece la degradacin de S y la formacin de P. Este equilibrio no es afectado por ningn catalizador. No obstante, un equilibrio favorable no indica que la conversin S P sea rpida. La velocidad de reaccin es dependiente de un parmetro totalmente diferente. Existe una barrera energtica entre S y P que representa la energa requerida para el alineamiento de los grupos reactivos, formacin de cargas inestables transitorias, reordenamientos de enlaces y otras transformaciones que se requieren para que la reaccin tenga lugar en cualquiera de las dos direcciones. Esto viene representado por la colina energtica de la figura. Para que haya reaccin las molculas han de superar esta barrera por lo que se deben llevar a un nivel energtico superior. En la cumbre de la colina energtica existe un punto en el que la cada hacia el estado S o P es igualmente probable (en cualquier caso es de bajada). Es lo que se denomina el estado de transicin. El estado de transicin no es una especie qumica con estabilidad significativa por lo que no se ha de confundir con un intermedio de reaccin. Es, simplemente, un momento molecular fugaz en el que acontecimientos tales como rotura de enlace, formacin de enlace y desarrollo de carga han llegado al preciso instante en el que la vuelta al estado inicial del sustrato o la generacin de un producto son igualmente probables. La diferencia entre los niveles de energa del estado basal y del estado de transicin se denomina energa de activacin. La velocidad de una reaccin refleja esta energa de activacin, ya que si la energa de activacin es ms elevada la reaccin es ms lenta. Las velocidades de reaccin pueden aumentarse incrementando la temperatura, mediante la que se aumenta el

nmero de molculas con energa suficiente para superar la barrera energtica. De modo alternativo, puede disminuirse la energa de activacin aadiendo un catalizador. Los catalizadores (como las enzimas) aumentan las velocidades de reaccin disminuyendo las energas de activacin. Las enzimas no constituyen una excepcin a la regla de que los catalizadores no modifican el equilibrio de reaccin. Las flechas bidireccionales de la Ecuacin (1) ilustran este punto: cualquier enzima que catalice la reaccin S P tambin cataliza la reaccin P S. Su nica misin es acelerar la interconversin de S y P. No se gasta enzima en el proceso y no queda afectado el punto de equilibrio. No obstante, la reaccin alcanza el equilibrio de una manera mucho ms rpida cuando est presente el enzima adecuado, ya que incrementa la velocidad de la reaccin. Se puede ilustrar este principio general considerando la reaccin de la glucosa con el oxgeno para formar CO2 y H2O, que representa los estados inicial y final del proceso de respiracin que veremos ms adelante. Esta reaccin tiene una variacin de energa libre muy grande (el contenido de energa libre de la glucosa es notoriamente mayor que el de los productos), por lo que en el equilibrio la cantidad de glucosa presente es insignificante. No obstante, la glucosa es un compuesto estable y puede combinarse con O2 en un recipiente de manera casi indefinida sin que reaccionen. A pesar de que la variacin de energa libre es favorable para que la reaccin tenga lugar, su estabilidad es reflejo de una elevada energa de activacin para la reaccin. Sin embargo, en las clulas la glucosa es degradada en presencia de O 2 a CO2 y H2O en una ruta de reacciones catalizada por enzimas. Estas enzimas no slo aceleran las reacciones sino que las organizan y controlan de tal manera que gran parte de la energa liberada en este proceso se recupera en otras formas que pueden ser utilizadas por la clula para realizar todas sus funciones. Esta es la ruta primaria de formacin de energa para las clulas y las enzimas que actan en ella permiten que el proceso tenga lugar en una escala de tiempo til para las clulas. Las energas de activacin son barreras energticas para las reacciones qumicas; estas barreras son cruciales para la propia vida. La estabilidad de una molcula aumenta con la altura de su barrera de activacin. Sin tales barreras energticas, las molculas complejas (como por ejemplo las protenas o los cidos nucleicos) revertiran espontneamente a formas moleculares mucho ms sencillas. No podran existir ni las estructuras complejas y altamente ordenadas ni los procesos metablicos que tienen lugar en cada clula. Las enzimas han evolucionado para disminuir selectivamente las energas de activacin de las reacciones necesarias para la supervivencia celular. Unos pocos principios explican el poder cataltico y la especificidad de las enzimas Las enzimas son catalizadores extraordinarios. Los aumentos de velocidad conseguidos por las enzimas son de 7 a 14 rdenes de magnitud. Las enzimas son tambin muy especficas, discriminando fcilmente entre sustratos con estructuras muy similares. Cmo se pueden explicar estos incrementos enormes y altamente selectivos? De dnde viene la energa que proporciona un descenso espectacular de las energas de activacin de reacciones especficas? Parte de la explicacin de la accin enzimtica proviene de acciones qumicas bien estudiadas que tienen lugar entre un sustrato y grupos funcionales de las enzimas (cadenas laterales de aminocidos especficos, iones metlicos y coenzimas). Los

