Andrea Duarte

Biologia celular
Cells and Genomes

¨curious, intricately organized chemical factories that take in matter from their surroundings
and use these raw materials to generate copies of themselves.¨

We can now see that all living things are made of cells, and that these units of living matter
all share the same machinery for their most basic functions. Living things,
though infinitely varied when viewed from the outside, are fundamentally similar
inside. This phenomenon of heredity is central to the definition of life: it distinguishes life
from other processes.

The whole of biology is a counterpoint between the two themes:

 astonishing variety in individual particulars;
 astonishing constancy in fundamental mechanisms.

All Cells Store Their Hereditary Information in the Same Linear Chemical Code
(DNA)

Dado lo esencial e imprescindible que es el uso de las computadoras es que estamos muy familiarizados con
el termino “información” el cual usamos cotidianamente sin a veces entender que significa pero sabemos
que es una entidad mesurable, es por ello que junto con este concepto viene el de “bytes”, la unidad de
medida informática que nos permite cuantificarla.
Es también sabido que una foto por ejemplo puede ser visualizada desde distintos dispositivos. Por lo que el
código que se emplea de ceros y unos para decodificar el mensaje es de carácter universal. De esta manera
podemos “pasar” información de una computadora a otra.
Las células son análogas a las computadoras para la biología. Existe un paquete de características que nos
definen a cada ser vivo, desde el color de pelo q va a tener, hasta las proteínas que posee, las patologías que
pueda desarrollar, su carácter, etc; toda esa información que es propia de nosotros y que nos hace quienes
somos se encuentra guardada en largas cadenas de 4 eslabones elementos químicos llamados nucleótidos, y
en particular se llaman: “Adenina”, “Guanina”, “Citosina” y “Timina”, (A,G,C,T).

Entonces así como las computadoras codifican en largas cadenas de 0s y 1s, de igual forma el ADN codifica
en largas cadenas de A,G,C,T nuestra información genética. Este código (el código genético) es universal en
todas las células, así como podemos pasar una imagen del celular a la computadora, podemos insertar ADN
de un individuo en otro por ejemplo insertar el ADN de un virus en un ratón y el ratón leerá la información
genética del virus sin ningún problema, así podríamos estudiar enfermedades.

Por lo tanto la herencia seria el pasaje del código genético a otro, la habilidad de dejarle a las células hijas
una copia exacta del material genético de su progenitora, es decir la replicación de la molécula de ADN.

All Cells Replicate Their Hereditary Information by Templated Polymerization

Los nucleótidos son los bloques con los cuales se arman las fibras de ADN. Estos monómeros están
formados por una base nitrogenada (adenina, timina, guanina o citosina) y una azúcar fosfatada.
Para generar la cadena, un nucleótido se une a otro a través de su grupo fosfato, generando un enlace azúcar-
fosfato-azúcar.
Para formar la estructura característica de doble hélice del ADN, las bases nitrogenadas de los nucleótidos
de dos hebras complementarias se tienen que unir en pares de la siguiente manera:
Andrea Duarte
Citosina-Guanina
Adenina-Timina
Al mismo tiempo se unen los
nucleótidos de la nueva hebra que
está siendo sintetizada por los
puentes de fosfato antes
mencionados.
La bases nitrogenadas se unen a
su base complementaria gracias a
puentes de hidrogeno.
Para generar la segunda hebra
complementaria de ADN (y así
formar la doble hélice) debemos
primero tener una hebra molde a
la cual poder copiar, así pues la
nueva hebra tiene una secuencia
de nucleótidos complementaria a
la ya existente.

DNA and its building blocks.

(A) DNA is made from simple subunits,

called nucleotides, each consisting of a
sugar-phosphate
molecule with a nitrogen-containing
sidegroup, or base, attached to it. The
bases are of four types (adenine, guanine,
cytosine, and thymine),
corresponding to four distinct nucleotides,
labeled A, G, C, and T. (B) A single strand
of DNA consists of nucleotides joined
together by sugarphosphate
linkages. Note that the individual sugar-
phosphate units are asymmetric, giving the
backbone of the strand a definite
directionality,
or polarity. This directionality guides the
molecular processes by which the
information in DNA is interpreted and
copied in cells: the
information is always “read” in a
consistent order, just as written English
text is read from left to right. (C) Through
templated polymerization,
the sequence of nucleotides in an existing
DNA strand controls the sequence in
which nucleotides are joined together in a
new DNA strand;
T in one strand pairs with A in the other,
and G in one strand with C in the other.
The new strand has a nucleotide sequence
complementary to
that of the old strand, and a backbone with
opposite directionality: corresponding to
the GTAA... of the original strand, it
has ...TTAC.

(D) A normal DNA molecule consists of

two such complementary strands. The nucleotides within each strand are linked by strong (covalent)
chemical bonds; the complementary nucleotides on opposite strands are held together more weakly, by hydrogen bonds. (E) The two strands
twist around each other to form a double helix—a robust structure that can accommodate any sequence of nucleotides without altering its
basic structure.
Andrea Duarte

Cuando una célula madre se divide en dos células hijas, se debe generar también dos copas exactas de ADN
para que ambas tengan el mismo material genético.
Los puentes de hidrogeno que unen a las bases y mantienen unidas ambas hebras son más débiles que los
enlaces de fosfato, por eso es que la molécula puede dividirse en dos cadenas libres que servirán de molde
para que dos cadenas nuevas se sinteticen a partir de ellas.

Membrana Plasmática

Las membranas plasmáticas limitan las dimensiones de la célula separando el medio externo del citosol.
Están compuestas por lípidos y proteínas principalmente y participan no solo en la compartimentación de la
célula, también son importantes en la comunicación celular y el pasaje de información y moléculas a través
de la membrana, así como también en procesos de señalización y producción de ATP.
Son muy fluidas, los lípidos y proteínas que las componen pueden moverse en el plano de la membrana.
Su estructura es la de una bicapa lipídica impermeable que define la célula y es fácilmente observable
mediante microscopia electrónica como una banda triple.
Andrea Duarte
Ácidos grasos Los lípidos que forman parte de la membrana plasmática están
compuestos por ácidos grasos, largas cadenas carbonadas que no son muy
reactivas químicamente y un extremo que posee un grupo carboxilo (-COOH)
que se comporta como ácido carboxílico y es químicamente activo. En solución,
el grupo carboxilo se ioniza a (-COO). Todas las moléculas de ácidos grasos se
unen a otras a través de enlace covalente entre el carboxilo. Las cadenas de
carbono de los ácidos pueden estar saturadas (no poseer dobles enlaces entre los
carbonos) o insaturadas (poseer dobles enlaces entre carbonos), tanto la posición
del doble enlace como el largo de las cadenas es lo que nos permite clasificar a
todos los ácidos grasos

Las grasas saturadas

tienen un
empaquetamiento más
compacto, en comparación
a las grasas insaturadas
debido a que éstas últimas
poseen un doble enlace de
carácter rígido que
“dobla” las colas de los
acidos grasos y hacen que
ocupen más espacio

Bicapa Lipídica

Los lípidos que componen a la estructura de la membrana son

moléculas anfipáticas, es decir que una parte de ellas es hidrofóbica
(repele el agua) y otra parte es hidrofílica (tiene afinidad por el agua).
Los más abundantes son los fosfolípidos, que constan de una cabeza
hidrofílica y las colas hidrofóbicas hidrocarbonadas.

Dentro de ellos encontramos tres tipos:

 Fosfoglicéridos
 Esfingolípidos
 Esfingomielina

Esquema simplificado de la
estructura de un fosfolípido
Andrea Duarte

Otros Lípidos

Los ácidos grasos además de fosfolípidos también forman triglicéridos es decir una molécula de glicerol
unida a tres cadenas de ácidos grasos (en los fosfolípidos el glicerol está unido a dos cadenas solamente).
Por otro lado tenemos el colesterol que se clasifica dentro del grupo de los esteroides por ser un derivado
del ciclopentano, es decir que posee una estructura compuesta por anillos.
Andrea Duarte
Otro grupo son los glucolípidos, muy similares en estructura a los fosfolípidos con la diferencia de que los
glucolípidos tienen un azúcar unido al tercer carbono del glicerol en lugar de un grupo fosfato.

Fosfolípidos = glicerol + 2 ac. grasos + grupo fosfato

Glucolípidos = glicerol + 2 ac. grasos + azúcar
Triglicéridos = glicerol + 3 ac. Grasos

Formación de la Bicapa Lipídica

Los lípidos como son moléculas anfipáticas, cuando se encuentran en agua tienen a formar agregados, es
decir que se ordenan espacialmente de forma que las moléculas queden con sus partes hidrofóbicas
protegidas del agua por sus partes hidrofílicas. Pueden formar micelas, esferas (como es el caso del
colesterol) o bicapas (como los fosfolípidos).
Andrea Duarte

De ésta manera los fosfolípidos se empaquetan dejando sus colas hidrofóbicas hacia adentro
y sus cabezas hidrofílicas en contacto con el agua. El agua nunca llega a la región del medio.

Fluidez de la bicapa
Depende de la composición y la temperatura. Los fosfolípidos no están estáticos, son bastante
dinámicos dentro de la membrana.

Phase transition
Andrea Duarte
Se estudió en bicapas sintetizadas que al principio a una cierta temperatura se encontraban en
estado liquido y tenían mucha fluidez, luego si se bajaba la temperatura la bicapa se cristalizaba
pasaba a un estado en 2D mas rigido algo asi como un gel.
Luego con otra membrana con otros fosfolípidos de cadenas más cortas e insaturadas la
temperatura a la cual la membrana cambiaba de fase era menor. Es decir, que le membrana le
costaba más cristalizarse.
Los dobles enlaces de los lípidos insaturados dificultan la empaquetación y la proximidad de las
colas de los fosfolípidos al igual que poseer cadenas cortas, es mucho más difícil que las colas
puedan interactuar entre ellas por lo que la membrana se mantiene liquida a bajas temperaturas
Cuando no podemos cambiar la composición de las membranas, la fluidez depende entonces de
la temperatura.
En bacterias y levaduras por ejemplo, cuando la temperatura baja demasiado y quieren evitar la
cristalización, lo que hacen es cambiar la composición de la membrana por lípidos insaturados y
de cadenas cortas.
Cuando no podemos cambiar la temperatura, la fluidez depende de la composición.
Estado de la Membrana de fosfolípidos
T (°C) Saturados Insaturados De cadena larga De cadena corta
Normal liquidos liquido liquido liquido
Baja cristalino liquido cristalino liquido
Muy baja cristalino cristalino cristalino cristalino

Rol del Colesterol en las membranas

Recordemos que el colesterol es un lípido que posee un grupo hidroxilo (-OH) polar. Este grupo con carga
se va a unir a la cabeza polar del fosfolípido, y el resto de la molécula de colesterol queda atrapada en la
región hidrofóbica de la membrana. La parte rígida de los esteroides se une a los dos primeros carbonos de
las cadenas de los fosfolípidos, así es como la membrana gana rigidez sin necesidad de cristalizarse. Al
estar el colesterol entre medio de las colas, no permite que éstas se unan entre si y por ser muy voluminoso
contribuye a la función de barrera semipermeable que es la membrana.
Andrea Duarte
Andrea Duarte
Dominios de membrana
Hay varios lípidos que se juntan espontáneamente y forman mini dominios de membrana como pequeños
parches dinámicos que albergan proteínas. Están compuestos por fosfatilcolina, esfingomielina y colesterol.
Como las colas de los esfingolípidos son largas y saturadas, las fuerzas de Van der Waals son lo
suficientemente fuertes como para crear estas regiones denominadas balsas lipídicas, que sobresalen de la
membrana por ser de un grosor mayor debido a lo anteriormente mencionada

Gotas lipídicas
El retículo endoplasmático (RE) puede almacenar lípidos naturales como esteres de colesterol y triglicéridos
en el medio de la bicapa lipídica de éste organelo. Los lípidos se depositan allí porque no poseen grupos
polares, es decir que son enteramente hidrofóbicos.
Cuando hay demasiados lípidos dentro de la bicapa de la membrana del retículo, se formas pequeñas gotas
tridimensionales que se separan de la membrana llevándose con ellas una monocapa de fosfolípidos que las
cubre.
Cuando hay exceso de lípidos éstas gotas lipídicas se forman rápidamente en regiones especializadas del
retículo con enzimas que sintetizan lípidos.
Las gotas lipídicas se consideran organelos por estar recubiertos de membrana la cual tiene enzimas
especializadas algunas involucradas en el metabolismo de lípidos pero de muchas no se sabe su función.
Los adipocitos también poseen de estas gotas que al igual que en el retículo sirven como almacenamiento de
fuente de energía. Los adipocitos además pueden liberar ácidos grasos de ahí hacia el torrente sanguíneo y
así llegar a otras células que lo demanden.
Andrea Duarte
Andrea Duarte

PARTE III resumen del libro, capítulos 8 y 9

CAP.8 “Ways of working with cells”

Los biologos han desarrolado tecnicas para separar las celulas de un tejido y aislarlas en sub poblaciones
homogeneas que pueden ser analizadas directamente o luego de que se las deje en cultivo para que
proliferen y obtener un n mayor.
Tejido intacto, los tejidos son una buena fuente de células porque representan una fuente de material
realista con células que se encuentran en el cuerpo en si.
Lo primero que hay que hacer cuando tenemos un tejido es romper lo que lo mantiene unido, es decir la
matriz extracelular y la uniones intercelulares. Para ello se usan tratamientos con enzimas proteolíticas
como tripsina y colagenasa para digerir las proteínas de la matriz extracelular y con agentes como por
ejemplo EDTA, que se unen al calcio del cual dependen las uniones celulares. El tejido finalmente puede
ser disgregado en sus componentes.
Proteinas, la obtención de proteínas muchas veces requiere de un cultivo enriquecido en cierta celula
especifica de interés.

Formas de separar células de una muestra heterogenea.

fluorescence-activated cell sorter
Se elige un ab que se une a la superficie de un tipo
celular en especifico, la muestra pasa por un laser y la
flueresencia de cada celula que pasa x el laser es
medida. Se generan pequeñas gotas de la muestra que
pueden contener o no una unica celula. Las que
contienen una celula se les asigna una carga positiva o
negativa dependiendo de si la celula es fluorescente o
no son clasificadas en distintos contenedores mediante
la acción de un campo magnético.

Figure 8–2 A fluorescence-activated cell sorter. A cell passing

through the laser beam is monitored for fluorescence.
Droplets containing single cells are given a negative or
positive charge, depending on whether the cell is fluorescent
or not. The droplets are then deflected by an electric field
into collection tubes according to their charge. Note that the
cell concentration must be adjusted so that most droplets
contain no cells and flow to a waste container together with
any cell clumps.
Andrea Duarte
Cultivos celulares
Se pueden hacer a partir de explantos (fragmentos de tejidos) o de células en suspensión que se pueden
obtener de la disgregación del tejido.
A diferencia de las bacterias por lo general las células no crecen en suspensión y necesitan de fijarse a
algun tipo de sustrato que si estamos trabajando in vitro es el piso de la misma placa de Petri cada celula
varia en sus requerimientos para crecer y proliferar, la celula necesita que la superficie donde se adhiera
sea cubierta con materiales como polylysina o componentes de matriz extracelular que sean atractivas
para que la celula se una.
Cultivos primarios
Los que se generan directamente a partir de un tejido extraido de un organismo . Los cultivos primarios
pueden ser removidos de la placa de Petri ser sembrados nuevamente en otra, “Pasajes”
Shock de cultivo
Las células en cultivo eventualmente empiezan a morir ya que tienen un numero limitado de divisiones, sin
embargo algunas líneas celulares pueden ser inmortalizadas mediante ingeniería genética, no obstante
este truco no sirve para todas, y por ejemplo hay algunas células humanas que no pueden ser
inmortalizadas ya que las condiciones en el cultivo causan un exceso de mitogenos, estos factores que
actúan en el ciclo celular estimulando la división, generan una señal que activa un mecanismo de
protección que detiene la división. Este fenómeno es lo que se conoce como Shock en el cultivo
Para inmortalizar un cultivo se puede inactivar este mecanismo de protección que impide la proliferación
mediante la introducción de oncogenes.
Telomeros , en células humanas el largo de los telomeros se acorta con cada división por lo que cada vez
hay menos probabilidad de que la celula haga una nueva división, esto se puede modificar mediante
ingeniería genética introduciendo el gen que codifica para una unidad catalítica de la enzima telomerasa
que es la mantiene a los telomeros.
En roedores los telomeros no se acortan con cada división por lo que se puede inmortalizar una línea de
células simplemente evitando que se del shock en el cultivo. De igual forma las células de los roedores a
menudo sufren cambios genéticos espontaneos que inactivan el mecansimo de protección.
Fracciones celulares
Formas de extraer el contenido de dentro de una celula.
Lisado celular: shock osmótico, disgregación mecánica, vibración ultrasónica. La lisis celular rompe la
membrana plasmática de la celula pero no la de ciertos organelos que quedan intactos: mitocondria,
peroxisomas, cloroplastos, nucleos, aparato de Golgi, lisosomas.
El homogenato (el liquido que queda y que representa la celula lisada) se separa en distintas fracciones
celulares que contienen componentes distintivos mediante centrifugación diferencial.
La centrifugación es el primer paso para hacer fracciones pero separa organelos que son muy diferentrs en
tamaño.
Andrea Duarte
Figure 8–6 Cell fractionation by centrifugation. Repeated centrifugation at
progressively higher speeds will fractionate homogenates of cells into their
components. In general, the smaller the subcellular component, the greater the
centrifugal force required to sediment it. Typical values for the various
centrifugation steps referred to in the figure are:

low speed: 1000 times gravity for 10 minutes

medium speed: 20,000 times gravity for 20 minutes

high speed: 80,000 times gravity for 1 hour

very high speed: 150,000 times gravity for 3 hours

Otra forma de separar en fracciones un homogenato es depositandolo sobre un

tubo que contenga una solución salina con un gradiente de concentraccion. De esta
forma la densidad en el tubo varia en cada momento. El homogenato entonces
sedimentara a distintas velocidades y se observaran bandas que corresponden a
cada fracción celular. Las bandas se pueden recolectar luego individualmente. La
velocidad de sedimentación de cada una depende de la forma y tamaño de su
componente y se describe como el coeficiente S. Las bandas se forman porque cada
componente del homogenato empieza a migrar hacia el fondo del tubo hasta que
se topa con una densidad que sea igual a la densidad del componente.

Comparison of velocity sedimentation and equilibrium

sedimentation.

(A) In velocity sedimentation, subcellular components sediment

at different speeds according to their size and shape when
layered over a solution containing sucrose. To stabilize the
sedimenting bands against convective mixing caused by small
differences in temperature or solute concentration, the tube
contains a continuous shallow gradient of sucrose, which
increases in concentration toward the bottom of the tube
(typically from 5% to 20% sucrose). After centrifugation, the
different components can be collected individually, most simply
by puncturing the plastic centrifuge tube with a needle and
collecting drops from the bottom, as illustrated here.

(B) In equilibrium sedimentation, subcellular components move

up or down when centrifuged in a gradient until they reach a
position where their density matches their surroundings.
Although a sucrose gradient is shown here, denser gradients,
which are especially useful for protein and nucleic acid
separation, can be formed from cesium chloride. The final
bands, at equilibrium, can be collected as in (A).
Andrea Duarte
Separacion de proteinas por cromatografia

En columna: una solución que contiene una mezcla de proteínas se

pasa por una columna que contiene una matriz porosa, dependiendo
del tipo de matriz que se elija se separan las proteínas por tamaño,
carga, hidrofobicidad o afinidad con otras moléculas.
The separation of molecules by column chromatography. The sample, a
solution containing a mixture of different molecules, is applied to the top of
a cylindrical glass or plastic column filled with a permeable solid matrix, such
as cellulose. A large amount of solvent is then passed slowly through the
column and collected in separate tubes as it emerges from the bottom.
Because various components of the sample travel at different rates through
the column, they are fractionated into different tubes.

Three types of matrices used for chromatography.

(A) In ion-exchange chromatography, the insoluble matrix carries ionic charges that retard the movement of
molecules of opposite charge. Matrices used for separating proteins include diethylaminoethylcellulose (DEAE-
cellulose), which is positively charged, and carboxymethylcellulose (CM-cellulose) and phosphocellulose, which are
negatively charged. Analogous matrices based on agarose or other polymers are also frequently used. The strength
of the association between the dissolved molecules and the ion-exchange matrix depends on both the ionic strength
and the pH of the solution that is passing down the column, which may therefore be varied systematically to achieve
an effective separation. (B) In gel-filtration chromatography, the small beads that form the matrix are inert but
porous. Molecules that are small enough to penetrate into the matrix beads are thereby delayed and travel more
slowly through the column than larger molecules that cannot penetrate. Beads of crosslinked polysaccharide
(dextran, agarose, or acrylamide) are available commercially in a wide range of pore sizes, making them suitable for
the fractionation of molecules of various molecular mass, from less than 500 daltons to more than 5 × 106 daltons.
(C) Affinity chromatography uses an insoluble matrix that is covalently linked to a specific ligand, such as an antibody
molecule or an enzyme substrate, that will bind a specific protein. Enzyme molecules that bind to immobilized
substrates on such columns can be eluted with a concentrated solution of the free form of the substrate molecule,
while molecules that bind to immobilized antibodies can be eluted by dissociating the antibody–antigen complex
with concentrated salt solutions or solutions of high or low pH. High degrees of purification can be achieved in a
single pass through an affinity column.

ELECTROFORESIS
Andrea Duarte
SDS-PAGE
Separar proteinas segun su carga electrica mediante una electroforesis en gel de polyacrylamide, el gel se
hace mediante la polimerización de monómeros de polyacrylamida, se pueden utilizar ditintas
concentraciones para generar una matriz con el poro de interés.
SDS – es un detergente que se une a las regiones hidrofóbicas de la prot. se utiliza xa desnaturalizar la
proteína y que migre libremente por el gel sin estar unida a ninguna otra molecula
β-mercaptoethanol – agente reductor que se utiliza para romper puentes disulfuro S-S
azul de comassie – colorante utilizado para teñir las proteínas en el gel de electroforesis y permitir su
visualización.
Espectrometria de masas para determinar proteínas desconocidas

Figure 8–18 The mass spectrometer. (A) Mass spectrometers used in biology contain an ion source that generates
gaseous peptides or other molecules under conditions that render most molecules positively charged. The two major
types of ion source are MALDI and electrospray, as described in the text. Ions are accelerated into a mass analyzer,
which separates the ions on the basis of their mass and charge by one of three major methods: 1. Time-of-flight
(TOF) analyzers determine the massto-charge ratio of each ion in the mixture from the rate at which it travels from
the ion source to the detector. 2. Quadropole mass filters contain a long chamber lined by four electrodes that
produce oscillating electric fields that govern the trajectory of ions; by varying the properties of the electric field over
a wide range, a spectrum of ions with specific mass-to-charge ratios is allowed to pass through the chamber to the
detector, while other ions are discarded. 3. Ion traps contain doughnut-shaped electrodes producing a three-
dimensional electric field that traps all ions in a circular chamber; the properties of the electric field can be varied
over a wide range to eject a spectrum of specific ions to a detector

Mass spectrometry is performed using complex instruments with three major components (Figure 8–18A). The first
is the ion source, which transforms tiny amounts of a peptide sample into a gas containing individual charged
peptide molecules. These ions are accelerated by an electric field into the second component, the mass analyzer,
where electric or magnetic fields are used to separate the ions on the basis of their mass-to-charge ratios. Finally,
the separated ions collide with a detector, which generates a mass spectrum containing a series of peaks
representing the masses of the molecules in the simple.

Sets o complejos de proteinas tambien pueden ser identificados, ya que las proteinas en las celulas
trabajan normalmente en conjunto uniendose a otras, los complejos tambien aportan información, para
una proteína desconocida se puede estudiar primero con que otras proteínas se une.
Una forma de analizar complejos es con co-inmunopresipitacion. Donde se usan anticuerpos para detectar
una proteína de interés y luego precipita del lisado, si se une lo suficientemente fuerte con otras proteínas,
estas precipitaran también y luego pueden ser identificadas con espectrometría de masas
Andrea Duarte
Cap. 9 Visualizacion de células

Microscopia Optica. The Light Microscope Can Resolve Details 0.2 μm Apart
La ventaja es que la luz utilizada no es destructiva para la muestra pero sin embrago la
resolución de la imagen esta limitada por la longitud de onda de la luz visible (about 0.4 μm (for
violet) to 0.7 μm (for deep red)).

