Bioquímica, Biología Molecular y Genética ( Grado de Odontología)

DOGMA CENTRAL DE LA BIOLOGÍA MOLECULAR

- Francis Crick (1958): El flujo de información

parte del ADN para terminar en la síntesis de
proteínas y de ahí no puede volver hacia REPLICACIÓN
atrás. RETRO-
TRANSCRIPCIÓN TRANSCRIPCIÓN

• REPLICACIÓN: copia del ADN parental para REPLICACIÓN

formar moléculas de ADN “hijas” con
idéntica secuencia. TRADUCCIÓN
• TRANSCRIPCIÓN: parte del mensaje
genético codificado por el ADN es copiado
en forma de ARN.

• TRADUCCIÓN: el mensaje genético

codificado por el ARN mensajero es
traducido por los ribosomas en forma de
polipéptido.
 ARN Y TRANSCRIPCIÓN DEL ADN

• El ARN. Estructuras
• Tipos de ARN celulares
• Síntesis de ARN o transcripción. Polimerasas de ARN
• Transcripción:
 Inicio
 Elongación
 Terminación
• Procesamiento de ARN: rRNAs y tRNAs
• Maduración del mRNA en eucariotas
• Regulación de la transcripción
 ARN
• Polímero lineal: ribonucleótidos unidos por enlaces
fosfodiéster 5’→3’.

• El azúcar (pentosa) es ribosa (ADN= desoxirribosa) .

• Bases nitrogenadas: adenina, uracilo, citosina y guanina.
• Emparejamientos hibridación ADN (monocatenario): ARN
A-U

T-A

C-G

G-C
 ESTRUCTURAS DEL ARN
• Moléculas monocatenarias pero pueden existir apareamientos de bases dentro de la
misma cadena, generando estructuras complejas como horquillas y bucles

• Estas estructuras están relacionadas con la función de cada ARN

Horquilla
Hebras Bucle
individuales interno
Abultamiento

Estructuras secundarias en el ARN

Horquilla con estructura en doble hélice

ARN monocatenario
lineal

ARN catalítico
(Ribozima cabeza de martillo)
 TIPOS DE ARN CELULARES

• Mensajero (mRNA). Transporta la información genética desde el

DNA hasta los ribosomas→ Síntesis de proteínas.

• Ribosómico (rRNA). Forma la estructura básica de los

ribosomas. 80% del RNA total.

• De transferencia (tRNA). Transporta los aminoácidos durante la

síntesis de proteínas.

• Otros tipos (microRNA, snoRNA, siRNA, lncRNA…).

 SÍNTESIS DEL ARN (TRANSCRIPCIÓN)

• Síntesis de RNA usando DNA como molde, pero sólo se

transcribe una de las hebras

• Catalizada por RNA polimerasas.

• Dirección de síntesis 5’→ 3’.

• No tiene actividad exonucleasa correctora.

 ARN POLIMERASAS
• Las células procariotas sólo tienen una RNA polimerasa que sintetiza todos
los tipos de RNA

• Las células eucariotas tienen 3 RNA Polimerasas diferentes:

 RNA Polimerasa I: síntesis de rRNAs
 RNA Polimerasa II: síntesis de mRNAs
 RNA Polimerasa III: síntesis de tRNAs

ARN polimerasa procariota ARN polimerasa eucariota

 ARN POLIMERASAS EN PROCARIOTAS
La RNA polimerasa:
• Cataliza las diferentes etapas de la transcripción:
1. Inicio
 Localiza en el DNA los centros de iniciación o promotores de la
transcripción
 Desenrolla un tramo corto de DNA dúplex para iniciar síntesis

2. Elongación
 Cataliza la formación de los enlace fosfodiéster para sintetizar ARN usando
ADN como molde

3. Terminación
 Localiza las señales de terminación de la transcripción del gen.
 Liberación del ARN sintetizado

• Interacciona con proteínas activadoras y represoras que regulan la velocidad de

transcripción
 HEBRA CODIFICADORA Y HEBRA MOLDE
+1
Dirección de transcripción
5’-AATGCACGGACTAAGCTTAGCTACGAA-3’ Hebra codificadora
ADN hebra del ADN
3’ -TTACGTGCCTGATTCGAATCGATGCTT- 5’ Hebra molde molde codificadora
dúplex
Transcripción de ADN

