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UNIDAD I
ESPECIALIZACIÓN I
PROCESAMIENTO DE IMÁGENES Y
DESCRIPTORES CELULARES
Dr. Paul Avelino Callupe
Lima – Perú
2020
PROCESAMIENTO DE IMÁGENES Y DESCRIPTORES CELULARES
OBJETIVOS ESPECÍFICOS:
Adquisición
Segmentación
En esta etapa de segmentación lo que se realiza es separar los diferentes objetos de una
imagen. Dentro del marco de los procesamientos digitales de imágenes, este
procesamiento es esencial ya que una segmentación robusta es fundamental para tener
éxito en las etapas restantes de la extracción y en la clasificación de características. La
segmentación de células de sangre periférica es un procedimiento complejo debido a la
complicada morfología de la célula y los problemas causados por las diferentes
variaciones de la metodología al momento de la tinción.
ImageJ es una plataforma totalmente libre, que combina las dos ideas anteriores,
ofreciendo una gran cantidad de herramientas para manipular y visualizar imágenes,
pero también permite extender el software del procesamiento de imágenes escribiendo
nuevos algoritmos en un lenguaje de programación determinado.
ImageJ fue desarrollado en el U.S. National Institutes of Health (NIH) por Wayne
Rasband en el lenguaje de programación Java (de ahí la «J»). El código de desarrollo es
público, haciendo posible que se pueda modificar y distribuir fácilmente. Por ejemplo,
nuevas herramientas se pueden añadir fácilmente mediante plugins.
De esta forma, ImageJ posee una gran capacidad de personalización, que en ocasiones
puede ser contraproducente, pues no es fácil saber dónde se encuentran, qué
extensiones son buenas, y sobre todo de donde se pueden bajar. Es ahí donde aparece
FIJI (Fiji Is Just ImageJ), el cual es una versión de ImageJ con una gran cantidad de
complementos y herramientas para uso científico.
En este curso se usará FIJI disponible en http://fiji.sc/.
Pasos Prácticos:
✓ Ingresar a: http://fiji.sc/#download
✓ Descargar e instalar en la computadora según sea el caso 64 bits o 32 bits
✓ Luego abrir el programa Fiji.
SEGMENTACIÓN DE IMÁGENES
Luego de poder marcar las regiones de interés (ROI), debes presionar: Control T, en caso
contrario se puede ir :
DESCRIPTORES GEOMÉTRICOS
Descriptores Geométricos
Área: El área es una medida calculada a partir de la suma del número de píxeles de una
El área puede ser calculada usando el software ImageJ, el comando Analyze >
Measure
Perímetro: El perímetro define la longitud del contorno externo de la región de interés, es
decir, calcula la suma de las distancias entre píxeles adyacentes del contorno de la región de
interés. El valor numérico para este descriptor viene dado cómo número de píxeles. Se puede
Diámetro: El diámetro es aquella línea recta que pasa por el centro y une dos puntos
opuestos, ya sea en una circunferencia, en una curva cerrada o en una superficie esférica. En
los datos de las coordenadas del diámetro (FeretX y FeretY), Las unidades son número
de píxeles.
Ratio Núcleo / Citoplasma.- El ratio núcleo/citoplasma es calculado cómo la relación
entre el área del núcleo y el área del citoplasma de la célula, ambos calculados en forma
de número de píxeles.
Las células cuyo núcleo ocupe la mayor parte del citoplasma presentaran valores altos
para este descriptor geométrico, mientras que otros tipos celulares con núcleos de
menor tamaño y más extensión de citoplasma mostraran valores bajos.
Ratio núcleo/célula.- El ratio núcleo/célula es calculado cómo el cociente entre el área del
núcleo (en píxeles) y el área de la célula (en píxeles).
circulares pueden ser definidas por cilindros, esferas y conos. La circularidad se obtiene de la
Hairiness: El descriptor hairiness estima las proyecciones del citoplasma, usando la región
periférica de la célula segmentada. Este descriptor geométrico es útil para caracterizar el perfil
citoplasmático. Se obtiene usando un umbral de segmentación a través de la componente
verde de la imagen y el recuento de píxeles de esta región de interés. Descriptor es decisivo
para la detección de las células vellosas muestran un citoplasma de un color azul-grisáceo
suave con proyecciones vellosas en el citoplasma, la detección de otros linfocitos anormales
con proyecciones vellosas en su citoplasma, como por ejemplo las células del linfoma de la
zona marginal esplénico.
Una imagen digital de una célula de sangre periférica está compuesta por una retícula finita rectangular
de píxeles. Cada píxel se identifica por una ubicación específica y contiene un valor de intensidad. La
textura en una imagen digital se define por la uniformidad, la densidad, el tono de los píxeles y sus
relaciones espaciales.
• Wavelet
• Gabor
TALLER DE CASOS DE DISCUSIÓN
1.- CASO N° 1:
2.- CASO N° 2
3.- CASO N° 3:
4.- CASO N° 4:
5.- CASO N° 5:
6.- CASO N° 6:
7.- CASO N° 7:
9.- CASO N° 9: