Marine Genomics 17 (2014) 53-62

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Genómica Marina

CIESM 2013

Poblaciones de arqueas en dos facies sedimentarias distintas del subsuelo

del Mar Muerto
C. Thomas a,⁎, D. Ionescu B,C, D. Ariztegui a, el DSDDP Scientific Equipo1
a Departamento de Ciencias de la Tierra, Universidad de Ginebra, Suiza
B Instituto Leibniz de Ecología de Agua Dulce y Pesca Continental, Stechlin, Alemania
C Instituto Max Planck de Microbiología Marina, Bremen, Alemania

información del artículo abstracto

Historia del artículo: Se estudió el metabolismo de las arqueas en facies de yeso y aragonítico del subsuelo del Mar Muerto utilizando una secuenciación de
Recibido el 9 de mayo de 2014 ADN de alto rendimiento. Demostramos que las comunidades están bien adaptadas al entorno peculiar del subsuelo del Mar Muerto.
Recibido en forma revisada el 2 de septiembre de 2014
Albergan los genes necesarios para hacer frente a la presión osmótica utilizando estrategias de entrada alta y baja de sal, y para hacer
Aceptado el 2 de septiembre de 2014
frente a concentraciones inusualmente altas de metales pesados. La metanogénesis fue identificada
On-line el 16 de septiembre de 2014
fied para el fiprimera vez en el Mar Muerto y parece ser un metabolismo importante en el sedimento de aragonito.
Fermentación de materia orgánica residual, probablemente realizada por algunos miembros de laHalobacterias La clase es
Palabras clave:

Hipersalino común a ambos tipos de sedimentos. Este último grupo representa más del 95% de la taxonómicamente identifipoder
Metagenómica Arqueas en el metagenoma del sedimento de yeso. También se ha revelado el potencial de reducción de azufre y está
Metanogénesis asociado en el sedimento con la degradación de EPS y Fe-Mineralización S según lo revelado por imágenes SEM. En general,
Halobacterias mostramos que distintas comunidades deArqueas están asociados con las dos facies diferentes del Mar Muerto, y están
Mar Muerto adaptados a la dura química de su subsuelo, de diferentes maneras.
Subsuperficie
© 2014 Elsevier BV Todos los derechos reservados.

1. Introducción
El Mar Muerto como lo conocemos hoy es un cuerpo de agua remanente del
ingreso neógeno anterior del Mar Mediterráneo al Valle del Rift Jordan-Arava (Zak,
1967). La llamada laguna de Sedom produjo numerosos depósitos de evaporita
en la zona yfifinalmente desconectado del mar. Las aguas que nacen de esta
laguna han evolucionado dentro de este marco, hacia el conocido Mg de hoy.-
California-Salmueras de Cl del Mar Muerto, debido a interacciones con la geología
circundante y a través de varios procesos de disolución y evaporación (Zak, 1967;
Stein y col., 2000; Katz y Starinsky, 2009). El Mar Muerto se encuentra ahora a 427
m bajo el nivel del mar (2013) y su continuo retroceso desde 1950 (Katz y
Starinsky, 2009) ha dado lugar a una salinidad extrema (TDS) de 348 g · L-1 (Oren y
Gunde-Cimerman, 2012). Además, las altas concentraciones de cloro y cationes
divalentes en el lago (~ 6.1 M Cl-,
~ 2 MMg2+ y ~ 0,5 M · Ca2+; Ionescu et al., 2012) hacen que sea más difícil para los
microbios el desarrollo (Oren, 2001), acercándose a concentraciones de MgCl de
2,3 M que se cree que son los límites superiores de la vida (Hallsworth et al., 2007
). Mientras que la química del Mar Muerto se dirige hacia condiciones
desfavorables para la vida (Oren, 2010a), su historia es diferente y la vida ha
⁎ Autor para correspondencia en: Departamento de Ciencias de la Tierra, Universidad de Ginebra, rue
des Maraichers 13, 1205 Ginebra, Suiza.
Dirección de correo electrónico: camille.thomas@unige.ch (C. Thomas).
1 Lista completa de científicos del Proyecto de perforación profunda del Mar Muerto (DSDDP) disponibles en
www.icdp-online.org.
se ha observado prosperar cuando suffiSe produce una dilución adecuada del
agua. Uno de esos casos es elflFlujo de manantiales submarinos en la orilla
occidental del lago, donde una comunidad microbiana diversa ha aprovechado los
gradientes de nutrientes y salinidad para desarrollar (Ionescu y col., 2012; Häusler
et al., 2014). En otros casos, durante eventos de inviernos lluviosos, la dilución del
agua en una capa superior mixta también ha llevado a la floración del alga.
Dunaliella y posteriormente de sus degradadores arqueales de la Halobacterias
clase (Oren y Shilo, 1982; Oren, 1983b, 2010a). Durante los períodos más áridos,
los estudios han demostrado que la biota de la columna de agua del Mar Muerto
consta de halófilosArqueas desde el Euryarchaeota phylumOren, 1993; Oren y
Ventosa, 1999; Bodaker y col., 2010). Las variaciones en la proporción de
evaporación / precipitación impactan la física y la química del lago,
posteriormente enflinfluir en la biodiversidad del lago, así como en su registro
geológico, a través de cambios en la precipitación autigénica de minerales. Estos
efectos se investigan actualmente en profundidad dentro del proyecto de
construcción de una conexión de agua entre el Mar Rojo y el Mar Muerto (Oren y
col., 2004; Bardavid y col., 2007; Abu Qdais, 2008).
En el marco de la investigación paleoambiental llevada a cabo dentro del
Proyecto de Perforación Profunda del Mar Muerto (DSDDP) patrocinado por el
ICDP, estábamos interesados en recuperar información geomicrobiológica del
subsuelo del lago, particularmente sobre el potencial de los microbios para
interactuar con y enfluence proxies geoquímicos utilizados para reconstrucciones
paleoambientales. Se hizo hincapié en las comunidades subterráneas actuales, su
adaptación a su entorno y su metabolismo potencial en tales condiciones
hipersalinas. Investigaciones de
Arqueas comunidades en la columna de agua y lo que enflinfluye en su

http://dx.doi.org/10.1016/j.margen.2014.09.001
1874-7787 / © 2014 Elsevier BV Todos los derechos reservados.
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el desarrollo se ha llevado a cabo previamente (Bodaker et al., 2010; Oren, 1983b).
Por el contrario, actualmente no hay datos sobre la contribución de estosArqueas
al subsuelo del Mar Muerto. Esto es de particular interés ya que en el subsuelo
marino (Biddle y col., 2006; Lipp y col., 2008) y solución salina continental (
Waldron y col., 2007) sedimentos, Arqueas
han sido identified como principales contribuyentes a la biomasa. Por lo tanto,
utilizando métodos metagenómicos, abordamos aquí el potencial metabólico y la
diversidad deArqueas en el subsuelo del Mar Muerto y su putativo enflinfluencia
sobre dos de las principales facies sedimentarias (Neugebauer et al., en revisión):
aragonito-detrito y yeso (en adelante AD y GY, respectivamente). Estas facies
sedimentarias están vinculadas a cambios importantes en la física y química de
los lagos, provocados por cambios climáticos o eventos meteorológicos
importantes. Por lo tanto, nos acercamos a nuestros datos con un ojo en los
mecanismos enflque influyen en los cambios en las comunidades y su respuesta a
la columna de agua enfluencia.
2. Métodos
Las muestras proceden del núcleo ICDP 5017-1A de la expedición DSDDP. Este
núcleo fue recuperado en las coordenadas N 31 ° 30′28,98″, E 35 ° 28′
15.60″ (medio del Mar Muerto) desde una profundidad de 297 m (uno de los puntos más
profundos del lago). La muestra GY se origina en un colector de testigos, a una
profundidad de 90,64 m por debajo del lagofloortabla 1). El muestreo se realizó en
condiciones estériles utilizando jeringas precortadas en autoclave (ver
Vuillemin y col. (2010)para más detalles), en un laboratorio especializado en geobiología
costera creado especialmente para la expedición de perforación (diciembre
2010). La muestra de AD se tomó de un intervalo central (2,74 m) durante la fiesta
de apertura del núcleo en junio de 2011 en GFZ Potsdam. Los núcleos
transportados a las instalaciones de ICDP en GFZ Potsdam se cortaron en
mitades. La mitad se dedicó a la toma de fotografías y mediciones no
destructivas, mientras que la otra se guardó para muestreo inmediato en
condiciones estériles utilizando jeringas precortadas similares. Para evitar
cualquier muestreo de partes contaminadas u oxidadas, se extrajo el mininúcleo
de la jeringa del centro del revestimiento y se retiró la parte de la superficie.
Luego, el ADN se extrajo adicionalmente usando un fenol-protocolo de extracción
de cloroformo modified de (Ionescu et al., 2009). Las células se extrajeron de 0,5 g
de sedimento después de múltiples ciclos de enjuague con PBS, sonicación de 30
s y centrifugación rápida. Luego se incubaron durante 20 min a 95 ° C en 0,5 ml
de tampón de lisis de Tris 0,1 M, EDTA 50 mM, NaCl 100 mM y SDS al 1% (pH 8).
250μSe añadió L de fenol: cloroformo: isoamialcohol y las muestras se
centrifugaron a máxima velocidad después de una incubación de 10 min a
temperatura ambiente. El sobrenadante se extrajo de nuevo con el mismo
proceso y la fase superior se recogió utilizando tubos Phase Lock Gel TM (PLG) (5
Prime). Luego se limpió dos veces con 0.5 mL 24: 1 (v: v) cloroformo: alcohol
isoamílico y el ADN se precipitó durante la noche a-20 ° C en 1 volumen de
isopropanol y 2% (fivolumen final) de acetato de sodio 3 M (pH 5,5). Los
sedimentos se lavaron con 0,5 ml de etanol helado al 70% después de una
centrifugación de 30 min a velocidad máxima, se secaron y sefifinalmente disuelto
en 10 μAgua de grado molecular L. Se utilizó el kit de extracción en gel QIAEX II
(Qiagen) para eliminar más la sal y purificar los fragmentos de ADN de acuerdo
con las instrucciones del fabricante. Los extractos de ADN obtenidos de las
muestras AD (aragonito alternando con muestra de detritus) y GY (muestra de
yeso) se enviaron a MR DNA™ laboratorio, en Shallowater, Texas para amplifi
catión (a través de MDA) y secuenciación metagenómica. Cantidad de ADNficatión
se realizó con el Qubit® dsDNA HS Assay Kit (Life Technologies) y amplification
realizado utilizando el
tabla 1
Descripción de la muestra y principales características geoquímicas.
Los datos de la muestra AD tienen sido recuperado deNissenbaum (1975) como se esperaba que sea similar a la masa de aguas profundas antes de la rotación de 1979 evidenciada por el comienzo de la precipitación de halita
itation en los medidores superiores del núcleo.
Muestra Profundidad (m) Litología Entorno depositacional
ANUNCIO 2,74 Alternando aragonito y barro Startified láminas del Holoceno del Mar
Muerto
GY 90,88 Yeso Fin del Pleistoceno non stratified
Lake Lisan
REPLI-g Midi Kit (Qiagen). La fragmentación enzimática se llevó a cabo para 150 ng de
cada muestra usando el kit de preparación de biblioteca de fragmentos de gDNA Ion
Xpress Plus (Life Technologies). Fragmentos de 200-Se obtuvieron 300 pb de la reacción
de cizallamiento iónico después de 8 min en un baño a 37ºC. Después de purificatión, Ion
Xpress Barcode Adapters (Life Technologies) 13 y 14 se ligaron a muestras AD y GY
respectivamente y se sometieron a reparación de muescas siguiendo las instrucciones
del fabricante. La selección del tamaño a aproximadamente 330 pb se realizó con el gel
de agarosa al 2% E-gel SizeSelect (Invitrogen). Después de la determinación de
newQubit®, las bibliotecas fragmentadas se combinaron en una cantidad igual de ADN
para cada muestra para crear la
fibiblioteca nal. Este último fuefifinalmente diluido a una concentración de
aproximadamente 78 pM, unido a las partículas Ion Sphere utilizando el Ion OneTouchTM
200 Template Kit v2 DL que da como resultado un 16,38% de ISP con plantillas sin
enriquecer. Después del enriquecimiento de IonOneTouchES, los ISP de plantilla se
secuenciaron en un chip Ion 318 utilizando Ion Torrent PGM (Life Technologies).
Las secuencias sin procesar se enviaron al servidor MetaGenome Rapid
Annotation usando Subsystem Technology (MG-RAST) para anotación y análisis
estadístico (Meyer y col., 2008). Las anotaciones se realizaron utilizando la base
de datos integradora M5NR para proteínas y M5RNA para el gen rRNA 16S. Classifi
El cation se realizó con la configuración predeterminada de MG-RAST. El límite
máximo del valor electrónico fue 10-5, corte de identidad mínimo al 60% y corte de
longitud de alineación mínima de 15. Las funciones se clasificaronfied utilizando
el enfoque de subsistema respaldado por el entorno de SEED (Overbeek y col.,
2005). Los valores estadísticos con respecto a la longitud de la secuencia se
obtuvieron de esa plataforma y utilizando FastQC (Andrews, Dakota del Norte).
Los metagenomas están disponibles públicamente en MG-RAST con los ID de
referencia 4561562.3 y 4561566.3 para GY y AD respectivamente.
Los índices de diversidad se calcularon utilizando PAST (Hammer y col., 2001)
en los niveles de clase y género, al excluir unclassified lee dentro del
varios phyla. La dominancia D se mide como D =Σ ((norteI/norte)2) donde nI es el
número de individuos del taxón I. Shannon-El índice de Weiner H es H =
Σ ((norteI/n) ln (nI/n)) y la uniformidad se toma como uniformidad de Buzas y
Gibson = eH /S, con S número de taxones.
