Antivirales 2

Química Farmacéutica I
Facultad de Farmacia, Universidad Complutense
Diseño de inhibidores enzimáticos.

Agentes quimioterápicos (2).
Antivirales, parte 2
Grado en Farmacia, grupo A1

Curso 2022-23
Profesor: José Carlos Menéndez 1
Resumen
•Inhibidores de ADN polimerasas.
•Inhibidores de dianas específicas del VIH.
•Inhibidores de la transcriptasa inversa.
•Inhibidores de la entrada del virus VIH.
•Inhibidores de integrasa.
•Inhibidores de la proteasa de VIH.
•Inhibidores de dianas específicas del virus SARS-CoV-2.
•Inhibidores del reconocimiento y entrada del virus.
•Inhibidores de la proteasa 3CLpro (Mpro).
•Inhibidores de la ARN polimerasa viral dependiente de ARN (RdRp)A.
•Inhibidores de dianas específicas del virus de la hepatitis C.
•Inhibidores de ARN polimerasas.
•Inhibidores de la proteasa NS3.4A.
•Antagonistas de la proteína NS5A.
•Inhibidores de específicas del citomegalovirus.
•Inhibidores de la quinasa UL97.
•Inhibidores de terminasa.
•Inhibidores de específicas del virus de la gripe.
•Inhibidores de fusión.
•Inhibidores de neuraminidasa.
José Carlos Menéndez 2
¿Por qué se necesitan tratamientos farmacológicos?
Los avances en vacunas no implican que se dejen de investigar

nuevos tratamientos frente a la COVID-19, por varios motivos:
• Lentitud de la implantación de la vacunación, especialmente
en países poco desarrollados.
• Eficacia limitada de algunas de ellas.
• Las vacunas actuales no previenen la transmisión.
• Necesidad de tratar enfermos no vacunados o con vacuna
inefectiva.
• Es más fácil diseñar los tratamientos que las vacunas de
manera que sean efectivos contra todas las variantes del
virus.
Disponer de un tratamiento farmacológico haría que los síntomas

de la enfermedad fueran más leves y habría menor riesgo de
saturar el sistema hospitalario.
José Carlos Menéndez, 2021-22 3
Adecuación del tratamiento a la fase de la enfermedad
Gravedad de la
enfermedad
Etapa I Etapa II Etapa III

Infección inicial Fase pulmonar Fase de hiperinflamación
Infección vírica
Respuesta inflamatoria
Tiempo
Terapia antiviral
Terapia antiinflamatoria

Estructura del virus
Proteína de Proteína de
espícula (S) nucleocápside (N)
Membrana
lipídica
ssRNA
(sentido +)
Proteína de Proteína de
envoltura (E) membrana (M)
Maroto-Vela, Anales RANM, 2020, 137, 98-103

Antivirales: Dianas terapéuticas potenciales
1. Reconocimiento
de la proteína S SARS-CoV-2
por ACE2
2. Entrada en la Liberación
ACE2 célula hospedadora
3. Liberación de
material genético vírico
Ensamblaje
Proteínas
del virus
Traducción por 5. Transcripción
ribosomas de la del ARN vírico
célula hospedadora Complejo de
replicación y
transcripción
4. Hidrólisis por
Poliproteínas proteasas víricas
pp1a y pp1b
del virus 6
José Carlos Menéndez, 2021-22
1. Unión y entrada del virus
Endocitosis
Anticuerpos contra Inhibidores de

la proteína S TMPRSS2

Anticuerpos contra la proteína S
A. B.
SARS-CoV-2
RBD
SARS-CoV-2
NTD
Anticuerpo
ACE2 ACE2
NTD, N-terminal domain RBD, Receptor binding domain
Shafer et al. Clin. Microbiol. Rev. 2021, 34, e00109