Celulas animales: entre 10-20 um en diámetro, sin color y traslucidas.

Mitocondrias: 500 nm, son los organelos mas pequeños que podemos observar con un
microscopio óptico.
Figure 9–4 Interference between light waves. When two
light waves combine in phase, the amplitude of the
resultant wave is larger and the brightness is increased.
Two light waves that are out of phase cancel each other
partly and produce a wave whose amplitude, and therefore
brightness, is decreased.

NUMERICAL APERTURE: n sin θ in the

equation above is called the numerical
aperture of the lens and is a function
of its lightcollecting ability. For dry
lenses this cannot be more than 1, but
for oil-immersion lenses it can be as
high as 1.4. The higher the numerical
aperture, the greater the resolution
and the brighter the image (brightness
is important in fluorescence
microscopy). However, this advantage
does necessitate very short working
distances and a very small depth of
field.

Figure 9–6 Numerical aperture. The path of light rays passing through a transparent specimen in a microscope
illustrates the concept of numerical aperture and its relation to the limit of resolution.

Microscopia de contraste de fases o contraste interferencial diferencial

Para ver células vivas con claridad
Andrea Duarte
Phase-contrast, differential-interference-contrast, and dark-field microscopy make it possible to watch the
movements involved in such processes as mitosis and cell migration. Since many cellular motions are too slow to be
seen in real time, it is often helpful to make time-lapse movies in which the camera records successive frames
separated by a short time delay, so that when the resulting picture series is played at normal speed, events appear
greatly speeded up. When light passes through a living cell, the phase of the light wave is changed according to the
cell’s refractive index: a relatively thick or dense part of the cell, such as a nucleus, slows the light passing through it.
The phase of the light, consequently, is shifted relative to light that has passed through an adjacent thinner region of
the cytoplasm (Figure 9–7C). The phase-contrast microscope and, in a more complex way, the differential-
interference-contrast microscope increase these phase differences so that the waves are more nearly out of phase,
producing amplitude differences when the sets of waves recombine, thereby creating an image of the cell’s structure

Figure 9–7 Contrast in light microscopy. (A) The stained portion of the cell will absorb light of some wavelengths,
which depends on the stain, but will allow other wavelengths to pass through it. A colored image of the cell is
thereby obtained that is visible in the normal bright-field light microscope. (B) In the dark-field microscope, oblique
rays of light focused on the specimen do not enter the objective lens, but light that is scattered by components in
the living cell can be collected to produce a bright image on a dark background. (C) Light passing through the
unstained living cell
experiences very little
change in amplitude, and
the structural details cannot
be seen even if the image is
highly magnified. The phase
of the light, however, is
altered by its passage
through either thicker or
denser parts of the cell, and
small phase differences can
be made visible by exploiting
interference effects using a
phase-contrast or a
differential-interference-
contrast microscope.
Andrea Duarte
Four types of light microscopy. Four images are shown of the same fibroblast cell in culture. All images can be
obtained with most modern microscopes by interchanging optical components. (A) Bright-field microscopy, in which
light is transmitted straight through the specimen. (B) Phase-contrast microscopy, in which phase alterations of light
transmitted through the specimen are translated into brightness changes. (C) Differential-interference-contrast
microscopy, which highlights edges where there is a steep change of refractive index. (D) Dark-field microscopy, in
which the specimen is lit from the side and only the scattered light is seen.

Microscopia de fluorescencia

Se utiliza para observer proteinas o elementos de la celula que hemos teñido con
fluorocromos o que son fluorescents, es muy similar al microscopio óptico solo que éste
tiene dos filtros para la fuente de luz, el primero filtra la luz dejando pasar solo aquella
longitud de onda que excita al fluoroforo y el segundo filtra la luz dejando pasar solo la
longitud de onda que emite el fluoroforo.

Figure 9–12 Fluorescence and the fluorescence microscope. (A) An orbital electron of a fluorochrome molecule can
be raised to an excited state following the absorption of a photon. Fluorescence occurs when the electron returns to
its ground state and emits a photon of light at a longer wavelength. Too much exposure to light, or too bright a light,
can also destroy the fluorochrome molecule, in a process called photobleaching. (B) In the fluorescence microscope,
a filter set consists of two barrier filters (1 and 3) and a dichroic (beam-splitting) mirror (2). This example shows the
filter set for detection of the fluorescent molecule fluorescein. High-numerical-aperture objective lenses are
especially important in this type of microscopy because, for a given magnification, the brightness of the fluorescent
image is proportional to the fourth power of the numerical aperture (see also Figure 9–6).

Microscopio confocal
Produce secciones opticas excluyendo la luz fuera de foco. Se obtiene un resultado similar a cuando
hacemos una deconvolución en una imagen (excluir los planos de blur). Por lo gral se usa con especímenes
que emiten fluoresencia pero difiere del microscopio de fluoresencia estándar
La diferencia es que en vez de iluminar todo el espécimen de una, se enfoca un punto de luz a una región
especifica a una profundidad especifica en el espécimen. La luz con la que se ilumina es un laser que pasa
por un pinhole hacia la muestra, luego la fluoresencia emitida es recolectada por un detector de luz y se
usa para generar la imagen.
Andrea Duarte
A pinhole aperture is placed in front of the detector, at a position that is confocal with the illuminating pinhole—that
is, precisely where the rays emitted from the illuminated point in the specimen come to a focus. Thus, the light from
this point in the specimen converges on this aperture and enters the detector. By contrast, the light from regions out
of the plane of focus of the spotlight is also out of focus at the pinhole aperture and is therefore largely excluded
from the detector

Figure 9–19 The confocal fluorescence

microscope. (A) This simplified diagram shows
that the basic arrangement of optical
components is similar to that of the standard
fluorescence microscope shown in Figure 9–
12, except that a laser is used to illuminate a
small pinhole whose image is focused at a
single point in the threedimensional (3-D)
specimen. (B) Emitted fluorescence from this
focal point in the specimen is focused at a
second (confocal) pinhole. (C) Emitted light
from elsewhere in the specimen is not
focused at the pinhole and therefore does
not contribute to the final image. By scanning
the beam of light across the specimen, a very
sharp two-dimensional image of the exact
plane of focus is built up that is not
significantly degraded by light from other regions of the specimen.

Figure 9–26 Fluorescence resonance

energy transfer (FRET). To determine
whether (and when) two proteins
interact inside a cell, the proteins are
first produced as fusion proteins
attached to different color variants
of green fluorescent protein (GFP).
(A) In this example, protein X is
coupled to a blue fluorescent
protein, which is excited by violet
light (370–440 nm) and emits blue
light (440–480 nm); protein Y is
coupled to a green fluorescent
protein, which is excited by blue
light (440–480 nm) and emits green
light (510 nm). (B) If protein X and Y
do not interact, illuminating the
sample with violet light yields fluorescence from the blue fluorescent protein only. (C) When protein X and protein Y
interact, the resonance transfer of energy, FRET, can now occur. Illuminating the sample with violet light excites the
blue fluorescent protein, which transfers its energy to the green fluorescent protein, resulting in an emission of
green light. The fluorocromes must be quite close together—within about 1–5 nm of one another—for FRET to
occur. Because not every molecule of protein X and protein Y is bound at all times, some blue light may still be
detected. But as the two proteins begin to interact, emission from the donor blue fluorescent protein falls as the
emission from the acceptor GFP rises.

In this technique, two molecules of interest are each labeled with a different fluorocrome, chosen so that the
emission spectrum of one fluorocrome, the donor, overlaps with the absorption spectrum of the other, the acceptor.
Andrea Duarte
If the two proteins bind so as to bring their fluorocromes into very close proximity (closer than about 5 nm), one
fluorocrome, when excited, can transfer energy from the absorbed light directly (by resonance, nonradiatively) to
the other. Thus, when the complex is illuminated at the excitation wavelength of the first fluorochrome, fluorescent
light is produced at the emission wavelength of the second. . The FRET can be measured by quantifying the reduction
of the donor fluorescence in the presence of the acceptor.

Figure 9–28 Photoactivation.

Photoactivation is the light-induced
activation of an inert molecule to an
active state. In this experiment,
shown schematically in (A), a
photoactivatable variant of GFP is
expressed in a cultured animal cell.
(B) Before activation (time 0 sec),
little or no GFP fluorescence is
detected in the selected region (red
circle) when excited by blue light at
488 nm. After activation of the GFP
with an ultraviolet laser pulse at 413
nm, it rapidly fluoresces brightly in
the selected region (green). The
movement of GFP, as it diffuses out of this region, can be measured. Since only the photoactivated proteins are
fluorescent within the cell, the trafficking, turnover, and degradative pathways of proteins can be monitored.

A third way to exploit GFP fused to a protein of interest is known as fluorescence recovery after
photobleaching (FRAP). Here, one uses a strong focused beam of light from a laser to extinguish the GFP
fluorescence in a specified region of the cell, after which one can analyze the way in which remaining
unbleached fluorescent protein molecules move into the bleached area as a function of time.

Microscopia Electronica
In an electron microscope with an accelerating voltage of 100,000 V, the wavelength of an electron is 0.004
nm. In theory, the resolution of such a microscope should be about 0.002 nm, which is 100,000 times that
of the light microscope. Furthermore, problems of specimen preparation, contrast, and radiation damage
have generally limited the normal effective resolution for biological objects to 1 nm (10 Å).
Tincion negativa
Permite ver macromoleculas a alta resolucion si son sombreadas con un metal pesado para dar contraste.
Se puede ver ADN, proteínas grandes , ribosomas agregados macromoleculares, viruses, etc en detalle con
la tinción negativa.
Con esta técnica las moléculas se dejan en una película de carbono y se mezcla con una solución salina de
metales pesados como acetato de uranilo. Luego de que la muestra seca una película fina de la sal pesada
cubre la película de carbono en todos lados menos en donde hay presencia de la macromolecula.
La macromolecula deja pasar los electrones mucho mejor que los alrededores teñidos negativamente lo
que provoca un gran contraste en las superficies
En la tinción negativa lo que vemos es la envoltura de una exclusión alrededor de una particula, la silueta.
Andrea Duarte
Criomicroscopia electrónica
Es de mayor resolución que la anterior y permite ver el interior de estructuras 3D como viruses y
organelos. La clave es congelar la muestra, una suspensión acuosa muy fina de 100 nm aprox que contiene
la muestra es congelada con un refrigerante. La muestra se mantiene dentro del microscopio a ‘160°C
donde se observa directamente sin fijarla teñirla o secarla. Se produce una imagen de la estructura
macromolecular en si pero el contraste es muy bajo en este tipo de microscopia
Microscopia electrónica de barrido
Un haz de electrones “barre” la superficie de una muestra y se produce una imagen de la estructura
tridimensional de la superficie misma del espécimen, la imagen da una sensación de que esta en 3D. La
diferencia con la microscopia electrónica de transmisión es que en esta los electrones atraviesan la
muestra para formar una imagen, el MEB usa electrones que son dispersados o emitidos por la muestra.
El espécimen es fijado, deshidratado y cubierto con una capa fina de metales pesados y se escanea con el
haz de electrones. Primero se barre con un haz pequeño de electrones, los que son dispersados se
detectan y se usan para controlar la intensidad de electrones del segundo haz que se mueve en sincronía
con el primero hasta que se produce la imagen completa. Esta técnica provoca una gran profundidad y
como la cantidad de electrones depende del angulo entre el haz y la superficie del espécimen la imagen
tiene sombras y luces lo que le da el aspecto de 3D.
Solo se pueden observar características superficieles para analizar una estructura por dentro lo mejor es la
criofractura o criomicroscopia electrónica. La resolución que se obtiene no es tan alta, 10 nm. Esta técnica
se usa para ver células y tejidos mas que para ver organelos.
Scanning electron microscopy. (A) A scanning electron micrograph of the stereocilia projecting from a hair cell in the
inner ear of a bullfrog. For comparison, the same structure is shown by (B) differential-interferencecontrast light
microscopy (Movie 9.3) and (C) thin-section transmission electron microscopy.
Andrea Duarte
Organización y Actividades Funcionales del Nucleo Interfasico

In Eukaryotes, DNA Is Enclosed in a Cell Nucleus As described in Chapter 1, nearly all the DNA in a eukaryotic cell is
sequestered in a nucleus, which in many cells occupies about 10% of the total cell volume. This compartment is
delimited by a nuclear envelope formed by two concentric lipidbilayer membranes. These membranes are punctured
at intervals by large nuclear pores, through which molecules move between the nucleus and the cytosol. The nuclear
envelope is directly connected to the extensive system of intracellular membranes called the endoplasmic reticulum,
which extend out from it into the cytoplasm. And it is mechanically supported by a network of inter - mediate
filaments called the nuclear lamina—a thin feltlike mesh just beneath the inner nuclear membrane. The nuclear
envelope allows the many proteins that act on DNA to be concen - trated where they are needed in the cell, and, as
we see in subsequent chapters, it also keeps nuclear and cytosolic enzymes separate, a feature that is crucial for the
proper functioning of eukaryotic cells.

Secuencias de ADN importantes

1- Un tipo de secuencia especifica del ADN se encarga de dar origen a la replicación, el lugar donde
comienza a duplicarse el ADN. El ADN eucariota tiene muchos orígenes de replicación para que sea
mas rápida la duplicación cromosómica.
2- Luego de que se duplican se condensan y forman el cromosoma mitótico. Hay una segunda
secuencia importante que determina el centrómero, que permite que cada cromatida hermana sea
separada una para cada celula hija cuando la celula se divide. Existe un complejo de proteínas
llamado cinetocoro y pega los cromosomas duplicados al huso mitótico permitiendo que sean
separados luego.
3- La tercer secuencia especializada del ADN forma los telomeros, los telomeros contienen secuencias
repetidas, su función es proteger los extremos del cromosoma para que no sean confundidos por
una molecula de ADN que necesita ser reparada

Figure 4–19 The three DNA

sequences required to produce a
eukaryotic chromosome that can
be replicated and then
segregated accurately at mitosis.
Each chromosome has multiple
origins of replication, one
centromere, and two telomeres.
Shown here is the sequence of
events that a typical chromosome
follows during the cell cycle. The
DNA replicates in interphase,
beginning at the origins of
replication and proceeding
bidirectionally from the origins
across the chromosome. In M
phase, the centromere attaches the duplicated chromosomes to the mitotic spindle so that a copy of the entire
genome is distributed to each daughter cell during mitosis; the special structure that attaches the centromere to the
spindle is a protein complex called the kinetochore (dark green). The centromere also helps to hold the duplicated
chromosomes together until they are ready to be moved apart. The telomeres form special caps at each
chromosome end.
Andrea Duarte
Empaquetado del ADN
Los cromosomas son la forma de ADN mas condensada que existe y se observan
en la mitosis, cromosomas mitóticos. Los cromosomas interfasicos también se
encuentran bastante condensados aunque en menor medida. La estructura de los
cromosomas es muy dinámica, en interfase, ciertas regiones se descondensan
para permitir el acceso a secuencias especificas de ADN para la expresión de
genes, reparacion y replicación.
El empaquetamiento es llevado a cabo por proteínas que se unen al ADN y forman
distintas estructuras, las proteínas se dividen en dos clases: Histonas y no-
histonas. -> Forman la cromatina.

Nucleosomas
El primer y mas básico nivel de empaquetamiento del ADN, llevado a cabo por
histonas. En el nucleo interfasico la cromatina se encuentra como una fibra de
30nm que si se la descondensa con algun tratameinto se observa la estructura
característica de “un collar de cuentas” donde cada cuenta es un nucleosoma.
Para aislar el nucleosoma y estudiarlo se digiere el adn con nucleasas que cortan
el adn entre los nucleosomas dejándolos libres.
En cada nucleosoma se forman 142 puentes de hidrogeno entre el ADN y el nucleo de
histonas. En todos los nucleosomas siempre la quinta parte de aminoacidos son lysina y arginina con carga positiva
que bloquean la carga negativa del adn.

El ADN da 1.7 vueltas en un nucleosoma, en esas vueltas la parte del ADN

que queda en contacto directo con las histonas debe comprimirse. Ciertos
nucleotidos en el surco son faciles de comprimir y alguna secuencias se
unen al nucleosoma mas fuerte que otras. Este comportamiento puede
explicar por que hay posiciones muy precisas de ciertos nucleosomas en
una hebra de ADN.

Cada Histona deja por fuera del nucleo a sus colas N-terminal. Estas colas
pueden generar modificaciones covalentes en el ADN que pueden
modificar la estructura y funcion de la cromatina. Las histones son
proteinas altamente conservadas evolutivamente

Los nucleosomas son dinámicos, no permanecen siempre en la

misma posición, sino causarían problemas a la hora de leer los genes.
El ADN alrededor del nucleosoma esta constantemente
enroollandose y desenrrollandose lo que deja el adn expuesto (entre
10 y 50 ms) para unirse con otras proteínas
En la cromatina existen complejos remodeladores que hidrolizan
ATP. Se unen a la doble hélice de adn y a las proteínas del
nucleosoma y usan la energía de la hidrolisis para mover el ADN del
nucleosoma, haciendo que este mas suelto o menos atado a este
generando asi que cambie la estructura de la cromatina
temporalmente. Pueden reposicionar los nucleosomas a otras
regiones para poder exponer regiones de interés del ADN.
Andrea Duarte
Otros complejos remodeladores también pueden eliminar parcial o totalmente el nucleo de histonas del
nucleosoma y que sea remplazado por otro.
La celula contiene docenas de complejos remodeladores de cromatina, su actividad es rigurosamente
controlada. Cuando se necesita de la expresión de un gen por ejemplo, los complejos son llevados hasta la
región de interés para que actúan sobre el ADN dejándolo expuesto, actuando localmente sobre la
estructura de la cromatina

Proteinas no histonas : Este tipo de proteínas se encuentran unidas al ADN son la principal influencia sobre
la posición de los nucleosomas. Algunas favorecen la formación de un nucleosoma cercana a ellas y otras
generan obstáculos para justamente en esa zona no se pueda desarrollar uno
Por lo tanto la posición del nucleosoma depende de la naturaleza de las proteínas que se encuentran
unidas al ADN y que no forman parte de la familia de las histonas mientras que la dinámica de los
nucleosomas esta dada por los complejos remodeladores de cromatina que actúan según la necesidad de
la celula.
Los nucleosomas se compactan aun mas para generar una fibra de cromatina de 30 nm, es poco común
que se encuentren en la forma de “cuentas de un collar”, sino que se enrolla formando complejos de 4
nucleosomas que se unen entre ellos a travez de la cola H4 y de una histona adicional la H1 que se une a
ambos nucleosomas en contacto para unirlos y cambia la dirección de salida del ADN lo que ayuda a que se
compacte el ADN nucleosomal.

Cromatina, estructura y funcion

La estructura de la cromatina puede ser heredada como una forma de epigenetica, no necesariamente
cambios en la secuencia de ADN en si sino que en la forma en la que este se encuentra.

Heterocromatina
Andrea Duarte
Muy organizada y condensada, suprime genes. La heterocromatina es la cromatida mas condenasa
genéticamente inactiva puede ser porque no contiene adn codificante o que hayan sido genes que se
apagaron por alguna razón. Como sea la heterocromatina puede o no contener ADN codificante que puede
o no expresarse, es decir son dominios que comparten la caracteristida de ser inusualmente reacios a la
expresión génica.
Se concentra en regiones como los centrómeros y telomeros generalmente aunque también puede estar
en otras regiones del cromosoma dependiendo del estado fisiológico de la celula.
Fenomeno de posición
La heterocromatina genera heterocromatina, ya sea natural o artificialmente una región eucromatica si se
encuentra cerca de una región heterocromatica puede ser translocadaa su vecindad y a menudo cause el
silenciamiento de genes normalmente activados. Estos genes una vez pasan a formar parte de la
heterocromatina pueden ser heredados asi en esa forma silenciada, por lo que si bien la secuencia de ADN
no cambio, la estructura si y la progenie por ende tendrá ese gen en estado de heterocromatina y no lo
expresara.
Una forma entonces de modificar los genes es mediante la estructura de la cromatina haciendo que un gen
pase a formar parte de la heterocromatina, esto sucede debido a otros genes que funcionan como
potenciadores o silenciadores de otros. Los genes potenciadores estimularan que un gen de interés se
exprese y los silenciadores harán que pase a formar parte de la heterocromatina para que sea silenciado.
Mucho de estos genes potenciadores y silenciadores codifican para proteínas del tipo no-histonas y que
interactúan con las histonas y están involucradas en el mantenimiento y modificación de la cromatina pero
modificaciones en las histonas mismo también pueden contribuir a la estructura.

Modificaciones en las histonas

Las colas de las histonas estas predispuestas a sufrir modificaciones covalentes. La modificaciones son
reversibles existen enzimas que generan una modificación especifica (acetilación, metilación, fosforilacion)
y otras que la deshacen, ejemplo:

 HATS’s -> Histone acetil transferasa, agrega un grupo acetilo a una lisina.
 HDAC’s -> Histone deacetilasa complex, revierte lo anterior
Tambien hay histonas que metilan y otras que desmetilan. Que cualquiera de estas proteínas que
modifican histonas sea requerida depende de “factores transcripcionales” que son proteínas regulatorias
de la transcripción, estos factores se unen al ADN y determinan cuando y donde actuaran las enzimas
modificadoras de las histonas por ende de la cromatina.
Existen distintos tipos de modificaciones covalentes en distintos grupos de nucleosomas,estas
modificaciones tienen consecuencias importantes sobre el genoma.

 Acetilacion de la lys -> reduce la afinidad de las colas de las histonas a unirse con nucleosomas
cercanos lo que hace que la estructura de la cromatina se vuelva mas laxa.
 Trimetilacion de la lys en la cola H3 -> atrae a la proteína HP1 que estimula el establecimiento y la
propagación de la heterocromatina
Modificaciones covalentes actúan para controlar la función de los cromosomas
Código de histonas
Andrea Duarte
El ADN tiene señalas que indican si éste necesita ser
reparado, si fue recientemente duplicado o si es un
gen que necesita ser expresado. Estas señales son
determinadas por combinaciones especificas de
histonas y de modificaciones en ellas para que
luego otros complejos proteicos lean la señal ya que
reconocen modificaciones y variantes especificas en
las histonas, estas marcas que se dejan sobre el
ADN pueden ser alteradas según la necesidad de la
celula.
Figure 4–40 How the recruitment of a reader–writer
complex can spread chromatin changes along a
chromosome. The writer is an enzyme that creates a
specific modification on one or more of the four
nucleosomal histones. After its recruitment to a specific
site on a chromosome by a transcription regulatory
protein, the writer collaborates with a reader protein to
spread its mark from nucleosome to nucleosome by
means of the indicated reader–writer complex. For this
mechanism to work, the reader must recognize the
same histone modification mark that the writer
produces; its binding to that mark can be shown to
activate the writer. In this schematic example, a
spreading wave of chromatin condensation is thereby induced. Not shown are the additional proteins involved,
including an ATP-dependent chromatin remodeling complex required to reposition the modified nucleosomes.

La cromatina de los centromeros

Las formas de modificar la cromatina puede ser mediante modificaciones covalentes en las histonas o
mediante el uso de variantes alternativas a ellas. Los nucleosomas de la cromatina en los centrómeros se
caracterizan por tener variantes de histonas que producen marcas en el ADN que son duraderas. La
cromatina de los centrómeros contiene una variante de H3 conocida como CENP-A (centromere protein A)
y además proteínas adicionales que empacan los nucleosomas en arreglos particularmente densos que
forman el cinetocoro. El nucleosoma que se forma es especifico de esa región del cromosoma y el ADN es
ADN satélite. Este tipo de ordenamiento de la cromatina en los centrómeros es heredable
La estructura de la cromatina es importante para la función de los cromosomas eucariotas.

