UNIVERSIDAD NACIONAL

DE TRUJILLO

FACULTAD DE CIENCIAS
BIOLOGICAS

SEGUNDA ESPECIALIDAD
EN BIOLOGIA MOLECULAR
Y GENETICA

CURSO: BIOINFORMATICA

TAREA N° 02: ALINEACION MUTIPLE DE

SECUENCIA MSA Y EDICION CON
JAVIEW

DOCENTE: MARIA NOEMÍ LLANOS

ROMAN

M.Sc Biología Computacional y Bioinformática

ETH Zurich

Doctorado en Ciencias Biomédicas UNT

Alumno: Lic. Manuel Eduardo Chepe Pinglo

MAYO 2023
Parte 1. Alineamientos de secuencias múltiples (MSA)
1.1. Elegir el gen
Este gen codifica una citoquina
que funciona en la inflamación y la
Gen de interés: IL 6- maduración de las células
B. Además, se ha demostrado que
Interleucina 6N
la proteína codificada es un
pirógeno endógeno capaz de
inducir fiebre en personas con
enfermedades o infecciones
autoinmunes.

GEN DE
INTERES:
IL6
 EL GEN IL6
CON SU ID
3569

NUCLEOTIDOS

PROTEINAS
NUCLEOTIDO

INGRESAMOS
AL BLAST
BLASTEAMOS EL
NUCLEOTIDO
PARA EL GEN IL6

NO COLOCAMOS
NADA EN QUERY,
TRABAJARÉ CON
LA SECUENCIA
COMPLETA

NO MODIFICO
NINGUN
PARAMETRO
 TAMPOCO
MODIFICO NINGUN
PARAMETRO,
TRABAJO CON LOS
OFRECIDOS POR EL
BLAST.

CONTAMOS CON
100 NUMEROS
DE SECUENCIAS
SELECCIONADAS

PARAMETROS DE
LAS SECUENCIAS
SU GRAFICA DE
LAS 15
SECUENCIAS
SELECCIONADAS
SUS ALINEAMIENTOS
DESCARGA DEL
ARCHIVO
 DESCARGA DE
ARCHIVO

DESCARGA PARA LA PROTEINA

PROTEINA
 INGRESAMOS AL
BLAST

LA PROTEINA QUE
VOYS A BLASTEAR

NO USARÉ EL QUERY,
YA QUE NECESITO LA
SECUENCIA COMPLETA
 NO MODIFICO NINGUN
PARAMETRO

USO MAX TARGET 50

UTILIZO BLOSUM50 PARA MATRIZ DE SUSTITUCION

TAMBIEN UTILIZO
ESTOS DOS
FILTROS
NUMERO DE SECUENCIAS
SELECCIONADAS: 50

PARAMETROS
DE LA
SECUENCIA
SELECCIONO 15
SECUENCIAS

QUE TENGAN LA
MISMA ISOFORMA
DEL 100 %
SU ALINEAMIENTO
ARCHIVO
DESCAGADO
 ARCHIVO
DESCARGADO

1.2. Uso del MAFFT V.6.864 para NUCLEÓTIDOS desde (CLUSTAL W)

SOFTWARE A UTILIZAR
 INGRESO EL ARCHIVO DE
NUCLEOTIDOS. EL N° 06
(FASTA DE ALINEACION)

MODIFICO A LA OPCION
DE ALINEAMIENTO

MODIFICO A BLOSUM80
POR LA CERCANIA
1.3. Uso de CLUSTAL OMEGA para PROTEÍNAS

INGRESAMOS AL
FORMATO
CLUSTAL OMEGA

USO LA OPCION DE PROTEINA Y SUBO EL

ARCHIVO DE FASTA DE PROTEINA DE
SECUENCIA COMPLETA
NO MODIFICO NINGUN PARAMETRO

LO ENVIO A MI
E-MAIL

ARCHIVO ENVIADO AL
CORREO
ALINEAMIENTOS

ALINEAMIENTOS
 ALINEAMIENTOS

RESULT SUMMARY
PHYLOGRAM

GUIDE TREE
 PHYLOGENETIC TREE

TREE DATA
 Parte 2. Uso de Jalview para MSA

2.1. MSA usando Jalview

DESCARGAMOS EL
PROGRAMA
 INGRESAMOS A
ARCHIVO

INGRESAMOS
DESDE EL FICHERO
SELECCIONO
MI SECUENCIA
DE IL 6 DE Seqdump_IL6 Proteína completa

SECUENCIA DE
PORTEINA
COMPLETA

PASAMOS
EL
ARCHIVO A
FASTA
 SE OBSERVA LA PARTE INICIAL Y FINAL DE
LA SECUENCIA CON UNA COINCIDENCIA
DEL 100%

PARTE INICIAL PARTE FINAL