Anticuerpos contra la proteína S
• Algunos anticuerpos contra proteína S en uso clínico:
bamlanivimab, etesevimab, casirivimab, imdevimab, cilgavimab,
tixagevimab, sotrovimab, regdanvimab. Algunos se utilizan en
combinación.
• Durante la primera ola se utilizó suero de enfermos convalecientes.
• Limitaciones de los anticuerpos como antivirales:
- Precio muy elevado.
- Requieren hospitalización (administración intravenosa),
cuando en general están indicados en etapas iniciales de la
enfermedad.
- No son efectivos en todas las variantes.
• La combinación tixagevimab-cilgavimab se ha aprobado en España
(febrero 2022) para “uso compasivo” en la prevención de COVID-19
en inmunodeprimidos.
Inhibidores de la proteasa TMPRSS2
H H
N NH 2 N NH 2
O NH O NH
O
H 2N O Me 2N O
O
NH O Camostat
Namafostat
Destinado a un
residuo de Lys
José Carlos Menéndez, 2021-22 Noé et al. Chem. Sci. 2021, 12, 983. 10
Inhibidores de la proteasa TMPRSS2
Ambos están en ensayos clínicos. Son inhibidores covalentes:
H
Namafostat N NH2 O
Asp-435
O NH2 O
H2N O Ser-436
O Tríada catalítica Bolsillo S1

NH H Ser-441 Asp-435
O N Ser-441
Asp-345 His-296
N
O H His-296
Asp-435
PDB 7MEQ
H
OH N NH2 O
Asp-435
H2N O NH2 O
Ser-441
NH O
2. Proteasa del virus
• La proteasa 3CLpro (Mpro) fragmenta la poliproteína codificada por el
ARN viral, generado las proteínas víricas funcionales.
PDB: 1Q2W
• El lopinavir inhibe la proteasa 3CL.
• La combinación lopinavir-ritonavir aumenta la duración de acción del
compuesto activo, ya que el ritonavir es un inhibidor suicida de citocromos.
Inconveniente: se generan interacciones con otros fármacos. Se utilizó en la
primera ola, pero con pocos resultados.
Me Me
O Me
H
N O
N N
H
O OH
N O Me
H
Lopinavir
Me Me
O O
H
Me N N S
N N N O
H H
Me O OH N
Me S
Ritonavir: Inhibidor de CYP3A4

• 3CL es una proteasa de cisteína, cuyo estado de transición es
mimetizado por el lopinavir.
His H
N His H
N
N
Proteasa 3CL N δ+
H O
H Cys
Cys S NH 2
Cys S
O P1 O P1 O P1
H H H S P 1'
N N N +
P1
P 1' O P 1' O P 1' OH
δ- HO
A H A H
O
Me Me
O Me
H
N O
N N
H
O OH
N O Me
H
Lopinavir

• El lufotrelvir (PF-07304814) es un profármaco de tipo fosfato cuya
hidrólisis genera el inhibidor de proteasa PF-00835231.
• El nirmatrelvir tiene la ventaja de ser activo por vía oral. Aprobado
recientemente (diciembre de 2021).
• Ambos son inhibidores covalentes, aunque reversibles.
O H Solubilidad O H
OMe N acuosa OMe N
O O
H H O Fosfatasa H H
N N
N N O P OH N N OH
H H H H
O O OH O O
Me Me
Me Me
Lufotrelvir (PF-07304814) PF-00835231
F3C H
O
N
NH
O O
Me O
H
Me Me N
N C
H N
H H
Nirmatrelvir (PF-07321332)

• El carbonilo de cetona de PF-00835231 (forma activa del lufotrelvir)
reacciona con la cisteína del sitio activo de la proteasa.
• El hemiacetal formado está estabilizado por dos enlaces de
hidrógeno, pero su formación es reversible.
His Gln-189 PDB 6XHM

H
N S1
H2N
N H
O O N O
OCH3 Gln-189
Cys-145 His-41
H
Cys S H O N
S
N H
PF-00835231 OH N N O H
H H
O O H O
N O CH3 O H PF-00835231
H H3C H Cys-145
A H N NH
S2
His-41
J. C. Menéndez. Molecules 2022, 27, 658.