La investigación con microscopio electrónico de barrido se realizó en muestras después de
un secado regular y de punto crítico en un Jeol® JSM-7001 FA en la Universidad de Ginebra. La
espectroscopia de rayos X de energía dispersiva se llevó a cabo en el mismo dispositivo. Las
muestras se montaron en un tubo de aluminio con cinta de carbono conductora de doble cara. A
continuación, se depositó una capa ultrafina (15 nm) de oro sobre las muestras mediante una
capa de pulverización a bajo vacío.
3. Resultados
De las dos muestras analizadas, se obtuvieron 2147029 secuencias de calidad
controlada. Entre ellas, 1 608 197 secuencias codificadas para 1008583 péptidos
de las cuales a 165 818 se asignó al menos una anotación. Las secuencias tenían
una longitud media de 168 ± 63 pb y 171 ± 58 pb (para AD y GY respectivamente),
con clases modales (de más de 400000 secuencias para AD y más de 900000 para
GY) de 230-239 pb para ambas muestras. En general, obtuvimos 128259
secuencias atribuidas al dominioArchaea. Las secuencias restantes (parte
bacteriana) se discutirán en otra parte. La muestra GY mostró un mayor número
de secuencias filogenéticamente relacionadas conArchaea77647) pero menor
proporción de arqueas que AD (20,9% comparado con 24,9%, es decir 50612
secuencias para AD; Tabla 2; Tabla S1 en sup. material).
Solo se obtuvieron pocas secuencias de genes de ARNr ribosómico de arqueas, por
lo tanto, clasificatión utilizando la base de datos M5RNA produjo pocos
Salinidad (%) Na + (mM) California2+ (mM) Mg2+ (mM) Cl- (mM) ASI QUE mM)
4 (2-
33.21 1726 429 1745 6177 4.2
24,90 1795 74 321 5438 ~23

Tabla 2
Información de secuencia e índices de diversidad para ambas muestras, calculados a nivel de clase,
para anotaciones en la base de datos M5RN.
Conjunto ANUNCIO
Secuencias de arqueas 50612
Proporción de arqueas (%) 20,9
Longitud media de la secuencia 168 ± 63 pb
Taxa 9 9
Individuos 44218
Dominio 0.1553
Shannon-Weiner 1.992
Igualdad 0.8144
resultados. En la muestra AD los géneros Metanobacterias, Metanomicrobia y
Termococos desde el Euryarchaeota phylum, y Nitrosopumilus desde el Thaumarchaeota
phylum fueron detectados. No se pudo recuperar ninguna secuencia de ARNr SSU de
archaeal de la muestra GY (Tabla 3). Por lo tanto, de aquí en adelante, la taxonomía para
ambas muestras se obtuvo del pariente más cercano en la base de datos de secuencias
de codificación de proteínas anotadas según lo sugerido por el servidor MG-RAST,
utilizando los parámetros predeterminados de MG-RAST: valor de corte máximo de 10-5,
corte de identidad mínimo de 60% y corte de longitud de alineación mínima de 15.
Ambas muestras tenían un número similar de clases de arqueas; sin embargo, la
diversidad fue mucho mayor en la muestra AD en comparación con GY a nivel de clase
(índice de Shannon de 1,99 y 0,16 respectivamente). Secuencias putativamente af-
fivinculado a todos los phyla archaeal (Euryarchaeota, Crenarchaeota,
Korarchaeota, Nanoarchaeota y Thaumarchaeota) fueron identifiedTabla 2). Una
pequeña fracción de las secuencias (0,01% para GY y 3,1% para AD) no pudo
atribuirse a ninguna especificaciónfic phylum pero fueron atribuidos al dominio
Archaea. En ambas muestras, miembros de la Euryarchaeota
phylum fueron dominantes, con 88,6% y 99,1% de los AD y GY Arqueas
secuencias, respectivamente. En esta última muestra el 96% de losEuryarchaeota
secuencias estaban asociadas a laHalobacterias clase, lo que resulta en un fuerte
índice de dominancia para GY (0,95). En la muestra de AD, ninguna clase
dominaba fuertemente y las secuencias se distribuían entreHalobacterias
(25%), Metanomicrobia (20%), Metanobacterias (11%), Metanococos
(10%), Termococos (dieciséis%), Archaeoglobi8%), Thermoplasmata (2%) y
Methanopyri3%) (Figura 1), lo que da como resultado un índice de uniformidad mayor
(0,81 en comparación con 0,13 para GY; Tabla 3). Thermoprotei del Crenarchaeota
phylum cubrió el 6,7% y el 7,1% de las secuencias AD y GY, respectivamente.
UnclassifiedKorarchaeota y Thaumarchaeota las secuencias relacionadas
representaron alrededor de 0,8% y 0,7% en la muestra de AD y 0,1 y 0,04% en GY,
respectivamente. NoNanoarchaeota-Se detectaron secuencias relacionadas en la
muestra de GY mientras que formaban el 0,07% restante de la población de EA
asignada. ClassifiEl catión se extiende solo al nivel de clase debido a la baja
cobertura y se presenta en el material complementario S1.
Los subsistemas de funciones se anotaron contra la base de datos M5NR
redundante utilizando la clase SEEDficatión. Correspondieron a tres niveles de"
roles funcionales" que clasifican el fifunción final, procesos metabólicos más
grandes o complejos estructurales (Overbeek y col., 2005). Los subsistemas de
nivel uno se han puesto entre comillas para mayor claridad. Este enfoque muestra
que todas las clases de arqueas en la muestra AD con la excepción de
Nanoarchaeota parecen poseer funciones similares (Figura 2). Se encontraron
variaciones en"adquisición de hierro","metabolismo de compuestos aromáticos","
motilidad y quimiotaxis","metabolismo del nitrógeno","metabolismo del fósforo","
metabolismo del potasio" y "metabolismo del azufre","estrés
Tabla 3
Anotaciones de la base de datos de ARNm M5 (fragmentos de ARNr de LSU y SSU) obtenidas para Arqueas de la muestra AD.