5’-AAUGCACGGACUAAGCUUAGCUACGAA-3’ ARN transcrito ARN ARN

• La secuencia del RNA transcrita = cadena codificadora del DNA pero con U en
lugar de T

• La hebra codificadora no es la misma para todos los genes

Transcritos de ARN

ADN
3.6 x 104 p.b
 INICIO: Promotores y unión al DNA
• ¿Cómo sabe la RNA polimerasa dónde empieza un gen?
• Promotor: región localizada antes del gen, con secuencias específicas de unión para la
RNA Polimerasa y otros factores
• En procariotas dos secuencias consenso→ regiones centradas en -35 y -10 pb
• En eucariotas suele haber una secuencia llamada caja TATA
Promotor
Elemento UP típico de
algunos genes con alta
expresión (procariotas)
Secuencia
consenso

Secuencia
consenso
 INICIO DE LA TRANSCRIPCIÓN (PROCARIOTAS)

Unión inespecífica de la
• ARN polimerasa: complejo (subunidades α2ββ’ω)σ
polimerasa oligomérica
y migración al promotor
• Unión ARN polimerasa a secuencia promotora.
ADN molde
Subunidad σ70 aumenta afinidad polimerasa por
ARN
polimerasa
Formación complejo
de promotor cerrado secuencias promotoras

• ARN polimerasa desenrolla el DNA → Región rica en

Formación complejo
de promotor abierto ATs. Se forma burbuja de transcripción

• Inicio de la síntesis de ARN, usando ADN como molde

Inicio de síntesis ARN
Liberación de σ a medida
que la polimerasa avanza • ARN polimerasa no requiere cebador→ síntesis de
por el molde
novo

• Subunidad σ70 se libera durante la incorporación de

8-10 primeros nucleótidos→ comienza elongación
 ELONGACIÓN: REACCIÓN DE LAS ARN POLIMERASAS
• ARN polimerasas requieren:
 Un molde: preferente una cadena de DNA perteneciente a un dúplex
 Los 4 ribonucleósidos tri-fosfato ó NTPs (ATP, UTP, CTP y GTP)
 Un ión metálico divalente: Mg2+

• No tienen actividad nucleasa: menos eficientes en corrección de errores

• Síntesis de ARN en sentido 5’→3’

Dirección de crecimiento de la hebra

. 5’ 3’
 ARN Polimerasas vs ADN Polimerasas

• No requieren cebador: síntesis de novo

• No tienen actividad correctora

• Mayor procesividad: ARN polimerasa sintetiza un ARN de principio a fin

• Usan ribonucleósidos-trifosfato
 FASE DE ELONGACIÓN DE LA TRANSCRIPCIÓN

ARN polimerasa

Sub-enrollamiento Hebra Sobre-enrollamiento

Hebra molde
(topisomerasas) codificante (topisomerasas)

ARN Hélice híbrida Sitio de

naciente ADN-ARN elongación

Avance de
la polimerasa

Azul: Hebra codificante del DNA Rojo: Hebra molde del DNA Verde: RNA

• Burbuja de transcripción se va desplazando a lo largo del DNA: superenrollamientos

• ARN polimerasa mantiene ∼17 pb ADN desenrollado y una hélice híbrida DNA-RNA
de ∼ 8 pb
• A medida que el RNA va creciendo por su extremo 3’, se va disociando del DNA
por su extremo 5’
 FASE DE TERMINACIÓN DE LA TRANSCRIPCIÓN

• RNA Polimerasa transcribe RNA desde promotor hasta señal de terminación

• TERMINACIÓN:
 Parada de la transcripción

 Disociación dúplex RNA-DNA

 Formación doble hélice en segmento de DNA de la burbuja

Sitio de inicio Sitio de terminación
 Separación RNA Polimerasa

Hélice ADN reconstituída

ARN polimerasa
Transcrito de ARN

• En E. coli existen 2 mecanismos:

1. Mecanismo simple, o independiente de ρ
2. Dependiente de ρ
 TERMINACIÓN DE LA TRANSCRIPCIÓN (PROCARIOTAS)
Terminación independiente de ρ
Polimerasa
de ARN
La síntesis de ARN encuentra
una secuencia de parada
1.Terminación simple o independiente de ρ.
 Señal de parada: región palindrómica rica
en GC seguida de zona rica en AT
 Región GC autocomplementaria → horquilla
en el transcrito: provoca liberación del ARN
del molde y de la polimerasa

 Debilidad de los pares A=U en el 3’ del

transcrito facilita la liberación

Se forma una horquilla de ARN

en una secuencia palindrómica.
La polimerasa se detiene.