• El grupo nitrilo del nirmatrelvir reacciona con la cisteína del sitio
activo de la proteasa mediante una reacción de Pinner.
• El tioimidato formado está estabilizado por un enlace de hidrógeno,
pero es sensible a la hidrólisis (inhibición reversible).
His H Glu-166 NH PDB 7VH8

N
CO2H Nirmatrelvir
2
N
F O S1 Gln-192
F
F
H O H His-41
S H N
Cys NH2
N O Cys-145
O O
Nirmatrelvir O O
Gln-192 H S
O C N N
N N
N H H
H HN
H H Cys-145
A H Glu-166
S2

Síntesis del ARN vírico
Remdesivir
Favipiravir
AT-527 Molnupiravir
Replicación ARN vírico

genómica
Replicación
del ARN
Replicación Proteínas víricas
subgenómica
ARN polimerasa del virus

(RdRp, RNA-dependent RNA polymerase)

4. ARN polimerasa viral dependiente de ARN (RdRp)

Las ARN polimerasas son importantes para algunos virus patógenos,
como los de la hepatitis C, Ébola y coronavirus.
Catalizan la síntesis de ARN por un mecanismo similar al visto para la
ADN polimerasa.
Cadena de ARN
en crecimiento
BASEn BASEn ARN O BASEn
ARN O ARN O
O O O
OH OH O OH O OH
BASEn+1 O P O BASEn+1
O O P O
BASEn+1 O OH O
P P P O ARN OH ARN ARN
O polimerasa polimerasa polimerasa
OH ...
OH OH O OH
O P O BASEn+2
OH OH O
Nuevo nucleótido P P P O BASEn+2 OH O
OH O
OH OH
OH OH
Nuevo nucleótido

Remdesivir
•Activo contra varios virus de ARN, incluyendo Ébola.
•Primer fármaco aprobado contra el coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19).
•Es un profármaco “ProTide”, de tipo fosforamidato.
•Está modificado tanto en la base púrica como en la ribosa.
Fosforamidato
NH2 Adenina
N modificada
O
N N
O O P O
C-nucleósido
Et NH O
O ElElgrupo
grupociano
cianoreduce
reducelala actividad
Et C sobre lassobre
actividad ARN polimerasas
las ARN de
CH3
OH OH N mamífero y de
polimerasas es mamífero
también importante para
Ribosa la inhibición de la polimerasa vírica
Remdesivir

Remdesivir
Además, el grupo ciano es la principal diferencia entre el la forma activa del
remdesivir y el ATP (sustrato natural de la polimerasa), y por tanto
responsable de la actividad inhibitoria.
Comparación entre la unión a la RpRd de SARS-CoV2 del ATP y la forma
activa del remdesivir:
ATP Remdesivir
(forma activa)
Göte et al. J. Biol. Chem. 2020, 295, 6785

Remdesivir
Bioactivación:
Fosforamidato
NH2 NH2 NH2
N N N
O O O
N N N N H2O O P
O O P O Esterasas HO O P O O N N
Et O O
NH O NH NH O
O O - PhOH
Et C CH3 C H3C C
CH3
Éster OH OH N OH OH N N
OH OH
carboxílico
Remdesivir
NH2 NH2
NH2 N
N N
O HO O
N N HO P O N N
P P P O N N HO P O
Quinasas Amidasas
HO O NH O
O O
P C CH3 C
C N
OH OH N L-Ala OH OH
OH OH N
Especie activa

Remdesivir
Actuación de la ARN polimerasa en presencia del inhibidor:
Cadena de ARN
en crecimiento
ARN O BASE n BASE n

ARN O
O O
NH 2
NH 2 N
OH OH N O OH
ARN N N
O polimerasa O P O
N N
Se interrumpe el
P P O P O HO O crecimiento de la
HO O cadena de ARN
C El grupo ciano impide la
C OH OH N incorporación de
OH OH N nucleótidos posteriores
O
P P P O BASE n+1
OH O
OH OH
Nuevo nucleótido