CROMOSOMAS
Cromosomas interfasicos
Empaquetamiento del ADN mas alla de la fibra de 30 nm. En
los cromosomas interfasicos la fibra se dobla en una serie de
loops, este empaquetamiento es fluido y dinamico
frecuentemente cambiando acorde la necesidad de la celula
Figure 4–49 A model for the organization of an interphase
chromosome. A section of an interphase chromosome is shown
folded into a series of looped domains, each containing perhaps
Andrea Duarte
50,000–200,000 or more nucleotide pairs of double-helical DNA condensed into a chromatin fiber. The chromatin in
each individual loop is further condensed through poorly understood folding processes that are reversed when the
cell requires direct access to the DNA packaged in the loop. Neither the composition of the postulated chromosomal
axis nor how the folded chromatin fiber is anchored to it is clear. However, in mitotic chromosomes, the bases of the
chromosomal loops are enriched both in condensins (discussed below) and in DNA topoisomerase II enzymes

(discussed in Chapter 5), two proteins that may form much of the axis at metaphase. At low resolution, the
interphase chromosome can therefore be considered as a mosaic of chromatin structures, each containing particular
nucleosome modifications associated with a particular set of non-histone proteins

Los loops de cromatina se descondensan cuando los genes en ellos son expresados y cuando no son
expresados el loop adopta una estructura mas condensada. Un loop constituye un dominio funcionalmente
distintivo de cromatina. En el nucleo interfasico la región que ocupa determinada longitud de ADN puede
ser del tamaño de un punto u ocupar un territorio mayor cuando los genes de esa sección son expresados.
Cada uno de los 46 cromosomas ocupa territorios específicos dentro de nucleo interfasico, lo que significa
que no están todos mezclados entre ellos. Lo que si se mantiene constante es que las regiones de
heterocromatina se disponen hacia la periferia del nucleo asociada a la lamina nuclear y la eucromatina se
concentra en el centro.
Sin embargo la cromatina puede moverse dentro del
nucleo y una región que de repente se torne
genéticamente activa puede extenderse por fuera de
su territorio cromosómico como cuando un loop se
extiende. La posición de un gen con respecto al
nucleo cambia cuando este se vuelve activo
transcripcionalmente.

Cromosomas mitóticos
“The two DNA molecules produced by DNA replication during interphase of the cell-division cycle are separately
folded to produce two sister chromosomes, or sister chromatids, held together at their centromeres, as mentioned
earlier. These chromosomes are normally covered with a variety of molecules, including large amounts of RNA–
protein complexes”

Altamente condensados, es el ultimo nivel de compactacion de la cromatina que se obtiene en metaphase,

cuando esto sucede las cromatidas hermanas han sido condensadas de modo que son independientes una
de otra yuxtapuestas asi pueden ser fácilmente separadas y ademas el grado de compactacion protege el
ADN relativamente frágil para que no se rompa cuando se separan las cromatidas hermanas.
Andrea Duarte
La condensación empieza en la fase M del ciclo celular cuando la expresión génica se inactiva, se hacen
modificaciones en las histonas que ayudan a reorganizar la cromatina.
Hay dos clases de proteínas que ayudan a este proceso: Cohesinas y condensinas

Genomas
Alteraciones en el genomas son causadas por fallas en
los mecanismos de copia y mantenimiento del ADN asi
como elementos transposables de ADN
La evolución depende de “accidentes” y “errores” que
inducen cambios genéticos seguidos de supervivencia
no al azar.
Errores en la replicación, recombinación o reparación
del ADN llevan a simples cambios locales en la
secuencia “mutaciones puntuales” como por ejemplo
la sustitución de una base por otra, deleciones,
duplicaciones o inversiones asi como translocaciones
de ADN de un cromosoma a otro.
Los transposones o genes “saltarines” son secuencias
de ADN que sólo llevan información genética para
poder moverse dentro de los genomas de los seres
vivos. son elementos del ADN que pueden esparcirse
en el genoma que colonizan a menudo corrompen el
funcionamiento y la regulación de los genes, también
pueden generar nuevos genes al fusionarse una secuencia del transposon y otra de un gen ya existente
A representation of the nucleotide sequence content of the sequenced human genome.

Las mutaciones en secuencias del AND que controlan la expresión génica es lo que ha llevado a los cambios
evolutivos en vertebrados
Andrea Duarte

Cap. 6 How Cells Read the Genome: From DNA to Protein

De ADN a ARN
RNA-polimerasa, Enzima que lleva a cabo la
transcripción de ARN. Cataliza la información en
los enlaces fosfodiester que unen los
nucleótidos. La ARN polimerasa se mueve a lo
largo del pedazo de ADN a medida que se va
transcribiendo. El ARN crece mediante la
introducción de nucleótidos en el extremo 3’. Se
transcribe de 5’ a 3’.
DNA is transcribed by the enzyme RNA polymerase.
The RNA polymerase (pale blue) moves stepwise
along the DNA, unwinding the DNA helix at its active
site indicated by the Mg2+ (red), which is required for
catalysis. As it progresses, the polymerase adds
nucleotides one by one to the RNA chain at the polymerization site, using an exposed DNA strand as a template. The
RNA transcript is thus a complementary copy of one of the two DNA strands. A short region of DNA/RNA helix
(approximately nine nucleotide pairs in length) is formed only transiently, and a “window” of DNA/RNA helix
therefore moves along the DNA with the polymerase as the DNA double helix reforms behind it. The incoming
nucleotides are in the form of ribonucleoside triphosphates (ATP, UTP, CTP, and GTP), and the energy stored in their
phosphate– phosphate bonds provides the driving force for the polymerization reaction.

RNA can fold into specific structures. RNA is largely single-stranded,

but it often contains short stretches of nucleotides that can form
conventional base pairs with complementary sequences found
elsewhere on the same molecule. These interactions, along with
additional “nonconventional” base-pair interactions, allow an RNA
molecule to fold into a threedimensional structure that is determined
by its sequence of nucleotides (Movie 6.1). (A) Diagram of a folded RNA
structure showing only conventional base-pair interactions. (B)
Structure with both conventional (red) and nonconventional (green)
base-pair interactions

ADN polimerasa VS ARN polimerasa

there are some important differences between the activities of the two enzymes. First, and most obviously, RNA
polymerase catalyzes the linkage of ribonucleotides, not deoxyribonucleotides. Second, unlike the DNA polymerases
involved in DNA replication, RNA polymerases can start an RNA chain without a primer. This difference is thought
possible because transcription need not be as accurate as DNA replication . Finally, unlike DNA polymerases, which
make their products in segments that are later stitched together, RNA polymerases are absolutely processive; that is,
the same RNA polymerase that begins an RNA molecule must finish it without dissociating from the DNA template.

Taza de error:
ADN polimerasa -> 1 en 10^7 nucleotidos
Andrea Duarte
ARN polimerasa -> 1 en 10^4 nucleotidos

Las consecuencias en un error en el arn son poco significantes dado que el arn no guarda información
genética en forma permanente en las células.
Figure 6–10 Transcription of two genes as observed under the electron microscope. The micrograph shows many
molecules of RNA polymerase simultaneously transcribing each of two adjacent genes. Molecules of RNA
polymerase are visible as a series of dots along the DNA with the newly synthesized transcripts (fine threads)
attached to them. The RNA molecules (ribosomal RNAs) shown in this example are not translated into protein but
are instead used directly as components of ribosomes, the machines on which translation takes place. The particles
at the 5ʹ end (the free end) of each rRNA transcript are believed to reflect the beginnings of ribosome assembly.
From the relative lengths of the newly synthesized transcripts, it can be deduced that the RNA polymerase molecules
are transcribing
from left to right.

La mayoria de ARNs en la celula son ribosomicos, el ARN mensajero en una celula de un mamífero es del 3
al 5 %.
La ARN polimerasa reconoce ciertas señales en el ADN de donde comenzar y donde terminar la
transcripción
Andrea Duarte
Figure 6–11 The transcription cycle of bacterial RNA polymerase. (A) In step 1, the RNA polymerase holoenzyme
(polymerase core enzyme plus σ factor) assembles and then locates a promoter DNA sequence (see Figure 6–12).
The polymerase opens (unwinds) the DNA at the position at which transcription is to begin (step 2) and begins
transcribing (step 3). This initial RNA synthesis (abortive initiation) is relatively inefficient as short, unproductive
transcripts are often released. However, once RNA polymerase has managed to synthesize about 10 nucleotides of
RNA, it breaks its interactions with
the promoter DNA (step 4) and
eventually releases σ factor—as
the polymerase tightens around
the DNA and shifts to the
elongation mode of RNA synthesis,
moving along the DNA (step 5).
During the elongation mode,
transcription is highly processive,
with the polymerase leaving the
DNA template and releasing the
newly transcribed RNA only when
it encounters a termination signal
(steps 6 and 7). Termination
signals are typically encoded in
DNA, and many function by
forming an RNA hairpin-like
structure that destabilizes the
polymerase’s hold on the RNA. In
bacteria, all RNA molecules are
synthesized by a single type of
RNA polymerase, and the cycle
depicted in the figure therefore
applies to the production of
mRNAs as well as structural and
catalytic RNAs

Transcripcion en eucariotas
Requiere de 3 polimerasas distintas. Las tres son similares y comparten algunas subunidades pero cada una
transcribe distintos tipos de genes. Polimerasa I y III transcriben ARNt, ARNr y ARNs. Polimerasa II es la que
transcribe la mayoría de los genes incluido los que codifican para proteínas.
En eucariotas la transcripción inicia en ADN que esta empaquetado en nucleosomas o formas de cromatina
mas compactadas.
ARN polimerasa II es similar en estructura a la ARN polimerasa bacterial pero difieren en su mecanismo de
acción. La bacterial solo necesita el factos sigma para activarse y la de eucariotas necesita de factores
generales de transcripción, varios, para comenzar la acción. Los factores de transcripción ayudan a la pol.II
a posicionarse correctamente en el lugar del promotor, separar las dos hebras de ADN y liberar a la pol del
promotor para comenzar la elongación
Andrea Duarte
Los factores de transcripción en eucariotas llevan a cabo la misma función que el factor sigma en bacterias

Figure 6–15 Initiation of transcription of a eukaryotic gene by RNA polymerase II.

To begin transcription, RNA polymerase requires several general transcription
factors. (A) The promoter contains a DNA sequence called the TATA box, which
is located 25 nucleotides away from the site at which transcription is initiated.
(B) Through its subunit TBP, TFIID recognizes and binds the TATA box, which
then enables the adjacent binding of TFIIB (C). For simplicity the DNA
distortion produced by the binding of TFIID (see Figure 6–17) is not shown. (D)
The rest of the general transcription factors, as well as the RNA polymerase
itself, assemble at the promoter. (E) TFIIH then uses energy from ATP
hydrolysis to pry apart the DNA double helix at the transcription start point,
locally exposing the template strand. TFIIH also phosphorylates RNA
polymerase II, changing its conformation so that the polymerase is released
from the general factors and can begin the elongation phase of transcription.
As shown, the site of phosphorylation is a long C-terminal polypeptide tail, also
called the C-terminal domain (CTD), that extends from the polymerase
molecule. The assembly scheme shown in the figure was deduced from
experiments performed in vitro, and the exact order in which the general
transcription factors assemble on promoters probably varies from gene to
gene in vivo. The general transcription factors are highly conserved; some of
those from human cells can be replaced in biochemical experiments by the
corresponding factors from simple yeasts.

Pasos en la transcripcion
Primero en el sitio donde se debe empezar la transcripcion hay una secuencia caracteristica de A-T que
forma la TATA box. El factor de transcripción TFIID contiene una subunidad denominada TBP (tata binding
protein) que se une a la secuencia TATA box. La TATA box no es la unica señal en el ADN que indica un sitio
de transcripción pero es la mas importante para la mayoría de las polII. La unión esta causa una distorsion
en el ADN que hace que se doble en ese punto y genere una marca señal para otras proteínas que también
se unen junto con la ARN polII para formar un complejo de transcripcional.
Luego de que se forma el complejo, el siguiente paso es dejar que la polII entre en contacto con la hebra
molde de ADN, para esto se necesita del factor TFIIH que contiene adn helicasas. La pol.II primero
compienza a sintetizar en el promotor hasta que sufre cambios conformacionales que le permiten entrar a
la fase de elongación y tener un contacto mas estrecho con la hebra de ADN, se deslinda de las proteínas
Andrea Duarte
iniciales de transcripción y se une a otras nuevas que le permiten seguir la elongación por distancias largas
sin desasociarse del ADN.
Una vez que se empieza a elongar el transcripto de ARN, los factores de transcripción se liberan del ADN y
quedan libres para comenzar de nuevo un nuevo transcripto. Un mismo segmento puede estar
transcribiéndose simultáneamente por varias pol. II de ahí que en microscopia se observan como “pinos”.
En la elongación se unen “factores de elongación” como proteínas accesorias que no permiten que la pol.II
se desprenda del ADN hasta que no llegue al final del gen.

La Polimerasa II requiere mas que los factores de transcripción para actuar:

 Activadores transcripcionales, son genes reguladores de proteínas unidos a enhancers, atraen a la

pol.II al sitio de inicio de la transcripcion. Esta es una de las principales formas en las que la celula
regula la expresión génica.
 Mediador, complejo de proteínas que permite la comunicación
entre la pol.II y otras proteínas activadoras.
 Enzimas modificadoras de cromatina, complejos remodeladores
de proteína, enzimas que permiten el acceso al ADN
Por ultimo para que la pol.II comience a trabajar necesita ser modificada.
La fosforilacion en el C-terminal de la cola ,CTD, activa la polimerasa,
inicia la activación de la transcripción haciende que se desprenda del
conjunto de factores transcripcionales, permitiendo que otro set de
proteínas se unan a la cola de la polimerasa y que cumplen con la función
de ir procesando el ARN medida que es transcripto. Se cree que algunas
de estas proteínas en la cola de la polimerasa pueden “saltar” al ARN
inmaduro. Por lo que la ARN polimerasa seria como una fabrica de ARNs,
ya que no solo los transcribe sino que los procesa también.

Figure 6–22 Eukaryotic RNA polymerase II as an “RNA factory.” As the

polymerase transcribes DNA into RNA, it carries RNA-processing proteins on its
tail that are transferred to the nascent RNA at the appropriate time. The tail
contains 52 tandem repeats of a seven-amino-acid sequence, and there are two
serines in each repeat. The capping proteins first bind to the RNA polymerase
tail when it is phosphorylated on Ser5 of the heptad repeat late in the process
of transcription initiation (see Figure 6–15). This strategy ensures that the RNA
molecule is efficiently capped as soon as its 5ʹ end emerges from the RNA polymerase. As the polymerase continues
transcribing, its tail is extensively phosphorylated on the Ser2 positions by a kinase associated with the elongating
polymerase and is eventually dephosphorylated at Ser5 positions. These further modifications attract splicing and 3ʹ-
end processing proteins to the moving polymerase, positioning them to act on the newly synthesized RNA as it
emerges from the RNA polymerase. There are many RNA-processing enzymes, and not all travel with the
polymerase. For RNA splicing, for example, the tail carries only a few critical components; once transferred to an
RNA molecule, they serve as a nucleation site for the remaining components. When RNA polymerase II finishes
transcribing a gene, it is released from DNA, soluble phosphatases remove the phosphates on its tail, and it can
reinitiate transcription. Only the fully dephosphorylated form of RNA polymerase II is competent to begin RNA
synthesis at a promoter
Andrea Duarte
La transcripción genera tensión helicoidal y superenrrollamiento del ADN a medida que la polimerasa
vanza. El enrollamiento depende de si ambos o solo uno de los extremos de la molecula de ADN estan fijos.

Modificaciones:
El transcripto que se obtiene es procesado posteriormente. 5’-CAP y 3’-cola Poly-A. Todo sucede en el
nucleo antes del que el ARN sea exportado. El 5’-cap sirve como marca para que la celula distinga los ARNm de
otros tipos de ARN

Figure 6–21 A comparison of the structures of prokaryotic and eukaryotic mRNA molecules. (A) The 5ʹ and 3ʹ ends
of a bacterial mRNA are the unmodified ends of the chain synthesized by the RNA polymerase, which initiates and
terminates transcription at those points, respectively. The corresponding ends of a eukaryotic mRNA are formed by
adding a 5ʹ cap and by cleavage of the pre-mRNA transcript near the 3ʹ end and the addition of a poly-A tail,
respectively. The figure also illustrates another difference between the prokaryotic and eukaryotic mRNAs: bacterial
mRNAs can contain the instructions for several different proteins, whereas eukaryotic mRNAs nearly always contain
the information for only a single protein

The final level of a protein in the cell depends on the efficiency of each step and on the rates of degradation of the
RNA and protein molecules. (A) In eukaryotic cells, the mRNA molecule resulting from transcription contains both
coding (exon) and noncoding (intron) sequences. Before it can be translated into protein, the two ends of the RNA
are modified, the introns are removed by an enzymatically catalyzed RNA splicing reaction, and the resulting mRNA
is transported from the nucleus to the cytoplasm. For convenience, the steps in this figure are depicted as occurring
one at a time; in reality, many occur concurrently. For example, the RNA cap is added and splicing begins before
transcription has been completed. Because of the coupling between transcription and RNA processing, intact
primary transcripts—the full-length RNAs that would, in theory, be produced if no processing had occurred—are
found only rarely

ARN splicing es llevado a cabo por el SPLICESOSOMA

Andrea Duarte
El splicing se hace con otras moléculas de ARN, no con proteínas, que reconocen secuencias de nucleótidos
que indican el inicio del splicing.
Las moléculas de ARN que hacen splicing se conocen como: snRNAs (small nuclear RNAs) y son 5: U1, U2,
U4, U5, U6. Cada una de ellas a su vez forma complejos con ribonucleoproteinas nucleares pequeñas,
snRNPs, que forman el spliceosome, (un ensamblado entre ARNs y proteinas).
Se cree que el spliceosoma es una estructura dinámica y compleja que puede preexistir dentro de la celula
como una unidad coordinada que captura ARNs realiza splicing y libera ARNm maduros y que sufre
cambios y re-arreglos cada vez que realiza un splicing.
Cada splice exitoso requiere de 200 proteinas aprox.

La estructura de la cromatina puede afectar el splicing. Cambios en la cromatina alteran los patrones de
splicing. Si la cromatina esta muy condensada o en una estructura que dificulta la transcripción, la pol.II va
Andrea Duarte
a tener que ir mas lento y (debido a que el splicing y la transcripción están acoplados) es menos probable
que se salte o se pierda un exón. Los nucleosomas en la cromatina muy condensada pueden causar que la
pol.II se pause y afecta el tiempo de exposición del ARN a la maquinaria de splicing.
Por otra parte modificaciones especificas en ciertas hsitonas también pueden atraer a ciertas proteínas del
spliceosoma. Una mutuacion de un nucleótido por lo general cambia el patrón de splicing, lo mas común es
que se salte un exón. De todas formas la maquinaria de splicing es muy plástica, se busca el mejor patrón
de splicing posible y si este esta alterado x alguna mutacion se busca el siguiente mejor patrón que mejor
se adapte.
De igual forma las mutaciones que afectan el splicing son perjudiciales para el organismo.

Los ARNm maduros se seleccionan para ser exportados del nucleo

A medida que el ARN es procesado en el nucleo, pierde proteínas y gana otras. La celula usa la presencia o
ausencia de ciertas proteínas, factores y modificaciones para distinguir entre un pre ARN y un ARNm
maduro. Por ejemplo:
La presencia de 5’-cap, cola Poli-A, y splicing correctamente nos indica que estamos frente a un ARNm
maduro. La presencia de snRNP significa splicing incompleto o incorrecto.
Solo los ARNm maduros dejan el nucleo y pasan al citosol donde se traducen a proteínas. Los otros se
retienen en el nucleo donde son degradados por es exosoma nuclear, un complejo proteico rico en ARN
exonucleasas
Los ARNm maduros se guian hacía complejos del poro nuclear, que son canales acuosos en la membrana
nuclear que conectan el nucleoplasma con el cytosol. Moleculas pequeñas pueden difundir por el canal.
Los ARNm pasan por transporte activo a través de esos poros y gracias a moléculas en el poro que se
encargan de ello y que dependiendo de la molecula es la dirección en la que realizan el transporte
Transportador: Es la mol que se encarga de pasar el ARNm por el poro nuclear. Se carga al ARN, el ARN
sufre clivaje en el extremo 3’ y poliadenilacion, el transportador atraviese ahora el poro, se libera del ARN y
vuelve a entrar al nucleo para transportar otras moléculas.
Figure 6–38 Schematic illustration of an export-ready mRNA molecule and its transport through the nuclear pore.
As indicated, some proteins travel with the mRNA as it moves through the pore, whereas others remain in the
nucleus. The nuclear export receptor for mRNAs is a complex of proteins that binds to an mRNA molecule once it has
been correctly spliced and polyadenylated. After the mRNA has been exported to the cytosol, this export receptor
dissociates from the mRNA and is re-imported into the nucleus, where it can be used again

ARNr
Andrea Duarte
Es sintetizado por la polimerasa I, no tiene un C-terminal lo que explica por Qué los transcriptos no tienen
5’-cap o 3’poly-A
There are four types of eukaryotic rRNAs, each present in one copy per ribosome. Three of the four rRNAs
(18S, 5.8S, and 28S) are made by chemically modifying and cleaving a single large precursor rRNA (Figure
6–40); the fourth (5S RNA) is synthesized from a separate cluster of genes by a different polymerase, RNA
polymerase III, and does not require chemical modification

The chemical modification and

nucleolytic processing of a
eukaryotic 45S precursor rRNA
molecule into three separate
ribosomal RNAs. Two types of
chemical modifications (color-
coded as indicated) are made to
the precursor rRNA before it is
cleaved. Nearly half of the
nucleotide sequences in this
precursor rRNA are discarded and
degraded in the nucleus by the
exosome. The rRNAs are named
according to their “S” values, which
refer to their rate of sedimentation
in an ultracentrifuge. The larger the
S value, the larger the rRNA.

Extensive chemical modifications occur in the 13,000-nucleotide-long precursor rRNA before the rRNAs are
cleaved out of it and assembled into ribosomes. Each modification is made at a specific position in the
precursor rRNA, specified by “guide RNAs,” which position themselves on the precursor rRNA through
base-pairing and thereby bring an RNA-modifying enzyme to the appropriate position (Figure 6–41B).
Other guide RNAs promote cleavage of the precursor rRNAs into the mature rRNAs, probably by causing
conformational changes in the precursor rRNA that expose these sites to nucleases. All of these guide RNAs
are members of a large class of RNAs called small nucleolar RNAs (or snoRNAs), so named because these
RNAs perform their functions in a subcompartment of the nucleus called the nucleolus
As indicated, snoRNAs determine the sites of modification by base-pairing to complementary sequences on
the precursor rRNA. The snoRNAs are bound to proteins, and the complexes are called snoRNPs (small
nucleolar ribonucleoproteins). snoRNPs contain both the guide sequences and the enzymes that modify
the rRNA.

El nucleolo es una Fabrica de Ribosomas

Andrea Duarte
Procesa ARNr y crea las subunidades ribosomales. No esta rodeado por una membrana sino que es un
agregado de macromoléculas, incluyendo ARNr, precursores de ARNr, ARN maduros, enzimas que
procesan ARN, snoRNP, factores que ayudan al ensamblaje de los ribosomas: ATPasas, GTPasas, protein
quinasas, ARN helicasas. Proteínas ribosomales y ribosomas sin terminar.
Los genes de ARNr son importantes para la formación del nucléolo y están distribuidos en 10 clusters en 5
pares de cromosomas diferentes. En la Interfase estos cromosomas formasn loops de ADN que contienen
los genes para el ARNr en el nucléolo, en la fase M los cromosomas se condensan para realizar mitosis por
lo que ya no hay loops ni tampoco nucléolo en las células ya que se fragmenta y desaparece. En la telofase
los cromosmas empiezan a des condensarse y se vuelve a formar progresivamente el nucléolo.
El tamaño del nucléolo refleja la cantidad de ribosomas que se esta produciendo. Tambien ensambla otros
complejos de proteínas ribosomales como telomerasas, ribonucleoproteinas involucradas en el splicing de
pre ARNm, ARNt.
Se puede pensar al nucléolo como una fabrica en la cual diferentes ARNs no cofidificantes son transcriptos,
procesados y ensamblados con proteínas para formar una variedad de complejos ribonucleoproteicos
The function of the nucleolus in ribosome and other
ribonucleoprotein synthesis. The 45S precursor rRNA is
packaged in a large ribonucleoprotein particle containing
many ribosomal proteins imported from the cytoplasm.
While this particle remains at the nucleolus, selected
components are added and others discarded as it is
processed into immature large and small ribosomal subunits.
The two ribosomal subunits attain their final functional form
only after each is individually transported through the
nuclear pores into the cytoplasm. Other ribonucleoprotein
complexes, including telomerase shown here, are also
assembled in the nucleolus.