grupos funcionales catalticos de las enzimas pueden interaccionar de manera transitoria con un sustrato, activndolo para la reaccin. En muchos casos, estos grupos disminuyen la energa de activacin (acelerando de este modo la reaccin) al proporcionar una ruta de reaccin de menor energa. La energa requerida para disminuir la energa de activacin proviene generalmente de interacciones dbiles no covalentes entre el sustrato y la enzima (puentes de hidrgeno e interacciones inicas, hidrofbicas y de van der Waals) que se denomina energa de fijacin. Las interacciones dbiles entre enzima y sustrato (energa de fijacin) son ptimas en el estado de transicin Cmo utiliza un enzima la energa de fijacin para disminuir la energa de activacin de la reaccin? La formacin del complejo enzima-sustrato (ES) no es por s misma la explicacin, si bien algunas de las primeras consideraciones sobre los mecanismos de reaccin empezaron con esta idea (se pensaba que las enzimas eran estructuralmente complementarios de sus sustratos, de modo que se acoplaban del mismo modo que una llave y una cerradura). La nocin moderna de la catlisis enzimtica considera que para que una enzima catalice una reaccin ha de ser complementaria al estado de transicin de la reaccin. Esto significa que las interacciones ptimas (mediante enlaces dbiles) entre sustrato y enzima se producen en el estado de transicin. Al generarse el complejo ES se forman algunas interacciones dbiles, pero el complemento total de las interacciones dbiles posibles entre sustrato y enzima slo se forma cuando el sustrato alcanza el estado de transicin. La energa libre (energa de fijacin) liberada por la formacin de esas interacciones equilibra parcialmente la energa requerida para llegar a la cima de la colina energtica (la energa de activacin). Sin embargo, la reaccin catalizada por el enzima es mucho ms rpida que en el proceso sin catalizar, porque por lo dicho la colina es mucho ms baja. El principio importante es que las interacciones de fijacin dbiles entre el enzima y el sustrato proporcionan la fuerza motriz principal de la catlisis enzimtica. Los grupos del sustrato que intervienen en estas interacciones dbiles pueden estar situados a cierta distancia de los enlaces que se rompen o modifican. Las interacciones dbiles formadas en el estado de transicin son las que ms contribuyen a la catlisis. La necesidad de mltiples interacciones dbiles para impulsar la catlisis es una de las razones de que las enzimas (y algunas coenzimas) sean tan grandes. El enzima ha de aportar grupos funcionales para interacciones inicas, puentes de hidrgeno y otras interacciones y ha de posicionar estos grupos de forma precisa para que la energa de fijacin en el estado de transicin pueda ser ptima. La misma energa de fijacin que aporta energa para la catlisis tambin hace que el enzima sea especfico. Por ejemplo, si el sustrato tiene un grupo hidroxilo que forma un puente de hidrgeno especfico con un residuo Glu del enzima, cualquier molcula que carezca de este grupo hidroxilo concreto ser, en general, un peor sustrato para el enzima. Adems, cualquier molcula con un grupo funcional extra para el que el enzima no contiene una bolsa o sitio de fijacin ser muy probablemente excluido del enzima. En general, la especificidad proviene asimismo de la formacin de mltiples interacciones dbiles entre el enzima y muchas partes, o todas, de su molcula de sustrato especfica. La energa de fijacin mantiene los sustratos en la orientacin correcta para reaccionar, lo que es una contribucin muy importante a la catlisis ya que las colisiones productivas entre molculas en solucin pueden ser extremadamente raras. Los sustratos se pueden alinear sobre el enzima de forma precisa. Una multitud de interacciones dbiles entre cada sustrato y grupos localizados de