Remdesivir
Más exactamente: El remdesivir permite la incorporación de tres nucleótidos
más, pero en ese momento se interrumpe el crecimiento de la cadena porque
el grupo ciano interacciona con la cadena lateral de un residuo de serina:
1 2
3 4
Animación: https://www.mpg.de/16261941/0113-bich-why-remdesivir-does-not-fully-stop-the-coronavirus-152115.x.
H. Hillen, G. Kokic, P. Cramer / Max Planck Institute for Biophysical Chemistry
Favipiravir (T-705)
•Activo contra varios virus de ARN, incluido el de la gripe (comercializado en
Japón para esta indicación).
•Se ha empleado también como tratamiento experimental del virus Ébola.
•En Japón se ha estudiado contra el coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19). En
Rusia se aprobó para esta indicación en mayo de 2020.
•Se activa por unión a ribosa y trifosforilación:
F N CONH2 F N CONH2
F N CONH2 N O N O
P O P P P O
N O O O
H
Favipiravir OH OH
(T-705) OH OH
T705-MP T705-TP
Inhibición de ARNInhibición
polimerasas:
de ARN
Virus de la gripe, virus Ébola, SARS-CoV2
polimerasa de virus Ébola

5. Mutaciones en el ARN vírico
Molnupiravir (EIDD-2801)
• La N-hidroxicitidina (EISS-193) experimenta fosforilación de primer paso en
el intestino. Para su uso oral se ha diseñado un profármaco, el molnupiravir.
• Fármaco de amplio espectro contra virus de ARN. Aprobado contra COVID-
19 (diciembre 2021).
• La N-hidroxicitidina existe en dos formas tautoméricas. La hidroxilamina
tiene afinidad por guanina y la oxima por adenina. Esto causa errores
durante la replicación del ARN viral (“mutagénesis letal”).
HO HO HO
NH NH N
N N NH
Me
O Esterasa HO N O HO
N O N O
Me O
O O
O
OH OH OH OH OH OH
Molnupiravir EISS-193 (tautómero EISS-193 (tautómero
de hidroxilamina) de oxima)
H
N N N
O O H N
HO H HO HO
N N N N N N
R R N R
H N H H N N
H N
N N N N
Adenina
Guanina Guanina
N O H N N O H N N O
H H
José Carlos Menéndez, 2021-22 R R R 27
Resumen
Inhibidores de ARN polimerasas del virus de la
hepatitis C (NS5B)
Dos tipos de inhibidores:
1.Inhibidores nucleosídicos. Actúan en el sitio activo (inhibición competitiva).
2.Inhibidores no nucleosídicos. Actúan en diversos sitios alostéricos. El más
importante (de momento) es el de la “palma” de la enzima.
Sitio activo
29
José Carlos Menéndez
Inhibidores de ARN polimerasas del HCV
Inhibidores nucleosídicos: Sofosbuvir
•Aprobado para el tratamiento de la hepatitis C, en combinación con otros
fármacos. Permitió suprimir el tratamiento con peginterferón, previamente muy
habitual y que daba lugar a efectos secundarios serios.
•Es un profármaco diseñado para: (a) Ser lipófilo; (b) esquivar el paso de
nucleósido a nucleótido monofosfato; (c) activarse en hígado, para lo cual se
aprovecha la activación hepática de los fosforamidatos.
O O O
NH NH NH
Nucleótido y
N O Nucleósido nucleósido difosfato
N O N O
quinasa quinasas
HO Me P O Me P P P O Me
O LENTA O RÁPIDA O
OH F OH F OH F
Nucleósido Monofosfato Trifosfato
Especie activa
O
NH Hidrolasas
O N O
H O
(CH3)2CH N O R1
O P Me H O Inhibición de ARN polimerasa
O N O Inhibición
del virus de ARN C
de la hepatitis
Me O R P R2 polimerasa de HCV
O
OH F
Fosforamidato
Sofosbuvir
Inhibidores nucleosídicos: Sofosbuvir
Etapas iniciales de la bioactivación hepática del sofosbuvir:
O O
NH NH
R1 Carboxiesterasa o
H O Me O N O O N O
N O H O catepsina A hepáticas H O
R P R2 N O N O
Me O P O P O Me
O O Me
Me O Me O
Fosforamidato
OH F OH F
Sofosbuvir (en el hepatocito)
No enzimática
O
O O Anhídrido
mixto NH
Monofosfato NH Fosforamidato NH
N O
Hint-1 (actúa O N O No H O
N O como amidasa) H OH enzimática N O
OH P
HO O N O Me O Me
P HO P O Me
O Me O
O Me O
O OH F
OH OH F H 2O
F
E. Murakami et al. J. Biol. Chem. 2010, 285, 34337

