Lección 3.1 - Cómo se diseñan los primers, cómo se clasifican y cómo se almacenan.

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¡Buenos días a todos!

Veremos ahora en la práctica cómo proceder para elegir un par de primers, cómo están diseñadas y cómo
se utilizan.

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En el laboratorio, para el análisis de sus muestras, se pueden seguir dos vías:

- Utilizar primers ya conocidos, que en la bibliografía se dice que son adecuados para el tipo de muestras
que tenemos y el tipo de análisis que queremos hacer,

- Utilizar primers específicas, especialmente diseñadas para cubrir nuestras necesidades

La primera opción es obviamente la más utilizada y la más sencilla.

Veamos cómo se dibujan los primers.

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Para entender cómo se diseñan los primers, una operación larga y compleja que cada laboratorio puede
realizar de diferentes formas, aquí tienes los enlaces a dos videos que puedes ver en Youtube.

https://youtu.be/tUyBwiyMsSU

https://youtu.be/17GPgcDvr_c

Ambos videos ilustran cómo diseñar el par de primers para usar en reacciones de PCR comunes.

Si no sabes qué es un PCR, te recomiendo ver la videolección Lección 4 - PCR y termocicladores de este
curso.

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En el video que puede ver siguiendo el enlace a continuación, se ilustra paso a paso el procedimiento para
dibujar los primers con el apoyo del sitio NCBI.

https://youtu.be/1oauvLzsDP8

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Una vez dibujadas las secuencias de los primers, ¿cómo hacerlo?

Los primers se pueden comprar en empresas especiales que sintetizan oligonucleótidos.

En mi laboratorio utilizamos la empresa Eurofins para la compra de imprimaciones.

El sitio web de la empresa también está equipado con una herramienta para dibujar primers, que usamos a
menudo, y luego las compramos directamente.

En este enlace encontrará explicaciones sobre cómo utilizar el sitio para diseñar primers:

https://youtu.be/0WD60o57xiI

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Una vez que llegan los primers comprados, se liofilizan.

Para poder utilizarlos se deben resuspender en agua según la concentración.

El video que puede ver en el enlace a continuación ilustra cómo resuspender los primers liofilizados y crear
el stock de 100 µM que luego se puede usar en reacciones de PCR adecuadamente diluidas.

https://youtu.be/t7CR9xPwn0Q

La imagen que ves resalta las características de los cebadores sintetizados y el volumen de agua en
microlitros que se debe agregar para tener la concentración materna de 100 pmol / L.