Se libera el mRNA
 TERMINACIÓN DE LA TRANSCRIPCIÓN (PROCARIOTAS)
Terminación dependiente de ρ

Helicasa ρ se une
al sitio rut
Terminación dependiente de ρ (rho).
* * rut site: rho utilization site
 Factor ρ es una helicasa de ARN-ADN
dependiente de ATP. Se une a secuencia
específica del RNA (sitio rut)
 A unos 100 nucleótidos del sitio rut, hay
Helicasa ρ migra por el mRNA una secuencia de parada que detiene la
hasta alcanzar a la polimerasa
polimerasa
 El factor ρ recorre el nuevo transcrito
Helicasa ρ separa el mRNA
hasta alcanzar el complejo de
del ADN molde
transcripción para forzar su disociación
 INHIBIDORES DE LA TRANSCRIPCIÓN
• La inhibición de la transcripción provoca la muerte celular

• lnhibidores RNA Polimerasa procariota → Antibióticos (rifampicina)

• α-amanitina de Amanita phalloides inhibe polimerasas eucariotas

REPLICACIÓN Amanita phalloides

TRANSCRIPCIÓN
α-amanitina
RNA
TRADUCCIÓN

protein

Rifampicina
Elizabeth A. et al. (2001) Cell. Vol 104, Issue 6 ARN polimerasa
 TRANSCRIPCIÓN PROCARIOTAS VS EUCARIOTAS

• Procariotas→ Transcripción, procesamientos post-transcripcionales y

traducción se llevan a cabo en el citoplasma.
• Eucariotas→ La transcripción y los procesamientos post-transcripcionales
ocurren en el núcleo. La traducción ocurre en el citoplasma.
 MODIFICACIONES POST-TRANSCRIPCIONALES
• Transcripción sólo primer paso para la generación de ARNs maduros.
• PROCESAMIENTOS POST-TRANSCRIPCIONALES del transcrito primario
o Transcrito primario → molécula directamente sintetizada por la ARN
polimerasa antes de sufrir ninguna modificación.

 Maduración y procesamiento de rRNA y tRNA (procariotas y eucariotas)

o Procesamiento (Escisión y metilación de nucleótidos)
o Adición de nucleótidos no transcritos (CCA 3’ en tRNAs)
o Modificación de bases en tRNAs

 Maduración y procesamiento del mRNA (Sólo ocurre en eucariotas)

o Cap (casquete) 5’
o Cola de poli(A) 3’
o Eliminación de intrones (splicing, ayuste o empalme de exones)
→ Splicing alternativo: fuente de diversificación funcional
 PROCESAMIENTO DE rRNAs
• Procesos similares en procariotas y eucariotas (más complejos).

Transcrito del pre-

rRNA (30S)

Metilación de nucleótidos

Grupos metilo Corte (endonucleasas)

Intermediarios

Exonucleasas Nucleasa

ARNs maduros
 PROCESAMIENTO DE tRNAs
• Eliminación secuencias extremos e intrón (eucariotas)
• Adición de bases CCA a extremo 3’OH
• Modificación de bases: ribotimidilato, pseudouridilato, metiladenilato,.

Transcrito primario tRNA maduro

Sitio de unión
del aminoácido
RNasa

RNasa
Procesamiento

Anticodón
Intrón
 MADURACIÓN DEL mRNA EN EUCARIOTAS

Transcripción y adición
del cap (casquete) 5’

• Procesos únicos en eucariotas:

 Adición del cap o casquete 5'
 Adición de una cola de poli(A) 3'
Síntesis del
transcrito primario
 Eliminación de intrones (splicing)
Transcrito Secuencia terminal
primario no codificante • Tienen lugar en el núcleo
Corte, • Regulación compleja
poliadenilación y
empalme
mRNA
maduro
 1. ADICIÓN DEL cap o CASQUETE 5’

• 7-metilguanosina añadida al 5’ del mRNA

• Unido mediante un enlace 5’,5’-trifosfato

• Cap 5’= 7-metilguanosina + dos primeros

nucleótidos del extremo 5’ (a veces metilados).