Dominio Filo Clase
Arqueas Euryarchaeota Metanobacterias
Arqueas Euryarchaeota Metanomicrobia
Arqueas Euryarchaeota Metanomicrobia
Arqueas Euryarchaeota Termococos
Arqueas Thaumarchaeota Unclassified Thaumarchaeota
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respuesta" y "virulencia, enfermedad y defensa" subsistemas (9 de 27 subsistemas
obtenidos). Para la muestra de GY, la información funcional se distribuyó de manera
desigual y estaba principalmente en manos deHalobacterias. Los porcentajes de
GY secuencia más altos se atribuyeron a "aminoácidos y derivados","carbohidratos","
77647 metabolismo proteico" y "subsistemas basados en clústeres"(Figura 2). Este último
24,9 consiste en genes que se ha demostrado que pertenecen juntos en función del
171 ± 58 pb acoplamiento funcional, aunque se sabe poco sobre su función. En el"carbohidratos"
subsistema, lecturas relacionadas con
81061
0,95
di y oligosacáridos, azúcares y alcoholes y CO2 fixation estaban presentes. Nos
0.1616 identificamosfied una gran cantidad de genes que estaban relacionados con
0.1306 "respuesta al estrés", siendo oxidativo (309 lecturas para AD, 234 para GY; en
adelante AD / GY), osmótico (149/17), nitrosativo (151/0), falta de carbono (0/19),
detoxificatión (6/0) y choque térmico (239/0). Los genes relacionados con la
síntesis y el uso de osmoprotectores como la captación y biosíntesis de
colinabetaína fueron más numerosos en la EA que en el GY (113/17). Este fue
también el caso de la captación y utilización de trehalosa (76/11) y de la biosíntesis
de galacoglicanos (278/73). Además, se encontraron secuencias relacionadas con
la captación y utilización de glicerol en la EA
(133), pero no en GY. "Homeostasis del potasio" Se obtuvieron secuencias relacionadas
de ambas facies (279/85; Fig. 3A). En el"virulencia, enfermedad y defensa" subsistema, la
mayoría de las secuencias estaban relacionadas con la resistencia a metales pesados.
Entre ellos, la EA tenía un mayor número de secuencias relacionadas con la homeostasis
del cobre y la resistencia al arsénico (149/73 y 600/143 respectivamente), mientras que
el cobalto-zinc-La resistencia al cadmio y la resistencia al mercurio dominaron en GY
(20/111 y 0/14) (Fig. 3B).
La principal diferencia entre las dos muestras se encontró en genes
relacionados con la metanogénesis. Excepto por 2 secuencias relacionadas con la
biosíntesis de metanopterina (no se encontraron secuencias relacionadas con la
metanogénesis para GY (en comparación con 60 para AD)). Por el contrario, las
secuencias de AD se relacionaron con"la metanogénesis se desvía"(Según el
sistema MG-RAST, estos genes están involucrados en la metanogénesis pero no
están completamente caracterizados) (21), el metabolismo de un carbono se
asocia con la metanogénesis (58) y la metanogénesis a partir de compuestos
metilados (8, relacionados con Methanomicrobia; Figura 4A).
Los genes relacionados con la acetogénesis del piruvato estaban presentes en
ambas muestras (500/132). De manera similar, también se encontraron genes
involucrados en la fermentación en ambas muestras (381 secuencias para AD y
108 para GY), con especific Fermentación de lisina asociada a la "aminoácidos y
derivados" subsistema (102/62) y degradación anaeróbica de compuestos
aromáticos (4/13; Figura 4B). Especificación de nutrientesfic también fueron
importantes en nuestros metagenomas. A saber, numerosas lecturas
relacionadas con"metabolismo del fósforo" se obtuvieron de las muestras AD y
GY (221 y 1082 respectivamente). Estos estaban relacionados con la utilización de
alquilfosfonatos (1/12), alta (85/1068; AD / GY) y baja (30/2) affitransportadores de
fosfato nity y bomba de protones activada por pirofosfato (101/0). "Metabolismo
del nitrógeno" También se detectaron genes relacionados tanto para AD (422)
como para GY
(362). La asimilación de amoníaco domina los genes relacionados con N en el
metagenoma AD (371) y fue la única vía metabólica N asociada a GY (362).
ADmetagenome también comprende Nfixation (42) y denitrifigenes relacionados
con cationes (9) (Figura 4C). Numerosos genes de ambos metagenomas podrían
asignarse a"metabolismo del azufre”. Para AD, se recuperaron 211 lecturas
relacionadas con la asimilación de azufre inorgánico y 559 para GY. Entre las
secuencias de la muestra aragonítica, 18 estaban relacionadas con una enzima
involucrada en la vía disimilatoria del sulfato.
Orden Familia Género Abundancia Valor electrónico medio Prom.% Ident
Methanobacteriales Metanobacterias Methanothermobacter 5 -24 100
Methanomicrobiales Methanospirillaceae Methanospirillum 1 -27 100
Metanosarcinales Methanosarcinaceae Metanosarcina 1 -36 100
Thermococcales Thermococcaceae Thermococcus 4 -31 100
Nitrosopumilales Nitrosopumilaceae Nitrosopumilus 4 -34 100
56 C. Thomas y col. / Genómica marina 17 (2014) 53-62
Figura 1. Clases de arqueas obtenidas de las muestras AD y GY basadas en la base de datos M5NR.
reducción (sulfato adenililtransferasa, tipo disimilatorio, EC 2.7.7.4), y estaban
presentes en Thermoplasmata, Thermoprotei o Termococos
miembros. La muestra GY también contenía secuencias relacionadas con la asimilación
de azufre orgánico (16) mientras que no se encontró ninguna para AD (Figura 4D). Todas
las anotaciones basadas en subsistemas asociadas a sus clases de arqueas se pueden
encontrar en la Tabla S2 del material complementario.
4. Discusión
Para interpretar adecuadamente los datos metagenómicos resultantes del
entorno subsuperficial del Mar Muerto, fiPrimero discuta las cuestiones relativas
al método en sí. Luego, destacamos las principales características metabólicas
centrándonos en la respuesta al estrés y el potencial metabólico de las
comunidades, con énfasis en los principales problemas que enfrentan las
comunidades hipersalinas en los entornos subterráneos.
4.1. Metagenómica en entornos pobremente caracterizados
Arqueas de la muestra GY están dominados en gran medida por Halobacterias.
Su abundancia aumenta en un factor de 7 veces en comparación con la muestra
de AD y abarca casi el 97% del metagenoma completo. Desafortunadamente, la
baja cobertura y el número de copias probablemente impidieron la recuperación
de las secuencias del gen del ARNr 16S. En cuanto a las funciones, los subsistemas
GY estaban muy mal representados por otras clases además de
Halobacterias. Si bien es probable que la cobertura sea incompleta en tales entornos,
hay pocas posibilidades de que Arqueas otro que Halobacterias están realmente
presentes y activos en la capa de yeso. Por tanto, se espera que los miembros de esta
clase participen en la mayor parte de la actividad metabólica allí.
Este tipo de análisis enfatiza la cuestión del origen del ADN, que a menudo se
plantea cuando se trabaja con entornos sedimentarios. De tal
entornos, el ADN podría provenir de comunidades sedimentarias activas, así
como de las inactivas o muertas. Cuando se trata del Mar Muerto, es aún más
relevante ya que las altas salinidades tienden a ralentizar la degradación del ADN
al disminuir las tasas de depurificación (Lindahl, 1993). El transporte de microbios
desde el medio ambiente circundante es probablemente un problema, y los
organismos no tolerantes a halotolerantes extremos probablemente morirán
cuando entren en contacto con el agua del Mar Muerto. Por tanto, es muy
probable que el material orgánico restante acabe sedimentando y el material
genético que lleva probablemente se mezcle con el de organismos autóctonos.