Otros agregados que contiene el nucleo:

Cuerpos de cajal, Cajal bodies are sites where the snRNPs
and snoRNPs undergo their final maturation steps, and where
the snRNPs are recycled and their RNAs are “reset” after the
rearrangements that occur during splicing

Los cuerpos de cajal son regions que sirven para

ensamblar rapido las proteinas que necesita la celula
para exportar, estos cuerpos son indispensables en
celulas que estan proliferando o en estapas de
desarrollo donde la síntesis proteica debe ser rápida
El nucleo se organiza en subdominios, donde existen
“fabricas” de procesamiento de ARNm con snRNPs y
snoRNPs y otros componentes del nucleo que son dinámicas y van hacia donde se necesitan o tratan de
estar cerca de los lugares de transcripción.

ARNt
Andrea Duarte
El ARNt lleva la secuencia complementaria a un codón en el ARNm y es el que traduce de codón a proteína.
Son covalentemente modificados antes de salir del nucleo, también sufren de splicing, para todo esto se
requiere que el ARNt este en su forma de trébol. Los pre-ARNt mal doblados no se procesan.
El reconocimiento del aminoácido que codifica un codón depende de enzimas: aminoacil-ARNt sintetasa
es la que lleva el aa correspondiente a la molecula de ARNt correspondiente, a su extremo 3’
específicamente.
La sintetasa tiene un mecanismo hidrolitico para corregir en caso de que un aa sea incorporado
erróneamente.
Figure 6–57 Hydrolytic editing. (A) Aminoacyl tRNA synthetases correct their own coupling errors through hydrolytic
editing of incorrectly attached amino acids. As described in the text, the correct amino acid is rejected by the editing
site. when tRNA binds, the synthetase tries to force the adenylated amino acid into a second editing pocket in the
enzyme. The precise dimensions of this pocket exclude the correct amino acid, while allowing access by closely
related amino acids. In the editing pocket, an amino acid is removed from the AMP (or from the tRNA itself if the
aminoacyl-tRNA bond has already formed) by hydrolysis.

La sintesis de proteinas ocurre en el ribosoma, El ribosoma es una unidad

catalítica de aprox. 50 proteinas diferentes y moléculas de ARN. Se divide en
dos subunidades una grande y otra chica, ambas se ensamblan en el
nucléolo, básicamente son ARNr maduros que se unen a distintas proteínas
ribosomales, las subunidades se exportan al citoplasma donde se unen y
sintetizan proteínas. When not actively synthesizing proteins, the two
subunits of the ribosome are separate. They join together on an mRNA
molecule, usually near its 5ʹ end, to initiate the synthesis of a protein. The
mRNA is then pulled through the ribosome, three nucleotides at a time. As
its codons enter the core of the ribosome, the mRNA nucleotide sequence is
translated into an amino acid sequence using the tRNAs as adaptors to add
each amino acid in the correct sequence to the growing end of the
polypeptide chain. When a stop codon is encountered, the ribosome
releases the finished protein, and its two subunits separate again.
Andrea Duarte
1- La subunidad mas chica del ribosoma es la que detecta si la union codon-
anticodon es la correcta. Si la unión esta bien la subunidad mas pequeña
forma enlaces de hidrógenos con ambas partes. Cuando la unión es
correcta se produce un cambio conformacional en el ribosoma que activa la
hidrolisis de ATP de unos factores que se dedican a conducir la elongación
de la proteína y marcar como el paso en el ribosoma hacia donde tiene que
dirigir la traducción ya que los cambios que realizan los factores siempre
son hacia adelante, además de que también ayudan a que loa síntesis sea
mas rápida y con menos errores.
2- Se activa el primero de los factores de elongación, que lleva un ARNt al sitio
A del ribosoma donde se une el anticodon del ARNt con el codón del ARNm.
3- Ocurre el primer checkeo de compatibilidad codón-anticodon, los ARNt
incorrectamente agregados se disocian rápidamente de ser el caso. El factor
hidroliza ATP y se disocia del ARNt
4- Luego de la disociación del primer factor hay un segundo checkeo al aa que
lleva ese ARNt, en este paso hay un pequeño delay hasta que se checkee
que el aa sea el correcto.
5- El ribosoma se mueve un lugar en el ARNm y se activa el segundo factor de
elongación que se une al sitio A del ribosoma y produce que el penúltimo
ARNt incorporado sea eliminado, porque pasa a estar en el sitio E del
ribosoma.
En caso de que alguno de los dos checkeos hayan fallado, y un aa sea incorporado
erróneamente producirá que el error se reproduzca con otros y un exceso de mal
incorporaciones en el sitio A que el ribosoma detecta como algo anómalo y se
detiene la fabricación de la proteína por la acción de otros factores. “reléase
factors”
The translation of an mRNA begins with the codon AUG, and a special tRNA is required to
start translation. This initiator tRNA always carries the amino acid methionine. The initiator
tRNA is specially recognized by initiation factors because it has a nucleotide sequence
distinct from that of the tRNA that normally carries methionine. In eukaryotes, the initiator
tRNA–methionine complex (Met–tRNAi) is first loaded into the small ribosomal subunit
along with additional proteins called eukaryotic initiation factors, or eIFs.

Of all the aminoacyl-tRNAs in the cell, only the methionine-charged initiator tRNA is
capable of tightly binding the small ribosome subunit without the complete ribosome being present, and unlike
other tRNAs it binds directly to the P site. Next, the small ribosomal subunit binds to the 5ʹ end of an mRNA
molecule, which is recognized by virtue of its 5ʹ cap that has previously bound two initiation factors, eIF4E and eIF4G.

The small ribosomal subunit then moves forward (5ʹ to 3ʹ) along the mRNA, searching for the first AUG. At this point,
the initiation factors dissociate, allowing the large ribosomal subunit to assemble with the complex and complete
the ribosome. The initiator tRNA remains at the P site, leaving the A site vacant. Protein synthesis is therefore ready
to begin.

scanning ribosomal subunits will sometimes ignore the first AUG codon in the mRNA and skip to the second or third
AUG codon instead. Cells frequently use this phenomenon, known as “leaky scanning,” to produce two or more
proteins, differing in their N-termini, from the same mRNA molecule. This mechanism allows some genes to produce
the same protein with and without a signal sequence attached at its N-terminus, for example, so that the protein is
directed to two different compartments in the cell.
Andrea Duarte
The end of the protein-coding message is signaled by the presence of one of three stop codons (UAA, UAG, or UGA).
Un codon stop en un lugar que no tiene sentido que este ahi, por ejemplo a la mitad de un gen induce la degradacion
de ese ARNm, este tipo de situacion se da por errors en el splicing por lo general. The mRNA molecules being
translated are therefore usually found in the form of polyribosomes (or polysomes): large cytoplasmic assemblies
made up of several ribosomes spaced as close as 80 nucleotides apart along a single mRNA molecule (Figure 6–73).
These multiple initiations allow the cell to make many more protein molecules in a given time than would be
possible if each protein had to be completed before the next could start.

Chaperonas
Ayudan a guiar el plegamiento de la mayoria de las proteinas.
Molecular chaperones specifically recognize incorrect, off-pathway configurations by their exposure of hydrophobic
surfaces, which in correctly folded proteins are typically buried in the interior. There are several types of chaperones;
once bound to an incorrectly folded protein, they ultimately release it in a way that gives the protein another chance
to fold correctly.

Distintos tipos de chaperonas

HSP – heat shock protein, se sintetizan cuando la celula atraviesa un aumento de temperature importante
que causa la desnaturalización de varias proteínas, las hsp ayudan a volverlas a plegar. Existen ditintas
familias: hsp60 y hsp70. Las mitocondrias tienen su propia versión de estas familias que difieren de las hsp
del citosol.
Andrea Duarte
Estas familias tienen afinidad por los parches hidrofóbicos expuestos en proteínas mal plegadas. Las hsp70
actuan mas bien en proteínas nuevas, proteínas que no han dejado el ribosoma aun, las hsp60 forman
estructuras grandes con forma de barril que actúan en la proteína madura ya sintetizada
The hsp70 family of molecular chaperones. These proteins act early, recognizing a small stretch of hydrophobic
amino acids on a protein’s surface. Aided by a set of smaller hsp40 proteins (not shown), ATP-bound hsp70
molecules grasp their target protein and then hydrolyze ATP to ADP, undergoing conformational changes that cause
the hsp70 molecules to associate even more tightly with the target. After the hsp40 dissociates, the rapid rebinding
of ATP induces the dissociation of the hsp70 protein after ADP release.

The structure and function of the hsp60 family of molecular chaperones. (A) A misfolded protein is initially captured
by hydrophobic interactions with the exposed surface of the opening. The initial binding often helps to unfold a
misfolded protein. The subsequent binding of ATP and a cap releases the substrate protein into an enclosed space,
where it has a new opportunity to fold. After about 10 seconds, ATP hydrolysis occurs, weakening the binding of the
cap. Subsequent binding of additional ATP molecules ejects the cap, and the protein is released. As indicated, only
half of the symmetric barrel operates on a client protein at any one time. This type of molecular chaperone is also
known as a chaperonin; it is designated as hsp60 in mitochondria, TCP1 in the cytosol of vertebrate cells, and GroEL
in bacteria

the cell distinguishes misfolded proteins, which require additional rounds of ATP-catalyzed refolding, from those
with correct structures through the recognition of hydrophobic surfaces. if a protein has a sizable exposed patch of
hydrophobic amino acids on its surface, it is abnormal. En condiciones extremas la proteina puede sufrir proteolysis,
Andrea Duarte
es decir, ser eliminada por completo por el proteosoma que se encuentra en el citosol. Cada proteosoma consiste de
un cilindro formado por multibles subunidades en forma de anillo. Algunas subunidades contienen proteasas que
quedan dentro del cilindro para que no se escapen y empiecen a degradar proteínas en el citosol.

Figure 6–84 Processive protein digestion by the proteasome. (A) The proteasome cap recognizes proteins marked
by a polyubiquitin chain (see Figure 3–70), and subsequently translocates them into the proteasome core, where
they are digested. At an early stage, the ubiquitin is cleaved from the substrate protein and is recycled. Translocation
into the core of the proteasome is mediated by a ring of ATPases that unfold the substrate protein as it is threaded
through the ring and into the proteasome core. This unfoldase ring is depicted in Figure 6–85). (B) Detailed structure
of the proteasome cap. The cap includes a ubiquitin receptor, which holds a ubiquitylated protein in place while it
begins to be pulled into the proteasome core, and a ubiquitin hydrolase, which cleaves ubiquitin from the doomed
protein.

ubiquitin modification of proteins is used for many purposes in the cell. The particular type of ubiquitin linkage that
concerns us here is a chain of ubiquitin molecules linked together at lysine 48 (see Figure 3–69); this is the
distinguishing feature of the ubiquitin tag that marks a protein for destruction in the proteasome. A special set of E3
molecules (see Figure 3–70B) is responsible for the ubiquitylation of denatured or otherwise misfolded proteins, as
well as proteins containing oxidized or other abnormal amino acids.

La ubiquitina se agrega covalentemente a la proteina por la ubiquitin ligasa, la cadena de ubiquitinas es reconocida
por la “cap” del proteosoma, el proteosoma desdobla la proteína y la introduce al interior y a medida que pasa por el
cilindro es degradada por proteasas. Existe un mecanismo proteolítico con señalización con ubiquitinas que se usa
para determinar la vida útil de las proteínas normales y/o remover proteínas especificas del medio

Cap. 7 Control de la Expresión Genica

Todas las células tienen el mismo ADN pero no todas expresan los mismos genes.
Six steps at which eukaryotic gene expression can be controlled. Thus a cell can control the proteins it makes by (1)
controlling when and how often a given gene is transcribed (transcriptional control), (2) controlling the splicing and
processing of RNA transcripts (RNA processing control), (3) selecting which completed mRNAs are exported from the
nucleus to the cytosol and determining where in the cytosol they are localized (RNA transport and localization
control), (4) selecting which mRNAs in the cytoplasm are translated by ribosomes (translational control), (5)
selectively destabilizing
certain mRNA molecules in
the cytoplasm (mRNA
degradation control), or
Andrea Duarte
(6) selectively activating, inactivating, degrading, or localizing specific protein molecules after they have been made
(protein activity control)

Cap. 12 Compartimientos intracelulares y clasificacion de proteinas

La bicapa lipídica de los organelos de la celula son impermeables a proteínas hidrofílicas del citosol, por lo
que deben tener proteínas en sus membranas especializadas para el transporte de metabolitos y un
sistema de transporte único para ese organelo.
Transporte a través del nucleo

The inner nuclear membrane contains proteins that act as binding sites for
chromosomes and for the nuclear lamina, a protein meshwork that provides structural
support for the nuclear envelope; the lamina also acts as an anchoring site for
chromosomes and the cytoplasmic cytoskeleton.

the outer nuclear membrane, which is continuous with the membrane of the ER. Like
the ER membrane (discussed later), the outer nuclear membrane is studded with
ribosomes engaged in protein synthesis. The proteins made on these ribosomes are
transported into the space between the inner and outer nuclear membranes (the
perinuclear space), which is continuous with the ER lumen

El transporte en el nucleo es bidireccional, selectivo y regulado.

nuclear pore complexes (NPCs) Perforan en la membrana
del nucleo, formados por complejos de proteínas,
nucleoporinas, muchas se componen de dominios
proteicos reptidos que evolucionaron de la duplicación de
genes y comparten proteínas también presentes en la
cubierta de vesículas que transportan proteínas.

Cada NPC puede transpotar hasta 1000 macromoleculas

por segundos en ambas direcciones. Las moléculas
hidrosolubles pequeñas pueden difundir pasivamente a
través del complejo. El limite de difusión para las proteínas
es de 60KDa.

Nuclear localization signals (NLS) marcan las proteinas que deben ser importadas al nucleo. La señal consiste de
secuencias cortas ricas en Lisina y Arginina, aa cargados positivamente. Aunque algunas de las proteínas nucleares
que median el transporte a travez del nucleo pueden no reconocer esta señal pero si otras. Si hay un complejo de
proteínas y solo una de ellas tiene la señal, todo el complejo es importado al nucleo igual.

The arrangement of NPCs in the nuclear envelope. (A) In a vertebrate NPC, nucleoporins are arranged with striking
eightfold rotational symmetry. In addition, immunoelectron microscopic studies show that the proteins that make up
Andrea Duarte
the central portion of the NPC are oriented symmetrically across the nuclear envelope, so that the nuclear and
cytosolic sides look identical. The eightfold rotational and twofold transverse symmetry explains how such a huge
structure can be formed from only about 30 different proteins: many of the nucleoporins are present in 8, 16, or 32
copies. Based on their approximate localization in the central portion of the NPC, nucleoporins can be classified into
(1) transmembrane ring proteins that span the nuclear envelope and anchor the NPC to the envelope; (2) scaffold
nucleoporins that form layered ring structures. Some scaffold nucleoporins are membrane-bending proteins that
stabilize the sharp membrane curvature where the nuclear envelope is penetrated; and (3) channel nucleoporins
that line a central pore. In addition to folded domains that anchor the proteins in specific places, many channel
nucleoporins contain extensive unstructured regions, where the polypeptide chains are intrinsically disordered. The
central pore is filled with a tangled mesh of these disordered domains that blocks the passive diffusion of large
macromolecules. The disordered regions contain a large number of phenylalanine-glycine (FG) repeats. Fibrils
protrude from both the cytosolic and the nuclear sides of the NPC. By contrast to the twofold transverse symmetry
of the NPC core, the fibrils facing the cytosol and nucleus are different: on the nuclear side, the fibrils converge at
their distal end to form a basketlike structure.

Importacion
El poro nuclear tiene receptors que detectan la señal de la proteina y permiten su pasaje a travez del
mismo mediante dos mecanismos: puede ser que el receptor detecte la señal directamente y se una con la
proteína o puede que necesite de una proteína adaptadora que detecta la señal y luego se une al receptor
en el nucleo, asi como formando un puente-vinculo entre la proteína y el receptor.
Las proteínas adaptadoras y los receptores están relacionadas estructuralmente (algunas), lo que sugiere
un origen evolutivo en común, también existe una variedad de receptores y de adaptadores para
reconocer las distintas señales de localización que posea una proteína.
El receptor se une de forma directa o indirecta a la proteína cargo y por otro lado se une a las
nucleoporinas que se encuentran en el interior del poro, en específico a las secuencias de Fenilalanina-
Glicina de las nucleoporinas. Un modelo de transporte a través del poro sostiene que la proteína receptora
que lleva la prot. Cargo va asociándose y desasociándose a las secuencias FG adyacentes entre si en el
interior del poro, desplazándose y transportando moléculas de esta forma. Una vez que llega al final del
recorrido se disocia de la proteína, liberándola en el interior del nucleo, no antes, lo que le da
direccionalidad al proceso de importación.
Nuclear import receptors (importins). (A) Different nuclear import receptors bind different nuclear localization
signals and thereby different cargo proteins. (B) Cargo protein 4 requires an adaptor protein to bind to its nuclear
import receptor. The adaptors
are structurally related to
nuclear import receptors and
recognize nuclear localization
signals on cargo proteins. They
also contain a nuclear
localization signal that binds
them to an import receptor,
but this signal only becomes
exposed when they are loaded
with a cargo protein.

Exportacion
Funciona igual que la importacion pero al revez. Moléculas que salen del nucleo pueden ser ARNs y
subunidades ribosómicas. Hay señales de exportación en las moléculas que deben salir, receptores
nucleares de exportación o exportinas, que se unen a la prot. Cargo y guian su salida al citosol.
Andrea Duarte
Ran GTPasa
Enzima que impone la direccionalidad en el transporte a travez del NPC, generando un gradiente de
energía. Esta enzima puede estar en dos estados conformacionales distintos dependiendo si esta unida a
GDP o GTP. Existen proteínas que regulan la conversión entre ambos estados.
En el citosol la proteína GAP produce la hidrolisis de ATP y
convierte Ran-GTP en RAN-GDP
En el nucleo el factor GEF (guanina Exchange factor) se
encuentra unido a la cromatina y convierte Ran-GDP a
Ran-GTP
Lo que se produce es que en el nucleo haya Ran-GTP y en el
citosol Ran-GDP.

El Nucleo durante la Mitosis

Lamina nuclear: red de proteínas interconectadas que se encuentra por debajo de la membrana nuclear
interna. Las laminas son una clase de filamentos intermedios. Da forma y estabilidad a la envoltura nuclear.
Interactúa directamente con la cromatina.
Durante la mitosis la lamina y los NPCs se desarman y el nucleo se fragmenta debido a la fosforilacion de
nucleoporinas y laminas por la Cdk (kinasa dependiente de ciclinas). Que se activan en la mitosis. Las
proteínas de la membrana nuclear que se separan y se dispersan por todo el RE. La dineina que se mueve
por los microtúbulos, ayuda a separar la envoltura nuclear de la cromatina.
Al final la envoltura nuclear se reensambla alrededor de la cromatida hermana.
Andrea Duarte
La Ran GTPasa también funciona como un marcador de posición para la cromatina durante la división
celular. Ran-GEF no se disocia de la cromatina cuando el nucleo se desambla por lo que los cromosomas
están rodeados de moléculas Ran-GTP, estas a su vez se habían unido a proteínas del NPC cuando el nucleo
entro en mitosos, entonces a la hora de generar de nuevo la membrana nuclear, las Ran-GTP liberan esas
proteínas cerca de los cromosomas y se forman NPCs. En simultaneo las laminas desfosforiladas empiezan
a unirse de nuevo a la cromatina.
El nucleo cuando recién se esta formando esta confinado a contener cromosomas individuales y las
proteínas que estos tengan, inicialmente el nucleo carece de otras proteínas, incluyendo ribosomas, hasta
que se empiecen a importar por los NPCs que se vayan ensamblando. Eventualmente cuando los
cromosomas se van descondensando todas las estructuras que contienen a los cromosomas se fusionan en
una unica.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Cap 11. Transporte a traves de las membranas

Andrea Duarte

In general, the smaller the molecule and the more hydrophobic, or nonpolar, it
is, the more easily it will diffuse across a lipid bilayer. Small nonpolar molecules,
such as O2 and CO2, readily dissolve in lipid bilayers and therefore diffuse
rapidly across them. Small uncharged polar molecules, such as water or urea,
also diffuse across a bilayer, albeit much more slowly. Cell membranes,
however, also have to allow the passage of various polar molecules, such as
ions, sugars, amino acids, nucleotides, water, and many cell metabolites.
Transporters and channels are the two major classes of membrane transport
proteins

Transporters (also called carriers, or permeases) bind the specific solute to be

transported and undergo a series of conformational changes that alternately
expose solute-binding sites on one side of the membrane and then on the other
to transfer the solute across it.

Channels, by contrast, interact with the solute to be transported much more weakly. They form continuous
pores that extend across the lipid bilayer
Transporters and channel proteins. (A) A
transporter alternates between two
conformations, so that the solute-binding site
is sequentially accessible on one side of the
bilayer and then on the other. (B) In contrast,
a channel protein forms a pore across the
bilayer through which specific solutes can
passively diffuse.
Each type of transporter has one or more specific binding sites for its solute (substrate). It transfers the
solute across the lipid bilayer by undergoing reversible conformational changes that alternately expose the
solute-binding site first on one side of the membrane and then on the other—but never on both sides at
the same time. The transition occurs through an intermediate state in which the solute is inaccessible, or
occluded, from either side of the membrane. As with enzymes, the binding of solute can be blocked by
either competitive inhibitors (which compete for the same binding site and may or may not be
transported) or noncompetitive inhibitors (which bind elsewhere and alter the structure of the
transporter).
Three ways of driving active transport.
1. Coupled transporters harness the energy stored in concentration gradients to couple the uphill transport
of one solute across the membrane to
the downhill transport of another.
2. ATP-driven pumps couple uphill
transport to the hydrolysis of ATP.
3. Light- or redox-driven pumps, which
are known in bacteria, archaea,
mitochondria, and chloroplasts, couple
Andrea Duarte
uphill transport to an input of energy from light, as with bacteriorhodopsin or from a redox reaction, as
with cytochrome c oxidase