• Función:
 Facilitar la traducción→ sirve de anclaje del
5’ end of mRNA

mRNA a los ribosomas.

 Estabilizar el mRNA al protegerlo del ataque
de 5’-exonucleasas y fosfatasas.
 Facilita el procesamiento y la exportación del
mRNA al citoplasma
 2. ADICIÓN DE LA COLA DE POLI(A) AL EXTREMO 3’

ADN molde
1- La polimerasa transcribe el DNA más
allá de una señal de corte (AAUAAA)
que será reconocido por una
ARN naciente
Señal de corte endonucleasa específica
Corte por
endonucleasa específica 2- El pre-mRNA es cortado por la
endonucleasa 10-20 nucleótidos más abajo
(3’), dejando un extremo OH libre para la
OH 3’
adición del la cola poli(A)

Adición de cola por la

Poli(A) polimerasa
3- La poliadenilato polimerasa
añade, usando ATP como donador,
los nucleótidos de A (50-250)
Precursor de mRNA poliadenilado

• Secuencia de cola de poli(A) no es codificada por la secuencia génica. Añadida a posteriori

por poli(A) polimerasa.

• Posibles funciones de cola de poli(A): proteger el mRNA y coordinar los procesos de

transcripción y traducción.
 3. ELIMINACIÓN DE INTRONES MEDIANTE SPLICING
Gen de la ovoalbúmina

Transcripción y
cap 5’

Transcrito
primario
Splicing, corte y
poliadenilación

ARN
maduro
1872
nucleótidos

• La mayoría de los genes es en eucariotas tienen secuencias que no aparecen en el

mRNA maduro: intrones

• El procesamiento del pre-mRNA elimina los intrones mediante el proceso de splicing,

ayuste o empalme.
 CARACTERÍSTICAS DEL SPLICING

• Proceso de corte y unión: se eliminan intrones y se unen exones

consecutivos

• Ocurre en la mayoría de los mRNAs de eucariotas, poco frecuente en

procariotas

• Se produce a medida que se transcribe el mRNA

• Catalizado por ESPLICEOSOMA, compuesto por 5 pequeñas partículas de
ribonucleoproteínas nucleares (snRNPs), formadas por proteínas y snRNAs

• Implica dos reacciones de transesterificación

 SECUENCIAS DE SPLICING

Sitio donador de splicing Sitio aceptor de splicing

Exón 5’ Exón 3’
GU A AG
Intrón
Punto de ramificación

• Los pre-mRNAs tienen secuencias conservadas requeridas para el

empalme

 (5')GU, al comienzo del intrón (sitio donador)

 AG(3'), al final del intrón (sitio aceptor)
 A, en el punto de ramificación, a 20-50 nucleótidos antes del final
 UNIÓN DE snRNPs A SITIOS DE SPLICING

• El espliceosoma está formado por 5 partículas de snRNPs. Cada snRNP contiene un

snRNA (U1, U2, U4, U5 ó U6) y proteínas

• U1 se empareja con el sitio de empalme 5'

(donador)

• U2 se empareja con la región del punto de

ramificación

• U4-U6 y U5 se unen al complejo U1-U2 y al

pre-mRNA
 REACCIÓN DE TRANSESTERIFICACIÓN 1
• La unión del resto de snRNPs sitúa el sitio de ramificación cerca del sitio de empalme 5'
Transesterificación 1:
 El 2‘OH del sitio de ramificación (A) ataca al sitio de
Espliceosoma empalme 5’
inactivo
 Enlace fosfodiéster 2’→5’. El intrón forma un lazo
 El extremo 3’OH del exón 1 queda libre

2’
Espliceosoma 5’
activo

Transesterificación
Transesterificación
Formación del lazo
Lazo
 REACCIÓN DE TRANSESTERIFICACIÓN 2
Transesterificación 2
 El extremo 3’OH libre del exón 1 ataca al sitio de empalme 3‘ del exón 2
 Empalme de los dos exones y eliminación del intrón

Lazo

Transesterificación

Lazo
Liberación del intrón
Liberación del intrón

Unión de los intrones

Unión de los intrones

 CARACTERÍSTICAS DE LAS REACCIONES DEL ESPLICEOSOMA

Splicing acoplado a la transcripción ARN Polimerasa II

espliceosoma

mRNA

• La eliminación de intrones se produce a medida que se sintetiza el mRNA

• El cambio en la energía libre es próximo a 0 (no hay generación neta de nuevos enlaces)