Como teníamos pocas posibilidades de descifrar secuencias autóctonas de
alóctonas, elegimos unafiprimer enfoque para centrarse en
Archaea. En segundo lugar, tuvimos un cuidado adicional al interpretar la información
funcional cuando se relaciona con clases filogenéticas que no se sabe que presenten
adaptación para ambientes hipersalinos. Por lo tanto, la presencia de secuencias
vinculadas a genes para la absorción y síntesis de osmolitos fue un punto clave en
nuestro análisis de datos y nos permitió restringir mejor los organismos que son
potencialmente activos en el subsuelo del Mar Muerto. En cuanto a la actividad, fallaron
los métodos clásicos de geomicrobiología probados bajo la química del Mar Muerto. No
especific encuadernación de flLos uorocromos utilizados para las técnicas FISH han
impedido su efecto.fiuso ciente (Thomas, inédito), y probador de ATP probado en el fi
campo y demostrado que trabaja en un ambiente sedimentario (Vuillemin y col., 2010)
eran ineficacesficient a tal salinidad. Por lo tanto, las suposiciones sobre la actividad de
los microbios en el sedimento solo podrían hacerse a través del remanente de su
actividad, como la producción tentativa de EPS y la degradación observada mediante
SEM (Figura 6A-B), u ocurrencia
de hierro autigénico sulfide minerales, H2S escape de gas y concreciones de azufre (Figura 5A-C).
Si bien estos datos son meramente sugerentes, proporcionan una plataforma para
generación de hipótesis sobre el potencial metabólico en el subsuelo del Mar
Muerto. Otro indicio potencial para una comunidad activa fue la falta de genes
relacionados con la latencia o la esporulación. Pero su ausencia también podría
 C. Thomas y col. / Genómica marina 17 (2014) 53-62 57

Figura 2. Parcela de abundancia de subsistemas de nivel 1 de la clase SEEDficatión para las diversas clases de las dos muestras basadas en anotaciones contra la base de datos M5NR usando MG-RAST.
Abreviaturas: cofactores CV, vitaminas, grupos protésicos, pigmentos; PP fagos, profagos, elementos transponibles, plásmidos.

estar relacionado con una cobertura deficiente de la base de datos de esas funciones, o con
métodos inadecuados para la extracción de ADN de microbios formadores de esporas.
Obviamente, el entorno del subsuelo del Mar Muerto es poco conocido y
presenta una gran cantidad de material genómico novedoso, lo que impide un
agrupamiento preciso, o al menos reduce su calidad. Esto ya ha sido planteado
con respecto a los entornos hipersalinos porLópez-López et al. (2013)
que no pudieron recuperar de los metagenomas los ensamblajes taxonómicos encontrados
previamente en las esteras anóxicas de una salina solar usando bibliotecas de clones (López-
López et al., 2010). Acercarse a estos metagenomas con canalizaciones personalizadas, por
ejemplo, mediante el uso de agrupaciones de cobertura diferencial para desentrañar taxones
raros (Albertsen y col., 2013) se está investigando actualmente. Sin embargo, el esfuerzo
constante para obtener genomas completos de especies que prosperan en

Fig. 3. Gráfico de abundancia de subsistemas de nivel 3 para AD (izquierda) yGY (derecha) relacionados con A. adaptación osmótica y B. tolerancia de metales pesados anotada contra la base de datos M5NR. Los corchetes
son siempre losfiprimero, y cuando exista, el nombre del segundo nivel de subsistema. Abreviaturas: subsistemas basados en agrupamiento CBS, carbohidratos CH, di y oligosacáridos, transporte de membrana MT,
estrés osmótico, metabolismo del potasio PM, resistencia a antibióticos y compuestos tóxicos, alcoholes de azúcar sa, respuesta al estrés Se, virulencia VD, enfermedad y defensa .
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Figura 4. Gráfico de abundancia de subsistemas de nivel 3 para AD (izquierda) y GY (derecha cuando está presente) relacionados con A. metanogénesis, B. fermentación, metabolismo del nitrógeno C y metabolismo del
azufre D. Anotación contra la base de datos M5NR. Para A y B, entre paréntesis están losfiPrimero, y cuando exista, los nombres del segundo nivel de subsistema. Para C, el metabolismo del nitrógeno es un subsistema de
nivel 1, los encabezados de línea son subsistemas de nivel 3. Para D, la asimilación de azufre abarca funciones de asimilación de azufre inorgánico excepto la asimilación de azufre orgánico (subsistema de nivel 3). Los
subsistemas de nivel 2 son idénticos al nivel 3 o están ausentes en la clase M5NRficatión. Abreviaturas: metabolismo de un carbono 1C; AA aminoácidos y derivados; Carbohidratos CH; cc metabolismo de carbohidratos
centrales; Cofactores CV, vitaminas, grupos protésicos, pigmentos; Fermentación de Fe; Metabolismo MAC de compuestos aromáticos; pm2 metabolismo del piruvato II: acetil-CoA,
acetogénesis a partir de piruvato. ** nivel de función.

sedimentos anóxicos hipersalinos o columnas de agua como la de los lagos
anóxicos hipersalinos profundos del Mediterráneo. La tarea se hace difficulto por
el hecho de que se ha demostrado que algunas de las clases dominantes en estos
entornos han adquiridofic metabolismo a través de transferencia lateral de genes
(LGT). Este es el caso de
Halobacterium, que pueden haber adquirido un subconjunto de genes de
respiración aeróbica de origen bacteriano a través de varios eventos de LGT (
Kennedy y col., 2001). Este tipo de evento parece ser particularmente importante
en el Mar Muerto, donde la transferencia lateral de genes de un halófiloArqueas y
termofílico Bacterias del Thermotoga se ha encontrado la claseRhodes et al., 2010
). Este trabajo enfatiza el hecho de que los eventos LGT pueden ocurrir entre
organismos de diferentes ambientes extremos, dando una explicación potencial a
las numerosas secuencias en nuestros metagenomas que estaban relacionadas
con termófilos. Abundantes lecturas asociadas con el
crenarchaeotal Thermoprotei, Korarchaeota, y de euryarchaeotal
Thermococci, Thermoplasmata y Archaeoglobi las clases sugieren la presencia de
organismos termófilos a hipertermófilos en el medio subsuperficial del Mar
Muerto. Si bien la temperatura del agua es tibia y puede superar los 30 ° C en la
superficie, rara vez alcanza los 25 ° C en el fondo y, por lo tanto, no constituye un
conjunto adecuado para el establecimiento de especies termófilas. La ocurrencia
de eventos LGT puede explicar algo de esto. En su trabajo,Rhodes y col. (2010)
también enfatiza el potencial de recuperación de organismos raros, inesperados
pero funcionales en los ambientes del Mar Muerto. Contribución externa, en
particular de los manantiales hidrotermales profundos relacionados con las fallas
de la cuenca del Mar Muerto, que se ha evidenciado a través de datos sísmicos (
Niemi y Ben-Avraham, 1997), no se conoce hasta la fecha. Por tanto, puede ser
que las proteínas obtenidas compartan similitudes con las de especies de clases
termofílicas, sin pertenecer verdaderamente a
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Figura 5. Posibles indicaciones de ciclo S activo en el núcleo del sedimento. (A) Pirita euédrica en un
sedimento rico en aragonito (aguja) (65 m debajo del lagoflpiso). La barra de escala es de 100 nm; (B) Fe-
Glóbulo S entre agujas de aragonito y fragmentos de diatomeas (338 m debajo del lago flpiso). La barra de
escala es 1μmetro; (C) Imagen del núcleo de un intervalo de láminas de aragonito alternando con láminas
detríticas (facies de aragonito) con numerosas concreciones de azufre (blanco). El núcleo mide unos 10 cm
de ancho.
esas especies termofílicas. Además, dado que no todos los miembros de estas
clases particulares son necesariamente termofílicos, la atribución de este estilo de
vida a estos organismos puede ser imprecisa.