manera estratgica en el enzima mantienen juntas las molculas de sustrato en las posiciones adecuadas. Las enzimas estn sujetas a inhibicin reversible e irreversible Las enzimas catalizan virtualmente todos los procesos celulares, por lo que no es sorprendente que los inhibidores enzimticos se encuentren entre los principales medicamentos. La aspirina inhibe el primer paso de la sntesis de las prostaglandinas al bloquear irreversiblemente la accin de la prostaglandina perxido sintasa (un tipo de prostaglandinas que eleva la temperatura corporal produciendo inflamacin y dolor). Existen dos tipos de inhibidores enzimticos: reversibles e irreversibles. Los inhibidores reversibles pueden ser de distintos tipos, pero los ms comunes son los inhibidores competitivos, que son generalmente sustancias que se parecen al sustrato y que compiten con el sustrato por el sitio activo de la enzima. Cuando se ha fijado el inhibidor la reaccin catalizada por la enzima no tiene lugar, pero como la reaccin es reversible, se puede desplazar el equilibrio agregando ms sustrato. La inhibicin competitiva se utiliza en el tratamiento de envenenamiento con metanol, que se convierte en formaldehido por la enzima alcohol deshidrogenasa; el formaldehido lesiona muchos tejidos, en especial los ojos. El etanol compite con el metanol por la enzima, de modo que la terapia para el envenenamiento con metanol es la aplicacin endovenosa de etanol, lo cual hace que la formacin de formaldehido sea lo suficientemente lenta como para que el metanol se pueda eliminar inocuamente en la orina. Los inhibidores irreversibles son los que se combinan con (o destruyen) un sitio esencial para la actividad de la enzima. Los inhibidores irreversibles son muy tiles para estudiar el mecanismo de accin enzimtico: los aminocidos con funciones catalticas clave pueden ser identificados determinando cul es el aminocido al que se ha unido covalentemente el inhibidor despus de la inactivacin de la enzima. La farmacoterapia moderna hace uso de variados inhibidores competitivos para el tratamiento de algunas enfermedades, incluido el SIDA. La actividad enzimtica es afectada por diversos factores Las enzimas tienen un pH ptimo o un intervalo de pH en el que la actividad es mxima. Esto es debido a que las cadenas laterales que intervienen en la actividad cataltica presentan diferentes grados de ionizacin a diferentes valores de pH. La fuerza inica del medio tambin afecta significativamente la actividad enzimtica, debido a la posible interaccin de grupos cargados con los sitios activos de la enzima. Por el hecho de ser protenas, las enzimas son sensibles a la accin de la temperatura. El incremento de la temperatura produce un incremento de la actividad enzimtica, pero al llegar a determinados valores de temperatura la enzima comienza a desnaturalizarse y se produce el efecto inverso. De todos modos debe tenerse en cuenta que en la mayora de los organismos la temperatura celular es relativamente constante. Enzimas reguladoras En el metabolismo celular es muy frecuente que haya grupos de enzimas que funcionan conjuntamente en rutas secuenciales que parten de un reactivo inicial y llegan a un producto final luego de varios pasos. En tales sistemas enzimticos, el producto de la reaccin catalizada por la primer enzima se convierte en el reactivo