Inhibidores no nucleosídicos: Dasabuvir
Es un derivado complejo de uracilo. Se une a un sitio alostérico en la “palma”
de la enzima
O
HN
O N
C(CH3)3
OCH3
HN
O S O
CH3

Inhibidores de la proteasa del virus de la hepatitis C
•Proteasa llamada NS3.4A, necesaria para la fragmentación de las
poliproteínas y, por tanto, para la maduración del virus.
•Es una proteasa de serina, dependiente de una tríada catalítica.
Tríada catalítica
Journal of Chemical Information and Modeling 2012, 52, 2245

•Mecanismo de la hidrólisis:
R'
NH2
S1' O
R' O O
H H
N N
N Ser-139 O
H
O R R
S1
Poliproteina vírica OH
(virus de la hepatitis C) O Ser-139 H
H
N
O His-57
N N
O Asp-81
His-57 H
Asp-81 N O
H
O
Tríada catalítica
O
H
N
HO
R
1. Inhibidores covalentes: α-cetoamidas
•Estructuras peptídicas, con un fragmento estructural de α-cetoamida
que es esencial para su acción y se une covalentemente a la
proteasa.
•Ejemplos:
Me Me
O O
H H H
N N N NH2
O N N
H H H
N N O O Me N N O O
N O O
H Me
O Me Me O
N Me Me Me Me
Me Me
Telaprevir Boceprevir
Me Me
O
H H
N N
Me N
Me H H
N N O O
Me S O
O O O Me
Me Me
Me
José Carlos Menéndez Narleprevir 35

•El fragmento de α-cetoamida se coloca en el sitio activo y forma un

enlace covalente con la serina 139 de la tríada catalítica.
•La unión se refuerza por un enlace de hidrógeno con la His-57.
•Este enlace es reversible, por tratarse de un hemiacetal.
O
R' R O
N
H R' R
O N
H
O Ser-139 O O Ser-139
H H
N N
O His-57 O His-57
Asp-81 N Asp-81 N
H H
O O

•El fragmento peptídico se acomoda a la región de la proteasa
destinada a la poliproteína vírica:
Telaprevir Ser-139
Tríada catalítica
Tres aminoácidos
cuya mutación
confiere resistencia
Enlace
covalente
Telaprevir
Enlace de
hidrógeno
PLOS Patogens 2012, 8(7), e1002832
José Carlos Menéndez Infectious Disorders - Drug Targets 2006, 6, 3 37
2. Inhibidores no covalentes
•La proteasa es inhibida por uno de los productos de la reacción, el
que contiene un grupo carboxílico C-terminal.
•Esto llevó a ensayar péptidos con un grupo CO2H (o isóstero) en la
parte correspondiente al sitio activo y cadenas laterales para la unión
a los sitios S1, S2, etc.
•Casi todos son derivados de vinilciclopropano, con un grupo de
acilsulfonamida como isóstero del CO2H:
PÉPTIDO O PÉPTIDO O
O O O O
HN HN S
OH N
H
Acilsulfonamidas

2. Inhibidores no covalentes
Ejemplos:
MeO
N OMe Me
N
N O
N
O
H O
O O S H
O H N O O
N S N O O H NH
H NH N N H O N S
H O N S N
O O
O N O O H O
Me H O
Me O Me O
CH2 N N
Me Me Me N
Grazoprevir Simeprevir
Me Paritaprevir
F F
O N
F
N N
O O
O O O O O N
O S O O
H H S
N N O O O
N H N N O NH O
Me N H H S Me
H O H Me N N N
O N O O
Me O N O Me H
O Me
Me Me O O
Me O O Me F
Me Me
Me F
Glecaprevir
Danoprevir Vaniprevir