4.2. Hacer frente a las duras condiciones del Mar Muerto
4.2.1. Salinidad
Los dos metagenomas presentan un signifinúmero de secuencias relacionadas con
la respuesta al estrés. Sin embargo, las muestras parecen diferir en las respuestas que
se pueden dar a este estrés. La muestra aragonítica (AD) tiene un mayor número de
secuencias (relativas y absolutas en comparación con GY) directamente relacionadas con"
estrés osmótico", probablemente infiriendo que en el ambiente representativo del
sedimento de aragonito, la especialización hacia alta salinidad no es dominante, en
comparación con la muestra de yeso, cuyos organismos están mejor adaptados a alta
salinidad. La presencia de un mayor número de secuencias relacionadas con la captación
y biosíntesis de colina y betaína indica que la estrategia de bajo contenido de sal para la
adaptación osmótica (Oren, 2008) es frecuente en la muestra de EA. Esto es una estafafi
rmed también por una abundancia de características relacionadas con la biosíntesis de
galactoglicanos y lipopolisacáridos relacionados y la absorción y utilización de trehalosa
(transportadores ABC predichos, entre otros). Adicionalmente,Thermoprotei y
Termococos Las clases exhiben funciones relacionadas con la absorción y utilización de
glicerol que no se encuentran en la muestra de yeso (GY), lo que sugiere que en las
facies aragoníticas hay una gran variedad de solutos a disposición de Arqueas para el
equilibrio osmótico (Roesser y Müller, 2001). Si bien los genes de la estrategia de bajo
contenido de sal estaban presentes en ambas muestras, también se podríafind un gran
número de secuencias relacionadas con
"metabolismo del potasio" en los dos metagenomas, lo que indica el potencial de
K + -homeostasis tanto en yeso como en facies aragonítica. El
59
estrategia de alto contenido de sal utilizada por los miembros del Halobacterias
grupo (Oren, 2001) por lo tanto, también se pueden emplear en las facies AD y GY.
Captación de potasio y efflLos sistemas ux han sido reconocidos como sistemas
clave en Halobacterium especie NRC-1, utilizada como modelo para haloarchaea (
Ng y col., 2000). La descripción general de las funciones del subsistema sugiere
que, aunque es más susceptible al estrés osmótico, la comunidad de aragonitos
puede usar varios osmolitos para hacer frente a la salinidad, lo que hace que la
estrategia de bajo contenido de sal sea dominante para su comunidad (Oren, 1999
). Sin embargo,Halobacterias comunidades, conocidas como halófilos
"por excelencia"(Oren, 2002) puede utilizar la mayor cantidad de energía-effiestrategia
cient (alto contenido de sal) en esta facies sedimentaria. En la muestra GY, dominado por
Halobacteriassecuencias relacionadas, probablemente se preferirá la homeostasis
del K +, aunque puede ser posible la absorción de azúcar y colina.
4.2.2. Toxicidad de los metales
Varios genes relacionados con Halobacterias en la muestra GY, y más generalmente
a Euryarchaeota en la muestra AD apuntan hacia la alta adaptación de la comunidad de
arqueas a los metales pesados, que para la mayoría de ellos, están moderadamente (Cd,
Zn) a altamente (Co, Cu) enriquecidos en la columna de agua meromíctica del Mar
Muerto y su agua intersticial (Nissenbaum, 1977). El arsénico, cobalto, zinc, cadmio y
mercurio AD se tratan en la muestra AD utilizando un subconjunto de proteínas de
resistencia, ATPasas impulsoras y transportadoras de bombas e iones reductasas, que
son parte del sistema más amplio de resistencia a metales pesados en procariotas, y
particularmente enArqueas
(Nies, 2003). Secuencias relacionadas con la homeostasis del cobre, encontradas para
unspecified Euryarcheota en la muestra AD y en Halobacteriassecuencias relacionadas
en la muestra GY, destacan la importancia de tratar con este metal en la química del Mar
Muerto. Si bien el cobre es un metal esencial para ciertas enzimas, se ha demostrado
que las concentraciones en el Mar Muerto son muy altas y varían mucho según la
profundidad, la ubicación y la estación (Nissenbaum, 1977). El sistema para la
homeostasis del cobre se basa principalmente en la ATPasa de tipo P con traslocación de
cobre, que ha demostrado ser un efectofitransportador ciente de cobre a través de la
membrana citoplásmica en
Escherichia coli (Rensing y Grass, 2003) y está presente en varias arqueas
extremófilas resistentes al cobre. Ferroplasma los genomasBakerAustin et al.,
2005). Es. General,Halobacterias de la muestra GY parece albergar una gran
cantidad de genes para la adaptación a los metales enriquecidos en el sedimento
del Mar Muerto. A menor profundidad, en la comunidad aragonítica, estas
adaptaciones son menos frecuentes y están especializadas en arsénico y cobre.
4.3. Hacer frente a entornos sedimentarios profundos
4.3.1. Fermentación
La fermentación está bien representada en ambas muestras e implica el uso
de diversas fuentes, desde carbohidratos hasta aminoácidos y compuestos
aromáticos (Figura 4B). Se sabe que los ambientes hipersalinos acumulan
numerosos compuestos orgánicos (Ollivier y col., 1994). Parece que los
metabolismos que sobreviven en esas condiciones extremas tienen el potencial
de crecer en múltiples sustratos, con el fin de aprovechar la variedad y calidad de
materia orgánica disponible, que no siempre se correlaciona con su cantidad (
Glombitza et al., 2013). El specifiLa enzima archaeal involucrada en la degradación
de acetil-CoA a acetato es abundante en la muestra AD y solo se encuentra una
vez en la muestra GY. Este ADPforming acetil-CoA sintetasa es especific a Arqueas
empleando fermentaciónSchäfer y col., 1993). Si bien la actividad fermentativa no
se puede atribuir a ningún especific phylum en la muestra AD parece que
Halobacterias son los únicos que albergan secuencias relacionadas con la
fermentación en la muestra GY. Generalmente, se les considera como los
principales heterótrofos aeróbicos de ambientes hipersalinos (Oren, 2010b), pero
también se sabe que los miembros de esta clase degradan la materia orgánica en
entornos anóxicos, similar al sedimento del Mar Muerto. Este es el caso de
Halorhabdus sp. (Wainø y col., 2000; Antunes et al., 2008) y
Halobacterium sp. (Oren, 1983a). Aquí, en la muestra de GY, elArqueas Se sugiere
que tengan la capacidad de realizar degradación anaeróbica o compuestos
aromáticos y lisina. Esto último también está ocurriendo potencialmente en
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muestra AD, pero no es atribuible a un especific clase o incluso phylum. Para
ambas muestras, es posible la fermentación de diferentes productos.