(sustrato) de la siguiente, y as sucesivamente. En cada sistema hay al menos una enzima que fija la velocidad global, porque cataliza la reaccin ms lenta, que es la que limita la velocidad de la reaccin total. Estas enzimas reguladoras muestran una actividad cataltica mayor o menor en respuesta a la accin de ciertas sustancias (moduladores) que se unen a la enzima en forma reversible, con lo que la velocidad de cada secuencia metablica se ajusta constantemente a la necesidad de la clula. Un mecanismo diferente de regulacin enzimtica lo constituyen los precursores inactivos de algunas enzimas (zimgenos). Muchas proteasas del estmago (pepsina) y del pncreas (tripsina y quimotripsina) se sintetizan en forma de proenzimas inactivas (pepsingeno, tripsingeno, quimotripsingeno) que requieren la accin de una proteasa especfica que libera un residuo polipeptdico, con lo que se obtiene la enzima activa. El sistema de formacin de precursores inactivos se da no slo en las enzimas: la hormona insulina se sintetiza como proinsulina y la protena fibrosa colgeno se sintetiza como procolgeno; en ambos casos proteasas especficas liberan restos polipeptdicos innecesarios y producen la protena activa.

ACIDOS NUCLEICOS
En las clulas se encuentran dos variedades de cidos nucleicos: el cido ribonucleico (ARN) y el cido desoxirribonucleico (ADN). El ADN forma genes, el material hereditario de las clulas, y contiene instrucciones para la produccin de todas las protenas que el organismo necesita. El ARN est asociado a la transmisin de la informacin gentica desde el ncleo hacia el citoplasma, donde tiene lugar la sntesis de protenas, proceso al cual est estrechamente relacionado. Hay tres tipos de ARN: ARN mensajero (ARNm), ARN de transferencia (ARNt) y ARN ribosmico (ARNr), que actan en el proceso de sntesis de protenas. Al igual que las protenas, los cidos nucleicos son molculas grandes y complejas. Fueron aisladas por primera vez por Miescher en 1870, a partir del ncleo de las clulas del pus; su nombre se origina del hecho de que la primera vez que se identificaron se observ que eran cidos, adems de que fueron identificados por primera vez en el ncleo celular. Nucletidos: subunidades de los cidos nucleicos Los cidos nucleicos son biopolmeros, pero a diferencia de los polisacridos como el almidn o el glucgeno, en los que el monmero es una molcula simple (la o la -glucosa, respectivamente), los monmeros de los cidos nucleicos son los nucletidos, unidades moleculares que constan de: 1) un azcar de cinco carbonos, ya sea ribosa en el caso del ADN o desoxirribosa en el caso del ARN; 2) un grupo fosfato y, 3) una base nitrogenada, ya sea una purina de doble anillo o una pirimidina de anillo simple. El ADN contiene las bases pricas Adenina (A) y Guanina (G) y las bases pirimdicas Citosina (C) y Timina (T), junto con el azcar desoxirribosa y el fosfato. El ARN contiene las mismas bases pricas (A y G), pero en cuanto a las bases pirimdicas el Uracilo (U) reemplaza a la timina.

Las molculas de los cidos nucleicos estn formadas por cadenas de nucletidos, cada uno de ellos unido al siguiente por enlaces covalentes entre la molcula de azcar de una cadena (el carbono 3de la ribosa o de la desoxirribosa) y la molcula de fosfato de la otra cadena, que a su vez est unido al carbono 5de la pentosa. Estos enlaces son Ilamados uniones o puentes fosfodister, porque el fosfato est unido por una unin ster fosfato al azcar del nucletido y por otra unin equivalente al azcar del nucletido que lo precede.

