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C. 5 bioprospección
Bioprospección: Búsqueda programada, clasificación y caracterización de
productos biológicos con algún tipo de valor actual o potencial.
Uno cuando hace bioprospección puede determinar ciertos parámetros
ambientales importantes en un microbioma.
La bioprospección en microrganismos ha ido en crecimiento a través de los últimos
años.
2/3 organismos del planeta son microorganismos, por lo que representan una alta
diversidad y un gran potencial metabólico, además crecen en ambientes muy
diversos.
Los microrganismos han sido utilizados como productos desde hace mucho
tiempo, por ejemplo, en la fermentación de bebidas alcohólicas, productos lácteos,
vinagre, etc.
También se han purificado un gran número de drogas antimicrobianas a partir de
microrganismos, las que muchas veces tienen funciones diferentes en la naturaleza
Aspergillus enzimas proteolíticas
Penicillium penicilina
Ambas especies tienen un gran potencial en la bioprospección. 50 cluster que
codifica uno o mas metabolitos secundarios diferentes, y existen entre ambos
géneros aproximadamente 700 especies. Lo que implica que hay 35000 cluster
solo entre estos dos géneros. La diversidad total en hongos sobrepasa por lejos
varios millones.
Muchos de los metabolitos secundarios son moléculas derivadas de acetil
coenzima A, por ejemplo, compuestos del mevalonato, que además permite
producir carotenoides (pigmentos, arroz dorados, etc.).
También se pueden obtener metabolitos secundarios a partir de Aminoácidos,
como péptidos, que pueden ser, por ejemplo, antibióticos.
Estos metabolitos dependen de una vida de síntesis, muchas enzimas involucradas.
Poliquetidos tienen uso industrial, pero ene l caso del hongo sirve para proteger
espora de la radiación
Ralsolamicina tiene una actividad antimicrobiana en el hongo.
Tipos de recursos microbianos:
1. Microorganismos completos
2. Componentes moleculares, como enzimas, metabolitos secundarios o
información génica
Posibles usos:
1. Biopesticidas
2. Producción de biocombustibles
3. Producción de biopolimeros
4. Compuestos con actividad terapéutica
5. Biorremediacion
6. Biolixiviacion
7. Productos de fermentación
La búsqueda debe ser congruente con el bioma en el que investigamos
Metodología:
1. Recuperar microorganismos viables desde muestras ambientales,
aislamiento, incubación y purificación de componentes. Una vez
recuperadas, uno puede buscar si alguna de las colonias cumple con lo que
estamos buscando.
2. Una alternativa es realizar el proceso independiente del cultivo, ya que un
99% de los microorganismos no son cultivables. Esto se realiza purificando
proteínas o material genético, secuenciarlas, comparar con bases de datos
y encontrar proteínas o genes parecidos en otros microrganismos.
3. También hay estrategias hibridas, se comienza de manera independiente
de cultivo Metagenómica, metatranscriptomica o metaproteomica.
El ADN interés se introduce en un vector plasmidial, transformar
microrganismos y cultivar este último, en esta bacteria de laboratorio se
expresa el gen y se puede purificar el producto.
Existen sistemas bacterianos y fúngicos.
Los clúster biosintéticos normalmente están silentes, es decir, muchas veces la
producción del metabolito secundario es menor de la que uno quisiera. Hay
muchas estrategias para solucionar esta problemática; cambiando las condiciones
de cultivo, cocultivando con otros microrganismos o herramientas de biología
molecular (expresar el clúster en otra bacteria).
Es por eso que es importante aprovechar las herramientas genómicas, por
ejemplo, codificar genes y comparar en bases de datos para determinar las
características de estas moléculas.
A partir de acá habla de bioprospección en la Antártica:
Distinto porque la mayor parte del ciclo no se altera su estado de oxidación, sus
transformaciones son desde fosforo orgánico a inorgánico o de forma insoluble a
soluble.
Formas disponibles Ortofosfatos (plantas) poquito porque son muy reactivos.
Reservorios: Suelo y sedimentos (poco disponibles)
Fosforo asociado a moléculas inorgánicas y orgánicas. M. inorgánicas viene del
desgaste de la roca parental en donde los minerales primarios de fosforo se van
degradando y generando minerales secundarios y la degradación de estos
minerales secundarios da pie a que el fosforo sea mas biodisponible.
El fosforo orgánico moléculas de distinta labilidad (ácidos fúlvicos y húmicos
poco lábiles, P diester, DNa, fosfolípidos son mas lábiles)
Principal fuente: desechos animales, vegetales y microbianos. El de la atmosfera es
poquito pero igual aporta.
Fosforo biodisponible incorporado por plantas y microorganismos o se puede
perder.
Mecanismos de solibulizacion de Pi producción de ácidos orgánicos mediante
enzimas como GDH.