Some transporters are coupled to second molecule

or ion to be co transported in order to obtain ATP,
in general it is used Na+.
In this way, the free energy released during the
movement of an inorganic ion down an
electrochemical gradient is used as the driving
force to pump other solutes uphill, against their
electrochemical gradient.
Transportadores ayudan a mantener el pH de la celula en condiciones optimas
Most cells have one or more types of Na+-driven antiporters in their plasma membrane that help to
maintain the cytosolic pH at about 7.2. These transporters use the energy stored in the Na+ gradient to
pump out excess H+, which either leaks in or is produced in the cell by acid-forming reactions. Two
mechanisms are used: either H+ is directly transported out of the cell or HCO3 – is brought into the cell to
neutralize H+ in the cytosol
Transcellular transport.
The transcellular transport
of glucose across an
intestinal epithelial cell
depends on the nonuniform
distribution of transporters
in the cell’s plasma
membrane. The process
shown here results in the
transport of glucose from
the intestinal lumen to the
extracellular fluid (from
where it passes into the
blood). Glucose is pumped
into the cell through the
apical domain of the
membrane by a Na+-
powered glucose
symporter. Glucose passes
out of the cell (down its
concentration gradient) by
passive movement through
a glucose uniporter in the
basal and lateral membrane domains. The Na+ gradient driving the glucose symport is maintained by the
Na+-K+ pump in the basal and lateral plasma membrane domains, which keeps the internal concentration
of Na+ low (Movie 11.2). Adjacent cells are connected by impermeable tight junctions, which have a dual
function in the transport process illustrated: they prevent solutes from crossing the epithelium between
Andrea Duarte
cells, allowing a concentration gradient of glucose to be maintained across the cell sheet (see Figure 19–
18). They also serve as diffusion barriers (fences) within the plasma membrane, which help confine the
various transporters to their respective membrane domains
Three types of ATP-driven pumps.
Like any enzyme, all ATP-driven pumps can work in either direction, depending on the electrochemical
gradients of their solutes and the ATP/ADP ratio. When the ATP/ADP ratio is high, they hydrolyze ATP;
when the ATP/ADP ratio is low, they can synthesize ATP. The F-type ATPase in mitochondria normally
works in this “reverse” mode to make most of the cell’s ATP
1. P-type pumps are structurally and functionally related multipass transmembrane proteins. They are
called “P-type” because they phosphorylate themselves during the pumping cycle. This class includes many
of the ion pumps that are responsible for setting up and maintaining gradients of Na+, K+, H+, and Ca2+
across cell membranes.
2. ABC transporters (ATP-Binding Cassette transporters) differ structurally from P-type ATPases and
primarily pump small molecules across cell membranes.
3. V-type pumps are turbine-like protein machines, constructed from multiple different subunits. The V-
type proton pump transfers H+ into organelles such as lysosomes, synaptic vesicles, and plant or yeast
vacuoles (V = vacuolar), to acidify the interior of these organelles
Relacionados con las
bombas del tipo V, existe un
tipo lamado ATP sintasas,
que utiliza el gradiente de
H+ a traves de la membrana
para sintetizar ATP de ADP y
fosfato. Las ATP sintasas se
encuentran en la membrana
interna de la mitocondria,
tilacoides en cloroplastos y
en bacterias.
The pumping cycle of the sarcoplasmic reticulum Ca2+ pump.
Ion pumping proceeds by a series of stepwise conformational changes in which movements of the pump’s
three cytosolic domains [the nucleotide-
binding domain (N), the phosphorylation
domain (P), and the activator domain (A)] are
mechanically coupled to movements of the
transmembrane α helices. Helix movement
opens and closes passageways through which
Ca2+ enters from the cytosol and binds to the
two centrally located Ca2+ binding sites. The
two Ca2+ then exit into the SR lumen and are
replaced by two H+, which are transported in
the opposite direction. The Ca2+-dependent
phosphorylation and H+-dependent
dephosphorylation of aspartic acid are
universally conserved steps in the reaction
Andrea Duarte
cycle of all P-type pumps: they cause the conformational transitions to occur in an orderly manner,
enabling the proteins to do useful work.
For transport efficiency, ion channels have an advantage over transporters, in that they can pass up to 100
million ions through one open channel each second. As discussed earlier, however, channels cannot be
coupled to an energy source to perform active transport, so the transport they mediate is always passive
(downhill). Thus, the function of ion channels is to allow specific inorganic ions—primarily Na+, K+, Ca2+, or
Cl– —to diffuse rapidly down their electrochemical gradients across the lipid bilayer.
Acuaporinas
Canales permeables al agua unicamente, son abundantes en las celulas que necesitan mover volumenes de
agua de forma mas rapida que mediante la diffusion simple por ejemplo en celulas epiteliales del riñon o
células exocrinas. El tamaño del poro permite pasar moléculas de agua una a la vez en fila pero es
demasiado estrecho para que pasen iones hidratados y las paredes de del poro no pueden interactuar con
iones deshidratados tampoco. Este diseño no permite que las acuaporinas conduzcan iones o H+, ni que se
formen enlaces de hidrogeno entre las moléculas de agua porque tiene dos asparginas situadas en lugares
estratégicos que se unen al Oxigeno.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Cap. 19 Uniones celulares y matriz extracelular
The making and breaking of the attachments between cells and the modeling of the extracellular matrix govern the
way cells move within the organism, guiding them as the body grows, develops, and repairs itself. Attachments to
other cells and to extracellular matrix control the orientation and behavior of the cell’s cytoskeleton, thereby
allowing cells to sense and respond to changes in the mechanical features of their environment. Thus, the apparatus
of cell junctions and the extracellular matrix is critical for every aspect of the organization, function, and dynamics of
multicellular structures. In epithelial tissues, such as the lining of the gut or the epidermal covering of the skin, cells
are tightly bound together into sheets called epithelia. The extracellular matrix is less pronounced, consisting mainly
of a thin mat called the basal lamina (or basement membrane) underlying the sheet. Within the epithelium, cells are
attached to each other directly by cell–cell junctions, where cytoskeletal filaments are anchored, transmitting
stresses across the interiors of the cells
Andrea Duarte

(cell–cell junctions, mediated typically by cadherins and cell–matrix junctions, mediated typically by
integrins). junctions, mediated typically by integrins). The internal linkage to the cytoskeleton is generally
indirect, via intracellular adaptor proteins, to be discussed later. Each of the four major anchoring junction
types depends on transmembrane adhesion proteins that span the plasma membrane, with one end
linking to the cytoskeleton inside the cell and the other end linking to other structures outside it.
Uniones CEL-CEL
Las mas communes emplean cadherinas para atar el citoesqueleto de una celula con el de otra. Aunque
son uniones débiles de baja afinidad entre las células, la unión fuerte esta dada por varias uniones débiles
en paralelo
Las caderinas están presentes desde los coanoflagelados, son proteínas calcio dependiente , remover el
calcio de la matriz extracelular causa que las uniones por cadherinas se pierdan. Se clasifican en clásicas y
no clásicas, dentro de las ultimas están las desmocolinas y desmogleinas que constituyen los desmosomas.
La adhesión hecha por cadherinas es homofilica, es decir simétrica, se van a
unir a los mismo elementos en las dos células que formen la unión.
Las cadherinas son una superfamilia pueden tener uno o varios dominios de
membranas o ninguno y estar ancladas a la membrana plasmatica por GPI,
también difieren en la cantidad de dominios extracelulares de cadherinas, que
pueden ser 4 o 5 en las clásicas y hasta 30 en las no clásicas.
El calcio ayuda a que los dominos de cadherinas que forman las estructuras se
mantengan unidos rígidamente en forma de baston.
Las cadherinas median el desarrollo tisular segregando tipos celulares entre
ellos manteniendo unidas las celulas de un tipo celular en especifico con
respecto a otras. Como las uniones entre cadherinas son hemofílicas una celula
Andrea Duarte
con un tipo de cadherina va a unirse con otra que tenga el mismo, este sistema de selección hace posible la
diferenciación de distintos tejidos celulares.
En el desarrollo embrionario la aparición de nuevos tipos de cadherinas se correlaciona con distintos
estadios embrionarios de desarrollo de distintos tejidos.
La transición epitelio-mesenquima depende del control de las cadherinas
The linkage of classical cadherins to actin filaments. The cadherins are coupled indirectly to actin filaments
through an adaptor protein complex containing p120-catenin, β-catenin, and α-catenin. Other proteins,
including vinculin, associate with α-catenin and help provide the linkage to actin. β-Catenin has a second,
and very important, function in intracellular signaling.

. Adherens junctions seem to sense the forces acting on them

and modify local actin and myosin behavior to balance the
forces on both sides of the junction. Evidence for these
mechanisms comes from studies of pairs of cultured
mammalian cells connected by adherens junctions. If
contractile activity in one cell is increased experimentally, the
adherens junctions linking the two cells increase in size, and
the contractile activity of the second cell increases to match
that of the first—resulting in a balance of forces across the
junction. These and other experiments suggest that adherens
junctions are not simply passive sites of protein–protein
binding but are dynamic tension sensors that regulate their
behavior in response to changing mechanical conditions. This
is an example of mechanotransduction
Cell–cell junctions are able to sense increased tension and respond by strengthening their actin linkages.
Tension sensing is thought to depend in part on α-catenin.
When actin filaments are pulled from within the cell by non-muscle myosin II, the resulting force unfolds a
domain in α-catenin, thereby exposing an otherwise hidden binding site for the adaptor protein vinculin.
Andrea Duarte
Vinculin then promotes additional actin recruitment, strengthening the linkages between the junction and
the cytoskeleton.

Uniones adherents en celulas epiteliales.

En las células epiteliales se forman “cinturones”, regiones donde hay varias uniones adherentes juntas
hacia el extremo apical de la celula, por debajo de las microvellosidades, en donde el ordenamiento de
filamentos de actina queda dispuesto en paralelo a la superficie basal formando también un cinturón de
filamentos de actina que une a las células del epitelio por su parte apical.
Este arreglo de los filamentos permite que un epitelio, mediante fuerzas contráctiles, pueda estrecharse en
los extremos de las células, dándoles una forma mas conica y que se puedan formar distintas estructuras
(tubos, vesículas,etc) mediante invaginaciones de la pared epitelial
Desmosomas
Dan fuerza mecánica a los epitelios, son tipos de cadherinas no clásicas, que se unen a los filamentos
intermedios, se encuentran en vertebrados en epitelios maduros que estén sujetos a altos niveles de stress
mecanico como por ejemplo la epidermis y el miocardio. Se parecen a botones y no permiten que el
liquido se acumule entre las capas del epitelio.
Todos los epitelios están unidos por sus lados basales pero libres de uniones en su lado apical. La lamina
basal que se encuentra por debajo del epitelio media el anclaje
mientras que la zona apical del epitelio esta bañada por fluidos
extracelulares. Asi es que todos los epitelios están polarizados al
igual que las células que lo componen. Y ambos lados, basal y
apical, difieren uno del otro.
Debido a las uniones cel-cel en la zona
basal y lateral, los fluidos que se
encuentran en la zona basal son ditintos
químicamente a los de la zona apical, y
estos no se mezclan.
The role of tight junctions in allowing
epithelia to serve as barriers to solute
diffusion. (A) The drawing shows how a
small extracellular tracer molecule added on
one side of an epithelium is prevented from
crossing the epithelium by the tight
junctions that seal adjacent cells together

Figure 19–18 The role of tight junctions

in transcellular transport. For clarity, only
the tight junctions are shown. Transport
proteins are confined to different regions
of the plasma membrane in epithelial
Andrea Duarte
cells of the small intestine. This segregation permits a vectorial transfer of nutrients across the epithelium
from the gut lumen to the blood. In the example shown, glucose is actively transported into the cell by
Na+-driven glucose transporters at its apical surface, and it leaves the cell through passive glucose
transporters in its basolateral membrane. Tight junctions are thought to confine the transport proteins to
their appropriate membrane domains by acting as diffusion barriers, or “fences,” within the lipid bilayer of
the plasma membrane; these junctions also block the backflow of glucose from the basal side of the
epithelium into the gut lumen

Las unions adherents tienen proteinas transmembranas

Estas proteínas forman redes como de hilos finos que se pueden ver con microscopia electronica de
criofractura y hacen que las membranas que están en contacto por uniones adherentes formen una
oclusión en el espacio intercelular.
Claudinas, Las principales, escenciales para la formación y
funcionamiento de las uniones adherentes. Son una familia muy
grande que se expresan en diferentes combinaciones en los epitelios
para dar propiedades de permeabilidad distintas a cada uno. Ya que
pueden formar canales selectivos a distintos iones para que
atraviesen la unión, por ejemplo en los tubulos del riñon se expresa
una Claudina que es permeable al Mg++ permitiendo que éste sea
reabsorbido de la orina.
Ocludinas, no son escenciales para la formación de la unión pero si
limitan la permeabilidad de las uniones.
Los extremos de estas dos prot. Quedan en el lado citoplasmático de
la cel donde interactúan con proteínas “scaffolding” que organizan los
hilos de sellado en las memb. Y su unión con el citoesqueleto.
Tricellulin, necesaria para sellar las membranas y no permitir alguna
fuga transepitelial cuando se unen 3 cellas.

The key organizational proteins at tight junctions are the zonula occludens (ZO) proteins. The three major members
of the ZO family—ZO-1, ZO-2, and ZO-3—are large scaffold proteins that provide a structural support on which the
tight junction is built.

Scaffold proteins at the tight junction. The scaffold proteins ZO-1, ZO-2, and ZO-3 are concentrated beneath the
plasma membrane at tight junctions. Each of the proteins contains multiple protein-binding domains, including three
PDZ domains, an SH3 domain, and a GK domain, linked together like beads on a flexible string. These domains enable
the proteins to interact with each other and with numerous other partners, as indicated here, to generate a tightly
woven protein network that organizes the sealing strands of the tight junction and links them to the actin
cytoskeleton. Scaffold proteins with similar structure help organize other junctional complexes, including those at
neural synapses.
Andrea Duarte

Uniones GAP
Unen a las celulas de modo que quedan acopladas electrica y
metabolicamente. A diferencia de las otras, están pensadas para
crear un canal y que exista una comunicación entre células. Las
membranas quedan separadas entre 2-4nm.
Formado por conexinas en vertebrados e inexinas en
invertebrados. El poro de 1.4nm permite el pasaje de moléculas
pequeñas y iones. Cada conexon esta formado por 6 conexinas.
Las celulas pueden expresar distintas conexinas y formar canales asimetricos en cuanto a su composicion.
Estos canales alternan entre cerrado y abierto. Se abren cuando reciben un estimulo que puede ser un
cambio en el potencial de membrana, pH o concentracion de Ca++, neurotransmisores. Las conexinas
tienen una vida media de solo unas pocas horas por lo que estan constantemente renovandose, las
uniones GAP son estructuras muy dinamicas. Pueden tener distintas combinaciones de conexinas en
distintos tejidos por lo que difieren en sus propiedades, creando canales que difieren en permeabilidad.
Figure 19–23 Gap junctions as seen in the electron microscope. (A)
Thinsection and (B) freeze-fracture electron micrographs of a large
and a small gapjunction plaque between fibroblasts in culture. In (B),
each gap junction is seen as a cluster of homogeneous
intramembrane particles. Each intramembrane particle corresponds
to a connexon

Selectinas
Proteinas transmembranas que se unen a oligosacáridos
específicos de otras células. Al igual que las integrinas y las
inmunoglobulinas, son dependiente de calcio. Median la interaccion entre células sanguíneas manteniendo
el trafico de globulos blancos en los órganos linfoides y tejidos inflamados. Las selectinas unen los globulos
blancos a las paredes endoteliales de los vasos sanguíneos permitiendo que migren del torrente sanguíneo
hacia los tejidos.
Andrea Duarte

Matriz Extracelular
Red intrincada de macromoléculas en asociación con las células de los tejidos que la secretan. Su
composición es masomenos la misma en los distinto tejidos pero varia la proporción de sus componentes,
incluso algunas pueden ser calcificadas y formar dientes o huesos o ser transparente y blanda y formar la
cornea o el cuerpo de una medusa.
Su función es proporcionar soporte físico y también regular el comportamiento de las células que están en
contacto con ella, influenciando su supervivencia, desarrollo migración, proliferación, forma, etc.
La matriz extracelular es producida localmente por las células que la secretan.
Le dan forma y organización a sus componentes. En la mayoría de los tejidos
conectivos los fibroblastos son los que secretan la matriz extracel. En los
tejidos oseos los condreoblastos y osteoblastos son las células que la
secretan.
Componentes Macromolecular

 GAG – glicosaminoglicanos, son polisacáridos unido a proteínas en la

forma de proteoglicanos
 Proteinas fibrosa – de la familia de colágeno
 Glycoproteinas – oligosacáridos unidos a aspargina.
Estos tres componentes son ma sbien 3 grandes familias o forma de clasificar
todos los componentes de la matriz. Se piensa que los mamíferos por
ejemplo tienen casi 300 proteinas en la matriz. Cada tejido secreta la matriz
que necesita acorde a la función que realice el mismo.
Los proteoglicanos formas estructuras como geles en donde el colágeno y las
glicoproteínas se encuentran. Los polisacáridos dan resistencia ante fuerzas
de compresión mientras que permiten la difusión de nutrientes, metabolitos
y hormonas hacia los tejidos, las fibras de colágeno dan soporte y ayudan a
organizar la matriz y otras proteínas fibrosas como la elastina dan resitencia
mecánica.
Glicosaminoglucanos (Resisten fuerzas compresoras)
Grandes cadenas compuestas por repeticiones de disacaridos sin ramificaciones que ocupan espacio y
forman geles hidratados. Cargados negativamente son las moléculas mas anionicas producidas x una
celula. Se clasifican en 4 grupos según los azucares que componen a la molecula, tenemos: (1) hyaluric
acid, (2) chondroitin sulfate and dermatan sulfate, (3) heparan sulfate, and (4) keratan sulfate.
Las cadenas de polisacáridos son muy rigidas como para compactarse por eso que ocupan un gran volumen
de la matriz, al ser muy negativas atraen cationes Na+ lo que causa que la matriz este compuesta por
grandes cantidades de agua también.
Acido hialuronico
El mas simple glucosaminoglicano, especialmente abundante en embriones, esta presente en todos los
tejidos animales. La particularidad es que todos sus disacáridos son idénticos, se sintetiza dentro de la
celula y se libera por exocitosis. El acido hialuronico rellena los espacios durante la morfogénesis tisular y
Andrea Duarte
en procesos de reparación. puede deformar un epitelio creando espacios vacios hacia donde migran
células, cuando la migración celular termina, el exceso de acido es degradaso por la hialuronidasa
Proteoglicanos
Están compuestos por cadenas de GLAG unidas covalentemente a un nucleo proteico. Ribosomas de
membrana sintetizan la cadena polipetidica de un proteoglicano que formara el nucleo proteico, luego se
manda al RE, en el aparato de Golgi el nucleo proteico se ensambla con las cadenas polisacaridas. Primero
se une un tetrasacrido al nucleo que funciona como primer al cual luego se le van uniendo azucares de a
una gracias a la glicosil transferasa hasta formar una cadena y se mandan al exterior por exocitosis.
Los proteoglicanos se diferencian de otras glicoproteínas porque por definición deben contener cadenas de
GAG de al menos 80 azucares de largo, mientras que las glicoproteínas nunca van a ser tan largas,
generalmente contienen ramas cortas de oligosacáridos.
The linkage between a GAG chain and its core protein in a
proteoglycan molecule. A specific link tetrasaccharide is
first assembled on a serine side chain. The rest of the GAG
chain, consisting mainly of a repeating disaccharide unit, is
then synthesized, with one sugar being added at a time.

Examples of a small (decorin) and a large (aggrecan) proteoglycan found in the extracellular matrix. The figure
compares these two proteoglycans with a typical secreted glycoprotein molecule, pancreatic ribonuclease B. All
three are drawn to scale. The core proteins of both aggrecan and decorin contain oligosaccharide chains as well as
the GAG chains, but these are not shown.
Aggrecan typically consists of about 100
chondroitin sulfate chains and about 30
keratan sulfate chains linked to a serine-rich
core protein of almost 3000 amino acids.
Decorin “decorates” the surface of collagen
fibrils, hence its name
Andrea Duarte
An aggrecan aggregate from fetal bovine cartilage. (A) An electron micrograph of an aggrecan aggregate shadowed
with platinum. Many free aggrecan molecules are also visible. (B) A drawing of the giant aggrecan aggregate shown
in (A). It consists of about 100 aggrecan monomers (each like the one shown in Figure 19–36) noncovalently bound
through the N-terminal domain of the core protein to a single hyaluronan chain. A link protein binds both to the core
protein of the proteoglycan and to the hyaluronan chain, thereby stabilizing the aggregate. The link proteins are
members of a family of hyaluronan-binding proteins, some of which are cell-surface proteins.

Fibras de colágeno (resisten fuerzas de tensión)

La principal proteina de la matriz, son una familia de proteinas fibrosas secretadas en grandes cantidades
por el tejido conectivo y en menor cantidad por otros. Contituyen el 25% del total de las proteínas en
mamíferos.
Son cadenas polipetidicas largas y rigidas llamadas “cadenas alfa” se enrollan para formar una triple hélice
en la fibra de colágeno que es rica en prolina y glicina. El genoma Humano tiene 42 genes distintos que
codifican distintos tipos de cadenas alfa, cualquier combinación de 3 cadenas puede formar una fibra de
colágeno por lo que existen entonces distintos tipos de fibras de colágeno.
Tipos de fibra de colágeno:

 Tipo I, la más común, principalmente en piel y hueso pertenece a la clase fibrilar, luego de que son
secretadas al espacio extracelular se ensamblan en polímeros de mayor orden llamadas fibrillas de
colágeno visibles al microscopio electrónico.
 Tipo IX y XII colágeno asociado a fibrillas, porque se encuentran en la superficie de las fibrillas de
colágeno, unen a las fibrillas entre si y con otros componentes de la matriz. No se agregan para
formar fibrillas de colágenos por si solos. IX se une a colágeno tipo II y las XII se une a tipo I
 Tipo IV colágeno que forma redes, en especial una gran parte de la lamina basal
 Tipo VII forman dimeros que se ensamblan para formas las estructuras llamadas “ fibras de
anclaje”, ayudan a unir la lamina basal con el tejido conectivo en los epitelios estratificados, por eso
son abundantes en la piel.
Andrea Duarte
 Otros: existen otras proteínas que son simil-colageno que tienen segmentos parecidos a fibras de
colágeno y que podemos encontrarlas en hemidesmosomas y en el nucleo de proteínas de los
proteoglicanos en la lamina basal
A fibroblast surrounded by collagen fibrils in
the connective tissue of embryonic chick
skin. In this electron micrograph, the fibrils
are organized into bundles that run
approximately at right angles to one another.
Therefore, some bundles are oriented
longitudinally, whereas others are seen in
cross section. The collagen fibrils are
produced by fibroblasts.

Las células del tejido conectivo determinan el tamaño y la disposicion de las fibras de colageno, las celulas pueden
expresar distintos genes para ditintos tipos de moleculas fibrilares de colágeno.

De igual forma la misma composición tiene ditintas formas de ordenamiento en distintos tejidos, esto ocurre porque
junto con la formación de las fibrillas de colágeno se secretan proteínas que ayudan y orientan hacia una estructura
y patrón determinado en particular se secreta fibronectina una proteína fibrosa

Thus, the fibroblasts influence the alignment of the collagen fibers, and the collagen fibers in turn affect the
distribution of the fibroblasts. Fibroblasts may have a similar role in organizing the extracellular matrix
inside the body. First they synthesize the collagen fibrils and deposit them in the correct orientation. Then
they work on the matrix they have secreted, crawling over it and tugging on it so as to create tendons and
ligaments and the tough, dense layers of connective tissue that surround and bind together most organs

Elastina
Proteinas hidrofóbicas no glicosiladas que le dan elasticidad a los tejidos, por ejemplo los vasos sanguineos
o los pulmones son estructuras que necesitan ser elasticas. Forman las fibras elásticas en la matriz
extracel.
Las fibras elásticas entonces son otro componente importante
principalmente en órganos que requieran de una gran
elasticidad debido a su función, las fibras elásticas están
recubiertas por una vaina de microfibrillas, las microfibrillas
aparecen antes que la elastina en los tejidos en desarrollo ya
que proveen de una guía para la deposición de elastina. Estan
formadas por Fibrilina una glicoproteína que se une a la
elastina y es escencial para la integridad de la fibra elástica.
Stretching a network of elastin molecules. The molecules are
joined together by covalent bonds (red) to generate a cross-linked
network

Fibronectina
Es una de las muchas glicoproteínas con multiples dominios que ayudan a organizar la matriz y funcionan
como proteínas de scafolding. Ademas de sus componentes principales que ya vimos también poseen
proteínas
con
Andrea Duarte
multiples dominios a los cuales se unen moléculas especificas y receptores de la superficie de otras células
por lo que son importante para la organización y para formar la unión de la matriz con las células. La
fibronectina es un dimero compuesto por dos subunidades. En humanos hay solo un gen que la codifica
pero puede sufrir splicing alternativo y dar varias isoformas

The structure of a fibronectin dimer. (A) Electron micrographs of individual fibronectin dimer molecules shadowed
with platinum; red arrows mark the joined C-termini. (B) The two polypeptide chains are similar but generally not
identical (being made from the same gene but from differently spliced mRNAs). They are joined by two disulfide
bonds near the C-termini. Each chain is almost 2500 amino acids long and is folded into multiple domains (see Figure
19–46). As indicated, some domains are specialized for binding to a particular molecule. For simplicity, not all of the
known binding sites are shown. (C) The three-dimensional structure of the ninth and tenth type III fibronectin
repeats, as determined by x-ray crystallography. Both the Arg-GlyAsp (RGD) and the “synergy” sequences shown in
red are important for binding to integrins on cell surfaces.

one region of fibronectin binds to collagen, another to proteoglycans, and another to specific integrins on the
surface of various types of cells. Fibronectin can exist both in a soluble form, circulating in the blood and other body
fluids, and as insoluble fibronectin fibrils, in which fibronectin dimers are cross-linked to one another by additional
disulfide bonds and form part of the extracellular matrix. fibronectin molecules assemble into fibrils only on the
surface of cells, and only where those cells possess appropriate fibronectin-binding proteins—in particular, integrins.
The integrins provide a linkage from the fibronectin outside the cell to the actin cytoskeleton inside it.

Lamina Basal
Algunos componentes de la matriz extracelular se unen para formar la membrana basal o lamina basal, un
tipo especial de matriz, esencial en todos los epitelios, fina y flexible, es una de las características que
comparten todos los animales multicelulares. Se encuentra en la base de los epitelios, rodeando algunas
Andrea Duarte
fibras musculares, adiposas y cel de schwann, o incluso puede funcionar como un filtro en los glomérulos.
Puede disponerse de muchas formas y casi siempre es una barrera entre la celula y el tejido conectivo.