Halobacterias son actores principales en ambas muestras, aunque
probablemente utilizarían diferentes sustratos: ácidos preferentemente
mezclados en la muestra AD y aminoácidos, azúcares y compuestos aromáticos
en GY. En la muestra AD, podrían ser asistidos en esta degradación por
Archaeoglobi, termococos y Thermoplasmata miembros principalmente.
4.3.2. Metanogénesis
Traemos datos que sugieren fuertemente que la metanogénesis es
dominante en la muestra aragonítica y es probablemente un proceso importante
en comparación con la muestra de yeso. Esto se destaca por varios impactos del
metabolismo C1 relacionados con la metanogénesis y un grupo de genes no
caracterizados relacionados con la metanogénesis (clasified como "la
metanogénesis se desvía" en el sistema MG-RAST) detectado para EA. Además, las
vías para la biosíntesis de metanopterina, un cofactor en la metanogénesis (van
Beelen y col., 1984) fueron detectados. El número de secuencias relacionadas con
la metanogénesis de compuestos metilados sugiere que este es un metabolismo
importante en el sedimento aragonítico (Figura 4A). Es más probable que el
sustrato para la metanogénesis bajo salinidades extremas sea un compuesto
metilado, ya que puede derivarse más energía de su degradación y, por lo tanto,
dirigirse hacia la adaptación osmótica (Oren, 2010b). Todas las secuencias
relacionadas con la metanogénesis de compuestos metilados se atribuyen a
miembros putativos de laThermoprotei y Metanomicrobia clases. Entre los
últimos,Metanosarcina, que podrían detectarse a través de su firma genética de
ARNr 16S, son notablemente capaces de realizar metanogénesis metilotrófica (
García et al., 2000). Esta clase también alberga los raros géneros metanogénicos
halófilosMetanohalobio (Zhilina y Zavarzin, 1987) y Methanohalophilus (Paterek y
Smith, 1988; Boone y col., 1993; Davidova y col., 1997). Sin embargo, estos no
fueron identified en nuestros datos. Un estudio en profundidad de los genomas
de estos organismos proporcionará información más precisa sobre la identidad
de los metanógenos, el uso de sustratos y la adaptación a una alta salinidad.
4.3.3. Metabolismo del azufre
Las secuencias relacionadas con la asimilación de azufre inorgánico se
encuentran en ambos metagenomas, sin embargo, fueron más abundantes en la
muestra GY que en AD. El potencial de asimilación de azufre orgánico (asimilación
de alcanosulfonato), se detectó exclusivamente en la muestra GY. Este último se
puede utilizar como fuente adicional de azufre, como se ha destacado en las
esteras microbianas de Pozas Azules (Breitbart et al., 2009). Se sabe que la
asimilación de alcanosulfonato se expresa enE. coli en situaciones de inanición S (
Eichhorn y col., 2000). Esto podría interpretarse como una buena adaptación de
las comunidades de yeso a los ecosistemas hambrientos de nutrientes. En la
muestra de EA, la mayoría de los genes del metabolismo del azufre se relacionan
con la asimilación de azufre inorgánico. Se cree que la proteína C de alquil
hidroperóxido reductasa se induce en condiciones de privación de sulfato. Es muy
probable que en un entorno tan anóxico, y como se destaca en estudios
geoquímicos previos del sedimento del Mar Muerto o del Lago Lisan, el azufre se
encuentra en su forma reducida en el sedimento (Nissenbaumand Kaplan, 1976;
Torfstein y col., 2005). Aunque metanogénicoArqueas es probable que estén
presentes en este sedimento, fihallazgo de sul dependiente de F420fite reductasa
proporciona una forma de acomodar sulfite to sulfide ambientes ricos y actividad
metanogénica. De hecho, esta enzima permiteMethanocaldococcus jannaschii
para hacer frente a sulfite y úsalo para la asimilación S (Johnson y Mukhopadhyay,
2005). Incluso permiteMethanococcus maripaludis cultivar y producir metano con
sulfite como su única fuente de azufre (Johnson y Mukhopadhyay, 2008). Tal
potencial es muy interesante ya que el núcleo del Mar Muerto se genera
rico en azufre reducido, como lo demuestra H2S desgasificación y numerosas
concreciones de azufre (Neugebauer et al., Inpress). En general, la arqueocompacta
munidades tienen el potencial de asimilar azufre ya sea como sulfato, incluso
cuando es potencialmente deficiente, o como sulfatofiaunque puede ser tóxico.
Esto aporta una visión novedosa de las adaptaciones mostradas por estas
comunidades subterráneas extremas. Además, la adenililtransferasa de sulfato de
tipo disimilatorio (18 en AD) es supuestamente indicativa de la aparición de
reducción de sulfato en el nivel de aragonito. Esta enzima fue identified como
parte del sistema disimilatorio de Archaeoglobus fulgidus, un sulfato
hipertermofílico reductor Archaeon de la Archaeoglobi clase (Klenk y col., 1997).
Esta clase ha sido identified en el metagenoma AD (Figura 1). La reducción de
sulfato disimilatorio se ha detectado recientemente en el Mar Muerto (Haeusler et
al., En revisión), lo que respalda varios análisis geoquímicos que han concluido su
ocurrencia en el hipolimnion del lago en el pasado. En consecuencia, sulfato y sulfi
isótopos de S de la masa de agua más baja antes de la renovación de 1979 (
Nissenbaum y Kaplan, 1976) o del afloramiento de yeso laminado y diseminado
de la Formación Lisan (Torfstein y col., 2005), muestran la firma de la reducción
disimilatoria de sulfato en los estratosfied paleo-Mar Muerto. Otras indicaciones
observadas en el núcleo DSDDP, como minerales de pirita euédrica común
(Figura 5A), hierro-glóbulos de azufreFigura 5B), H2S concreciones desgasificantes
o S nativas (Figura 5C) permítanos sugerir la presencia de un ciclo S activo en el
sedimentos aragoníticos. En la muestra AD, la investigación SEM con electrones
secundarios y retrodispersados, junto con espectrometría de rayos X de energía
dispersiva, muestra la presencia de Fe-S minerales, a menudo incrustados en una
matriz que tiene un gran parecido con la bio microbianafilmsFigura 6A). El sulfide
en Fe-Es probable que la esmineralización se origine a partir de la reducción del
sulfato, disponible en el agua del Mar Muerto (Nissenbaum, 1975). Coocurrencia
con bio microbianofilms sugiere una degradación activa de la materia orgánica
disponible, potencialmente por fermentadores y microbios reductores de sulfato (
Dupraz y col., 2004), lo que podría conducir a la acumulación de Fe-S minerales
dentro de su matriz. Producción y particularmente degradación de EPS, sugerida
por microbios y vacuolas de gas dentro del biofilmFigura 6B) describe la actividad
in situ de la biosfera subsuperficial del Mar Muerto.