2. Inhibidores no covalentes: Acilsulfonamidas
Tríada catalítica
Vaniprevir
Angewandte Chemie Int. Ed. 2010, 49, 1652
PLOS Patogens 2012, 8(7), e1002832
40
Antagonistas de la proteína NS5A del HCV
•La proteína NS5A (Nonstructural protein 5A) es uno de los fragmentos

resultantes de la hidrólisis de la poliproteína del virus de la hepatitis C.
•Es esencial para la replicación del ARN del virus, aunque actúa por
mecanismos poco conocidos.
•Los ligandos de esta proteína son los antivirales más potentes
conocidos (actividad pM).
•Se utilizan en combinación, con compuestos que actúan por otros
mecanismos. Se han introducido recientemente (2014 en adelante).
•Son estructuras complejas, generalmente simétricas, que responden
al siguiente esquema general:
Imidazol o Estructura Imidazol o

RO-L-Val-L-Pro tipo biarilo isóstero L-Pro-L-Val-OR
isóstero
Posibilidad de Posibilidad de
modificaciones en modificaciones en
los aminoácidos los aminoácidos

Ejemplos:
O
O
NH H Me
NH H Me MeO N N
MeO O N N O Me
N Me
Me N N
Me O OMe
N N N
N O OMe Me HN
Me H HN N N
H O O
Daclatasvir O
Ph
Elbasvir
O
Me O
N
MeO NH HN Me NH Me
MeO HN N
O O N O F F
O OMe Me
N HN Me N N
N O OMe
N HN
O Me
N N
H H
O
MeO Ledipasvir
Velpatasvir
O
NH
MeO O
O O Me Me
Me OMe
N N
Me N N N
H H N O
H
O
t-Bu
Ombitasvir

Se unen a la interfaz entre los dos monómeros que forman la
proteína, reduciendo su afinidad por el ARN
S. J. Matthews et al. Protein Science 2014, 23, 723

M. W. Parker et al. Scientific Reports 2014, 4, art. 4765
Resumen
Dianas específicas del citomegalovirus
• El citomegalovirus se comporta como un patógeno oportunista: está
muy extendido en toda la población, pero solo afecta adversamente
a pacientes inmunodeprimidos.
• Ejemplos: retinitis en pacientes de SIDA no adecuadamente
tratados, infecciones sistémicas (potencialmente mortales) tras un
transplante de órganos, médula ósea o células madre.
• La infección por citomegalovirus puede prevenirse (por ejemplo, tras
transplantes de órganos) o bien tratarse, una vez instaurada, con
inhibidores de ADN polimerasas, ya estudiados:
– Valaciclovir
– Ganciclovir
– Valganciclovir
– Cidofovir
– Foscarnet

Maribavir
• Aprobado (2021 FDA, 2022 EMA) para la prevención de infecciones por
citomegalovirus tras transplantes.
• Es un inhibidor de la quinasa UL97 del citomegalovirus. Las quinasas
fosforilan otras proteínas, siendo la fuente del grupo fosfato una molécula de
ATP.
• La quinasa UL97 es esencial para la actuación de la ADN polimerasa del
citomegalovirus, ya que una de las subunidades de ésta (UL44) necesita
fosforilarse para ser activa.
• El maribavir inhibe UL97 compitiendo con el ATP. Es incompatible con los
inhibidores clásicos de polimerasas (p. ej. ganciclovir), que utilizan esta
quinasa para su primera fosforilación.

Letermovir
• Aprobado para la prevención de infecciones por citomegalovirus en
pacientes con transplantes alogénicos de células madre.
• La ADN polimerasa del citomegalovirus produce moléculas que contienen
múltiples copias del genoma del virus (concateméros).
• Una nucleasa llamada terminasa las escinde, generando el ADN viral que
finalmente se empaqueta en la cápside.
• El letermovir inhibe la terminasa viral, actuando en su subunidad UL56.
New England Journal of Medicine 2014, 370, 1844 47