• Los snRNAs (fundamentalmente U6) forman el sitio activo que cataliza las reacciones de
splicing
 AUTOSPLICING: RNAs CATALÍTICOS

Splicing tipo II
INTRONES GRUPO I Y II:
Transcrito
• Algunos ARNs nucleares, mitocondriales y primario

de cloroplastos. No en vertebrados.
• Algunos raros casos en bacterias.
• Eliminación de los intrones catalizada por
el propio ARN intrónico: ARNs catalíticos
El 2‘OH de la adenosina del sitio de
ramificación ataca al sitio de
empalme 5 'para formar una
Enlace fosfodiéster 2’, 5’
estructura en lazo

• Origen evolutivo de los espliceosomas?

Dirección extremo 3’
INTRONES GRUPO IV:
La adenosina de la
• En algunos tRNAs
El 3‘OH del exón 5'actúa como
nucleófilo, completando la estructura en lazo tiene tres
reacción enlaces fosfodiéster

• Procesados por una nucleasa

• Consumo de ATP ARN procesado
 FUNCIÓN DE LOS mRNAs

cap

• La secuencia de nucleótidos del mRNA maduro determina la secuencia de

aminoácidos de la proteína que codifica

• 15% enfermedades genéticas están relacionadas con mutaciones que afectan a la

maduración
 PROCESAMIENTO ALTERNATIVO ESPECÍFICO DE TEJIDO
• En eucariotas, un solo gen puede dar lugar a diferentes productos→ un mismo
transcrito puede ser procesado de formas alternativas

• Aumenta la diversidad de mRNAs y proteínas formadas a partir de un gen

• Permite generar proteínas específicas de tejido con funciones diferentes
Sitio poli(A) Sitio poli(A)
Calcitonina CGRP

Transcrito
primario

Tiroides Cerebro

mRNA mRNA
maduro maduro

Traducción Traducción
Dependiendo del tipo de célula en que se
exprese se puden producir dos hormonas
Acción de Acción de muy diferentes a partir de un único pre-
proteasa proteasa
mRNA del gen calcitonina/CGRP.
FACTORES QUE AFECTAN A LA CANTIDAD DE PROTEÍNA

• La cantidad de proteína no depende

únicamente de la velocidad de transcripción:

 Velocidad de transcripción

 Vida media mRNA

 Modificaciones mRNAs

 MicroRNAs

 Velocidad de traducción

 Modificaciones post-traduccionales

 Degradación de la proteína

 Transporte
 Regulación de la expresión génica a nivel de transcripción
• Expresión constitutiva: genes de mantenimiento

• Expresión regulada por efectores: afectan a la velocidad de expresión

 Regulación positiva: genes inducibles. Activadores se unen a secuencias específicas

 Regulación negativa: genes reprimibles. Represores se unen a secuencias llamadas

operadores
(a) Regulación positiva
(a) Regulación negativa
Señal molecular causa
Señal molecular causa
disociación del activador del
disociación del represor del
ADN, inhibiendo transcripción
ADN, induciendo transcripción
Activador
Represor
polimerasa

Sitio de unión
del activador
Señal Señal
molecular molecular

Operador
 OPERÓN LACTOSA
• OPERÓN: grupos de genes controlados por las mismas secuencias reguladoras (procariotas)
• Operón lactosa:→ Promotor común con secuencia operadora para 3 genes :
 lacZ: 1-galactosidasa
 lacY: permeasa de galactósidos
 lacA: tiogalactósido transacetilasa

 El gen lacI codifica el represor Lac

En ausencia de lactosa En presencia de lactosa (INDUCTOR)

Represor (Lac) unido al sitio operador

impide la transcripción de z, y, a
inductor
Β-Galactosidasa Permeasa Transacetilasa

El complejo
represor-inductor
no se une al ADN
 REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GÉNICA EN EUCARIOTAS

• Promotores más complejos

• Mayor número de factores de transcripción→ actúan en complejos multiméricos
• Secuencias potenciadoras (enhancers) lejanas al promotor. Específicas de tipo celular
• Remodelación de la cromatina: activación de genes asociada cambios en la estructura de
la cromatina → acceso de factores de transcripción a la región transcrita

• Regulación por ARNs no codificantes: microRNAs, lncRNAs…