Funciones de la lamina basal:

 Estructurales mecánicas y de relleno

 Determinar la polaridad celular
 Influenciar el metabolismo celular
 Organizar las proteínas en las membranas plasmáticas adyacentes
 Promover la supervivencia celular, proliferación, diferenciación
 Guía para las células en migración.
El rol mecanico es esencial ya que por ejemplo la epidermis depende de la fuerza de la lamina basal para
mantenerse unida al tejido conectivo subyacente
Componentes principales de la lamina basal:

 Laminina
 Colágeno tipo IV
 Nidogen (glicoproteína)
 Fibronectina
La laminina es la organizadora principal de la estructura de la lamina. Es una gran familia de proteínas cada
una se compone de 3 cadenas polipetidicas alfa, beta y gamma. Que se enrrollan en un extremo pero están
libres en el otro formando como un bouquete de 3 flores.

(B) Electron
micrographs of
laminin molecules
shadowed with
platinum.

La laminina y el colageno tipo IV

interactúan con el nidogen y el
prteoglicano perlecan
resultando en una red de
proteínas y proteoglicanos
A model of the molecular structure
of a basal lamina. (A) The basal
Andrea Duarte
lamina is formed by specific interactions (B) between the proteins laminin, type IV collagen, and nidogen, and the
proteoglycan perlecan. Arrows in (B) connect molecules that can bind directly to each other. There are various
isoforms of type IV collagen and laminin, each with a distinctive tissue distribution. Transmembrane laminin
receptors (integrins and dystroglycan) in the plasma membrane are thought to organize the assembly of the basal
lamina; only the integrins are shown

Otras funciones de la lamina basal:

Funciona como barrera selectiva y filtro para moléculas. La lamina por debajo del epitelio por ejemplo, previene que
los fibroblastos del tejido conectivo subyacente entren en contacto con el epitelio.

Ayuda a la regeneración del tejido cuando hay una lesión. Cuando las células de un tejido mueren, la lamina por lo
gral sobrevive y queda como un scafold o una guía de hacia donde deben migrar las células regenerativas y la
arquitectura del tejido no se pierde.

La matriz extracelular y la lamina basal son estructuras dinámicas que la celula sintetiza y degrada, cuando se
necesita migrar por ejemplo, la celula debe de degradar su lamina basal xa poder desprenderse. Las proteasas y
colagenasas son ejemplos de enzimas que cooperan para degradar las proteínas de la matriz

Uniones Celula-Matriz
Proteinas transmembranas en las células conectan el citoesqueleto con la matriz, los componentes de la
matriz pueden afectar el comportamiento de la celula. Estas proteínas funcionan como receptores en la
matriz extracelular y median la interaccion de la celula con la lamina basal.
Uno de esos receptores son las integrinas, que transmiten información a ambos lados de la membrana.
Detectan y transmiten información mecánica y química y pueden convertir un tipo de señal en la otra.
Integrinas
Heterodimeros transmembranas que unen la matriz
extracel con el citoesqueleto de la celula y permiten el
pasaje de información entre ambos. La unión de integrinas
a su ligando en la matriz es afectado por la concentración
de calcio y magnesio en el medio extracelular
The subunit structure of an active integrin molecule, linking
extracellular matrix to the actin cytoskeleton. The N-terminal
heads of the integrin chains attach directly to an extracellular
protein such as fibronectin; the C-terminal intracellular tail of the
integrin β subunit binds to adaptor proteins that interact with
filamentous actin. The best-understood adaptor is a giant
protein called talin, which contains a string of multiple domains
for binding actin and other proteins, such as vinculin, that help
reinforce and regulate the linkage to actin
filaments. One end of talin binds to a specific site
on the integrin β subunit cytoplasmic tail; other
regulatory proteins, such as kindlin, bind at
another site on the tail.

Hemidesmosomes. (A) Hemidesmosomes spot-

weld epithelial cells to the basal lamina, linking
laminin outside the cell to keratin filaments
inside it. (B) Molecular components of a
hemidesmosome. A specialized integrin (α6β4
integrin) spans the membrane, attaching to
Andrea Duarte
keratin filaments intracellularly via adaptor proteins called plectin and BP230, and to laminin extracellularly. The
adhesive complex also contains, in parallel with the integrin, an unusual collagen family member known as collagen
type XVII; this has a membrane-spanning domain attached to its extracellular collagenous portion

Una celula que migra tiene que poder unirse a la lamina y

soltarse periodicamente, es por ello que las integrinas pueden
alternar entre dos conformaciones activas a inactivas. En el
estado inactivo la integrina es mas compacta y no puede unirse
a proteínas de la matriz tampoco al citoesqueleto de la celula
porque sus extremos que quedan por dentro de la misma están
como enganchados entre si. La activación requiere un cambio
conformacional que esta regulado por varios mecanismos
dependiendo de la necesidad de la celula.

Activation of integrins by intracellular signaling. Signals received from outside the cell can act through various
intracellular mechanisms to stimulate integrin activation. In platelets, as illustrated here, the extracellular signal
protein thrombin activates a G-protein-coupled receptor on the cell surface, thereby initiating a signaling pathway
that leads to activation of Rap1, a member of the monomeric GTPase family. Activated Rap1 interacts with the
protein RIAM, which then recruits talin to the plasma membrane. Together with another protein called kindlin, talin
interacts with the integrin β chain to trigger integrin activation. Talin then interacts with adaptor proteins such as
vinculin, resulting in the formation of an actin linkage (see Figure 19–55). Talin regulation depends in part on an
interaction between its flexible C-terminal rod domain and the N-terminal head domain that contains the integrin-
binding site. This interaction is thought to maintain talin in an inactive state when it is free in the cytoplasm. When
talin is recruited by RIAM to the plasma membrane, the talin head domain interacts with a phosphoinositide called
PI(4,5)P2 (not shown here, but see Figure 15–28), resulting in dissociation of the rod domain. Talin unfolds to expose
its binding sites for integrin and other proteins.

Las uniones a la matriz extracel actuan a traves de las integrinas para controlar la proliferacion celular.
Las integrinas activan una ruta de señalización intracelular y controlan el comportamiento celular según la
naturaleza y el estado de la matriz extracel. Muchos cultivos celulares no crecerán a menos que se unen a
algo, los nutrientes del medio no son suficientes. Cuando las células epiteliales dejan de estar en contacto
con la matriz, entran en apoptosis.
Dependencia al anclaje, asi se denomina al fenómeno por el cual las células necesitan de estar sujetas a un
sustrato para proliferar y crecer, la unión esta mediada mayoritariamente por integrinas y las señales
Andrea Duarte
intracel que estas generan. Las células cancerígenas se escapan de ese anclaje debido a mutaciones y es lo
que le permite hacer metástasis a los cáncer. Las señales intracelulares generadas por las integrinas en los
lugares donde exista una unión con la matriz extracelular son cruciales para la supervivencia y proliferación
de la celula.
La unión matriz celular – Celula responde a fuerzas mecánicas
Las uniones pueden sensar y responder a fuerzas mecánicas sobre ellas, la mayoría de las uniones están
conectadas a una red contráctil de actina que “sincha” a la matriz, cuando la matriz es lo suficientemente
resistente, la unión es capaz de sensar la fuerza resultante y disparar una respuesta. La respuesta recluta
varias integrinas y otras proteínas hacia esa región para hacer mas fuerte la unión y que resista la fuerza
aplicada. Si la matriz no es tan tensa entonces la respuesta no será tan robusta.
Talin is a tension sensor at cell–matrix
junctions. Tension across cell–matrix junctions
stimulates the local recruitment of vinculin and
other actin-regulatory proteins, thereby
strengthening the junction’s attachment to the
cytoskeleton. The experiments presented here
tested the hypothesis that tension is sensed by the talin adaptor protein that links integrins to actin filaments (see
Figure 19–55). (A) The long, flexible, C-terminal region of talin is divided into a series of folded domains, some of
which contain vinculin-binding sites (dark green lines) that are thought to be hidden and therefore inaccessible. One
domain near the N-terminus, for example, comprises a folded bundle of 12 α helices containing five vinculin-binding
sites.

Collagen and elastin. (A) Collagen is a triple helix formed by three extended protein chains that wrap around one
another (bottom). Many rodlike collagen molecules are cross-linked together in the extracellular space to form
unextendable collagen fibrils (top) that have the tensile strength of steel. The striping on the collagen fibril is caused
by the regular repeating arrangement of the collagen molecules within the fibril. (B) Elastin polypeptide chains are
cross-linked together in the extracellular space to form rubberlike, elastic fibers. Each elastin molecule uncoils into a
more extended conformation when the fiber is stretched and recoils spontaneously as soon as the stretching force is
relaxed. The cross-linking in the extracellular space mentioned creates covalent linkages between lysine side chains,
but the chemistry is different for collagen and elastin.

Sintesis de colageno
Andrea Duarte
Independientemente del tipo, la síntesis de las moléculas de colágeno ocurre en forma de precursor
(Figura 4). El colágeno se sintetiza en el interior celular en forma de procolágeno. En primer lugar se
sintetizan las cadenas alfa inmaduras en el retículo endoplasmático, donde son modificadas. Las prolinas y
lisinas son hidroxiladas para dar hidroxiprolinas e hidroxilisinas, pudiendo representar ambas hasta el 20 %
de la molécula de colágeno. También se lleva a cabo la adición de sacáridos, proceso denominado
glicosidación (del tipo O-glicosidación). En este momento se asocian las cadenas alfa de 3 en 3 gracias a
puentes de hidrógeno y a puentes disulfuro, para formar las moléculas de procolágeno. Éstas son
reconocidas por receptores transmembrana y empaquetadas en vesículas recubiertas por COPII. Estas
vesículas, de unos 500 nm de diámetro, han de ser diferentes al resto de vesículas que salen del retículo
endoplasmático puesto que las moléculas de procolágeno son como varillas rígidas de unos 300 nm (las
vesículas típicas COPII miden entre 60 y 90 nm). El procolágeno pasa por el aparato de Golgi, no se sabe
muy bien cómo, desde donde es exocitado al exterior celular. Es destacable que algunas células pueden
seleccionar el dominio celular donde se liberará un determinado tipo de colágeno. Independientemente de
esto, durante, o tras la liberación, las moléculas de procolágeno sufren una acción enzimática por
metaloproteinasas específicas que elimina las secuencias terminales de cada cadena alfa, transformando el
procolágeno en colágeno. Estas secuencias terminales impiden que el procolágeno se ensamble
espontáneamente en el interior celular. Antes se pensaba que el procesamiento del procolágeno y el
esamblado de las fibrillas era extracelular, pero parece que empieza antes de su completa exocitosis en
compartimentos entre el aparato de Golgi y la membrana plasmática.
Las moléculas de colágeno, ya sin cadenas terminales, se ensamblan automáticamente para formar
las fibrillas de colágeno, que a su vez se unen para formar las fibras de colágeno (Figuras 4 y 5). La
formación de las fibras de colágeno, sin embargo, parece estar controlada por la participación de los
colágenos tipo V y XI. En concreto el colágeno tipo V parece imprescindible para la formación final de las
fibras de colágeno ya que si se elimina no se observan tales fibras. La forma y el crecimiento de las
fibras de colágeno se ven afectados por otras moléculas como algunos proteoglicanos, como la
decorina, fibromodulina y limicano. En la fase final de ensamblaje, y para dar estabilidad a la fibra, se
forman enlaces químicos por enzimas como la lisil oxidasa.
El colágeno se sintetiza principalmente por fibroblastos, miofibroblastos, osteoblastos y condrocitos.
Aunque, en general, todas las células de un tejido pueden contribuir a la síntesis de matriz extracelular. Por
ejemplo, algunas moléculas de colágeno son sintetizadas por las células epiteliales.
Andrea Duarte

Cap. 16 El Citoesqueleto
Responsable de que la celula sea un organismo dinamico, que exista un trafico intracelular de organelo y
un trafico celular que confiera movilidad a la celula y también cierta estructura cuando la misma esta fija,
determinando en algunos casos polaridad celular, forma y tamaño.
Filamentos de Actina – Determinan la forma de la superficie celular, ayudan a la locomoción y al proceso
de citocinesis.
Microtubulos – determinan la posición de los organelos dentro de la celula, dirigen el trafico intracelular y
la orientación de los cromosomas en la mitosis.
Filamentos intermedios – dan sostén mecanico
Proteinas motoras – son proteínas accesorias del citoesqueleto, convierten la energía de la hidrolisis de
ATP a energía mecánica para mover organelos o vesículas a travez de los filamentos.
El citoesqueleto puede mantenerse fijo como también ser muy dinamico cambiando según las necesidades
de la celula. Pueden formar proyecciones de membrana como por ejemplo lamelopodios y filopodios,
estructuras que sirven para explorar territorio y moverse. Microvellosidades en la superficie del intestino
que sirve para aumentar la superficie de la celula y aumentar la absorción de nutrientes. Cilias, que
funcionan como estructuras sensoriales y de locomoción, compuestas de microtúbulos.
Andrea Duarte
Andrea Duarte
El citoesqueleto determina la organización celular y la polaridad
En el intestino el citoesqueleto forma las microvellosidades y cilias que son estructuras que mantienen una
locación, diámetro y largo constante durante toda la vida de la celula. Se forman prolongaciones en la
superficie celular especializadas y estables.
Permite que la celula distinga entre lo que es apical y basal. Las células epiteliales por ejemplo usan el
citoesqueleto para mantener la diferencia entre la zona apical y la basolateral.
Organization of the cytoskeleton in polarized epithelial
cells. All the components of the cytoskeleton cooperate to
produce the characteristic shapes of specialized cells,
including the epithelial cells that line the small intestine,
diagrammed here. At the apical (upper) surface, facing the
intestinal lumen, bundled actin filaments (red) form
microvilli that increase the cell surface area available for
absorbing nutrients from food. Below the microvilli, a
circumferential band of actin filaments is connected to cell–
cell adherens junctions that anchor the cells to each other.
Intermediate filaments (blue) are anchored to other kinds
of adhesive structures, including desmosomes and
hemidesmosomes, that connect the epithelial cells into a
sturdy sheet and attach them to the underlying
extracellular matrix; these structures are discussed in
Chapter 19. Microtubules (green) run vertically from the
top of the cell to the bottom and provide a global
coordinate system that enables the cell to direct newly
synthesized components to their proper locations.

Los filamentos intermedios son los unicos que no son polarizados, los microtúbulos y filamentos de
actina tienen un extremo + y otro -
Proteinas motoras y accesorias regulan la dinámica de los filamentos, la distribución espacial y su
comportamiento. Se unen a los filamentos para determinar los sitios de unión a nuevos filamentoso a otras
estructuras de la celula como por ejemplo organelos, o para cambiar la cinetica de ellos

Actina
La subunidad de actina, G-actina, polipetido de 375aa que lleva asociado una molecula de ATP o ADP. La G-
actina se ensambla para formar filamentos o F – Actina de 8nm. El filamento es polarizado, el extremo –
crece lento y el extremo + crece rápido
Nucleacion
Es el paso limitante en la formación de los filamentos.
La actina se puede ensamblar espontáneamente pero
estos agregados pequeños son inestables. Para formar
un nuevo filamento la actina se ensabla a un agregado
inical de subunidades o nucleo que es estabilizado por
proteínas y puede elongarse rápidamente por la adicion
de mas subunidades. Este proceso se conoce como
nucleación
Andrea Duarte

Treadmilling
ATP hidrolisis en los filamentos de actina lleva al fenómeno de treadmilling.
Andrea Duarte
Andrea Duarte

The Arp 2/3 complex nucleates actin filament growth from the minus end, allowing
rapid elongation at the plus end. The complex can attach to the side of another actin
filament while remaining bound to the minus end of the filament that it has
nucleated, thereby building individual filaments into a treelike web

The Arp 2/3 complex nucleates filaments most efficiently when it is bound to the side
of a preexisting actin filament. The result is a filament branch that grows at a 70°
angle relative to the original filament. Repeated rounds of branching nucleation result
in a treelike web of actin filaments

Actin elongation mediated by formins. Formin proteins (green) form a dimeric complex that can nucleate the
formation of a new actin filament (red) and remain associated with the rapidly growing plus end as it elongates. The
formin protein maintains its binding to one of the two actin subunits exposed at the plus end as it allows each new
subunit to assemble. Only part of the large dimeric formin molecule is shown here. Other regions regulate its activity
and link it to particular structures in the cell. Many formins are indirectly connected to the cell plasma membrane
and aid the insertional polymerization of
the actin filament directly beneath the
membrane surface. Formins are dimeric
proteins that nucleate the growth of
straight, unbranched filaments that can
be cross-linked by other proteins to
form parallel bundles
Andrea Duarte
Distintas proteinas organizan los filamentos de actina de forma diferente. El complejo ARP 2/3 forma redes
mientras que las forminas forman haces paralelos. Básicamente las proteínas se clasifican en esos dos
grandes grupos: las que forman haces y las que forman redes. A su vez estas proteínas al formar distintos
arreglos de filamentos de actina determinas que otras proteínas motoras pueden interactuar con los
filamentos. Por ejemplo la miosina no puede unirse a los filamentos de actina cuando están empaquetados
compactamente, pero si pueden cuando están en forma de red gracias al complejo ARP 2/3.

The formation of two types of actin

filament bundles.

(A) Fimbrin cross-links actin filaments into

tight bundles, which exclude the motor
protein myosin II from participating in the
assembly. In contrast, α-actinin, which is a
homodimer, cross-links actin filaments
into loose bundles, which allow myosin
(not shown) to incorporate into the
bundle. Fimbrin and α-actinin tend to
exclude one another because of the very
different spacing of the actin filament
bundles that they form

Filamin promotes the formation of a loose and

highly viscous gel by clamping together two actin
filaments roughly at right angles. Cells require the
actin gels formed by filamin to extend the thin,
sheetlike membrane projections called lamellipodia
that help them to crawl across solid surfaces. In
humans, mutations in the filamin A gene cause
defects in nerve-cell migration during early
embryonic development. Filamin cross-links actin
filaments into a three-dimensional network and is
required for normal neuronal migration. (A) Each
filamin homodimer is about 160 nm long when fully extended and forms a flexible, highangle link between two
adjacent actin filaments. A set of actin filaments crosslinked by filamin forms a mechanically strong web or gel.

MIOSINA Y ACTINA
La miosina desliza los filamentos de actina entre si para generar contraccion. Un ejemplo es en el musculo
(B) Schematic diagram, not drawn to scale. The myosin II molecules aggregate by means of their tail regions, with
their heads projecting to the outside of the filament. The bare zone in the center of the filament consists entirely of
myosin II tails Each myosin head binds and hydrolyzes ATP, using the energy of ATP hydrolysis to walk toward the
plus end of an actin filament
Andrea Duarte

La miosina usa la hidrolisis de ATP para realizar cambios conformacionales y generar interacciones cíclicas
con los filamentos haciendo que la miosina se “desplace” en un sentido determinado
The cycle of structural changes used by myosin II to walk along an actin filament

ATTACHED At the start of the cycle shown in this figure, a

myosin head lacking a bound nucleotide is locked tightly onto
an actin filament in a rigor configuration (so named because
it is responsible for rigor mortis, the rigidity of death). In an
actively contracting muscle, this state is very short-lived,
being rapidly terminated by the binding of a molecule of ATP.

RELEASED A molecule of ATP binds to the large cleft on the

“back” of the head (that is, on the side furthest from the
actin filament) and immediately causes a slight change in the
conformation of the actin-binding site, reducing the affinity
of the head for actin and allowing it to move along the
filament. (The space drawn here between the head and actin
emphasizes this change, although in reality the head
probably remains very close to the actin.)

COCKED The cleft closes like a clam shell around the ATP
molecule, triggering a movement in the lever arm that causes
the head to be displaced along the filament by a distance of
about 5 nm. Hydrolysis of ATP occurs, but the ADP and
inorganic phosphate (Pi) remain tightly bound to the protein.

FORCE-GENERATING Weak binding of the myosin head to a

new site on the actin filament causes release of the inorganic
phosphate produced by ATP hydrolysis, concomitantly with
the tight binding of the head to actin. This release triggers the
power stroke—the force-generating change in shape during
which the head regains its original conformation. In the
course of the power stroke, the head loses its bound ADP,
thereby returning to the start of a new cycle.

ATTACHED At the end of the cycle, the myosin head is again

locked tightly to the actin filament in a rigor configuration.
Note that the head has moved to a new position on the actin
filament.

La misoina II es la que causa la contraccion muscular deslizandose por los filamentos de actina
Celulas musculares esqueléticas:
The large muscle cell retains the many nuclei of the contributing cells. These nuclei lie just beneath the plasma
membrane The bulk of the cytoplasm inside is made up of myofibrils, which is the name given to the basic contractile
Andrea Duarte
elements of the muscle cell. A myofibril is a cylindrical structure 1–2 μm in diameter that is often as long as the
muscle cell itself. It consists of a long, repeated chain of tiny contractile units— called sarcomeres, each about 2.2
μm long—which give the vertebrate myofibril its striated appearance (Figure 16–32). Each sarcomere is formed from
a miniature, precisely ordered array of parallel and partly overlapping thin and thick filaments. The thin filaments are
composed of actin and associated proteins, and they are attached at their plus ends to a Z disc at each end of the
sarcomere.

Sarcomere shortening is caused by the myosin filaments sliding past the actin
thin filaments, with no change in the length of either type of filament (see
Figure 16–32C and D). Bipolar thick filaments walk toward the plus ends of two
sets of thin filaments of opposite orientations, driven by dozens of independent
myosin heads that are positioned to interact with each thin filament. Because
there is no coordination among the movements of the myosin heads, it is critical
that they remain tightly bound to the actin filament for only a small fraction of
each ATPase cycle so that they do not hold one another back

Accessory proteins produce the remarkable uniformity in filament

organization, length, and spacing in the sarcomere

Organization of accessory proteins in a sarcomere. Each giant titin molecule

extends from the Z disc to the M line—a distance of over 1 μm. Part of each titin
molecule is closely associated with a myosin thick filament (which switches
polarity at the M line); the rest of the titin molecule is elastic and changes length
as the sarcomere contracts and relaxes. Each nebulin molecule is exactly the
length of a thin filament. The actin filaments are also coated with tropomyosin
and troponin (not shown; see Figure 16–36) and are capped at both ends.
Tropomodulin caps the minus end of the actin filaments, and CapZ anchors the
plus end at the Z disc, which also contains α-actinin (not shown).

Contraccion en el musculo esquelético

Se inicia por un aumento en la concentracion de calcio citosolico. Cuando llega el estimulo nervioso se da
un potencial de acción en la membrana de la fibra muscular. La excitación eléctrica hace que se extiendan
los tubulos T hacia dentro de la membrana plasmática alrededor de cada miofibrilla y se abran los canales
de calcio. El calcio inunda el citosol e inicia la contracción de cada miofibrilla luego el calcio es rapidamenta
bombeado al retículo sarcoplasmatico por bombas de calcio ATPasas en la membrana del retículo.
Thus, muscle contraction depends on two processes that consume enormous amounts of ATP: filament sliding,
driven by the ATPase of the myosin motor domain, and Ca2+ pumping, driven by the Ca2+- pump.

La dependencia de la contraccion muscular al calcio es debido a proteinas accesorias estrechamente

unidas a los filamentos de actina que son: Troponina (un complejo de 3 peptidos: Troponina T,I,C) y
Tropomiosona. En el musculo en reposo la troponina Ty I se encuentran unidas al filamento de forma tal
Andrea Duarte
que hacen que la tropomiosina se encuentre fuera de su lugar normal y esto interfiere con la unión de la
miosina al filamento.
Cuando aumenta el calcio, se activa la
troponina C lo que causa que se libere la
troponina I y la tropomiosina vuelva a su
lugar, de esta forma las cabezas de
miosina pueden deslizarse a travez del
filamento de actina y acortar el
sarcomero. La troponina C es sensible al
calcio.

Contraccion del musculo liso

El musculo liso se compone de celula falciformes con un solo nucleo por celula, no tiene sarcomeros ni
expresa troponinas. Un aumento en la concentración de calcio regula un mecanismo que depende de la
calmodulina. La calmodulina activa una cascada de señalización que induce la fosforilacion de la miosina.
Cuando la miosina esta fosforilada es cuando puede interactuar con los filamentos de actina causando la
contracción.
Smooth muscle contraction. (A) Upon muscle stimulation
by activation of cell-surface receptors, Ca2+ released into
the cytoplasm from the sarcoplasmic reticulum (SR) binds
to calmodulin (see Figure 15–29). Ca2+-bound calmodulin
then binds myosin light-chain kinase (MLCK), which
phosphorylates myosin light chain, stimulating myosin
activity. Non-muscle myosin is regulated by the same
mechanism (see Figure 16–39). (B) Smooth muscle cells in a
cross section of cat intestinal wall. The outer layer of
smooth muscle is oriented with the long axis of its cells
extending parallel along the length of the intestine, and
upon contraction will shorten the intestine. The inner layer
is oriented circularly around the intestine and when
contracted will cause the intestine to become narrower.
Contraction of both layers squeezes material through the
intestine, much like squeezing toothpaste out of a tube. (C)
A model for the contractile apparatus in a smooth muscle
cell, with bundles of contractile filaments containing actin and myosin (red) oriented obliquely to the long axis of the
cell. Their contraction greatly shortens the cell. Only a few of the many bundles are shown

Light-chain phosphorylation and the

regulation of the assembly of myosin II
into thick filaments.

The controlled phosphorylation by the

enzyme myosin light-chain kinase
(MLCK) of one of the two light chains
(the so-called regulatory light chain,
shown in light blue) on non-muscle
myosin II in a test tube has at least two
effects: it causes a change in the
conformation of the myosin head,
Andrea Duarte
exposing its actinbinding site, and it releases the myosin tail from a “sticky patch” on the myosin head, thereby
allowing the myosin molecules to assemble into short, bipolar, thick filaments. Smooth muscle is regulated by the
same mechanism

Esos filamentos bipolares que se forman también tiene la función de unirse a fibras que conectan la celula
con la matriz extracelular y proporcionar soporte mecanico, formando parte de las adhesiones focales o de
las uniones adherentes.
La actina y la miosina II también son responsables de la citoquinesis en la formación del anillo contráctil.
Todas las distintas miosinas descubiertas, excepto una, se mueven en la misma dirección hacia el extremo
+ de los filamentos de actina a distintas velocidades cada una. Solo la miosina VI se mueve hacia el extremo
menos –
The myosin I proteins often contain
either a second actin-binding site or a
membrane-binding site in their tails, and
they are generally involved in
intracellular organization—including the
protrusion of actin-rich structures at the
cell surface, such as microvilli (see Panel
16–1 and Figure 16–4), and endocytosis.
Myosin V is a two-headed myosin with a
large step size (Figure 16–41A) and is
involved in organelle transport along
actin filaments. In contrast to myosin II motors, which work in ensembles and are attached only transiently to actin
filaments so as not to interfere with one another, myosin V moves continuously, or processively, along actin
filaments without letting go. . Myosin V motors carry a wide range of cargoes— including mRNA, endoplasmic
reticulum, and secretory vesicles—along the actin cables and into the bud. In addition, myosin V mediates the
correct partitioning of organelles such as peroxisomes and mitochondria between mother and daughter cells

MICROTUBULOS
Polimeros dinamicos compuestos por heterodimeros de alfa y beta
tubulina. Cilindricos y huecos compuestos por 13 protofilamentos.
Son muy rigidos debido a todas las interacciones entre los dimeros de
los protofilamentos. Las alfa-tubulinas siempre quedan expuestas
hacia el extremo menos y las beta-tubulinas hacia el extremo + por lo
que el microtubulo es una estructura con polaridad. El crecimiento
siempre es mucho mayor en el extremo +.
Tienen una dinámica particular, todo el tiempo están ensamblándose
y desensablandose espontáneamente dependiendo de la cantidad de
GTP-tubulina que haya disponible en el medio, la adicion de una
nueva subunidad puede ser mas rápida o mas lenta dando como
resultado dos tipos de microtúbulos: Tubulos T (porque tienen una
GTP cap en el extremo) y túbulo D (porque tienen una GDP cap en el
estremo). Estos últimos son mas inestables y tienenden a
desensamblarse mientras que los que T tienden a crecer.
Andrea Duarte
La GTP-cap previene el encogimiento y la curvatura de los microtúbulos. La colchicina y el nodacodazole
interactúan con la tubulina y llevan a la depolimerizacion, Taxol estabiliza los microtúbulos y causa una
polimerización.

Gamma tubulina
Loa microtúbulos necesitan de la gamma-tubulina para comenzar a ensamblarse, esto sucede en una
region especial de la celulla llamada “centro organizador de microtúbulos” rico en gamma-tubulina que
forma un anillo del cual depende la nucleación y sirve de plantilla para el ensamblado de los 13
protofilamentos .

Centrosomas
El centrosoma es el centro organizador de
microtúbulos de las células. De allí salen los
microtúbulos y ocurre la nucleación a partir del
extremo menos. Los centrosomas contienen a
Andrea Duarte
los centriolos que también son microtúbulos cilíndricos modificados. Junto con otras proteínas accesorias,
los centriolos organizan el material pericentriolar.

(B) Electron micrograph of a cross section through a centriole in the

cortex of a protozoan. Each centriole is composed of nine sets of triplet
microtubules arranged to form a cylinder. (C) Each triplet contains one
complete microtubule (the A microtubule) fused to two incomplete
microtubules (the B and C microtubules). (D) The centriolar protein SAS-6
forms a coiled-coil dimer. Nine SAS-6 dimers can self-associate to form a
ring. Located at the hub of the centriole cartwheel structure, the SAS-6
ring is thought to generate the ninefold symmetry of the centriole.

MAP – microtubule associated protein

Modulan la organizacion y dinamica de los microtúbulos. Pueden estabilizarlos, mediar
la interacccion del microtubulo con componentes de la celula. Tienen dos sominios,
con uno se unen a la superficie del tubo y el otro se extiende hacia afuera, según la
longitud de ese dominio se determina la proximidad que van a tener 2 microtubulos.
TAU – tau es una
MAP que tiene
un domino muy
corto que se
proyecta hacia
afuera y forma
haces de
microtúbulos
mas
campactamente
empaquetados.

(C) Electron micrograph showing a cross

section through a microtubule bundle in a
cell overexpressing MAP2. The regular
spacing of the microtubules (MTs) in this
bundle results from the constant length of
Andrea Duarte
the projecting arms of the MAP2. (D) Similar cross section through a microtubule bundle in a cell overexpressing tau.
Here the microtubules are spaced more closely together than they are in (C) because of tau’s relatively short
projecting arm

The effects of proteins that bind to microtubule

ends. The transition between microtubule growth and
shrinkage is controlled in cells by a variety of proteins.
Catastrophe factors such as kinesin-13, a member of
the kinesin motor protein superfamily, bind to
microtubule ends and pry them apart, thereby
promoting depolymerization. On the other hand, a
MAP such as XMAP215 stabilizes the end of a growing
microtubule (XMAP stands for Xenopus
microtubuleassociated protein, and the number refers
to its molecular mass in kilodaltons). XMAP215 binds
tubulin dimers and delivers them to the microtubule
plus end, thereby increasing the microtubule growth
rate and suppressing catastrophes.

Proteinas motoras de los Microtubulos

Kinesinas , transportan organelos hacia el extremo +.
Kinesin and kinesinrelated proteins. Structures of four
kinesin superfamily members. As in the myosin
superfamily, only the motor domains are conserved.
Kinesin-1 has the motor domain at the N-terminus of the
heavy chain. The middle domain forms a long coiled-coil,
mediating dimerization. The C-terminal domain forms a tail
that attaches to cargo, such as a membrane-enclosed
organelle. Kinesin-5 forms tetramers where two dimers
associate by their tails. The bipolar kinesin-5 tetramer is
able to slide two microtubules past each other, analogous
to the activity of the bipolar thick filaments formed by
myosin II. Kinesin-13 has its motor domain located in the middle of the heavy
chain. It is a member of a family of kinesins that have lost typical motor
activity and instead bind to microtubule ends to promote depolymerization .
Kinesin-14 is a C-terminal kinesin that includes the Drosophila protein Ncd and
the yeast protein Kar3. These kinesins generally travel in the opposite
direction from the majority of kinesins, toward the minus end instead of the
plus end of a microtubule.

The mechanochemical cycle of kinesin.

Kinesin-1 is a dimer of two nucleotide-binding motor domains (heads) that are

connected through a long coiled-coil tail (see Figure 16–56). The two kinesin
motor domains work in a coordinated manner; during a kinesin “step,” the
rear head detaches from its tubulin binding site, passes the partner motor
domain, and then rebinds to the next available tubulin binding site. Using this
“handover-hand” motion, the kinesin dimer can move for long distances on
the microtubule without completely letting go of its track. At the start of each
Andrea Duarte
step, one of the two kinesin motor domain heads, the rear or lagging head (dark green), is tightly bound to the
microtubule and to ATP, while the front or leading head is loosely bound to the microtubule with ADP in its binding
site. The forward displacement of the rear motor domain is driven by the dissociation of ADP and binding of ATP in
the leading head (between panels 2 and 3 in this drawing). The binding of ATP to this motor domain causes a small
peptide called the “neck linker” to shift from a rearward-pointing to a forward-pointing conformation (the neck
linker is drawn here as a purple connecting line between the leading motor domain and the intertwined coiled-coil).
This shift pulls the rear head forward, once it has detached from the microtubule with ADP bound [detachment
requires ATP hydrolysis and phosphate (Pi ) release]. The kinesin molecule is now poised for the next step, which
proceeds by an exact repeat of the process shown

Dineinas
Van hacia el extremo menos, pueden estar compuesta de hasta 3 cadenas. Se usa para el trafico de
organelos y ARNm, posicionar el centrosoma y el nucleo durante la migración cel. Y para la formación del
huso mitótico.
La dineina 2 solo se encuentra en organismos que tienen cilias y se usa para el transporte intrafagelar. Las
dineinas ciliares o axonemas, se especializan en generar el movimiento de batido que tienen los cilios y los
flagelos mediante el movimiento de los microtúbulos.

Kinesin was originally identified as the protein responsible for fast anterograde axonal transport, the rapid
movement of mitochondria, secretory vesicle precursors, and various synapse components down the microtubule
highways of the axon to the distant nerve terminals. Cytoplasmic dynein was identified as the motor responsible
for transport in the opposite direction, retrograde axonal transport. Although organelles in most cells need not
cover such long distances, their polarized transport is equally necessary. Interestingly, in animal cells, nearly all
minus-end directed transport is driven by the single cytoplasmic dynein 1 motor, whereas 15 different kinesins are
used for plus-end directed transport.

dyneins are required for positioning the Golgi apparatus near the cell center of animal cells; they do this by
moving Golgi vesicles along microtubule tracks toward the microtubules’ minus ends at the centrosome.

kinesin transports a diverse set of cargoes involved in a wide range of important cellular functions.

Cytoplasmic dynein, itself a huge protein complex, requires association with a second large protein complex called
dynactin to translocate organelles effectively. The dynactin complex includes a short, actin-like filament that
forms from the actin-related protein Arp1. A number of other proteins also contribute to dynein cargo binding and
motor regulation, and their function is especially important in neurons, where defects in microtubule-based
transport have been linked to neurological diseases.

CILIAS Y FLAGELOS, Construidos por microtúbulos y dineinas .

The arrangement of
microtubules in a flagellum or
cilium, illustrating the
distinctive “9 + 2”
arrangement of microtubules.
The movement of a cilium or a
flagellum is produced by the
bending of its core, which is
called the axoneme. The
Andrea Duarte
axoneme is composed of microtubules and their associated proteins, arranged in a distinctive and regular pattern.
Nine special doublet microtubules (comprising one complete and one partial microtubule fused together so that
they share a common tubule wall) are arranged in a ring around a pair of single microtubules

Filamentos Intermedios
Estan muy relacionados con las laminas
de la lamina basal, son muy communes
en animals que no tienen exoesqueleto
ya que confiere Resistencia mecanica,
se dice que surgieron de la duplicacion
genica de las lamininas y los genes
duplicados evolucionaron para producir
los filamentos intermedios que son
mucho mas diversos que las familias
muy conservadas de actina y tubulina y
están codificados por 70 genes distintos
en humanos.

A model of intermediate filament construction. The monomer shown in (A) pairs with another monomer to form a
dimer (B), in which the conserved central rod domains are aligned in parallel and wound together into a coiled-coil.
(C) Two dimers then line up side by side to form an antiparallel tetramer of four polypeptide chains. Dimers and
tetramers are the soluble subunits of intermediate filaments. (D) Within each tetramer, the two dimers are offset
with respect to one another, thereby allowing it to associate with another tetramer. (E) In the final 10-nm ropelike
filament, tetramers are packed
together in a helical array, which has
16 dimers (32 coiled-coils) in cross
section. Half of these dimers are
pointing in each direction. An
electron micrograph of intermediate
filaments is shown on the upper left
Andrea Duarte

Todas las proteínas que componen los filamentos intermedios son

largas y una de ellas es una alfa’helice muy conservada. Esta se
enrolla con otra proteína químicamente distinta y forma un
dimero, luego dos dimeros forman un tetrámero y varios
tetrámeros se asocian lateralmente en una estructura
determinada y varias de estas estructuras se van alineando y
uniendo hasta que conforman un filamento intermedio.
Algunos tipos de filamentos intermedios son muy estables pero
otros como por ejemplo loa vimentina forman estructuras
dinámicas.
Keratinas
Dentro de los filamentos intermedios las keratinas son la familia mas diversa, en la piel, pelo, uñas, cuernos
y picos de animales, etc. Cada filamento de actina esta hecho de proteínas Tipo I (acidas) y prot Tipo II
(básicas). Una celula epitelial puede producir distintos tipos de keratina y estos pueden co’polimerizar en
una red de filamentos intermedios que se conoctan indirectamente con la red de otra celula a través de los
desmosomas.
Neurofilamentos
Son otra familia de filamentos intermedios, se encuentran en los axones de las neuronas de vertebrados y
tienen 3 tipos distintos de proteínas NF. Cuando el axón en crecimiento llega a su destino el diámetro del
axón aumenta. Se cree que el nivel de expresión de los neurofilamentos controla directamente el diámetro
del axón. Los neurofilamentos propocionan fuerza y estabilidad a la neurona.
Vimentina
Es otra familia de filamentos intermedios.
Linker Proteins Connect Cytoskeletal Filaments and Bridge the Nuclear Envelope.

SUN–KASH protein complexes connect the nucleus and cytoplasm through the nuclear envelope. The cytoplasmic
cytoskeleton is linked across the nuclear envelope to
the nuclear lamina or chromosomes through SUN
and KASH proteins (orange and purple, respectively).
The SUN and KASH domains of these proteins bind
within the lumen of the nuclear envelope. From the
inner nuclear envelope, SUN proteins connect to the
nuclear lamina or chromosomes. KASH proteins in
the outer nuclear envelope connect to the
cytoplasmic cytoskeleton by binding microtubule
motor pro

Septinas
Las septinas son el cuarto component de los filamentos intermedios, forman filamentos no polares que
pueden adoptar estructuras de anillo o de jaula que tienen la función de compatimentalizar la membrana
en distintos dominios. Tambien pueden reclutar y organizar el resto del citoesqueleto.
Andrea Duarte
Interactuan con la miosina y los filamentos de actina para formar el anillo contráctil en la citocinesis pero
también forman parte de la migracion y el trafico vesicular.
Pueden generar compartimentos distintos dentro de una celula, por ejemplo en la cilia primaria un anillo
de septina se forma en la base y actua como filtro que mantiene una composición proteica distinta en la
cilia, estableciendo una compocicion especial en esta región.

Migracion celular
Cell migration is a complex process that depends on the actin-rich cortex beneath the plasma membrane. Three
distinct activities are involved: protrusion, in which the plasma membrane is pushed out at the front of the cell;
attachment, in which the actin cytoskeleton connects across the plasma membrane to the sub - stratum; and
traction, in which the bulk of the trailing cytoplasm is drawn forward.

The actin-polymerizationdependent protrusion and firm

attachment of a lamellipodium at the leading edge of the cell
move the edge forward (green arrows at front) and stretch the
actin cortex. Contraction at the rear of the cell propels the body of
the cell forward (green arrow at back) to relax some of the
tension (traction). New focal contacts are made at the front, and
old ones are disassembled at the back as the cell crawls forward.
The same cycle can be repeated, moving the cell forward in a
stepwise fashion. Alternatively, all steps can be tightly
coordinated, moving the cell forward smoothly. The newly
polymerized cortical actin is shown in red.

La protrusion se da gracias a que se forman estructuras

protrusivas como los lamelopodios y filopodios compuestos
en su mayoría de filamentos de actina
Filopodios
Se forman por conos en crecimiento de neuronas, contienen largos filamentos de actinas unidos muy
dinámicos.
Lamelopodia
Los forman las células epiteliales y los fibroblastos, estructuras en forma de sabana compuestos por mallas
de filamentos de actina paralela al sustrado
Invadopodia
Estructuras en 3D que permiten a las células atravesar barreras y llegar a otros tejidos, degradan la matriz
extracel ya que llevan consigo vesículas con proteasas.
Bleb
Andrea Duarte
Una protrusión especial, se forma como una burbuja en la membrana de las células debido a que la
membrana se desprende localmente de la actina. La “burbuja” se forma debido a la presión hidrostática
que hace que el liquido citoplasmático se desplace.
La contracción de la miosina y la adhesión celular
permite que las células se impulsen hacia adelante
estos dos fenómenos están acoplados y
sincronizados. La miosina II ayuda a conectar la
actina con el sustrato mediante integrinas
A model for protrusion of the actin meshwork at
the leading edge. Two time points during advance
of the lamellipodium are illustrated, with newly
assembled structures at the later time point shown
in a lighter color. Nucleation is mediated by the
Arp 2/3 complex at the front. Newly nucleated
actin filaments are attached to the sides of
preexisting filaments, primarily at a 70° angle.
Filaments elongate, pushing the plasma membrane
forward because of some sort of anchorage of the
array behind. At a steady rate, actin filament plus
ends become capped. After newly polymerized
actin subunits hydrolyze their bound ATP in the
filament lattice, the filaments become susceptible
to depolymerization by cofilin. This cycle causes a
spatial separation between net filament assembly
at the front and net filament disassembly at the
rear, so that the actin filament network as a whole
can move forward, even though the individual
filaments within it remain stationary with respect
to the substratum. Not all of the actin
disassembles, however, and actin at the rear of the
lamellipodium contributes to subsequent steps of
migration together with myosin.

Control of cell– substratum adhesion at the leading edge of a migrating cell. (A) Actin monomers assemble on the
barbed end of actin filaments at the leading edge. Transmembrane integrin proteins (blue) help form focal adhesions
that link the cell membrane to the substrate. (B) If there is no interaction between the actin filaments and focal
adhesions, the actin filament is driven rearward by newly assembled actin. Myosin motors (green) also contribute to
filament movement. (C) Interactions between actin-binding adaptor proteins (brown) and integrins link the actin
cytoskeleton to the substratum. Myosin-mediated contractile forces are then transmitted through the focal adhesion
to generate traction on the extracellular matrix, and new actin polymerization drives the leading edge forward in a
protrusion.

Polarizacion celular
Esta controlada por proteinas Rho. La locomoción requiere una polimerización de la celula para moverse
en una dirección en particular. La polaridad depende de la regulación de los filamentos de actina por
señales externas que convergen en un grupo de proteínas GTPasas de la familia Rho. La activación de
estas proteínas lleva a la formación de filopodios y lamelopodios
Andrea Duarte
The contrasting effects of Rac and Rho activation on actin organization. (A) Activation of the small GTPase Rac leads
to alterations in actin accessory proteins that tend to favor the formation of actin networks, as in lamellipodia.
Several different pathways contribute independently. Rac-GTP activates members of the WASp protein family, which
in turn activate actin nucleation and branched
web formation by the Arp 2/3 complex. In a
parallel pathway, Rac-GTP activates a protein
kinase, PAK, which has several targets including
the web-forming cross-linker filamin, which is
activated by phosphorylation, and the myosin
light chain kinase (MLCK), which is inhibited by
phosphorylation. Inhibition of MLCK results in
decreased phosphorylation of the myosin
regulatory light chain and leads to myosin II
filament disassembly and a decrease in
contractile activity. In some cells, PAK also
directly inhibits myosin II activity by
phosphorylation of the myosin heavy chain
(MHC). (B) Activation of the related GTPase Rho
leads to nucleation of actin filaments by formins and increases contraction by myosin II, promoting the formation of
contractile actin bundles such as stress fibers. Activation of myosin II by Rho requires a Rho-dependent protein
kinase called Rock. This kinase inhibits the phosphatase that removes the activating phosphate groups from myosin II
light chains (MLC); it may also directly phosphorylate the myosin light chains in some cell types. Rock also activates
other protein kinases, such as LIM kinase, which in turn contributes to the formation of stable contractile actin
filament bundles by inhibiting the actin depolymerizing factor cofilin. A similar signaling pathway is important for
forming the contractile ring necessary for cytokinesis

Cap. 15 Señalizacion celular

La comunicacion entre celulas en organismos multicelulares esta mediada principalmente por señales
(moléculas) extracelulares, algunos operan a largas distancias y otros a células vecinas, La recepción de la
señal depende de proteínas receptoras usualmente en la superficie. La unión activa al receptor que activa
sistemas de señalización intracelulares que dependen de proteínas señalizadoras intracelulares. Al final el
“target” de la cascada de señalización es una proteína
efectora que sufre algun cambio y desencadena el
comportomanieto esperado por la celula.

A simple intracellular signaling pathway activated by an

extracellular signal molecule.

The signal molecule usually binds to a receptor protein that is

embedded in the plasma membrane of the target cell. The
receptor activates one or more intracellular signaling pathways,
involving a series of signaling proteins. Finally, one or more of the
intracellular signaling proteins alters the activity of effector
proteins and thereby the behavior of the cell.

Four forms of intercellular signaling.

Andrea Duarte
(A) Contact-dependent signaling requires cells to be in direct membrane– membrane contact. (B) Paracrine signaling
depends on local mediators that are released into the extracellular space and act on neighboring cells. (C) Synaptic
signaling is performed by neurons that transmit signals electrically along their axons and release neurotransmitters
at synapses, which are often located far away from the neuronal cell body. (D) Endocrine signaling depends on
endocrine cells, which secrete hormones into the bloodstream for distribution throughout the body. Many of the
same types of signaling molecules are used in paracrine, synaptic, and endocrine signaling; the crucial differences lie
in the speed and selectivity with which the signals are delivered to their targets

Señales Extracelulares
Incluyen proteinas, peptidos chicos, aminoacidos, nucleotidos, esteroides, acidos grasos, etc que se unen a
receptores de membrana específicos. Son liberados por difusión o exocitosis. En algunos casos los
receptores se encuentran dentro de la celula y el ligando debe atravesar la membrana para llegar a {el,
esto significa que deben ser moléculas muy pequeñas e hidrofóbicas. Estas moléculas pequeñas son
llevadas hasta la celula diana por proteínas carriers
Cada celula esta programada xa responder a combinaciones especificas de señales extracelulares. Las
señales pueden ser inhibitoriar o excitatorias y alterar el comportamiento celular en cualquier aspecto.
Muchas células requieren de señales para mantenerse vivas y proliferar en algunos casos de lo contrario
entran en apoptosis.
Receptores
Hay tres clases de receptores de superficie que no entran al citosol o al nucleo, funcionan como
transductores de señales convirtiendo una señal externa en una señal interna.