Resumen
Inhibidores de fusión (gripe)
Umifenovir (arbidol): Es un antiviral de amplio espectro (gripe, hepatitis C),
aprobado en China y Rusia para el tratamiento de la gripe. Enestudio clínico
para SARS-CoV-2
Tiene una elevada afinidad por las membranas, ya que forma varios enlaces
con los fosfolípidos. La consecuente estabilización de la membrana dificulta el
proceso de fusión.
Enlaces iónicos y de
hidrógeno con los
grupos fosfato
CH3 CH3
N O
H3C O Umifenovir
HO
Br N S
CH3
Interacciones
hidrofóbicas
del grupo S-Ph
Fosfolípido
José Carlos Menéndez PLoS ONE 2011, 6(1): e15874 49

Inhibidores de fusión (gripe)
Además, el unifemovir se une al péptido de fusión del virus:
Kadam, Wilson PNAS 2017, 114, 206

Inhibidores de endonucleasa
Baloxavir marboxil (S-033188)
• Aprobado en Japón contra la influenza A y B (2018). Requiere una sola
dosis. Activo contra la gripe aviar.
• Es un profármaco de tipo aciloximetil éster. Bioactivación:
F F F
S S S
F F F
Esterasa H
H H
N N N
N O - CH3OH N O - CO2 N O
- HCHO
N N N
O O O
O O O O HO O O O OH O
H3C
O O Baloxavir
Baloxavir marboxil
• La especie activa inhibe una de las tres subunidades de la ARN polimerasa

del virus de la gripe (subunidad PA).
• La actuación de la ARN polimerasa requiere un cebador (primer), para lo
que utiliza un fragmento de ARNm de la célula infectada. La subunidad PA
de la polimerasa lo recorta, dejando un fragmento de 10-15 nucleótidos
sobre el cual se sintetiza el ARNm vírico.
Inhibidores de endonucleasa
Baloxavir marboxil (S-033188)
• La endonucleasa tiene en su sitio activo uno o dos cationes (Mg2+ o Mn2+),
que actúan como ácido de Lewis y promueven la reacción de hidrólisis.
ADN O BASE
O
M2+
O OH
O P O BASE
OH O
M2+
H OH OH OH
NH2
Lys
Stevaert, Naesens, Med. Res. Rev 2016, 36, 1127
• El baloxavir inhibe la enzima fundamentalmente por quelación de los

F
cationes metálicos: S
F
H
N
N O
N
O
Fragmento
O O quelante
M2+ H
José Carlos Menéndez M2+ 52
Inhibidores de neuraminidasa
Dos proteínas de la superficie del virus de la gripe son esenciales para su
interacción con la célula infectada:
Hemaglutinina: Se une a moléculas de ácido siálico de la membrana celular,
iniciando un proceso de endocitosis.
Neuraminidasa: Cuando los nuevos virus deben separarse de la célula
infectada, rompe las uniones hemaglutinina-siálico.
Ácidos siálicos
Neuraminidasa
Hemaglutinina

Papel de la neuraminidasa:
HO VIRUS
Hemaglutinina
O OH OH
H Entrada del
HO O OH virus a la célula
OH O OH
HO OH OH
HO HO OH
OH Ac-HN O CO2H VIRUS
NH O O
Separación del Ac-HN
OH HO
virus de la célula HO
O CH3
Ácido siálico (N-acetilneuramínico) Neuraminidasa
(sialidasa)
HO VIRUS
Unión del ácido siálico a la neuraminidasa:

Glu-276
O
H O
O H
HO O
H2N
O
Arg-371
NH O H2N
H O O OH
Arg-152 N
H N OH
H3C H

Zanamivir
• Es un análogo de ácido siálico con un resto de guanidina, que permite
interacciones adicionales con varios grupos carboxilato de una cavidad del
sitio activo que el ácido siálico no aprovecha.
• Muy hidrófilo, lo que obliga a administarlo por inhalación nasal.
O OH
O H
OH O
HO H HO OH
O
OH
HO OH
OH NH
NH
OH H2N NH
O CH3 O CH3
Ácido siálico NH
Zanamivir
Glu-276
O
H O
O H H2N
O
HO O
O Arg-371
NH H O H2N
O N
H
N HN O
Arg-152
H CH3
H2N O
Asp-151
NH2
O O O O
Glu-227 Glu-119
Laninamivir y su octanoato
•Muy similares al zanamivir.
•Administrados por inhalación. Todavía en ensayos clínicos, salvo en Japón
(aprobado en 2010 para tratamiento, 2013 para profilaxis).
•Al ser más lipófilos (especialmente el profármaco), se retienen por la mucosa
respiratoria y son de acción más prolongada.
Grupos lipófilos
CH3 CH3
O O O O
O OH H H
H O O
HO O HO OH H3C 6 O OH
OH OH
HO OH
OH NH NH
NH
H2N NH H2N NH
OH O CH3 O CH3
O CH3
NH NH
Ácido siálico
Laninamivir Octanoato de lanimavir (CS-8958)
(profármaco de laninamivir)
56
Oseltamivir
• Modificaciones para permitir administración por vía oral: esterificación del
grupo carboxílico (profármaco), grupo amino en lugar de guanidino, cadena
lipófila en lugar del fragmento de glicerol.
• Menos activo por carecer de las interacciones de guanidina y glicerol,
aunque el grupo amino participa en un enlace iónico y la cadena lipófila
establece interacciones con un bolsillo hidrófobo del sitio activo.
O O
O OH
HO H O O
O EtO HO
OH CH3 Esterasa CH3
HO
OH
NH NH CH3 NH CH3
OH H2N
O CH3 H2N
O CH3 O CH3
Ácido siálico Oseltamivir carboxilato (forma activa)
Oseltamivir (profármaco)
Glu-276
O
H3C O
O H2N
H3C Arg-371
NH HO O H2N
O N
H H3N O
Arg-152 N
H CH3
O
Asp-151
O O O O
Glu-227 Glu-119 57
Comparación esquemática entre las uniones de ácido siálico, zanamivir y

oseltamivir:
O2C O2C O2C
:X :X :X
Me Me Me
N N N
X: O H OH X: O H X: O H NH3
NH
H2N
NH2
Ácido siálico Zanamivir Oseltamivir
Fragmento de glicerol Cadena lipófila

Peramivir
•Presenta el grupo de guanidina, pero no el fragmento de glicerol. Además
está modificado en el anillo, que pasa a ser pentagonal.
•Administrado por vía intravenosa, por su elevada hidrofilia.
•Aprobado en varios países para la gripe.
•Activo en la gripe aviar.
CH3
O Cadena lipófila en lugar
OH CH3 del fragmento de glicerol
HO
NH
H2N NH
O CH3
NH
Peramivir
59
Los inhibidores de neuraminidasa se comportan como análogos del ET de la
reacción de hidrólisis del enlace ácido siálico-hemaglutinina:
OH O
HO OH
O
Ac-HN OH
HN
‡ HN NH 2
O OH OH O
OH HO OH δ
+
f Zanamivir
HO OH O
HEM. OH
O O r Analogía con el
Ac-HN Ac-HN O HEM. estado de transición
HO HO f
H A
Hemaglutinina-ácido siálico
H δ- H 3C
r A
O
H 3C
O OH
Ac-HN
- HO-HEM. H 2N
Oseltamivir
carboxilato
OH OH O
OH H 2O HO OH
HO OH
O
Ac-HN O CO2H OH
Ac-HN
HO HO
Ácido siálico
Evolución histórica de los antivirales

Antivirales 2

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His H Glu-166 NH PDB 7VH8

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Replicación ARN vírico

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José Carlos Menéndez, 2021-22 19

José Carlos Menéndez, 2021-22 20

José Carlos Menéndez, 2021-22 21

Göte et al. J. Biol. Chem. 2020, 295, 6785

José Carlos Menéndez, 2021-22 23

ARN O BASE n BASE n

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José Carlos Menéndez, 2021-22 26

E. Murakami et al. J. Biol. Chem. 2010, 285, 34337

José Carlos Menéndez 31

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Journal of Chemical Information and Modeling 2012, 52, 2245

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S. J. Matthews et al. Protein Science 2014, 23, 723

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New England Journal of Medicine 2014, 370, 1844 47

José Carlos Menéndez PLoS ONE 2011, 6(1): e15874 49

Kadam, Wilson PNAS 2017, 114, 206

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