ACTIVIDAD U.T.

09_03

BASES DE DATOS DE SECUENCIAS.

Actualmente existen innumerables bases de datos que recogen secuencias de los distintos
tipos de ácido nucleico.

Entre las bases de datos especializadas se puede mencionar:

 GeneCards: una base de datos de genes humanos. (http:// www.genecard.org)

 Cosmic: es un catálogo de mutaciones somáticas en el cáncer.
(http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/).
 HGVS: reúne varias bases de datos sobre variaciones y mutaciones del genoma
humano (http://hgvs.org/locus-specific-mutation-database)

El análisis de secuencias más común consiste en la comparación de una secuencia problema

con todas las secuencias de una base de datos nucleotídica para identificar la secuencia y
detectar posibles variaciones y/o mutaciones.

La aplicación más utilizada se denomina “BLAST”, perteneciente al NCBI, con acceso gratuito
en línea. El NCBI mantiene una amplia colección de bases de datos, tanto secuencias génicas,
como proteínas, publicaciones científicas, etc.

http://ncbi.nlm.nih-gov/gquery.fcgi.

La página web de inicio de “BLAST” es:

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov.blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastHome

La aplicación BLAST no sólo permite comparar secuencias de ADN genómico. También

permite:

 Comparar secuencias de aminoácidos.

 Buscar proteínas a partir de una secuencia traducida y viceversa.
 Localizar secuencias que se traducen a partir de una secuencia de aminoácidos.

A continuación identifica a que organismo pertenece la siguiente secuencia utilizando dicha

aplicación.

TGAGCCGGGCTGGCGACCTACTGATTGTAGCCTCTTCTTTGCAGAGAGGTCAAAGTTTATG
ACGAAATATGCCCTTATCGGGTTGCTCGCCGTGTGCGCCATGGTGTTGTGTTTTTCACTGA
TATTCAGGGAACGGTTATGTGAGCTGAATATTCACAGAGGAAATACAGTGGTGCAGGTAAC
TCTGGCCTACGAAGCACGGAAGTAAGCTGCCGGGCGGGGACGGAAGTCCCCGCTTTCCG
GAAGTGTGAGGTATTTCAGGGGCAGACACCCTATATACCAGAAACAGCCGGTCCCGCCCG
GGGCCGGCACCCTGGATAAGGCATTTCCAGCTTTTCAGTCATTTCATTATCAAAATCACATT
AAACGGTCGTAATCAGACATGATTTGTGCGCCAACACAGATCATCGTCACAACTTTCAAGT
CGCTGATTTCAAAAAACTGTAGTATTCTCTGCGAAACGATCCCTGTTTGAGAATTGAGGAG
GCGAGATGTCGCAGACAGAAAATGCAGTGACTTCCTCATCAGGCACCAAGCGTACATACC
GGAAAGGTAACCCTGTTCCGGCCAGAGAGAGGCAAAGAGCTTCTCTGGCTCGCAGAAGCA
ACACTCATAAGGCTTTTCATGCGGTTATTCAGGCCCGGTTAAAAGACAGGCTGAGTGAACT
GGCGGATGAGGAAGGTATTACTCAGGCGCAGATGCTTGAAAAACTGATTGAATCAGAGCT
GAAACGCAGAGCGACTTCGTAAATATTCACATTCTTGCTTATCTCAGGAGTGAGTGGTAGA
TTGCTGATCGTTTAAGGAATTTTGTGGCTGGCCACGCCGTAAGGTGGCAGGGAACTGGTT
CTGATGTGGATTTACAGGGAGCCAGAAAAGCAAAAACCCCGATAATCTTCATCTAGTTTGG
CGACGAGGAGAAGATTACCGGGATCCACTTAAACCGTATAGCCAACAATTCAGCTATGCG
GGGAGTATAGTTATATGCCCGGAAAAGGTTCAGACTTCTTTCCTGTGCTCACTCCTTCTGT
GCATTGTAAGTGCAAGGA