 Canales Ionicos acoplados a receptores, neurotransmisores abren o cierran el canal cambiando la

permeabilidad de la membrana hacia un ion determinado.
 Receptores acoplados a proteína G, regulan indirectamente otro canal que puede ser de nuevo un
canal ionico o una enzima a travez de una proteína G
 Receptores enzimáticos , proteínas transmembrana que tienen el sitio de unión al ligando fuera de
la celula y su parte catalítica dentro, son heterogéneos en estructura. La mayoría son protein
kinasas o están asociados a kinasas.
Andrea Duarte

Segundos mensajeros
Las señales captadas por los receptores en la membrana son trasmitidas al interior de la celula donde
distintas moléculas interactúan y llevan el mensaje recibido a la proteína final.
Los segundos mensajeros se generan en grandes cantidades en respuesta a la activación del receptor y
difunden hacia el interior células llevando la info a otras partes de la celula. Algunos son solubles en agua
como el AMPc y el Ca++
Dentro de la celula se generan distintas proteínas que van actuando como 2dos mensajeros y activando la
siguiente proteína efectora. Cuando reciben la señal cambian de un estado inactivo a activo (molecular
switches). Una clase de switches son las proteínas que se activan o inactivan por la fosforilacion, llevada a
cabo por las protein kinasas que agregan grupos fosfato a aa específicos y por la protein fosfatasa que
remueve el grupo fosfato
La mayoría de las kinasas son serina-treonina kinasas, es decis fosforilan esos dos aa. Otras son tirosin-
kinasas. Muchas proteínas intracelulares son kinasas en si por lo que una protein kinasa activa a otra kinasa
que a su vez puede activar a otra diferente y concluye en una cascada de kinasas.
Las kinasas son un tipo de proteínas switches, otro ejemplo son las GTP-binding proteins, cuando se unen
a GTP están en estado ON (activo) y cuando están unidas a GDP su estado es OFF (inactivo). Cuando están
en estado On tiene actividad GTPasa y se hidrolizan a GDP.
There are two major types of GTP-binding proteins. Large, trimeric GTP-binding proteins (also called G proteins)
help relay signals from G-protein-coupled receptors that activate them (see Figure 15–6B). Small monomeric
GTPases (also called monomeric GTP-binding proteins) help relay signals from many classes of cell-surface
receptors.

Proteinas que regulan las GTP-binding proteins:

 GAPs – GTPasa-activating proteins, Hidrolizan el GTP unido y llevan a un estado OFF

Andrea Duarte
 GEFs – guanine nucleotide Exchange protein, activan la GTP-binding protein promoviendo la
liberacion del GDP unido, dejando ese sitio libre para una molecula de GTP.
Los switches de una molecula ON/OFF peden depender entonces de distintos factores :

 Fosforilacion/desfosforilacion
 Unión de GTP
 Unión de un segundo mensajero: AMPc, Ca++
 Ubiquitinacion

Two types of intracellular signaling

proteins that act as molecular switches.
(A) A protein kinase covalently adds a
phosphate from ATP to the signaling
protein, and a protein phosphatase
removes the phosphate. Although not
shown, many signaling proteins are
activated by dephosphorylation rather
than by phosphorylation. (B) A GTPbinding
protein is induced to exchange its bound
GDP for GTP, which activates the protein;
the protein then inactivates itself by
hydrolyzing its bound GTP to GDP.

En las celulas existen muchas moléculas que pueden afectar una via de señalización u otras señales que
puedan interferir, en muchos casos se emplean mecanismos de backup, por ejemplo una señal podría
necesitar dos vías de señalización paralelas para activar una misma proteína diana.
Otra forma de no generar interpretaciones erróneas es que el ligando y el receptor tienen una muy alta
afinidad y especifidad, dejando descartada la posible opción de que se unan a otras moléculas, siempre se
va a preferir el complejo el cual sus componentes tengan la mayor afinidad posible.
Es importante también la localización dentro de la celula. Para aumentar la especifidad de las interacciones
las proteínas receptoras se localizan cerca de donde están las moléculas se señalización disminuyendo la
probabilidad de que interactúen con otras que no correspondan. Este mecanismo involucra complejos
proteicos y scaffold proteins que mantienen grupos de proteínas relativamente cercas o unidas
Andrea Duarte
Three types of intracellular signaling complexes.

(A) A receptor and some of the intracellular signaling proteins it activates in sequence are preassembled into a
signaling complex on the inactive receptor by a large scaffold protein.

(B) A signaling complex assembles transiently on a receptor only after the binding of an extracellular signal molecule
has activated the receptor; here, the activated receptor phosphorylates itself at multiple sites, which then act as
docking sites for intracellular signaling proteins.

(C) Activation of a receptor leads to the increased phosphorylation of specific phospholipids (phosphoinositides) in
the adjacent plasma membrane; these then serve as docking sites for specific intracellular signaling proteins, which
can now interact with each other.

.
Sensitivity
to

extracellular signals can vary greatly. Hormones

tend to act at very low concentrations on their
distant target cells, which are therefore highly
sensitive to low concentrations of signal.
Neurotransmitters, on the other hand, operate
at much higher concentrations at a synapse,
reducing the need for high sensitivity in
postsynaptic receptors. Sensitivity is often
controlled by changes in the number or affinity
of the receptors on the target cell. A
particularly important mechanism for
increasing the sensitivity of a signaling system is
signal amplification, whereby a small number of activated cell-surface receptors evoke a large intracellular response
either by producing large amounts of a second messenger or by activating many copies of a downstream signaling
protein.

Signal integration.

Extracellular signals A and B activate different intracellular signaling pathways, each of which leads to the
phosphorylation of protein Y but at different sites on the protein. Protein Y is activated only when both of these sites
are phosphorylated, and therefore it becomes active only when signals A and B are simultaneously present. Such
proteins are often called coincidence detectors.
Andrea Duarte

Proteina G

When an extracellular signal molecule binds to a GPCR, the

receptor undergoes a conformational change that enables it
to activate a trimeric GTP-binding protein (G protein), which
couples the receptor to enzymes or ion channels in the
membrane. In some cases, the G protein is physically
associated with the receptor before the receptor is activated,
whereas in others it binds only after receptor activation

Activation of a G protein by an activated GPCR. Binding of an

extracellular signal molecule to a GPCR changes the
conformation of the receptor, which allows the receptor to
bind and alter the conformation of a trimeric G protein. The
AH domain of the G protein α subunit moves outward to
open the nucleotide-binding site, thereby promoting
dissociation of GDP. GTP binding then promotes closure of
the nucleotide-binding site, triggering conformational
changes that cause dissociation of the α subunit from the
receptor and from the βγ complex. The GTP-bound α subunit
and the βγ complex each regulate the activities of
downstream signaling molecules (not shown). The receptor
stays active while the extracellular signal molecule is bound
to it, and it can therefore catalyze the activation of many G-
protein molecules

AMPc
Algunas proteinas G regulan la produccion de AMPc que actua como 2do mensajero. El AMPc es
sintetizado por la adenyl ciclasa, una enzima que hidroliza ATP, y es destruido por la AMPc fosfodiesterasa
La adenyl ciclasa esta regulada por la proteína G y el Ca++. La proteína G se une a la enzima y estimula o
inhibe la producción de AMPc
La proteína PKA media la mayoría de los efectos del AMPc. En las células animales el AMPc hace efecto
interactuando con la proteína PKA que es una kinasa dependiente de AMPc, la PKA se activa y fosforila
distintas proteínas.
Andrea Duarte
The activation of cyclicAMP-dependent protein
kinase (PKA). The binding of cAMP to the
regulatory subunits of the PKA tetramer induces a
conformational change, causing these subunits to
dissociate from the catalytic subunits, thereby
activating the kinase activity of the catalytic
subunits. The release of the catalytic subunits
requires the binding of more than two cAMP
molecules to the regulatory subunits in the
tetramer. This requirement greatly sharpens the
response of the kinase to changes in cAMP
concentration, as discussed earlier (see Figure 15–16). Mammalian cells
have at least two types of PKAs: type I is mainly in the cytosol, whereas type
II is bound via its regulatory subunits and special anchoring proteins to the
plasma membrane, nuclear membrane, mitochondrial outer membrane, and
microtubules. In both types, once the catalytic subunits are freed and active,
they can migrate into the nucleus (where they can phosphorylate
transcription regulatory proteins), while the regulatory subunits remain in
the cytoplasm.

How a rise in intracellular cyclic AMP concentration can alter gene

transcription. The binding of an extracellular signal molecule to its GPCR
activates adenylyl cyclase via Gs and thereby increases cAMP concentration
in the cytosol. This rise activates PKA, and the released catalytic subunits of
PKA can then enter the nucleus, where they phosphorylate the transcription
regulatory protein CREB. Once phosphorylated, CREB recruits the
coactivator CBP, which stimulates gene transcription. In some cases, at least,
the inactive CREB protein is bound to the cyclic AMP response element (CRE)
in DNA before it is phosphorylated (not shown)

How GPCRs increase cytosolic Ca2+

and activate protein kinase C. The
activated GPCR stimulates the
plasma-membrane-bound
phospholipase C-β (PLCβ) via a G
protein called Gq. The α subunit and
βγ complex of Gq are both involved
in this activation. Two second
messengers are produced when
PI(4,5)P2 is hydrolyzed by activated
PLCβ. Inositol 1,4,5-trisphosphate
(IP3) diffuses through the cytosol and
releases Ca2+ from the ER by binding
to and opening IP3-gated Ca2+-
release channels (IP3 receptors) in
the ER membrane. The large
Andrea Duarte
electrochemical gradient for Ca2+ across this membrane causes Ca2+ to escape into the cytosol when the release
channels are opened. Diacylglycerol remains in the plasma membrane and, together with phosphatidylserine (not
shown) and Ca2+, helps to activate protein kinase C (PKC), which is recruited from the cytosol to the cytosolic face of
the plasma membrane. Of the 10 or more distinct isoforms of PKC in humans, at least 4 are activated by
diacylglycero.

One of its major functions is to activate a protein kinase called protein kinase C (PKC), so named because it is
Ca2+-dependent. The initial rise in cytosolic Ca2+ induced by IP3 alters the PKC so that it translocates from the
cytosol to the cytoplasmic face of the plasma membrane.. Once activated, PKC phosphorylates target proteins
that vary depending on the cell type.

Calcio
4 moleculas de Este Segundo mensajero se pueden unir a una molecula de Calmodulina, intracelularmente
la calmodulina es un receptor del calcio, cuando se unen la calmodulina sufre cambios conformacionales y
su función es análoga a la de la PKA activada por AMPc, puede activar a otras proteínas solo que a
diferencia de la PKA no es una enzima por lo que en lugar de fosforilar se une a la proteína diana y altera su
actividad.
Cuando el Ca es muy alto en la celula, se une a la calmodulina y estos dos se unen a las bombas de calcio
de la membrana plasmática, activándolas y bombeando el calcio hacia el exterior. Tambien, el complejo
Ca++/calmodulina pueden activar protein kinasas estas kinasas dependiente de Ca/calmodulina fosforilan
factores de transcripción como el CREB y pueden modificar la expresión génica.

Cap. 18 Muerte Celular

Apoptosis, proceso programado y altamente regulado por el cual una celula muere ya sea porque es una
celula dañada o para mantener la tasa de recambio celular constante en los tejidos y no alterar su
morfología. Una celula en apoptosis se encoje y se condensa, el citoesqueleto colapsa, la lamina nuclear se
desambla y la cromatina se condensa y se rompe en fragmentos. En la superficie celular se forman
protuberancias y si la celula es grande se fragmenta en pedazos cerrados por una membrana que se
denominan cuerpos apoptoticos. La celula o cuerpo apoptotico se ve alterada químicamente para dar la
señal a macrófagos la degraden antes de que pueda esparcir su contenido.
Necrosis es el proceso por el cual la celula en condiciones normales muere de forma inesperada y no
programada dado algun cambio brusco en el ambiente o algun estimulo no favorable para ella como la
falta de nutrientes, falta de irrigación sanguínea como ocurre en algunos tumores, o producto de algun
shock. Las células necróticas se hinchan y explotan, y su contenido se derrama en las células vecinas,
normalmente conduce a una respuesta inflamatoria.
La apoptosis en el desarrollo embrionario ayuda a esculpir de cierta forma los tejidos dando lugar a los pies
y manos con dedos. En la metamorfosis la muerte células es esencial para dar lugar al siguiente estadio del
animal, por ejemplo la cola del renacuajo desaparece cuando se transforma en rana.
La apoptosis funciona como control de calidad eliminando células anormales, no funcionales, mal
posicionadas o potencialmente peligrosas
Andrea Duarte

Cascada de Caspasas
La apoptosis depende de una casacada intracelular de caspasas (proteínas proteolíticas) que llevan a ese
cambio dramático en la celula degradando las proteínas. Las caspasas tienen una cisteína en su sitio activo
y rompen la proteína en acidos asparicos, por eso su nombre c’asp’asas (c por cisteína y asp por
ac.aspartico) Se sintetizan como precursors inactivos que se activan solo durante la apoptosis. Se clasifican
en dos tipos: iniciadores y ejecutoras.
Caspase activation during apoptosis.

An initiator caspase contains a protease domain

in its carboxy-terminal region and a small
protein interaction domain near its amino
terminus. It is initially made in an inactive,
monomeric form, sometimes called procaspase.
Apoptotic signals trigger the assembly of
adaptor proteins carrying multiple binding sites
for the caspase amino-terminal domain. Upon
binding to the adaptor proteins, the initiator
caspases dimerize and are thereby activated,
leading to cleavage of a specific site in their
protease domains. Each protease domain is
then rearranged into a large and small subunit.
In some cases (not shown), the adaptor-binding
domain of the initiator caspase is also cleaved
Executioner caspases are initially formed as
inactive dimers. Upon cleavage at a site in the protease domain by an initiator caspase, the executioner caspase
dimer undergoes an activating conformational change. The executioner caspases then cleave a variety of key
proteins, leading to the controlled death of the cell.

Hay dos formas de activar la caspasa iniciadora:

 Camino extrinseco
 Camino intrínseco o mitocondrial
El camino extrinsico se activa por proteínas señales que se unen a receptores en la membrana celular que
tiene un dominio extracelular de unión con el ligando, uno transmembrana y otro intracelular que es que
activa la respuesta apoptotica. Los ligando y el receptor son proteínas de la familia TNF, tumor necrosis
factor.
Ejemplo de camino extrínseco mediante receptores FAS
Andrea Duarte

El camino de la mitocondria es una forma de activar la apoptosis desde adentro de la celula a menudo en
respuesta al stress como por ejemplo el daño en el ADN o en respuesta a señales del desarrollo.
Por este medio la mitocondria libera al citosol proteínas que están en el espacio intermembrana y que
activan la cascada de caspasas. Una proteína clave es la citocromo c, Cuando se libera al citosol toma la
función de unirse a un proteína y formar un apoptosoma, el apoptosoma recluta caspasas-9 que inicia la
cascada. Esta via esta regulada por proteínas de la familia Bcl2, que controla la liberación de citocromo-c al
citosol, algunas son pro apototicas y promueven la liberación y otras no.

IAPs
Las IAPs, inhibitors apoptosis proteins, Controlan la apoptosis uniendose a las caspasas activas e
inhibiéndolas, algunas IAPs también pueden ubiquitinar caspasas. De esta forma estas proteínas contituyen
un empedimento que las caspasas deben sobrellevar para desencadenar la apoptosis.
Los efectos pueden ser neutralizados en caso de una verdadera apoptosis por proteínas anti-IAP que
también son secretadas del espacio intermembrana de la mitocondria
La apoptosis esta regulada también por factores de supervivencia que no permiten que la celula se muera.
La mayoría de las células animales requieren de la señalización continua con estos factores para
permanecer vivas. Las células nerviosas son un ejemplo, se producen muchas neuronas en etapa de
desarrollo que compiten entre ellas siguiendo los factores de supervivencia que secreta la celula diana a la
que tienen que llegar, aquellas que reciben suficiente estimulo por factores son las que sobreviven.
Three ways that extracellular survival
factors can inhibit apoptosis

A variety of soluble “bridging” pro - teins

interact with the exposed
phosphatidylserine on the apoptotic cell.
These bridging proteins also interact
with specific receptors on the surface of a
neigh - boring cell or macrophage,
triggering cytoskeletal and other changes
that initiate the engulfment process.
Macrophages do not phagocytose
Andrea Duarte
healthy cells in the animal—despite the fact that healthy cells normally expose some phosphatidylserine on their
surfaces. Healthy cells express signal proteins on their surface that interact with inhibitory receptors on
macrophages that block phagocytosis

Cap. 14 Mecanismos de Conversion de Energia

Origin of mitocondria and cloroplastos
It is now generally accepted that mitochondria originated from free-living oxygen-metabolizing (aerobic) bacteria
that were engulfed by an ancestral cell that could otherwise make no such use of oxygen (that is, was anaerobic).
Escaping digestion, these bacteria evolved in symbiosis with the engulfing cell and its progeny, receiving shelter and
nourishment in return for the power generation they performed for their hosts. This partnership between a primitive
anaerobic predator cell and an aerobic bacterial cell is thought to have been established about 1.5 billion years ago,
when the Earth’s atmosphere first became rich in oxygen.

Chloroplasts perform photosynthesis, using the energy of sunlight to synthesize carbohydrates from atmospheric
carbon dioxide and water, and deliver the products to the host cell as food. Like mitochondria, chloroplasts have
their own genome. They almost certainly originated as symbiotic photosynthetic bacteria, acquired by eukaryotic
cells that already possessed mitochondria

This explains why mitochondria and chloroplasts contain their own DNA, which still encodes a subset of their
proteins. Over time, these organelles have lost most of their own genomes and become heavily dependent on
proteins that are encoded by genes in the nucleus, synthesized in the cytosol, and then imported into the organelle.

Conversion energica
Ambos producen energia a travez de la cadena de transporte de electrones que se encuentra en la
membrane interna que produce la respiración celular en mitocondria y la fotosíntesis en cloroplastos.
La energía obtenida de fotones o de una fuente de alimento, es utilizada y transferida a travez de una
cadena de complejos proteicos, la cadena de electrones, cada transferencia libera una pequeña cantidad
de energía que se usa para bombear protones hacia el espacio entre las membranas. Se genera un
gradiente electroquímico transmembrana de protones, los protones fluyen a favor de su gradiente de
nuevo al interior a través de una proteína de membrana, la ATPsintasa, que sintetiza ATP a partir de ADP y
fosfato. La energía de la comida o la luz se transforma en energía química almacenada en el enlace de
fosfato.
La mitocondria usa el NAD para mover a los electrones, la molecula puede tomar hasta dos electrones y un
proton convirtiéndose en NADH. El NADH transfiere los electrones hacia la membrana interna de la
mitocondria. Alli los electrones del NADH se pasan de un complejo a otro, hasta que llegan al complejo
final en el cual se combinan con una molecula de oxigeno para
producir agua.
electron flow is indicated by blue arrows. Each of the protein
complexes (green) is embedded in a membrane. In the
mitochondrion, fats and carbohydrates from food molecules are fed
into the citric acid cycle and provide electrons to generate the
energy-rich compound NADH from NAD+. These electrons then flow
down an energy gradient as they pass from one complex to the next
in the electron-transport chain, until they combine with molecular
Andrea Duarte
O2 in the last complex to produce water. The energy released at each stage is harnessed to pump H+ across the
membrane.

The path of electrons through the three respiratory-chain proton pumps. The approximate size and shape of each
complex is shown. During the transfer of electrons from NADH to oxygen (blue arrows), ubiquinone and cytochrome
c serve as mobile carriers that ferry electrons from one complex to the next. During the electron-transfer reactions,
protons are pumped across the membrane by each of the respiratory enzyme complexes, as indicated (red arrows).
For historical reasons, the three proton pumps in the respiratory chain are sometimes denoted as Complex I,
Complex III, and Complex IV, according to the order in which electrons pass through them from NADH. Electrons
from the oxidation of succinate by succinate dehydrogenase (designated as Complex II) are fed into the electron-
transport chain in the form of reduced ubiquinone. Although embedded in the crista membrane, succinate
dehydrogenase does not pump protons and thus does not contribute to the proton-motive force; it is therefore not
considered to be an integral part of the respiratory chain.

In the mitochondrion, the three complexes are linked in series, serving as electron-transport-driven H+ pumps
that pump protons out of the matrix to acidify the crista space

1. The NADH dehydrogenase complex (often referred to as Complex I) is the largest of these respiratory
enzyme complexes. It accepts electrons from NADH and passes them through a flavin mononucleotide and
eight iron–sulfur clusters to the lipid-soluble electron carrier ubiquinone. The reduced ubiquinol then
transfers its electrons to cytochrome c reductase.
2. The cytochrome c reductase (also called the cytochrome b-c1 complex) is a large membrane protein
assembly that functions as a dimer. Each monomer contains three cytochrome hemes and an iron–sulfur
cluster. The complex accepts electrons from ubiquinol and passes them on to the small, soluble protein
cytochrome c, which is located in the crista space and carries electrons one at a time to cytochrome c
oxidase.
3. The cytochrome c oxidase complex contains two cytochrome hemes and three copper atoms. The complex
accepts electrons one at a time from cytochrome c and passes them to molecular oxygen. In total, four
electrons and four protons are needed to convert one molecule of oxygen to water

Summary

The respiratory chain embedded in the inner mitochondrial membrane contains three respiratory enzyme
complexes, through which electrons pass on their way from NADH to O2. In these complexes, electrons are
transferred along a series of protein-bound electron carriers, including hemes and iron–sulfur clusters. The energy
released as the electrons move to lower and lower energy levels is used to pump protons by different mechanisms in
the three respiratory enzyme complexes, each coupling lateral electron transport to vectorial proton transport
across the membrane. Electrons are shuttled between enzyme complexes by the mobile electron carriers ubiquinone
Andrea Duarte
and cytochrome c to complete the electron-transport chain. The path of electron flow is NADH → NADH
dehydrogenase complex → ubiquinone → cytochrome c reductase → cytochrome c → cytochrome c oxidase
complex → molecular oxygen (O2).

Genoma y maquinaria de sintesis proteica

La transcripción, replicación y síntesis de proteínas se lleva a cabo donde se
encuentra el genoma esto es en la matriz mitocondrial y en el estroma del
cloroplasto.
Durante la evolución la mitocondria y el cloroplasto transfirieron muchos de
sus genes al nucleo, muchas de las proteínas que necesitan son sintetizadas
en el nucleo e importadas a la mitocondria
A model for mitochondrial division. Dynamin-1 (yellow) exists as dimers in the
cytosol, which form larger oligomeric structures in a process that requires GTP
hydrolysis. Dynamin assemblies interact with the outer mitochondrial membrane
through special adaptor proteins, forming a spiral of GTP-dynamin around the
mitochondrion that causes a constriction. A concerted GTP-hydrolysis event in the
dynamin subunits is then thought to produce the conformational changes that
result in fission.

A model for mitochondrial fusion. The fusions of the outer and inner
mitochondrial membranes are coordinated sequential events, each of which
requires a separate set of protein factors. Outer membrane fusion is brought
about by an outer-membrane GTPase (purple), which forms an oligomeric complex
that includes subunits anchored in the two membranes to be fused. Fusion of
outer membranes requires GTP and an H+ gradient across the inner membrane.
For fusion of the inner membrane, a dynamin-related protein forms an oligomeric
tethering complex (blue) that includes subunits anchored in the two inner
membranes to be fused. Fusion of the inner membranes requires GTP and the
electrical component of the potential across the inner membrane

El genoma mitochondrial humano solo codifica para 13 proteinas

Envejecimiento Celular
La acumulación de mutaciones en el ADN contribuye al envejecimiento celular
y eventualmente la muerte celular. El envejecimiento es resultado de la
oxidación, el daño oxidativo que recibe una celula se puede medir mediante
distintas especies de oxigeno reactivas ROS como por ejemplo H2O2 o radicales
hidroxilos que aumentan con la edad. La cadena respiratoria de electrones es la
fuente principal de los ROS.
Como la maquinaria de replicación y reparación del ADN es menos compleja en
la mitocondria lleva a que la tasa de mutaciones y el daño en el ADN sea mucho
mayor que en el genoma nuclear. Deficiencias serias en la cadena respiratoria
debido a altos niveles stress y daño mitocondrial pueden hacer que la celula
entre en estado de senescencia en lugar sufrir una muerte programada, esta es
una ruta alternativa en la cual la celula no muere pero deja de dividirse. Los
tejidos pasan a estar compuesto por células normales y células en G0.
Andrea Duarte
Una de las funciones de la fision mitocondrial es justamente redistribuir el ADN dañado y prevenir que se
acumulen todas las mitocondrias defectuosas en un solo sitio ya que la perdida de ADN mitocondrial lleva
a la perdida de la cadena respiratoria y puede causar además del envejecimientos, otros diagnosticos.
Cap. 12 Compartimentos Intracelulares
Distintos organelos rodeados de membrana crean distintas regiones especializadas en una función dentro
de la celula.
Dada la gran cantidad de reacciones químicas que realiza una celula, las cuales muchas suceden en las
membranas, En lugar de agrandar la membrana se crean organelos que crean pequeñas regiones acuosas
donde ocurren reacciones específicas en la superficie de su membrana.