Las molculas de ADN son considerablemente ms grandes que las de ARN, pero adems poseen una estructura doble, ya que estn constituidas por dos cadenas que son complementarias entre s. Las dos cadenas se enfrentan por las bases, que se mantienen unidas por la existencia de puentes de hidrgeno, pero la complementariedad proviene de que siempre una base prica (de mayor dimensin) se enfrenta con una base pirimdica y que el acoplamiento siempre enfrenta a A con T y a G con C. Este hecho es fundamental para permitir la duplicacin (replicacin) del ADN, ya que cada una de las cadenas sirve de molde para que se produzca la cadena complementaria respectiva. Como consecuencia de su elevado contenido en cido fosfrico y a raz del pH cercano a la neutralidad del medio celular, las molculas de ADN en el ncleo poseen carga negativa. Este hecho favorece su asociacin con protenas bsicas (las histonas), que aparentemente juegan un rol protector y que en conjunto con el ADN constituyen la cromatina nuclear. El ADN (y las histonas asociadas) se dispone en forma helicoidal y parcialmente enrollada mientras la clula est en actividad normal, pero sufre una gran condensacin (superenrrollamiento) en el momento de la divisin celular, dando lugar a los cromosomas. En realidad no existen diferencias estructurales entre la cromatina nuclear y los cromosomas, sino que se trata de distintos grados de condensacin de la molcula de ADN. Si bien el trmino cromatina se sigue utilizando (proviene de la poca de las primeras observaciones microscpicas de ncleos coloreados: cromatos = color), la tendencia moderna es llamar cromosoma al ADN nuclear, independientemente del grado de condensacin que exhiba. La diferencia esencial entre ADN y ARN, adems del reemplazo de la desoxirribosa por la ribosa y de T por U, es que el ARN est constituido por una cadena nica y que sus dimensiones son considerablemente ms reducidas que las del ADN. Los tres tipos principales de ARN (mensajero, de transferencia y ribosmico) estn asociados con el proceso de sntesis de protenas, que tiene lugar en los ribosomas, estructuras que contienen ARN y protenas y que constituyen el

lugar fsico en el que se desarrolla la sntesis de las molculas proteicas. El ARNm contiene generalmente la informacin de la secuencia de aminocidos de una nica protena y obtiene dicha informacin por el proceso de transcripcin, a travs del cual una enzima especfica (ARN polimerasa) copia la informacin contenida en un sector (un gen) de una de las dos cadenas del ADN. Este proceso ocurre naturalmente en el ncleo, pero el ARNm pasa al citoplasma a travs de los poros nucleares y se encuentra con los ribosomas. La secuencia de bases del ARNm (que como se dijo es complementaria de la secuencia de bases de un sector de ADN) contiene la informacin sobre la posicin que deben ocupar los aminocidos en la protena. Esta codificacin recibe el nombre de cdigo gentico. Por su parte distintos ADNt son los encargados de reconocer a cada uno de los aminocidos y ubicarlos en el lugar sealado por el cdigo gentico en un proceso conocido como traduccin.

Otros nucletidos importantes Aparte de su importancia como subunidades de los cidos nucleicos, los nucletidos intervienen en otras importantes funciones de las clulas. El trifosfato de adenosina (ATP), compuesto de adenina, ribosa y tres fosfatos tiene una importancia destacada como fuente de energa para las clulas. Los dos fosfatos terminales se unen al nucletido mediante enlaces "ricos en energa", que se sealan por el smbolo ~P. Estos enlaces reciben tal nombre porque liberan una gran cantidad de energa cuando se someten a hidrlisis. La energa que se libera es biolgicamente utilizable y puede transferirse a otras molculas. La mayor parte de la energa qumica de las clulas se almacenan en enlaces de fosfato (ATP) ricos en energa, lista para liberarse cuando el grupo fosfato se transfiere a otra molcula. Un nucletido puede convertirse en una forma cclica por medio de enzimas Ilamadas ciclasas. De esta manera la adenilatociclasa convierte al ATP en adenosn monofosfato cclico (AMP cclico). Los nucletidos cclicos juegan un papel importante en la mediacin de los efectos hormonales y en la regulacin de varios aspectos de la funcin celular. Las clulas contienen varios dinucletidos de importancia especial en los procesos metablicos. Por ejemplo, como se discutir en el captulo 7, el dinucletido de adenina y nicotinamida (NAD) es muy importante como receptor y donador de hidrgeno y electrones en funciones biolgicas de oxidacin y reduccin en las clulas.