4.3.4. Ciclo del nitrógeno
Se ha argumentado que el ciclo del nitrógeno por las comunidades
microbianas es muy limitado en el Mar Muerto (Stiller y Nissenbaum, 1999). Sin
embargo, los caminos hacia la asimilación de amonio, particularmente abundante
en el Mar Muerto (Oren, 1983b), parecen estar presentes en ambos
metagenomas. Al mismo tiempo, la recuperación deThaumarchaeota-secuencias
relacionadas, probablemente pertenecientes a la Nitrosopumilus género como se
destaca por la similitud SSU (Tabla 3) apoya la presencia de metabolismo del
nitrógeno en este entorno. Sin embargo, no se sabe que este grupo esté
adaptado a condiciones anóxicas y de alta salinidad. Hasta ahora, los miembros
de este filo se encontraron en altamente oligotróficos (Pelve et al., 2011), subóxico
(Labrenz et al., 2010) y entornos hipertérmicos (Brochier-Armanet et al., 2012).
Además, las secuencias relacionadas con el nitrógenofixation y denitrificatión se
detectaron de forma única en la muestra AD, y se atribuyeron a Crenarchaeotea
del Thermoprotei clase. Esto probablemente se deba al hecho de que la
disponibilidad de nitratos es limitada en el Mar Muerto (Stiller y Nissenbaum, 1999
). Las secuencias relacionadas con estos organismos nunca se habían observado
en los estudios de la comunidad de agua del lago. El trabajo deBodaker y col.
(2010)solo identified una secuencia relacionada con Thaumarchaeota en la
comunidad de agua residual del Mar Muerto de 2007. Por lo tanto, es poco
probable que la recuperación de tales genes en el sedimento se origine en la
comunidad de la columna de agua del Mar Muerto. Es posible el transporte
directo y la sedimentación. Estos grupos son activos en suelos (Leininger y col.,
2006) y podría haber sido llevado junto con flProbabilidad. Crenarchaeota
también se encuentran ubicuamente en las salinidades del agua de mar. Las
condiciones hipersalinas deberían prevenir su actividad. Su ocurrencia en
ambientes sedimentarios y en zonas subóxicas ha sido evidenciada en varios
estudios (Francis y otros, 2007). Picos correlativos en archaealamoA genes y
Crenarchaeota Secuencias de genes de ARNr 16S dentro de la zona subóxica de la
columna de agua del Mar Negro (Coolen et al., 2007) sugieren un potencial de
actividad en ambientes pobres en oxígeno. Está claro que recientefihallazgos
sugieren que Crenarchaeota los miembros exhiben grandes flflexibilidad en su
potencial metabólico y ecológico (Francis y otros, 2007). Sin embargo, nuestros
datos solo sugieren la presencia de genes relacionados con la asimilación de
amoniaco y Nfixación en el sedimento. Trabajo adicional que incluye el monitoreo
de sedimentos incubados o mediciones directas de NflSe necesitarían uxes para
documentar el ciclo del nitrógeno en el Mar Muerto.
 C. Thomas y col. / Genómica marina 17 (2014) 53-62
Figura 6. SEM Imágenes de degradación de materia orgánica activa que sugieren reducción de sulfato y fermentación en muestras AD (A) Fotografía de electrones retrodispersados de una biopsia.fiEstructura similar a una película entre la halita
euédrica y los minerales de óxido. Las manchas blanquecinas son Fe-Minerales S incrustados dentro de la matriz microbiana. Su espectro EDX típico se muestra en la esquina superior derecha. (B) Diatomea céntrica planctónica que exhibe una bio
fiEstructura en forma de película en su depresión central. Las flechas muestran microbios putativos. Tenga en cuenta las posibles vacuolas de gas formadas en el EPS (blanco
flechas). Las barras de escala son 1μmetro.
5. Conclusión
Los metagenomas arqueales recuperados de dos facies sedimentarias
diferentes del Mar Muerto muestran el impacto de la salinidad en las
comunidades microbianas residentes. Dominio deHalobacterias (notablemente en
la muestra más profunda) y la presencia de numerosos genes relacionados con la
adaptación osmótica, ya sea de la estrategia alta o baja en sal, resaltan la dureza
de este entorno. Los metagenomas también revelan que estas comunidades de
arqueas subterráneas están adaptadas a una alta concentración de metales
pesados, la falta de nutrientes y la escasez de materia orgánica de alta calidad. Se
han encontrado diferencias en las vías metabólicas empleadas en las dos facies
sedimentarias. El sedimento aragonítico alberga comunidades que
probablemente sean capaces de realizar metanogénesis a partir de compuestos
metilados. El ADN relacionado con el metanógeno es parafiPor primera vez se
demostró que existía en el entorno del Mar Muerto, acercándose así a validar
hipótesis de trabajos pioneros que predijeron la aparición de metanógenos en el
lago (Marvin-DiPasquale y col., 1999). Además, la fermentación y la reducción del
sulfato disimilatorio son sugeridas por el metagenoma de aragonito y apoyadas
por Fe-S mineralizaciones y trazas de degradación de EPS observadas bajo SEM.
La muestra de yeso de 90 m es mucho menos diversa. El ADN recuperado indica
que la comunidad de arqueas está compuesta principalmente por miembros de la
Halobacterias clase, que tienen el potencial de realizar la fermentación de varios
sustratos diferentes. Versatilidad más que especifila ciudad parece ser la clave
para sobrevivir a tales profundidades. Sin embargo, la complejidad y el escaso
conocimiento de los entornos del subsuelo hipersalino es una barrera clara para
la comprensión completa de la implicación de estos metagenomas. Los estudios
complementarios en esta dirección ayudarán a restringir mejor el metabolismo
de conjuntos tan extremos. Como ejemplo, el ensamblaje completo de los
metagenomas de estas muestras, tanto deArqueas y Bacterias ayudará a desvelar
la especificaciónficiudad de ambientes tan extremos, y el verdadero potencial
metabólico de sus habitantes.
Se pueden encontrar datos complementarios a este artículo en línea en http: // dx.
doi.org/10.1016/j.margen.2014.09.001.
Reconocimiento
Esta investigación fue financiada por la Swiss National Science Foundation
(proyectos 200021-132529 y 200020-149221 / 1). Los autores desean agradecer a
A. Vuillemin por su apoyo en laficampo y en el laboratorio, y A. Martignier por su
experiencia en el análisis SEM, así como dos revisores anónimos que mejoraron
enormemente la calidad del manuscrito.
61
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